Chuyên đề nghiên cứu tin sinh học

<span class='text_page_counter'>(1)</span>Chuyên Đề Nghiên Cứu 7 - Tin Sinh Học. Giảng Viên: Ngô Công Thắng. Sinh viên thực hiện: Nguyễn Hồng Kiên. Lớp: Tin học A-K52. Khoa: Công Nghệ Thông Tin. Mã Sinh Viên: 521996..

<span class='text_page_counter'>(2)</span> Chuyên Đề Nghiên Cứu 7 - Tin Sinh Học. Nội Dung: Nhóm 2: Tìm hiểu bài toán so sánh cặp trình tự: a. Nội dung và ý nghĩa sinh học của bài toán so sánh cặp trình tự. b. Thuật toán ma trận điểm. d. Thuật toán quy hoạch động Needleman-Wunsch..

<span class='text_page_counter'>(3)</span> Nội dung Tìm hiểu bài toán so sánh cặp trình tự: 1. Nội dung và ý nghĩa sinh học của bài toán so sánh cặp trình tự. 2. Thuật toán ma trận điểm. 3. Thuật toán quy hoạch động Needleman-Wunsch..

<span class='text_page_counter'>(4)</span> 1. Nội dung và ý nghĩa sinh học của bài toán so sánh cặp trình tự. - Định nghĩa: so sánh trình tự là quá trình nghiên cứu sự giống nhau giữa các chuỗi trình tự(sequence), - là cách thức so sánh giữa 2 hay nhiều trình tự dựa trên việc so sánh một chuỗi các thành phần(ký tự) của trình tự để tìm ra những điểm tương đồng, giống nhau giữa các trình tự..

<span class='text_page_counter'>(5)</span> 1. Nội dung và ý nghĩa sinh học của bài toán so sánh cặp trình tự. - Cho 2 chuỗi sinh học S1,S2. Gióng cặp chuỗi này được thực hiện bằng cách chèn thêm vào hai chuỗi S1 và S2 các dấu cách (kí hiệu là ”-”) tại các vị trí bất kỳ với số lượng không hạn chế để tạo ra 2 chuỗi S1’ và S2’ tương ứng, sau đó đặt một chuỗi trên chuỗi kia sao cho môi kí tự của chuỗi này gióng thẳng với một kí tự của chuỗi kia và cặp trình tự gióng không đồng thời là dấu cách. - Chuỗi sinh học ban đầu không có dấu cách và nếu loại bỏ dấu khỏi S1’ và S2’ ta sẽ có S1 và S2 ban đầu. - Yêu cầu đặt ra là thực hiện bài toán sao cho tìm ra cặp chuỗi S1’, S2’ có sự tương đồng cao nhất..

<span class='text_page_counter'>(6)</span> 1. Nội dung và ý nghĩa sinh học của bài toán so sánh cặp trình tự Dựa trên phương pháp so sánh người ta chia ra làm 2 loại: - Phép so sánh trình tự theo hướng toàn cục: Phép toán so sánh được áp dụng trên toàn bộ chuỗi trình tự. Thường được sử dụng khi các trình tự so sánh có kích thước gần tương đương và các trình tự này có độ tương đồng, giống nhau cao..

<span class='text_page_counter'>(7)</span> 1. Nội dung và ý nghĩa sinh học của bài toán so sánh cặp trình tự - Phép so sánh trình tự theo hướng cục bộ: + Phép toán so sánh được sử dụng trên một phần của chuỗi trình tự. + Thường được sử dụng khi các trình tự có chiều dài lớn, độ tương đồng giống nhau không cao, chỉ có một số ít các gene giống nhau trên 2 trình tự, hoặc khi 2 trình tự có kích thước khác biệt lớn..

<span class='text_page_counter'>(8)</span> 1. Nội dung và ý nghĩa sinh học của bài toán so sánh cặp trình tự. Tùy thuộc vào số lượng trình tự, bài toán so sánh trình tự được chia làm 2 mức độ: - So sánh 2 trình tự - So sánh nhiều trình tự..

<span class='text_page_counter'>(9)</span> 1. Nội dung và ý nghĩa sinh học của bài toán so sánh cặp trình tự - Ví dụ về so sánh trình tự theo hướng toàn cục: LGPSSKQTGKGS− SRI WDN LN− I T KSAGKGAI MRLG DA. Toàn bộ 2 chuỗi trình tự LGPSSKQTGKGS− S RI WDN và L N − I T K S A G K G A I M R L G D A được so sánh.

<span class='text_page_counter'>(10)</span> 1. Nội dung và ý nghĩa sinh học của bài toán so sánh cặp trình tự - Ví dụ về so sánh trình tự theo hướng cục bộ: Chỉ một phần của 2 chuỗi được so sánh: TGKG và AGKG −−−−−−− TGKG−−−−−−−− −−−−−−− AGKG−−−−−−−−.

<span class='text_page_counter'>(11)</span>