Xác định chỉ thị phân tử giữa giống cho (KC25) và giống nhận (OM 6976) QTL GEN quy định tính trạng tăng số hạt trên bông

TRƢỜNG ĐẠI HỌC SƢ PHẠM HÀ NỘI 2
KHOA SINH – KTNN
-------------------------

NGUYỄN THỊ KIM DUNG

XÁC ĐỊNH CHỈ THỊ PHÂN TỬ GIỮA GIỐNG
CHO (KC25) VÀ GIỐNG NHẬN (OM6976)
QTL/GEN QUY ĐỊNH TÍNH TRẠNG
TĂNG SỐ HẠT TRÊN BÔNG

KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP
Chuyên ngành: Di truyền học

Hà Nội - 2015


LỜI CẢM ƠN
Để hoàn thành khóa luận này, tôi đã nhận đƣợc rất nhiều sự giúp đỡ của
các thầy cô giáo.Đầu tiên tôi xin gửi lời cảm ơn tới TS. Trần Đăng Khánh là
ngƣời thầy đã hƣớng dẫn tận tình, tạo điều kiện tốt nhất giúp tôi hoàn thành
tốt khóa luận này.
Tôi xin gửi lời cảm ơn tới TS. Nguyễn Nhƣ Toản và các thầy cô giáo
trong khoa Sinh – KTNN Trƣờng Đại Học Sƣ Phạm Hà Nội 2, những ngƣời
đã truyền đạt cho tôi những kiến thức và phƣơng pháp nghiên cứu quý báu
trong suốt thời gian học tập tại trƣờng.
Tôi xin gửi lời cảm ơn tới các thầy cô, anh chị tại Viện Di truyền Nông
nghiệp, bộ môn Kĩ thuật di truyền đã tận tình giúp đỡ và tạo điều kiện giúp tôi
trong thời gian học tập, nghiên cứu tại viện.
Cuối cùng, tôi xin gửi lời cảm ơn sâu sắc nhất tới gia đình, bạn bè và
những ngƣời luôn quan tâm, giúp đỡ tôi trong suốt thời gian học tập, nghiên

cứu vừa qua.
Trong thời gian hoàn thành khóa luận, do lần đầu tiên tiếp cận với
nghiên cứu khoa học và hạn chế về mặt thời gian nên không tránh khỏi những
thiếu sót, tôi rất mong nhận đƣợc sự đóng góp ý kiến của các thầy cô và các
bạn sinh viên để khóa luận đƣợc hoàn thiện hơn.
Xin chân thành cảm ơn!
Hà Nội, tháng 5 năm 2015
Sinh viên
Nguyễn Thị Kim Dung


LỜI CAM ĐOAN
Tôi xin cam đoan khóa luận này đƣợc hoàn thành là kết quả nghiên cứu
của riêng tôi, những số liệu trong khóa luận là trung thực, không sao chép,
không trùng lặp với kết quả nghiên cứu của các tác giả khác.
Nếu sai tôi xin hoàn toàn chịu trách nhiệm!
Hà Nội, tháng 5 năm 2015
Sinh viên
Nguyễn Thị Kim Dung


DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT

MAS

Marker Assisted Selection

QTL

Quantitative Trait Locus

PCR

Polymerase chain reaction

ADN

Acid deoxyribonucleic

ARN

Acid ribonucleic

RADP

Random Amplified Polymorphic DNA

AFLP

Aplified Fragment Length Polymorphism

RFLP

Restriction Fragment Length Polymorphism

SNP

Single nucleotide polymorphism

RGA

Resistance Gene Analog

SSR

Simple Sequence Repeats

STS

Sequence Tagged Site

NST

Nhiễm sắc thể

CTAB

Cetyl trimetyl ammonium bromit


DANH MỤC BẢNG
Bảng 2.2. Thành phần phản ứng PCR .......................................................... 25
Bảng 2.3. Chƣơng trình chạy của phản ứng PCR......................................... 26
Bảng 3.1. Các chỉ thị SSR cho đa hình giữa giống OM6976 và KC25.......... 33


DANH MỤC HÌNH ẢNH
Hình 3.1. Một số hình ảnh kiểm tra ADN tổng số tách chiết theo phƣơng pháp
CTAB trên gel agarose 0,8%. ............................................................................ 30
Hình 3.2. Một số hình ảnh khảo sát đa hình với ADN các giống cho và nhận

gen với chỉ thị RM2108; RM10916; RM24865 ................................................ 31
Hình 3.3. Một số hình ảnh khảo sát đa hình với ADN các giống cho và nhận
gen với chỉ thị RM19199; RM19238; RM22825 .............................................. 32
Hình 3.4. Một số hình ảnh khảo sát đa hình với ADN các giống cho và nhận
gen với chỉ thị RM6; RM3; RM345.................................................................. 33
Hình 3.5 Một số hình ảnh khảo sát đa hình với ADN các giống cho và nhận
gen với chỉ thị RM3482; RM3628; RM3625; RM3654; RM3753 .................... 34
Hình 3.6 Một số hình ảnh khảo sát đa hình với ADN các giống cho và nhận
gen với chỉ thị RM11745; RM11799; RM11874; RM20163; RM20192 .......... 35
Hình 3.7 Một số hình ảnh khảo sát đa hình với ADN các giống cho và nhận
gen với chỉ thị RM31; RM 148; RM 296; RM 247; RM282 ............................. 35
Hình 3.8 Một số hình ảnh khảo sát đa hình với ADN các giống cho và nhận
gen với chỉ thị RM10115; RM10649; RM10681; RM10694A;RM10694;
RM10720 ......................................................................................................... 36
Hình 3.9 Một số hình ảnh khảo sát đa hình với ADN các giống cho và nhận
gen với chỉ thị RM10741; RM10782; RM10806; RM10815; RM10820 .......... 36
Hình 3.10 Một số hình ảnh khảo sát đa hình với ADN các giống cho và nhận
gen với chỉ thị RM16589; RM16820; RM17391; RM17411; RM09034 .......... 37
Hình 3.11 Một số hình ảnh khảo sát đa hình với ADN các giống cho và nhận
gen với chỉ thị RM11438; RM12769; RM13197; RM13332; RM14795;
RM14820 ......................................................................................................... 37


MỤC LỤC
MỞ ĐẦU ....................................................................................................... 1
1.Lí do chọn đề tài. .................................................................................... 1
2.Mục đích nghiên cứu................................................................................ 2
3.Ý nghĩa khoa học và thực tiễn .................................................................. 2
CHƢƠNG 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU ......................................................... 3
1.1. Nguồn gốc, phân bố địa lý và vai trò của cây lúa................................. 3

1.1.1. Nguồn gốc và phân bố địa lý ............................................................ 3
1.1.2. Vai trò của cây lúa............................................................................ 3
1.2. Chỉ thị phân tử ..................................................................................... 4
1.2.1 Khái niệm ........................................................................................ 4
1.2.2.Phân loại chỉ thị ................................................................................ 5
1.3. Ứng dụng chỉ thị phân tử trong nghiên cứu đa dạng di truyền .......... 12
1.4. Tình hình nghiên cứu trong và ngoài nƣớc ......................................... 14
1.4.1. Tình hình nghiên cứu ngoài nƣớc: .................................................. 14
1.4.2. Tình hình nghiên cứu trong nƣớc .................................................... 20
CHƢƠNG 2. VẬT LIỆU, NỘI DUNG VÀ PHƢƠNG PHÁP
NGHIÊN CỨU ............................................................................................ 23
2.1. Vật liệu nghiên cứu ........................................................................... 23
2.2. Nội dung nghiên cứu .......................................................................... 23
2.3. Phƣơng pháp nghiên cứu .................................................................... 23
2.3.1. Phƣơng pháp tách chiết ADN tổng số ............................................. 23
2.3.2. Phƣơng pháp PCR với mồi thí nghiệm............................................ 25
2.3.3. Phƣơng pháp điện di trên gel agarose 0,8% .................................... 26
2.3.4. Phƣơng pháp điện di trên gel polyacrylamide biến tính .................. 27
2.4. Điểm và thời gian tiến hành nghiên cứu ........................................... 29


CHƢƠNG 3. KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU VÀ THẢO LUẬN ....................... 30
3.1. Tách chiết và tinh sạch DNA.............................................................. 30
3.2. Khảo sát đa hình trên 12 NST giữa giống cho và nhận QTL/gen quy
định tính trạng tăng số hạt trên bông ......................................................... 31
3.3 Thảo luận ........................................................................................... 37
CHƢƠNG 4: KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ ................................................ 39
TÀI LIỆU THAM KHẢO ............................................................................ 40

MỞ ĐẦU
1.Lí do chọn đề tài.
Cây lúa (Oryza sativa L.) là cây lƣơng thực chính của 2/3 dân số thế
giới, đóng vai trò đảm bảo an ninh lƣơng thực toàn cầu.Tình hình sản xuất lúa
gạo nƣớc ta ngày càng phát triển, chất lƣợng và sản lƣợng tăng đều qua từng
năm do cải thiện nguồn giống, nâng cao kĩ thuật trồng trọt và có nhiều biện
pháp phòng chống sâu bệnh.
Tuy nhiên, dƣới áp lực của bùng nổ dân số, đô thị hóa, công nghiệp
hóa, diện tích đất nông nghiệp ngày càng bị thu hẹp. Thêm vào đó, biến đổi
khí hậu cũng đang là mối đe dọa lớn của nhân loại trong thế kỷ 21. Biến đổi
khí hậu dẫn đến sự thay đổi thất thƣờng của các yếu tố thời tiết cực đoan (hạn
hán, lũ lụt, mƣa đá,...) ảnh hƣởng trực tiếp đến sản lƣợng lúa gạo của Việt
Nam trong tƣơng lai. Chính vì vậy, trong các nghiên cứu về lúa gạo hiện nay
việc xác định tính trạng liên quan đến năng suất lúa đƣợc quan tâm, đặc biệt
là tính trạng tăng năng suất ở lúa.
Yếu tố cấu thành năng suất đƣợc quy định bởi một số nhân tố chính: Số
bông trên khóm; số hạt trên bông và khối lƣợng nghìn hạt. Trong đó, tính
trạng số hạt trên bông của lúa là một tính trạng số lƣợng chịu ảnh hƣởng của
nhiều gen khác nhau và ảnh hƣởng của tƣơng tác môi trƣờng. Bởi vậy việc
chọn lọc các giống tính trạng cải tiến tăng số hạt trên bông bằng phƣơng pháp
truyền thống là vô cùng khó khăn, tốn kém và không có hiệu quả cao.
Những năm gần đây, do sự phát triển không ngừng của Công nghệ sinh
học cùng với sự ra đời của chỉ thị phân tử, các nhà khoa học đã thiết lập đƣợc
một số bản đồ phân tử cho các tính trạng số lƣợng của lúa. Đối với tính trạng số
lƣợng hạt trên bông bằng chỉ thị phân tử, các QTL (Quantitative Trait Locus –
các locut gen của tính trạng dựa trên liên kết với marker phân tử) trên gen quy

1

định tính trạng tăng số hạt trên bông đã đƣợc định vị trên bản đồ NST ở lúa và
đã đƣợc thiết lập cùng với hơn 400 chỉ thị phân tử khác nhau.
Phƣơng pháp chọn tạo giống theo hƣớng chọn giống nhờ chỉ thị phân
tử MAS (Marker Assisted Selection) sử dụng chỉ thị phân tử (marker) liên kết
chặt với gen quan tâm có nhiều ƣu điểm hơn so với những phƣơng pháp
truyền thống. Tiềm năng của việc sử dụng chỉ thị phân tử đã rút ngắn đƣợc
thời gian chọn tạo giống, đánh giá đƣợc đa dạng di truyền, nâng cao hiệu quả
chọn lọc các tính trạng khó, có thể loại bỏ đƣợc ảnh hƣởng của nhân tố môi
trƣờng trong quá trình chọn lọc. Do đó để góp phần bổ đóng góp vào các
nghiên cứu về cải tiến tiềm năng năng suất lúa, chúng tôi đã tiến hành nghiên
cứu đề tài : “Xác định chỉ thị phân tử giữa giống cho (KC25) và giống
nhận (OM6976) QTL/gen quy định tính trạng tăng số hạt trên bông”.
2.Mục đích nghiên cứu.
Xác định chỉ thị phân tử đa hình giữa giống cho (KC25) và giống nhận
(OM6976) QTL/gen quy định tính trạng tăng số hạt trên bông góp phần trong
chọn tạo và cải tiến giống lúa tăng năng suất.
3.Ý nghĩa khoa học và thực tiễn
Ý nghĩa khoa học
Xác định các chỉ thị phân tử đa hình giữa dòng/giống cho gen và
dòng/giống nhận gen trên 12 nhiễm sắc thể phục vụ chọn lọc nền di truyền
giống nhận gen, để làm cơ sở cho việc chọn tạo các giống lúa năng suất cao.
Ý nghĩa thực tiễn
Sau khi nghiên cứu sẽ xác định đƣợc các chỉ thị cho đa hình giữa
giống cho QTL/gen quy định tính trạng tăng số hạt trên bông giữa dòng
choKC25 và dòng nhận gen (OM6976). Các chỉ thị đa hình này sẽ đƣợc sử
dụng để đánh giá nền di truyền của các cá thể con lai trong các quần thể nghiên
cứu tiếp theo.

2

CHƢƠNG 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU
1.1.Nguồn gốc, phân bố địa lý và vai trò của cây lúa
1.1.1. Nguồn gốc và phân bố địa lý
Quê hƣơng của cây lúa (Oryza sativa L.), không nhƣ nhiều ngƣời vẫn
thƣờng nghĩ là ở Trung Quốc hay Ấn Độ, mà là ở vùng Đông Nam Á, vì vùng
này khí hậu ẩm và là điều kiện lí tƣởng cho phát triển nghề trồng lúa. Theo
kết quả khảo cổ học trong vài thập niên qua, quê hƣơng đầu tiên của cây lúa
là vùng Đông Nam Á và Đông Dƣơng, những nơi mà dấu ấn của cây lúa đã
đƣợc ghi nhận là khoảng 10.000 năm trƣớc Công Nguyên [1]. Từ Đông Nam
Á, nghề trồng lúa đƣợc du nhập vào Trung Quốc, rồi lan sang Nhật Bản, Hàn
Quốc, những nơi mà cƣ dân chỉ quen với nghề trồng lúa mạch.
Đối với việc phân loại lúa trồng, nhiều nỗ lực đã đƣợc tiến hành tập
trung chủ yếu vào loài lúa trồng châu Á, bởi nó là nguồn lƣơng thực chính của
hơn một nửa dân số thế giới. Đây là loại cây lƣơng thực chính có lịch sử trồng
trọt lâu đời tại châu Á. Ngày nay lúa đã đƣợc trồng rộng rãi ở nhiều vùng trên
thế giới; kể cả Bắc và Nam Mỹ, châu Âu và châu Phi, trải rộng từ vùng xích
đạo cho đến các vùng thuộc vĩ tuyến 50 0 Bắc và xa hơn nữa. Lúa có thể trồng
thậm chí tại những vùng có độ cao tới 2.600m. Chính những điều kiện môi
trƣờng tự nhiên khác biệt này cùng với các phƣơng thức trồng trọt khác nhau
đã góp phần tạo ra các kiểu sinh thái mới và các giống lúa mới có khả năng
thích nghi khác nhau.
1.1.2. Vai trò của cây lúa
Lúa là một trong năm loại cây lƣơng thực chính của thế giới, cùng với
ngô (Zea Mays L.), lúa mì (Triticum sp. Tên khác: tiểu mạch), sắn (Manihot
esculenta Crantz, tên khác: khoai mì) và khoai tây (Solalum tuberosum L.).
Theo quan niệm xƣa, lúa cũng là một trong sáu loại lƣơng thực chủ yếu trong

3

Lục cốc.
Theo thống kê của Bộ Nông nghiệp Hoa Kỳ, thế giới có khoảng 1561
triệu ha đất dùng cho việc trồng lúa, sản lƣợng là 6979 triệu tấn, 90% diện
tích này thuộc các nƣớc Châu Á với 651 triệu tấn thóc chiếm 92% tổng sản
lƣợng lúa gạo trên thế giới.
Ở việt Nam, lúa là nguồn lƣơng thực chủ yếu của hơn 89 triệu dân với
diện tích khoảng 6493 triệu tấn đứng thứ 2 thế giới về xuất khẩu gạo sau Thái
Lan. Ƣớc tính năm 2001 sản xuất khoảng 41,05-41,5 triệu tấn. Nƣớc ta có 2
vùng trồng lúa chính là Đồng bằng Sông Cửu Long diện tích 3,79 triệu ha
chiếm 50% sản lƣợng và Đông bằng Sông Hồng diện tích 1,18 triệu ha 17%
sản lƣợng.[2]
1.2. Chỉ thị phân tử
1.2.1 Khái niệm
Trong một vài thập kỷ vừa qua, chúng ta đã chứng kiến sự phát triển
vƣợt bậc của công nghệ sinh học, đặc biệt là quá trình phát triển nhanh chóng
trong lĩnh vực di truyền học phân tử đã cho ra đời nhiều kỹ thuật phân tích
biến dị di truyền đạt kết quả cao. Trong đó, chỉ thị phân tử đƣợc xem là công
cụ rất hiệu quả để đánh giá đa dạng sinh học phục vụ công tác chọn giống cây
trồng [6].
Chỉ thị phân tử có thể hiểu đơn giản chúng nhƣ những “cột mốc” nằm
trên trình tự ADN trong hệ gen. Sự hiện diện của các cột mốc và khoảng cách
tƣơng đối giữa chúng phản ánh mức độ biến dị giữa các cá thể, giống, loài
trong một quần thể. Sinh vật có khả năng nhân bản ADN của chúng với độ
chính xác cao nhƣng có nhiều cơ chế xảy ra có thể làm thay đổi cấu trúc
ADN, đơn giản nhƣ sự thay đổi bắt cặp hoặc phức tạp hơn nhƣ sự đảo đoạn,
chuyển đoạn hoặc mất đoạn… Do đó chỉ thị phân tử đƣợc xem là công cụ cực
kì hiệu quả trong việc đánh giá tính đa dạng sinh học phục vụ cho công tác
nghiên cứu di truyền và chọn giống cây trồng.

4


Chỉ thị phân tử cho phép xác định đƣợc các đặc điểm trực tiếp của kiểu
gen thông qua việc xác định trình tự nhất định của gen hoặc các trình tự liên
kết chặt với các gen mang tính trạng mong muốn. Bằng việc sử dụng các chỉ
tiêu phân tích trực tiếp kiểu gen trên, con ngƣời đã đi thẳng vào bản chất di
truyền của các tính trạng, khắc phục đƣợc ảnh hƣởng của các yếu tố môi
trƣờng, theo dõi và phát hiện các gen mong muốn, sự biến đổi của chúng qua
các thế hệ ngay cả khi chƣa có sự biểu hiện ra kiểu hình.
1.2.2. Phân loại chỉ thị
Trƣớc kia, khi số lƣợng các chỉ thị di truyền còn rất hạn chế, ngƣời ta phân
loại chỉ thị di truyền thành 2 nhóm. Đó là:
1/Chỉ thị hình thái
2/Chỉ thị phân tử
Tuy nhiên, từ cuối thế kỷ 20, khi mà chỉ thị ADN ngày càng trở nên phổ
biến và lấn át các chỉ thị di truyền khác, ngƣời ta phân loại lại chỉ thị di truyền
thành 3 nhóm cụ thể:
1/Chỉ thị hình thái
2/Chỉ thị hóa sinh
3/Chỉ thị phân tử ADN (hay gọi tắt là chỉ thị phân tử).
1.2.2.1 Chỉ thị hình thái
Chỉ thị hình thái là loại chỉ thị có thể nhìn thấy hoặc đo đếm đƣợc.
Những tính trạng hình thái thƣờng do những gen đơn lẻ điều khiển. Một số
kiểu hình đột biến nhƣ bệnh bạch tạng, siêu lùn hay những ảnh hƣởng có hại
về mặt nông học là những đặc tính cần phải nhận biết và loại bỏ trong chƣơng
trình chọn giống. Chỉ thị hình thái thƣờng dễ nhận biết ở dạng trội - lặn. Biểu
hiện của chúng phụ thuộc rất nhiều vào giai đoạn sinh trƣởng phát triển của cá
thể. Việc lập bản đồ gen và chọn lọc nhờ marker hình thái nhƣ vậy sẽ rất
chậm. Số lƣợng marker quá ít và chỉ có ở quy mô hình thái (cơ quan). Vì thế

5


cho đến nay các nhà chọn giống ít sử dụng loại chỉ thị này mà chuyển sang sử
dụng các chỉ thị sinh hoá và chỉ thị phân tử ADN [3].
1.2.2.2. Chỉ thị sinh hóa
Chỉ thị sinh hoá là loại chỉ thị cơ bản, đa hình protein bao gồm chỉ thị
isozym và các loại protein dự trữ. Các protein khác nhau có khối lƣợng phân
tử và điểm đẳng điện khác nhau, vì vậy chúng có thể di chuyển với tốc độ
khác nhau trong điện di trƣờng một chiều hay hai chiều tạo ra những đặc điểm
đặc trƣng trên gen điện di và có thể hiển thị bằng phƣơng pháp nhuộm.
Những chỉ thị sinh hoá chỉ thể hiện ở những giai đoạn khác nhau của quá trình
phát triển cá thể tuỳ thuộc vào cơ chế phức tạp của sự đóng mở gen. Cơ chế
này cũng đƣợc điều khiển bởi vật chất di truyền là ADN. Bất kỳ một protein
nào có mặt trong cơ thể sinh vật dù ở giai đoạn nào của sự phát triển cá thể thì
cũng chỉ là sản phẩm của gen thông qua dòng thông tin di truyền từ ADN ARN - Protein [4].
Chỉ thị protein và isozym thuộc loại đồng trội, có độ tin cậy cao. Tuy
nhiên do có số lƣợng ít và sự biểu hiện của chúng phụ thuộc vào giai đoạn
sinh trƣởng và phát triển của cá thể, nên các chỉ thị protein và isozym đƣợc
ứng dụng tƣơng đối hạn chế.
1.2.2.3 Chỉ thị phân tử ADN
Bert Collard & David Mackill đã trình bày về chọn lọc dựa trên chỉ thị
phân tử, dựa trên cơ sở khoa học là tất cả cơ quan sống đƣợc hình thành từ
các tế bào đƣợc điều khiển bằng vật liệu di truyền gọi là ADN. Chỉ thị phân tử
không xem xét nhƣ các gen bình thƣờng khi chúng không có ảnh hƣởng sinh
học mà xem xét nhƣ các mốc điểm trong hệ gen. Chúng ta có thể nhận biết
trình tự ADN truyền đạt di truyền từ thế hệ này sang thế hệ khác dựa vào
kiểm tra ADN phản ảnh đƣợc chỉ thị hình thái. ADN là cơ sở nhận biết các
tính trạng bằng chỉ thị sinh hóa là cơ sở gen tạo ra protein, số marker này có

6


thể dò tìm toàn bộ genom và thông tin cung cấp cho nhà tạo giống phụ thuộc
vào marker sử dụng, mỗi marker có ƣu và nhƣợc điểm khác nhau[15].
Trong thực tế, số lƣợng các chỉ thị ADN là rất lớn. Cây trồng có
khoảng 108 - 1010 nucleotit trong ADN tổng số. Chỉ thị phân tử ADN là những
chỉ thị có bản chất là đa hình ADN. Về mặt nguyên tắc, một chỉ thị ADN lý
tƣởng là chỉ thị thoả mãn các yêu cầu sau: Bản chất cho đa hình cao, di truyền
đồng trội, xuất hiện nhiều trong gen, tập tính chọn lọc trung tính, dễ tiếp cận,
phân tích nhanh và dễ dàng. Tuy nhiên, gần nhƣ không thể tìm đƣợc một chỉ
thị phân tử hoàn hảo nào có thể thoả mãn tất cả những điều kiện trên.
Ƣu điểm của chỉ thị ADN so với chỉ thị hình thái và chỉ thị sinh hoá là:
 Đo lƣờng trực tiếp các vật liệu di truyền
 Có nhiều chỉ thị trong quần thể
 Đo lƣờng không chi phối ảnh hƣởng của môi trƣờng và ảnh hƣởng
có tính chất phát triển.
Chỉ thị phân tử đƣợc chia làm 3 loại chính:
- Chỉ thị dựa trên cơ sở lai ADN: chỉ thị RFLP
- Chỉ thị dựa trên nguyên tắc nhân bội ADN bằng PCR: RADP, AFLP,
SNP, STS, RGA)
- Chỉ thị dựa trên cơ sở những chuỗi có trình tự lặp lại. Nhóm chỉ thị
này thực ra cũng dựa trên cơ sở nhân bội ADN nhƣng do chúng có bản chất là
chuỗi lặp lại nên có thể xếp chung vào một nhóm riêng (tiểu vệ tinh, SSR).
 Chỉ thị dựa trên cơ sở lai ADN
 RFLP marker (Restriction Fragment Length Polymorphism – Đahình
chiều dài đoạn phân cắt)
Chỉ thị RFLP đƣợc di truyền đơn giản theo quy luật Menden. Trong kỹ
thuật RFLP, enzym giới hạn đƣợc sử dụng để cắt ADN genom thành nhiều

mảnh ADN có độ dài khác nhau. Qua quá trình tiến hóa, trong phạm vi trình

7


tự nhận biết của một loại enzym giới hạn có thể xảy ra sự tái sắp xếp ADN,
các đột biến điểm, sự thêm hoặc mất đoạn ADN, điều này tạo nên sự đa hình
giữa các cá thể và có thể phát hiện đƣợc đa hình này khi sử dụng kỹ thuật
RFLP.
Các chỉ thị RFLP đƣợc sử dụng đầu tiên trong việc lập bản đồ di truyền
và đến nay vẫn đƣợc sử dụng rộng rãi trong nghiên cứu về genom nhờ những
ƣu điểm của nó. Chỉ thị này đƣợc các nhà di truyền học lần đầu tiên giới thiệu
trong nghiên cứu lập bản đồ các gen liên quan đến bệnh của ngƣời [9].
Các đa hình RFLP sinh ra bởi các đột biến tự nhiên ở những điểm cắt
enzym giới hạn trong ADN bộ gen, ví dụ nhƣ đảo đoạn, thêm đoạn, mất đoạn,
hoặc mất đi hay thêm vào của một hay nhiều nucleotit khác nhau tuỳ thuộc
vào đặc điểm riêng biệt của mỗi giống, loài, thậm chí mỗi cá thể. Mỗi một
loài sinh vật có một bộ ADN genom đặc hiệu trong cấu trúc, vì vậy khi sử
dụng những enzym giới hạn để cắt phân tử ADN của hệ gen, ngƣời ta có thể
nhận biết những đoạn ADN có chiều dài khác nhau bằng kỹ thuật lai ADN
với những mẫu dò. Đây là nguyên lý của kỹ thuật đa hình chiều dài các mảnh
phân cắt giới hạn RFLP.
 Chỉ thị dựa trên cơ sở nhân bội ADN
Phản ứng chuỗi trùng hợp (Polymerase chain reaction - PCR) đƣợc
Kary Mullis và ctv phát minh năm 1985. Với một tiềm năng to lớn, phƣơng
pháp này đã nhanh chóng đƣợc sử dụng ở hầu hết các phòng thí nghiệm trên
toàn thế giới.
Tuỳ theo bản chất của mỗi đoạn mồi sử dụng mà có những hệ thống chỉ
thị đặc trƣng gồm chỉ thị RAPD, SSR, AFLP…
 Chỉ thị RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)

Chỉ thị RAPD là sự khuếch đại ngẫu nhiên các đoạn ADN genom với
những nhóm mồi đơn (khoảng 6-10 nucleotide) [22].

8


Sự đa hình phát hiện đƣợc khi sử dụng kỹ thuật RAPD có thể là do
sự thay đổi bazơ nucleotit ở vị trí gắn mồi, hoặc sự thêm hay mất
nucleotit nằm trong vùng khuếch đại. Do đó, đa hình RAPD thƣờng là
trội, biểu hiện sự có mặt hay vắng mặt của 1 sản phẩm khuếch đại từ một
locut đơn. Ƣu điểm chính của chỉ thị này là không đòi hỏi thông tin về
trình tự ADN, kỹ thuật đơn giản, chi phí thấp và nhiều chỉ thị có thể
đƣợc phân tích trong một thời gian ngắn. Chúng đƣợc sử dụng nhƣ
những chỉ thị phân tử để xác định liên kết gen kiểm soát hoặc có liên
quan đến một tính trạng nào đó ở cây trồng. Do vậy, kỹ thuật này đƣợc
sử rộng rãi trong việc lập bản đồ di truyền, phân tích và xác định mối
quan hệ thân thuộc giữa các thứ cây trồng hay giữa các cá thể đ ể phục vụ
trong công tác lai tạo hoặc phân loại. Nhƣợc điểm của phƣơng pháp này
là RAPD thƣờng là các chỉ thị trội cho nên khi các sản phẩm đƣợc
khuếch đại có kiểu dị hợp tử thì không thể phân biệt đƣợc. Ngoài ra, độ
nhạy và độ tin cậy của RAPD còn phụ thuộc vào điều kiện phản ứng [2].
 Chỉ thị AFLP (Aplified Fragment Length Polymorphism)
Loại chỉ thị này đƣợc sử dụng rộng rãi trong những nghiên cứu lập bản
đồ gen và xác định chỉ thị phân tử liên kết gen. Kỹ thuật tạo ra loại chỉ thị này
đƣợc gọi là nhân bội chọn lọc những mảnh cắt giới hạn (Selective Restriction
Fragment Amplification = SRFA). Phƣơng pháp linh hoạt này có thể phát
hiện đƣợc sự có mặt của những mảnh cắt giới hạn trong bất kỳ loại ADN nào.
Kỹ thuật AFLP có thể tạo ra số lƣợng chỉ thị di truyền nhiều nhất so
với các kỹ thuật khác đối với mỗi tổ hợp mồi. Lƣợng ADN tổng số tiêu tốn
cho kỹ thuật này rất ít. Đây là một phƣơng pháp có hiệu quả cao trong nghiên

cứu đa dạng di truyền, tìm chỉ thị liên kết và lập bản đồ gen. Tuy nhiên, hạn
chế của loại chỉ thị này là chỉ thị di truyền trội, không có khả năng phân biệt
giữa thể đồng hợp tử và dị hợp tử, giá thành cho nghiên cứu tƣơng đối cao.

9


 Chỉ thị SNP (Single nucleotide polymorphism)
SNP là những biến dạng của chuỗi trình tự ADN đƣợc tìm thấy với tần
suất cao nhất trong genom ngƣời. Theo phân tích chi tiết chuỗi trình tự của
những phần nào đó trong genom, ADN từ hai cá thể khác nhau phần lớn đều
giống nhau với số cặp bazơ khác biệt nhau nằm ở trong khoảng cho phép 5001000bp. Một cặp bazơ ở một vị trí nào đó sẽ biểu thị sự khác nhau của cá thể
có tính chất phổ biến, và một cặp bazơ khác là biến dị, ít phổ biến hơn ở cùng
một vị trí. Nếu cặp bazơ ít phổ biến hơn xuất hiện nhỏ hơn 1% trong quần thể,
ngƣời ta định nghĩa vị trí cặp bazơ đó là một SNP. Hiện nay, ngƣời ta đã công
bố 3 triệu SNP trong genom ngƣời, nhiều hơn bất cứ chỉ thị phân tử nào đã
đƣợc công bố trƣớc đó. Kỹ thuật SNP đƣợc áp dụng vào đầu những năm
2000, từ genom ngƣời cho đến genome các sinh vật khác nhƣ cây
Arabidopsis, cây lúa.
SNP có những ƣu điểm nổi bật sau:
- SNP có tính chất “diallelic” trong quần thể và tần suất alen của nó có
thể đƣợc ƣớc đoán dễ dàng trong bất cứ quần thể nào, thông qua một loại xét
nghiệm kỹ thuật.
 Chỉ thị STS (Sequence Tagged Site)
STS là một đoạn ADN ngắn gồm khoảng 60-1000bp và có thể phát
hiện đƣợc bằng kỹ thuật PCR. Hai đoạn mồi đƣợc thiết kế dựa trên các trình
tự nucleotit đã biết giúp ta xác định đƣợc vùng ADN cần tìm kiếm.
Các đoạn mồi STS thƣờng chứa khoảng 20 nuleotit (dài hơn mồi của
RAPD) nên có tính đặc hiệu cao. Mỗi một STS đƣợc xác định tại một điểm
trên bản đồ nhƣ là một mốc trong genom. Ở cây lúa, các STS đƣợc coi nhƣ là

mốc chuẩn. Kỹ thuật này cũng rất thuận lợi cho việc nghiên cứu mối quan hệ
họ hàng giữa các loài [7].
 Chỉ thị RGA (Resistance Gene Analog)

10


Khi so sánh trình tự ADN của những gen kháng đã phân lập từ nhiều
loài thực vật khác nhau, các nhà khoa học đã thấy rằng những gen này có
chung những vùng lặp lại, ví dụ nhƣ vùng nhắc lại giàu leucin, vùng vị trí liên
kết nucleotit và vùng protein Kinaza[12].
Những vùng này đã đƣợc sử dụng trong việc xây dựng một kỹ thuật dựa
trên PCR, đó là kỹ thuật RGA. Bản chất của kỹ thuật RGA là những cặp mồi
ADN đƣợc xây dựng dựa vào những vùng bảo tồn nằm trong gen kháng. Bởi
vậy, sản phẩm “nhận dạng” ADN có thể là một vùng hoặc toàn bộ gen kháng.
Kỹ thuật RGA đã đƣợc dùng để tách, lập bản đồ gen kháng và mô tả đa dạng di
truyền [11].
 Chỉ thị dựa trên cơ sở những chuỗi có trình tự lặp lại
Chuỗi lặp lại có trật tự là những chuỗi có trình tự lặp lại một cách có
trật tự từ đầu đến cuối trong một hệ gen, thƣờng đƣợc gọi là ADN vệ tinh,
tiểu vệ tinh hay vi vệ tinh tùy thuộc vào số lƣợng bản sao của chúng trong hệ
gen và tính chất của chuỗi.
 Chỉ thị tiểu vệ tinh (Minisatellite)
Tiểu vệ tinh là loại chuỗi lặp lại nhiều lần, có đơn vị lặp lại gồm 6
nucleotit trở lên (thƣờng có khoảng 15 bp), bao phủ một vùng từ 0,5-3 kb.
Không giống nhƣ ADN vệ tinh, tiểu vệ tinh đƣợc tìm thấy ở những vùng nhiễm
sắc thể thực và thƣờng thay đổi nhiều về kích thƣớc.
Khi sử dụng những ADN tiểu vệ tinh làm mẫu dò có thể phát hiện đồng
thời nhiều alen. Chúng là những chỉ thị tốt cho những nghiên cứu đa hình ADN
cũng nhƣ lập bản đồ di truyền.

 Chỉ thị SSR:
Vi vệ tinh, hay ở thực vật còn gọi là Lặp lại trình tự đơn giản Simple
Sequence Repeats (SSR). Vi vệ tinh là loại chuỗi lặp lại nhiều lần có đơn vị
lặp lại gồm từ 6 nucleotit trở lên thƣờng vào khoảng 15bp), bao phủ một vùng

11


từ 0,5 đến 30 kb. Không giống nhƣ ADN vệ tinh, vi vệ tinh đƣợc tìm thấy ở
những vùng nhiễm sắc của hệ gen và thƣờng thay đổi rất nhiều về kích thƣớc [25].
Những chỉ thị vi vệ tinh đã đƣợc ứng dụng khá thành công từ năm 1995
đến nay. Nó đƣợc dùng để phát hiện các bệnh ung thƣ thƣờng gặp trên ngƣời.
Nó cũng đƣợc dùng để phát hiện các gen có ích trong thực vật, sự liên hệ về
huyết thống. SSR đã đƣợc nghiên cứu lần đầu tiên trên ngƣời [13], cho đến
nay nó đƣợc tìm thấy trong các hệ gen của cơ thể Eukaryot khác nhƣ các gia
cầm, động vật có vú, cá và trên các loài cây một lá mầm và hai lá mầm.
Bản chất đa hình của SSR có thể đƣợc nhân ra do sự nhân bội từ ADN
tổng số của hệ gen nhờ sử dụng hai đoạn mồi bổ trợ với trình tự gần kề hai
đầu của vùng lặp lại. Giá trị của SSR là sinh ra đa hình từ nhiều vùng tƣơng
ứng, bao phủ rộng khắp hệ gen và có bản chất đồng trội, dễ dàng phát hiện
bằng PCR. Những chuỗi đa hình đơn giản này đã đƣợc ứng dụng trong việc
lập bản đồ ở động vật và thực vật. Vùng có ADN lặp lại thƣờng kém ổn định
hơn so với các vùng khác, do đó ở các cá thể khác nhau, trình tự đó đƣợc lặp
lại với số lần khác nhau. Nhƣ vậy vùng “vi vệ tinh” thƣờng có độ đa hình cao
hơn so với các vùng khác. Ngƣời ta lợi dụng đặc điểm này để thiết kế mồi
SSR nằm ở 2 đầu gần kề với đoạn lặp lại.
1.3.

Ứng dụng chỉ thị phân tử trong nghiên cứu đa dạng di truyền
Một trong những ứng dụng của chỉ thị phân tử trong chọn giống là phân

tích tính đa dạng di truyền. Dựa vào chỉ thị phân tử có thể xác định tính đa
dạng di truyền giữa các giống, các loài, giữa các cá thể trong cùng loài...
Những chỉ thị phân tử phản ánh những thay đổi có thể di truyền trong trình tự
chuỗi ADN ở cả những vùng mã hóa và không mã hóa. Bởi vậy nó cung cấp
những công cụ hữu hiệu cho việc nghiên cứu đa dạng di truyền giúp cho việc
khám phá sự biến đổi loài và mối quan hệ chủng loại phát sinh giữa các quần
thể và giữa các loài.

12


Không chỉ có vậy, nghiên cứu đa dạng di truyền còn giúp đánh giá
nguồn tài nguyên di truyền của các tập đoàn giống cây trồng, vật nuôi, giúp
cho việc sử dụng nguồn tài nguyên di truyền hiệu quả hơn. Đặc biệt, nghiên
cứu đa dạng di truyền có thể giúp tiên đoán khả năng cho ƣu thế lai giữa các
cặp bố mẹ. Cặp bố mẹ nào có khoảng cách di truyền xa hơn thƣờng sẽ cho ƣu
thế lai lớn hơn.
 Lập bản đồ phân tử
Một trong những ứng dụng quan trọng của chỉ thị phân tử là lập bản đồ
di truyền. Bản đồ di truyền hiện đại đƣợc thiết lập dựa trên cơ sở các loại chỉ
thị phân tử ADN (các chỉ thị RFLP, STS, SSR, RAPD, AFLP...). Trong quá
trình giảm phân, các gen trên cùng nhiễm sắc thể (NST) thƣờng đƣợc phân ly
cùng nhau nhƣ một nhóm liên kết gen. Tuy nhiên, sự liên kết này không hoàn
toàn do kết quả của quá trình trao đổi chéo giữa các NST tƣơng đồng. Kết quả
của hiện tƣợng này là sự tái tổ hợp giữa các gen trong một cặp NST. Tần số
trao đổi chéo giữa hai gen nào đó phản ánh khoảng cách tƣơng đối giữa
chúng. Nhƣ vậy bản đồ di truyền của NST biểu thị vị trí tƣơng đối của các
gen. Sự liên kết của những gen nằm trên cùng một NST đƣợc trình bày thành
một bản đồ liên kết hay bản đồ NST thể hiện trình tự tuyến tính của các gen

dọc theo NST với khoảng cách giữa các gen liền kề tỉ lệ thuận với tần số tái tổ
hợp giữa chúng. Đơn vị khoảng cách trong bản đồ liên kết đƣợc coi là đơn vị
bản đồ, nó đƣợc xác định bằng phần trăm (%) tần số tái tổ hợp, trong đó 1cM
tƣơng đƣơng với 1% tái tổ hợp. Bản đồ di truyền hiện đại đƣợc lập trên cơ sở
sự liên kết giữa các chỉ thị phân tử với các gen kiểm soát các tính trạng
nghiên cứu. Sự có mặt của gen quan tâm trong các cá thể đƣợc biểu hiện ở
kiểu hình. Các chỉ thị ADN đồng phân ly với các gen là những chỉ thị liên kết
gen. Khoảng cách giữa các chỉ thị và gen đƣợc thể hiện bằng tần số tái tổ hợp
giữa chúng.

13


1.4. Tình hình nghiên cứu trong và ngoài nƣớc
1.4.1. Tình hình nghiên cứu ngoài nước:
Ngày nay Công nghệ sinh học trên thế giới đang ngày càng phát triển,
cùng với đó việc nghiên cứu chọn tạo những giống lúa có năng suất cao đã có
những bƣớc tiến rõ rệt.
Việc sử dụng chỉ thị phân tử trong nghiên cứu di truyền và phục vụ cho
công tác chọn giống cây trồng đang đƣợc nhiều phòng thí nghiệm trên thế
giới triển khai rộng rãi.
Các nhà khoa học ở Trƣờng ĐHTH Cornel (Mỹ) là những ngƣời đầu
tiên định vị hàng loạt các chỉ thị phân tử RFLP trên bản đồ di truyền ở lúa.
Trong chƣơng trình genom lúa do Nhật chủ trì, các nhà khoa học đã phát hiện
và tách dòng hơn 3000 đoạn ADN bổ trợ. Đến nay đã có khoảng chục nghìn
chỉ thị phân tử SSR (vi vệ tinh) ở lúa đã đƣợc phát hiện và thiết kế, trong đó
có nhiều chỉ thị liên kết với gen có ý nghĩa kinh tế quan trọng [14].
Ứng dụng chỉ thị phân tử trong nghiên cứu di truyền lúa đã đƣợc các
nhà khoa học trên thế giới tập trung nghiên cứu. Cho đến nay, hàng nghìn
QTL/gen liên kết với hầu hết các tính trạng ở lúa đã đƣợc xác định. Trong đó

nhiều QTLs/gen quy định tính trạng có ý nghĩa kinh tế quan trọng đã đƣợc
xác định lập bản đồ và ứng dụng trong cải tiến giống. Hiện nay có khoảng 27
QTL/gen kháng bệnh bạc lá, 30 QTL/gen kháng đạo ôn, 27 gen kháng rầy nâu
và một số QTL kháng đạo đã đƣợc phát hiện [5], [24].
Ngoài ra các QTL/gen quy định năng suất và yếu tố cấu thành năng
suất, gen thơm của giống Jasmin, gen điều khiển tính trạng hạt dài, gen điều
khiển thời gian sinh trƣởng và nhiều gen và QTL có liên quan đến các tính
trạng khác của cây lúa nhƣ chịu hạn, chịu mặn, chịu độc nhôm, chịu thiếu
phốt-pho, bất dục đực nhân nhậy cảm quang chu kỳ, nhiệt độ, gen tƣơng hợp
rộng... cũng đƣợc phát hiện hay đƣợc lập bản đồ phân tử để đƣa vào sử dụng

14


trong chọn giống. Ngoài ra, ứng dụng chỉ thị phân tử thông qua việc đánh giá
đa dạng di truyền và khoảng cách di truyền, chỉ thị phân tử còn giúp các nhà
chọn giống xác định gián tiếp các cặp lai có khả năng cho ƣu thế lai [4], [5].
Viện nghiên cứu Lúa Quốc tế (IRRI) đã thành công trong việc ứng
dụng chỉ thị phân tử và phƣơng pháp lai trở lại để chuyển QTL/gen chịu ngập
(Sub1), chịu mặn (Saltol), chịu hạn trên cùng 1 giống lúa IR64 nhƣng không
làm thay đổi tính trạng của giống gốc.
Yếu tố cấu thành năng suất ở lúa là một tính trạng phức hợp gồm: Số
bông trên khóm, số hạt trên bông và trọng lƣợng nghìn hạt. Chọn giống nhờ
chỉ thị phân tử là phƣơng pháp thiết thực, hiệu quả trong việc chuyển locut
gen quy định tính trạng di truyền số lƣợng (QTL) hay gen vào giống mới. Sử
dụng chỉ thị phân tử ADN cho phân tích di truyền và những tính trạng nông
học quan trọng, yếu tố cấu thành năng suất là một công cụ rất hiệu quả trong
chọn giống lúa.
Việc ứng dụng chỉ thị phân tử vàò nghiên cứu các tính trạng cấu thành
năng suất đang thể hiện những ƣu thế hơn hẳn so với các phƣơng pháp nghiên

cứu truyền thống.
Một trong những ứng dụng quan trọng của chỉ thị phân tử là xác định
chỉ thị phân tử liên kết QTL/gen và lập bản đồ QTL/gen. Với sự ra đời của
hàng loạt các kỹ thuật chỉ thị phân tử đã cho phép xác định những QTL liên
kết đến các tính trạng nông sinh học, yếu tố cấu thành năng suất. Trong
nghiên cứu xác định chỉ thị phân tử và lập bản đồ QTL/gen điều khiển một
tính trạng năng suất hay yếu tố cấu thành năng suất. Đây là một việc làm khó
vì năng suất hay yếu tố cấu thành năng suất là tính trạng di truyền số lƣợng,
nó là tổ hợp tính trạng nhƣ: số hạt chắc trên bông, số bông trên khóm, khối
lƣợng nghìn hạt. Những nằm gần đây, nhiều QTL/gen quy định tính trạng cấu
thành năng suất đã đƣợc xác định trên rất nhiều các quần thể từ các tổ hợp lai

15


giữa giống hay các loài phụ. QTL/gen năng suất và yếu tố cấu thành năng suất
đƣợc xác định trên tất cả các nhiễm sắc thể của lúa. Ở đây chúng tôi tập hợp
lại những kết quả xác định QTL/gen liên kết năng suất và yếu tố cấu thành
năng suất trên cây lúa.
Nhiễm sắc thể số 1: Các nhà khoa học trên thế giới đã xác định đƣợc
nhiều tính trạng liên quan đến năng suất trên nhiễm sắc thể số 1 nhƣ: Ba QTL
quy định tính trạng khối lƣợng nghìn hạt tại vị trí gần chỉ thị phân tử RM283RM259 [20], và RG810-RG331 [18]. Một QTL liên kết tính trạng số hoa trên
bông tại vị trí chỉ thị phân tử RM1-RM490 và một QTL liên kết tính trạng số
hạt chắc trên bông đã đƣợc xác định từ tác giả [20] tại vị trí giống QTL liên
kết tính trạng khối lƣợng nghìn hạt RM283-RM259. Một QTL liên kết tính
trạng tỷ lệ đậu hạt tại vị trí RM265-RM315 [20]. Vị trí chỉ thị phân tử RZ730RZ810, một QTL cho tính trạng số bông trên khóm cũng đã đƣợc xác định
[18]. Locut quy định trực tiếp với tính trạng năng suất đƣợc xác định tại vị trí
gần RM230-RM532 [18].
Nhiễm sắc thể số 2: QTL quy định khối lƣợng nghìn hạt đƣợc xác định từ
các tác giả khác nhau với cùng vị trí chỉ thị phân tử RM240-RM266 [20]. Ba

QTL liên kết tính trạng tổng số hạt trên khóm, tại các vị trí gần tâm động [20],
vị trí chỉ thị RM263 [10] và vị trí chỉ thị RZ123-RZ446 [22]. Một QTL quy
định tính trạng tỷ lệ đậu hạt đƣợc xác định từ bốn tác giả tại vị trí chỉ thị phân
tử RZ123-RZ446 trên vai dài của nhiễm sắc thể số 2 [18]. Hai QTL quy định
tính trạng số bông trên khóm đƣợc xác định tại vị trí gần tâm động [18]. Hai
QTL liên kết tính trạng năng suất đƣợc xác định gần tâm động [20] và nằm
trên vai dài của nhiễm sắc thể 2 [18].
Nhiễm sắc thể số 3: Một số tác giả đã xác định QTL liên kết tính trạng
khối lƣợng nghìn hạt trên nhiễm sắc thể số 3. Một trong số đó là QTL đƣợc
xác định tại vị trí tâm động [20], tác giả Li và cs. (2004) đã lập bản đồ QTL

16


liên kết tính trạng khối lƣợng nghìn hạt với khoảng cách 98kb. QTL thứ hai
đƣợc xác định trên nhiễm sắc thể số 3 tại vị trí chỉ thị phân tử RM16-RM168
[18]. QTL thứ ba đƣợc xác định trên vai ngắn [20]. Hai QTL liên kết tổng số
hạt trên bông trên vai dài của nhiễm sắc thể 3 [20]. Một QTL liên kết số hạt
trên bông [20]. Gần chỉ thị phân tử RM282, một QTL cho số hạt chắc trên
bông cũng đƣợc xác định. Bốn QTL liên kết số bông trên khóm đƣợc xác định
tại vai dài [22], RZ598-RM16[20]. QTL quy định năng suất cũng đƣợc xác
định trên vai dài [20].
Nhiễm sắc thể số 4: Ba QTL/gen liên kết với tính trạng khối lƣợng nghìn
hạt đƣợc các nhà khoa học xác định hai QTL tại vị trí gần chỉ thị phân tử
CDO244-RG864 [22] và một tại vị trí RG143 [10]. Hai QTL quy định tổng số
hạt trên cây đƣợc xác định tại vị trí RM303-RM317 [22]. Ba QTL quy định
tính trạng số bông trên khóm đƣợc xác định bởi các tác giả [21]. Hai QTL quy
định tính trạng năng suất tại vị trí gần tâm động [22], một tại vị trí RG214RG620 [10].
Nhiễm sắc thể số 5: Hai QTL quy định tính trạng năng suất đƣợc xác
định trên nhiễm sắc thể số 5, gần tâm động liên kết chỉ thị RZ296 [22], và

RM26-C147 [10]. Hai QTL quy định tính trạng khối lƣợng nghìn hạt liên kết
chỉ thị phân tử RG360-R3166 trên vai ngắn, và tại RG13-RG470 [20].
Bốn QTL quy định tính trạng tỷ lệ đậu hạt đƣợc xác định liên kết chỉ thị
phân tử RZ390-RM153 [20], RZ296 [22]. Ba QTL quy định số bông trên
khóm liên kết chỉ thị phân tử RG360-RG9, và C734B, nằm trên vai dài tại vị
trí CDO1083 [22].
Nhiễm sắc thể số 6: Ba QTL quy định tính trạng khối lƣợng nghìn hạt
đƣợc xác định một tại vị trí R2869-C226A [22], một tại C751A-RZ667, và
một tại R2549-C962 . Ba QTL quy định tính trạng số hạt trên bông đƣợc xác
định tại vị trí trên vai ngắn của nhiễm sắc thể số 6, liên kết với chỉ thị phân tử

17