Phân loại học và Hệ thống học 2

Hình 4.32 Cây phả hệ trong sổ tay ghi chép của Darwin


Hai yếu tố nốt (nodes) và nhánh
(branch)
Z
X

B
C
Y

D

R

E

Hình 4.34 Một rooted tree


Hai yếu tố nốt (nodes) và nhánh
(branch)
A

C

D
B

Hình 4.35 Cây khơng cùng gốc
(unrooted tree)


Hình 4.34 là cây
cùng gốc (rooted
tree) các đầu
nhánh của nó
tượng trưng cho 5
taxa (A, B, C, D,
E), bao gốm gốc R
với 4 nốt bên trong
(R, X, Y, Z). Một
cây được gọi là
cùng gốc nếu nó
có một nốt đặc biệt
- gốc – từ đó một
đường dẫn hướng
duy nhất đến mỗi
taxon. Trong hình
3, R là gốc vì nó là
nốt bên trong duy
nhất từ đó có thể
đến tấc cả những
nốt khác.

Hình 4.33 Cây phả hệ các giống cam, quýt, tắc ở Việt
Nam

1.2 PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ DNA (DNA sequence analysis)

• Có 4 loại nucleotide A, C, G, và T- tương ứng
với tên của 4 gốc base nitơ: adenine, cytosine,
guanine và thymine gắn với sườn
deoxyribosyl-phosphate qua liên kết cộng hóa
trị.
• Ví dụ: AAAGTCTGAC, đi từ đầu 5' đến 3' tính từ
trái sang phải.
• ký hiệu gạch ngang gap (-) chỉ khoảng trống (so
với trình tự tương đồng) ATC-G--C.
6


• quy ước IUPAC (International Union of
Pure and Applied Chemistry):
• A: Adenine; C: Cytosine; G: Guanine; T (or
U) Thymine (or Uracil);
• I: inosine; U: uridine; X: xanthosine; Ψ:
pseudouridine;
• R: A or G; Y: C or T (U); S: G or C;
• W: A or T (U); K: G or T (U);
• M: A or C; B: C or G or T (U); D: A or G or
T (U); H: A or C or T (U);
• V: A or C or G; N: any base; -: gap
7


• - Chỉ số bootstrap: là tần số xuất hiện
của một nhóm (cluster) trên số lần giản đồ

được thiết lập. Đơn vị tính là % (phần
trăm). Theo Felsenstein (1985) bootstrap
là một công cụ hỗ trợ cho việc xây dựng
cây phát sinh lồi. Chỉ số bootstrap nói
lên độ tin cậy của sự gần gũi các thành
viên của nhóm của cây phả hệ.


- Chỉ số CI (Consistency Index): là tỉ số đo tương thích giữa một
cây bất kỳ nào đó trong tổng số các cây được phân tích có tổng
số nhánh ít nhất. Giá trị CI biến động trong khoảng 1.0 (tương
thích tối đa) tiệm cận đến 0 (ít tương thích nhất). Giá trị CI càng
lớn thì kết quả có mức độ tin cậy càng cao.
• Chỉ số CI được tính bằng cơng thức: CI = M/S
• Trong đó:
• M: số lượng nhỏ nhất có thể có của sự thay đổi tính trạng (bậc)
trong một cây phát sinh lồi bất kỳ.
• S: số lượng sự thay đổi tính trạng thật sự (bậc) trong cây phát
sinh đang nói đến (cây phát sinh đã có ý nghĩa giải thích tất cả
sự phân bố tính trạng của giống cần phân loại).
Giá trị này biến động trong khoảng 1.0 (tương thích nhất hay)
tiệm cận đến 0 (ít tương thích nhất). Giá trị này có ý nghĩa
cao khi >0,90 ; Giá trị này không có ý nghĩa khi <0,20
• - RI (Retention Index): chỉ số thể hiện số lượng tính trạng
tương đồng của 2 hay nhiều giống cùng tổ tiên trên cây phân
loại.


- Max score: Giá trị này được tính dựa vào sự giống nhau giữa các
cặp nucleotide của hai trình tự so sánh so với các trình tự khác

trong cơ sở sữ liệu. Thuật toán so sánh cặp được sử dụng trong
việc tính tốn này và kết quả được xuất ra thể hiện bằng giá trị “bit”
(đơn vị thông tin). Về cơ bản, giá trị này càng lớn thì sự giống nhau
giữa hai trình tự càng nhiều (Tao, 2007).
- Total score: là tổng điểm số của tất cả các HSP (high scoring
pairs) trong trình tự của cơ sở dữ liệu. Giá trị này tương ứng với
max score trong đa số trường hợp.

10


- Query Coverage: thể hiện sự bao phủ về chiều dài của những
cặp nucleotit được cho điểm cao trong dữ liệu trình tự so với trình
tự tìm kiếm.
-Maximal Identity: là tỉ lệ phần trăm cao nhất được xác định khi so
sánh các cặp được cho điểm cao trong cùng một cơ sở dữ liệu
trình tự.
-E value: giá trị E được định nghĩa là xác suất khả năng xuất hiện
của một trình tự khác có độ tương đồng cao hơn trình tự mà
chương trình Blast đang so sánh. Hay nói cách khác, giá trị E thể
hiện độ tin cậy của các giá trị score. Giới hạn của một giá trị tìm
kiếm đáng tin cậy là E score > 0.01-1 (không có ý nghĩa), nghĩa là
giá trị E càng tiến về 0 thì độ tin cậy càng cao, xác suất để có một
trình tự khác có score cao hơn càng thấp.
3e-15 (có nghĩa là 3x10 mũ -15).
11


• Đỗ Anh Dũng và cộng sự (2004) đã
nghiên cứu sự đa hình của DNA ty thể

của lồi thỏ xám phân bố ở vùng Văn
Quán, Lạng Sơn để khẳng định chúng là
lồi thỏ q hiếm ở nước ta.


• Đặng Thúy Bình, Nguyễn Thị Anh Thư và
Lê Thị Mai Anh (ĐH Nha Trang) 2012
Mối quan hệ phát sinh loài của trai tai
tượng (Tridacna SPP.) ở vùng biển Việt
Nam và Trung bộ Việt Nam
- gien 16S và CO1 của ADN ty thể


• Đặng Tất Thế và cộng sự (2000 - 2007)
đã phân tích tiến hóa phân tử, phát sinh
chủng loại và đa dạng di truyền của DNA
ty thể của một số lồi thú, bị sát q hiếm
ở Việt Nam


Giun đất ở Việt Nam
amp

dv E

XVIII
mp

B

1mm

6/7

FF
1mm

C

gm

G

1mm

A

D
E

10 mm


Hình 2. Giản đồ phả hệ (phylogenetic tree) của 37 loài hoa lan


Giun đất ở Việt Nam
40
36

2A

82

100

II
72

66

2B

83
92

100

2C
1

I

Figure 1. A dendrogram generated using UPGMA method with arithmetic
average analysis of 10 taxa based on the analysis of morphological traits
The numbers at the nodes indicate the confidence limits for the grouping of
those species in a branch based on 1,000 cycles in bootstraps analysis using
the FreeTree program. I. Glossoscolecidae; II. Megascolecidae.

Hình 1. Cây chủng loại phân tích bằng Neighbor Joining trong
Mega3.1 dựa vào trình tự đoạn ADN 488bp trên gien COII của 15
mẫu ruồi và 6 trình tự đã được công bố trên thế giới. Số trên
các nhánh cây là giá trị Bootstrap được phân tích với 1000 lần
nhắc lại (Lê Quốc Điền, Bùi Ngọc Kim Ngân, và Trần Nhân
Dũng, 2012)