Quy trình phân tích đoạn Cytochrome B trên các mẫu cá tra (Pangasianodon hypophthalmus)

Pangasius elongatus
28

TẠP CHÍ NGHỀ CÁ SƠNG CỬU LONG - SỐ 8 - THÁNG 9/2016


VIỆN NGHIÊN CỨU NUÔI TRỒNG THỦY SẢN II

Ngay sau khi có kết quả cây tiến hóa, tiến
hành thực hiện bước 7 đến bước 9, nhà nghiên
cứu có thể so sánh kết quả với cây tiến hóa mà
nhà nghiên cứu đã định nghĩa sẵn từ trước. Sự
sai khác giữa hai cây tiến hóa này có thể giúp
nhà nghiên cứu đi đến quyết định chấp nhận
kết quả hay quay lại hiệu chỉnh. Sau khi có cây
tiến hóa, nhà nghiên cứu có thể đưa cây tiến
hóa vào những chương trình xử lý hình ảnh đồ
hịa thơng thường để hiệu chỉnh hay làm nổi

bật nhóm lịai cần chú ý trước khi cơng bố.
Ngồi ra, Mega 6 cũng giúp tính tốn
khoảng cách di truyền của những loài nghiên
cứu bằng chức năng Distance  Compute
pairwise distances dựa vào mơ hình tính tốn
Kimura 2-Parameter (K2P). Kết quả nhận được
như bảng 3, khoảng cách di truyền giữa các mẫu
thuộc họ cá dứa và cá xác sọc là 0,137, kết quả
này đã thể hiện sự khác biệt rõ rệt giữa hai loài
này.

Bảng 3: Khoảng cách di truyền của các mẫu thuộc 2 loài trong họ

Pangasiidae: Pangasius macronema và Pangasius elongatus

IV. KẾT LUẬN
Quy trình phân tích đoạn gien
Cytochrome b hồn tồn phù hợp với mục đích
nghiên cứu kiểm định cá Tra. Các mẫu DNA sau
khi được thực hiện phản ứng PCR đã tinh sạch
và giải trình tự. Các trình tự sau khi nhận từ
cơng ty giải trình tự đã được kiểm tra chất lượng
và xử lý bằng kết hợp hai phần mềm FinchTV
và Bioedit để đạt được trình tự chuẩn xác nhất
cho các bước phân tích tiếp theo. Sau đó, phần

mềm BLAST của dữ liệu NCBI đã so sánh và
xác định mức độ tương đồng của mẫu nghiên
cứu với trình tự mẫu, nếu kết quả thể hiện là
99-100%, kết luận mẫu nghiên cứu có mức độ
tương đồng cao với mẫu đã được công bố ở dữ
liệu của NCBI. Cuối cùng, phần mềm Mega 6
sẽ là phần mềm thích hợp cho các phân tích về
sự phát sinh lồi và khoảng cách di truyền giữa
cá Tra và những loài cá da trơn khác trong họ
Pangasiidae.

TẠP CHÍ NGHỀ CÁ SƠNG CỬU LONG - SỐ 8 - THÁNG 9/2016

29


VIỆN NGHIÊN CỨU NUÔI TRỒNG THỦY SẢN II

TÀI LIỆU THAM KHẢO
Hebert, P.D.N., Cywinska, A., Ball, S.L.,
deWaard, J.R., 2003. Biological identifications
through DNA barcodes. Proceedings of the
Royal Society of London. Series B: Biological
Sciences 270, 313-321.
Kimura, M., 1980. A simple method for
estimating evolutionary rate of base
substitutions through comparative studies of
nucleotide sequences. Journal of Molecular
Evolution 16:111-120.
MRC, 2008. Mekong River Commission, Phnom
Penh
Puckridge, M., Andreakis, N., Appleyard, S.A.,
Ward, R.D., 2013. Cryptic diversity in flathead
fishes (Scorpaeniformes: Platycephalidae)
across the Indo-West Pacific uncovered by

30

DNA barcoding. Molecular Ecology Resources
13, 32-42.
Tamura K, Dudley J, Nei M & Kumar S,
2007. MEGA4: Molecular Evolutionary
Genetics Analysis (MEGA) software version
4.0. Molecular Biology and Evolution 24:15961599.
Sevilla R, Diez A, Noren M, 2007. Primers
and polymerase chain reaction conditions
for DNA barcoding teleost fish based on the

mitochondrial cytochrome b and nuclear
rhodopsin gienes. Mol Ecol Notes 7:730–734.
Vences, M, 2005. Comparative performance of
the 16S rRNA gene in DNA barcoding of of
amphibians.
(ngày 16/07/2016)

TẠP CHÍ NGHỀ CÁ SƠNG CỬU LONG - SỐ 8 - THÁNG 9/2016


VIỆN NGHIÊN CỨU NUÔI TRỒNG THỦY SẢN II

PROCESS OF ANALYSIS FOR CYTOCHROME B GEN
ON TRA CATFISH (Pangasianodon hypophthalmus) SAMPLES
Tran Nguyen Ai Hang1*, Tran Thi Thuy Ha1
ABSTRACT
For identify Tra catfish (Pangasianodonhypoph-thalmus), process of analysis for cytochrome b gen
was built. Using the universal primer for cytochrome b gen to amplify PCR products about 430
bp for length from Tra catfish and other catfish samples belonging to Pangasidae. After cleaning
process, products were sent to sequence. Before using for the analyzed steps, these sequences will
be pre-treated to get the best sequences by two software such as FinchTV and Bioedit. Next, using
BLAST to find a similarity with species was published in the database of NCBI. Finally, Mega 6
software would be use to analyze genetic distance as well as building Neighbor-Joining tree subspecies which also confirm close relationships between these species in the same family Pangasiidae.
Keywords: Tra Catfish, Cytochrome b, Finch TV and Bioedit, Pangasianodon hypophthalmus, Mega 6.

Người phản biện: ThS. Bùi Thị Liên Hà
Ngày nhận bài: 26/7/2016
Ngày thông qua phản biện: 10/8/2016
Ngày duyệt đăng: 05/9/2016

Department of Experimental Biology, Research Institute for Aquaculture No.2
Research Institute for Aquaculture No.1
*Email:
1
2

TẠP CHÍ NGHỀ CÁ SƠNG CỬU LONG - SỐ 8 - THÁNG 9/2016

31