Nghiên cứu đặc điểm hình thái và đa dạng di truyền của sò lông anadara antiquata (tt)

d
ỌC
TRƢỜN

U

ỌC SƢ P

M

---- ----

TRẦN T Ị K M AN

ẶC

ỂM

ÌN

T Á VÀ A D NG DI TRUYỀN

CỦA SÕ LÔN

Anadara antiquata

Demo Version - Select.Pdf SDK

LUẬN VĂN T
THEO ỊNH

CS S N

ỌC

ƢỚNG NGHIÊN CỨU

Thừa Thiên

u

8


ỌC
TRƢỜN

U

ỌC SƢ P

M

---- ----

TRẦN THỊ KIM ANH

ẶC

ỂM ÌN T Á VÀ A D NG DI TRUYỀN
CỦA SÕ LÔN Anadara antiquata

Chuyên ngành: Động vật học
Mã số: 60 42 01 03
Demo Version - Select.Pdf SDK

Giảng viên hướng dẫn khoa hoc:
1. TS. TRẦN VĂN GIANG
2. PGS.TS. TRẦN QUỐC DUNG

LUẬN VĂN THẠC S SINH HỌC
THEO ĐỊNH HƯỚNG NGHIÊN CỨU

Thừa Thiên Hu 2018
i


LỜ CAM OAN
Tôi xin cam đoan đã trực ti p thực hiện các nghiên cứu trong luận văn này. Mọi
k t quả thu được nguyên bản không chỉnh sửa hoặc sao chép từ các nghiên cứu khác;
các số liệu sơ đồ k t quả của luận văn này chưa từng được công bố.
Mọi dữ liệu hình ảnh biểu đồ và trích dẫn tham khảo trong luận văn đều được
thu thập và sử dụng từ nguồn dữ liệu mở hoặc với sự đồng ý của tác giả. Các phần
mềm phân tích NYSYS 2.1 POPGENE32 đều có bản quyền hoặc sử dụng với sự đồng
ý của (nhóm) tác giả xây dựng phần mềm. Tôi xin hoàn toàn chịu trách nhiệm với
những lời cam đoan trên.
ọc viên

Trần Thị Kim Anh

Demo Version - Select.Pdf SDK

ii


Trong suốt thời gian học tập và hoàn thành luận văn tôi xin
chân thành cảm ơn quý thầy cô giáo trong Khoa Sinh học,
Trường Đại học Sư phạm Hu đã nhiệt tình truyền đạt ki n thức
cho chúng tôi. Tôi cũng xin cảm ơn các thầy cô đã tạo mọi điều
kiện thuận lợi cho tôi hoàn thành luận văn này.
Đặc biệt tôi xin bày tỏ lời cảm ơn chân thành và sâu sắc đ n
thầy giáo TS Trần Văn Giang và thầy giáo PGS.TS Trần Quốc
Dung đã tận tình hướng dẫn, chỉ bảo và tạo mọi điều kiện thuận
lợi nhất để tôi hoàn thành luận văn này.
Version
Select.Pdf
Tôi xinDemo
gửi lời
cảm -ơn
đ n quýSDK
thầy cô giáo ở Phòng thí
nghiệm Di truyền-Vi sinh, Phòng thí nghiệm Động vật học,
Trường Đại học Sư phạm Hu và Viện Công nghệ sinh học Đại
học Hu đặc biệt là TS. Hoàng Tấn Quảng đã giúp đỡ và chỉ dẫn
nhiệt tình trong quá trình nghiên cứu.
Cuối cùng tôi xin bày tỏ lòng bi t ơn sâu sắc đ n những
người thân trong gia đình bạn bè luôn quan tâm động viên và
giúp đỡ tôi trong suốt thời gian học tập và nghiên cứu để hoàn
thành luận văn này.
Huế, tháng 10 năm 2018
Tác giả luận văn
Trần Thị Kim Anh

iii


MỤC L ỤC
MỞ ẦU .........................................................................................................................1
1. Lí do chọn đề tài ...............................................................................................................................1
2. Mục tiêu đề tài ..................................................................................................................................1

Chƣơng : TỔNG QUAN VẤN Ề N

ÊN CỨU ..................................................2

1.1. Tổng quan về sò lông Anadara antiquata .....................................................................................2
1.1.1. Danh pháp và phân loại ..........................................................................................................2
1.1.1.1. Danh pháp .......................................................................................................................2
1.1.1.2. Phân loại ..........................................................................................................................2
1.1.2. Đặc điểm hình thái .................................................................................................................2
1.2. Phân bố ..........................................................................................................................................3
1.3. Sinh trưởng ....................................................................................................................................3
1.4. Đặc điểm dinh dưỡng ....................................................................................................................3
1.5. Vai trò............................................................................................................................................3
1.6. Tình hình khai thác sò lông ở Việt Nam .......................................................................................4
1.7. Các nghiên cứu về sò lông ............................................................................................................4
1.7.1. Trên th giới ...........................................................................................................................4

Demo Version - Select.Pdf SDK

1.7.2. Ở Việt Nam ..........................................................................................................................10
1.8. Ứng dụng chỉ thị phân tử trong nghiên cứu đa dạng di truyền....................................................11

1.8.1. Kỹ thuật đa hình các đoạn khu ch đại ngẫu nhiên (RAPD) .................................................11
1.8.2. Một số kỹ thuật khác ............................................................................................................14
1.8.2.1. Kỹ thuật đa hình chiều dài các đoạn giới hạn (RFLP) ..................................................14
1.8.2.2. Kỹ thuật đa hình độ dài các đoạn khu ch đại (AFLP) ..................................................15
1.8.2.3. Vi vệ tinh .......................................................................................................................15

Chƣơng . ỐI TƢỢN

VÀ P ƢƠN

P ÁP N

ÊN CỨU ............................ 17

2.1. Đối tượng nguyên vật liệu và thi t bị nghiên cứu ......................................................................17
2.1.1. Đối tượng nghiên cứu ...........................................................................................................17
2.1.2. Nguyên vật liệu nghiên cứu..................................................................................................17
2.1.3. Hóa chất và thi t bị sử dụng trong nghiên cứu .....................................................................18
2.2. Thời gian và địa điểm nghiên cứu ...............................................................................................19
2.2.1. Địa điểm nghiên cứu ............................................................................................................19
2.2.2. Thời gian nghiên cứu............................................................................................................19

iv


2.3. Phương pháp nghiên cứu .............................................................................................................20
2.3.1. Phương pháp nghiên cứu đặc điểm hình thái .......................................................................20
2.3.2. Tách chi t DNA tổng số .......................................................................................................20
2.3.3. Phương pháp PCR-RAPD ....................................................................................................21
2.3.4. Phương pháp điện di gel agarose..........................................................................................22

2.3.5.. Phương pháp tinh sạch sản phẩm PCR............................................................................23
2.3.6. Phương pháp xử lý số liệu ....................................................................................................23
2.3.7. Xây dựng giản đồ phả hệ......................................................................................................23

Chƣơng 3. K T QUẢ N

ÊN CỨU VÀ T ẢO LUẬN.......................................24

3.1. Một số đặc điểm hình thái sò lông A. antiquata..........................................................................24
3.1.1. Kích thước vỏ .......................................................................................................................24
3.1.2. Thể tích vỏ và thể tích khoang vỏ ............................................................................................27
3.1.3. Trọng lượng vỏ khô và tỷ trọng vỏ ..........................................................................................27
3.2. K t quả tách chi t DNA tổng số..............................................................................................28
3.3. K t quả thực hiện RAPD-PCR ................................................................................................29
3.3.1. K t quả RAPD với primer OPD11 .......................................................................................30
3.3.2. K t quảDemo
RAPD với
primer OPN06
.......................................................................................32
Version
- Select.Pdf
SDK
3.3.3. K t quả RAPD với primer OPG17 .......................................................................................34
3.3.4. K t quả RAPD với primer OPA03 .......................................................................................36
3.3.5. K t quả RAPD với primer OPB01 .......................................................................................38
3.3.6. K t quả RAPD với primer OPA04 .......................................................................................40
3.3.7. K t quả RAPD với primer OPF04........................................................................................42
3.3.8. K t quả RAPD với primer OPB11 .......................................................................................44
3.4. Phân tích mối quan hệ di truyền của sò lông A. antiquata ..............................................................46
3.4.1. Mối quan hệ di truyền của các cá thể sò lông A. antiquata ..................................................46

3.4.2. Mối quan hệ di truyền của các quần thể sò lông A. antiquata..............................................47

K T LUẬN VÀ K N NGHỊ .....................................................................................49
TÀ L ỆU THAM KHẢO........................................................................................... 51
PHỤ LỤC

v


DANH MỤC CÁC TỪ V
AFLP

T TẮT

Amplified fragment length polymorphism
(Đa hình độ dài các đoạn khu ch đại)

Bp

Base pair (cặp base nitơ)

Cs

cộng sự

DNA

Deoxyribonucleic acid

EDTA

Ethylenediamine tetraacetic acid

NTSYSpc

Numerical Taxonomy System for personal computer

PCI

Phenol: Chloroform: Isoamylalcohol

PCR

Polymerase chain reaction (Phản ứng chuỗi trùng hợp)

PPB

Percentage of polymorphic band (Tỷ lệ các băng đa hình)

PBS

Phosphate buffered saline

RAPD

Random amplified polymorphic DNA
(Đa hình các đoạn khu ch đại ngẫu nhiên)

RFLP

Restriction fragment length polymorphism
(Đa hình độ dài các đoạn cắt hạn ch )

SDS

Demo Version
Select.Pdf SDK
Sodium-dodecylsulfate

SSR

Simple sequence repeat (Sự lặp lại các trình tự đơn giản)

TAE

Tris base: Acetic acid: EDTA

vi


DANH MỤC CÁC BẢNG
Bảng 1. Hàm lượng trung bình của Pb và Cu ở sò lông ven biển Đà Nẵng .................10
Bảng 2.1. Các mẫu sò lông A. antiquata sử dụng trong nghiên cứu ............................. 17
Bảng 2.2. Trình tự của các primer ngẫu nhiên sử dụng trong nghiên cứu ....................18
Bảng 2.3. Các hóa chất chính được sử dụng trong nghiên cứu .....................................18
Bảng 2.4. Những thi t bị được sử dụng trong nghiên cứu ............................................19
Bảng 3.1. Kích thước vỏ sò lông A. antiquata (mm) ....................................................25
Bảng 3.2. Thể tích vỏ và thể tích khoang vỏ của sò lông A. antiquata(ml) ..................27
Bảng 3.3. Trọng lượng vỏ khô (g) và tỷ trọng vỏ của sò lông A. antiquata .................28
Bảng 3.4. Các mẫu DNA sò lông được sử dụng trong nghiên cứu đa dạng di truyền ..30

Bảng 3.5. Khoảng cách di truyền (dưới đường chéo) và hệ số tương đồng di truyền
(trên đường chéo) giữa bốn quần thể sò lông A. antiquata ...........................................47

Demo Version - Select.Pdf SDK

vii


DANH MỤC CÁC

ÌN

Hình 1.1. Hình thái vỏ sò lông A. antiquata. A. Mặt ngoài; B. Mặt trong ........2
Hình 2.1. Các địa điểm thu mẫu sò lông A. antiquata .....................................18
Hình 3.1. Điện di đồ DNA tổng số của một số mẫu sò lông ........................... 30
Hình 3.2. Hình ảnh điện di PCR-RAPD với mồi OPD11 ................................ 32
Hình 3.3. Hình ảnh điện di PCR-RAPD với mồi OPN06 ................................ 33
Hình 3.4. Hình ảnh điện di PCR-RAPD với mồi OPG17 ................................ 35
Hình 3.5. Hình ảnh điện di PCR-RAPD với mồi OPA03 ................................ 37
Hình 3.6. Hình ảnh điện di PCR-RAPD với mồi OPB01 ................................ 39
Hình 3.7. Hình ảnh điện di PCR-RAPD với mồi OPA04. ............................... 41
Hình 3.8. Hình ảnh điện di PCR-RAPD với mồi OPF04. ............................... 43
Hình 3.9. Hình ảnh điện di PCR-RAPD với mồi OPB11. ............................... 45
Hình 3.10. Giản đồ phả hệ DNA của các cá thể sò lông A. antiquata nghiên
cứu ....................................................................................................................46
Hình 3.11. Giản đồ phả hệ thu được bằng phương pháp UPGMA dựa trên
khoảng cách di truyền của Nei (1972) của bốn quần thể sò lông A. antiquata
.......................................................................................................................... 48

Demo Version - Select.Pdf SDK

viii


MỞ ẦU
. Lí do chọn đề tài
Sò lông Anadara antiquata thuộc ngành Thân mềm (Mollusca), lớp Hai mảnh
vỏ (Bivalvia) có giá trị kinh t cao. Hiện nay sò lông đang là món ăn được ưa thích
tại Việt Nam và một số nước trên th giới. Sò lông là loại hải sản rất tốt cho sức
khỏe các thành phần dinh dưỡng trong sò lông như protein lipid đường tổng số…
có tác dụng tăng cường sự dẻo dai, cung cấp năng lượng cho cơ thể… Ngoài việc làm
thực phẩm, thịt và vỏ sò lông còn được y học cổ truyền dùng làm thuốc. Đông y gọi
thịt sò lông là mao kham nhục có vị ngọt, mặn tính ấm không độc có tác dụng bổ
huy t ôn trung kiện vị, nhuận ngũ tạng tiêu khát khai vị, trị lỵ kinh niên gây sốt
lạnh, chữa thi u máu huy t hư tiêu hóa kém đau dạ dày. Vỏ sò lông gọi là mao
kham tử có thành phần chủ y u là calcium carbonate (trên 97%) đây là dược liệu có
vị ngọt, mặn tính hơi lạnh có tác dụng tiêu tích hóa đàm chữa v t máu tụ tím bầm
tê bại đại tiện ra máu mủ, ki t lỵ cam răng… Tuy nhiên ngày nay cùng với sự đô
thị hóa mở rộng các khu dân cư và sự khai thác quá mức đã làm cho nguồn lợi sò
lông ở các đầm phá ven biển nước ta bị giảm sút nghiêm trọng.

Demo
Version
Select.Pdf
SDK
Việt Nam
nằm trong
vùng -nhiệt
đới gió mùa
có địa hình kiểu đất, cảnh quan

đa dạng, tạo điều kiện thuận lợi cho sự phát triển của các loài sinh vật này. Ở nước ta,
sò lông tập trung chủ y u ở vùng ven biển các tỉnh Quảng Ninh, Hải Phòng Quảng
Nam Đà Nẵng Bình Thuận [18]. Tuy nhiên chưa có công bố nào về đặc điểm hình
thái cũng như di truyền của sò lông A. antiquata ở nước ta nói chung và vùng ven
biển miền Trung nói riêng. Xuất phát từ những lý do đó chúng tôi ti n hành thực
hiện đề tài: “Nghiên cứu đặc điểm hình thái và đa dạng di truyền của sò lông
Anadara antiquata”.
. Mục tiêu đề tài
Xác định một số đặc điểm hình thái và đánh giá sự đa dạng di truyền của sò
lông A. antiquata ở một số tỉnh thuộc miền Trung Việt Nam.

1