Nghiên cứu đa dạng di truyền quần thể cá đối mực (Mugil cephalus Linnaeus 1758) ở Việt Nam

B

GIÁO D C VÀ ÀO T O

VI N HÀN LỂM
KHOA H C VÀ CỌNG NGH VN

VI N SINH THÁI VÀ TÀI NGUYểN SINH V T

*********
TR N TH VI T THANH

NGHIểN C U A D NG DI TRUY N QU N TH
CÁ

I M C (MUGIL CEPHALUS LINNAEUS, 1758)
VI T NAM

TịM T T LU N ÁN TI N S SINH H C
Chuyên ngành:

ng v t h c

Mư s : 62.42.01.03

N M 2016


Công trình đ

c hoƠn thƠnh t i :

- Vi n Sinh thái và Tài nguyên Sinh v t
- B o tàng Thiên nhiên Vi t Nam
Ng

ih

ng d n khoa h c:
TS. Phan K Long
PGS.TS. inh Th Phòng

Ph n bi n 1: PGS.TS.Nguy n Xuân Hu n
Tr

ng

i H c Khoa h c t nhiên-

i h c Qu c Gia Hà N i

Ph n bi n 2: PGS.TS.Nguy n Thi Bich Nhi
Vi n Công ngh Sinh h c
Ph n bi n 3: TS.Nguy n Kiêm S n
H i sinh h c Vi t Nam

Lu n án s đ

c b o v tr

c H i đ ng ch m lu n án c p Vi n h p t i

Vi n Sinh thái và Tài nguyên Sinh v t
Vào h i

gi ngày

tháng n m

Có th tìm hi u lu n án t i th vi n:
- Th vi n Qu c gia
- Th vi n Vi n Sinh thái và Tài nguyên Sinh v t


1

1. Tính c p thi t c a đ tƠi lu n án

M

U

Cá
i h Mugilidae có kho ng 80 loài thu c 17 gi ng, trong đó có 2 gi ng l n
nh t là Mugil (9loài) và Liza (13 loài) (Nguy n Nh t Thi., 1999). Vi t Nam đư xác đ nh
có 13 loài thu c h cá
i Mugilidae là đ i t ng trong nuôi tr ng thu s n (T ng c c
Th y s n, 2014), trong s đó loài cá
i m c (Mugil cephalus L.) đ c đ c bi t quan tâm
vì có giá tr kinh t cao. Cá i m c là loài có ph thích ng r ng, phát tri n t t trong đi u
ki n t nhiên /nuôi tr ng, t c đ sinh tr ng nhanh, cá tr ng thành đ t tr ng l ng t i

>2kg và có giá bán trên th tr ng trong n c t 150.000đ -180.000đ/kg; th tr ng qu c
t t 20-22 USD/kg (T ng c c Th y s n, 2014). Nghiên c u c a tác gi L u Xuân Hòa,
2011 cho th y cá
i m c (M. cephalus L.) là đ i t ng u th cho ngh nuôi cá t i các
đ m phá. Ngoài ra, còn có các loài cá đ i khác th ng g p nh : Mugil soiuy/Liza
haematocheilus nay là Chelon haematocheilus (Temminck & Schlegel, 1845), Liza
subviridis nay là Chelon subviridis (Valenciennes, 1836), Liza macrolepisnay nay là
Chelon macrolepis (Smith, 1846), Liza affinis và Valamugil cunnesius nay là Moolgarda
cunnesius (Valenciennes, 1836) phân b d c bi n Vi t Nam và c ng có giá tr kinh t
(T ng c c Th y s n, 2014). Vi t Nam, cá
i có th s ng, sinh tr ng t t trong môi
tr ng n c l , l m n và n c m n. Nh ng nghiên c u g n đây trên th gi i v loài cá
i m c c ng cho th y có s khác bi t gi a các qu n th cá
i m c vùng nhi t đ i
(vùng n
- Tây Thái Bình D ng) v i vùng ôn đ i (vùng B c Thái Bình D ng và
Trung ông D ng) (Liu et al., 2010; Shen et al., 2011).
Vi t Nam, nghiên c u v cá ch y u d a vào các đ c đi m hình thái nh :
Pravdin, 1973; Bexedvov, 1697; Bùi ình Chung và cs, 1998; B th y s n, 2001 ...
nghiên c u đ y đ v hình thái và sinh h c phân t (SHPT) các loài cá bi n h u nh ch a
có, m i ch có nghiên c u di truy n cá n c ng t vùng đ ng b ng sông C u Long c a V
ng H Quyên và cs., 2014.Trong nghiên c u này, tác gi V
ng H Quyên đư s d ng
gen 16S đ ki m ch ng nh n d ng v hình thái c a 22 loài cá thu c 17 gi ng, 15 h có t i
khu v c đ ng b ng sông C u Long. Phân tích cây phát sinh ch ng lo i c a các loài cá
nghiên c u v i các loài t ng t đư công b trên Genbank đư ch ra s t ng đ ng gi a
các gi ng nghiên c u, tuy nhiên gi a các loài có s khác bi t.
Vi c đánh giá đa d ng di truy n ngu n gen qu n th cá
i m c (M. cephalus L.)
t nhiên c a Vi t Nam ch a t ng đ c th c hi n.

có c s cho vi c b o t n và phát
tri n ngu n gen cá i m c m t cách b n v ng và hi u qu thì vi c nghiên c u đa d ng di
truy n ngu n gen cho loài cá này là c n thi t và c n đ c ti n hành t ng th . Xu t phát t
nh ng c n c khoa h c trên, NCS đư ti n hành đ tài “Nghiên c u đa d ng di truy n
qu n th cá i m c (Mugil cephalus Linnaeus, 1758) Vi t Nam”
2. M c tiêu c a lu n án
-Xác đ nh đ c đi m di truy n cá i m c Vi t Nam trên c s vùng gen CO1 và Cytb.
-Xác đ nh tính đa d ng di truy n ngu n gen cá i m c Vi t Nam b ng ch th SSR.
3. N i dung c a lu n án
- Nghiên c u m t s đ c đi m hình thái bên ngoài loài cá i m c Vi t Nam, đ ng th i


2

đánh giá hi n tr ng loài cá i m c Vi t Nam.
- Nghiên c u đa d ng di truy n cá i m c Vi t Nam trên c s gi i mư vùng gen CO1
và Cytb.
- Nghiên c u đa d ng di truy n ngu n gen cá i m c Vi t Nam b ng ch th SSR.
4. Nh ng đóng góp m i c a lu n án
- C p nh t nh ng s li u m i nh t v loài cá i m c (Mugil cephalus L.) Vi t Nam.
- Là nghiên c u đ u tiên v đa d ng di truy n cá
i m c (Mugil cephalus L.) trên c
s gi i mư vùng gen CO1 và Cytb.
- L n đ u tiên xác đ nh tính đa d ng di truy n ngu n gen cá
i m c Vi t Nam trên c
s phân tích 12 ch th SSR.
- ư công b 181 trình t đo n gen CO1 và Cytb c a cá
i m c Vi t Nam trên
Genbank v i các mư s KT188953 - KT189133. Công b 193 thông tin c a 13 loài cá đ i
thu c 5 gi ng trong h cá đ i Mugilidae thu th p Vi t Nam lên Fish-BOL

- óng góp 16 m u tiêu b n (m u nh i, m u tr ng bày, m u nghiên c u) cho b m u
c a B o tàng Thiên nhiên Vi t Nam.
5. ụ ngh a khoa h c vƠ th c ti n c a lu n án
5.1.Ý ngh a khoa h c
- Xác đ nh đ c m t s đ c đi m hình thái đi n hình có th s d ng đ phân lo i các
gi ng thu c h Mugilidae trên c s k t h p gi a k t qu nghiên c u hình thái và đ c đi m
di truy n vùng gen CO1 và Cytb.
- C p nh n s li u m i nh t v phân b cá
i m c Vi t Nam, đ ng th i b c đ u xác
đ nh mư v ch di truy n (barcoding) cho loài cá
i m c Vi t Nam, h i nh p d án
barcoding th gi i.
- L n đ u tiên th c hi n phân tích đa d ng di truy n qu n th cá i m c Vi t Nam trên
c s s d ng ch th SSR.
5.2.Ý ngh a th c ti n
K t qu c a lu n án là c s khoa h c cho vi c b o t n đa d ng di truy n qu n th cá
i m c Vi t Nam và cung c p s li u khoa h c giúp các nhà ho ch đ nh chính sách, các
nhà qu n lý có chi n l c phát tri n s n xu t phù h p v i đi u ki n phân b cá
im c
trong t nhiên, đ ng th i có k ho ch c th đ xây d ng các tr i nuôi loài cá này nh m
b o t n và phát tri n b n v ng ngu n l i th y s n c a Vi t Nam.
6. B c c c a lu n án
Lu n án g m 127 trang, trong đó có 21 b ng, 46 hình (9 hình v , 4 bi u đ , 6 b n đ ,
5 s đ , 22 nh ch p) v i 100 tài li u tham kh o (ti ng Vi t – ti ng Anh) và 11 ph l c.
M đ u (3 trang)
Ch ng I. T ng quan tài li u (36 trang)
Ch ng II. V t li u và ph ng pháp nghiên c u (18 trang)
Ch ng III. K t qu và th o lu n (57 trang)
K t lu n và ki n ngh (2 trang)
Các công trình công b liên quan đ n lu n án (1trang)

Tài li u tham kh o (10 trang)


3

CH
NG I. T NG QUAN TÀI LI U
1.1. Gi i thi u v h Mugilidae
Trên th gi i, h cá i (Mugilidae) là m t h l n c a l p cá vây tia g m 20 gi ng
v i 204 loài (Eschmeyer, 2015). H cá
i (Mugilidae) có 2 gi ng l n nh t là Mugil và
Liza (FAO, 2015). Theo nghiên c u c a chúng tôi h cá
i c a Vi t Nam có 8 gi ng là:
Mugil Linnaeus, 1758; Liza Jordan & Swain, 1884; Valamugil Smith, 1848; Crenimugil
Schultz, 1946; Ellochelon, Quoy & Gaimard 1824; Moolgarda Whitley, 1945; Chelon
Artedi, 1793; Paramugil Ghasemzadeh, Ivantsoff & Aarn, 2004.
1.2.
c đi m c a gi ng Mugil
Theo d li u trên Fishbase (2015), gi ng Mugil bao g m 14 loài phân b ch y u
Châu M , đ c tìm th y nhi u nh t phía Tây và ông i Tây D ng, Thái Bình D ng
và m t s n c Châu Á. Vi t Nam gi ng Mugil có duy nh t m t loài là cá
im c
(Mugil cephalus L.).
1.3. Gi i thi u v loƠi cá i m c (Mugil cephalus Linnaeus, 1758) Vi t Nam
1.3.1. V trí phân lo i
L p cá vây tia -Actinopterygii
B cá v c -Perciformes
Phân b cá i - Mugiloidae
H cá i -Mugilidae
Gi ng -Mugil

Loài-Mugil cephalus
1.3.2. M t s đ c đi m sinh h c, sinh thái c a cá i m c Vi t Nam.
Cá
i m c là loài cá m t, n t p, ch u đ c ô nhi m, ch u đ c ngu n n c thi u
ôxy do v y có th s ng đ c vùng n c l , n c m n có đ m n th p nh vùng c a sông.
Cá
i m c có đ c đi m hình thái ngoài nh sau: Thân dài, hình thoi, ph n gi a h i tròn,
ph n đuôi d p bên. u t ng đ i l n, h i d p b ng. Mõm h i r ng nh ng ng n. M t tròn
và l n v a. Màng m đ c bi t phát tri n, r t dày che l p c m t tr con ng i. Kho ng
cách m t r ng và b ng. L m i hai đôi, l tr c tròn, l sau nh h p nh m t khe n t. Môi
trên r t dày, môi d i m ng. R ng hai hàm nh nh lông nhung s p thành dưy. Khe
mang r t r ng. Vi n sau n p x ng mang tr n li n. Màng n p mang tách r i nhau r t r ng.
Vi n sau x ng n p mang tr n li n. Màng n p mang tách r i nhau và không dính li n v i
eo mang. L c mang h i dài và nh , d ng kim. Có mang gi , có v y l c, không có v y
đ ng bên. Kh i đi m c a vây th nh t g n ngang mút vây b ng, kh i đi m vây l ng
th hai sau kh i đi m vây h u môn. Vây ng c r ng, h i cao bên thân, vây b ng r ng và
dài phía b ng. Vây đuôi d ng ch . M t l ng m u h i xám, m t b ng m u tr ng b c.
Cá
i m c b i thành đàn, th ng chúng vùng đáy cát và đáy bùn. Th c n ch
y u là các d ng vi t o và t o silic, các m nh v n c a tr m tích đáy và đ ng v t đáy. Cá con
có chi u dài chu n (SL) kho ng 3cm th ng n đ ng v t phù du. Cá
i thu n th c đ
tr ng tu i 3-4, th ng chúng di chuy n ra xa b đ tr ng ngoài bi n v i s l ng t
0,8 đ n 2,6 tri u tr ng, th i k đ tr ng ph thu c vào vùng phân b , Vi t Nam quan sát
th y chúng đ tr ng vào cu i mùa thu, đ u mùa đông.


4

1.3.3. Giá tr kinh t cá i m c

Vi t Nam là m t trong s 10 qu c gia có kim ng ch xu t kh u hàng đ u th gi i v
các m t hàng th y h i s n. Theo các s li u th ng kê c a Hi p h i ngh cá Vi t Nam, n m
2004 n c ta đư xu t kh u h i s n tr giá x p x 2,4 tri u đô la M , đ n n m 2014 là 7,9 t
đô la M .
có th phát tri n b n v ng, ngành th y h i s n ph i đ m b o ch t l ng tin
c y và t ng c ng kh n ng c nh tranh v giá. Ti m n ng xu t kh u c a ngành th y s n là
cao, Vi t Nam c n t p trung phát tri n ngh nuôi tr ng th y s n b ng cách nâng c p đ y đ
h th ng h tr , ki m soát d ch b nh và môi tr ng nuôi nh m c i thi n s n l ng, nâng
cao n ng su t và gi m thi u r i ro cho ng dân.
Cá
i m c là loài cá kinh t c a Vi t Nam, đ c B Nông nghi p & PTNT xác
đ nh là m t trong 27 loài cá bi n đ c phép xu t kh u và loài này đư nhân nuôi th nghi m
thành công t nh Qu ng Ninh (S Nông nghi p & PTNT t nh Qu ng Ninh, 2015) cho k t
qu r t kh quan, m ra h ng đi m i cho ngành nuôi tr ng th y s n Vi t Nam.
1.3.4. Hi n tr ng khai thác và nuôi cá i m c Vi t Nam
Cá
i m c t nhiên đ c ng dân đ a ph ng khai thác d c ven bi n Vi t Nam
v i chi u dài chu n (SL) đ t kho ng 15-30cm. Các đ a đi m có t n xu t b t g p cá
i
m c th ng xuyên là các vùng c a sông, đ m phá n c l , m n nh : c a sông Thái Bình
(H i Phòng), c a sông Ba L t (Nam nh), c a Sót (Hà T nh), c a sông Nh t L (Qu ng
Bình), phá Tam Giang (Th a Thiên Hu ), đ m Cù Mông (Bình nh), đ m Ô Loan (Phú
Yên) …
Mô hình nuôi cá
i th ng ph m Qu ng Bình (2012) c ng ch ng minh đ c
hi u qu kinh t rõ r t. Vi c đ a vào th nghi m mô hình nuôi này không ch v i m c đích
đ gi i quy t nh ng v n đ khó kh n trên các vùng nuôi tôm th ng xuyên b d ch b nh
mà còn góp ph n t o vi c làm và t ng thu nh p cho ng i nuôi. Tuy là đ i t ng nuôi m i
nh ng theo k t qu đánh giá t S Khoa h c và công ngh t nh Qu ng Bình so v i các đ i
t ng cá nuôi khác thì v n đ u t đ nuôi cá i th ng th p h n nhi u đ c bi t là th c n

cho loài này đ n gi n, giá thành r . G n đây S Khoa h c và công ngh t nh Qu ng Ninh
c ng tri n khai th nghi m nuôi cá
i m c t tháng 10/2013 và k t qu đánh giá sau 2
n m nuôi th nghi m (12/2015) là kh quan, cá b t n thành công trên 75%, cá con đ t
100g sau 4 tháng.
1.4. a d ng di truy n
1.4.1. Khái ni m đa d ng di truy n
a d ng di truy n là t t c các gen di truy n khác nhau c a t t c các cá th th c
v t, đ ng v t, n m, và vi sinh v t. a d ng di truy n t n t i trong m t loài và gi a các loài
khác nhau. a d ng di truy n là (i) s đa d ng v thành ph n gen gi a các cá th trong
cùng m t loài và gi a các loài khác nhau; (ii) s đa d ng v gen có th di truy n đ c
trong m t qu n th ho c gi a các qu n th (Richard B., Primack C, 1999).
a d ng di truy n còn đ c g i là đa d ng gen (đa d ng DNA), là t p h p nh ng
bi n đ i c a các gen và các ki u gen trong n i b c a m t loài. ây là s đa d ng quan
tr ng nh t, quy t đ nh m t loài có th t n t i lâu dài trong t nhiên hay không. a d ng di
truy n đ c đ c p đ n nh là m c đ đa hình c a m i cá th trong su t th i gian s ng c a


5

chúng, ho c đ c ph n ánh b i s alen c a qu n th t i m t v trí đ a lý trong m t kho ng
th i gian c th ho c s alen c a m t loài trong ph m vi phân b đ a lý và l ch s t n t i
c a chúng.
1.4.2.T m quan tr ng c a đa d ng di truy n
a d ng di truy n là c s cho vi c ch n lai t o nh ng gi ng, loài m i; đa d ng v
loài th ng là đ i t ng khai thác ph c v m c đích kinh t ; đa d ng v h sinh thái có
ch c n ng b o v môi tr ng s ng; đ ng th i các h sinh thái đ c duy trì và b o v chính
là nh s t n t i c a các qu n th loài s ng trong đó.
1.4.3.Vai trò c a h gen ty th trong nghiên c u đa d ng di truy n đ ng v t
Ty th (mitochondria) là c quan t n t i trong t bào đ ng v t, có ch c n ng bi n

đ i n ng l ng t các ch t dinh d ng thành d ng n ng l ng thích h p v i t bào s
d ng. Các nhóm gen ty th th ng đ c phiên mư cùng nhau t o thành m t chu i gen
(polycistron), sau đó các gen s tách ra t ng giai đo n. H gen ty th
th đ n b i không
tái t h p, di truy n theo dòng m có t l đ t bi n nucleotide cao h n nhi u so v i gen
nhân, đó là đ c đi m lý t ng cho nghiên c u m c ti n hóa nh . Trong nghiên c u phát
sinh ch ng lo i h gen ty th xác đ nh r t t t m c đ khác bi t và m i quan h h hàng
gi a các qu n th đ a lý, các loài có quan h g n g i, c ng nh th h ng cao nh t. Do v y
ty th đóng vai trò c u n i gi a nghiên c u di truy n qu n th và quan h phát sinh ch ng
lo i (Avise et al., 1987; Nei,1987; Gang et al, 2014)
1.4.4.Ý ngh a c a vi c xác đ nh trình t nucleotide đ ng v t
Nghiên c u đa d ng di truy n h cá đ i Mugilidae b ng ch th CO1 và Cytb đ c
th c hi n m t s n c nh : Pháp, Nh t B n, Trung Qu c. Nghiên c u m i quan h phát
sinh ch ng lo i d a trên thông tin di truy n vùng gen Cytochrome c oxidase subunit 1
(CO1) hi n đang đ c dùng ph bi n trong nghiên c u đa d ng di truy n và vùng gen này
đư đ c xác đ nh là “mã v ch di truy n” cá (FISH-BOL). Thêm vào đó, theo k t qu
nghiên c u c a Heras et al. (2009) cho th y m c đ đa d ng di truy n c a các qu n th cá
i m c là khá cao t 3,5 đ n 5,9% khi nghiên c u trên gen Cytb. M t khác, gen Cytb
đ c l a ch n s d ng trong nghiên c u di truy n, xác đ nh loài vì quá trình đ t bi n gen
này x y ra ch m, t l đ t bi n im l ng x y ra r t cao. V i nh ng m u đ ng hình gen Cytb
là l a ch n h u hi u trong vi c xác đ nh loài.
1.4.5.M t s k thu t sinh h c phân t th ng đ c s d ng trong nghiên c u đa d ng di
truy n đ ng v t
- K thu t Isozyme: là k thu t nghiên c u s đa hình enzyme. u đi m k thu t này d s
d ng, chi phí th p, thích h p v i các nghiên c u xác đ nh m c đ bi n đ i di truy n c p
đ th p. Ngoài ra vi c k t h p k thu t isozyme v i các k thu t nghiên c u đa hình DNA
cho phép phân tích, so sánh nh ng đ c tính b n v ng (ho c thay đ i) theo đi u ki n khác
nhau c a môi tr ng
- K thu t RAPD: là k thu t phát hi n tính đa hình c a DNA nhân b n ng u nhiên. K
thu t này d s d ng, th c hi n nhanh, đ n gi n, giá thành th p và không c n bi t tr c

trình t DNA đ thi t k m i, DNA làm khuôn không c n đ tinh s ch quá cao và b m i


6

có th s d ng đánh giá đa d ng di truy n v i nhi u loài khác nhau. Nh c đi m RAPD là
ch th tr i nên không th nh n bi t các cá th d h p t .
- K thu t RELP: là k thu t đ c th c hi n d a vào đ đ c hi u c a các enzyme c t gi i
h n (retriction enzyme-RE) đ i v i v trí nh n bi t c a chúng trên DNA b gen. K thu t
RFLP có u đi m là marker đ ng tr i nên cho phép phân bi t đ c các cá th đ ng h p và
d h p. Do kích th c DNA kh o sát trong ph ng pháp RFLP l n vì v y d u phân t
(marker) t o ra nhi u đ đáp ng nhu c u nghiên c u. Trong khi nh c đi m c a k thu t
này là quy trình th c hi n ph c t p, nguy hi m đ i v i ng i nghiên c u (vì s d ng ch t
phóng x ), t n th i gian, s d ng nhi u enzyme nên kinh phí l n.
- K thu t AFLP: t ng t nh k thu t RAPD nh ng m i đ c s d ng g m m t ph n c
đ nh dài h n 5bp ch a v trí nh n bi t c a enzyme gi i h n và m t ph n thay đ i ng n 24bp. Ph n c đ nh dài t o ra s n đ nh c a s n ph m đ c nhân lên, ph n thay đ i ng n s
t o ra nhi u locus, có th lên đ n h n 100 locus đ c nhân v i m i AFLP đ n. AFLP phát
hi n s khác nhau c a các đo n DNA b i s nhân có ch n l c các trình t DNA h gen đư
đ c g n v i các đo n ti p h p (adapter). u đi n k thu t AFLP là s k t h p nh ng u
đi m c a RFLP và RAPD nên ch c n s d ng m t l ng nh DNA ban đ u, không c n
bi t tr c trình t DNA c a gen c n nghiên c u, không c n s d ng nhi u lo i “primer” và
khá hi u qu trong vi c phân tích đa hình m t cách nhanh chóng, n đ nh ít t n kém, ít đ c
h i cho ng i th c hi n và đáng tin c y. Tuy nhiên nh c đi m c a k thu t AFLP là m t
marker tr i, đi u này làm h n ch s phân bi t các cá th đ ng h p, d h p, m t khác quá
trình th c hi n dài, ph c t p, t n nhi u th i gian th c hi n.
- K thu t SSR: là k thu t nghiên c u d a trên trình t l p các đo n đ n gi n, đây là
nh ng trình t ng n (t 2 đ n 6 c p ba z ) có th t l p l i liên ti p dao đ ng t 2 đ n 40
đ n v . K thu t SSR có ti m n ng l n do có kh n ng phát hi n tính đa hình cao, có th
xác đ nh đ c s sai khác mà không xác đ nh đ c b ng các ch th khác nh RADP hay
AFLP. Ph n ng không quá t n kém, tiêt ki m đ c th i gian và hoá ch t. Vì v y SSR là

công c h u hi u trong nghiên c u đa d ng di truy n ngu n gen c ng nh l p b n đ h
gen sinh v t. SSR là lo i ch th đ ng tr i nên đư nhanh chóng thay th AFLP và RAPD
và tr thành công c h u hi u trong các ng d ng ch n gi ng th c v t và nghiên c u di
truy n. Nh c đi m c a k thu t này là quá trình thi t k m i đ t, m i lo i m i ch đ c
tr ng cho m t locus đa hình.
1.4.6. M t s thành t u nghiên c u sinh h c phân t đ i v i cá
1.4.6.1. Th gi i
N m 2013, các nhà nghiên c u t i i h c Guelph Ontario (Canada) đ xu t “mã
v ch DNA” nh là m t cách đ xác đ nh loài. V i k t qu nghiên c u c a Zhao et
al.(2011), Zhang et al.(2011) khi s d ng gen CO1 phân lo i các loài cá bi n Trung Qu c,
h đư xác đ nh đ c 121 loài cá bi n v i kho ng cách di truy n trung bình 15,742% gi a
các loài và 0,319% gi a các cá th trong loài. Tác gi Jumawan et al. (2011) s d ng gen
CO1 phân đ nh 2 loài cá da tr n Pterygolichthy spardalis và Pterygolichthy disjunctivus đư
đ nh danh loài và xác đ nh mư v ch 2 loài riêng bi t. Ti p t c h ng nghiên c u này,
Pereira et al. (2013) đư phân tích 254 loài cá n c ng t l u v c sông Parama và xác đ nh


7

đ c 252 loài b ng mư v ch di truyên v i đ chính xác 99,2%. Ti p đó khi nghiên c u đa
d ng di truy n c a h cá
i Mugilidae c a Heras et al. (2009) phân tích các đo n gen
Phenylalanine, 12S rRNA, cytochrome c oxidase subunit 1 (CO1), cytochrome b (Cytb), đư
xác đ nh hai loài gi ng nhau v hình thái M. platanus và M. liza là hai loài riêng bi t, có
quan h g n g i v i loài cá
i m c (M.cephalus). Tác gi Avise et al. (1989), Ke et al.
(2009), đư s d ng gen CO1 và Cytb đ nghiên c u cá i m c tai khu v c bi n ài Loan
và phía đông bi n Hoa ông (Trung Qu c), k t qu đư xác đ nh đ c loài cá
im c
(Mugil cephalus L.) có 3 dòng (NWP1, NWP2, NWP3) và dòng 3 (NWP3) luôn xu t hi n

khu v c ài Loan và bi n Hoa ông, trong khi dòng 1 (NWP1) và 2 (NWP2) là dòng di
c có th đ n t vùng bi n Nh t B n. M i đây, tác gi Durand et al. (2012b) xác đ nh s
thay đ i c a các gi ng trong h Mugilidae b ng gen 16S và CO1, k t qu là đư xác đ nh
đ c h Mugilidae có 20 gi ng. C ng tác gi Durand et al. (2012a) s d ng gen Cytb phân
tích di truy n và xác đ nh đ c h Mugilidae có 25 gi ng (15 gi ng đư bi t, 7 gi ng có s
thay đ i và 3 gi ng m i). Còn tác gi Polyakava et al. (2013) s d ng gen CO1 xác đ nh
thành công mư v ch cho 9 loài cá trong gi ng Mugil.
Nghiên c u đa d ng di truy n qu n th cá
i m c các vùng bi n khác nh
a
Trung H i, i Tây D ng, Thái Bình D ng, n
D ng đ c th c hi n d a trên các
ch th sinh hóa c a Heras et al. (2009); ch th SSR (microsatellites) c a tác gi
Rasmussen et al. (2009) và Xu et al. (2010) các k t qu nghiên c u cho th y m c đ đa
d ng di truy n trong qu n th cá
i m c cao nh t là 5,9% và th p nh t là 2,7% vùng
bi n Thái Bình D ng. K t qu nghiên c u đư và đang ph c v cho công tác b o t n loài,
b o v tài nguyên thiên nhiên và phát tri n b n v ng.
1.4.6.2.Vi t Nam
Nghiên c u đa d ng di truy n v gen đ i v i cá bi n r t hi m và riêng v i H
Mugilidae r t ít. N m 2003 tác gi Ph m Anh Tu n s d ng ch th RFLP nghiên c u bi n
d c a đàn cá tra Vi t Nam nh m khuy n cáo cho vi c b o t n gen đàn cá tra nuôi Vi t
Nam. C ng h ng nghiên c u này tác gi Nguy n Thu Thúy và cs., 2004 đư s d ng 54
ch th AFLP đ phân tích tính đa hình t p đoàn m u c a hai nhóm cá Tra cho th y t l đa
hình trong đàn t ng đ i th p, trung bình 1,35%. Trong khi, Nguy n Ng c Hoàng Anh và
cs., 2005 l i s d ng k thu t đi n di protein SDS-PAGE cho k t qu vùng gen c a loài cá
Nhái (Hà Tiên) và cá Lìm Kìm (C n Th ) khá đ ng nh t và chúng đang có nguy c tuy t
ch ng cao. M t khác, d a vào ph đi n di protein các tác gi đư phân lo i và đ t tên khoa
h c cho cá Nhái (Hà Tiên) là Hemiramphus hatienensis và cá Lìm Kìm (C n Th ) là
Hemiramphus canthoensis. G n đây tác gi Bùi Th Liên Hà và cs., 2011 đư s d ng ch

th SSR đánh giá đa d ng c a 4 dòng cá rô phi đ (Orochromis spp.) nh p n i và k t qu là
vi c lai chéo gi a các dòng cá rô phi là gi i pháp h u hi u cho vi c t ng tính di truy n, h n
ch tác đ ng tiêu c c c a hi n t ng lai c n huy t, gi đ c u th lai c a các dòng cá
nh p n i. V i nghiên c u c a D ng Thúy Y n và cs., 2014 s d ng gen Cytb đánh giá đa
d ng di truy n cho cá rô đ ng và cá rô đ u vuông (2 loài đ ng hình) đ xác đ nh chính xác
tên loài. Trong khi tác gi Dang Thuy Binh et al., 2012, Hoàng Kim Qu nh, 2011-2013
đánh giá đa d ng ngu n gen di truy n b ng ch th CO1 đ i v i 25 cá th cá Ng a đen


8

(Hippocampus kuda) đư xác đ c 7 haplotype cho loài cá Ng a đen Vi t Nam, xác đ nh
loài cá Ng a đen Vi t Nam t ng đ ng v i loài cá Ng a đen vùng n
-Thái Bình
D ng. C ng chính tác gi
ng Thúy Bình và cs., 2014 đư s d ng gen 16S đánh giá đa
d ng di truy n qu n th cá Trích t i vùng bi n Vi t Nam v i 4 qu n th (80 cá th ) đư xác
đ nh đ c 31 haplotype Vi t Nam. Còn tác gi V
ng H Quyên và cs., 2014a l i s
d ng gen 16S đ ki m ch ng nh n d ng v hình thái c a 22 loài cá n c ng t thu c 17
gi ng
ng b ng sông C u Long.
C ng nh nhi u lo i sinh v t khác, song song v i ngu n l i s n xu t thì vi c ti n hành
các nghiên c u c b n (đa d ng di truy n ngu n gen, nh n d ng loài m c đ phân t ...)
nh m “ch n gi ng” v a có n ng su t, ch t l ng, kh n ng kháng t t v i m t s lo i b nh
đ ng th i đánh giá b o t n ngu n gen c a loài c n đ c th c hi n. Vi t Nam ch a có m t
nghiên c u nào đ c p đ n vi c đánh giá đa d ng di truy n cá
i m c ph c v cho công
tác ch n gi ng, b o t n và phát tri n nhân nuôi b n v ng m t loài cá bi n có giá tr kinh t .
CH

NG II. TH I GIAN, A I M, V T LI U VÀ
PH
NG PHÁP NGHIểN C U
2.1.Th i gian vƠ đ a đi m
2.1.1. Th i gian
- Ngoài th c đ a: t 7/2012 đ n 6/2015
- Trong phòng thí nghi m : th c hi n t i Phòng Phân lo i h c th c nghi m và a
d ng ngu n gen - B o tàng Thiên nhiên Vi t Nam - 18 Hoàng Qu c Vi t, C u Gi y, Hà
N i.(tr c và sau các chuy n đi th c đ a)
2.1.2. a đi m
- Thu m u cá b ng cách đi cùng đ ng đáy v i các thuy n nh có công su t t 50
đ n 450 mư l c và ch y u s d ng l i kéo đáy đ b t cá.
- Thu m u t i các ch cá, c ng cá
- Thu m u 16 t nh/thành ph t B c đ n Nam Vi t Nam
2.2.V t li u nghiên c u
2.2.1. V t li u nghiên c u
M u c l ng/vây cá đ i thu th p d c bi n Vi t Nam đ c b o qu n trong ethanol
t 70%. V i 270 m u nghiên c u, c th 150 m u đ c xác đ nh b ng hình thái và 120
m u không xác đ nh b ng hình thái, h tr nh n d ng b ng k thu t SHPT.
Thông tin t các trình t trên Genbank đ c s d ng trong lu n án: KF375131,
KP200024, JQ060540, JQ060553, JQ060541, JN292505, EU505089, JQ623956,
EU392296, GU260294, KC500935, EU595054, JQ060284, JQ060300, JQ060285,
HM628583, HM628584, HM628585, HM628586, HM628587, HM628588, HM628589,
HM628590 đ n HM628615 …...
2.2.2. Hóa ch t, thi t b
2.2.2.1.Hóa ch t


9

Các hóa ch t đ c s d ng trong nghiên c u đ c cung c p b i các hưng hóa ch t
uy tín trên th gi i nh Fementas (M ), Sigma (M ), Merck ( c). M i đ c đ t mua c a
hưng Invitrogen, s d ng Kit tinh s ch c a QIAGEN…
2.2.2.2. Thi t b
Thi t b chuyên d ng hi n có t i Phòng thí nghi m - Phòng Phân lo i h c th c
nghi m và a d ng ngu n gen nh : máy đo pH ( c), máy ly tâm l nh (Nh t), máy
quang ph kh ki n Lobomed (M ), t s y (Pháp), b n nhi t ( c), b đi n di đ ng
(Anh), máy PCR System 9700 (Applied Biosystem, M ) … đ c s d ng cho lu n án
này.
2..2.2.3. C p m i s d ng trong nghiên c u
S d ng c p m i t thi t k MuCF-MuCR t vùng gen (CO1) v i kích th c lý
thuy t 180bp và c p m i MuBF-MuBR t vùng gen (Cytb) v i kích th c lý thuy t 275bp.
C p m i t thi t k s xác đ nh các m u cá
i đ ng hình (SL<20cm) không đ nh lo i
chính xác b ng ph ng pháp hình thái.
L a ch n c p m i CO1 (Ward et al. 2005) v i kích th c lý thuy t 650bp nhân
PCR v i m u cá i m c đ c nh n d ng b ng hình thái ngoài.
L a ch n c p m i Cytb (Durand et al.2012) v i kích th c lý thuy t 1000bp nhân
PCR v i m u cá i m c đ c nh n d ng b ng hình thái ngoài.
Phân tích đa d ng di truy n, s d ng 12 ch th SSR đ c công b trên Genbank
v i các mư s t HM060969 đ n HM060980
2.1. Ph ng pháp nghiên c u
2.2.1. Ph ng pháp kh o sát ngoài th c đ a
Ph ng v n dân chài, đ ng đáy t i khu v c kh o sát. Ch p nh, đánh s , đo m u v i
các ch s ghi nh n b i tác gi Tessuji Nakabo. nh lo i m u thu b ng hình thái ban đ u
v i s h tr c a các chuyên gia hình thái và các tài li u chuyên ngành nh Sách
Vi t
Nam, ng v t chí, Fao...
2.2.2. Ph ng pháp nghiên c u trong phòng thí nghi m

- Tách DNA t ng s t m u c /vây cá i đ c th c hi n theo quy trình c a Zang
and Shi,1989 có c i ti n theo quy trình c a phòng thí nghi m.
- o OD trên máy quang ph kh ki n Lobomed 2700 - UVS (M )
- Nhân DNA v i c p m i quan tâm
- i n di ki m tra trên gel agarose ho c polyacrylamid
- Thôi gel tinh s ch s n ph m PCR
- Gi i trình t gen
2.2.3.Ph ng pháp x lý s li u
Phân tích đa d ng di truy n m c đ loài c a cá
i m c đ c xác đ nh: s alen
trung bình (Na), s alen hi u qu (Ne), ch s đa d ng di truy n Shannon (I), h s gen d
h p t mong đ i (He), h s khác bi t di truy n (Fst), m c đ di nh p gen (Nm) c a t ng
ch th SSR.
Các s li u thu nh n s đ c x lý b ng các ch ng trình ph n m m máy tính
chuyên d ng nh : ChromasPro1.7.6, Bioedit version 4.0, ClustalX version 1.81, GeneDoc


10

2.7, DNAstar, PAUP 4.0, MEGA5 version 5.1, NJ (Neighbor Joining, 1973, NTSYS 2.0,
GENALEX 6.4.1…
a d ng di truy n gi a các loài đ c so sánh b ng haplotype vì haplotype là m t
bi n th duy nh t c a m t gen t i cùng m t locus trong b gen. Trong khi đa d ng
nucleotide chính là vi c so sánh s khác nhau c a nucleotide trong chu i d li u c a cùng
m t loài.
CH
NG III. K T QU VÀ TH O LU N
3.1. Hi n tr ng loƠi cá i m c (M.cephalus L.) Vi t Nam
3.1.1. Kh o sát thu m u cá i m c Vi t Nam
V i 19 chuy n nghiên c u th c đ a thu m u cá

i d c bi n Vi t Nam trong th i
gian t tháng 7/2012 đ n tháng 6/2015, NCS đư thu th p đ c t ng s 1.017 m u cá
i
thu c h Mugilidae t 16 t nh/thành ph c a Vi t Nam, đư xác đ nh đ c 162 m u (chi m
15,9%) là cá
i m c (M. cephalus L.). V trí các đi m kh o sát và thu đ c m u cá
i
m c đ c trình bày chi ti t b ng 3.1
B ng 3.1. i m thu m u và t n su t b t g p cá
TT
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16

N i thu
Qu ng Ninh
H i Phòng

Nam nh
Hà N i
Hà T nh
Qu ng Bình
Th a Thiên Hu
Phú Yên
Bà R a V ng Tàu
Thành ph HCM
C n Th
Kiên Giang
Ngh An
Khánh Hòa
B c Liêu
Cà Mau
T ng c ng

S đi m
kh o sát
6
7
9
2
3
6
5
3
4
4
8
27

3
6
3
3
99

H
Mugilidae
55
114
86
12
11
59
16
45
18
23
32
388
73
41
29
15
1.017

im c

Vi t Nam

Mugil cephalus

T l (%)

37
13
42
6
2
9
6
4
9
9
15
10
0
0
0
0
162

67,3
11,4
48,8
50,0
18,2
8,5
37,5
8,9

50,0
39,1
46,9
3,0
0
0
0
0
15,9

3.1.2. M t s đ c đi m hình thái loài cá i m c (M.cephalus) Vi t Nam
Tên khoa h c: Mugil cephalus Linnaeus, 1758
Tên ti ng Anh là Flathead grey mullet
Tên Vi t Nam: cá i m c
c tr ng hình thái: K t qu đo m u (n=20) cá
i m c có ch s đo trung bình nh
sau: SL = 260 - 620 mm; HL = 62 - 110 mm; HB = 65 mm; O = 9,32 – 22 mm; OO =
27,84 -53 mm. D1.V; D2.VIII (I,7); A.8; P.16; V.I,5; C.14; Squ.38-42; s l ng v y quanh
cu ng đuôi = 9. Vert.24.


11

Mô t : (hình 3.1) Thân dài, hình thoi, ph n gi a h i tròn, ph n đuôi d p bên. u
t ng đ i ng n, đ nh đ u b ng ph ng. Mõm h i r ng nh ng ng n. M t tròn và l n v a.
Màng m m t đ c bi t phát tri n, r t dày, che l p c m t ch tr con ng i. Môi trên r t
dày, môi d i m ng. Phía tr c c a hàm d i có m t gai th t t ng đ i l n. Môi trên có
m t vài hàng r ng nh .Vây l ng có 2 cái, kh i đi m c a vây l ng th nh t n m g n ngang
mút vây ng c, kh i đi m c a vây l ng th hai n m sau kh i đi m c a vây h u môn. Vây
ng c ng n, không đ t đ n kh i đi m c a vây l ng th nh t, vây ng c n m 2 bên thân. G c

vây ng c có v y nách. Vây b ng r ng và dài. Vây h u môn có 8 tia vây m m. Vây đuôi
d ng ch , chia thành hai thùy. V y đ ng
bên có 38 – 42 chi c. Bên thân có 6 – 7 s c
nâu ch y d c thân. Là loài duy nh t trong
h cá đ i có 24 đ t s ng, trong khi các loài
khác có t 25->35 đ t s ng. L ng màu xanh
nh t, m t b ng màu sáng b c. Dài thân t i
đa 62 cm, tr ng l ng trung bình 350g, l n
Hình 3.1. M u cá i m c Vi t Nam
nh t 3kg.
Theo công b 2015 c a FAO v phân b c a loài cá i m c (M.cephalus L.), Vi t
Nam là m t trong 121 qu c gia trên th gi i đ c xác nh n có loài cá i m c.
3.2. K t qu nghiên c u gi i mư vùng gen CO1 vƠ Cytb
3.2.1. Tách DNA t ng s
Quy trình tách DNA t ng s t m u c l ng ho c vây b ng cá
i m c đ c th c
hi n theo quy trình c a Zang and Shi, 1989 có c i ti n v i thành ph n đ m chi t, tinh s ch
DNA b ng b kít Genomic DNA Purification kit (#KO512, Fermentas). Xác đ nh n ng đ
DNA b ng máy quang ph h p th (Labormed – M ) b c sóng 260nm và 280nm, n ng
đ DNA c a 270 m u cá đ i dao đ ng t 650-100 ng/µl. T l OD260/OD280 th hi n đ
tinh s ch c a các m u DNA dao đ ng t 1,82 đ n 2 (s li u không ch ra đây). K t qu
trên kh ng đ nh các m u DNA tách chi t đ c hoàn toàn đ tiêu chu n cho nh ng phân
tích ti p theo. Hình 3.2 k t qu tách DNA m t s m u đ i di n.
1

2 3

4 5 6

7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36

Hình 3.2. Hình nh DNA t ng s đ i di n c a m t s m u cá

i

3.2.2. K t qu xác đ nh nhanh loài cá
i m c v i 2 c p m i MuCF-MuCR và MuBFMuBR
Th c hi n ph n ng PCR t 120 m u (đ ng hình) v i 2 c p m i ng n MuBFMuBR và MuCF-MuCR dùng đ xác đ nh nhanh loài cá i m c b ng k thu t PCR ph c.
V i 120 cá đ i (SL<20cm), m u không xác đ nh đ c loài b ng hình thái ngoài (đ ng
hình), sau khi nhân PCR v i các c p m i ph c MuBF-MuBR và MuCF-MuCR đư xác đ nh


12

34/120 m u có th là cá
i m c, v i t l thành công 28%, cách làm này gi m chi phí và
th i gian th c nghi m.
3.2.3. K t qu gi i mư vùng gen CO1
Nhân gen đích: Các m u cá đ i thu th p đ c, b c đ u đư xác đ nh tên loài b ng hình thái
ho c nhân PCR v i m i t thi t k cho k t qu là cá
i m c s đ c l a ch n nhân gen
đích, gi i trình t gen v i c p m i CO1 (Ward et al, 2005) đ xác đ nh tên loài. Vi c l a
ch n 184 m u (150 m u đ nh tên b ng hình thái và 34 m u đ nh tên b ng k thu t SHPT)
ti p t c nhân gen v i m i CO1, k t qu đư nhân thành công v i m u nghiên c u đ t kích
th c là 650bp đúng nh kích th c lý thuy t c a m i. T k t qu s n ph m PCR c a 184
m u đ c l a ch n (nhân gen CO1) đ c tinh s ch và g i đ c trình t .
K t qu gi i trình t : Các đ nh hu nh quang thu đ c r t rõ, t ng ng v i t ng lo i
nucleotit c th . V i 184 m u nhân gen CO1 đ c BLAST trên NCBI và so sánh v i 10
trình t (loài t ng t ) đư công b trên Genbank (www.ncbi.nlm.nih.gov), k t qu 184 m u
gi i trình t đư xác đ nh đ c 162 m u có m c t ng đ ng 99 -100% m u cá đ i m c (M.

cephalus L.) đ c công b trên ngân hàng Genbank v i các mư hi u JQ060540 = NWP1,
JQ060553 = NWP2, JQ060541 = NWP3.
Xây d ng cây phát sinh ch ng lo i : V i 184 m u nghiên c u ch xác đ nh đ c 162 m u
là cá
i m c. Cá
i m c Vi t Nam thu c 3 dòng NWP1, NWP2, NWP3 và 22 m u
không ph i loài cá
i m c đư xác đ nh thu c 5 gi ng khác nhau (Liza, Ellochelon,
Valamugil, Molgarda, Paramugil) trong h Mugilidae.
S d ng k thu t SHPT đư xác đ nh đ c chính xác 162 m u là cá i m c, c th :
150 m u xác đ nh b ng hình thái là cá
i m c, đ c ki m ch ng b ng c p m i CO1
(Ward et al.2005), kh ng đ nh ch có 139/150 m u là cá i m c (m c t ng đ ng 92,7%)
và 34 m u không xác đ nh đ c b ng ph ng pháp hình thái nh ng đư s d ng nhân gen
v i c p m i thi t k MuBF-MuBR và MuCF-MuCR đ h tr nh n d ng nhanh (có th là
cá
i m c) nh ng m u này khi xác đ nh b ng c p m i CO1 (Ward et al.2005) đư xác
đ nh đ c 23/34 m u là cá
i m c (67,6%). So sánh m i quan h h hàng c a 162 m u
cá i m c Vi t Nam, nh n th y m u nghiên c u đ c phân thành 3 nhóm t ng ng v i
3 dòng cá
i m c, c th : dòng NWP1 g m 60 m u thu t 9/12 t nh/thành ph có m u
cá i m c t ng ng v i 3 khu v c V nh B c B , mi n Trung, mi n Nam; ti p đ n dòng
NWP2 g m 54 m u thu t 8/12 t nh có m u cá
i m c t ng ng v i 3 khu v c V nh
B c B , mi n Trung, mi n Nam; cu i cùng là dòng NWP3 g m 48 m u thu t 8/12 t nh có
m u cá i m c t ng ng v i 3 khu v c V nh B c B , mi n Trung, mi n Nam. Các m u
thu c dòng NWP1 đ u có trình t nucleotide gi ng nhau 100%, trong khi các m u thu c
dòng NWP2 ch ra 16 v trí bi n đ i nucleotide và các m u thu c dòng NWP3 là 31 v trí.
Cây phát sinh ch ng lo i (hình 3.3) v i 162 m u cá i m c Vi t Nam, trong đó 60

m u cá i m c (dòng NWP1) m u thu n m r i rác t B c đ n Nam Vi t Nam (9/12 t nh),
không ghi nh n m u cá
i m c nào t nh Hà T nh, Phú Yên và C n Th , m u thu đ c
nhi u nh t c a dòng này Qu ng Ninh 33/60 m u và ít nh t Th a Thiên Hu 1/60. Ti p
đ n 54 m u cá i m c (dòng NWP2) c ng không ghi nh n m u cá i m c nào thu đ c
t Hà N i, thành ph H Chí Minh, C n Th và Kiên Giang, m u thu đ c nhi u nh t c a


13

T14

dòng này Nam nh 20/54 m u và ít nh t mi n Trung (Qu ng Bình, Th a Thiên Hu ,
Phú Yên) m i t nh ch có 1 m u. Cu i cùng là 48 m u cá i m c (dòng NWP3) không có
ghi nh n nào m u cá i m c H i Phòng, Hà N i, Hà T nh và Thành ph H Chí Minh,
m u thu đ c nhi u nh t c a dòng này C n Th 15/48 m u và ít nh t Qu ng Ninh,
Qu ng Bình và Bà R a V ng Tàu m i t nh ch có 1 m u.

Q37

S2

W19

Hình 3.3. M i quan h h hàng c a 162 m u cá

i m c Vi t Nam v i các m u t

trên Genbank khi phân tích Maximum parsimony v i vùng gen CO1. S

ng t công b

g c là giá tr bootstrap.

3.2.4. K t qu gi i mư vùng gen Cytb
Nhân gen đích: V i 184 m u s d ng nhân gen CO1 đ c ti p t c ki m ch ng v i c p m i
Cytb (Durand et al, 2012) đ xác đ nh tên loài. NCS s d ng 184 m u nhân gen v i m i
Cytb, k t qu s n ph m PCR đư nhân đ t kích th c là 1000bp đúng nh kích th c lý
thuy t c a m i. T k t qu trên cho th y s n ph m PCR nhân v i c p m i Cytb đ c ti p
t c l a ch n đ gi i trình t nucleotide.
K t qu gi i trình t : Các đ nh hu nh quang thu đ c r t rõ, t ng ng v i t ng lo i
nucleotit c th . V i 184 m u nhân gen Cytb đ c BLAST trên NCBI và so sánh v i 10
trình t đư công b trên Genbank (www.ncbi.nlm.nih.gov), k t qu 184 m u gi i trình t
xác đ nh đ c 162 m u có m c t ng đ ng 99 -100% m u cá
i m c đ c công b trên
ngân hàng Genbank v i các mư hi u JQ060284 = NWP1, JQ060300 = NWP2, JQ060285 =
NWP3. K t qu chi ti t không ch ra đây, tên 162 m u nhân gen Cytb trùng tên 162 m u
xác đ nh b ng ch th CO1.


14

A

B
Hình 3.4. M i quan h h hàng c a 162 m u cá

C
i m c nhân gen Cytb,

(hình nh nhóm 1(A), nhóm 2 (B), nhóm 3 (C) trên c s phân tích NJ, s

g c là giá tr bootstrap)

Xây d ng cây phát sinh ch ng lo i : V i 184 m u nghiên c u ch xác đ nh đ c 162 m u
là cá
i m c. K t qu so sánh trình t vùng gen Cytb c a 162 m u cá
i m c đ c th
hi n trong hình 3.4, v i 162 m u cá
i m c Vi t Nam đ c chia thành 3 nhóm : nhóm 1
(hình 3.4A) t ng ng v i dòng NWP1 (60 m u); nhóm 2 (hình 3.4B) t ng ng v i dòng
NWP2 (54 m u); nhóm 3 (hình 3.4C) t ng ng v i dòng NWP3 (48 m u). Dòng NWP1
không có s sai khác hay đ t bi n nucleotide nào, trong khi dòng NWP2 có 39 v trí bi n
đ i so v i dòng NWP1 và dòng NWP3 có 51 v trí bi n đ i so v i dòng NWP1. M t khác
khi so sánh gi a 2 dòng NWP2 và NWP3 c ng đư ch ra đ c 58 v trí sai khác nucleotide.
Khi so sánh trình t vùng gen Cytb v i 162 m u cá
i m c nghiên c u nh n th y có
nhi u v trí nucleotide bi n đ i h n khi phân tích cùng m u này v i vùng gen CO1, đi u
này có th cho bi t vùng gen Cytb có tính b o th cao h n vùng gen CO1.
M u cá i m c Vi t Nam thu c 3 dòng (NWP1, NWP2, NWP3) trong nghiên c u
này đ u phù h p v i công b c a Durand et al., 2012a. C th : dòng NWP2 t ng đ ng
v i m u JQ060300
o H i Nam Trung Qu c v i mư hi u m u Mugil sp.I; dòng NWP3
t ng đ ng v i m u JQ060285, JQ060316, EU083898, AM265627 phân b
oH i
Nam và ài Loan phù h p v i công b g n đây c a Durand and Borsa., 2015 v các dòng
cá
i m c v i mã hi u Mugil sp.L và dòng NWP1 t ng đ ng v i m u công b
B c
Thái Bình D ng và bi n Nh t B n v i mư hi u Mugil sp.C. Tác gi Shen et al., 2011 cho

r ng nhi t đ b m t n c bi n s tác đ ng m nh đ n phân b hi n t i c a cá đ i m c và
còn nhi u còn bí n c ng nh các dòng ch y đ i d ng hi n nay tác đ ng đ n phân b c a
3 dòng NWP1, MWP2, NWP3. i u này c ng phù h p nghiên c u v dòng ch y b m t
đ i d ng khu v c Bi n ông theo gió mùa c a tác gi
ng Thúy Bình, 2014.


15

Cá
i m c Vi t Nam có 3 dòng NWP1, NWP2 và NWP3, đ i chi u v i công b
m i đây, dòng NWP1 đ c cho là dòng có ngu n g c ôn đ i, Vi t Nam chia theo vùng
đ a lý thì (vùng 61) đ c cho là vùng ôn đ i gi i h n t B c V nh B c B đ n M i đèo C
(Phú Yên), m u cá
i m c đ i di n cho dòng NWP1 thu c khu v c V nh B c B g m
các t nh Qu ng Ninh, H i Phòng, Hà N i, Nam nh; khu v c mi n Trung g m các t nh
Qu ng Bình, Th a Thiên Hu ; khu v c mi n Nam g m các t nh Bà R a V ng Tàu, Thành
ph H Chí Minh, Kiên Giang; k t qu nghiên c u ch ra khu v c t nh Hà T nh, Phú Yên
C n Th không có m u cá
i m c nào thu c dòng này. Trong khi dòng NWP2 đ c cho
là dòng nhi t đ i thu c (vùng 71) ngh a là t Phú Yên tr vào mi n Nam, dòng NWP2 có
m u cá i m c V nh B c B (Qu ng Ninh, H i Phòng, Nam nh), khu v c mi n Trung
(Hà T nh, Qu ng Bình, Th a Thiên Hu , Phú Yên), khu v c mi n Nam (V ng Tàu); còn
dòng NWP3 đ c coi và giao thoa gi a dòng NWP1 và NWP2 có ngu n g c ôn đ i và
nhi t đ i có s l ng m u không nhi u nh ng ghi nh n v t n xu t xu t hi n c 3 khu
v c: V nh B c B (Qu ng Ninh, Nam nh), mi n Trung (Phú Yên, Th a Thiên Hu ,
Qu ng Bình) và mi n Nam Vi t Nam (Kiên Giang, C n Th , V ng Tàu).
3.3. B sung hoƠn thi n khóa đ nh lo i các gi ng thu c h Mugilidae Vi t Nam
Xây d ng khóa đ nh lo i cho h Mugilidae Vi t Nam v i 8 gi ng nh sau:
1 (2).Vây ng c m u đen, vây đuôi d ng b ng có màu vàng.. ………………… Ellochelon

2 (1). Vây ng c không có m u đen, vây đuôi ch và không có m u Vàng ...................
3
3 (4) G c vây ng c có m t v t m u xanh đen, màng m m t r t phát tri n ................ Mugil
4 (3) G c vây ng c không có v t m u xanh đen, màng m m t ít phát tri n.... ................. 5
5 (6) G c vây ng c có 1 đi m ch m đ u vây ....................................................................... 7
6 (5) G c vây ng c không có 1 đi m ch m đ u vây............................................................ 9
7 (8) Chi u dài vây ng c (d c thân) b ng chi u dài đ u ……………………..... Paramugil
8 (7) Chi u dài vây ng c (d c thân) không b ng chi u dài đ u ............................. Molgarda
9 (10) Vây ng c có v y nách ...............................................................................................11
10 (9) Vây ng c không có v y nách ....................................................................................13
11(12) Môi trên m ng và có nhi u ria th t ........................................................... Crenimugil
12 (11) Môi không có ria th t .............................................................................. Valamugil
13 (14) Mút cu i x ng hàm d i cong đ t ng t, vi n d i không có r ng c a .......... Liza
14 (13) Mút cu i x ng hàm d i cong đ t ng t, vi n d i có r ng c a .................. Chelon
3.4.
a d ng di truy n cá i m c Vi t Nam
3.4.1. a d ng vùng sinh thái
L a ch n 110/162 m u cá i m c đ i di n các đi m thu đ ti p t c đánh giá v di
truy n và bi n đ i c a các loài trong 3 dòng NWP1, NWP2, NWP3. Dòng NWP1 cá
i
m c xu t hi n 9/12 t nh tr 3/12 t nh là C n Th , Phú Yên, Hà T nh không có ghi nh n
m u cá
i m c nào; dòng NWP2 xu t hi n 8/12 t nh tr Hà N i, Tp H Chí Minh, Kiên
Giang và C n Th ; dòng NPW3 ch xu t hi n 8/12 t nh, không có ghi nh n nào c a dòng
này v i m u thu Hà N i, H i Phòng, Hà T nh, Tp H Chí Minh.
R t khó lý gi i v s d ch chuy n c a các dòng NWP1, NWP2, NWP3 trong khu
v c Bi n ông, th c t cho th y nhóm có ngu n g c ôn đ i (dòng NWP1) xu t hi n ph


16

bi n V nh B c B , V nh Thái Lan hi n t i chúng tôi ch a tìm ghi nh n m u nào thu c
nhóm NWP1 khu v c Hà T nh và Phú Yên (mi n Trung). T ng t v i nhóm có ngu n
g c nhi t đ i (dòng NWP2) các m u thu c nhóm này xu t hi n trong ph khá r ng t V nh
B c B (Qu ng Ninh, H i Phòng, Nam nh), mi n Trung (Hà T nh, Qu ng Bình, Th a
Thiên Hu , Phú Yên), mi n Nam (Bà R a V ng Tàu, Kiên Giang). Dòng NWP3 đ c coi
là nhóm giao thoa gi a dòng NWP1 và NWP2 hay là nh ng m u cá giao thoa gi a ôn đ i
và nhi t đ i, nh ng m u thu c dòng này đ c phát hi n nhi u nh t trong khu v c V nh
Thái Lan (Kiên Giang), C n Th , ngoài ra còn tìm th y Bà R a V ng Tàu (mi n Nam),
Th a Thiên Hu , Qu ng Bình (Mi n Trung), Nam nh và Qu ng Ninh (mi n B c). S
l ng m u cá
i m c thu c dòng NWP3 không nhi u ch chi m 31,8% t ng s m u
nghiên c u.
3.4.2. a d ng haplotype
3.4.2.1.Vùng gen CO1
a d ng haplotype đ c th c hi n v i loài cá
i m c Vi t Nam khi so sánh v i
vùng gen CO1, nh n th y h u h t các haplotype quan sát th y trong các m u cá
im c
Vi t Nam (NWP1, NWP2, NWP3) phù h p v i nh ng công b c a Ke et al., 2009. Phân
tích v i vùng gen CO1, trong 10 haplotype quan sát th y xu t hi n trong loài cá
im c
Vi t Nam (hình 3.5A) đư xác đ nh đ c 3 haplotype đ c h u c a Vi t Nam (HT37, HT38,
HT39) và 3 haplotype này đ u thu c dòng NWP1. Ba haplotype (HT37, HT38, HT39) có
quan h ch t ch v i haplotype HT2 và là haplotype đ c tr ng dòng NWP1 (Ke et al.,
2009). T ng t các haplotype dòng NWP2 (HT17, HT17*, HT20, HT24, HT25) và
NWP3 (HT32) phù h p v i công b c a Ke et al., 2009.
3.4.2.2.Vùng gen Cytb
a d ng haplotype đ c th c hi n v i loài cá
i m c Vi t Nam khi so sánh v i

vùng gen Cytb cho k t qu là trong s 25 haplotype xác đ nh cho loài cá
i m c Vi t
Nam (hình 3.5B), trong đó 10 haplotype không quan sát th y trong khu v c Tây B c Thái
Bình D ng, haplotype (H45 đ n H54) không t ng ng v i b t k haplotype đư đ c mô
t tr c đó c a Shen et al. (2011). C th : dòng NWP1 có 4 haplotype (H48, H49, H50,
H51), dòng NWP2 có 3 haplotype (H45, H46, H47), dòng NWP3 có 3 haplotype (H52,
H53, H54). Các haplotype cá
i m c Vi t Nam thu c dòng NWP1 có quan h ch t ch
v i haplotype H26, H27, H29, H31; dòng NWP2 có quan h ch c ch v i haplotype H22,
H19-16-3; dòng NWP3 có quan h ch t ch v i haplotype H26-29-31, H34-H43.
Haplotype m u cá
i m c Vi t Nam t H44 đ n H47 có liên quan ch t ch v i dòng
NWP2 v i haplotype H22 và H19-16-3 có ngu n g c bi n Thái Bình D ng, trong khi
H48 đ n H51 có liên quan ch t ch đ n H26-29-31 và H52 đ H54 có liên quan đ n H34H43. So sánh v i công b c a Shen et al., 2011 chúng tôi đư xác đ nh đ c 1-7 đ t bi n
v i cùng loài trong khu v c Tây B c Thái Bình D ng.


17

Hình 3.5. Các m i quan h phát sinh loài khi phân tích v i vùng gen CO1 (A) và Cytb (B)
(Dòng đ u tiên ký hi u t nh có m u cá
i m c - 1: Qu ng Ninh, 2: H i Phòng, 3: Nam nh, 4:
Hà N i, 5: Hà T nh, 6: Qu ng Bình, 7: Th a Thiên Hu , 8: Phú Yên, 9: Bà R a V ng Tàu, 10:
Thành ph H Chí Minh, 11: C n Th , 12: Kiên Giang; Haplotype các m u cá i m c Vi t Nam
khi nhân gen CO1 ký hi u HT, trong khi c ng m u này nhân gen Cytb đ c ký hi u H. Cây phát
sinh đ c xây d ng b ng ph ng pháp ML, v i giá tr bootstrap t ng nhánh trên 70%)

Không có minh ch ng rõ ràng nào v khu v c ng n cách hay nh h ng c a các
dòng h i l u trong khu v c Bi n ông. Vì v y c 3 dòng NWP1, MWP2, NWP3 cá
i

m c Vi t Nam có gen đ ng nh t trên ph m vi đ a lý r ng và c ng có th lý gi i vi c dòng
NWP1 đư di chuy n t vùng bi n Nh t B n đ n vùng bi n ài Loan và Bi n ông đ sinh
s n. Nh ng ghi nh n v phân b c a loài c ng nh các khu v c phân b c a 3 dòng
NWP1, NWP2 và NWP3 đ t ra gi thi t là ngu n g c c a ba dòng NWP1, MWP2, NWP3
b t ngu n t s t n t i c a m t khu v c b ng giá nh tác gi Ke et al., 2009 đư ghi nh n và
vi c m r ng s l ng cá th v t qua kh i các vùng phân b truy n th ng có th liên
quan đ n sinh c nh, di c , dòng ch y, nhi t đ n c b m t ...
Khu v c Bi n ông v n còn r t ít các nghiên c u v cá bi n nói chung và loài cá
i m c nói riêng. Các k t qu nghiên c u g n Vi t Nam nh t là nghiên c u c a tác gi
Sun et al. (2011) khi đánh giá đa d ng ngu n gen qu n th cá
i m c phía B c và phía
Nam đ o H i Nam (Trung Qu c) b ng ch th CO1, đư xác đ nh đ c 33 haplotype đ c
tr ng cho 2 khu v c B c và Nam đ o H i Nam t 84 m u cá i m c nghiên c u. K t qu
công b c a Eleanor et al. 2007; Ph m V n Ninh và cs., 2009;
ng Thúy Bình và cs.,
2014 v dòng ch y khu v c Bi n ông thì hi n t ng gió mùa, th y tri u, n ng đ mu i
có th là nh ng nhân t nh h ng đ n di c , c u trúc qu n th đàn. M t nguyên nhân khác


18

gây nh h ng đ n di c c a đàn cá bi n là do bi n đ i khí h u, nhi t đ t ng cao, m c n c
bi n dâng, bưo, l ...
K t qu phân tích đư d ng di truy n t 110 m u cá
i m c Vi t Nam v i 2 vùng
gen CO1 và Cytb, so sánh k t qu công b c a Vi t Nam v i công b c a Chen et al.,
1986; Ke et al., 2009; Durand & Borca, 2015 m t l n n a cho th y cá
i m c Vi t Nam
thu c 3 dòng NWP1, NWP2, NWP3 hi n di n d c bi n Vi t Nam v i dòng NWP1 khá
ph bi n, dòng NWP2 xu t hi n ch y u V nh B c B trong khi Shen et al., 2011 cho

r ng dòng NWP2 ch có khu v c Tây B c Thái Bình D ng phân vùng theo dòng ch y
và đ a lý.
Vi c nghiên c u đa d ng di truy n cá bi n Vi t Nam là hi m, ghi nh n c a chúng
tôi khi ti n hành nghiên c u đa d ng di truy n i m c Vi t Nam v i quy mô sâu, c g ng
tìm hi u s ti n hóa loài và nh ng nguyên nhân bi n đ i đa d ng sinh h c Bi n ông.
K t qu nghiên c u c a chúng tôi đư ph n nào kh a l p nh ng thi u h t v nghiên c u t i
Bi n ông nói chung c ng nh đi m nóng sinh h c bi n Châu Á v n ch a đ c khám phá.
ánh giá đa d ng di truy n d c bi n Vi t Nam đ i v i loài cá i m c chúng tôi cho r ng:
cá
i m c Vi t Nam thu c 3 dòng NWP1, NWP2, NWP3 và đ c cho là phù h p v i
loài này t i khu v c Tây B c Thái Bình D ng, không có s bi n đ i gen hay thoái hóa
gen. Theo Shen et al., 2011 dòng NWP1 xu t hi n phía b c khu v c Tây B c Thái Bình
D ng, bi n Nh t B n và bi n ông Trung Qu c; dòng NWP2 phân b d c theo dòng
ch y Kuroshio (T bi n Thái Bình D ng-Nh t B n-Pilippin); dòng NWP3 có phân b
h p h n, ch gi i h n trong khu v c Tây B c Thái Bình D ng ( ài Loan, đ o H i Nam)
và theo Durand et al., 2012a dòng NWP3 đư xu t hi n khu v c New Caledonia và Fiji.
Còn tác gi Shen et al., 2011 l i cho r ng các loài cá xu t hi n trong khu v c Tây B c Thái
Bình D ng đ u có liên quan m t thi t v i nhi t đ . Tác gi Shen et al., 2011 cho r ng v i
nhi t đ t 19-21oC có th là dòng ôn đ i, khi nhi t đ t ng lên t 28-30oC có th là dòng
nhi t đ i. Trong khi Durand et al., 2012b cho r ng dòng NWP3 xu t hi n c
bán c u b c
và bán c u nam, chính s phân b c a loài không theo tính nhi t đ i hay nhi t đ đư t o ra
s tranh lu n v ngu n g c nhóm loài và đa d ng di truy n ngu n gen cho t ng dòng. Các
k t qu nghiên c u th c t cho th y s ph c t p và s th t là c 3 dòng (NWP1, NWP2,
NWP3) đ u hi n di n t i vùng Bi n ông.
Chính t k t qu nghiên c u này, chúng tôi nh n th y c 3 dòng NWP1, NWP2,
NWP3 đ c duy trì trên ph m vi đ a lý r ng, c th dòng NWP1 đ c cho là dòng có
ngu n g c ôn đ i xu t hi n V nh B c B và mi n Nam Vi t Nam, còn v i Chen et al,
1986 thì dòng NWP1 có th di chuy n t B c đ n Nam Vi t Nam và có th sinh s n t i
vùng bi n ài Loan (cùng dòng NWP3). K t qu nghiên c u Shen et al., 2011 khi s d ng

ch th microsatellite phân tích đa d ng di truy n ngu n gen cho th y s t ng đ ng v gen
c a cá
i m c trong c 3 dòng NWP1, NWP2, NWP3 khu v c bi n phía ông Trung
Qu c và khu v c ài Loan.


19

Hình 3.6. Cây phát sinh các dòng cá

im cđ

c xây d ng b ng ph

ng pháp ML.

Chúng tôi cho r ng s di chuy n c a loài cá i m c có liên quan đ n khu v c Tây
B c Thái Bình D ng vì ranh gi i bi n v i “Pleistocene” khi m c n c bi n h th p do
bi n đ i khí h u, đ a lý. Cu i k b ng hà m c n c bi n h th p k l c và cá
i m c đư
m r ng ph m vi đi u này phù h p v i nh ng tín hi u t ng v qu n th quan sát đ c c a
các nhà nghiên c u g n đây. Do v y c c u đàn, qu n th cá
i m c không th xác đ nh
đ c vì ph thu c vào tr ng thái trôi d t và cân b ng. Trong nghiên c u này, s đa d ng
c a cá i m c Vi t Nam r t ph c t p, s phân b 3 dòng (NWP1, NWP2, NWP3) t i Vi t
Nam ch ng chéo lên nhau, nhi t đ b m t n c bi n d c b bi n Vi t Nam có l không
ph i là m t gi i h n sinh lý cho b t k ngu n g c c a ba nhóm trên. K t qu nghiên c u
đ nh tên chính xác 162 m u cá
i m c Vi t Nam, chúng tôi l a ch n 3 m u đ i di n cho
3 dòng (NWP1, NWP2, NWP3) đ ti p t c so sánh v i các m u cùng dòng này đ c công

b t i vùng Tây B c Thái Bình D ng (Shen et al., 2011), ông B c i Tây D ng, a
Trung H i (Durand & Borsa, 2015), xây d ng b ng ph ng pháp Maximum-likelihood
(ML) phân tích t 1569 nucleotide liên k t c a 2 vùng gen CO1 và Cytb. Trên th gi i
gi ng Mugil đ c xác đ nh có 13 dòng (ký hi u l n l t là Mugil spp.A, B, C, D, E, F, J, I,
L, Q, G, H, K), đ c đ nh tên, mư hi u loài Mugil sp. A, B, D, J, G và Q thu c nhóm phía
đông b c
i Tây D ng và a Trung H i; loài Mugil sp.C = dòng NWP1 thu c Thái


20

Bình D ng; loài Mugil sp.I = dòng NWP2 thu c Thái Bình D ng; loài Mugil sp.L =
dòng NWP3 thu c Thái Bình D ng; loài Mugil sp.E thu c dòng
i Tây D ng; loài
Mugil sp.F, H, K thu c dòng n
D ng (Durand & Borsa 2015). Giá tr bootstrap cho
các dòng cá
i th hi n trên hình 3.6 đ t trên 75%. M u cá
i m c Vi t Nam thu c
dòng NWP1 t ng đ ng v i m u cùng lo i thu t i ài Loan và Chi Lê 100%. M u cá i
m c Vi t Nam thu c dòng NWP2 gi ng 100% m u cùng loài thu t i phía đông vùng bi n
Trung Qu c, ài Loan và Nh t B n. M u cá
i m c Vi t Nam thu c dòng NWP3 gi ng
98% m u cùng lo i thu t i ài Loan, Fiji, New Caledonia.
3.4.3. Kho ng cách di truy n
So sánh trình t nucleotide 110 m u cá i m c Vi t Nam v i 2 vùng gen CO1 và
Cytb, nh n th y m c đ t ng đ ng nucleotide các loài có quan h di truy n r t g n nhau
t 0 đ n 0,27 (gen CO1); t 0 đên 0,43 (gen Cytb), nh v y h s di truy n v i 2 gen CO1
và Cytb đ u < 0,5. Ch s đa d ng di truy n đư ph n ánh nh ng m c đ bi n đ i r t nh
gi a các cá th nghiên c u. S sai khác v đ a đi m thu m u t 12 t nh/thành ph trong

khu v c V nh B c B , mi n Trung, mi n Nam là r t nh , s sai khác v đ a lý không nh
h ng đ n cá i m c trong khu v c Bi n ông. V i 636 v trí có giá tr phân tích đ i v i
gen CO1, xác đ nh đ c 509 v trí b o th (không bi n đ i), v trí bi n đ i 120 và 415 v trí
mang thông tin di truy n, v trí singleton 1/636. T ng t v i 860 v trí có giá tr phân tích
v i gen Cytb, xác đ nh đ c 644 v trí b o th (không bi n đ i), v trí bi n đ i 296 và 599
v trí mang thông tin di truy n, v trí singleton 1/860, chi ti t b ng 3.2
B ng 3.2. M t s th ng kê bi n đ i nucleotide khi so sánh v i 2 vùng gen CO1 và Cytb
TT

N i dung

Gen CO1 Gen Cytb

1

V trí b o th

509/636

644/860

2

V trí bi n đ i

120/636

296/860

3

V trí mang thông tin ti n hóa

415/636

599/860

4

V trí singleton (Si)

1/636

1/860

a d ng nucleotide là s khác bi t m i v trí trình t và v m c đ d h p t
m c nucleotide c a qu n th giao ph i ng u nhiên (Nei, 1987). S khác nhau gi a các cá
th trong m t loài đ c phân tích theo mô hình Kimura 2. Trong nghiên c u phân t , s
d ng trình t gen CO1 có m c đ khác bi t trong loài gi a các m u trong t ng vùng nghiên
c u là r t nh p<0,02. Ch s đa d ng di truy n đư ph n ánh nh ng m c đ bi n đ i r t nh
gi a các cá th nghiên c u. S sai khác v đ a đi m thu m u t 12 t nh/thành ph trong khu
v c V nh B c B , mi n Trung, mi n Nam là r t nh , s sai khác v đ a lý không nh h ng
đ n cá i m c trong khu v c Bi n ông.
3.5. Nghiên c u đa d ng di truy n ngu n gen cá i m c Vi t Nam b ng ch th SSR
3.5.1. K t qu phân tích SSR
K t qu nhân gen t 70/110 m u cá
i m c l a ch n nhân PCR v i 12 ch th
SSR, chúng tôi đư xác đ nh 35 alen khác nhau,v i kích th c dao đ ng t 45bp đ n 344bp.
M i hai ch th SSR phân tích v i m u cá i m c Vi t Nam cho th y t l phân đo n đa
hình dao đ ng t 50% đ n 100%, trong đó có đ n 5/12 ch th có t l phân đo n đa hình là

21

100% (ch th Muce 16, Muce 26, Muce 38, Muce 55, Muce 80). M i locus đa hình đ c
tìm th y cho loài cá
i m c Vi t Nam. S alen trung bình 2,91 cho m t locus, dao đ ng
t 2 (Muce 9, Muce 37, Muce 55) đ n 4 (Muce 14, Muce 38, Muce 51). Các giá tr PIC
đ c xác đ nh cho 10 locus đa hình. Giá tr PIC cao nh t (0,5918) đ c tìm th y c p m i
Muce 51và th p nh t (0,0289) c p m i Muce 55. Hàm l ng thông tin đa hình (PIC)
trung bình c a 12 c p m i là 0,2899 (<0,5) cho th y m c đ khác nhau v di truy n gi a
các cá th trong loài là r t th p.
3.5.2. M t s thông s tính đa d ng di truy n c a 70 m u cá i m c Vi t Nam khi phân
tích v i ch th SSR
K t qu nghiên c u c ng ch ra r ng giá tr alen quan sát trung bình (Na) thay đ i
t 2,333 (qu n th V nh B c b ) đ n 2,50 (qu n th mi n Trung) v i giá tr trung bình c a
3 qu n th là 2,417. S alen hi u qu (Ne) dao đ ng t 2,039 (qu n th V nh B c b ) đ n
2,128 (qu n th mi n trung) v i giá tr trung bình là 2,084. Giá tr c a h s gen d h p t
quan sát (Ho) khác nhau gi a các qu n th , trung bình 0,942 dao đ ng t 0,929 qu n th
mi n Trung đ n 0,951 qu n th V nh B c b . Trong khi giá tr h s gen d h p t mong
đ i (He) dao đ ng t 0,508 qu n th V nh B c b đ n 0,525 qu n th mi n trung. Giá
tr Uhe>0,5 và ch s c đ nh trung bình (F=-0,828). V i ch s F<0 cho th y t ng đàn cá
i m c Vi t Nam ch a g p nguy hi m. Giá tr ch s đa d ng di truy n Shannon (I) đ c
tính toán cao nh t qu n th mi n trung (I = 0,782), sau đó đ n qu n th mi n Nam (I =
0,758) và th p nh t là qu n th V nh B c b (I = 0,735). Ch s đa d ng di truy n theo
Shannon và theo Nei cho th y tính đa d ng di truy n c a các loài này đ u m c ch a đáng
lo ng i. H s (trung bình) Fis =-0,8211 đ ng ngh a v i vi c qu n th cá i m c có h s
giao ph i c n huy t r t th p. Trong khi m c đ di nh p gen (Nm) l i r t cao m t s
locus, ch ng h n Nm=323,48 và Fst=0,0008 đ i v i ch thi Muce 26 ho c Nm=356,23 và
Fst=0,0007 đ i v i ch thi Muce 51. Theo Nei, 1987 n u ch s Fst<0,05 đ c cho là có s

sai khác di truy n gi a các qu n th là nh . M t khác m c đ di nh p gen trung bình
Nm=11,22 và ch s Fit =-0,7815 và Fst=0,0218 cho phép nh n đ nh m c đ đa d ng di
truy n quân th cá i m c Vi t Nam ch a đáng lo ng i.
K t qu phân tích m c bi n l ng phân t (AMOVA) gi a 3 qu n th cá đ i m c
(M.cephalus) Vi t Nam cho th y s khác bi t gi a các qu n th và gi a các cá th trong
cùng qu n th v i t ng m c đ thay đ i phân t là r t th p gi a các qu n th (29%), gi a
các cá th trong qu n th (71 %).
3.5.3. H s t ng đ ng di truy n gi a 3 qu n th cá i m c Vi t Nam
H s t ng đ ng di truy n gi a 3 qu n th cá i m c Vi t Nam là r t cao (>0,9),
trung bình 0,9642. Trong đó qu n th Mi n Trung/mi n Nam có m i quan h di truy n g n
g i 0,9529; qu n th V nh B c b /Mi n Trung có m i quan h di truy n 0,9668. Kho ng
cách di truy n gi a Mi n Trung/mi n Nam là 0,0274, gi a Mi n Trung/V nh B c b là
0,0338. Phân tích NJ (Neighbor Joining) trên c s kho ng cách di truy n theo Nei (1973)
tìm th y m i quan h gi a các nhóm qu n th v i nhau (Hình 3.7). Các qu n th cá
i
m c Vi t Nam hình thành hai nhóm: nhóm I là qu n th cá
i m c V nh B c b và mi n
Trung, nhóm II là qu n th cá i m c mi n Nam.


22

Hình 3.7. Phân tích NJ trên c s kho ng cách di truy n gi a các qu n th cá

i m c Vi t Nam

3.5.4. M i quan h di truy n 70 m u cá i m c Vi t Nam t 3 qu n th phân tích v i 12
ch th SSR
Bi u đ hình cây th hi n m i quan h di truy n gi a 70 m u cá i m c Vi t Nam
t 3 khu v c V nh B c b , mi n Trung và mi n Nam khi phân tích v i 12 ch th SSR đ c

th hi n hình 3.8. K t qu ch ra qu n th cá
i m c Vi t Nam chia thành hai nhánh
chính: Nhánh I v i 2 nhóm (A) và (B); nhánh II v i nhóm (C). Nhóm(A) v i 27 m u thu c
khu v c V nh B c b n m tr n thành m t nhóm, có h s gen t ng đ ng t 0,79 đ n 1,
m u S1 và S2 gi ng 97%, Q17 gi ng 100% Q18, E33 gi ng 100% E3. T ng t nhóm (B)
v i 21 m u thu c khu v c mi n Trung n m thành m t nhóm, có h s gen t ng đ ng 0,87
đ n 1, m u QB52, QB53 gi ng nhau đ n 100%. Nhánh 2 v i nhóm (C) v i 22 m u thu c
khu v c mi n Nam n m thành m t nhóm. Nhóm này chia thành 2 nhóm nh II(a) v i 17
m u r i đ u 4 vùng thu mi n Nam nh Kiên Giang, C n Th , V ng Tàu và C n Gi
(Thành ph H Chí Minh), nhánh II (b) v i 5 m u thu t i Phú Qu c và V ng Tàu có h s
gen t ng đ ng t 0,85 đ n 1.

Hình 3.8. Bi u đ hình cây th hi n m i quan h di truy n c a 70 m u cá đ i m c (M.cephalus)
Vi t Nam phân tích v i ch th SSR tính theo h s di truy n c a Jaccard và ki u phân nhóm
UPGMA.


23

Hình 3.9. Bi u đ t a đ phân tích m c đ đa d ng di truy n qu n th 70 m u cá

i m c Vi t

Nam v i 12 ch th SSR. (P1- V nh B c B , P2-Mi n Trung, P3- Mi n Nam).

Bi u đ phân tích t a đ (hình 3.9) c a 70 m u cá i m c Vi t Nam c ng ph n
ánh k t qu t ng t nh bi u đ hình cây (hình 3.8) đó là các m u thu có s đan xen l n
nhau gi a các vùng (đ a lý) V nh B c b , mi n Trung và mi n Nam.
K T LU N VÀ KI N NGH
K t lu n

1. ư xác đ nh chính xác 162 m u cá
i m c 12t nh/thành ph , v i 3 khu v c:
V nh B c B , mi n Trung, mi n Nam trên t ng s 1017 m u cá i thu t i 99 đi m Vi t
Nam b ng vi c k t h p gi a ph ng pháp hình thái h c và SHPT (gi i mư 2 vùng gen CO1
và Cytb).
2. Cá i m c Vi t Nam (Mugil cephalus L.) thu c 3 dòng NWP1 (ôn đ i), NWP2
(nhi t đ i) và NWP3 (giao thoa gi a ôn đ i và nhi t đ i). M u cá
i m c thu c dòng
NWP1 t ng đ ng 100% m u cùng lo i thu t i ài Loan và Chi Lê. Dòng NWP2 t ng
đ ng 100% m u thu t i ài Loan, Trung Qu c, Nh t B n. Dòng NWP3 t ng đ ng 98%
m u cùng lo i thu t i ài Loan, Fiji, New Caledonia.
3. ư xác đ nh 10 haplotype (vùng gen CO1), 25 haplotype (vùng gen Cytb) cho
khu v c Bi n ông, 03 haplotype đ c h u (vùng gen CO1) cho cá
i m c Vi t Nam là
HT37, HT38, HT39 (NWP1), 10/25 haplotype (vùng gen Cytb) c a cá
i m c Vi t Nam
không quan sát th y khu v c Thái Bình D ng. a d ng di truy n gi a các m u cá
i
m c thu c 3 dòng NWP1, NWP2 và NWP3 là th p.
4. Nghiên c u di truy n 70 m u/110 m u cá
i m c (Mugil cephalus) Vi t Nam
v i 12 ch th SSR cho k t qu 10/12 locus cho k t qu đa hình, t ng s 35 alen đ c ghi
nh n cho t t c các locus nghiên c u. Ch s PIC trung bình cho t ng ch th là 0,2889
(0,0289-0,5918). H s gen d h p t quan sát (Ho) khác nhau gi a các qu n th : V nh B c
b là 0,951, mi n Trung là 0,929, mi n Nam là 0,947. Trong khi giá tr h s gen d h p t
mong đ i (He) dao đ ng qu n th V nh B c b là 0,508); qu n th mi n Trung là 0,525
và qu n th mi n Nam là 0,158 (He>0,5). Giá tr Fst trung bình là 0,216 cho th y s khác
bi t v di truy n gi a các qu n th là r t nh , đ ng th i m c đ thay đ i phân t r t th p
gi a các qu n th (29%) và gi a các cá th trong cùng qu n th (71%). Bi u đ hình cây