DSpace at VNU: Đa dạng di truyền một số giống lợn nội tại Việt Nam và châu âu dựa trên chỉ thị

TAP CHÍ KHOA HOC ĐH Q G HN . KHTN & CN. T XX. s ố 4, 2004

ĐA DẠNG DI T R U Y E N

m ộ t

s ố G IO N G L Ộ N

n ộ i v iệ t n a m

v à

C H Â U Â U D ự A T R Ê N CH Ỉ TH Ị M IC R O SA T E L L IT E
N g u y ễ n T h ị D iệu T h ú y
Viện Công nghệ S in h học, Viện K hoa học và Công nghệ Việt N a m
H G e ld e rm a n n
Trư ờng Đ ại học H ohenheim , S tu ttg a r t, G erm any.

1. Đ ặ t v â n đ ề
Theo bản tóm t ắ t của FAO, 55% số lượng lợn trê n t h ế giới thuộc về v ù n g c h â u Á T hái
Bình Dương và chiếm đến 37% các giông được thông kê (Scherf, 2000). N h iều n g h iê n cứu về
đa dạng di tru y ề n đã được tiế n h à n h tr ê n các giông lợn châu Áu (Laval e t al., 2000, Lem usFlores et al., 2001), T r u n g Quốc (Li e t al, 2000; Fan et al., 2002, Y ang e t al., 2003), H àn
Quốc (Kim et al., 2002), và dự á n n g h iê n cứu lớn đan g được tiến h à n h đê đ á n h giá mức độ
đa dạng di tru y ề n củ a 50 giông lợn T r u n g Quốỉc, so s á n h với 59 giông lợn c h â u Âu (Blott et
al., 2003). Cho đến nay, các n g h iê n cứu về đa d ạng sinh học các giông lợn Việt N a m sử d ụn g
các phương pháp sin h học p h â n tử còn r ấ t h ạ p chế.
Chí thị di tru y ề n (genetic m a rk e r) là phương tiện tiện lợi đê đ á n h giá mức độ đa h ìn h
di truyền trong và giữa các giông. Chỉ th ị MS, do b ả n c h ấ t đa h ìn h cao, tậ p t r u n g và p h â n
bố trên toàn bộ hệ gen và dễ d à n g xác đ ịn h kiểu gen (genotyping), được sử d ụ n g rộng rãi
trong các nghiên cứu về đặc tr ư n g loài, đa d ạng di tru y ề n qu ần th ể của động vật. T rong
nghiên cứu này, c h ú n g tôi sử d ụ n g 10 M S để đ á n h giá mức độ đa h ìn h và q u a n h ệ di tru y ề n

giữa các giông lợn: 5 giông lợn nội V iệt N am được th u th ậ p ở các v ù n g địa lý k h á c n h a u ,
2 giống lợn ngoại nhập vào V iệt N am , 3 giống lợn thương mại châu Âu và giông lợn nòi châu Âu.
2. N g u y ê n liệ u v à p h ư ơ n g p h á p
M áu và tin h t r ù n g từ 317 con lợn thuộc 11 giông lợn được th u từ các v ù n g k h á c n h a u
và được tống k ết ở b ả n g 1.
B ản g 1: Các thông tin về mẫu
Giông

V ù ng lấy m ẫ u

S ố lượng

Loại m ẫu

Đực Cái Tổng số
Cỏ

Con C uông, N ghệ An

M áu

13

18

31

Mẹo

Q uỳ C h âu , N ghệ An

M áu

15

17

32

1


Ncuyẻn Thị Diệu Thúy, H Gelticrmann

Móng Cái

Hải Phòng

M áu

11

21

32

Mường Khương

Mường Khương, Lào Cai

M áu

5

27

32

Tạp Ná

Thông Nông, Cao Bằng

M áu

12

13

25

Landrace (Việt Nam)

H à Nội

M áu

5

12

17

Yorkshire (Việt Nam) Hà Nội

M áu

2

20

22

Landrace (Đức)

B aden-W ỹrttem berg, Đức

M áu/T inh trù n g

6

26

32

Large W hite (Đức)

B aden-W ỹrttem berg, Đức

M áu/T inh trù n g

8

22

30

Pietrain (Đức)

B aden-W ỹrttem berg, Đức

M áu/T inh trù n g

4

28

32

European Wild Boar

Các vùng khác n h a u của Đức

M áu

19

13

32

100 217

317

Tông sô

Đê p h â n tích theo nhóm di truyền, 11 giông lợn được chia làm 3 nhóm dựa trê n cách
thu mẫu: nhóm lợn nội Việt N am (VB) bao gồm cỏ, Mẹo, Mường Khương và Tạp Ná (lợn
Móng Cái không được xếp vào nhóm này vì Móng Cái được th u từ trạ i giông, tro n g khi đó
các giông lợn nội khác được th u ngẫu nh iên từ các hộ gia đình); nhóm lợn ngoại n hập vào
Việt Nam (XB) bao gồm Landrace và Yorkshire; nhóm lợn ngoại châu Au (EB) gồm có
Landrace, Yorkshire và P ie tra in của Đức.
ADN bộ gen được tách chiết từ m áu và tin h trù n g theo A usubel và cộng sự (1995).
T rìn h tự mồi của 10 MS và điều kiện p h ả n ứng PC R được trìn h bày ở b ản g 2.
Báng 2 . Trình tự mồi và điều kiện phản ứng PCR của 10 MS
Locus

MgCL, Ta
ỊmM]" ỊOCj,.,

Mồi xuôi

Mồi ngược

SWR345

3,0

60 AACAGCTCCGATTCAACCC

TACTCAGCCTTAAAAGGAAGGG

SW489

3,0

55 CAAGTGTGAAATTTGTGCGG

CGAAGTGCTAACTATAAGCAGCA

ỈFNG

2.1

58 ATTAGACCCCTAGCCTGGGA

GTTGGTCCTGTTCTCCAATAGG

SW2019

1,9

60 ATGATGCGAACCTGGAACTC

TATGTGTAACTTGGTCCCATCxC

TNFB

2.1

60 CTGGTCAGCCACCAAGATTT

GGAAATGAGAAGTGTGGAGACC

SW1083

3,0

50 CCTTGCTGGCCTCCTAAC

CATACTCCAAAATTTCTATGTTGA

SW2410

3,0

56 ATTTGCCCCCAAGGTATTTC

CAGGGTGTGGAGGGTAGAAG

SW957

3,0

54 AGGAAGTGAGCTCAGAAAGTGC

ATGGACAAG CTTG GTTTTC c

S0215

2.5

58 TAGGCTCAGACCCTGCTGCAT

TGGGAGGCTGAAGGATTGGGT

SW2427

3,0

60 GCATGTTATTGAGTTGATGTGTAGG TCGGAATTCCAGAAAATTGG

h: N ồng độ M gC l,>; 2>: N h iệ t độ bám

Tạp chí Khoa học ĐHQGHN. K IIT N á CN. T XX. So 4. 2004


Đa claim tỉi tru yon một số uiốiìíi lợn nội Việi Nam.

3

- P h ả n ứng PCR được tiến h à n h trê n máy chu trìn h n h iệ t PTC-200 (M J-Research,
W atertow n, USA) vối chư trìn h nh iệt bao gồm các bước: 92°c - 2 p h ú t 15 giây, 54-60°C-40
giây; 72”C - 45 giây; 92°c -15 giây; 54-60°C - 40 giây; 72°C- 45 giây; lặp lại 32 chu ký từ bước
4 đến bước 6; 92“C - lõ giây; 54-60°C - 40 giây; 72°c - 5 p hú t, giữ ở 10°c.
- P h ân tích độ dài MS được tiến h à n h trê n máy đọc trìn h tự h u ỳ n h q u an g laser tự
động (A utom ated Laser Fluorescent DNA-Sequencer, P h a rm a c ia, Freiburg) sử dụng điện di
biến tính trê n H ydrolink gel 5% với hệ đệm 0,6x TBE. Điện di được tiế n h à n h trong 150
phút ở 1500 V, 50°c. Độ dài allele được xác định dựa trê n chỉ thị độ dài trong và ngoài
(internal and extern al length marker).

- P h â n tích sô' liệu: sô' lượng allele hiệu quả (Effective N um b er of Alleles: ENA) được
tín h toán theo K im ura và Crow (1964), h àm lượng thông tin đa h ìn h (Polymorphism
Inform ation Content: PIC) theo Botstein (1980), chương trìn h p h ầ n mềm BIOSYS-2 (Sherf
2000) được sử dụng đê xác định độ dị hợp tử (Heterozygosity), độ lệch so với cân bằng
H ardy-W einberg, giá trị F theo W right (1978) và khoảng cách di tru y ề n c hu ẩn theo Nei's
(1972). K hoảng cách di tru y ề n ch u ẩn được sử dụng để xây dựng cây ph ả hệ (phylogenetic
tree) bằng phương p háp ƯPGMA (U nw eighted P a ir Group M ea su re using A rithm etic
Averages), giá trị b o otstrap với 1000 lần lấy m ẫu (resam pling) được tín h toán theo
BOOTDIST routine.
3. K ế t q u ả t h ả o l u ậ n
3.1. M ức đỏ đơ h ìn h của M S và c ủ a cá c n h ó m ỈỢn
P h â n tích kiểu allele (gen) của toàn bộ 317 m ẫu với 10 MS đều cho kết quả tin cậy.
Các hiệu ứng ả n h hưởng đến k ết quả kiểu gen n hư hiệu ứng trư ợ t (slipped effect), hiệu ứng
cấu h ình (conformation effect), khuếch đại trội (preferred amplification), khuếch đại vai
(shoulder amplification) trong toàn bộ nghiên cứu này dễ dàng được n h ậ n ra, vì thê không
ánh hướng k ế t quả p h â n tích. Hình 1 là kết quả p h ân tích kiểu gen trê n điện di Hydrolink
của 1 MS điển hình.

Hình 1; Kết quả phân tích kiểu gen của locus SW2019
M: Chỉ thị độ dài (length marker)

Tạp clti Khoa học ĐHQCÌHN. K H I N & CN, T.xx, So 4. 2004


Nguyẻn Thị Diệu Thúy, H Geldermann

4

Kết quả về các thôn g sô" đ á n h giá mức độ đa hình được trìn h bày ở bảng 3. Theo kết
quả bảng 3, sô" lượng allele của từng locus tính trê n toàn bộ q u ầ n th ê là dao động từ locus

IFN G có số lượng allele th ấ p n h ấ t (9) đến số lượng allele cao n h ấ t là 18 ở locus T N F B . Số
lượng allele tru n g bìn h tín h trê n to àn bộ qu ần th ể đ ạ t 14,4. Ở h ầ u h ế t các locus, sô' lượng
allele p h á t hiện được ở nhóm lợn nội Việt N am đều cao hơn ỏ 2 nhóm lợn còn lại. Chỉ có
nhóm lợn nội Việt N am m an g t ấ t cả các allele p h á t hiện được ở 4 locus (S W 4 8 9 , S W 1 0 8 3 ,
SW 2410 và SW 957).
B ảng 3: Đa dạng di truyền theo locus và theo nhóm lợn
Các thõng sô’
SW R 345
SW 489
IF N G
SW 2019
TN F B
SW 1083
SW 2410
SW 957
S0215
SW 2427
Sô’ lượng allele tru n g bình
ENA
PIC
Ho
HẼ
NLE

Locus

F.S
F st
% locus đa hình

VB
8
14
6
8
14
17
17
17
15
12
12,8
6,17
0,78
0,69
0,80
7,00
0,089
0,050
100

XB
8
3
4
8
9
3
5
6

1
7
5,4
2,77
0,50
0,51
0,54
9,00
0,022
0,028
90

Nhóm
EB
8
5
5
7
13
3
5
6
4
8
6,4
3,31
0,55
0,53
0,58
8,00

0,005
0,097
100

Tông số allele
11
14
9
10
18
17
17
17
16
15
14,4

VB: Nhóm lợn Việt Nam; XB: Nhóm lợn ngoại nhập vào Việt nam; EB: Nhóm lợn
ngoại châu Au; ENA: Sô" lượng allele hiệu quả (Effected number of alleles), PIC: Giá
trị mang thông tin đa hình (Polymorphism Information Content); H(): Độ dị hợp tử
theo thực tế (Observed heterozygosity); HE: Độ dị hợp tử theo lý thuyết (expected
heterozygosity); NLE: Sô" lượng locus thuộc cân bằng Hardy*Weinberg. F|S: hệ sô' di
truyền nội loài (inbreeding coefficient) ! Fst: Khác biệt di truyền giữa các giống
(genetic differentiation).

T ất cả các MS sử d ụ n g đều đa h ìn h (trừ locus S 0 2 1 5 đơn h ìn h ở 2 giống lợn ngoại
nhập). Số lượng allele tru n g bình tín h trê n toàn bộ 10 MS của nhóm lợn nội Việt N a m (12,8)
cao gấp 2 lần so vói nhóm lợn châu Âu (6,4) và hơn 2 lần so với nhóm lợn ngoại n h ậ p (5,4).
Sô' lượng allele tru n g bình của các giông lợn châu Âu chúng tôi th u được ỏ nghiên cứu này
cũng tương ứng vối k ế t quả về số allele tru n g bình của giông lợn Mexico (6,8) và lợn thương

Tạp chí Khoa học ĐHQGHN, K IỈT N & CN. r.xx, S ổ 4, 2004


Đa claim di truyền một sổ iiiôiiíi lợn nội Việt Nam.

5

mại (6,7) theo p h â n tích của Lem us-Flores và cộng sự (2001). Theo Fan và cộng sự (2002),
SCI lượng allele tr u n g b ìn h của giông lợn nội T ru n g Quốc th u m ẫu tạ i các tr a n g trại là th ấp
hơn (3,7-5,8). Điều n ày phù hợp với kết quả p h â n tích giông lợn Móng Cái trong nghiên cứu
này, số allele tr u n g b ình của giông lợn Móng Cái (5,7) th ấ p hơn h ẳ n so với giông lợn nội
khác. Kết quả này có th ể được giải thích là: giông lợn Móng Cái được th u ở trạ i giông, nơi có
sự can thiệp của chương trìn h chọn giông theo n hữ n g tín h tr ạ n g mong m uốn (khả n ă n g sinh
sản, tăng trọng) vì th ê mức độ đa d ạng sẽ th ấ p hơn các giông nội được th u m ẫu ngẫu nhiên
từ các hộ gia đình.
Giá trị PIC đ á n h giá mức độ m ang thông tin của chỉ thị. N ếu số lượng allele của một
locus càng lớn (tức là k h o ả n g p h â n hố của tầ n số x u ấ t h iện các allele càng rộng) thì mức độ
m ang thông tin của chỉ thị càng cao. C ũng n h ư vậy, n ếu so sá n h 2 q u ầ n thể, q uần th ể nào
có tần sô' x u ấ t hiện các allele càng đều n h a u thì giá trị ENA ở q u ần thê đó càng cao, và như
vậy mức độ đa h ìn h của q u ầ n thê đó cũng cao hơn. Giá trị ENA và PIC của bộ 10 MS ỏ các
giống lợn nội Việt N am cũng cao hơn h ẳ n so với giông lợn C hâu Âu và lợn ngoại nhập. Kết
quả th u được này cũng phù hợp với k ết quả của Li và cộng sự (2000): các giông lợn nội
T rung Quốc có số lượng allele tru n g bình, giá trị ENA, PIC cao hơn h ẳ n so với giông lợn úc.
Các k ế t quả trê n p h ầ n nào cho th ấ y mức độ đa dạng di tru y ề n cao hơn của nhóm lợn nội.
Theo b ản g 3, độ dị hợp tử theo p h â n tích ở cả 3 nhóm đều th ấ p hơn so với độ dị hợp tử
theo tín h toán lý th u y ế t. Tuy nhiên, sự khác biệt đó là nhỏ đổì với nhóm lợn n h ậ p ngoại và
lợn C hâu Âu, và ở gicmg lợn nội Việt N am sự khác biệt đó tương đôi lớn và thế hiện ỏ sô"
lượng locus tu â n theo quy lu ậ t H ardy-W einberg là th ấ p n h ấ t (7). Đ iều n ày có th ế là k ế t quả
của sự giao phôi cận h u y ế t xảy ra ở nhóm lợn này. Quy lu ậ t H ardy-W einberg th ể hiện mức

đồng n h ấ t, ngẫu nhiên, độc lập và qu an trọng n h ấ t là sự p h ù hợp giữa tẩ n s u ấ t thực tiễn
thư được từ thực ng hiệm so với tầ n s u ấ t lý th u y ế t tín h được từ các quy lu ậ t sinh học. Kết
quả trê n cũng úng hộ giả th u y ế t rằ n g sự suy giảm độ dị hợp tử có th ể là k ế t quả của tính
đồng d ạn g kích cờ allele m à không p h á t hiện được b ằ n g p h â n tích độ dài đoạn ADN trê n
điện di (Makova et al., 2000). Một ví dụ m inh họa cho điều này th ê h iện ớ k ế t quả đọc trìn h
tự allele của locus S W 4 8 9 (không trìn h bày ỏ đây). Allele có tầ n số x u ấ t h iện cao 158bp của
giông lợn Wild Boar mặc dù có cùng kích thước n h ư n g lại có SCI lượng đơn vị lập lại (di
repeat unit) là 16 cao hơn 1 đơn vị lặp lại. Đây là k ết quả của việc xóa đi 2 bp ở vùng sườn 5'-.
Nếu so sá n h giữa 3 nhóm , độ dị hợp tử của giôYig lợn Việt N am cao hơn 2 nhóm còn lại. Điều
n ày gợi ý rằ n g biến đổi di tru v ề n ở nhóm lợn nội V iệt N am phong p h ú hơn 2 nhóm lợn còn
lại.
Giá trị F|S đ á n h giá mức độ dị hợp tử và dao động từ -1 đến +1. Giá trị F IS dương tín h
thê hiện sự suy giảm dị hợp tử (nội phôi - inbreeding) và giá trị âm thê h iện dị hợp tử tăng
(ngoại phôi - outbreeding). Hệ sô" nội loài F IS của giông lợn nội Việt N am cao n h ấ t (0,089), và

l ạp chí Khoa học ĐHQGHN. KHTN á CN. T.xx, Sổ4. 2004


Nguyễn Thị Diệu Thúy, H Geldermann

6

th ấ p n h ấ t là giông lợn ch âu Âu (-0,005). Giông lợn nội Việt N am có mức độ nội phôi cao do
vẫn còn chăn nuôi ỏ dạng tự do, quá trìn h phôi giông h ầ u n h ư là tự nhiên, chưa có sự can
thiệp của con người. Ngược lại, giá trị Fis âm củ a giông lợn c h â u Au th ê hiện tìn h trạ n g
ngoại phôi, xu hướng tă n g của độ dị hợp tử. Giá trị FST ở cả 3 nhó m th u được n ằ m trong
khoảng 0,05-0,15 thê hiện mức độ khác biệt di tr u y ề n tương đôi giữa các giống. Đ iều th ú vị
là giông lợn châu Âu có giá trị FST cao n hất, tức là k h ác b iệ t di tru y ề n giữa các giồng là
tương đôi rõ. Đảy. dường n h ư là kết quả của q u á tr ìn h chọn lọc giông tro n g đó ả n h hưởng
của xu t h ế di tru y ề n (genetic drift) và dịch chu yển gen (gene flow) là nhỏ, còn ả n h hưởng

của các yếu tô' khác lên quỹ gen n h ư đột biến và chọn lọc là lớn hơn. Kết quả th u được về giá
trị F trê n phù hợp với thực tế: giông lợn nội Việt N a m do th iế u chọn lọc nên sự k h ác n h a u
giữa các cá thê là lớn n hư n g sự khác biệt giữa các giông lại nhỏ, ngược lại giông lợn ch âu Au
do có quá trìn h chọn lọc giông theo nh ữ ng tín h t r ạ n g n h ấ t đ ịn h n ê n sự khác biệt giữa các cá
thê là nhỏ và giữa các giông lại có sự p h â n biệt rõ ràn g .
3.2. K h o ả n g c á ch d i tru y ê n và cà y p h ả h ệ
K hoảng cách di tru y ề n tín h theo Nei's (1972) giữa các giông lợn được xác đ ịn h dựa
trên tầ n số x u ấ t hiện các allele, số lượng locus và scí lượng allele ở mỗi locus. K hoảng cách di
truyền là nhỏ n h ấ t giừa các cặp giông lợn LV v à YV (0,06), c o và M E (0,10), LV và PI
(0,07), và lớn n h ấ t là giữa WB và MC (1,98) và giữa WB và TN h a y M K (1,89). Khi so sán h
giữa các nhóm thì k hoảng cách di tru y ề n nhỏ n h ấ t là giữa 2 nhó m lợn có nguồn gốc ngoại
(XB và EB), khoảng cách di tru y ề n lớn n h ấ t (1,96 và 1,52) p h á t h iệ n th â y giừa lợn WB và
VB hay MC.
Báng 4: Ma trận khoảng cách di truyền chuẩn theo Nei (1972) giữa các giông
Giống

CO

ME

MK

K hoảng cách di tru y ề n
TN
LV
YV
MC

LG

PI

LW

CO

XXX

ME

0,10

XXX

MK

0,28

0,30

XXX

TN

0,27

0,27

0,24

XXX

MC

0,36

0,28

0,53

0,44

XXX

LV

0,94

0,62

0,96

0,92

0 ,8 8

XXX

YV

1,06

0,70

1,18

1 ,2 1

1 ,1 0

0,06

XXX

LG

1,20

0,84

1,41

1,37

1,08

0,11

0,11

XXX

PI

0,95

0,63

1,03

0,95

0,80

0,07

0,11

0,14

XXX

LW

1 ,0 2

0,70

1 ,2 0

1 ,0 1

1,03

0,14

0 ,1 1

0,25

0,18

XXX

WB

1,58

1,25

1,89

1,89

1,97

0,36

0,30

0,30

0,45

0,35

WB

XXX

Tạp chí Khoa học ĐHQGHN. K H T N & CN. T.xx, Số4, 2004


7

Đa claim di imyen mội sỏ íỉiống lợn nội Việt Nam.

B án g 5: Ma trận khoảng cách di truyền chuẩn theo Nei (1972) giừa các nhóm
Nhóm
VB
VB
MC
XB
EB
WB

MC

K hoảng cách di tru y ề n
XB

WB

EB

XXX

0,31
0,81
0,85
1,52

XXX

0,96
0,90
1,96

XXX

0,03
0,32

XXX

0,30

XXX

CO: Cỏ; ME: Mẹo; MK: Mường Khương; TN: Tạp Ná; MC: Móng Cái; LV: Landrace

(VietNam); YV: Yorkshire (VietNam); LG: Landrace (Đức); PI: Pietrain (Đức ); LW:
Large White (Đức); WB: Wild Boar; VB: nhóm lợn nội Việt Nam; XB: nhóm lợn ngoại
nhập vào Việt Nam; EB: nhóm lợn ngoại châu Au.
Sử d ụn g k h o ả n g cách di tru y ề n c h u ẩ n (s ta n d a rd genetic distance) theo Nei's (1972)
và phương p h á p U P G M A (U n w e ig h te d Pair-G ro u p M ethod u sin g A rith m etic Averages), cây
phả hệ cho 11 gi ông lợn và các nhó m di tru y ề n đã được xây dựng và có d ạng h ìn h học
(topology tree) b iể u h iệ n ở h ìn h 2. N g uy ên lý của phương ph áp là kh o ả n g cách di tru yền
giữa các nhóm được so s á n h
được nhóm lại (cluster). Chỉ
lớn hơn 60% được t r ì n h bày.
nh án h, một n h á n h bao gồm

theo cặp, các nhóm có k h o ả n g cách di tru y ề n nhỏ n h ấ t lầ n lượt
n h ữ n g giá trị b oo tstrap (đánh giá mức độ tin cậy của p h â n tích)
K ết qu ả h ìn h 2 cho th ấ y 11 giông lợn n ghiên cứu p h â n th à n h 2
các giông lợn nội Việt N am và n h á n h kia là các giông lợn Châu

Âu và lợn ngoại n h ậ p . Các giông lợn nội V iệt N am có mức độ đồng hợp tử kém hơn so với các
giông lợn ngoại vì t h ế t ấ t cả c h ú n g có giá trị b o otstrap tương đôi cao (>67%).
12

11

100

97

1. 2

11

1. 0

VB
MC
100 ị— XB
L EB
WB

.7
,6
.5
Genetic distance

H ìn h 2. Cây phả hệ các giông lợn nghiên cứu
a) Cây p h ả hệ các giông lợn

b) Cây p h ả hệ các nhóm lợn

CO: Cỏ: ME: Mẹo; MK: Mường Khương; TN: Tạp Ná; MC: Móng Cái; LV: Landrace
(VietNam); YV: Yorkshire (VietNam); LG: Landrace (Đức); PI: Pietrain (Đức ); LW:
Large White (Đức); WB: Wild Boar; VB: nhóm lợn nội Việt Nam (CO. ME, MK, TN); XB:
nhỏm lợn ngoại nhập vào Việt Nam (LV, YV); EB: nhóm lợn ngoại Châu Âu (LG, PI, LW)

ạp chí Klwa học D H Ọ G H N . K H T N & C N . T.xx. S ố 4, 2004


Nmiycn Thị Diệu Thúy, H Gcklcrniann

8

Kết quả trê n p h ả n á n h sự k hác biệt về p h â n bcí địa lý. Ví dụ n h ư giông lợn c o và ME
có nguồn gốc từ vùng địa lý cách xa n h a u khoảng 200km thuộc tỉn h Nghệ An, vì t h ế có q uan
hệ gần gũi với nh au , giông lợn MK và TN cũng nhóm vào một n h á n h do cù n g có nguồn gốc
từ 2 tính tương đôi gần n h a u ở phía Bắc của Việt N am là Lào Cai và Cao Bằng. Giống lợn
Móng Cái th u m ẫu ở T rại giông Hải Phòng, vì th ê n ằ m trê n 1 n h á n h nhỏ tách biệt với các
giông lợn nội khác. Sơ đồ phả hệ giữa các nhóm lợn với giá trị b o otstrap cao (97% trở lên)
thê hiện rõ ràn g sự p h â n hóa di tru y ề n giữa các giông nội Việt N am và giông lợn ngoại.
Điều này cho th ấ y kết q u ả p h â n tích q uan hệ di tru y ề n giữa các giông lợn nội Việt N am và
giữa các nhóm lợn sử d ụ n g 10 MS này đ ạ t độ tin cậy cao. Giá trị b o o tstrap của các giông lợn
ngoại và C h âu Au th ấ p hơn 60% vì thê cây p h â n loại d ạn g h ìn h học được th iế t lặp sẽ chưa
hoàn toàn chính xác. Do BOOTDIST sử dụng 1000 lần lấy m ẫu th ứ k h o ả n g cách di tru y ền
đặc hiệu locus n ên có th ê xem đó là kết quả của số lượng h ạ n ch ế các m a rk e r (10 MS). Đê có
kết quả chính xác đôi vối các giông lợn ngoại này, theo chúng tôi cần bô su n g th ê m số lượng
MS. Nghiên cứu nàv giúp c hú ng ta hiểu hơn về sự p h â n biệt tương đôi của đa d ạn g di
truyền nguồn gen lợn và điều này sẽ góp p h ầ n hỗ trợ tro n g việc hoạch địn h các kê hoạch
quốc gia cho bảo tồn và sử dụng các giông lợn nội Việt Nam.
4. K ế t l u ậ n
Các k ế t quả p h â n tích đa h ìn h độ dài 10 MS cho th ấ y các giông lợn nội Việt N am (CO,
ME, MK, MC và TN) có mức độ da h ìn h cao hơn h ẳ n so với giông lợn ngoại n h ậ p vào Việt
Nam (LV và YV) và các giông lợn C hâu Âu (LG, LW, P1 và WB) th ê h iện ở sỏ lượng ailele,
khoảng p h â n bô' allele, độ dị hợp tử, điều này th ể hiện các giông lợn nội V iệt Nam có nguồn
gen phong phú.
Các giông lợn nội Việt N am có hệ sô' nội loài cao hơn các giông lợn ngoại do thiếu sự
q uản lý giống, ngược lại sự khác biệt di tru y ề n giữa các giông lợn ngoại cao hơn h ẳ n do mỗi
giông có chương tr ìn h chọn lọc giông theo các tín h trạ n g kinh t ế n h ấ t định.
Cây ph ả hệ bộc lộ 2 n h á n h p hân biệt có liên q uan đến sự khác biệt về m ặt địa lý: các
giông lợn nội Việt N am nhóm lại th à n h 1 n h á n h và n h á n h kia là các giông lợn n h ậ p ngoại
và các giông lợn châu Au.
TÀI L IỆ U THAM KHẢO

1.

Ausubel, FM, Brent R. Kingston RE, Moore DD, Seidman JG, Smith JA, Struhl K. Shrort
Protocols in Molecular Biology. Third Edition, 1995, JohnWiley & Sons, Inc, pp2-7.

2.

Bennett p. Demystified ... microsatellites. Mol. Pathol. 53(2000), ppl77-183.

3.

Botstein D., White R.L., Skolnick M., and Davis R.w. Construction of a genetic linkage
map in man using restriction fragment length polymorphisms. Am. J. H um. Genet. 32
(1980), pp 314-331.

Tạp chí Khoa học ĐHQGHN, K ir i'N & CN, T.xx. So 4. 2004


Oil dạnii di iruvcii mõi sô iiiỏnu lợn nội Việt Nam.

9

4.

Blott S., Andersson L.. Groenen M.A., SanCristoba M., Chevalet c., Cardellino R., Li H., Li
K-. Plastow (1.. and Halev c . Characterization of genetic variation in the pig breeds of
China and Europe - The I>ICiHIODIV2 Project. Arch. Zootec. 52 (2003), pp 207-213.

5.

Fan B.. Wang ZG., Li YJ., Zhao XL., Liu B, Zhao SH., Yu M., Li MH., Chan SL, Xiong TA.,
anf Li K. Genetic variation analysis within and among Chinese indigenous swine
populations using microsatellite markers. Anim . Genet. 33(2002), pp 422-427.

6.

Kim KS. Yeo JS., Kim JW. Assessment of genetic diversity of Korean native pig (Sus
scrofa) using AFLP markers. Genes. Genet. Syst. 77(2002), pp 361-368.

7.

Kimura M. and Crow J.F. The number of alleles th at can be maintained in a finite
population. Genetics 49(1964), pp 725-738.

8.

Laval Cl., Iannuccelli N, Legault L, Milan D., Groenen M.A., Giuffra E., Andersson L.,
Nissen P.H., Jorgensen C.B., Beeckmann p., Geldermann H., Foulley J.-L., Chevalet c. and
Ollivier L. Genetic diversity of eleven European pig breeds. Genet. Sel. Evol. 32(2000), pp
187-203.

9.

Lemus-Flores, c., Ulloa-Arvizu R., Ramos-Kuri M., Estrada FJ., and Alonso RA. Genetic
analysis of mexica hairless pig populations. J. A nim . Sci. 79(2001), pp 3021-3026.

10.

Li K., Chen Y., Moran c , Fan B., Zhao s., and Peng z., Analysis of diversity and genetic
relationships between four Chinese indigenous pig breeds and one Autralian commercial

pig breed. A nim . Genet. 31(2000), pp 322-325.

11.

Makova. KD. Nekrutenko A., and Baker RJ. Evolution of microsatellite alleles in four
species of mice (genus Apodemus). J. Mol. Evol. 51(2000), pp 166-172.

12.

Nei M. Genetic distance between populations. American N aturalist 106(1972), pp 283-292

13.

Scherf B.D. World watch list for domestic anim al diversity. Food and Agriculture
Organization of the United Nations (FAO), Rome, 2000.

14.

Schlồtterer c. The use of microsatellites for genetic analysis of natural populations. EXS
69(1994), pp 203-214.

15.

Swofford DL and Selander RB. BỈO SYS-2, Version 1.7 (1989), modified by Black, 1997.

16.

Yang SL., Wang ZG, Liu B., Zhang GX., Zhao SH., Yu M., Fan B., Li MH., Xiong TA., Li K.
Genetic variation and relationships of eighteen Chinese indigenous pig breeds. Genet. Sel.
Evul. 35(2003), pp 657-671.

17.

Wright S. The genetic structure of populations. Ann. Eugen. 15(1951), pp 323-354.

Lời cảm ơn: Tác giả xin chân thành cám ơn sự tài trợ của Quỹ Nghiên cứu Đức
(DFG. Ge 291/21-1 và Ge 291/21-3) và Bộ Nghiên cứu và Nghệ Thuật Liên bang (BMBF,
VN01/0091), xin cám ơn sự ủng hộ và giúp đỡ quý báu của các bạn đồng nghiệp tại Bộ
môn Chọn Giông động vật và Công nghệ Sinh học, trường ĐH Hohenheim, Stuttgart, xin
chân thành cám ơn sự giúp đỏ của TS Nguyễn Văn Đức, Viện Chăn nuôi Quốc gia và các
bạn đồng nghiệp Phòng Công nghệ Gen động vật, Viện Công nghệ Sinh học trong quá
trình thu mẫu tại các tỉnh miền núi Việt Nam.

l ap chi Khoa hoc n H Q iiU N . K IIT N & CN. T.xx, So 4. 2004


Nguyen Thị Diệu Thúy, H Gcldermann

10

VNU. JO URNAL OF SCIENCE. Nat., Sci., & Tech.,

T.xx,

N04, 2004

G E N E T IC D I E R S I T Y O F V I E T N A M E S E A N D E U R O P E A N P I G B R E E D S
B A S E D O N M IC R O S A T E L L IT E M A R K E R S
N g u y e n T h i D ie u T h u y
In stitu te o f Biotechnology, V ietnam ese A cadem y o f Science a n d Technology

H G e ld erm an n
U niversity o f H ohenheim , S tu ttg a rt (D-70599), G erm any

Indigenous resources of the Asian pig population a re less defined a nd only rarely
compared with E u ro pean breeds. In th is study, five indigenous pig b re e d s from V ietnam
(Co, Meo, M uong Khuong, Mong Cai, T ap Na), two exotic breeds k ept in V ietnam (Large
White, Landrace), th re e E u ro pean commercial breeds (P ietrain, L and race, L arge White)
and European Wild Boar were chosen for evaluation of genetic diversity. S am p les a n d data
from 317 a n im als were collected an d ten polymorphic m icrosatellite loci were selected
according to FAO reco m m en datio n a n d our laboratory experience. Effective N u m b e r of
Alleles, Polymorphism Inform ation C ontent, w ithin-breed diversity, heterozygosities and
test for H ardy-W einberg equilibrium were determ ined. G enetic d istan ces b etw een b reeds as
well as genetic group w ere e stim a te d according to Nei (1972) a n d used for the construction
of UPGMA d e nd rog ram s which were e valu ated by bootstrapping. H eterozygosity was
higher in indigenous V ietnam ese breeds th a n in the other breeds. According to phylogenetic
tree, the V ietnam ese indigenous pig breeds which clustered in one b ran ch , showed higher
genetic diversity th a n the E u rop ean breeds an d all genetic d istan ces h a d a stro n g bootstrap
values (>67%). The E u ro p ea n commercial breeds an d E u ro p ea n Wild B oar were in close
relation and clustered in o th e r branch. They displayed th e lower bo o tstra p valu es com pared
to th a t of V ietnam ese indigenous breeds. This study is the first c o n trib u tion s to a genetic
characterization of a uto chth on ou s V ietnam ese breeds a n d it clearly d e m o n s tra te s th a t
these breeds h a rb o u r a rich reservoir of genetic diversity. It helps u s to b e tte r u n d e rs ta n d
the relative distinctiveness of pig genetic resources, a n d will a ssisst in developing a
national plan for conservation a n d u ltilization of V ietnam ese indigenous pig breeds.
K e y w o r d s : genetic diversity, polymorphism, microsatellite, V ie tn am ese indigenous
pigs, European pigs, phylogenetic tree.

Tạp chi Klioa học OHQGIIN. KHTN & CN. I XX. So 4, 2004