Nghiên cứu dịch tễ học bệnh viêm phế quản truyền nhiễm (infectious bronchitis – IB) ở gà nuôi tại một số tỉnh miền bắc việt nam (tt)
Bạn đang xem bản rút gọn của tài liệu. Xem và tải ngay bản đầy đủ của tài liệu tại đây (1.67 MB, 27 trang )
HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM
NGUYỄN THỊ LOAN
NGHIÊN CỨU DỊCH TỄ HỌC BỆNH VIÊM PHẾ QUẢN
TRUYỀN NHIỄM (INFECTIOUS BRONCHITIS - IB) Ở GÀ
NUÔI TẠI MỘT SỐ TỈNH PHÍA BẮC VIỆT NAM
Chuyên ngành: Dịch tễ học thú y
Mã số:
9.64.01.08
TÓM TẮT LUẬN ÁN TIẾN SĨ
NHÀ XUẤT BẢN HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP - 2018
Công trình hoàn thành tại:
HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM
Người hướng dẫn khoa học:
1. PGS. TS. Lê Văn Phan
2. TS. Huỳnh Thanh Phương
Phản biện 1:
PGS.TS. Nguyễn Viết Không
Viện Thú y
Phản biện 2:
PGS.TS. Tô Long Thành
Trung tâm Chẩn đoán thú y trung ương
Phản biện 3:
TS. Phan Quang Minh
Cục Thú y
Luận án sẽ được bảo vệ trước Hội đồng Đánh giá luận án cấp Học viện họp tại:
Học viện Nông nghiệp Việt Nam
Vào hồi giờ phút, ngày tháng năm 2018
Có thể tìm hiểu luận án tại:
Thư viện Quốc gia Việt Nam
Thư viện Lương Định Của - Học viện Nông nghiệp Việt Nam
2
PHẦN 1. MỞ ĐẦU
1.1. TÍNH CẤP THIẾT CỦA ĐỀ TÀI
Tuy ngành công nghiệp chăn nuôi gà đang ngày càng phát triển nhưng vẫn còn gặp
không ít khó khăn nhất là vấn đề dịch bệnh trong đó phải kể đến bệnh viêm phế quản
truyền nhiễm ở gà. Là một bệnh truyền nhiễm nguy hiểm, lây lan nhanh và gây thiệt
hại kinh tế nặng nề, không những vậy do tính chất phức tạp của mầm bệnh, virus gây
bệnh có nhiều serotype, dễ biến đổi nên bệnh rất khó kiểm soát. Những vụ dịch vẫn
xảy ra thường là kết quả của sự lây nhiễm với các chủng khác về serotype so với các
chủng vacxin. Vacxin sống đã được phát triển để chống lại một số serotype mới của
IBV. Tuy nhiên, do ngày càng có nhiều biến chủng IBV mới xuất hiện khiến cho việc
khống chế bệnh vẫn còn là một vấn đề nan giải. Vì vậy việc điều tra dịch tễ học IB,
nghiên cứu và tìm ra những serotype IBV phổ biến lưu hành trong mỗi khu vực là rất
quan trọng trong công tác kiểm soát bệnh. Tuy nhiên từ trước tới nay, câu hỏi về đặc
điểm dịch tễ học IB, các serotype IBV lưu hành ra sao ở Việt Nam vẫn còn chưa có
câu trả lời cụ thể và thỏa đáng.
Để có thêm thông tin về các chủng IBV đang lưu hành, sự phân bố của IB ở Việt
Nam, đặc biệt là ở các tỉnh miền Bắc nơi các đàn gà tập trung chủ yếu (chiếm tới 75%
đàn gà cả nước), nghiên cứu các đặc tính sinh học cũng như sinh học phân tử của mầm
bệnh, tìm ra các yếu tố nguy cơ liên quan đến dịch IB nhằm kiểm soát bệnh, nâng cao
hiệu quả chăn nuôi, chúng tôi đã tiến hành nghiên cứu đề tài.
1.2. MỤC TIÊU NGHIÊN CỨU
- Xác định được các đặc điểm dịch tễ, sự phân bố của các chủng IBV để làm
cơ sở đề xuất các biện pháp phòng chống IB (tiêm phòng vacxin) nhằm tạo điều
kiện cho chăn nuôi phát triển bền vững.
- Chẩn đoán, phân lập và khảo sát được đặc tính sinh học của IBV gây bệnh
tại một số tỉnh miền Bắc Việt Nam, giai đoạn 2014–2017.
1.3. PHẠM VI NGHIÊN CỨU
- Nghiên cứu đặc điểm dịch tễ IB ở gà tại 5 tỉnh miền Bắc Việt Nam gồm: Bắc
Ninh, Hà Nội, Hải Phòng, Hưng Yên, Thái Nguyên giai đoạn 2014-2017.
- Nghiên cứu một số yếu tố nguy cơ lây lan dịch trên địa bàn nghiên cứu trong thời
gian từ 2014–2017.
- Nghiên cứu đặc điểm bệnh lý IB ở gà trên địa bàn nghiên cứu; đặc tính sinh học
và sinh học phân tử của các chủng IBV lưu hành trên địa bàn nghiên cứu trong khoảng
thời gian từ 2014–2015.
1.4. NHỮNG ĐÓNG GÓP MỚI CỦA ĐỀ TÀI
- Khảo sát dịch bệnh IB tại 5 tỉnh phía Bắc Việt Nam trên cơ sở xác định lâm sàng,
giám định bệnh lý và phân tử, khẳng định IBV thường xuyên lưu hành và có tỷ lệ mắc
1
và chết đáng quan tâm trong đàn gà nuôi hướng trứng.
- Đã phân lập được 10 chủng IBV, xác định được đầy đủ các đặc tính sinh học,
virus học của 3 chủng cường độc là VNUA-HN01, VNUA-TN08 và VNUA-HP11.
Xác định 3 chủng này thuộc 3 nhóm di truyền là Q1-like, QX-like và TC07-2-like, có
quan hệ gần gũi nguồn gốc và dịch tễ học với Trung Quốc.
- Khẳng định dịch bệnh IB vẫn xảy ra ở đàn có vacxin nếu không có kháng nguyên
tương đồng giữa chủng vacxin và chủng cường độc lưu hành.
1.5. Ý NGHĨA KHOA HỌC VÀ THỰC TIỄN CỦA ĐỀ TÀI
1.5.1. Ý nghĩa khoa học của đề tài
- Luận án đã phân tích, đánh giá và chỉ ra một số đặc điểm dịch tễ học mô tả của
bệnh IB tại một số tỉnh phía Bắc Việt Nam: tỷ lệ lưu hành bệnh, đặc điểm lưu hành
bệnh theo độ tuổi gà và theo mùa vụ. Xác định được một số yếu tố có liên quan đến sự
lưu hành bệnh IB trên gà.
- Xác định được 10 chủng IBV lưu hành trên địa bàn nghiên cứu; khi phân tích,
đánh giá chuyên sâu về mặt di truyền cho thấy 3 chủng IBV phân lập được thuộc 3
kiểu di truyền khác nhau, các chủng này đều có mức tương đồng thấp với các chủng
vacxin IB hiện đang lưu hành trên thị trường
- Luận án là tài liệu tham khảo tốt phục vụ cho những nghiên cứu khoa học tiếp
theo về IB, IBV và là tư liệu tham khảo cho giảng dạy trong chuyên ngành thú y.
1.5.2. Ý nghĩa thực tiễn của đề tài
- Khẳng định dịch bệnh IB vẫn xảy ra ở đàn có vacxin nếu không có kháng nguyên
tương đồng giữa chủng vacxin và chủng cường độc lưu hành.
- Phân lập thành công 10 chủng IBV và khảo sát đặc tính virus học qua nuôi cấy
trên phôi gà 10 ngày tuổi, trong đó có chủng có thể phát triển thành chủng vacxin ứng
dụng trong thực tế.
- Kết quả của luận án là cơ sở khoa học cần thiết và sát với thực tế để người chăn
nuôi, cũng như các nhà quản lý hiểu rõ hơn và đề ra các giải pháp phòng, chống IB
hiệu quả hơn.
PHẦN 2
TỔNG QUAN TÀI LIỆU
2.1. ĐẶC TÍNH SINH HỌC CỦA IBV
Bệnh viêm phế quản truyền nhiễm (Infectious bronchitis - IB) là một bệnh truyền
nhiễm cấp tính của gà, do virus viêm phế quản truyền nhiễm (Infectious bronchitis
virus - IBV), thuộc giống Coronavirus, họ Coronaviridae, bộ Nidovirales gây ra.
Hầu hết các chủng IBV đều bị vô hoạt sau 15 phút ở 56oC và sau 90 phút ở 45oC,
cho thấy bản chất dễ vỡ của virus. IBV mẫn cảm với các chất sát trùng thông thường
2
và bị bất hoạt bởi chloroform và các dung môi lipid, vì vậy có thể dùng dung dịch β –
propiolactone 0,05% hoặc 0,1% (BPL), formalin 0,1% để tiêu diệt căn bệnh.
IBV rất dễ lây lan, thời kỳ ủ bệnh tương đối ngắn (18-36 giờ). IBV lan truyền theo
đường ngang qua không khí, dụng cụ chăn nuôi, thức ăn, nước uống. Bệnh lây chủ yếu
qua đường hô hấp.
Dù xâm nhập vào cơ thể bằng con đường nào thì IBV cũng đến ký sinh và sinh sản
trong các tế bào biểu mô hô hấp làm các tế bào này bị thoái hóa và chết. Trong thể bệnh
kéo dài, IBV xâm nhập và tác động vào cơ quan sinh dịch, ống dẫn trứng, các mô
đường tiêu hoá và thận.
IBV gây nên sự trì trệ hoạt động mao khí quản, gây giảm sản lượng và chất lượng
trứng, ảnh hưởng đến ống dẫn trứng. Ngoài ra, IBV còn gây nên các tổn thương thận,
mức độ nghiêm trọng phụ thuộc vào từng chủng, gây bệnh về ruột và đường tiêu hoá
của gà. Tính gây bệnh của IBV phụ thuộc chủng virus, ngoài ra còn có sự ảnh hưởng
của các mầm bệnh thứ sinh, lứa tuổi, chế độ ăn của gà, thời tiết…
IBV thích nghi với hầu hết các biểu mô trên gà. Và thích ứng khi nuôi cấy trên phôi
gà 9-11 ngày tuổi; trên môi trường tế bào như tế bào thận phôi gà, tế bào thận gà, tế
bào gan phôi gà, ngoài ra một số chủng còn nhân lên được trên tế bào VERO của động
vật có vú, tế bào BHK-21; và trên môi trường nuôi cấy tổ chức khí quản.
2.2. ĐẶC ĐIỂM PHÂN TỬ CỦA IBV
IBV là một RNA virus, sợi đơn dương với bộ gen dài khoảng 27 kb. Tổ chức bộ
gen điển hình của virus theo thứ tự 5’-Pol-S-3a-3b-E-M-5a-5b-N-UTR-3’. Sự tái tổ
hợp di truyền được biết đến như một đặc điểm của IBV. Nhưng phạm vi của các sự
kiện tái tổ hợp giữa các dòng phân lập thực địa IBV vẫn chưa được hiểu rõ.
IBV hiện nay có rất nhiều biến chủng với các serotype khác nhau. Sự khác biệt
giữa các serotype chủ yếu là ở gen protein S1. Khi so sánh toàn bộ trình tự protein S,
hầu hết các serotype của IBV đều có 80 đến 90% tương đồng giữa các serotype khác
nhau. Trong S2, độ tương đồng amino acid thường là ≥90%. Hầu hết các serotype IBV
khác nhau từ 20-25% trình tự amino acid S1, mặc dù với một số chủng khác biệt lên
đến 50% và những chủng khác sự khác biệt chỉ nhỏ bằng 2-3%.
Những nghiên cứu đột biến đối với các kháng thể đơn dòng đã cho thấy nhiều
amino acid liên quan đến sự hình thành của các epitope VN được đặt trong khu vực
thứ nhất và thứ ba của chiều dài polipeptide S1. Phân tích trình tự của các biến thể có
di truyền rất giống nhau (>95% axit amin tương đồng trong S1) cho thấy phần lớn sự
khác biệt nằm trong hai vùng này. Việc tạo ra các biến thể di truyền được cho là kết
quả từ sự thay đổi vài amino acid trong glycoprotein spike (S) của IBV. Hầu hết các
nghiên cứu trên IBV tập trung trên gen glycoprotein S.
3
PHẦN 3
VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
3.1. NỘI DUNG
3.1.1. Ứng dụng kỹ thuật RT-PCR để chẩn đoán phát hiện IBV và nghiên cứu
biến đổi bệnh lý IB
- Ứng dụng kỹ thuật RT-PCR trong chẩn đoán phát hiện IBV, khảo sát cặp mồi
được sử dụng.
- Nghiên cứu một số đặc điểm bệnh lý IB trên gà.
3.1.2. Nghiên cứu một số đặc điểm dịch tễ IB ở gà tại một số tỉnh miền Bắc Việt
Nam
- Tình hình mắc IB ở gà tại một số tỉnh miền Bắc Việt Nam:
+ Tỉ lệ gà mắc IB ở các lứa tuổi;
+ Tỉ lệ gà mắc IB theo các mùa trong năm.
- Xác định một số yếu tố nguy cơ chủ yếu.
3.1.3. Phân lập và xác định một số đặc tính sinh học của các chủng IBV phân lập
được
- Phân lập IBV trên trứng gà sạch có phôi;
- Xác định tính thích ứng của các IBV trên phôi gà;
- Xác định liều gây nhiễm phôi 50% (EID50/ml) và liều gây chết phôi 50%
(ELD50/ml) của một số chủng IBV phân lập được.
3.1.4. Phân tích trình tự gen và xây dựng cây phả hệ
+ Giải trình tự gen, xác định type IBV phân lập được;
+ Xây dựng cây phả hệ.
3.2. ĐỊA ĐIỂM NGHIÊN CỨU
- Nghiên cứu được thực hiện tại các trang trại và hộ chăn nuôi tại một số tỉnh thành
miền Bắc Việt Nam (Bắc Ninh, Hà Nội, Hải Phòng, Hưng Yên, Thái Nguyên);
- Phòng thí nghiệm Bộ môn Bệnh lý thú y - Học viện Nông nghiệp Việt Nam;
- Phòng thí nghiệm Trung tâm Chẩn đoán Thú y DABACO;
- Phòng thí nghiệm Công ty TNHH MTV AVAC Việt Nam (AVAC);
- Công ty Marcrogen, Hàn Quốc và COSMO (Genetech Co., Ltd, Seoul, Hàn
Quốc).
3.3. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
3.3.1. Vật liệu nghiên cứu:
3.3.1.1. Vật liệu nghiên cứu cho nội dung 1
- Các cặp mồi sử dụng:
+ Mồi đặc hiệu antisense : 5’-AGT GGT CTG GTT CAC-3’.
+ Cặp mồi khuếch đại đoạn gen S1:
Mồi xuôi IBF : 5’-TTTTGGTGATGACAAGATGAA-3’;
Mồi ngược IBR : 5’-CGCATTGTTCCTCTCCTC-3’.
- Các chủng virus truyền nhiễm bao gồm: chủng virus vacxin Nobilis IB 4-91,
chủng virus Lasota, chủng Nobilis Gumboro 228E, chủng virus NIBRG-14, chủng
4
Nobilis ILT. Các cặp mồi đặc hiệu dùng trong chẩn đoán của các virus kể trên.
- Gà chết trên địa bàn nghiên cứu đã được chọn;
- Dụng cụ mổ khám, dụng cụ lấy mẫu xét nghiệm, trang bị bảo hộ;
- Bộ dụng cụ làm tiêu bản;
- Bộ hóa chất tẩm đúc paraffin và nhuộm Haematoxylin – Eosin (HE);
- Bộ kit tách chiết RNA: Trizol® Reagent (Life technologies, USA);
- Bộ kit phiên mã ngược SuperScript®III First-Strand kit (Invitrogen, MA, US);
- Bộ kit PCR AccuPower® PCR PreMix (BIONEER);
- Máy móc thí nghiệm cần thiết: máy RT-PCR, máy đọc gel, máy điện di, máy ly
tâm, tủ lạnh, buồng an toàn sinh học cấp 2.
3.3.1.2. Vật liệu nghiên cứu cho nội dung 2
* Số liệu và phần mềm
- Số liệu các ổ dịch IB, đàn gà, số gà mắc IB và số gà chết do IB tại các trang trại
và hộ chăn nuôi trên địa bàn nghiên cứu;
- Số liệu điều tra trong nghiên cứu xác định các yếu tố liên quan;
- Phần mềm sử dụng trong xử lý số liệu Excel 2007 và Minitab 16.0.
3.3.1.3. Vật liệu nghiên cứu cho nội dung 3
- Trứng gà từ những con gà sạch bệnh, đặc biệt không có kháng thể IB, có phôi 10
ngày tuổi do Công ty TNHH MTV AVAC Việt Nam (AVAC) cung cấp;
- Tủ lạnh, tủ lạnh âm, tủ ấm, máy ấp trứng...;
- Trang bị bảo hộ: găng tay và khẩu trang, áo blouse.
3.3.1.4. Vật liệu nghiên cứu cho nội dung 4
* Các cặp mồi được sử dụng:
- Cặp mồi khuếch đại gen S1:Mồi xuôi: 5’- AAGACTGAACAAAARACCGACT
-3’; Mồi ngược: 5’- CAAAACCTRCCATAACTWACATA -3’;
- Cặp mồi khuyếch đại gen S dài đầy đủ: Mồi xuôi 5'-CGG AAC AAA AGA CMG
ACT TAG T-3'; Mồi ngược 5'-CCA TTA AAC AGA CTT TTT AGG TCT G-3';
- Cặp mồi đặc hiệu vector M13F và M13R;
- Các bộ kit được sử dụng như: QIAquick PCR Purification (QIAgen), Plasmid
Miniprep (QIAgen);
- pGEM®-T Easy vector sử dụng enzyme T4 DNA ligase (Promega);
- Trang bị bảo hộ;
- Máy móc thí nghiệm cần thiết;
- Phần mềm sử dụng trong phân tích trình tự gen và xây dựng cây phả hệ: phần
mềm DNASTAR Lasergene và BioEdit 6.0; chương trình PHYLIP suite và phần mềm
MEGA 7.0…
3.3.2. Phương pháp nghiên cứu
3.3.2.1. Phương pháp nghiên cứu cho nội dung 1
- Kiểm tra tính bắt cặp của mồi bằng BLAST, chọn mẫu theo sác xuất;
- Chiết tách RNA virus, tổng hợp cDNA, PCR sử dụng các bộ kit thích hợp. Kiểm
tra sản phẩm bằng điện di trên gel agarose 1-1,5%;
5
- Mẫu bệnh phẩm gà nghi mắc IB được lấy dựa trên TCVN 01-83:2011/BNNPTNT.
Mẫu bệnh phẩm là khí quản, phổi, buồng trứng, thận của gà;
- Mổ khám theo phương pháp của Thomas Carlyle Jones đối với gia cầm;
- Phương pháp làm tiêu bản vi thể tẩm đúc bằng paraffin và nhuộm Haematoxylin
– Eosin (HE) theo quy trình của Bộ môn Bệnh lý, Khoa Thú y, Học viện Nông nghiệp
Việt Nam.
3.3.2.2. Phương pháp nghiên cứu cho nội dung 2
Điều tra dịch tễ sử dụng phương pháp dịch tễ học mô tả, thống kê sinh học, phương
pháp hồi cứu, nghiên cứu Bệnh-Chứng.
3.3.2.3. Phương pháp nghiên cứu cho nội dung 3
- Phân lập IBV trên trứng gà sạch có phôi 10 ngày tuổi theo quy trình của OIE
(2018).
- Xác định khả năng thích ứng và ổn định của IBV trên phôi gà: mỗi chủng IBV
phân lập được cấy truyền 3 đợt trên phôi trứng gà sạch 10 ngày tuổi, mỗi đợt 30 phôi
trứng. Theo dõi thí nghiệm trong 6 ngày, đánh giá bệnh tích và tổng hợp số liệu phôi
sống, chết ở từng thời điểm, đánh giá kết quả.
- Xác định EID50/ml và ELD50/ml: pha loãng nối tiếp các IBV phân lập theo thứ tự
-1
10 , 10-2...đến 10-8. Gây nhiễm liều 0,1ml mỗi nồng độ với 5 phôi trứng gà. Theo dõi
thí nghiệm ở các thời điểm 24, 48, 72, 96 và 120 giờ, tổng hợp số liệu phôi chết, phôi
sống, phôi nhiễm và phôi không nhiễm. Tính EID50/ml và ELD50/ml theo công thức
của Spearman-Karber.
3.3.2.4. Phương pháp nghiên cứu cho nội dung 4
- Sản phẩm PCR được xử lý và gửi ra nước ngoài để giải trình tự. Phân tích bằng
phần mềm DNASTAR Lasergene (DNASTAR®), BioEdit 6.0.
- Cây phả hệ được xây dựng dựa vào thuật toán Neighbor-joining algorithms của
chương trình PHYLIP suite và phần mềm MEGA 7.0. Cấu trúc hình học của cây phả
hệ được đánh giá dựa vào phương pháp Bootstrap re-sampling 1.000 lần dữ liệu
Neighbor-joining từ SEQBOOT and CONSENSE của chương trình PHYLIP suite.
PHẦN 4
KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
4.1. ỨNG DỤNG KỸ THUẬT RT-PCR ĐỂ CHẨN ĐOÁN PHÁT HIỆN IBV VÀ
NGHIÊN CỨU BIẾN ĐỔI BỆNH LÝ IB
4.1.1. Ứng dụng kỹ thuật RT-PCR trong chẩn đoán phát hiện IBV
Kiểm tra tính bắt cặp nucleotide của cặp mồi IBF/IBR (Feng et al., 2012) cho kết
quả bắt cặp tốt với hơn 100 dữ liệu gen S và hệ gen đầy đủ của IBV trong GenBank.
Thử nghiệm bằng RT-PCR cho kết quả nhạy và đặc hiệu. Kết quả chẩn đoán có 126/260
(48,46%) mẫu bệnh phẩm cho kết quả dương tính với IBV (Bảng 4.1).
6
Bảng 4.1. Kết quả chẩn đoán IB bằng phương pháp RT-PCR
Nơi
Số mẫu xét nghiệm
Số mẫu dương tính
lấy mẫu
(n)
(n)
Bắc Ninh
68
36
52,94
Hà Nội
32
15
46,88
Hải Phòng
54
24
44,44
Hưng Yên
56
26
46,43
Thái Nguyên
50
25
50,00
Tính chung
260
126
48,46
Tỷ lệ (%) dương tính
4.1.2. Kết quả nghiên cứu một số biến đổi bệnh lý IB ở gà
4.1.2.1. Triệu chứng lâm sàng của gà mắc IB
Nghiên cứu về những biểu hiện lâm sàng của gà nhiễm IB có ý nghĩa quan trọng
trong chẩn đoán lâm sàng khi có dịch bệnh xảy ra. Kết quả quan sát trực tiếp trên những
đàn, trại có mẫu bệnh phẩm cho kết quả RT-PCR dương tính với IBV cho thấy 100%
gà bệnh có hiện tượng hô hấp khó khăn như hắt hơi, thở khó, dịch mũi tiết ra nhiều và
kèm theo là các biểu hiện sưng đầu, viêm kết mạc, đây cũng là những biểu hiện đặc
trưng của bệnh (Bảng 4.2). Ngoài ra, gà mắc IB còn có thêm triệu chứng tích dịch trong
tử cung, đặc biệt có ở gà mắc IB. Thêm nữa, gà còn bị tiêu chảy phân loãng, nhiều
nước và có mùi hôi thối (Bảng 4.2).
Bảng 4.2. Kết quả nghiên cứu triệu chứng lâm sàng chủ yếu của gà mắc IB
Triệu chứng lâm sàng
Sốt, ủ rũ,
ăn kém
Hô hấp
khó
khăn*
Sưng
đầu
Viêm
kết
mạc
Tích dịch
trong tử
cung
Phân tiêu
chảy nhiều
nước
Trại A (Bắc Ninh)
++
+++
++
+
+
+
Trại B (Hà Nội)
Trại C (Hải Phòng)
Trại D (Hưng Yên)
Trại E (Thái Nguyên)
+++
++
+++
++
+++
+++
+++
++
++
++
++
++
++
+
+
+
+
+
+
+
++
+
+
+
Nơi
lấy mẫu
Chú thích: +++: Nặng; ++: Trung bình; +: Nhẹ; * Hô hấp khó khăn, bao gồm: Hắt hơi, thở khó, dịch mũi tiết ra
nhiều
4.1.2.2. Một số biến đổi bệnh lý đại thể của gà mắc IB
Bệnh tích của gà mắc IB rất đa dạng, trong đó chiếm tỷ lệ cao gồm thận sưng
(90,48%), viêm kết mạc mắt (76,98%), tích dịch trong tử cung (66,67%); ngoài ra chủ
yếu là các bệnh tích đường hô hấp như xuất huyết khí quản (76,98%), phổi tụ huyết,
xuất huyết (63,49%), viêm túi khí (60,32%) và viêm xoang mũi (57,94%) (Bảng 4.3).
Bảng 4.3. Kết quả nghiên cứu biến đổi bệnh lý đại thể của gà mắc IB
7
Số gà nghiên cứu
(n)
126
126
126
126
126
126
126
126
126
126
126
Bệnh tích
Viêm kết mạc
Viêm xoang mũi
Xuất huyết khí quản
Phổi tụ huyết, xuất huyết
Viêm túi khí
Báng nước xoang bụng
Buồng trứng viêm, teo
Ống dẫn trứng teo
Ống dẫn trứng tích nước
Thận sưng
Thận sưng tích urat
Số gà có bệnh tích
(n)
50
73
97
80
76
84
34
20
10
114
2
Tỷ lệ (%)
39,68
57,94
76,98
63,49
60,32
66,67
26,98
15,87
7,94
90,48
1,59
Ngoài tế bào niêm mạc đường hô hấp và thận bị tác động, IBV còn tác động vào
cơ quan sinh dục làm biến đổi tổ chức của cơ quan này hậu quả là sản lượng trứng
thương phẩm của gà đẻ giảm nghiêm trọng và đây được coi là một trong những thiệt
hại kinh tế nghiêm trọng đối với ngành chăn nuôi gà đẻ. Kết quả đánh giá tỷ lệ đẻ trứng
của gà đẻ được thể hiên ở Bảng 4.4.
Bảng 4.4. Sản lượng trứng của gà đẻ mắc IB
Địa điểm
Trại F
(Bắc Ninh)
Trại G
(Hà Nội)
Trại H
(Hải Phòng)
Trại I
(Hưng Yên)
Trại J
(Thái Nguyên)
Tuổi của
Số gà
Số
Tỷ lệ đẻ thực
gà
quan sát
trứng
tế (%)
(tuần tuổi)
(con)
(quả)
(95% CI)
32
4500
23124
23
5000
12950
25
3000
11260
27
29
4000
3500
16268
15325
73,41
(72,12-74,70)
37,00
(35,66-38,34)
53,62
(51,84-55,40)
58,10
(56,57-59,63)
62,55
(60,95-64,15)
Tỷ lệ đẻ
tiêu
chuẩn
(%)
94,20
80,00
92,50
94,00
94,50
Tỷ lệ trứng
tụt giảm (%)
(95% CI)
20,79a
(19,60-21,98)
43,00a
(41,63-44,37)
38,88a
(37,14-40,63)
35,90a
(34,41-37,39)
31,95a
(30,41-33,49)
Chú thích: Ký tự a thể hiện số liệu sai khác có ý nghĩa thống kê P < 0,05
Tỷ lệ tụt giảm sản lượng trứng cũng khác nhau ở các lứa tuổi gà đẻ khác nhau
(Bảng 4.4). Cụ thể gà đẻ 23 tuần tuổi mắc IB có tỷ lệ (%) tụt giảm sản lượng trứng là
cao nhất 43,00% (95% CI 41,63 - 44,37) và gà đẻ 32 tuần tuổi mắc IB có tỷ lệ (%) tụt
giảm sản lượng trứng là thấp nhất 20,79% (95% CI 19,60-21,98). Sự chênh lệch giữa
8
tỷ lệ (%) trứng tụt giảm cao nhất và thấp nhất là 22,21% (95% CI 20,40 – 24,02) (ɀ =
24,00; <0,001). Kết quả cho thấy tỷ lệ (%) trứng tụt giảm của gà đẻ mắc IB cao hơn
khi số tuần tuổi của gà mắc càng nhỏ.
4.1.2.3. Một số biến đổi bệnh lý vi thể của gà mắc IB
Kết quả nghiên cứu bệnh tích vi thể của 10 con gà mắc IB (kiểm tra dương tính với
IBV bằng phản ứng RT-PCR) có các biển đổi bệnh lý đại thể đặc trưng cho thấy hầu
hết các cơ quan trong cơ thể gà mắc bệnh đều có biến đổi bệnh lý vi thể. Tiêu biểu là
thâm nhiễm tế bào viêm có ở 100% số mẫu nghiên cứu và tất cả các cơ quan trong cơ
thể (Bảng 4.5). Các bệnh tích vi thể bao gồm: biểu mô khí quản xuất huyết, sung huyết
và bong tróc; niêm mạc hạ khí quản phù nề, biểu mô bong tróc kết hợp với dịch thẩm
xuất; phế nang xuất huyết tràn lan, viêm mạch quản, thành mạch dày và sung huyết.
Xuất huyết kẽ thận, tế bào ống thận thoái hóa không bào; lắng đọng muối urate ống
thận, dịch rỉ viêm và hồng cầu kẽ thận ... đều chiếm tỷ lệ 100% tiêu bản nghiên cứu.
Bảng 4.5. Nghiên cứu biến đổi bệnh lý vi thể
Biến đổi bệnh lý vi thể
Cơ quan nghiên
Số nghiên
cứu
cứu
Sung
Xuất
Hoại tử
huyết
huyết
tế bào
Thoái
Thâm
hoá tế
nhiễm TB
bào
viêm
Khí quản
10
10/10
10/10
4/10
6/10
10/10
Phổi
10
6/10
8/10
6/10
10/10
10/10
Thận
10
10/10
10/10
2/10
10/10
10/10
Buồng trứng
10
6/10
6/10
2/10
6/10
10/10
Ống dẫn trứng
10
8/10
10/10
2/10
6/10
10/10
4.2. ĐẶC ĐIỂM DỊCH TỄ IB Ở GÀ TẠI MỘT SỐ TỈNH MIỀN BẮC VIỆT NAM
4.2.1. Tình hình dịch IB ở gà tại một số tỉnh miền Bắc Việt Nam
4.2.1.1. Tình hình gà mắc bệnh IB tại một số tỉnh miền Bắc Việt Nam
Nghiên cứu điều tra được thực hiện trên gà nuôi theo hướng đẻ trứng thương phẩm
trên địa bàn 5 tỉnh thành phố miền Bắc Việt Nam gồm: Bắc Ninh, Hà Nội, Hải Phòng,
Hưng Yên và Thái Nguyên. Kết quả điều tra trên tổng số 197.229 con gà nuôi hướng
trứng có 28.999 con gà mắc IB chiếm tỷ lệ 14,70% (95% CI 14,54 - 14,86), trong đó
có 4.828 con gà chết do IB tương đương với tỷ lệ 2,45% (95% CI 2,38 - 2,52). Tỷ lệ
(%) gà mắc IB trong nghiên cứu dao động từ 13,16-16,26%. Tỷ lệ (%) gà chết do IB
trong nghiên cứu dao động từ 2,02-2,54% (Bảng 4.6).
Bảng 4.6. Tỉ lệ gà mắc IB trên địa bàn nghiên cứu
9
Tỉnh/TP
Số điều tra
(con)
Số mắc
(con)
Bắc Ninh
41.315
6.718
Hà Nội
41.250
6.439
Hải Phòng
32.470
4.342
Hưng Yên
44.045
5.800
Thái Nguyên
38.149
5.699
Tổng
197.229
28.999
Tỷ lệ (%) mắc
(95% CI)
16,26a
(15,90-16,62)
15,61a
(15,26-15,96)
13,37a
(13,00-13,74)
13,16a
(12,84-13,48)
14,93a
(14,57-15,29)
14,70
(14,54-14,86)
Số chết
(con)
836
920
738
1.096
968
4.828
Tỷ lệ (%) chết
(95% CI)
2,02a
(1,88-2,16)
2,23a
(2,09-2,37)
2,27a
(2,11-2,43)
2,49a
(2,34-2,64)
2,54a
(2,38-2,70)
2,45
(2,38-2,52)
Chú thích: Ký tự a thể hiện số liệu sai khác có ý nghĩa thống kê P < 0,05
4.2.1.2. Tình hình gà mắc IB theo lứa tuổi
Kết quả nghiên cứu thu được cho thấy gà thuộc tất cả các lứa tuổi đều có thể mắc
IB (Bảng 4.7).
Bảng 4.7. Tỷ lệ gà mắc IB theo lứa tuổi gà trên địa bàn nghiên cứu
Tuổi gà
(tuần)
Số điều tra
(con)
Số mắc
(con)
≤17
23.108
4.060
18-27
65.562
10.656
28-37
73.138
9.310
>37
35.421
4.973
Tổng
197.229
28.999
Tỷ lệ (%)
mắc
(95% CI)
17,57a
(17,08-18,06)
16,25a
(15,97-16,53)
12,73a
(12,49-12,97)
14,04a
(13,68-14,40)
14,70
(14,54-14,86)
Số chết
(con)
Tỷ lệ (%) chết
(95% CI)
1.738
7,52a
(7,18-7,86)
1.622
939
2,47a
(2,35-2,59)
1,28a
(1,20-1,36)
529
1,49a
(1,36-1,62)
4.828
2,45
(2,38-2,52)
Chú thích: Ký tự a thể hiện số liệu sai khác có ý nghĩa thống kê P < 0,05
Tỷ lệ (%) gà mắc IB trung bình là 14,70%, tỷ lệ gà mắc IB cao nhất ở giai đoạn ≤
17 tuần tuổi (17,57%) cao hơn so với tỷ lệ gà mắc IB thấp nhất ở giai đoạn gà 28-37
tuần tuổi (12,73%) là 4,84% (p<0,001).
Tỷ lệ gà chết vì IB theo lứa tuổi cũng tuân theo quy luật của tỷ lệ gà mắc IB (Bảng
4.7) trung bình là 2,45%. Với tỷ lệ (%) gà chết do IB cao nhất ở gà ≤ 17 tuần tuổi, tỷ
lệ chết lên đến 7,52%. Tỷ lệ gà chết thấp nhất ở giai đoạn gà từ 28 – 37 tuần tuổi với
10
1,28%. Sự chênh lệch về tỷ lệ chết ở gà do IB giữa 2 giai đoạn này là tương đối lớn với
6,24% (p < 0,001). Sự chênh lệch về tỷ lệ chết giữa giai đoạn gà còn non ≤ 17 tuần tuổi
với các giai đoạn còn lại tương đối cao, điều này chứng tỏ sức đề kháng và chống chịu
với IB của gà ở giai đoạn này là rất thấp.
4.2.1.3. Tình hình gà mắc IB theo mùa
Dưới sự ảnh hưởng khác nhau của thời tiết, nhiệt độ và độ ẩm mỗi mùa thì tỷ lệ gà
mắc IB cũng như tỷ lệ gà chết do IB đã có sự khác biệt. Kết quả điều tra về tỷ lệ mắc
IB và tỷ lệ chết do IB trên gà theo các mùa trong năm đã được tổng hợp (Bảng 4.8).
Mùa đông có tỷ lệ (%) gà mắc IB cao nhất là 20,50% (p < 0,001), thấp nhất là mùa
thu với 10,48% (p < 0,005). Mùa hè và mùa thu có tỷ lệ mắc bệnh chênh lệch nhau
không đáng kể. Trong khi đó, sự chênh lệch giữa tỷ lệ mắc cao nhất vào mùa đông và
thấp nhất vào mùa thu là tương đối lớn 10,02% (p < 0,001).
Tỷ lệ chết cũng tập trung từ mùa đông của năm trước và mùa xuân của năm sau, tỷ lệ
chết lần lượt là 4,23% và 3,06% cao hơn 2 mùa còn lại. Tỷ lệ chết cũng thấp nhất vào mùa
thu với 1,21% thấp hơn so với mùa đông là 3,02% (p < 0,001) (Bảng 4.8).
Bảng 4.8. Tỷ lệ gà mắc IB theo mùa trên địa bàn nghiên cứu
Mùa
Số gà theo dõi
Số mắc
Tỷ lệ (%) mắc
Số chết
trong năm
(con)
(con)
(95% CI)
(con)
53.043
9.109
49.845
5.644
Mùa xuân
(Tháng 2-4)
Mùa hè
(Tháng 5-7)
Mùa thu
(Tháng 8-10)
Mùa đông
(Tháng 11-1)
Tổng hợp
50.844
5.327
43.497
8.919
197.229
28.999
17,17a
(16,85-17,49)
11,32a
(11,04-11,60)
10,48a
(10,21-10,75)
20,50a
(20,12-20,88)
14,70
(14,54-14,86)
1.624
746
616
1.842
4.828
Tỉ lệ (%)
chết
(95% CI)
3,06a
(2,91-3,21)
1,50a
(1,39-1,61)
1,21a
(1,11-1,31)
4,23a
(4,04-4,42)
2,45
(2,38-2,52)
Ký tự a thể hiện số liệu khác nhau có ý nghĩa thống kê (p < 0,05)
Từ các kết quả nghiên cứu dịch tễ, bệnh IB thường xuyên xảy ra 5 tỉnh/thành miền
Bắc. Ngoài các yếu tố về nguyên nhân gây bệnh, thì các yếu tố ngoại cảnh (mùa vụ
chăn nuôi...) và yếu tố vật chủ (lứa tuổi gà...) ảnh hưởng rất lớn đến sự lây lan IB và
mức độ nghiêm trọng của bệnh. Vì vậy, để có biện pháp kiểm soát dịch bệnh, cũng như
sử dụng vacxin thích hợp, cần phải tính đến các yếu tố ảnh hưởng đó, khắc phục nếu
được cũng là một phương pháp quản lý phòng chống dịch bệnh tốt.
4.2.2. Xác định một số yếu tố liên quan đến bệnh IB
11
4.2.2.1. Yếu tố phương thức chăn nuôi
Nhiều nghiên cứu đã cho thấy phương thức chăn nuôi là một yếu tố quan trọng trong
sự lây lan các dịch bệnh truyền nhiễm. Phương thức chăn nuôi là một yếu tố có ảnh hưởng
rất lớn đến sự phát triển và lưu hành IB trên gà.
Bảng 4.9. Yếu tố nguy cơ về phương thức chăn nuôi
Yếu tố khảo sát
Kết quả
Tổng
Chăn nuôi công nghiệp
Chăn nuôi chăn thả
Bệnh
43
32
75
Không bệnh
227
283
510
Tổng
270
315
585
OR (95% CI)
1,68 (1,03 – 2,73)
Chitest (P-value)
3,027 x 10 -228(<0,001)
OR=1,68 (95% CI 1,03 – 2,73) (Bảng 4.9), cho thấy odd có bệnh của nhóm chăn nuôi
công nghiệp cao hơn 1,68 lần odd có bệnh của nhóm chăn nuôi chăn thả hay nói cách khác
nhóm chăn nuôi công nghiệp có khả năng bị bệnh gấp 1,68 lần so với nhóm chăn nuôi
chăn thả (p<0,001).
4.2.2.2. Yếu tố quy mô chăn nuôi
Trong chăn nuôi, quy mô chăn nuôi là một yếu tố có ảnh hưởng đến nguy cơ bệnh
dịch. Quy mô càng lớn làm tăng nguy cơ bệnh vì khi trại có quy mô càng lớn thì càng
phức tạp hơn trong vấn đề quản lý nên khó kiểm soát trường hợp mầm bệnh được truyền
từ bên ngoài vào.
Bảng 4.10. Yếu tố nguy cơ về quy mô chăn nuôi
Yếu tố khảo sát
Kết quả
Tổng
Quy mô đàn >1000 con
Quy mô đàn <1000 con
Bệnh
16
59
75
Không bệnh
63
447
510
Tổng
79
506
585
OR (95% CI)
1,92 (1,04 – 3,55)
Chitest (P-value)
0,026 (<0,05)
OR=1,92 (95% CI 1,04 – 3,55) (Bảng 4.10) cho thấy odd có bệnh IB của những
đàn có quy mô >1000 con cao hơn odd có bệnh IB của những đàn có quy mô <1000
con, những đàn có quy mô >1000 con có khả năng bị bệnh cao hơn 1,92 lần so với
những đàn có quy mô <1000 con (p<0,05).
4.2.2.3. Yếu tố tiêm phòng vacxin
12
Công tác tiêm phòng vacxin cho gia súc, gia cầm là rất cần thiết và có ích vì nó có thể
bảo vệ cho sản xuất, đảm bảo cho ngành chăn nuôi phát triển an toàn và bền vững. Đối
với IB cũng vậy, vacxin vẫn đóng vai trò quan trọng trong phòng bệnh và giảm thiểu tối
đa nguy cơ lây nhiễm cũng như gây chết trên đàn gia cầm.
Bảng 4.11. Yếu tố nguy cơ về tiêm phòng vacxin IB
Yếu tố khảo sát
Kết quả
Tổng
Không tiêm phòng
Tiêm phòng vacxin
vacxin đầy đủ
đầy đủ
Bệnh
29
46
75
Không bệnh
145
365
510
Tổng
174
411
585
OR (95% CI)
1,59 (0,96 – 2,62)
Chitest (P-value)
1,392 x 10-53 (<0,001)
OR=1,59 (Bảng 4.11) có nghĩa là odd bị bệnh của những đàn không tiêm phòng
vacxin đầy đủ cao hơn 1,59 lần so với odd bị bệnh của những đàn có tiêm phòng vacxin
đầy đủ. Kết quả trên cho thấy yếu tố về tiêm phòng vacxin IB có liên quan đến bệnh
IB (p< 0,001). Những đàn không tiêm phòng vacxin đầy đủ có khả năng mắc bệnh IB
cao hơn khả năng không mắc bệnh 1,59 lần. Tuy nhiên, với 95% CI của OR (0,96 –
2,62) cho thấy có thể trong những nghiên cứu khác, kết quả lại ngược lại, tức là những
đàn không tiêm phòng vacxin IB có khả năng mắc bệnh IB thấp hơn mặc dù với tỷ lệ
không cao (khoảng dưới 4%).
4.2.2.4. Yếu tố nguồn cung cấp con giống
Một trong những yếu tố để kiểm soát dịch bệnh được tốt chính là kiểm soát được
nguồn cung cấp giống.
Bảng 4.12. Yếu tố nguy cơ về nguồn gốc giống
Yếu tố khảo sát
Nhiều nguồn giống khác Nguồn giống ổn định,
Kết quả
Tổng
nhau không đảm bảo
đảm bảo
Bệnh
23
52
75
Không bệnh
133
377
510
Tổng
156
429
585
OR (95% CI)
1,25 (0,74 – 2,13)
Chitest (P-value)
2,533 x 10-37 (<0,05)
Tỷ số OR =1,25 (95% CI 0,74 – 2,13) (Bảng 4.12) cho thấy những đàn có nguồn
gốc giống không đảm bảo có khả năng bị bệnh cao hơn 1,25 lần so với khả năng bị
bệnh của những đàn có nguồn gốc giống đảm bảo. Kết quả này có thể thay đổi trong
13
những nghiên cứu khác, tuy nhiên có thể kết luận rằng nguồn gốc giống có liên quan
đến khả năng bị bệnh IB trên gà.
4.2.2.5. Yếu tố vị trí trang trại
Vị trí trang trại là yếu tố được đánh giá thông qua giá trị khoảng cách: khoảng cách
tới trang trại chăn nuôi gà gần nhất, khoảng cách từ trang trại đến lò giết mổ, và khoảng
cách từ trang trại đến chợ buôn bán gia cầm, trạm trung chuyển. Yếu tố về khoảng cách
địa lý thật ra còn có thể xem như là yếu tố đại diện cho nhiều yếu tố khác liên quan đến
nguy cơ lây truyền mầm bệnh.
Bảng 4.13. Yếu tố nguy cơ về vị trí trang trại
Bệnh
Không bệnh
Tổng
OR (95% CI)
Chitest (P-value)
Kết quả
Yếu tố khảo sát
Cách trại khác, lò giết mổ,
Cách trại khác, lò giết
chợ buôn bán, trạm trung
mổ, chợ buôn bán, trạm
chuyển <1000 mét
trung chuyển >1000 mét
31
44
177
333
208
377
1,33 (0,81 – 2,17)
2,803 x 10-99 (<0,001)
Tổng
75
510
585
Kết quả với OR=1,33 (95% CI 0,81 – 2,17) (Bảng 4.13), chúng tôi kết luận những đàn
có vị trí trang trại gần với các trang trại khác, lò giết mổ, chợ buôn bán hay trạm trung
chuyển (<1000 mét) là yếu tố có liên quan với dịch IB với khả năng có dịch IB cao hơn
1,33 lần so với những đàn có vị trí trang trại xa hơn (>1000 mét) (p < 0,001).
4.2.2.6. Yếu tố vệ sinh chuồng trại
IBV có thể lây nhiễm qua môi trường không khí ẩm thấp, phân và các thiết bị chăn
nuôi bị nhiễm mầm bệnh, nhất là sau khi có gia cầm mắc bệnh, cần phải cách ly và khử
trùng chuồng trại rồi mới tiếp tục với những lứa gà tiếp theo. Chính vì vậy đây cũng là
một trong những yếu tố có thể làm lây lan và tái phát dịch bệnh.
Bảng 4.14. Yếu tố nguy cơ về vệ sinh chuồng trại
Yếu tố khảo sát
Kết quả
Tổng
Không vệ sinh (hoặc vệ
Có vệ sinh thường
sinh đã lâu >6 tháng)
xuyên
Bệnh
26
49
75
Không bệnh
116
394
510
Tổng
142
443
585
OR (95% CI)
1,80 (1,07 – 3,03)
Chitest (P-value)
7,998 x10-26 (<0,001)
Phân tích các kết quả thu được, với OR=1,80 (95% CI 1,07 – 3,30) (Bảng 4.14), chúng
tôi xác định yếu tố vệ sinh chuồng trại có liên quan đến khả năng bị bệnh IB (p < 0,001),
những đàn không được vệ sinh chuồng trại, hoặc không vệ sinh thường xuyên có khả năng
bị nhiễm IB cao hơn 1,66 lần so với những đàn có vệ sinh chuồng trại thường xuyên.
14
4.3. PHÂN LẬP VÀ XÁC ĐỊNH MỘT SỐ ĐẶC TÍNH SINH HỌC CỦA CÁC
CHỦNG IBV PHÂN LẬP ĐƯỢC
4.3.1. Phân lập IBV trên trứng gà sạch có phôi
Trong nghiên cứu này, 10 chủng IBV mới đã được phân lập thành công 5 đời qua
phôi trứng, 7 chủng phân lập được ở đời thứ nhất (Bảng 4.15).
Bảng 4.15. Thông tin về các chủng IBV phân lập được
Phân lập
(Ký hiệu chủng)
Viết tắt
Năm
ck/VN/VNUA-HN01/2014
VNUA-HN01
2014
5
ck/VN/VNUA-HN02/2014
VNUA-HN02
2014
5
ck/VN/VNUA-HN03/2014
VNUA-HN03
2014
ck/VN/VNUA-HN04/2014
VNUA-HN04
2014
5
ck/VN/VNUA-HN05/2014
ck/VN/VNUA-TN06/2015
VNUA-HN05
VNUA-TN06
2014
2015
5
5
ck/VN/VNUA-TN07/2015
ck/VN/VNUA-TN08/2015
VNUA-TN07
VNUA-TN08
2015
2015
ck/VN/VNUA-TN09/2015
ck/VN/VNUA-HP10/2015
ck/VN/VNUA-HP11/2015
ck/VN/VNUA-HP12/2015
VNUA-TN09
VNUA-HP10
VNUA-HP11
VNUA-HP12
2015
2015
2015
2015
ck/VN/VNUA-HP13/2015
ck/VN/VNUA-HY14/2015
ck/VN/VNUA-BN15/2015
VNUA-HP13
VNUA-HY14
VNUA-BN15
2015
2015
2015
Hưng Yên
1
5
1
ck/VN/VNUA-BN16/2015
VNUA-BN16
2015
Bắc Ninh
1
ck/VN/VNUA-BN17/2015
VNUA-BN17
2015
Tỉnh/TP
Hà Nội
Thái Nguyên
Hải Phòng
Đời
(P)
5
1
5
1
5
5
1
1
4.3.2. Xác định một số đặc tính sinh học của các chủng IBV phân lập được
4.3.2.1. Khả năng thích ứng và ổn định của các chủng IBV phân lập được trên phôi gà
Kết quả xác định các chủng IBV phân lập được có tính thích ứng rất cao và ổn định
trên phôi gà, biểu hiện ở bệnh tích đặc trưng trên phôi và gây chết phôi ở từng thời điểm
tương đối ổn định khi gây nhiễm các chủng virus này trên phôi gà. Tỷ lệ phôi chết của
các chủng dao động từ 83,33% đến 100%. Đối với mỗi chủng tỷ lệ phôi chết dao động
giữa các đợt thí nghiệm không quá 3,33% sau 144 giờ. Thời gian gây chết phôi tập
trung vào khoảng từ 25 giờ đến 72 giờ sau khi tiêm truyền.
4.3.2.2. Kết quả xác định EID50/ml và ELD50/ml
Kết quả liều gây nhiễm phôi và liều gây chết phôi 50% của các chủng IBV phân
lập dao động từ 104,3 đến 107,5EID50/ml và 102,3 đến 105,5ELD50/ml (Bảng 4.16). Độc
lực của các chủng virus phân lập đánh giá qua khả năng gây nhiễm và gây chết phôi
khác nhau. Như vậy ở miền Bắc Việt Nam hiện đang lưu hành nhiều chủng IBV gây
bệnh có độc lực khác nhau. Với 2 chủng độc lực thấp là VNUA-TN06 và VNUA-HP10
15
và 3 chủng cường độc mà chúng tôi phân lập được là VNUA-HY14, VNUA-HN01,
VNUA-HN04.
Bảng 4.16. Kết quả tính EID50/ml và ELD50/ml
STT
Mã hóa mẫu
EID50/ml
ELD50/ml
1
VNUA-HN01
106,9
104,7
2
VNUA-HN02
106,1
104,1
3
VNUA-HN03
106,1
104,1
4
VNUA-HN04
107,3
105,1
5
VNUA-HN05
106,1
104,3
6
VNUA-TN06
104,3
102,3
7
VNUA-TN08
106,3
104,5
8
VNUA-HP10
104,3
102,5
9
VNUA-HP11
104,5
103,3
10
VNUA-HY14
107,5
105,5
4.4. PHÂN TÍCH TRÌNH TỰ GEN VÀ XÂY DỰNG CÂY PHẢ HỆ
4.4.1. Phân tích trình tự gen S1 và xây dựng cây phả hệ
Kết quả nghiên cứu đã giải trình tự thành công gen S1 của chủng virus
ck/VN/VNUA-HN01/2014 (VNUA-HN01). Phân tích và so sánh trình tự nt và aa giữa
chủng VNUA-HN01 với các chủng tham chiếu (SCLS/140104, I2022/13, DY09,
Chongqing/0908, LSD/08-10, LDL/97I, LDL/98I, Q1, và J2) cho thấy mức độ tương
đồng cao giữa chúng, tương đương với 99,6-99,9% về nt và 99,3-100% về aa (Bảng
4.17). Điều này cho thấy mối quan hệ di truyền mật thiết giữa chủng VNUA-HN01
Việt Nam với các chủng tham chiếu này.
Bảng 4.17. Mức độ tương đồng về nucleotide và amino acid của chủng VNUAHN01 so sánh với các chủng tham chiếu
Chủng
VNUA-HN01
SCLS/140104
LSD/08-10
DY09
Chongqing/0908
J2
Q1
LDL/98I
I2022/13
LDL/97I
4/91.
Ma5
VNUAHN01
SCLS/140104
100
99.88
99.88
99.81
99.81
99.69
99.69
99.63
99.88
99.56
74.99
72.62
100
99.94
99.94
99.81
99.81
99.75
100
99.69
74.99
72.62
LSD/0810
100
100
99.94
99.94
99.81
99.81
99.75
100
99.69
74.99
72.62
DY09
100
100
100
99.88
99.75
99.75
99.69
99.94
99.63
75.08
72.71
Chongqing
/0908
J2
Q1
Tương đồng amino acid (%)
99.81
99.44
99.44
99.81
99.44
99.44
99.81
99.44
99.44
99.81
99.44
99.44
99.25
99.25
99.25
99.75
99.75
99.75
99.69
99.56
99.56
99.94
99.81
99.81
99.63
99.63
99.5
74.9
74.9
74.81
72.53
72.62
72.44
Tương đồng nucloetide(%)
16
LDL/98I I2022/13 LDL/97I
99.63
99.63
99.63
99.63
99.44
99.06
99.06
99.75
99.94
74.63
72.34
100
100
100
100
99.81
99.44
99.44
99.63
99.69
74.99
72.62
99.25
99.25
99.25
99.25
99.06
99.06
98.69
99.63
99.25
74.72
72.43
4/91.
Ma5
73.2
73.2
73.2
73.2
72.96
73.2
72.96
72.71
73.2
72.96
71.23
71.23
71.23
71.23
70.98
71.48
70.98
70.73
71.23
70.98
70.73
74.43
ck/VN/VNUA-HN01/2014
cK/CH/SCLS/140104
CK/CH/LSD/08-10_S1
DY09
CK/CH/Chongqing/0908
J2
Q1
CK/CH/LDL/98I
CoV/Ck/Italy/I2022/13
ck/CH/LDL/97I
4/91
Ma5
10
20
30
40
50
60
70
80
90
100
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
MLGKSLFIVTLLFALCSAALFDNNETVYYYQSAFRPADGWHLHGGAYAVVNVSLETNNAGTASQCIAGAISWSKNFSASAVAMTAPELGMTWSTGQFCTA
....................................................................................................
....................................................................................................
....................................................................................................
....................................................................................................
....................................................................................................
....................................................................................................
....................................................................................................
....................................................................................................
....................................................................................................
....P.LL...WY.....L.Y.K.TY..........GQ...........DK.FNG....VSV.D.T..TFYE.Y.I..AS....V.PA..S..VA.....
..VTP.LL....C.......Y.SSSY..........P..............I.S.S....SS.G.TV.I.HGGRVVN..SI.....SS..A..SS.....
ck/VN/VNUA-HN01/2014
cK/CH/SCLS/140104
CK/CH/LSD/08-10_S1
DY09
CK/CH/Chongqing/0908
J2
Q1
CK/CH/LDL/98I
CoV/Ck/Italy/I2022/13
ck/CH/LDL/97I
4/91
Ma5
110
120
130
140
150
160
170
180
190
200
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
HCNFSDFTVFVTHCFKHGNGLCPLTGLIPSGFIRVSAMRKGSNSLFYNLTVSVTKYPRFKSLQCVNNYTSVYLNGDLVFTSNETKPVSAAGVSFKAGGPI
....................................................................................................
....................................................................................................
....................................................................................................
....................................................................................................
....................................................................................................
..........................F.........................................................................
..............................................................................................T.....
....................................................................................................
..................D...........................................................................T.....
................SQQ.S.....M..QNH..I....S.--F.........S...K.......G.S............P...TH.TG...Y..S...V
Y.....T.......Y...G--..I..MLQQHS......KN.--Q.........A...T...F.....L..........Y...A.TD.TS...Y.......
ck/VN/VNUA-HN01/2014
cK/CH/SCLS/140104
CK/CH/LSD/08-10_S1
DY09
CK/CH/Chongqing/0908
J2
Q1
CK/CH/LDL/98I
CoV/Ck/Italy/I2022/13
ck/CH/LDL/97I
4/91
Ma5
210
220
230
240
250
260
270
280
290
300
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
TYKTMSEVKVLAYFVNGTAQTVIPCDGSPRGLLACQYNTGNFSDGFYPYTNSSLVKERFIVYRESSVNTTLVLTNFTFSNVSNAPPNTGGVHSIVLHQTQ
....................................................................................................
....................................................................................................
....................................................................................................
.........................G..........................................................................
....................................................................................................
....................................................................................................
....................................................................................................
....................................................................................................
....................................................................................................
...V.K...A....I.....E..L..N.....................F.......D.........T....E......T.....S..S...DTFQ.Y..H
...V.R..RA..........D..L........................F.......QK......N.....FT.H....H.ETG.N..PS..QN.QTY...
ck/VN/VNUA-HN01/2014
cK/CH/SCLS/140104
CK/CH/LSD/08-10_S1
DY09
CK/CH/Chongqing/0908
J2
Q1
CK/CH/LDL/98I
CoV/Ck/Italy/I2022/13
ck/CH/LDL/97I
4/91
Ma5
310
320
330
340
350
360
370
380
390
400
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
TAQSGYYNFNFSFLSSFRYVESDFMYGSYHPKCSFRLETINNGLWFNSLSVSLGYGPLQGGCKQSVFNNMATCCYAYSYSGPTLCKGVYSGQLQKTFECG
....................................................................................................
....................................................................................................
....................................................................................................
....................................................................................................
......................Y....................................................................E........
....................................................................................................
.T..................................................................................................
....................................................................................................
.T.........................................................................................E........
...D......L......V.KP..........N.N..P.N..............T...I.........S.K.........R...R.....R.E.TQY....
.................V.K..N........S.N..................IA.............SGR.........G..L........E.DHN....
ck/VN/VNUA-HN01/2014
cK/CH/SCLS/140104
CK/CH/LSD/08-10_S1
DY09
CK/CH/Chongqing/0908
J2
Q1
CK/CH/LDL/98I
CoV/Ck/Italy/I2022/13
ck/CH/LDL/97I
4/91
Ma5
410
420
430
440
450
460
470
480
490
500
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
LLVFVTKSDGSRIQTRNEPLVLTQHNYNNITLNKCVEYNIYGRVGQGLITNITDSAANHGYLADGGLAVLDTSGAIDVFVVQGVYGLTYYKVNPCEDVNQ
....................................................................................................
....................................................................................................
....................................................................................................
....................................................................................................
....................................................................................................
....................................................................................................
....................................................................................................
....................................................................................................
....................................................................................................
...Y............S.......Y......................F...V.EAT..YS........I........I...R.A...N............
...Y....G......AT..P.I...........T..D......T...F...V....VSYN....A...I.....S..I....SE...N............
ck/VN/VNUA-HN01/2014
cK/CH/SCLS/140104
CK/CH/LSD/08-10_S1
DY09
CK/CH/Chongqing/0908
J2
Q1
CK/CH/LDL/98I
CoV/Ck/Italy/I2022/13
ck/CH/LDL/97I
4/91
Ma5
510
520
530
540
....|....|....|....|....|....|....|....|.
QFVVSGGQLVGILTSRNETGSQPIENRFYVKFPNSRRRTGR
.........................................
.........................................
.........................................
.........................................
................................L........
................................L...S....
.........................................
.........................................
.........................................
.......N.......H...D.EF...Q..I.LT.GT..SR.
.......K..............LL..Q..I.IT.GT..FR.
Hình 4.1. So sánh trình tự amino acid giữa chủng IBV ck/VN/VNUA-HN01/2014
với các chủng tham chiếu
Ngược lại, VNUA-HN01 chia sẻ mức độ tương đồng về nt và aa thấp hơn nhiều
khi so sánh với hai chủng trong vacxin IBV (4/91 và Ma5) sử dụng tại Việt Nam, tương
đương với 72,6-74,9% về nt và 71,2-73,2% về aa (Bảng 4.17). Mức độ tương đồng
thấp về nt và aa giữa chủng virus thực địa với chủng virus vacxin cho thấy mức độ phù
hợp của các vacxin này trong phòng bệnh đối với chủng virus thực địa không cao dẫn
đến không đạt hiệu quả cao trong phòng chống bệnh. Phân tích cây phả hệ cho thấy
chủng VNUA-HN01 thuộc vào nhóm Q1-like cùng các chủng phân lập từ Trung Quốc
và Italy (Hình 4.2). Cũng dựa trên cây phả hệ chủng VNUA-HN01 được phân nhóm
có khoảng cách xa so với các chủng 4/91, Ma5 và H120 có trong IBV hiện đang lưu
hành tại Việt Nam.
So sánh trình tự aa cho thấy chủng VNUA-HN01 có nhiều hơn 2 aa ở vị trí 142S,
143N so sánh với chủng vacxin 4/91, và nhiều hơn 4 aa ở vị trí 120G, 121L, 142S, và
143N khi so sánh với chủng vacxin Ma5 (Hình 4.1). Khẳng định mối quan hệ xa giữa
17
chủng VNUA-HN01 và các chủng IBV vacxin được sử dụng, điều này cho thấy vụ
dịch xảy ra tại Ba Vì, Hà Nội năm 2014 không phải là do vacxin gây nên.
Phân tích cây phả hệ xây dựng dựa trên trình tự hoàn chỉnh của gen S1 cho thấy
các chủng IBV được phân chia thành 6 genotype với 32 nhóm di truyền khác nhau.
Trong nghiên cứu này, chủng VNUA-HN01 thuộc vào GI-16 lineage cùng với các
chủng IBV Q1-like phân lập từ Trung Quốc và Italy.
GU938413.1 CK/CH/Chongqing/0908
KP780179.1 CoV/Ck/Italy/I2022/13
GQ258325.1 CK/CH/LSD/08-10 S1
KU364607.1 cK/CH/SCLS/140104
AF286303.1 J2
Q1-like
AF286302.1 Q1
DQ167132.1 CK/CH/LDL/98I
JX195177.1 ck/CH/LDL/97I
92
100
HM113491.1 DY09
93
ck/VN/VNUA-HN01/2014
KF377577 4/91
73
4/91
FJ807652.1 H120
99
100
Mass
KU736747 Ma5
GQ504725.1 Mass41 Vaccine
AY606322.1 T07/02
98
GQ229232.1 3382/06
100
KP790146.1 CK/CH/LHLJ/140901
96
Taiwan
HQ185567.1 CK/TW/T15/2006
97
AY606318.1 3051/02
100
KX107712.1 CK/CH/GX/GL1412-1
99
DQ646405.2 TW2575/98
JQ920402.1 11044
JQ920378.1 K2
100
KM91
JQ977698.1 KM91
JQ920386.1 1123
100
AY702975.1 LDT3
100
AY646283.1 partridge/GD/S14/2003
DQ288927.1 SAIBK
80
A 2-like
EU526388.1 A2
89
KX252787.1 ck/CH/LLN/131040
89
100
AF193423.1 QXIBV
AY189157.1 LX4
KX302874.1 ck/CH/LGS/131148
KX219791.1 ck/CH/LHLJ/07I
93
100
98
QX-like
JX840411.1 YX10
KC692312.1 CK CH HB CZ1108
KJ524621.1 CK/CH/ZJ/HZ12
KX107636.1 CK/CH/AH/HF1302-2
KM365469.1 GX-QZ130064
KU361188.1 CK/CH/2014/QL1403
100
KF668605.1 CK/CH/SD09/005
TC07-like
KF663559.1 ck/CH/IBTZ/2012
79
GQ265948.1 TC07-2
0 .0 5
Hình 4.2. Cây phả hệ phân tích mối tương quan giữa gen S1 của chủng IBV
ck/VN/VNUA-HN01/2014 với các chủng tham chiếu
4.4.2. Phân tích trình tự gen S của các chủng IBV phân lập được từ thực địa
Trong nghiên cứu này, 3 chủng virus ck/VN/VNUA-HN01/2014 (VNUA-HN01),
ck/VN/VNUA-TN08/2015 (VNUA-TN08) và ck/VN/VNUA-HP11/2015 (VNUAHP11) đã được giải toàn bộ trình tự gen S. Kết quả phân tích và so sánh trình tự nt và
chuỗi aa đã được tóm tắt (Bảng 4.18).
Gen S của 3 chủng virus VNUA-HN01, VNUA-TN08 và VNUA-HP11 có mức độ
tương đồng về trình tự nucleotide cao nhất tương ứng với 3 chủng virus là
CK/Italy/I2022/13 (100%), CK/CH/LHLJ/08-6 (98,9%) và GX-NN120084 (99,4%).
Kết quả so sánh trình tự nt và aa của gen S giữa các chủng virus IB phân lập trong
nghiên cứu này cho thấy mức độ tương đồng với nhau rất thấp, cụ thể mức độ tương
đồng tương ứng là 62,7- 77,4% về nt và 66,8-82,5% về aa. Khi so sánh với 2 chủng
virus vacxin đang sử dụng phổ biến ở Việt Nam là IBV 4/91 và Ma5, mức độ tương
đồng về trình tự nt và aa của 3 chủng virus VNUA-HN01, VNUA-TN08 và VNUA18
HP11 trong nghiên cứu này với 2 chủng virus vacxin tương ứng là 53,4-75,3% (nt) và
58,5-78,3% (aa) (Bảng 4.18).
Bảng 4.18. So sánh mức độ tương đồng nucleotide và amino acid của gen S của
các chủng IBV phân lập ở Việt Nam và các chủng IBV tham chiếu khác
VNUA-HN01
S
S1
S2
Số gia
nhập
KY992863
VNUA-HN01
KY992864
VNUA-TN08
KY992865
VNUA-HP11
AF286302
Q1
NAa
AF286303
J2
NA
Chủng
77.4
(82.5)
62.7
(66.8)
KU364607 cK/CH/SCLS/140104 NA
KP780179
Ck/Italy/I2022/13
100
(100)
KJ524588
CK/CH/JS/YC11-2
NA
KX252788
ck/CH/LHLJ/08-6
KX219791
ck/CH/LHLJ/07I
JX840411
YX10
AF193423
QXIBV
NA
AY189157
LX4
76.6
(81.6)
GQ265948
TC07-2
NA
KF663559
ck/CH/IBTZ/2012
KM365466
GX-NN120084
HQ018903
CK/CH/GD/NC10
NA
AY561713
Ma5
NA
KF377577
4/91
81.7
(85.7)
77.7
(82.7)
77.4
(82.6)
77.4
(82.6)
62.7
(67)
62.5
(66.7)
72.3
(76.6)
52.7
(58.3)
99.7
(99.4)
99.7
(99.4)
99.9
(100)
99.9
(100)
72.7
(76.8)
72.7
(76.6)
72.2
(76.8)
72.2
(76.6)
73.2
(76.4)
72.5
(76.2)
52.3
(58.1)
52.6
(58.1)
52.6
(58.1)
52.6
(58.5)
72.8
(75.3)
75.3
(76.6)
VNUA-TN08
S
S1
S2
81.5
(87.4)
69.5 64.9 56
(74) (68.5) (61.9)
71.9
NA NA
(76.6)
72
NA NA
(76.6)
72.1
NA NA
(76.6)
100 77.4 72.1
(100) (82.5) (76.6)
98.9
NA NA
(97.9)
81.7 98.9 98.4
(87.9) (98.6) (97.7)
81.4 98.8 98.4
(87.6) (98.4) (97.7)
81.6 98.8 98.2
(87.4) (98.2) (97)
96.5
NA NA
(94.7)
79.9 94.1 96.3
(86.3) (94.7) (94.2)
56.4
NA NA
(61.3)
69.6 65.1 56.1
(74.7) (68.6) (61.3)
69.2 64.9 56.4
(74) (68.3) (61.7)
56.4
NA NA
(62.1)
73.3
NA NA
(77.4)
87
79.3 74
(93.7) (84.4) (78.3)
VNUA-HP11
S
S1
S2
71.2
(74.2)
NA
NA
NA
NA
NA
NA
81.5 62.7
(87.4) (66.8)
NA
NA
99.3
(99.2)
99.1
(98.9)
99.3
(99)
64.8
(68.5)
64.9
(68.4)
64.7
(68.3)
NA
NA
92.1 64.7
(95) (68.5)
NA
NA
71.5
(74.8)
70.8
(74.2)
98.1
(98.2)
99.4
(99)
NA
NA
NA
NA
83.5 63.8
(89.5) (67.7)
52.5
(58.3)
52.6
(58.1)
52.7
(58.3)
52.7
(58.3)
56
(61.9)
55.8
(61.7)
56
(61.9)
55.8
(61.3)
56.9
(61.7)
57
(61.7)
97.9
(97)
97.6
(97)
99.3
(98.7)
99.2
(98.9)
53.5
(58.5)
53.4
(58.7)
NA
NA
NA
69.5
(74)
NA
71.2
(74.3)
70.9
(74)
71
(74.2)
NA
69.6
(74.3)
NA
98.5
(99.2)
99.5
(99.3)
NA
NA
71.2
(75.5)
a
NA: not available (không hiển thị)
Phân tích trình tự sắp xếp của gen S1 và chuỗi aa của 3 chủng IBV Việt Nam trong
nghiên cứu và 13 chủng IBV tham chiếu cho thấy có ít nhất 5 vùng biến đổi (HVRs):
19-26 (I), 50-97 (II), 115-154 (III), 249-293 (IV), 364-380 (V) và 518-537 (VI) dựa
trên trình tự aa của chủng IBV H120. Sự xoá và chèn đặc trưng xảy ra ở các vị trí aa
19
22-23, 61-62, 96-97, 119-120, 139-140, 283-284 và 365-366 và đều nằm trong các
vùng HVR (Hình 4.3).
Dấu chấm (giống nhau) và Dấu gạch ngang (xóa) của axit amin so với chủng H120.
Hình 4.3. Sắp xếp trình tự của các chuỗi amino acid gen S1 (16 chủng) và gen S2
(8 chủng)
Khi so sánh với các chủng virus vacxin hiện đang được sử dụng thường xuyên ở
Việt Nam là H120, Ma5 và 4/91, các chủng IBV phân lập ở Việt Nam đã có sự chèn
thêm aa ở nhiều vị trí, cụ thể chủng VNUA-HN01 có thêm aa ở các vị trí 120G và 121L;
chủng VNUA-TN08 có thêm aa ở các vị trí 23P, 120G và 121S; chủng VNUA-HP11
ngoài chèn 4 aa (QKEP) tại vị trí aa 283-284 còn có nhiều vị trí chèn aa khác là 23A,
96G, 120G, 121I và 366R.
Việc xóa và chèn thêm aa của tiểu phần protein S1 dẫn đến trình tự protein S1 của
3 chủng virus IB VNUA-HN01, VNUA-TN08 và VNUA-HP11 có chiều dài khác
nhau. Cụ thể trình tự aa của tiểu phần protein S1 của chủng virus VNUA-HN01 có
chiều dài là 541 aa, chủng virus VNUA-TN08 là 540 aa và chủng virus VNUA-HP11
là 546 aa.
20
3 chủng virus IB của Việt Nam trong nghiên cứu này được đánh dấu màu đỏ, các chủng virus vacxin tham chiếu được
đánh dấu màu xanh. Cây phả hệ được xây dựng bằng phần mềm MEGA 7.0 với phương pháp Neighbor-joining
Hình 4.4. Cây phả hệ được xây dựng dựa trên các trình tự nucleotide của gen S1
Kết quả phân tích trình tự aa của tiểu đơn vị S2 cho thấy không có sự đột biến thêm
và xoá aa trên trình tự aa của tiểu đơn vị S2 của 3 chủng virus IB VNUA-HN01,
VNUA-TN08 và VNUA-HP11 và chiều dài trình tự aa của tiểu đơn vị S2 của cả 3
chủng này đều là 625 aa. Trong nghiên cứu này hầu hết các chủng virus IB của Việt
Nam và các chủng virus IB tham chiếu đều có trình tự aa đầu N và đầu C của tiểu đơn
vị protein S2 rất bảo thủ (conserved).
3 chủng virus IB của Việt Nam trong nghiên cứu này được đánh dấu màu đỏ, các chủng virus vacxin tham chiếu được
đánh dấu màu xanh. Cây phả hệ được xây dựng bằng phần mềm MEGA 7.0 với phương pháp Neighbor-joining.
Hình 4.5. Cây phả hệ được xây dựng dựa trên các trình tự nucleotide của gen S2
21
Kết quả phân tích cây phả hệ trong nghiên cứu này dựa trên trình tự gen S1 và S2
cho kết quả giống nhau, cụ thể 3 chủng virus IB VNUA-HN01, VNUA-TN08 và
VNUA-HP11 của Việt Nam thuộc về 3 nhóm kiểu gen khác nhau tương ứng là Q1like, QX-like và TC07-like (Hình 4.4 và 4.5). Kết quả nghiên cứu này cũng cho thấy 3
chủng virus IB trong nghiên cứu này không cùng nhóm kiểu gen với các chủng virus
vacxin đã và đang được sử dụng ở Việt Nam là Ma5, 4/91 và H120.
4.4.3. Phân tích đặc điểm của các chủng IBV lưu hành ở miền Bắc Việt Nam
Phân tích tổng hợp cây phả hệ dựa trên trình tự gen S1, gen S2 và gen S hoàn chỉnh
(Hình 4.6) của 3 chủng virus VNUA-HN01, VNUA-TN08 và VNUA-HP11 phân lập
được tại Việt Nam trong nghiên cứu này cùng với 42 chủng IBV tham chiếu khác đã
được công bố trước đây trên GenBank cho thấy 3 chủng virus VNUA-HN01, VNUATN08 và VNUA-HP11 thuộc về 3 kiểu gen khác nhau là Q1-like (VNUA-HN01), QXlike hay LX4 (VNUA-TN08) và TC07-2-like (VNUA-HP11). Kết quả thu được này
cho thấy có ít nhất 3 kiểu gen riêng biệt của IBV đã và đang lưu hành và gây bệnh
trong những đàn gia cầm ở miền Bắc Việt Nam và các kiểu gen này hoàn toàn khác
biệt với kiểu gen của các chủng virus IBV đã và đang được sử dụng trong phòng IB tại
Việt Nam.
Kết quả nghiên cứu thu được trong nghiên cứu chứng tỏ sự đa dạng di truyền của
IBV ở miền Bắc Việt Nam, sự đa dạng này của các chủng IBV sẽ gây khó khăn trong
việc kiểm soát bệnh bằng vacxin. Vì vậy việc điều tra sự lưu hành của các chủng IBV
là rất cần thiết. Kết quả phân tích về trình tự nt và aa của gen S của các chủng virus IB
trong cùng một nhóm kiểu gen Q1-like, QX-like và TC07-2-like cho thấy các chủng
virus IB VNUA-HN01, VNUA-TN08 và VNUA-HP11của Việt Nam có mức độ tương
đồng rất cao (>98%) khi so sánh với các chủng IBV tham chiếu khác trong cùng một
nhóm kiểu gen. Trong cùng một nhóm kiểu gen không phát hiện thấy hiện tượng đột
biến thêm hoặc xóa aa trên trình tự gen S và điều này cho thấy không có hiện tượng tái
tổ hợp di truyền giữa các nhóm kiểu gen của các chủng IBV phân lập được ở Việt Nam
trong nghiên cứu này (kết quả không được thể hiện).
Các chủng IBV của Việt Nam trong nghiên cứu này đều được phân lập từ ổ dịch
IB ở đàn gia cầm mà trước đó đã được tiêm phòng vacxin IB chủng Ma5 hoặc chủng
4/91. Điều này cho thấy hiệu quả phòng bệnh của các vacxin được sử dụng không cao.
Tổng hợp lại các kết quả nghiên cứu thu được trong nghiên cứu này cho thấy 3
chủng virus VNUA-HN01, VNUA-TN08 và VNUA-HP11 của Việt Nam thuộc 3 kiểu
gen khác nhau là Q1-like, QX-like và TC07-2-like, giống với các chủng IBV thuộc
kiểu gen Q1-like, QX-like và TC07-2-like đã được công bố trước đó ở Trung Quốc.
Điều này hàm ý rất có khả năng các chủng IBV này của Việt Nam đều có nguồn gốc
từ Trung Quốc.
22
9
KP780179 gammaCoV/Ck/Italy/I2022/13
GU938413 CK/CH/Chongqing/0908
15
GQ258325 CK/CH/LSD/0810
KU364607 cK/CH/SCLS/140104
43
DQ167132 CK/CH/LDL/98I
90
JX195177 ck/CH/LDL/97I
42
39
100
Q1-like
AF286302 Q1
AF286303 J2
HM113491 DY09
83
VNUA HN01
KF377577 4/91
76
4/91
FJ807652 H120
98
100
KU736747 MA5
Mass
GQ504725 Mass41
AY606322 T07/02
100
GQ229232 3382/06
100
KP790146 CK/CH/LHLJ/140901
95
HQ185567 CK/TW/T15/2006
94
Taiwan
AY606318 3051/02
100
50
DQ646405 TW2575/98
100
KX107712 CK/CH/GX/GL14121
73
JQ920378 K2
49
JQ920402 11044
KM91-like
100
JQ977698 KM91
JQ920386 1123
59
DQ288927 SAIBK
99
A2-like
100
EU526388 A2
AY646283 Partridge/GD/S14/2003
100
78
AY702975 LDT3
AF193423 QXIBV
89
AY189157 LX4
KX252787 ck/CH/LLN/131040
100
KX302874 ck/CH/LGS/131148
62
KX219791 ck/CH/LHLJ/07I
90
100
98
QX-like
JX840411 YX10
KC692312 CK
34
KX107636 CK/CH/AH/HF13022
48
KJ524621 CK/CH/ZJ/HZ12
50
VNUA TN08
90
KM365469 GXQZ130064
VNUA HP11
100
60
48
77
KF668605 CK/CH/SD09/005
TC07-like
KU361188 CK/CH/2014/QL1403
GQ265948 TC072
KF663559 ck/CH/IBTZ/2012
0.05
Hình 4.6. Cây phả hệ phân tích mối tương quan giữa các chủng phân lập của Việt Nam
và các chủng tham chiếu khác dựa trên trình tự gen S hoàn chỉnh của IBV
Kết quả thu được trong nghiên cứu này cũng chỉ ra rằng trong các chủng IBV phân
lập được ở Việt Nam thì sự biến đổi di truyền chủ yếu xảy ra ở tiểu phần protein S1,
trong khi các trình tự aa của tiểu phần protein S2 lại rất bảo thủ. Vì vậy, trong điều kiện
nghiên cứu không cho phép thì việc giải trình tự và phân tích trình tự gen S1 là đủ để
cho thấy sự đa dạng di truyền cũng như tiến hoá của các chủng IBV.
Rõ ràng IB trên gà đã và đang là mối quan tâm lớn trên toàn thế giới. Bệnh gây
thiệt hại kinh tế lớn cho ngành chăn nuôi gia cầm do các biến chủng IBV mới thường
xuyên xuất hiện và gây bệnh. Thực tế cho thấy các vacxin IB hiện có không có miễn
dịch bảo hộ hoặc bảo hộ thấp với các biến chủng IBV mới, như vậy nhu cầu nghiên
cứu sản xuất những loại vacxin IB mới từ các biến chủng IBV mới thuộc kiểu gen Q1like, QX-like,TC07-like… là rất cần thiết và cấp bách.
23
