Xác định mức độ thuần chủng của cá thể loài cá sấu Xiêm (Crocodylus siamensis) bằng sinh học phân tử nhằm hỗ trợ công tác bảo tồn

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI
TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN

Nguyễn Thị Thắm

XÁC ĐỊNH MỨC ĐỘ THUẦN CHỦNG CỦA CÁ THỂ LOÀI CÁ SẤU
XIÊM (CROCODYLUS SIAMENSIS) BẰNG SINH HỌC PHÂN TỬ
NHẰM HỖ TRỢ CÔNG TÁC BẢO TỒN

LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC

H Nội - 2018


ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI
TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN

Nguyễn Thị Thắm

XÁC ĐỊNH MỨC ĐỘ THUẦN CHỦNG CỦA CÁ THỂ LOÀI CÁ SẤU
XIÊM (CROCODYLUS SIAMENSIS) BẰNG SINH HỌC PHÂN TỬ
NHẰM HỖ TRỢ CÔNG TÁC BẢO TỒN

Chuyên ngành

: Sinh thái môi trƣờng

Mã số

: 8440301.01

LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC
NGƢỜI HƢỚNG DẪN KHOA HỌC: PGS. TS. LÊ ĐỨC MINH
PGS. TS. NGUYỄN THỊ HỒNG VÂN

H Nội - 2018


LỜI CAM ĐOAN
Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu khoa học độc lập do chính tôi
nghiên cứu và thực hiện. Các số liệu và kết quả trong luận văn là trung thực, có
nguồn gốc rõ ràng.
Tác giả luận văn

Nguyễn Thị Thắm


LỜI CẢM ƠN
Để hoàn thành luận văn này, tôi xin gửi lời cám ơn chân thành tới PGS. TS.
Lê Đức Minh, người đã nhiệt tình, chu đáo hướng dẫn, động viên, cổ vũ tôi trong
suốt quá trình nghiên cứu và hoàn thành bài luận văn này.
Tôi xin gửi lời cám ơn tới PGS.TS. Nguyễn Thị Hồng Vân, cùng các thầy cô
trong Phòng thí nghiệm Di truyền, bộ môn Di truyền, khoa Sinh học đã tạo điều
kiện thuận lợi giúp đỡ tôi trong quá trình hoàn thành nghiên cứu này.
Xin cảm ơn GS.TS Thomas Ziegler (Vườn thú Cologne, Đức), PGS. TS
Nguyễn Quảng Trường (Viện Sinh thái và Tài nguyên Sinh vật, Viện Hàn lâm Khoa
học và Công nghệ Việt Nam), nhóm nghiên cứu của TS. Lưu Quang Vinh (Đại học
Lâm nghiệp), và các vườn thú tại châu Âu đã hỗ trợ trong quá trình nghiên cứu và
thu thập mẫu vật.
Xin cảm ơn TS. Phạm Hữu Khánh cùng các cán bộ kiểm lâm, nhân viên tại
Vườn quốc gia Cát Tiên đã tạo điều kiện cho tôi thực hiện nghiên cứu này.

Cảm ơn các thầy giáo, cô giáo trong Khoa Môi trường, các thầy cô trong Bộ
môn Sinh thái môi trường đã trang bị những kiến thức nền tảng làm tiền đề cho tôi
quá trình nghiên cứu.
Cảm ơn CN. Ngô Thị Hạnh đã tận tình giúp đỡ tôi trong thí nghiệm, phân
tích, thảo luận và góp ý để hoàn thànhluận văn.
Tôi xin trân trọng cảm ơn sự hỗ trợ kinh phí từ Quỹ Môi trường Thiên nhiên
Nagao và Vườn thú Cologne.
Cuối cùng tôi xin gửi lời cảm ơn tới gia đình, bạn bè, đồng nghiệp đã ủng
hộ, động viên tôi trong quá trình học tập, làm việc và nghiên cứu.


MỤC LỤC
MỞ ĐẦU .....................................................................................................................8
CHƢƠNG I. TỔNG QUAN VẤN ĐỀ NGHIÊN CỨU ...........................................11
1.1.

Cá sấu Xiêm và hiện trạng loài....................................................................11

1.2.

Các mối đe doạ đến loài và vấn đề lai tạo cá sấu trong các cơ sở nuôi nhốt

1.3.

Các chỉ thị sinh học phân tử sử dụng trong nghiên cứu ..............................18

CHƢƠNG II. VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ...........................23
2.1. Đối tƣợng, địa điểm và vật liệu nghiên cứu ...................................................23
2.1.1. Đối tượng và địa điểm nghiên cứu ...........................................................23
2.1.2. Vật liệu nghiên cứu...................................................................................24

2.3. Phƣơng pháp nghiên cứu ................................................................................27
2.3.1. Thu mẫu, khảo sát ngoài thực địa ............................................................28
2.3.2. Tách chiết ADN tổng số, PCR, tinh sạch, giải trình tự và xác định kiểu
gen ......................................................................................................................29
2.3.3. Xây dựng cây quan hệ di truyền ...............................................................34
2.3.4. Xác định mức độ thuần chủng ..................................................................35
CHƢƠNG III. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN ..........................................................36
3.1. Tạo dữ liệu di truyền cho quần thể mới tại Lào .............................................36
3.1.1. Sự khác biệt về mặt di truyền ...................................................................36
3.1.2. Mối quan hệ di truyền ..............................................................................36
3.2. Xác định mức độ thuần chủng ........................................................................39
3.2.1. Xác định dòng mẹ .....................................................................................39
3.2.2. Khuếch đại các locus microsatellite .........................................................40
3.2.3. Phân tích xác suất thuộc về nhóm thuần chủng .......................................42
3.2.4. Phân tích tỷ lệ loài trong từng cá thể .......................................................44
3.3. Đánh giá hiện trạng bảo tồn tại VQG Cát Tiên ..............................................47
3.3.1. Khảo sát hiện trạng bảo tồn tại Bàu Sấu .................................................47
3.1.2. Kết quả phỏng vấn người dân ..................................................................49
3.1.3. Kết quả phỏng vấn cán bộ VQG Cát Tiên ................................................51
KẾT LUẬN ...............................................................................................................52
KIẾN NGHỊ ..............................................................................................................53

iii


TÀI LIỆU THAM KHẢO .........................................................................................54
PHỤ LỤC ..................................................................................................................58

iv

DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT

ADN

Acid Deoxyribonucleic

ARN

Acid Ribonucleic

CITES

Convention on International Trade in Endangered Species of Wild
Fauna and Flora - Công ƣớc về buôn bán quốc tế các loài động thực
vật hoang dã nguy cấp

CR

Critical Endangerd - Cực kỳ nguy cấp

IAM

Infinite allede model - Mô hình alen vô hạn

IUCN

International Union for Conservation of Nature and Nature Resources Liên minh bảo tồn thiên nhiên quốc tế

NCBI

National Center for Biotechnology Information - Trung tâm Thông tin
Công nghệ sinh học Quốc gia (Hoa Kỳ)

PCR

Polymerase Chain Reaction - Phản ứng chuỗi trùng hợp

SMM

Stepwise mutation model - Mô hình đột biến từng bƣớc

SSR

Simple sequence repeats- Trình tự lặp lại đơn giản

VQG

Vƣờn quốc gia

v


DANH MỤC HÌNH ẢNH

Nội dung

Trang

Hình 1. Bản đồ phân bố cá sấu Xiêm (Bezuijen và cộng sự 2012)

Hình 2. Sai sót trong quá trình sao chép tạo nên alen mới có thể
nhiều hơn, hoặc ít hơn số lƣợng đơn vị lặp
Hình 3. Cây quan hệ di truyền dựa trên dữ liệu gen ty thể dài 790bp
bằng phƣơng pháp Bayesian
Hình 4. Kết quả kiểm tra sản phẩm PCR của một số mẫu khuếch đại
đoạn gen ty thể trên gel Agarose 1%, TBE 1X

14
20

39

40

Hình 5. Tín hiệu tốt trong kết quả giải trình tự

40

Hình 6. Tín hiệu nhiễu ở đoạn đầu của phản ứng giải trình tự

41

Hình 7. Kết quả kiểm tra sản phẩm PCR của một số mẫu khuếch đại
microsatellite
Hình 8. Tín hiệu kiểu gen của locus Cj18 đƣợc đánh dấu huỳnh
quang bằng HEX
Hình 9. Tín hiệu kiểu gen của locus Cj16 và Cj101 đƣợc đánh dấu
huỳnh quang bằng FAM

41

42

42

Hình 10. Thang đo để xác định kích thƣớc alen

43

Hình 11. Biểu đồ phân tích với bộ dữ liệu microsatellite với K=3

46

Hình 12. Phần bàu trƣớc cửa trạm (Bàu Sấu nhỏ)

49

Hình 13. Nguồn thức ăn dồi dào tại Bàu Sấu, VQG Cát Tiên

50

vi


DANH MỤC BẢNG

Nội dung

Trang

Bảng 1. Danh sách các mẫu sử dụng trong nghiên cứu

26

Bảng 2. Trình tự các mồi microsatellite sử dụng trong nghiên cứu

34

Bảng 3. Bảng khoảng cách di truyền các mẫu trong nghiên cứu

38

Bảng 4. Kết quả phân tích dữ liệu microsatellite bằng phần mềm
GeneClassv2.0 thể hiện xác suất thuộc về nhóm cá thể thuần chủng

43

Bảng 5. Kết quả phân tích dữ liệu microsatellite bằng phần mềm
STRUCTURE v2.3.4. Các mẫu tô đỏ là mẫu có khả năng thấp là mẫu
thuần chủng

vii

46


MỞ ĐẦU
Do có sự đa dạng về địa hình, tiểu vùng khí hậu và các hệ sinh thái nên khu
hệ động vật hoang dã của Việt Nam rất đa dạng về thành phần loài, phân bố ở hầu
hết các vùng địa lý và cảnh quan khác nhau. Tuy nhiên, những ảnh hƣởng của suy

thoái môi trƣờng do tác động của con ngƣời, tình trạng khai thác quá mức và biến
đổi khí hậu, đã khiến nhiều loài động vật đứng trƣớc nguy cơ bị tuyệt chủng vì mất
sinh cảnh sống và suy giảm số lƣợng quần thể, đặc biệt là các loài sống ở hệ sinh
thái rừng nhiệt đới, trong đó có các loài cá sấu.
Cá sấu xiêm (Crocodylus siamensis) là một loài cá sấu nƣớc ngọt đƣợc Liên
minh Bảo tồn Thiên nhiên Quốc tế xếp vào nhóm cực kỳ nguy cấp (CR). Loài này
cũng đƣợc liệt vào phụ lục I theo công ƣớc CITES bởi sự phân mảnh quần thể và
tình trạng săn bắt trái phép tăng mạnh .
Tại Việt Nam, loài này đã từng đƣợc coi là tuyệt chủng ngoài tự nhiên . Cho
tới đầu những năm 2000, nhóm các nhà khoa học tại Việt Nam và đại học
Queensland đã thực hiện chƣơng trình tái thả cá sấu xiêm về vƣờn quốc gia Cát
Tiên từ một số sơ sở nuôi động vật hoang dã . Nghiên cứu của Polet năm 2006 và
kết quả điều tra, giám sát vào năm 2015, 2017 của VQG Cát Tiên cho thấy có sự
xuất hiện con non và gia tăng số lƣợng cá thể phản ánh hiệu quả của chƣơng trình
tái thả .
Tại Lào và Việt Nam, lai không kiểm soát giữa các loài này thƣờng xuyên
diễn ra tại các trại nuôi nhốt . Hai loài thƣờng đƣợc lai với cá sấu Xiêm là cá sấu
nƣớc mặn (C. porosus) và cá sấu Cuba (C. rhombifer) . Con lai thƣờng có kích
thƣớc lớn, có giá trị thẩm mỹ và khó phân biệt về mặt hình thái với cá sấu Xiêm
thuần chủng. Sự tồn tại của cá thể lai ngoài tự nhiên sẽ gây tác động xấu đến sự tồn
tại của cá thể thuần chủng bởi sự cạnh tranh về nơi ở, nguồn thức ăn và có thể làm
ảnh hƣởng đến nguồn gen của loài. Bên cạnh đó, quần thể mới phát hiện tại bản
Sóc, Khammouane, Lào chƣa đƣợc thực hiện nghiên cứu về sinh học phân tử.

8


Vì những lý do trên tôi thực hiện đề tài “Xác định mức độ thuần chủng của
cá thể loài cá sấu Xiêm (Crocodylus siamensis) bằng sinh học phân tử nhằm hỗ
trợ công tác bảo tồn”.

Mục tiêu nghiên cứu
-

Xây dựng dữ liệu di truyền cho quần thể mới phát hiện tại Khammouane
(Lào).

-

Xác định sự thuần chủng của các cá thể tại khu vực nuôi nhốt bao gồm một
vƣờn thú tại Lào, vƣờn thú Thủ Lệ (Hà Nội), vƣờn thú Sài Gòn (Tp. Hồ Chí
Minh).

-

Đánh giá hiện trạng bảo tồn loài tại VQG Cát Tiên.

Nội dung nghiên cứu
-

Nội dung 1: Xây dựng cơ sở dữ liệu di truyền cho quần thể mới
Khuếch đại, giải trình tự đoạn gen ty thể có kích thƣớc 790bp, đồng thời xác
định kiểu gen 8 locus microsatellite
Xây dựng cây quan hệ di truyền dựa trên các mẫu vật của quần thể mới với
các dữ liệu đã công bố trên ngân hàng gen (NCBI).

-

Nội dung 2: Đánh giá mức độ thuần chủng của các cá thể trong một số khu
nuôi nhốt tại Lào và Việt Nam
Xác định dòng mẹ: khuếch đại, giải trình tự đoạn gen ty thể, đối chiếu với

các trình tự trên ngân hàng gen (NCBI) bằng công cụ Blast và xây dựng cây
quan hệ di truyền dựa trên các dữ liệu thu đƣợc.
Xác định độ thuần chủng: khuếch đại, xác định kiểu gen 8 locus
microsatellite.
Phân tích xác suất thuộc nhóm cá thể thuần chủng bằng phần mềm
GeneClassv2
Phân tích tỷ lệ loài trong từng cá thể bằng phần mềm STRUCTUREv2.3.4

-

Nội dung 3: Đánh giá hiện trạng bảo tồn loài tại VQG Cát Tiên
Khảo sát hiện trạng bảo tồn loài tại Bàu Sấu
Phỏng vấn các cán bộ, kiểm lâm thuộc VQG Cát Tiên và ngƣời dân xã Đăk
Lua (huyện Tân Phú, tỉnh Đồng Nai)

9


10


CHƢƠNG I. TỔNG QUAN VẤN ĐỀ NGHIÊN CỨU
1.1.

Cá sấu Xiêm và hiện trạng loài
Sơ lược các nghiên cứu liên quan đến cá sấu Xiêm
Cá sấu Xiêm (Crocodylus siamensis) hay còn đƣợc gọi là cá sấu Thái Lan

hoặc cá sấu nƣớc ngọt là một trong 13 loài thuộc giống Cá sấu (Crocodylus), thuộc
bộ Cá sấu (Crocodilia), lớp Bò sát (Reptilia). Loài này lần đầu đƣợc mô tả bởi

Schneider vào năm 1801 [49]. Chúng cũng đƣợc mô tả bởi một số tác giả khác nhƣ
Anonymous (1688), Du (1733), tuy nhiên công bố của Schneider đƣợc sử dụng chủ
yếu [22].
Các nghiên cứu về hiện trạng loài đƣợc thực hiện nhiều bởi tình trạng suy
giảm liên tục của loài này từ thập kỉ 70 của thế kỉ trƣớc [9, 43, 44]. Đó cũng là
nguyên nhân mà các nghiên cứu về sinh thái học còn khá hạn chế và ít có sự thống
nhất vì số lƣợng còn rất ít trong tự nhiên [35]. Năm 2005, nhóm Phothitay thực hiện
nghiên cứu về thực trạng cá thể tại vƣờn thú Ban Kuen, Lào [41]. Tại đây chúng
thƣờng đƣợc lai với cá sấu nƣớc mặn C.porosus. Hiện nay trình tự toàn bộ hệ gen ty
thể và nghiên cứu quan hệ di truyền các loài trong giống Crocodylus đã đƣợc công
bố bởi nhóm Ji và cộng sự (2008), Man và cộng sự (2011) [32, 35]. Đây là cơ sở dữ
liệu hữu ích cho các nghiên cứu trên gen ty thể.
Chỉ thị microsatellite cho giống Crocodylus nói chung và cho cá sấu Xiêm
nói riêng đã đƣợc nghiên cứu và phát triển bởi nhóm FitzSimmons và cộng sự thuộc
đại học Queensland (Úc), nhóm nghiên cứu của Chaeychomsri và cộng sự (2008)
[16, 24, 36]. Nghiên cứu của FitzSimmons và cộng sự là cơ sở khoa học cho dự án
tái thả cá sấu tại VQG Cát Tiên năm 2002.Nghiên cứu về nhiễm sắc thể cũng đƣợc
thực hiện bởi Youngprapakorn (1991) [54].
Tuy nhiên, cho đến nay chƣa có nghiên cứu nào ngoài nghiên cứu của nhóm
FitzSimmons sử dụng chỉ thị microsatellite để xác định tính thuần chủng của các cá
thể các sấu Xiêm phục vụ tái thả tại Vƣờn Quốc gia Cát Tiên. Nhƣ vậy, các nghiên

11


cứu ứng dụng chỉ thị microsatellite để xác định mức độ thuần chủng của các cá thể
nuôi nhốt tại Lào và Việt Nam chƣa đƣợc thực hiện nhiều và chƣa có tính cập nhật.
Phân bố
Cá sấu Xiêm phân bố trên đất liền khu vực Đông Nam Á và một phần nhỏ
thuộc In-đô-nê-xi-a. Quần thể thuộc In-đô-nê-xi-a có sự khác biệt lớn với quần thể

trên đất liền. Dƣới nhiều áp lực lên các quần thể tự nhiên, khu vực phân bố của loài
ngày càng giảm và bị phân mảnh mạnh mẽ. Hiện nay, cá sấu Xiêm phân bố ở các
nƣớc Campuchia, Lào, Thái Lan, In-đô-nê-xi-a và Việt Nam [12]. Bản đồ phân bố
loài đƣợc thể hiện ở Hình 1. Khu vực phân bố ngoài tự nhiên tại các nƣớc nhƣ sau:
Campuchia: Cá sấu Xiêm phân bố ở 35 địa điểm trong hệ thống 21 sông
thuộc về 11 tỉnh, chủ yếu ở các khu vực khó tiếp cận ở phía Tây Nam và Đông Bắc.
Các quần thể lớn nhất còn tồn tại là hệ thống sông Sepro, Sekong, Sre Ambel thuộc
thành phố Koh Kong (Kampong Saom), Pursat, Koi, Kep, Tatai, Areng và đầm
Veal Veng [12, 52]. Tuy nhiên các đợt điều tra thực địa của nhóm Han và cộng sự
vào năm 2015 chỉ phát hiện cá sấu Xiêm trong 50% địa điểm còn phân bố trƣớc đó
[28]. Khu vực có cá sấu là các vùng rừng xung quanh dãy núi Cardamom và ở độ
cao 500m so với mực nƣớc biển.
Indonesia: Hồ Mesangat thuộc hệ thống sông Mahakam thuộc tỉnh
Kalimantan, Borneo là nơi duy nhất hiện nay ghi nhận loài này ngoài khu vực đất
liền. Báo cáo địa phƣơng từ năm 1998 cho thấy là có sự xuất hiện loài này tại tỉnh
Central Kalimantan [12].
Lào: Các nghiên cứu của Bezuijen và cộng sự cho thấy loài xuất hiện tại hệ
thống 7 sông Xe Champhone, Xe Banghiang, Xe Bangfai và Xe Xangxoy (tỉnh
Savannakhet), Xe Pian-Xe Khampho (tỉnh Attapu), Xe Don River (tỉnh Salavan) và
khu bảo tồn quốc gia Phou Khaokhouay (tỉnh Bolikhamxay). Nghiên cứu của nhóm
Ziegler và cộng sự (2015) đã ghi nhận một quần thể mới tại Bansoc (tỉnh
Khammoune) [55].
Thái Lan: Các quần thể chủ yếu còn tồn tại ở miền Trung và miền Tây Thái
Lan bao gồm vƣờn quốc gia Pang Sida và vƣờn quốc gia Kaengkrachan [37].

12


Việt Nam: Năm 2008, số lƣợng cá sấu Xiêm có khoảng hơn 50.000 cá thể
còn tồn tại, chủ yếu ở các trang trại ở miền Nam. Trƣớc đó, loài này đã từng có khu

vực phân bố khá rộng tại các khu vực khu bảo tồn thiên nhiên Krông Trai, Phú Yên;
hồ Lắk thuộc tỉnh Đắk Lắk và sống nhiều ở khu vực sông Đồng Nai đặc biệt là Bàu
Sấu thuộc VQG Cát Tiên [30]. Sau 5 chuyến khảo sát vào năm 2000 tại các địa
điểm khác nhau, nhóm Platt và Ngô Văn Trí đã đƣa ra kết luận là cá sấu Xiêm tại
Việt Nam đã bị tuyệt chủng ngoài tự nhiên [43]. Sau các nỗ lực tái thả tại VQG Cát
Tiên, quần thể ở Bàu Sấu đã đƣợc khôi phục và ngày càng phát triển [44]. Các
chuyến khảo sát thực địa của nhóm Nguyễn và cộng sự ghi nhận sự tồn tại của ít
nhất hai cá thể tại bàu Hà Lầm, Phú Yên vào năm 2005 [38]. Tuy nhiên, đến năm
2012, ngƣời dân phát hiện một cá thể cái trƣởng thành bị chết tại hồ Ea Lâm cùng
thuộc xã Ea Lâm. Điều này cho thấy khả năng còn tồn tại cá sấu tại xã Ea Lâm,
sông Hinh, Phú Yên là rất thấp. Nhƣ vậy, với các số liệu hiện tại, VQG Cát Tiên là
nơi duy nhất tại Việt Nam còn tồn tại cá sấu Xiêm ngoài tự nhiên.
Một số đặc điểm sinh thái của cá sấu Xiêm
Cá sấu Xiêm là một loài cá sấu nƣớc ngọt có kích thƣớc trung bình. Sinh
cảnh sống phù hợp với loài này khá đa dạng bao gồm các vùng nƣớc chảy nhƣ các
sông và suối có dòng chảy chậm, đầm lầy, sông, hồ ngập nƣớc theo mùa, đầm lầy
và đồng lầy [52].
Các nghiên cứu về sinh thái học của loài này vẫn còn khá ít. Thức ăn chủ yếu
của chúng là cá, rắn, động vật lƣỡng cƣ và một số loài động vật có vú nhỏ và thậm
chí cả xác thối [10]. Ngoài ra, chúng cũng ăn côn trùng, ốc sên [7].
Về sinh sản, ngoài tự nhiên cá sấu Xiêm đẻ từ 11-26 trứng và con số này
trong điều kiện nuôi nhốt là 6-50 trứng [42, 51]. Tổ ấp trứng đƣợc con cái xây từ
những mảnh vụn của cây và trộn với bùn [42]. Trứng sẽ nở sau khoảng 70-80 ngày
ấp. Sau khi trứng nở, con cái sẽ giúp con non ra khỏi trứng, sau đó ngậm con trong
hàm và đƣa chúng ra mặt nƣớc [4]. Cá sấu non sau 6 tháng tuổi thƣờng sẽ tách đàn
và đi kiếm ăn riêng. Trong giai đoạn này chúng có thể bị đối mặt với nhiều kẻ thù
hoặc tự tạo đàn mới.

13

Hình 1. Bản đồ phân bố cá sấu Xiêm (Bezuijen và cộng sự 2012)
Hiện trạng loài
Theo thang xếp hạng của Liên minh bảo tồn thế giới (IUCN), tình trạng bảo
tồn của cá sấu Xiêm đang ở mức CR A2cd v3.1 tức là cực kỳ nguy cấp và dự đoán
suy giảm ít nhất 80% trong 10 năm tới hoặc 3 thế hệ tới bởi sự suy giảm nơi cƣ trú,
khu phân bố hoặc chất lƣợng sinh cảnh sống, và mức độ khai thác hiện tại [12]. Cá
sấu Xiêm cũng đƣợc liệt vào phụ lục I của công ƣớc CITES tức là mức nguy cấp bị
đe doạ tuyệt chủng do các hoạt đông khai thác buôn bán và bị kiểm soát nghiêm
ngặt việc xuất nhập khẩu giữa các nƣớc [1]. Một mối đe doạ gần đây có thể có ảnh
hƣởng rất lớn đến sự tồn tại của loài này là mức độ lai tạo không kiểm soát giữa các

14


loài cá sấu trong các trang trại nuôi nhốt vì con lai không bị kiểm soát bởi pháp luật
nên có thể tự do buôn bán.
Hiện trạng loài tại Việt Nam
Việt Nam là nƣớc duy nhất có phân bố cá sấu Xiêm mà từng bị tuyên bố đã
tuyệt chủng ngoài tự nhiên. Những số liệu về cá sấu Xiêm từ trƣớc những năm 1990
là không có. Tuy nhiên, các nghiên cứu cho rằng việc săn bắt cá sấu Xiêm bắt đầu
từ những năm 1970 và thời kì đỉnh điểm là giai đoạn 1975-1980. Đến những năm
1999, có nhiều tranh cãi về sự tồn tại của cá sấu Xiêm ngoài tự nhiên tại Việt Nam
[43].
Sau các cuộc khảo sát, điều tra, phân tích thực nghiệm, vào cuối năm 2001,
các cá thể cá sấu Xiêm thuần chủng đầu tiên đã đƣợc tái thả vào Bàu Sấu, VQG Cát
Tiên. Đây là nỗ lực nhằm hồi phục quần thể của loài này ở Việt Nam đƣợc thực
hiện dựa trên các hoạt động hợp tác của các nhà khoa học từ đại học Queensland và
các nhà khoa học Việt Nam [44]. Đến năm 2005, các cá thể cá sấu con đầu tiên đã
đƣợc phát hiện khẳng định sự thành công của dự án tái thả [40]. Từ đó đến nay, các

đợt điều tra, giám sát của các cán bộ VQG Cát Tiên cho thấy có sự gia tăng về mặt
số lƣợng cá thể và số lƣợng đàn tại Bàu Sấu.
Hiện trạng loài tại Lào
Các đợt khảo sát từ năm 2003 đến 2008 ghi nhận 13 khu vực phân bố của cá
sấu Xiêm với ít nhất là 36 cá thể xuất hiện với mật độ thấp. Các đợt khảo sát tại 35
địa điểm của nhóm Bezuijen và cộng sự vào năm 2013 đã ghi nhận sự có mặt của cá
sấu Xiêm tại 13/15 địa điểm. Số lƣợng cá thể trong mỗi khu vực trong khoảng từ 111 cá thể và 13 địa điểm này nằm trong vào 6 hệ thống sông khác nhau [13].
Một số lƣợng lớn cá thể đang đƣợc nuôi nhốt trong các trang trại tại Lào.
[41]. Tuy nhiên chƣa có nghiên cứu nào xác định độ thuần chủng của các cá thể này
trong khi tình trạng lai không kiểm soát giữa các loài vẫn diễn ra
1.2.

Các mối đe doạ và vấn đề lai tạo cá sấu trong các cơ sở nuôi nhốt
Các mối đe doạ đến loài bao gồm săn bắt, suy giảm và mất môi trƣờng sống,

phân mảnh khu vực phân bố. Tại các nƣớc trong khu vực, tình trạng săn bắt trái

15


phép trứng và cá sấu vẫn diễn ra. Trứng và các con non có thể dùng làm nguồn cho
các trang trại nuôi nhốt. Cá sấu có kích thƣớc lớn bị giết để lấy da đem bán. Hoạt
động của các trang trại này gây ra áp lực rất lớn lên các quần thể tự nhiên.
Việc ngăn đập thuỷ điện có ảnh hƣởng đến chất lƣợng nƣớc và lƣợng nƣớc
của môi trƣờng sống tại Campuchia và Việt Nam [12, 44]. Ví dụ, sông Đồng Nai có
ảnh hƣởng đến các khu ngập nƣớc tại VQG Cát Tiên. Trên sông này có tất cả 5 đập
thuỷ điện bao gồm Trị An, Đồng Nai 2,3,4,5. Thuỷ điện Trị An đã làm giảm lƣu
lƣợng nƣớc vào các khu ngập nƣớc [3]. Hai dự án 6 và 6A đã bị huỷ vì những ảnh
hƣởng đến đa dạng sinh học của VQG Cát Tiên. Các quần thể tự nhiên tại Lào có số
lƣợng cá thể rất thấp và gần nhƣ không có sự kết nối giữa các quần thể [13].

Gia tăng biến đổi khí hậu làm nhiệt độ trung bình tăng 0,4 đến 1,2oC có thể
ảnh hƣởng đến việc quyết định giới tính trong quá trình ấp trứng cũng nhƣ sự tăng
trƣởng và tồn tại của các cá thể [53].
Vấn đề lai tạo cá sấu Xiêm là mối đe doạ tiềm tàng đến việc bảo tồn cá sấu
Xiêm tại các nƣớc Đông Nam Á vì nó có thể gây ra sự xáo trộn di truyền giữa các
loài nếu vô tình hoặc cố ý thả các con lai vào tự nhiên.
Sự lai tạo giữa các loài khác nhau là hiếm gặp trong tự nhiên. Việc lai khác
loài xảy ra với cả thực vật và nhiều lớp động vật khác nhau nhƣ côn trùng, cá, lƣỡng
cƣ, chim, thú ăn thịt và linh trƣởng[40]. Lai khác loài diễn ra phổ biến hơn trong
thời gian gần đây bởi việc di chuyển các loài từ khu vực phân bố tự nhiên của chúng
sang các khu vực khác phục vụ nhu cầu của con ngƣời. Nghiên cứu về lai khác loài
và khu vực lai có thể cung cấp thông tin về các quá trình tiến hoá nhƣ sự thích nghi,
dòng gen và tách loài [8, 40]. Quá trình lai khác loài sẽ tạo ra các cá thể có kiểu gen,
kiểu hình mới và khác biệt, bất thụ và đôi khi là con lai có sức sống tốt trội hơn cả
hai loài gốc. Kết quả của quá trình này phụ thuộc vào hƣớng chọn lọc của tự nhiên.
Có nhiều khả năng xảy ra do kết quả của quá trình lai tạo: hai loài hợp nhất thành
một loài và hai loài bố mẹ hoàn toàn biến mất; hàng rào sinh sản sẽ đƣợc tạo ra giữa
hai loài bố mẹ; vật liệu di truyền sẽ đƣợc chuyển vào hai loài và đƣợc giữ lại bởi
quá trình chọn lọc thích nghi; một loài lai mới đƣợc hình thành; khu vực lai sẽ đƣợc
tạo ra mà không làm ảnh hƣởng đến sự tồn tại của loài bố mẹ [6, 50].

16


Đối với cá sấu Xiêm, các nghiên cứu về tác động của con lai với hai loài
thƣờng đƣợc lai với nó là cá sấu nƣớc mặn (C. porosus) và cá sấu Cuba (C.
rhombifer) hiện nay chƣa đƣợc thực hiện. Con lai sinh ra thƣờng có kích thƣớc lớn
có thể sẽ cạnh tranh với những cá thể thuần chủng về nơi ở, nguồn thức ăn nếu đƣợc
thả về tự nhiên. Điều này ảnh hƣởng đến sự tồn tại các quần thể ngoài tự nhiên. Do
đó việc tách các con lai với các cá thể thuần chủng là cần thiết để tránh những mối

nguy hại đến sự tồn tại của loài cá sấu Xiêm.
Vì cá sấu Xiêm bị liệt vào phụ lục I của CITES [1] và các nƣớc có phân bố
loài đều tham gia vào công ƣớc này nên các hoạt động buôn bán, xuất nhập khẩu là
trái phép. Tuy nhiên việc lai với loài khác và các hoạt động thƣơng mại lại không bị
ngăn cấm. Thêm vào đó, thực trạng quản lý thiếu nghiêm ngặt dẫn đến tình trạng lai
khác loài diễn ra tràn lan tại các khu vực nuôi nhốt nhƣ các vƣờn thú nhà nƣớc, các
trang trại cá sấu tƣ nhân. Tại Việt Nam, các trang trại nuôi cá sấu chủ yếu tập trung
ở các tỉnh phía Nam. Tại các trang trại này, cá sấu Xiêm chủ yếu đƣợc lai với cá sấu
nƣớc mặn (C. porosus) do con lai sinh ra sẽ có kích thƣớc lớn nhƣ cá sấu nƣớc mặn
và có hoa văn đẹp nhƣ cá sấu Xiêm. Tình trạng tƣơng tự cũng xảy ra tại các cơ sở
nuôi nhốt ở Thái Lan. Ngoài ra, cá sấu Xiêm cũng vô tình bị lai với cá sấu Cuba (C.
rhombifer) bởi một số cá thể loài này đƣợc tặng cho cho chính phủ Việt Nam từ
năm 1985. Các bằng chứng về việc lai cá sấu Xiêm với hai loài cá sấu nƣớc mặn (C.
porosus) và cá sấu Cuba (C. rhombifer) đƣợc công bố dựa trên các nghiên cứu sử
dụng chỉ thị microsatellite và các đợt điều tra, khảo sát của FitzSimmons và cộng sự
(2000, 2002), Phothitay và cộng sự (2005) [13, 18, 24].
Tại Lào, các chƣơng trình bảo vệ cá sấu Xiêm với sự tham gia của cộng đồng
đã đƣợc thực hiện từ những năm 2006 [11]. Các đợt khảo sát nhằm tìm thêm quần
thể mới vẫn đang liên tục đƣợc thực hiện tại các khu vực tiềm năng [13, 55]. Việt
Nam có chƣơng trình tái thả vào VQG Cát Tiên từ năm 2000. Từ đó đến nay quần
thể tái thả đã có sự tăng về số lƣợng và mở rộng đàn nhờ có sự bảo vệ nghiêm ngặt
[3, 37]. Tuy nhiên hiện nay, khu vực hồ Hà Lâm và Ea Lâm tại Sông Hinh, Phú Yên
không đƣợc bảo vệ và giám sát. Năm 2017, nhóm Lapbenjakul và cộng sự đã công

17


bố nghiên cứu đa dạng di truyền của cá sấu Xiêm và cá sấu nƣớc mặn nhằm mục
đích tái thả vào tự nhiên tại Thái Lan [33].
1.3.

Các chỉ thị sinh học phân tử sử dụng trong nghiên cứu

Chỉ thị Microsatellite
Microsatellite là những đoạn lặp lại nhất định trong hệ gen nhân có chiều dài
từ 1-6 bp và lặp lại khoảng 5-50 lần [14]. Microsatellite là một công cụ hữu ích
trong việc lập bản đồ gen và nghiên cứu cấu trúc di truyền của các quần thể đồng
thời là một chỉ thị di truyền giúp phân biệt các quần thể với nhau do chúng đơn
giản, phân bố đều trên hệ gen nhân và tốc độ biến đổi của chúng khá nhanh.
Microsatellite còn đƣợc biết đến với các thuật ngữ nhƣ STR’s (Short tandem
repeats), VNTR (Variable number tandem repeats), SSR’s (simple sequence
repepeats), SSTR (sequence tandem repeats), SSLP (simple sequence length),
STMS (sequence tagged microsatellites) [14, 20].
Mỗi đơn vị lặp của microsatellite thƣờng có từ 1-5 nucleotide [47]. Có 4
cách lặp có thể là:
-

Mononucleotide: AAAAAAAAAAAAAAAA=(A)16 (bp)

-

Dinucleotide: GCGCGCGCGCGCGCGCGCGC=(GC)10(bp)

-

Dinucleotide repeats đƣợc tìm thấy nhiều ở động vật có vú chủ yếu là
GT/AC ở thực vật là AA /TT, AT/TA

-

Trinucleotide: GTCGTCGTCGTCGTCGTC=(GTC)6(bp)

-

Tetranucleotide: ATGCATGCATGCATGC=(ATGC)4(bp)

Sự sắp xếp có thể phân ra 3 loại:
-

Trình tự lặp lại hoàn hảo:

Ví dụ: TGTGTGTGTG
-

Trình tự kết hợp:

Ví dụ: CACACACAGAGAGA (kết hợp giữa CA và GA)
-

Trình tự ngắt quãng:

Ví dụ: CACATTCACACATTCATT (các đoạn CA bị ngắt quãng)
Vì microsatellite thuộc hệ gen nhân nên chúng tồn tại ở hai trạng thái :

18


Đồng hợp:

Dị hợp:

Cơ chế và mô hình đột biến của microsatellite
Nguồn gốc của microsatellite trong bộ gen nhân là kết quả của quá trình tự
nhiên gây ra do sự cân bằng giữa các cơ chế ngăn chặn và thúc đẩy sự hình thành.
Tỷ lệ đột biến của một locus microsatellite phụ thuộc vào cách thức lặp, lƣợng GC
chứa trong vùng liền kề (flanking region), kích thƣớc alen, trạng thái nhiễm sắc thể,
phân chia tế bào, giới tính, tuổi, kiểu lặp, kiểu gen và tỷ lệ đột biến này cao hơn so
với các phần còn lại của gen nhân (10-2-10-6/locus/thế hệ) [17, 34]. Hai cơ chế đột
biến đơn giản nhất của microsatellite là sai sót trong quá trình sao chép ADN và sai
sót trong trao đổi chéo và kết hợp trong pha đầu của giảm phân (Hình 2) [34].

Hình 2. Sai sót trong quá trình sao chép tạo nên alen mới có thể nhiều hơn,
hoặc ít hơn số lƣợng đơn vị lặp [34].

19


Có hai mô hình đột biến chính là: mô hình alen vô hạn (IAM-infinite allede
model) và mô hình đột biến từng bƣớc (SMM- stepwise mutation model). Trong mô
hình alen vô hạn IAM, sau một loạt các sự kiện đột biến sẽ tạo nên một alen mới và
alen đó có nhiều hơn một đoạn lặp và khác biệt so với alen ban đầu (parental allele).
Mô hình đột biến từng bƣớc SMM dự đoán rằng kết quả của đột biến là tạo nên một
alen mà đơn vị lặp lại của nó có kích thƣớc lớn hoặc nhỏ hơn. Sự khác biệt về kích
thƣớc truyền tải thêm thông tin về mối quan hệ tổ tiên giữa các alen. Theo mô hình
IAM, alen giữa các cá thể khác nhau có thể là giống nhau hoặc khác nhau. Còn theo
mô hình SMM, có thể có sự giống và khác nhau giữa các cá thể nhƣng sự khác biệt
kích thƣớc lớn thì quan hệ giữa các alen sẽ xa hơn so với các alen có kích thƣớc
nhỏ. Tỷ lệ đột biến trung bình của một microsatellite là khoảng 10-2-10-6 trên một
locus trên một thế hệ, giữa các loài khác nhau và các loại microsatellite khác nhau
tỷ lệ này là khác nhau [5, 34]. Ngoài ra, một số mô hình đột biến khác nhƣ: mô hình

alen K (KAM- K-Allele model), mô hình hai pha (TPM- Two-phase-model).
Nghiên cứu về microsatellite với cá sấu Xiêm (C. siamensis)
FitzSimmons và cộng sự đã phát triển 26 locus microsatellite cho cả giống cá
sấu (Crocodylus) [25]. 21/ 26 locus đƣợc nghiên cứu chứa các đoạn lặp CA với số
lần lặp từ 12 đến 26. Các locus khác chứa các đoạn lặp phức tạp nhƣ : Cj35 chứa
(CT)7TA(CA)17(CT)12,

Cj127

chứa

(CT)7TT(CT)12(CA)16,

CUD78

chứa

(CA)10(TA)9, CUJ131 chứa (CA)7(TA)3(CA)10, CUJ-B131 chứa (CA)18(TA)9.
Nghiên cứu này là nền tảng để lựa chọn 8 locus dùng để xác định cá thể cá sấu
thuần chủng nhằm mục đích phục hồi lại quần thể tự nhiên tại Bàu Sấu, Cát Tiên từ
những cá thể trong trang trại ở Sài Gòn [24, 25] vào năm 2002 [44]. Các locus này
đều chứa các đoạn lặp dinucleotide CA với số lần lặp từ 12 đến 22 lần. Năm 2008,
nhóm nghiên cứu của Chaeychomsri và cộng sự cũng đã phát triển 20 locus
microsatellite từ thƣ viện micosatellite giàu (AC)15 [16].

Chỉ thị gen ty thể
ADN ty thể là cấu trúc ADN hầu hết là mạch vòng kép nằm trong ty thể. Hai
loại sợi phân biệt nhau bởi thành phần nucleotit: sợi nặng (H-strand) giàu Guanine

20

và sợi nhẹ (L-strand) giàu Cytosine [19] nên phiên mã và sao chép ADN ty thể
đƣợc diễn ra đồng thời. Chúng chỉ chiếm một lƣợng rất nhỏ trong lƣợng lớn vật chất
di truyền của một tế bào nhân chuẩn (nằm chủ yếu trong nhân tế bào). Mỗi ty thể
chứa từ khoảng 2-10 bản sao của một ADN ty thể. Số lƣợng ty thể là khác nhau
giữa các loại tế bào dựa theo nhu cầu năng lƣợng của mỗi loại tế bào và số lƣợng
bản sao ADN ty thể trong mỗi tế bào vào khoảng 100-10000. Chiều dài của toàn bộ
hệ gen ty thể là khác nhau giữa các loài khác nhau và có độ dài vào vào khoảng
15000-17000bp [19].
ADN ty thể mã hoá cho 37 gen (28 gen trên sợi nặng và 9 gen trên sợi nhẹ
[19]), 13 gen trong đó mã hoá cho chuỗi polypeptit trong chuỗi truyền điện tử (trên
tổng số 92 thành phần của chuỗi, phần còn lại đƣợc mã hoá bởi hệ gen nhân),
22tRNAs và hai rRNAs [19, 27]. Bốn phần chính của ADN ty thể bao gồm: DLoop, rRNA, tRNA và đoạn gen mã hoá cho protein [27].
Vai trò của đoạn D-Loop
Đoạn D-Loop có tỷ lệ đột biến cao trung bình cao. Tỷ lệ này khác nhau giữa
các khu vực đặc biệt cao tại HVI và HVII. Do có tỷ lệ đột biến trung bình cao nên
đoạn này đƣợc sử dụng nhiều để nghiên cứu sự biến đổi trong quần thể, sự di nhập
cƣ, phân tích pháp y và chuẩn đoán y khoa [27]. Sự biến đổi trình tự ADN ty thể có
thể diễn ra theo 4 cách: sắp xếp lại, thêm nucleotit, bớt nucleotit và thay thế [15].
Tuy nhiên các nghiên cứu về đa dạng di truyền, phát sinh chủng loại chủ yếu quan
tâm đến đột biến thay thế và tỷ lệ đột biến thay thế của mỗi vị trí trên gen ty thể gấp
từ 5-10 lần so với tỷ lệ này ở hệ gen nhân [27]. Tuy nhiên độ bảo tồn của gen ty thể
vẫn thấp hơn so với các vùng biến đổi trong hệ gen nhân ví dụ nhƣ microsatellite.
Do vậy, hệ gen ty thể đƣợc sử dụng nhiều hơn trong các nghiên cứu quan hệ di
truyền và phát sinh chủng loài [19].
ADN ty thể di truyền theo dòng mẹ bởi số lƣợng ty thể trong trứng lớn hơn
nhiều so với lƣợng ty thể trong tinh trùng. Ngoài ra còn có một số nguyên nhân
khác của nguyên lí này nhƣ sự suy thoái hệ gen ty thể trong hệ sinh dục đực, sự mất
đuôi của tinh trùng trong quá trình thụ tinh. Các công trình nghiên cứu gen ty thể

21


đóng góp lớn trong việc xây dựng cơ sở di truyền phả hệ giúp tái hiện lịch sử, tìm ra
nguồn gốc phát sinh của các loài [48].
Các công trình nghiên cứu gen ty thể của cá sấu Xiêm và các loài khác trong
giống cá sấu, đặc biệt là cá sấu nƣớc mặn (C. porosus) và cá sấu Cuba (C.
rhombifer) đã đƣợc thực hiện trong thời gian qua. Cá sấu Xiêm đã có 3 trình tự
đƣợc công bố trên ngân hàng gen NCBI với mã truy cập DQ353946.1 [32],
NC_008795.1 và EF581859.1. Chiều dài hệ gen ty thể nhóm Ji và cộng sự giải đƣợc
có chiều dài 16836 bp bao gồm 31 gen mã hoá protein, 22 gen tRNAs, 2 rRNAs và
một vùng kiểm soát. Thành phần của sợi nặng bao gồm: A:32.01% (5389 bp); T:
24.76% (4168 bp); C: 28.47% (4793 bp); G: 14.77% (2486 bp).
Đoạn ADN ty thể sử dụng trong nghiên cứu là một đoạn ADN có chiều dài
790 bp sẽ khuếch đại đoạn từ giữa đoạn tRNA-Thr, tRNA-Pro, tRNA-Phe và một
phần đoạn D-Loop [24]. Tỷ lệ đột biến ở các phần khác nhau của hệ gen ty thể là
khác nhau và đoạn gen đƣợc sử dụng có mức độ biến đổi khá cao giữa các loài
trong giống Crocodylus [35]. Do đó tôi lựa chọn đoạn gen này để xác định dòng mẹ
của các mẫu phân tích. Bên cạnh đó chúng tôi cũng xác định quan hệ di truyền của
các mẫu phân tích bằng cách xây dựng cây quan hệ di truyền và phân tích khoảng
cách di truyền giữa các mẫu bằng phƣơng pháp Bayesian.
Phƣơng pháp xây dựng cây quan hệ di truyền
Bayesian là phƣơng pháp xây dựng cây chủng loại phát sinh sử dụng Markov
Chain Monte Carlo (MCMC) có kết hợp của mô hình tiến hóa và dữ liệu đƣa vào,
từ đấy tính toán ra giá trị xác suất hậu nghiệm (posterior probability - PP) của cây.
Xác suất hậu nghiệm là xác suất có điều kiện mà cây nhận đƣợc khi đƣa các mô
hình vào, cơ sở dữ liệu. Phƣơng pháp Bayesian với MCMC đã đƣợc đƣợc chấp
nhận và sử dụng rộng rãi nhƣ là một phƣơg pháp tin cậy trong xây dựng cây phát
sinh chủng loại [31].

22


CHƢƠNG II. VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
2.1. Đối tƣợng, địa điểm và vật liệu nghiên cứu
2.1.1. Đối tượng và địa điểm nghiên cứu
Đối tượng nghiên cứu: Các cá thể cá sấu Xiêm của một số khu vực nuôi
nhốt tại Lào, Việt Nam;
Địa điểm nghiên cứu: Vƣờn quốc gia Cát Tiên, vƣờn thú Thủ Lệ, Sài Gòn,
vƣờn thú Lào (Viêng Chăn), bản Sóc (Lào).
Sơ lƣợc về Vƣờn quốc gia Cát Tiên
Vƣờn Quốc gia Cát Tiên nằm trên địa bàn của 3 tỉnh Đồng Nai, Lâm Đồng
và Bình Phƣớc, cách thành phố Hồ Chí Minh khoảng 150 km theo quốc lộ 20 về
hƣớng Đà Lạt.
Tọa độ địa lý:11o20’50’’ – 11o50’20” độ vĩ Bắc
107o09’05” – 107o35’20” độ kinh Đông
Diện tích tự nhiên của Vƣờn Quốc gia Cát Tiên là 71.350ha, trong đó khu
vực Nam Cát Tiên (tỉnh Đồng Nai) là 39.627 ha; khu vực Cát Lộc (tỉnh Lâm Đồng)
là 27.530 ha; khu vực Tây Cát Tiên (tỉnh Bình Phƣớc) là 4.193ha.
Đây là một trong 200 vùng sinh thái quan trọng của Việt Nam (WWF 2001)
và nằm trong vùng chim đặc hữu đất thấp Miền Nam Việt Nam (Birdlife 2001).
Ngày 10/11/2001, Vƣờn Quốc gia Cát Tiên đƣợc tổ chức UNESCO quốc tế công
nhận l Khu Dự trữ sinh quyển thứ 411 của quốc tế và là Khu Dự trữ sinh quyển thứ
2 của Việt Nam. Ngày 04/08/2005 Ban Thƣ ký Công ƣớc Ramsar đã công nhận khu
hệ đất ngập nƣớc Bàu Sấu vào danh sách các vùng đất ngập nƣớc quan trọng thứ
1.499 của quốc tế.
Vƣờn nằm giữa 2 vùng sinh học địa lý chuyển tiếp từ vùng cao nguyên
Trƣờng Sơn xuống vùng đồng bằng Nam bộ, do vậy hội tụ đƣợc các luồng hệ thực
vật, hệ động vật phong phú, đa dạng, đặc trƣng cho hệ sinh thái rừng ẩm nhiệt đới

thƣờng xanh của các tỉnh miền đông Nam bộ, Việt Nam.
Hệ thực vật: VQG Cát Tiên đã xác định đƣợc 1.610 loài, 75 bộ, 162 họ, 724
chi. Trong đó: Cây gỗ lớn: 176 loài; Cây gỗ nhỏ: 335 loài; Cây tiểu mộc (bụi): 345

23