Sử dụng một số chỉ thị phân tử trong nghiên cứu tiến hóa các loài mang (muntiacinae) ở việt nam nhằm phục vụ bảo tồn

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI
TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN
----------------

NGUYỄN VĂN THÀNH

SỬ DỤNG MỘT SỐ CHỈ THỊ PHÂN TỬ TRONG
NGHIÊN CỨU TIẾN HÓA CÁC LOÀI MANG
(MUNTIACINAE) Ở VIỆT NAM NHẰM
PHỤC VỤ BẢO TỒN

LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC

HÀ NỘI - 2015


ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI

TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN
----------------

NGUYỄN VĂN THÀNH

SỬ DỤNG MỘT SỐ CHỈ THỊ PHÂN TỬ TRONG
NGHIÊN CỨU TIẾN HÓA CÁC LOÀI MANG
(MUNTIACINAE) Ở VIỆT NAM NHẰM
PHỤC VỤ BẢO TỒN

Chuyên ngành

: Di truyền học

Mã số

: 60420121

LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC
Cán bộ hướng dẫn:

TS. Lê Đức Minh
PGS. TS. Nguyễn Thị Hồng Vân

HÀ NỘI - 2015


LỜI CẢM ƠN

Để hoàn thành tốt luận văn này, tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới TS.
Lê Đức Minh cùng PGS. TS. Nguyễn Thị Hồng Vân, là những người đã trực tiếp
hướng dẫn và nhiệt tình chỉ bảo tôi trong suốt quá trình học tập và nghiên cứu.
Thầy cô đã cho tôi rất nhiều kiến thức về chuyên môn cũng như bồi đắp niềm
đam mê, tính sáng tạo trong quá trình nghiên cứu. Bên cạnh đó, tôi cũng muốn
bày tỏ lòng biết ơn chân thành tới các thầy cô giáo của Bộ môn Di truyền học,
Khoa Sinh học, Trường Đại học Khoa học Tự nhiên đã tạo điều kiện thuận lợi và
động viên tôi trong quá trình học tập tại bộ môn, đã tạo điều kiện thuận lợi về
trang thiết bị và cơ sở vật chất cho tôi trong quá trình học tập và thực hiện luận
văn.
Đồng thời tôi cũng gửi lời cám ơn chân thành tới các cán bộ thuộc Trung
tâm Nghiên cứu Tài nguyên và Môi trường, Đại học Quốc gia Hà Nội; cùng các
bạn đồng nghiệp đã giúp tôi thu thập, phân loại các mẫu vật quý giá để sử dụng
trong nghiên cứu này.

Cuối cùng, tôi muốn gửi lời cám ơn chân thành tới gia đình, người thân,
bạn bè, những người đã luôn ở bên cổ vũ và động viên tôi vượt qua mọi khó
khăn trong quá trình học tập và nghiên cứu.
Hà Nội, tháng 06 năm 2015
Học viên

Nguyễn Văn Thành


MỤC LỤC:
DANH MỤC KÝ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮT

i

DANH MỤC CÁC HÌNH

ii

DANH MỤC CÁC BẢNG

iii

MỞ ĐẦU

1

CHƯƠNG 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU

2

1.1. Tổng quan về nhóm Mang

2

1.1.1 Nhóm Mang trên thế giới

2

1.1.2 Nhóm Mang ở Việt Nam

4

2. Xây dựng cây phát sinh chủng loại dựa trên các chỉ thị phân tử

8

2.1. Phương pháp phân tử đánh giá đa dạng di truyền loài Mang sử dụng trong
nghiên cứu
8
2.2. Các phương pháp sử dụng để xây dựng cây loài phát sinh

10

2.3. Phân tích thời gian tiến hóa

13

2.4. Gen chỉ thị sử dụng trong phân tích

13

CHƯƠNG 2. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
1. Vật liệu nghiên cứu

16
16

1.1. Mẫu vật nghiên cứu

16

1.2. Hóa chất sử dụng trong nghiên cứu

16

1.3. Các cặp mồi sử dụng cho phản ứng PCR

17

1.4. Các thiết bị sử dụng cho nghiên cứu:

23

2. Phương pháp nghiên cứu

23

2.1. Tách chiết ADN tổng số

23

2.2. Phản ứng PCR

24

2.3. Điện di, tinh sạch và giải trình tự gen

26

2.4. Xây dựng cây phát sinh chủng loại và phân tích thời gian tiến hóa

27

CHƯƠNG 3. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN

31

1. Kết quả tách chiết ADN tổng số

31

2. Kết quả khuyếch đại gen bằng phản ứng PCR

32

3. Kết quả giải trình tự

34

4. Kết quả xây dựng cây phát sinh chủng loại

35


4.1. Nhánh A - Nhánh Mang Ấn Độ

36

4.2. Nhánh B

36

5. Kết quả phân tích thời gian tiến hóa
KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ

42
45

KẾT LUẬN

45

KIẾN NGHỊ

46

TÀI LIỆU THAM KHẢO

47

TÀI LIỆU TIẾNG VIỆT

47

TÀI LIỆU TIẾNG ANH

47


DANH MỤC KÝ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮT
Từ viết tắt

Nghĩa tiếng Anh

Nghĩa tiếng Việt

ADN

Deoxyribo nucleic acid

Axit deoxyribonucleic

bp

base pair

Cặp bazơ nitơ

EDTA

Ethylen Diamine Tetraacetic Acid

Axit ethylen diamin tetraaxetic

kb

kilobase(=1000bp)

Kilo bazơ

ML

Maximum Likelyhood

Hợp lý tối đa

MP

Maximum Parsimony

Tiết kiệm tối đa

mtDNA

mitochondrial DNA

Hệ gen ty thể

OD

Optical Density

Mật độ quang học

PCR

Polymerase Chain Reaction

Phản ứng chuỗi trùng hợp

rcf

relative centrifugal force

Lực ly tâm tương đối

nR

Number of root tree

Số cây có gốc

nU

Number of unroot tree

Số cây không gốc

unweighted pair group with

unweighted pair group with

arithmetic mean

arithmetic mean

UPGMA

i


DANH MỤC CÁC HÌNH

Hình 1.

Mang Ấn Độ (M. vaginalis)

4

Hình 2.

Mang Vũ Quang (M. vuquangensis)

6

Hình 3.

Mang Trường Sơn (M truongsonensis)

7

Hình 4.

Bản đồ địa điểm các khu bảo tồn tiến hành thu mẫu

22

Hình 5.

Ảnh điện di ADN tổng số của một số mẫu xương trên gel
Agarose 1%, Marker 1kb

Hình 6.

Ảnh điện di ADN tổng số của một số mẫu da khô trên gel
Agarose 1%, Marker 1kb

Hình 7.

Ảnh điện di một số sản phẩm nhân phân đoạn gen cyt-b-1
(450bp) trên gel Agarose 1%, marker 100bp

Hình 8.

Ảnh điện di một số sản phẩm nhân phân đoạn gen cyt-b-2
(450bp) trên gel Agarose 1%, marker 100bp

Hình 9.

Ảnh điện di một số sản phẩm nhân phân đoạn gen ND4

(450bp) trên gel Agarose 1%, marker 100bp

Hình 10.

Ảnh điện di một số sản phẩm nhân phân đoạn gen G-fib
(450bp) trên gel Agarose 1%, marker 100bp

Hình 11.

Ảnh điện di sản phẩm PCR lần 1 và lần 2

Hình 12.

Tín hiệu bị nhiễu của các nucleotide đầu trong phản ứng
giải trình tự

Hình 13.

Cây phát sinh chủng loại thu được dựa trên dữ liệu gen
cytochrome b (1140bp) sử dụng phương pháp Bayesian

Hình 14.

31
31
32
32
33
33
33

34

38

Cây phát sinh chủng loại dựa trên dữ liệu kết hợp 3 gen
ty thể và 1 gen nhân (gồm 2431 bp, 218 vị trí có giá trị

41

thông tin) sử dụng phương pháp Bayesian, MP, ML
Hình 15.

Cây phát sinh chủng loại thể hiện thời gian tiến hóa của
nhóm Mang

ii

44


DANH MỤC CÁC BẢNG

Bảng 1.

Danh sách các loài Mang trên thế giới

3

Bảng 2.

Số lượng cây không gốc và có gốc với số lượng taxa

10

từ 2 - 10
Bảng 3.

Danh sách và thông tin mồi sử dụng cho nghiên cứu

17

Bảng 4.

Thông tin mã số ngân hàng gen các trình tự cùng tên

18

mẫu, địa điểm thu mẫu
Bảng 5.

Thành phần phản ứng PCR

25

Bảng 6.

Chu trình nhiệt phản ứng PCR

25

Bảng 7.

Khoảng cách di truyền giữa các mẫu Mang

40

Roosevelt dựa trên dữ liệu kết hợp 4 gen Cyt-b, ND4,
16S, G - fibrinogen
Bảng 8.

Khoảng cách di truyền của các mẫu Mang lớn

42

Bảng 9.

Địa điểm thu các mẫu Mang lớn

42

Bảng 10.

Khoảng thời gian tiến hóa của các vị trí trên cây tiến

43

hóa

iii

MỞ ĐẦU
Việt Nam được biết đến là một đất nước đa dạng cao về hệ sinh thái, sông ngòi,
cũng như hệ thống các loài động thực vật. Các vùng tự nhiên của Việt Nam có
nhiều loài và nhiều trong số đó không tìm thấy ở nơi khác trên thế giới. Các nghiên
cứu nhằm tìm kiếm các loài mới, đánh giá chi tiết về mức độ đa dạng của hệ thống
động thực vật ở Việt Nam đã và đang được tiếp tục thu hút sự quan tâm của các nhà
nghiên cứu. Tuy nhiên, vẫn còn rất nhiều loài ở Việt Nam chưa được nghiên cứu chi
tiết bởi nhiều khó khăn gặp phải trong quá trình nghiên cứu.
Cụ thể, trong 15 năm trở lại đây, năm loài Mang (Muntiacus) đã được tìm thấy
ở Việt Nam dưới dạng loài mới hoặc được xác nhận là có ở trong nước [7 , 12 , 42].
Mặc dù vậy, vẫn chưa có các nghiên cứu chi tiết, đánh giá phân bố, đa dạng di
truyền cũng như quan hệ tiến hóa giữa các loài Mang trên lãnh thổ Việt Nam. Điều
này một phần do tính quý hiếm, khó bắt gặp cùng tập tính nhút nhát của các loài
Mang. Ngoài ra, chúng đã được xếp vào hạng mục thiếu dữ liệu, sắp nguy cấp và
nguy cấp trong sách đỏ thế giới. Do đó, việc điều tra sử dụng các phương pháp
truyền thống có thể không đánh giá được chính xác mức độ đa dạng trong nhóm
này, vì những mẫu thu được từ điều tra thực địa hầu như không cho phép thực hiện
những nghiên cứu so sánh kỹ lưỡng về mặt hình thái. Trong khi đó, với sự phát
triển của sinh học phân tử trong những năm gần đây, những phương pháp sử dụng
ADN đã dần trở thành những công cụ hữu hiệu để điều tra tổng thể những loài khó
bắt gặp và có thể giúp làm sáng tỏ những mối quan hệ tiến hóa của những loài được
nghiên cứu. Trong hoàn cảnh này, việc nhận dạng sử dụng phương pháp thu mẫu
không trực tiếp dựa, và các chỉ thị phân tử ADN đối với các mẫu Mang hứa hẹn có
hiệu quả cao.
Vì vậy, chúng tôi thực hiện đề tài “Sử dụng một số chỉ thị phân tử trong
nghiên cứu tiến hóa các loài Mang (Muntiacinae) ở Việt Nam nhằm phục vụ
bảo tồn” với mục đích đánh giá cụ thể mức độ đa dạng, cũng như phân bố, cùng
mối quan hệ tiến hóa của các loài Mang ở Việt Nam.

1


CHƯƠNG 1. TỔNG QUAN TÀI LIỆU

1.1. Tổng quan về nhóm Mang
1.1.1 Nhóm Mang trên thế giới
Mang là một nhóm các loài thú móng guốc thuộc họ hươu nai Cervidae, phân
họ Muntiacinae, giống Muntiacus; nhóm này hiện nay trên thế giới cho đến nay,
dựa theo dữ liệu thu được của sách đỏ thế giới (The IUCN red list of threatended
species) được xác định có 13 loài (Bảng 1). Mang có cơ thể nhỏ, sống đơn độc hoặc
theo các nhóm nhỏ, môi trường sống của chúng thường là các khu rừng xanh nhiệt
đới ở châu Á với độ cao tương đối lớn. Rất nhiều loài Mang hiện đang bị đe dọa bởi
tình trạng săn bắn bất hợp pháp, cũng như tình trạng mất dần môi trường sống của
chúng [20 , 30].
Hiện nay, một vài loài Mang như Mang đen (Muntiacus crinifrons), Mang
Reeve (Muntiacus reevesi) đang được tập trung nghiên cứu, đánh giá [11 , 31 , 35].
Tuy nhiên, phần lớn các loài Mang khác đều chưa có các nghiên cứu cụ thể. Do đó,
thông tin về các loài này còn rất ít, thậm chí một số loài Mang đã không được phát
hiện cho đến cuối thế kỷ 20, đầu thế kỷ 21 (như Mang Roosevelt ở Việt Nam - Lào,
Mang Ghongshan ở tây nam Trung Quốc, Mang lớn ở vùng biên giới Việt Nam Lào) [30]. Loài Mang Roosevelt (M. rooseveltorum) từ sau khhi được mô tả năm
1932 rất hiếm khi được bắt gặp, cho đến năm 1999 được tái phát trở lại tại hiện tại
Lào, mặc dù vậy các mẫu tìm thấy chỉ là các mẩu xương nhỏ sọ [7]; và từ thời điểm
1999 cho đến nay chưa có công bố của nghiên cáo nào cho thấy sự xuất hiện của
loài này. Loài Mang Putao (M. putaoensis) được mô tả năm 1999 [6] có vùng phân
bố ở phía Bắc Myanmar có quan hệ rất gần với 2 loài Mang khác có khu phân bố ở
trong dãy Trường Sơn là Mang Trường Sơn (M. truongsonensis) và Mang
Roosevelt (M. rooseveltorum). Ba loài này có hình thái nhỏ và nhiều đặc điểm khá
giống nhau kể cả về quan hệ di truyền [6 , 23]. Mang vàng Borneo (Muntiacus

2


TÀI LIỆU THAM KHẢO
TÀI LIỆU TIẾNG VIỆT
1.
2.

3.

4.

Đinh Đoàn Long, Đỗ Lê Thăng (2009) Cơ sở di truyền học phân tử và tế
bào, Nhà xuất bản Đại học Quốc Gia Hà Nội.
Lê Đức Minh (2008), “Thuyết trình đề cương cơ bản : Nghiên Cứu Tiến Hóa
và Bảo Tồn của các Loài Mang (Cervidae: Muntiacinae) ở Việt Nam bằng
Phương Pháp Sinh Học Phân Tử”, pp. 1-15.
Lê Đức Minh, Dương Thúy Hà, Nguyễn Văn Thành, Nguyễn Mạnh Hà,
Đinh Đoàn Long, Đỗ Tước, Nguyễn Đình Hải (2013), “Phương pháp chiết
tách và nhân dòng DNA từ các mẫu mô động vật có chất lượng DNA thấp
phục vụ nghiên cứu đa dạng sinh học. ”, Tạp chí Sinh học 35 pp. 116 - 124.
Lê Đức Minh, Nguyễn Văn Thành, Dương Thúy Hà, Nguyễn Mạnh Hà,
Nguyễn Thị Hồng Vân, Nguyễn Đình Hải, Phạm Anh Tám, Đỗ Trọng Tước
(2014), “Đánh giá đa dạng di truyền các loài mang (Cervidae: Muntiacus) tại
khu bảo tồn thiên nhiên Xuân Liên”, Tạp chí Khoa học ĐHQGHN: Khoa học
Tự nhiên và Công nghệ, 30(4S), pp. 117-123.

TÀI LIỆU TIẾNG ANH
5.

6.

7.

8.

9.

10.
11.

Alexandre, H., Frederic, D., Anne, R., Catrin, H. (2011), “Pattern and timing
of diversification of Cetartiodactyla (Mammalia, Laurasiatheria), as revealed
by a comprehensive analysis of mitochondrial genomes”, Biologies, 335, pp.
32-50.
Amato, G., Egan, M. G., Rabinowitz, A. (1999), “A new species of muntjac,
Muntiacus putaoensis (Artiodactyla: Cervidae) from northern Myanmar”,
Animal Conservation, 2, pp. 1-7.
Amato, G., Egan, M. G., Schaller, G. B., Barker, R. H., Rosenbaum, H. C.,
and Robichaud, W. G. (1999), “Rediscovery of Roosevelts's Barking Deer
(Muntiacus roosevelttorum)”, Journal of Mammalogy, 80, pp. 639-643.
Birks, S. M. and Edwards, S.V. (2002), “A phylogeny of the megapodes
(Aves: Megapodiidae) based on nuclear and mitochondrial DNA sequences”,
Molecular Phylogenetics and Evolution, 23(3), pp. 408-421.
Brandley, M.C., Schmitz, A., Reeder, T.W. (2005. ), “Partitioned Bayesian
analyses, partition choice, and the phylogenetic relationships of scincid
lizards. ”, Syst. Biol. , 54, , pp. 373–390.
Chau, B. (1997), “Another new discovery in Vietnam”, Vietnam Economic
News, 47, pp. 46-47.
Chen, M., Guo, G. P., Wu, P. J., Zhang, E. D. (2007), “Identification of black

muntjac (Muntiacus crinifrons) in Tibet, China, by cytochrome b analysis”,
Conservation Genetics.

47


12.

13.
14.
15.
16.

17.
18.
19.

20.

21.

22.
23.

24.
25.
26.

27.

28.

Do, T., D, Vu., Dawson, S., Arctander, P., Mackinnon, J. (1994),
“Introduction of a new large mammal species in Vietnam”, Science and
Technology News, 1994, pp. 4-13.
Drummond, A. J., Ho, S. Y., Phillips, M. J., Rambaut, A. (2006), “Relaxed
phylogenetics and dating with confidence”, PLoS Biol, 4(5), pp. e88.
Drummond, A. J., Rambaut, A. (2007), “BEAST: Bayesian evolutionary
analysis by sampling trees”, BMC Evol Biol, 7, pp. 214.
Edwards A. W. F., Cavalli, S. L. L. (1963), “The reconstruction of evolution.
”, Heredity 18:553.
Egan, M. G. (2000), “The identification of species by diagnostic molecular
characters and the phylogenetic relationships of muntjac”, Ph.D.
Dissertation, Fordham University, New York.
Evans, T. (1995), “Spotlight on Laos”, Wildlife Conservation, 98, pp. 52-57.
Felsenstein, J. (1985), “Confidence limits on phylogenies: an approach using
the bootstrap”, Evolution 39, pp. 783-791.
George, B. S., Elisabeth, S. V. (1996), “Description of the giant muntjac
(Megamuntiacus vuquangensis) in Laos”, Journal of Mammalogy, 77, pp.
675-683.
Gilbert, C., Ropiquet, A., Alexandre, H. (2006), “Mitochondrial and nuclear
phylogenies of Cervidae (Mammalia, Ruminantia): Systematics,
morphology, and biogeography”, Molecular Phylogenetics and Evolution,
40, pp. 18.
Hillis, D. M., Bull, J. J. (1993), “An Empirical Test of Bootstrapping as a
Method for Assessing Confidence in Phylogenetic Analysis”, Systematic
biology, 42(2), pp. 182-192.
Huelsenbeck, J. P., Ronquist, F. (2001), “MRBAYES: Bayesian inference of
phylogenetic trees”, Bioinformatics, 17(8), pp. 754-755.
James, J., Ramakrishnan, U., Datta, A. (2007), “Molecular evidence for the

occurrence of the leaf deer Muntiacus putaoensis in Arunachal Pradesh,
north-east India”, Conservation Genetics, 9(4), pp. 927-931.
Jose, C. (2001), “Cytochrome b Phylogeny and the Taxonomy of Great Apes
and Mammals”, Molecular Biology and Evolution, 18(4), pp. 465-471.
Kumar S., A. J. F. (2001), “Molecular Phylogeny Reconstruction”,
Encyclopedia of life sciences,(Macmillan Publishers).
Le, M., Duong, T. H., Dinh, D. L., Nguyen, Q. T., Pritchard, P.C.H. (2014),
“A phylogeny of softshell turtles (Testudines: Trionychidae) with reference
to the taxonomic status of the critically endangered, giant softshell turtle,
Rafetus swinhoei”, Organisms Diversity & Evolution, 14(3), pp. 279-293.
Le, M., Mccord, W.P., and Iverson, J. B. (2007), “On the paraphyly of the
genus Kachuga (Testudines: Geoemydidae)”, Mol Phylogenet Evolution,
45(1), pp. 398-404.
Le, M., Nguyen, V. T., Duong, T. H., Nguyen, M. H., Dinh, D. L., Do, T.,
Nguyen, D. H., and Amato, G. (2014), “Discovery of the Roosevelt’s

48


29.

30.
31.

32.

33.

34.
35.

36.

37.
38.
39.
40.
41.

42.

43.

44.

Barking Deer (Muntiacus rooseveltorum) in Vietnam”, Conservation
Genetics, 15(4), pp. 993-999.
Le, M., Raxworthy, C.J., Mccord, W.P., and Mertz, L. (2006), “A molecular
phylogeny of tortoises (Testudines: Testudinidae) based on mitochondrial
and nuclear genes”, Mol Phylogenet Evolution, 40(2), pp. 517-531.
Mattioli, S., Family Cervidae (Deer), in Hoofed Mammals. 2011.
Mc Cullough, D. R., Pei, K. C. J., Wang, Y. (2000), “Home range, activity
patterns, and habitat relations of Reeves' muntjacs in Taiwan”, Journal of
Wildlife Management, 64, pp. 430-441.
Nylander, J. A., Ronquist, F., Huelsenbeck, J. P., and Nieves-Aldrey, J. L.
(2004), “Bayesian phylogenetic analysis of combined data”, Systematic
biology, 53(1), pp. 47-67.
Osgood, W.H. (1932), “Mammals of the Kelley-Roosevelts and Delacour
Asiatic expeditions. Field Museum of Natural History Publications 312”,
Zoological Series, 18, pp. 192-339.

Page, R. D. M., Holmes, E. C. (1998), Molecular Evolution: Aphylogenetic
Approach, Blackwell Publishing Ltd.
Pei-Yi Chang, C. C. L., Shu-Ju Liao, Lie-Jiau Hsieh, Shuan-Yow Li, MingChieh Chao, Yueuh-Chun Li (2004), “Genetic analysis of two subspecies of
Reeves's Muntjac (Cervidae: Muntiacus reevesi) by karyotyping and satellite
DNA analyses”, Zoological Studies, 43, pp. 749-758.
Pham, M. G., Do, T., Vu, V. D., Geoge, A. (1998), “Description of
Muntiacus truongsonensis, a new species of muntjac (Artiodactyla:
Muntiacidae) from central Vietnam and implication for conservation”,
Animal Conservation, 1, pp. 61-68.
Posada D. and Crandall, K. (1998), “MODELTEST: testing the model of
DNA substitution”, Bioinformatics, 14(817-818).
Scott, K. (1994), “Vietnam explosion”, BBC wildlife, 12, pp. 12.
Swofford, D. L. (2001), “Phylogenetic Analysis Using Parsimony (*and
other methods), version 4”, Sinauer Associates, Massachusetts.
Evans, T., Timmin, R. J. (1994), “News from Laos”, Oryx, 29, pp. 3-4.
Timmins, R. J., Duckworth, J. W. (2012), “Muntiacus. In: 2012 IUCN Red
List of Threatened Species<”, www.iucnredlist.org Download on 26 May
2012.
Timmins, R. J., Duckworth, J.W., & Groves, C.P., (2008), “Muntiacus. In:
2008 IUCN Red List of Threatened Species”, />Download on 20 February 2009.
Timmins, R. J., Duckworth, J.W., & Long, B., (2008), “Muntiacus
vuquangensis”, The IUCN Red List of Threatened Species
Download on 11 March 2015., Version 2014.3.
Wang, W., and Lan, H. (2000), “Rapid and Parallel Chromosomal Number
Reductions in Muntjac Deer Inferred from Mitochondrial DNA Phylogeny”,
Molecular Biology and Evolution, 17, pp. 1326-1333.

49

45.

Wesley, W. B., George, M., Wilson, A. C. (1979), “Rapid evolution of
animal mitochondrial DNA”, Proc Natl Acad Sci U S A, 76(4), pp. 19671971.

Phụ lục 1. Cây phát sinhloài cho nhánh Mang Roosevelt dựa trên dữ liệu gen
16S

Cây phát sinh chủng loại cho nhánh Mang Roosevelt dựa trên dữ liệu gen 16S
(gồm 567 bp, trong đó 22 vị trí có giá trị thông tin). Hình dáng cây được dựa trên
cây của phân tích MP. Các chỉ số phía trên nhánh lần lượt là giá trị bootstrap của
phân tích MP và ML, chỉ số phía dưới là giá trị xác suất hậu nghiệm thu được ở
phương pháp Bayesian. Dấu * tương ứng với giá trị đạt 100%. Với các thông tin
của cây MP như sau: chiều dài cây = 43,
50chỉ số chắc chắn = 0.86, chỉ số duy trì =
0.84. Taxon được đánh dấu đỏ là mẫu gen 16S chuẩn cho loài Mang Roosevelt