Nghiên cứu sự lưu hành các typ huyết thanh và gen kháng kháng sinh của streptococcus pneumoniae gây bệnh bằng kỹ thuật PCR đa mồi tại một số địa phương ở việt nam
Bạn đang xem bản rút gọn của tài liệu. Xem và tải ngay bản đầy đủ của tài liệu tại đây (2.75 MB, 182 trang )
ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI
TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN
-------- -------
TỐNG THỊ HÀ
NGHIÊN CỨU SỰ LƯU HÀNH CÁC TYP HUYẾT THANH
VÀ GEN KHÁNG KHÁNG SINH CỦA Streptococcus
pneumoniae GÂY BỆNH BẰNG KỸ THUẬT PCR ĐA MỒI
TẠI MỘT SỐ ĐỊA PHƯƠNG Ở VIỆT NAM
LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC
Hà Nội - 2018
i
ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI
TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN
-------- -------
TỐNG THỊ HÀ
NGHIÊN CỨU SỰ LƯU HÀNH CÁC TYP HUYẾT THANH VÀ
GEN KHÁNG KHÁNG SINH CỦA Streptococcus pneumoniae
GÂY BỆNH BẰNG KỸ THUẬT PCR ĐA MỒI TẠI MỘT SỐ ĐỊA
PHƯƠNG Ở VIỆT NAM
Chuyên ngành: Vi sinh vật học
Mã số: 62 42 01 07
LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC
NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC:
1. GS. TS. Đặng Đức Anh
2. GS. TS. Phạm Văn Ty
Hà Nội - 2018
ii
LỜI CAM ĐOAN
Tơi xin cam đoan đây là cơng trình nghiên cứu của riêng tơi. Một số kết quả
có sự trợ giúp của đồng nghiệp. Các số liệu, kết quả trong luận án này là trung thực
và chưa từng công bố trong bất cứ cơng trình nghiên cứu nào khác.
Hà nội, ngày
tháng
Nghiên cứu sinh
Tống Thị Hà
iii
năm 201
LỜI CẢM ƠN
Lời đầu tiên tôi xin trân trọng cảm ơn đến Ban Lãnh đạo - Viện Vệ sinh Dịch tễ
Trung ương, Khoa Sinh học và Phòng Sau đại học - Trường Đại học Khoa học Tự nhiên Đại Học Quốc gia Hà Nội đã tạo điều kiện tốt nhất cho tơi trong q trình làm việc, học
tập và nghiên cứu.
Tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc đến GS. TS. Đặng Đức Anh và GS. TS. Phạm
Văn Ty đã không chỉ giúp tôi định hướng nghiên cứu mà cịn tận tình truyền đạt những
kiến thức và những kinh nghiệm quý báu cho tôi. Các Thầy đã và luôn khuyến khích tơi
bước về phía trước, tiếp cận với những kiến thức nâng cao và mở rộng để tơi có thể hồn
thành được luận án này.
Tơi xin gửi lời cảm ơn đặc biệt đến ThS. Nguyễn Thị Hiền Anh - Trưởng phịng thí
nghiệm Phế cầu, Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung ương, nơi tôi thực hiện đề tài nghiên cứu.
ThS. Hiền Anh đã trực tiếp hướng dẫn các kỹ thuật phịng thí nghiệm cho tơi và ln là
người động viên tơi trong lúc khó khăn. Tơi cũng xin chân thành cảm ơn TS. Vũ Thị Thu
Hường đã dành nhiều thời gian thảo luận làm sáng tỏ các phương pháp nghiên cứu sử
dụng trong luận án. Tôi xin cảm ơn ThS. Lê Huy Hoàng, ThS. Lê Thị Kim Anh cùng các
cán bộ phịng thí nghiệm Phế cầu đã hỗ trợ tơi rất nhiều trong q trình thực hiện đề tài
nghiên cứu.
Tơi xin trân trọng cảm ơn GS. TS. Yoshida Lay Myint - Trường Đại học Nagasaki,
Nhật Bản đã luôn động viên và hỗ trợ nguồn lực, hóa chất sinh phẩm để thực hiện nội
dung nghiên cứu.
Tôi xin gửi lời cảm ơn tới các Thầy Cô Bộ môn Vi sinh vật học và Khoa Sinh học
- Trường Đại học Khoa học Tự nhiên - Đại học Quốc gia Hà Nội đã giúp đỡ tơi rất nhiều
trong suốt q trình học Đại học, Thạc sĩ và Nghiên cứu sinh. Từ tận đáy lòng tôi luôn
biết ơn và trân trọng những kiến thức và những tình cảm của các Thầy Cơ dành cho tơi,
đó là hành trang theo tơi trong suốt q trình cơng tác cũng như trong cuộc sống.
iv
Tôi xin gửi lời biết ơn tới Lãnh đạo Trung tâm Đào tạo và Quản lý khoa học, nơi
tôi công tác, đã luôn động viên và tạo điều kiện tối đa cho tôi trong công việc cũng như
trong học tập. Tôi xin trân trọng cảm ơn các Thầy Cô, cùng toàn thể các bạn Đồng nghiệp
trong Trung tâm Đào tạo và Quản lý khoa học đã luôn động viên, giúp đỡ tơi trong cơng
việc để tơi có thể tập trung vào thực hiện luận án.
Tôi xin trân trọng cảm ơn tới Ban Giám đốc và các cán bộ Bệnh viện đa khoa
Khánh Hòa, Bệnh viện Bạch Mai và Bệnh viện đa khoa Hải Dương đã phối hợp và giúp
đỡ tôi trong q trình thực hiện nghiên cứu.
Tơi xin cảm ơn Gia đình, Bố, Mẹ, cảm ơn Chồng cùng các Con, cảm ơn Bạn bè đã
luôn bên cạnh động viên, giúp đỡ và là chỗ dựa vô cùng to lớn cả về vật chất lẫn tinh thần
trong quá trình thực hiện luận án này, cũng như trong suốt cuộc đời tôi.
Hà Nội, ngày
tháng
năm 2018
NCS. Tống Thị Hà
v
MỤC LỤC
LỜI CAM ĐOAN ..................................................................................................................i
LỜI CẢM ƠN ......................................................................................................................iv
MỤC LỤC ............................................................................................................................ 1
DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮT .......................................................... 7
DANH MỤC CÁC BẢNG VÀ HÌNH ................................................................................. 9
MỞ ĐẦU ............................................................................................................................ 13
CHƯƠNG 1. TỔNG QUAN .............................................................................................. 17
1.1. VI KHUẨN Streptococcus pneumoniae, KHẢ NĂNG GÂY BỆNH VÀ ĐẶC
ĐIỂM DỊCH TỄ HỌC ..................................................................................................... 17
1.1.1. Đặc điểm vi khuẩn Streptococcus pneumoniae.................................................. 17
1.1.2. Đặc điểm sinh bệnh học ..................................................................................... 18
1.1.3. Các bệnh gây ra bởi vi khuẩn Streptococcus pneumoniae ................................. 19
1.1.3.1. Viêm đường hô hấp cấp tính (Acute Respiratory Infections-ARI) .................. 19
1.1.3.2. Viêm phổi ......................................................................................................... 20
1.1.3.3. Viêm màng não mủ .......................................................................................... 21
1.1.3.4. Viêm tai giữa ................................................................................................... 22
1.1.3.5. Nhiễm khuẩn huyết .......................................................................................... 23
1.1.4. Dịch tễ học bệnh do phế cầu khuẩn.................................................................... 23
1.1.4.1. Tình hình mắc bệnh do phế cầu khuẩn trên thế giới ....................................... 23
1.1.4.2. Tình hình mắc bệnh do phế cầu khuẩn tại Việt Nam ...................................... 25
1
1.1.5. Dự phòng và điều trị ........................................................................................... 27
1.1.5.1. Vắc xin phòng bệnh do phế cầu khuẩn ............................................................ 27
1.1.5.2. Điều trị ............................................................................................................ 30
1.2. YẾU TỐ ĐỘC LỰC VÀ TYP HUYẾT THANH CỦA VI KHUẨN Streptococcus
pneumoniae...................................................................................................................... 30
1.2.1. Độc tố vi khuẩn và cấu trúc kháng nguyên ........................................................ 30
1.2.1.1. Độc tố protein .................................................................................................. 31
1.2.1.2. Độc tố polysaccharide. .................................................................................... 32
1.2.1.3. Cấu trúc kháng nguyên.................................................................................... 34
1.2.2. Các typ huyết thanh của vi khuẩn S. pneumoniae .............................................. 34
1.2.2.1. Vai trò của lớp vỏ polysaccharide .................................................................. 35
1.2.2.2. Điều hòa sinh tổng hợp các CPS..................................................................... 35
1.2.2.3. Cơ sở khoa học của phân loại typ huyết thanh ............................................... 37
1.2.2.4. Các typ huyết thanh phổ biến gây bệnh phế cầu xâm lấn (IPD)..................... 38
1.3. KHÁNG KHÁNG SINH CỦA VI KHUẨN Streptococcus pneumoniae................ 40
1.3.1. Phương thức tác dụng của kháng sinh ................................................................ 41
1.3.2. Gen kháng kháng sinh và cơ chế đề kháng của vi khuẩn S. pneumoniae .......... 42
1.3.2.1. Các gen pbp và cơ chế kháng kháng sinh họ Beta-lactam.............................. 43
1.3.2.2. Các gen ermB, mefA và cơ chế kháng kháng sinh họ Macrolide.................... 45
1.3.3. Các yếu tố ảnh hưởng đến tính kháng kháng sinh của S. pneumoniae .............. 47
1.3.3.1. Các yếu tố liên quan đến tác nhân gây bệnh................................................... 47
1.3.3.2. Các yếu tố liên quan đến kháng sinh............................................................... 49
1.3.3.3. Các yếu tố liên quan đến vật chủ cảm nhiễm .................................................. 50
2
1.4. CÁC KỸ THUẬT CHẨN ĐỐN PHỊNG THÍ NGHIỆM VÀ CƠ SỞ KHOA
HỌC CỦA VIỆC LỰA CHỌN KỸ THUẬT TRONG NGHIÊN CỨU ......................... 51
1.4.1. Xét nghiệm chẩn đoán Streptococcus pneumoniae ............................................ 51
1.4.1.1. Kỹ thuật nhuộm soi và nuôi cấy, định danh .................................................... 52
1.4.1.2. Kỹ thuật sinh học phân tử chẩn đoán S. pneumoniae ..................................... 53
1.4.1.3. Kỹ thuật xét nghiệm kháng nguyên, kháng thể ................................................ 53
1.4.1.4. Lựa chọn kỹ thuật cho nghiên cứu chẩn đoán xác định .................................. 54
1.4.2. Kỹ thuật định typ huyết thanh vi khuẩn Streptococcus pneumoniae ................. 55
1.4.2.1. Thử nghiệm “Quellung” ................................................................................. 55
1.4.2.2. Kỹ thuật PCR đa mồi xác định đồng thời nhiều typ huyết thanh .................... 55
1.4.2.3. Kỹ thuật nanofruidic xác định đồng thời nhiều typ huyết thanh ..................... 57
1.4.2.4. Lựa chọn kỹ thuật cho nghiên cứu xác định typ huyết thanh .......................... 57
1.4.3. Kỹ thuật xác định tính kháng kháng sinh của vi khuẩn S. pneumoniae ............. 58
1.4.3.1. Kỹ thuật PCR đa mồi xác định gen kháng kháng sinh .................................... 58
1.4.3.2. Kỹ thuật xác định kiểu hình kháng kháng sinh................................................ 59
1.4.3.3. Lựa chọn kỹ thuật xác định tính kháng kháng sinh ......................................... 60
CHƯƠNG 2. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ..................................... 61
2.1. ĐỐI TƯỢNG VÀ VẬT LIỆU NGHIÊN CỨU........................................................ 61
2.1.1. Đối tượng nghiên cứu ......................................................................................... 61
2.1.2. Thời gian và địa điểm nghiên cứu ...................................................................... 62
2.1.3. Trang thiết bị, dụng cụ và vật tư tiêu hao ........................................................... 63
2.1.4. Hóa chất, sinh phẩm và chủng chuẩn vi sinh vật ............................................... 64
2.1.5. Chủng chuẩn vi sinh vật ..................................................................................... 65
3
2.2. PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ............................................................................ 65
2.2.1. Thiết kế nghiên cứu ............................................................................................ 65
2.2.2. Cỡ mẫu nghiên cứu ............................................................................................ 65
2.2.3. Các biến số nghiên cứu ...................................................................................... 66
2.2.4. Phương pháp thu thập thông tin ......................................................................... 66
2.2.5. Sơ đồ nghiên cứu ................................................................................................ 67
2.2.6. Đạo đức trong nghiên cứu .................................................................................. 67
2.2.7. Xử lý và phân tích số liệu ................................................................................... 68
2.2.8. Các kỹ thuật phịng thí nghiệm sử dụng trong nghiên cứu ................................ 67
2.2.8.1. Kỹ thuật định danh lại vi khuẩn bằng nuôi cấy phân lập ............................... 68
2.2.8.2. Kỹ thuật khẳng định phế cầu khuẩn bằng PCR .............................................. 71
2.2.8.3. Thử nghiệm "Quellung" xác định typ huyết thanh .......................................... 73
2.2.8.4. Kỹ thuật PCR đa mồi phát hiện đồng thời nhiều typ huyết thanh ................... 74
2.2.8.5. Kỹ thuật PCR phát hiện kiểu gen kháng kháng sinh ....................................... 80
2.2.8.6. Kỹ thuật Nồng độ ức chế tối thiểu (MIC) xác định tình trạng kháng kháng
sinh ............................................................................................................................... 82
CHƯƠNG 3. KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN ........................................................................ 86
3.1. ĐẶC ĐIỂM ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU ............................................................. 86
3.1.1. Đặc điểm phân lập của đối tượng nghiên cứu .................................................... 86
3.1.2. Khẳng định vi khuẩn S. pneumoniae bằng PCR ................................................ 88
3.2. ÁP DỤNG VÀ CẢI TIẾN QUY TRÌNH PCR ĐA MỒI XÁC ĐỊNH TYP HUYẾT
VÀ GEN KHÁNG KHÁNG SINH ................................................................................. 90
3.2.1. Áp dụng và cải tiến quy trình PCR xác định typ huyết thanh ............................ 90
3.2.2. Áp dụng và cải tiến quy trình PCR xác định gen kháng kháng sinh .................. 95
4
3.3. XÁC ĐỊNH SỰ PHÂN BỐ CÁC TYP HUYẾT THANH PHẾ CẦU GÂY BỆNH
TẠI MỘT SỐ ĐỊA PHƯƠNG Ở VIỆT NAM. ............................................................... 97
3.3.1. Kết quả phân bố các typ huyết thanh của vi khuẩn S. pneumoniae ................... 97
3.3.2. Kết quả phân bố typ huyết thanh của vi khuẩn S. pneumoniae theo khu vực. . 100
3.3.3. Kết quả phân bố typ huyết thanh chủ yếu trong vắc xin .................................. 102
3.3.4. Tỷ lệ bao phủ các typ huyết thanh bởi vắc xin ................................................. 103
3.4. TÌNH TRẠNG KHÁNG KHÁNG SINH CỦA VI KHUẨN Streptococcus
pneumoniae.................................................................................................................... 106
3.4.1. Kết quả tỷ lệ phân bố gen kháng kháng sinh bằng PCR đa mồi ...................... 106
3.4.2. Kết quả tình trạng kháng kháng sinh theo kiểu hình bằng kỹ thuật nồng độ ức
chế tổi thiểu ................................................................................................................ 109
3.4.2.1. Tình trạng kháng kháng sinh ở cả 3 bệnh viện thuộc khu vực nghiên cứu ... 109
3.4.2.2. So sánh tình trạng kháng kháng sinh giữa các bệnh viện ............................. 116
3.4.3. Kết quả xác định mối liên quan giữa kiểu hình và gen kháng kháng sinh ....... 119
3.4.3.1. Mối liên quan giữa kháng sinh nhóm beta-lactam và gen pbp ..................... 119
3.4.3.2. Mối liên quan giữa kháng sinh nhóm macrolide và gen mefA, ermB. .......... 122
3.4.4. Tình trạng đa kháng kháng sinh của các chủng S. pneumoniae bằng kỹ thuật
nồng độ ức chế tối thiểu ............................................................................................. 126
3.5. MỐI LIÊN QUAN GIỮA TYP HUYẾT THANH VÀ TÍNH KHÁNG KHÁNG
SINH. ............................................................................................................................. 128
3.5.1. Mối liên quan giữa typ huyết thanh và gen kháng kháng sinh ......................... 129
3.5.2. Mối liên quan giữa typ huyết thanh và kiểu hình kháng kháng sinh (MIC). ... 131
KẾT LUẬN ...................................................................................................................... 138
KIẾN NGHỊ ...................................................................................................................... 139
5
DANH MỤC CƠNG TRÌNH KHOA HỌC CỦA TÁC GIẢ ĐÃ CÔNG BỐ LIÊN QUAN
ĐẾN LUẬN ÁN ............................................................................................................... 140
TÀI LIỆU THAM KHẢO
PHỤ LỤC
6
DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮT
Từ viết tắt
Tên đầy đủ Tiếng anh/Tiếng việt
ANSORP
Asian Network for Surveillance of Resistant Pathogens
Mạng lưới giám sát về kháng kháng sinh khu vực châu Á
ATCC
American Type Culture Collection
Bảo tàng giống chuẩn quốc tế Mỹ
ARI
Acute Respiratory Infection
Viêm đường hơ hấp cấp tính
BVĐK
Bệnh viện đa khoa
CAP
Community Acquired Pneumonia
Viêm phổi mắc phải trong cộng đồng
CPS
Capsular Polysaccharide
Vỏ polysaccharide
CLSI
Clinical and Laboratory Standards Institute
Viện nghiên cứu các tiêu chuẩn xét nghiệm và lâm sàng
CSF
Cerebrospinal fluid
Dịch não tủy
CWPS
Cell Wall Polysaccharide
Polysaccharide thành tế bào
ELISA
Enzyme-linked immunosorbent assay
Kỹ thuật miễn dịch gắn enzym
ENSP
Erythromycin Non-Susceptible Pneumococci
Chủng phế cầu không nhạy cảm erythromycin
Erm
Erythromycin Ribosomal Methylase
Methyl hóa ribosom bởi kháng sinh erythromycin
Mef
Macrolide Efflux Pump
Bơm đẩy kháng sinh macrolide
MDR
Multi-drug Resistance
Đa kháng kháng sinh
MIC
Minimum Inhibition Concentration
Nồng độ ức chế tối thiểu
7
Từ viết tắt
Tên đầy đủ Tiếng anh/Tiếng việt
NIPs
National Immunization Programs
Chương trình tiêm chủng quốc gia
IPD
Invasive Pneumococcal Disease
Bệnh viêm phổi xâm lấn
PspA
Pneumococcal surface protein A
Protein bề mặt phế cầu A
PspC
Pneumococcal surface protein C
Protein bề mặt phế cầu C
PsaA
Pneumococcal surface antigen A
Kháng nguyên bề mặt phế cầu A
PCR
Polymerase Chain Reaction
Phản ứng khuếch đại gen
PCV7
7-valent Pneumococcal Conjugate Vaccine
Vắc xin cộng hợp phế cầu 7 giá
PCV10
10-valent Pneumococcal Conjugate Vaccine
Vắc xin cộng hợp phế cầu 10 giá
PCV13
13-valent Pneumococcal Conjugate Vaccine
Vắc xin cộng hợp phế cầu 13 giá
PPSV23
23-valent Pneumococcal Polysaccharide Vaccine
Vắc xin polysaccharide phế cầu 23 giá
PNSP
Penicillin Non-Susceptible Pneumococci
Chủng phế cầu không nhạy cảm penicillin
PBP
Penicillin-binding Protein
Protein gắn penicillin
WHO
World Health Organization
Tổ chức Y tế thế giới
8
DANH MỤC CÁC BẢNG VÀ HÌNH
Danh mục các bảng
Bảng 1.1. Các typ huyết thanh được bao phủ trong vắc xin ........................................ 29
Bảng 2.1. Danh mục các thiết bị, dụng cụ, vật tư tiêu hao được sử dụng trong nghiên
cứu ................................................................................................................................ 63
Bảng 2.2. Danh mục hóa chất, sinh phẩm được sử dụng trong nghiên cứu ................. 64
Bảng 2.3. Trình tự các mồi của gen lytA và cpsA ........................................................ 72
Bảng 2.4. Thành phần của phản ứng PCR sử dụng cặp mồi lytA và cpsA ................... 72
Bảng 2.5. Trình tự các cặp mồi dùng để xác định typ huyết thanh phế cầu ................ 74
Bảng 2.6. Tổ hợp các mồi của quy trình PCR xác định typ huyết thanh áp dụng ở các
khu vực khác nhau ....................................................................................................... 78
Bảng 2.7. Bảng ký hiệu các mồi được sử dụng trong các nhóm phản ứng .................. 79
Bảng 2.8. Thông tin về mồi phát hiện các kiểu gen kháng kháng sinh của
S.pneumoniae .............................................................................................................. 80
Bảng 2.9. Bảng so sánh tối ưu hố nhóm phản ứng PCR xác định gen kháng kháng
sinh .............................................................................................................................. 81
Bảng 2.10. Các kháng sinh sử dụng trong nghiên cứu và ngưỡng đọc kết quả MIC...83
Bảng 3.1. Kết quả phân lập vi khuẩn S. pneumoniae từ bệnh phẩm ............................ 86
Bảng 3.2. Số lượng các typ huyết thanh phân bố ở các nhóm phản ứng ..................... 92
Bảng 3.3. Phân bố các typ huyết thanh chủ yếu trong vắc xin PCV10 theo tuổi, giới
.................................................................................................................................... 102
Bảng 3.4. Tỷ lệ bao phủ các typ huyết thanh trong vắc xin theo theo giới và tuổi .... 104
Bảng 3.5. Tỷ lệ phân bố gen kháng kháng sinh ......................................................... 107
Bảng 3.6. Tình trạng kháng sinh của các chủng S. pneumoniae ............................... 110
9
Bảng 3.7. Số lượng các chủng S. pneumoniae theo nồng độ kháng sinh ức chế tối
thiểu ............................................................................................................................ 112
Bảng 3.8. Tình trạng kháng kháng sinh của S. pneumoniae tại mỗi bệnh viện ......... 117
Bảng 3.9. Mối liên quan giữa kháng kháng sinh nhóm beta-lactam và gen pbp biến đổi
.................................................................................................................................... 120
Bảng 3.10. Phân bố gen pbp đột biến theo nồng độ kháng sinh penicillin ................ 121
Bảng 3.11. Phân bố gen pbp đột biến theo nồng độ kháng sinh ampicillin ............... 121
Bảng 3.12. Mối liên quan giữa tình trạng kháng kháng sinh nhóm macrolide và
tetracyclin và mang gen mefA, ermB ......................................................................... 123
Bảng 3.13. Tỷ lệ phân bố gen mefA, ermB theo nồng độ kháng sinh erythromycin .. 124
Bảng 3.14. Tỷ lệ phân bố gen mefA, ermB theo nồng độ kháng sinh tetracycllin ..... 124
Bảng 3.15. Tỷ lệ đa kháng kháng sinh của vi khuẩn S. pneumoniae ........................ 126
Bảng 3.16. Tỷ lệ phân bố các gen kháng kháng sinh theo typ huyết thanh có và khơng
có trong vắc xin PCV10 ............................................................................................. 129
Bảng 3.17. Tỷ lệ phân bố các chủng kháng kháng sinh (MIC) theo nhóm typ huyết
thanh PCV10 và non-PCV10 ..................................................................................... 131
Bảng 3.18. Tỷ lệ phân bố số lượng chủng kháng kháng sinh theo typ huyết thanh vắc
xin PCV10 .................................................................................................................. 132
Bảng 1 - Phụ lục. Tỷ lệ phân bố các typ huyết thanh theo các bệnh viện
Bảng 2 - Phụ lục. Phân bố số lượng chủng đa kháng kháng sinh và mang đa gen
kháng
Bảng 3 - Phụ lục. Tỷ lệ phân bố số lượng chủng kháng kháng sinh theo typ huyết
thanh non-PCV10
Bảng 4 - Phụ lục. Các biến số sử dụng trong nghiên cứu
10
Bảng 5 - Phụ lục. Danh sách thông tin bệnh nhân (kèm theo bản chấp thuận sử dụng
mẫu chủng vi khuẩn)
Danh mục các hình
Hình 1.1. Các bệnh phổ biến gây ra bởi phế cầu khuẩn ............................................... 19
Hình 1.2. Mười nước có số lượng trẻ dưới 5 tuổi chết do phế cầu khuẩn lớn nhất ..... 25
Hình 1.3. Yếu tố độc lực của S. pneumoniae .............................................................. 31
Hình 1.4. Sự tổng hợp vỏ CPS bằng con đường phụ thuộc ........................................ 36
Hình 1.5. Trình tự phân bố các gen trên locus cps của nhóm typ huyết thanh 9 ......... 37
Hình 1.6. Các typ huyết thanh phổ biến gây IPD ở trẻ trên toàn thế giới giai đoạn tiền
vắc xin (1980-2007) .................................................................................................... 39
Hình 1.7. Các typ huyết thanh phổ biến gây IPD ở trẻ tại Đông Nam Á và Việt Nam
giai đoạn tiền vắc xin ................................................................................................... 39
Hình 1.8. Phương thức tác động của kháng sinh lên tế bào vi khuẩn ......................... 41
Hình 1.9. Cấu trúc phân tử của các kháng sinh thuộc nhóm beta-lactam ................... 45
Hình 1.10. Cơ chế hoạt động của kháng sinh nhóm penicillin lên sự tổng hợp thành tế
bào vi khuẩn ................................................................................................................. 45
Hình 1.11. Cơ chế tác động của kháng sinh erythromycin lên quá trình dịch mã ..... 46
Hình 1.12. PCR đa mồi xác định typ huyết thanh của vi khuẩn S. pneumoniae .......... 56
Hình 2.1. Bản đồ địa lý 3 khu vực tiến hành nghiên cứu ............................................. 62
Hình 2.2. Sơ đồ nghiên cứu tại phịng thí nghiệm ....................................................... 67
Hình 2.3. Khuẩn lạc một số vi khuẩn trên môi trường thạch máu ............................... 69
Hình 2.4. Thử nghiệm optochin và tan trong muối mật ............................................... 70
Hình 2.5. Sơ đồ phân lập định danh vi khuẩn S. pneumoniae ..................................... 70
Hình 2.6. Hình ảnh phồng vỏ của phế cầu độ phóng đại 400X .................................. 74
11
Hình 2.7. Sơ đồ pha lỗng kháng sinh bậc 2 ................................................................ 84
Hình 2.8. Sơ đồ chấm huyền dịch vi khuẩn trên đĩa mơi trường thạch máu................ 85
Hình 2.9. Hình ảnh vi khuẩn mọc trên môi trường thạch máu chứa kháng sinh ......... 85
Hình 3.1. Tỷ lệ phân lập S. pneumoniae và H. influenzae ........................................... 88
Hình 3.2. Ảnh điện di xác định typ huyết thanh bằng kỹ thuật PCR đa mồi ............... 91
Hình 3.3. Ảnh điện di xác định typ huyết thanh với các mồi của nhóm 1 ................... 94
Hình 3.4. Ảnh điện di xác định typ huyết thanh với các mồi của nhóm 2 ................... 94
Hình 3.5. Ảnh điện di xác định typ huyết thanh với các mồi của nhóm 3 ................... 94
Hình 3.6. Ảnh điện di tối ưu hóa quy trình xác định gen kháng kháng sinh ............... 96
Hình 3.7. Ảnh điện di xác định các gen kháng kháng sinh pbp1a, pbp2x và pbp2b ... 96
Hình 3.8. Ảnh điện di xác định các gen kháng kháng sinh mefA và ermB .................. 96
Hình 3.9. Tỷ lệ phân bố các typ huyết thanh tại 3 bệnh viện thuộc phạm vi nghiên cứu
...................................................................................................................................... 98
Hình 3.10. Tỷ lệ phân bố các typ huyết thanh tại BVĐK Khánh Hịa ....................... 101
Hình 3.11. Tỷ lệ phân bố các typ huyết thanh tại BVĐK Hải Dương ....................... 101
Hình 3.12. Tỷ lệ phân bố các typ huyết thanh tại BVĐK Bạch Mai ......................... 101
Hình 3.13. Tỷ lệ bao phủ các typ huyết thanh trong vắc xin theo theo giới và tuổi .. 104
Hình 3.14. Mức độ kháng kháng sinh hồn tồn và kháng trung gian ..................... 113
Hình 3.15. Tỷ lệ kháng kháng sinh hoàn toàn ở mỗi Bệnh viện ................................ 118
Hình 3.16. Mối liên quan giữa đa kháng kháng sinh và mang đa gen kháng kháng sinh
.................................................................................................................................... 127
Hình 3. 17. Phân bố các chủng phế cầu kháng kháng sinh theo typ huyết thanh chủ
yếu không thuộc vắc xin PCV10 ................................................................................ 134
12
MỞ ĐẦU
Phế cầu khuẩn (Streptococcus pneumoniae) là tác nhân vi khuẩn chủ yếu gây bệnh
nghiêm trọng ở trẻ em và người già như viêm phổi, viêm màng não mủ và nhiễm khuẩn
huyết. Viêm màng não do phế cầu có tỷ lệ tử vong cao hơn hẳn so với viêm màng não do
các căn ngun khác. Ước tính có khoảng 0,7 - 1 triệu trường hợp tử vong hàng năm xảy
ra ở trẻ nhỏ dưới 5 tuổi được xác định do phế cầu khuẩn gây ra. Hơn nữa, di chứng để lại
sau viêm màng não do phế cầu rất nặng nề. Vi khuẩn Streptococcus pneumoniae là song
cầu khuẩn Gram dương, tan huyết alpha, kỵ khí tùy tiện, có thể có vỏ hoặc khơng có vỏ
polysaccharide. Kháng ngun vỏ là kháng ngun quan trọng để phân loại S.pneumoniae,
đồng thời kháng nguyên này đóng vai trị quan trọng trong q trình sinh bệnh và lan
truyền bệnh trong cộng đồng. Dựa trên sự khác biệt tính kháng nguyên vỏ, người ta phân
loại vi khuẩn S. pneumoniae thành trên 90 typ huyết thanh khác nhau. Kháng thể kháng
vỏ thường là kháng thể đặc hiệu và có hiệu lực bảo vệ. Vắc xin phế cầu đang sử dụng là
vắc xin cộng hợp, bao gồm một số loại kháng nguyên vỏ polysaccharide của vi khuẩn
S.pneumoniae [92].
Phương pháp kinh điển cho chẩn đoán typ huyết thanh của vi khuẩn Streptococcus
pneumoniae là phản ứng phồng vỏ Quellung. Phương pháp này thường rất tốn kém, mất
nhiều thời gian, dễ gây dương tính giả do phản ứng chéo giữa các kháng huyết thanh.
Ngồi ra, phương pháp ni cấy kinh điển khó phát hiện các trường hợp đồng nhiễm
nhiều typ huyết thanh của vi khuẩn S. pneumoniae, là yếu tố góp phần dẫn đến hiện tượng
chuyển đảo typ huyết thanh sau sử dụng vắc xin phòng phế cầu. Trong vài năm gần đây,
nhiều nước trên thế giới đã phát triển kỹ thuật PCR để định typ huyết thanh có ưu điểm là
nhanh, nhạy, ít tốn kém, có tỉ lệ phát hiện và tỉ lệ đồng nhiễm các typ huyết thanh cao hơn
so với phương pháp thông thường [10]. Tuy nhiên, các kỹ thuật PCR đã công bố thường
chỉ phù hợp cho từng khu vực nghiên cứu cụ thể và còn hạn chế về số lượng các typ huyết
thanh được phát hiện. Việc tìm ra một quy trình xét nghiệm có độ nhạy và độ đặc hiệu
cao cho chẩn đoán phần lớn các typ huyết thanh lưu hành của phế cầu ở mỗi khu vực, mỗi
quốc gia là vấn đề hết sức cần thiết.
13
Nhiễm trùng do S. pneumoniae có thể dự phịng bằng vắc xin và điều trị bằng
kháng sinh thích hợp. Tuy nhiên, việc lạm dụng kháng sinh đã làm xuất hiện và lan truyền
gen kháng thuốc gây cản trở tiến trình và hiệu quả điều trị. Mặc dù tình hình kháng kháng
sinh có thể thay đổi theo từng khu vực hay từng quốc gia, nhưng nghiên cứu đã chỉ ra
châu Á là một tâm điểm của kháng kháng sinh. Tỷ lệ các chủng kháng kháng sinh ở vi
khuẩn gây bệnh đã tăng lên nhanh chóng. Tuy nhiên, nguồn lực cũng như cơ sở hạ tầng
cho giám sát y tế cộng đồng còn rất nghèo nàn ở nhiều quốc gia [77]. Với hơn 70% dân số
trên thế giới sống ở khu vực châu Á Thái Bình Dương thì kháng kháng sinh ở khu vực
này trở thành một vấn đề toàn cầu. Tổ chức Y tế thế giới xếp Việt Nam vào nhóm các
nước có tỉ lệ kháng kháng sinh cao nhất thế giới. Theo số liệu của Bộ Y tế, có tới 88%
kháng sinh tại thành thị được bán ra mà không cần kê đơn, ở nông thôn tỉ lệ này lên đến
91%, dẫn đến việc tạo ra những chủng vi khuẩn có sức đề kháng mạnh. Sử dụng kháng
sinh khơng hợp lý, khơng hiệu quả đang là vấn đề có phạm vi ảnh hưởng rộng khắp ở mọi
cấp độ chăm sóc y tế, là nguyên nhân làm tăng đáng kể chi phí khám chữa bệnh. WHO dự
tính đến năm 2050, trên thế giới, cứ 3 giây sẽ có 1 người tử vong do các siêu vi khuẩn
kháng thuốc, tương đương với khoảng 10 triệu người mỗi năm. Việc giám sát vi khuẩn
kháng thuốc để có biện pháp phịng ngừa sự gia tăng đề kháng là hết sức cần thiết. Mơ
hình bệnh tật và xu hướng đề kháng kháng sinh của vi khuẩn có thể thay đổi khác nhau
giữa các quốc gia, các khu vực, các vùng địa lý, thậm chí khác nhau giữa các bệnh viện
và các khoa điều trị. Vì vậy, mỗi địa phương cần phải có được các số liệu về mức độ đề
kháng kháng sinh của riêng mình.
Dựa vào áp lực chọn lọc của kháng sinh và áp lực chọn lọc vắc xin, những typ
huyết thanh không được bao phủ trong vắc xin hoặc các chủng vi khuẩn đề kháng với
kháng sinh sẽ tồn tại và gia tăng về số lượng, gây hậu quả nghiêm trọng. Việc phân tích
mối liên quan giữa tình trạng kháng kháng sinh và các typ huyết thanh ở nhóm typ được
bao phủ trong vắc xin và các typ khơng có trong vắc xin cho thấy được hiệu quả của vắc
xin trong việc làm giảm sự lưu hành các gen kháng kháng sinh. Bên cạnh đó cịn dự đốn
được xu hướng các typ huyết thanh nổi trội trong tương lai sẽ biến đổi như thế nào sau khi
14
triển khai tiêm chủng vắc xin cộng hợp cho trẻ để có biện pháp thay đổi chiến lược dự
phịng trong tương lai.
Chương trình giám sát về tỉ lệ mắc, sự lưu hành các typ huyết thanh và tính kháng
kháng sinh của các tác nhân vi khuẩn gây nhiễm trùng hô hấp cấp tính trong đó có
S.pneumoniae đã được thiết lập ở nhiều nước trên thế giới nhưng chưa có ở Việt Nam.
Phương pháp xác định typ huyết thanh sử dụng cho hầu hết các nghiên cứu trước đây ở
Việt Nam cũng chỉ là những kỹ thuật nuôi cấy kinh điển. Thêm vào đó, thơng tin về tính
kháng thuốc và cơ chế gen gây kháng thuốc còn hạn chế. Đặc biệt, chưa có một nghiên
cứu nào phân tích về mối liên quan giữa các typ huyết thanh và tính kháng kháng sinh
cũng như xu hướng dịch chuyển typ huyết thanh ưu thế. Xuất phát từ tính cần thiết và ý
nghĩa thực tiễn của vấn đề, chúng tôi thực hiện đề tài: Nghiên cứu sự lưu hành các typ
huyết thanh và gen kháng kháng sinh của Streptococcus pneumoniae gây bệnh bằng
kỹ thuật PCR đa mồi tại một số địa phương ở Việt Nam.
Mục tiêu nghiên cứu:
1. Xác định được sự phân bố các typ huyết thanh của các chủng phế cầu gây bệnh
tại một số địa phương ở Việt Nam;
2. Xác định được tình trạng kháng kháng sinh của các chủng phế cầu gây bệnh tại
một số địa phương ở Việt Nam;
3. Phân tích được mối liên quan giữa typ huyết thanh và tính kháng kháng sinh
của vi khuẩn Streptococcus pneumoniae.
Để phục vụ mục tiêu này, nội dung của luận án bao gồm:
-
Định danh lại vi khuẩn S. pneumoniae bằng kỹ thuật nuôi cấy và sinh học phân tử.
-
Áp dụng và cải tiến quy trình PCR đa mồi xác định typ huyết thanh và gen kháng
kháng sinh.
-
Xác định sự phân bố typ huyết thanh của các chủng phế cầu bằng kỹ thuật PCR đa
mồi.
-
Xác định tình trạng kháng kháng sinh của phế cầu gây bệnh bằng kỹ thuật PCR đa
mồi và kỹ thuật nồng độ ức chế tối thiểu (MIC).
15
-
Xác định mối liên quan giữa typ huyết thanh và tính kháng kháng sinh của phế cầu
gây bệnh.
Tính mới của luận án:
Nghiên cứu đã áp dụng và cải tiến được quy trình PCR đa mồi xác định typ huyết
thanh của vi khuẩn Streptoccus pneumoniae phù hợp với điều kiện tại Việt Nam. Kỹ thuật
này có ưu điểm là nhanh, nhạy, ít tốn kém, có tỉ lệ phát hiện và tỉ lệ đồng nhiễm các typ
huyết thanh cao hơn so với phương pháp thông thường.
Đưa ra được số liệu tổng quan về các typ huyết thanh lưu hành và tình trạng kháng
kháng sinh của vi khuẩn Streptoccus pneumoniae làm cơ sở cho việc hoạch định chiến
lược triển khai vắc xin dự phịng và lựa chọn kháng sinh thích hợp. Cung cấp số liệu cho
các chương trình giám sát của vi khuẩn Streptoccus pneumoniae trong nước và các nước
trong khu vực.
Hiện nay chưa có nghiên cứu nào tại Việt Nam có những phân tích về mối liên
quan giữa typ huyết thanh và gen kháng kháng sinh. Phân tích này bên cạnh việc cho thấy
được hiệu quả của vắc xin trong việc làm giảm sự lưu hành các gen kháng kháng sinh,
còn dự đoán được xu hướng các typ huyết thanh nổi trội sau khi triển khai tiêm vắc xin
cho trẻ để có biện pháp thay đổi chiến lược dự phòng. Điểm mới trong phân tích tình
trạng kháng kháng sinh theo nồng độ kháng sinh giúp dự báo xu hướng dịch chuyển mức
độ đề kháng kháng sinh trong tương lai.
16
CHƯƠNG 1. TỔNG QUAN
1.1. VI KHUẨN Streptococcus pneumoniae, KHẢ NĂNG GÂY BỆNH VÀ ĐẶC ĐIỂM
DỊCH TỄ HỌC
1.1.1. Đặc điểm vi khuẩn Streptococcus pneumoniae
Vi khuẩn Streptococcus pneumoniae (S. pneumoniae), thuộc họ Streptococaceae,
bộ Lactobacillales, còn gọi là phế cầu khuẩn, là vi khuẩn Gram dương, kỵ khí tuỳ tiện,
tan huyết alpha, thuộc nhóm liên cầu khuẩn, có khả năng tan trong muối mật và không
sinh enzym catalase. Phế cầu khuẩn là một tác nhân quan trọng gây bệnh ở người được
phát hiện là nguyên nhân chủ yếu gây viêm phổi vào cuối thế kỷ 19. Bởi vậy
S.pneumoniae là đối tượng của nhiều nghiên cứu bệnh miễn dịch học và cơ chế bệnh sinh.
Ngồi viêm phổi, phế cầu cịn là ngun nhân gây nhiều căn bệnh xâm lấn khác như viêm
màng não, nhiễm khuẩn huyết, viêm xương, viêm tai giữa, viêm phế quản, viêm xoang
cấp, viêm tai giữa, viêm nội mạc tử cung, viêm màng ngoài tim, viêm màng não và áp xe
não [139]. Phế cầu là nguyên nhân phổ biến nhất gây viêm màng não mủ và viêm tai giữa
ở các nước công nghiệp. Viêm phổi do S. pneumoniae gây ra thường gặp ở trẻ nhỏ và
người già [32].
S. pneumoniae nhạy cảm với optochin, có thể sử dụng khoanh giấy optochin để
phân biệt được với các liên cầu Streptococcus viridans tan huyết alpha khác. Vi khuẩn
S.pneumoniae bắt màu Gram dương, đứng thành cặp hoặc có thể đứng thành chuỗi ngắn,
hiếm khi đứng riêng rẽ. Phế cầu có thể có vỏ hoặc khơng vỏ. Vỏ polysaccharide là yếu tố
độc lực của tế bào, kháng lại thực bào, đến nay đã phát hiện được trên 90 typ huyết thanh
vỏ khác nhau. Chủng mang các typ huyết thanh khác nhau về độc lực, tỷ lệ lưu hành theo
từng vùng địa lý và tính kháng kháng sinh [57].
Phế cầu khuẩn (S. pneumoniae) là loại cầu khuẩn thường xếp nối nhau tạo hình cặp
“mắt kính”, bắt màu Gram dương, có vỏ và khơng di động. ở mơi trường lỏng hay trong
các tổ chức, bệnh phẩm có thể xếp thành chuỗi ngắn và hãn hữu có thể đứng riêng rẽ một
mình (thường ở trong điều kiện và mơi trường kém dinh dưỡng hoặc có nồng độ thấp của
17
ion Mg++) [5]. Hầu hết phế cầu bắt màu Gram dương, nhưng đơi khi trong q trình thay
đổi mơi trường ni cấy có thể trở thành Gram âm, do vi khuẩn bị tự ly giải hoặc do các
hoạt tính bề mặt bị tác động bởi muối mật (sodium deoxycholate hoặc sodium
dodecylsulfat). Phế cầu có thể tồn tại trong đờm khơ vài ngày đến vài tháng, trong mơi
trường canh thang có 20% glycerin và ở nhiệt độ âm sâu (-70o) phế cầu tồn tại 1 - 2 năm,
nhưng dễ bị diệt bởi các chất sát khuẩn thông thường và ở nhiệt độ 60oC trong 30 phút.
Trong thời gian ngắn, nhiệt độ giữ chủng thích hợp là 18 - 30oC.
1.1.2. Đặc điểm sinh bệnh học
S. pneumoniae cư trú lành tính ở vùng hầu họng. Người lớn khỏe mạnh có 5-10%
mang vi khuẩn, trong khi đó có 20-40% trẻ bình thường mang vi khuẩn [58]. Tỷ lệ này
cao hơn ở những vùng dân cư đông đúc như trường học, quân đội...[82].
Phế cầu khuẩn tấn công vào các tế bào hầu họng thông qua sự tương tác của các
chất bám dính bề mặt của vi khuẩn. Tình trạng xâm lấn thơng thường này trở nên gây
bệnh nếu như vi khuẩn xâm lấn tới ống vịi nhĩ, xoang mũi, nơi có thể gây viêm tai giữa,
viêm xoang [142].
Viêm phổi xảy ra khi vi khuẩn di chuyển xuống phổi. Các yếu tố như tuổi (trẻ em
hoặc người già), sự nhiễm vi rút trước đó, hoặc hút thuốc là các yếu tố nguy cơ làm tăng
khả năng mắc viêm phổi. Ngay khi vi khuẩn di chuyển đến nơi ẩn nấp, nó sẽ hoạt hố hệ
thống bổ thể, kích thích tổng hợp cytokine và tấn cơng vào tế bào bạch cầu (đặc biệt là tế
bào bạch cầu trung tính) [94]. Vỏ polysaccharide bao xung quanh giúp vi khuẩn chống lại
hiện tượng thực bào, nếu khơng có kháng thể kháng vỏ thì các đại thực bào của phế nang
khơng thể giết được tế bào phế cầu khuẩn. Vi khuẩn có thể tràn vào máu gây nhiễm khuẩn
huyết và lên não, tới các vùng khác, xương và khoang phúc mạc, dẫn đến các tình trạng
viêm nhiễm xâm lấn nghiêm trọng, như viêm màng não, áp xe não, viêm khớp hoặc viêm
tủy xương [18].
Nguy cơ nhiễm phế cầu khuẩn tăng lên ở những người có hệ thống miễn dịch suy
giảm do thiếu hụt IgG, giảm bạch cầu hoặc hệ thống đào thải phế cầu khuẩn suy yếu. Đặc
biệt ở những người khơng biểu hiện chức năng của lách do khơng có lách bẩm sinh, do
18
phẫu thuật cắt lách hoặc biến chứng của bệnh hồng cầu hình lưỡi liềm làm tăng mức độ
nhiễm trùng nặng hơn. Ngoài ra, một số yếu tố như dân tộc thiểu số (thổ dân châu Mỹ,
người eskimos và thổ dân da đỏ) dễ mắc các bệnh phế cầu khuẩn mắc phải cộng đồng
[130, 155].
1.1.3. Các bệnh gây ra bởi vi khuẩn Streptococcus pneumoniae
Phế cầu xâm nhập vào cơ thể và thường trở thành một thành viên của hệ vi khuẩn
chí ở đường hơ hấp trên, khi có điều kiện chúng có thể trở thành tác nhân gây bệnh quan
trọng ở người, phế cầu gây viêm tai giữa, viêm xoang, viêm phổi cấp (điển hình là viêm
phổi thuỳ và viêm tiểu thuỳ phổi...), nhiễm khuẩn huyết và viêm màng não.
S.pneumoniae trong hạt khí
Viêm tai giữa
Nhiễm khuẩn huyết
Viêm
màng
não
Cư trú vùng hầu họng
Cư trú khơng triệu
chứng (lành tính)
Viêm phổi
Hình 1.1. Các bệnh phổ biến gây ra bởi phế cầu khuẩn [62]
1.1.3.1. Viêm đường hơ hấp cấp tính (Acute Respiratory Infections-ARI)
Viêm đường hơ hấp cấp tính (ARI) bao gồm nhiễm trùng đường hơ hấp trên (upper
respiratory tract infection-URI) hoặc nhiễm trùng đường hô hấp dưới (lower respiratory
tract infection-LRI). Đường hô hấp trên bao gồm đường thở từ mũi đến thanh quản,
xoang mũi và tai giữa. Đường hô hấp dưới nối tiếp của đường hô hấp từ khí quản và phế
quản đến các nhánh tiểu phế quản và phế nang. ARI không chỉ giới hạn ở đường hô hấp
19
mà cịn có thể bị ảnh hưởng cả hệ thống do nhiễm trùng có thể xâm nhập tới các cơ quan
khác hoặc do độc tố vi khuẩn, gây viêm và làm giảm chức năng phổi [39].
Trừ trẻ sơ sinh, ARI là nguyên nhân phổ biến nhất gây bệnh và tử vong ở trẻ em
dưới 5 tuổi. Trung bình mỗi trẻ mắc ARI từ ba đến sáu lần mỗi năm ở bất kể vùng địa lý
cũng như điều kiện kinh tế nào. Tuy nhiên, tỷ lệ bệnh từ nhẹ đến trầm trọng khác nhau
giữa các quốc gia có thu nhập cao và thấp do sự khác biệt về nguyên nhân và yếu tố nguy
cơ, mức độ nghiêm trọng ở trẻ em dưới 5 tuổi viêm đường hô hấp dưới cao hơn ở các
nước đang phát triển, dẫn đến tỷ lệ tử vong cao hơn. Mặc dù việc chăm sóc y tế có thể
làm giảm nhẹ mức độ nghiêm trọng và tử vong, song nhiều trường hợp LRI nghiêm trọng
không đáp ứng với pháp đồ điều trị, hoặc chất lượng thuốc điều trị không hiệu quả.
Khoảng 10,8 triệu trẻ em chết mỗi năm. Ước tính năm 2000, có 1,9 triệu người chết do
ARI, 70% ở châu Phi và Đông Nam Á. Tổ chức Y tế Thế giới (WHO) ước tính rằng mỗi
năm có tới 2 triệu trẻ em tử vong do viêm phổi [39].
1.1.3.2. Viêm phổi [5, 142]
Viêm phổi do phế cầu là một trong những bệnh viêm đường hô hấp dễ mắc phải ở
trẻ em dưới 5 tuổi và người lớn tuổi. Thường xảy ra ở những người có số lượng cao phế
cầu ở niêm mạc hầu họng. Sự cảm nhiễm với phế cầu khuẩn gây viêm phổi tăng lên nếu
có bất cứ nguyên nhân nào gây tổn thương thực thể và chức năng đường hô hấp dưới, như
cúm, phù phổi do các nguyên nhân hút đờm rãi sau ngộ độc rượu hoặc các nguyên nhân
khác, bệnh phổi mạn tính hoặc tiếp xúc với các chất kích thích phản ứng đường thở trong
khơng khí (khói, bụi…). Đối với trẻ dưới 1 tuổi, nhất là những trẻ hay mắc viêm họng,
viêm phế quản phổi, vừa trải qua tiêu chảy... thì rất dễ mắc bệnh và là một yếu tố khiến
trẻ bị suy dinh dưỡng. Nguy cơ nhiễm bệnh cũng tăng lên ở người già, người có các biểu
hiện suy lách thực thể hay cơ năng, bệnh tim mạch, đái tháo đường, bệnh bạch cầu, đa u
tủy xương, suy thận… Những bà mẹ mang thai bị viêm phổi do phế cầu khuẩn thì có
nguy cơ sẽ sinh con thiếu tháng.
Viêm phổi thuỳ thường xảy ra ở người trong độ tuổi 30-50 tuổi, viêm tiểu thùy phổi
lại thường xảy ra ở trẻ nhỏ và người trên 50 tuổi, biểu hiện lâm sàng ban đầu thường là
viêm mũi họng cấp tính trong một vài ngày đầu, vi khuẩn lan xuống phổi, xâm lấn vào
20
