Luận án Nghiên cứu một số đặc tính sinh học của virus cúm A H5 biến chủng mới ở đàn gia cầm làm cơ sở cho phòng chống dịch bệnh tại Việt Nam

HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM

NGUYỄN VĂN LÂM

NGHIÊN CỨU MỘT SỐ ĐẶC TÍNH SINH HỌC
CỦA VIRUS CÚM A/H5 BIẾN CHỦNG MỚI Ở
ĐÀN GIA CẦM LÀM CƠ SỞ CHO PHÒNG
CHỐNG DỊCH BỆNH TẠI VIỆT NAM

LUẬN ÁN TIẾN SĨ

NHÀ XUẤT BẢN HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP - 2021


HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM

NGUYỄN VĂN LÂM

NGHIÊN CỨU MỘT SỐ ĐẶC TÍNH SINH HỌC
CỦA VIRUS CÚM A/H5 BIẾN CHỦNG MỚI Ở
ĐÀN GIA CẦM LÀM CƠ SỞ CHO PHÒNG
CHỐNG DỊCH BỆNH TẠI VIỆT NAM

Ngành

: Bệnh lý học và chữa bệnh vật nuôi

Mã số

: 9 64 01 02

Người hướng dẫn khoa học:

1. PGS.TS. Tô Long Thành
2. PGS.TS. Chu Đức Thắng

HÀ NỘI - 2021


LỜI CAM ĐOAN
Dữ liệu trong luận án là một phần của đề tài độc lập cấp quốc gia "Nghiên cứu sự
phân bố các biến chủng (clade) mới của virus cúm A/H5N1 trên đàn gia cầm ở Việt
Nam làm cơ sở cho việc phòng chống dịch bệnh đạt hiệu quả cao", mã số ĐTĐL.CN10/15, giai đoạn 2015-2018, do Trung tâm Chẩn đốn Thú y Trung ương làm đơn vị chủ
trì đề tài.
Tôi xin cam đoan: (1) tất cả các kết quả thu được trong luận án này do tơi và
nhóm nghiên cứu thực hiện, kết quả được công bố với sự đồng ý của chủ nhiệm đề tài
và các thành viên tham gia thực hiện; (2) các kết quả được trình bày trong luận án là
trung thực, khách quan và không trùng lặp với bất kỳ một luận án tiến sĩ nào đã công bố
trước đây; (3) mọi sự giúp đỡ cho việc thực hiện luận án đã được cảm ơn, các thơng tin
trích dẫn trong luận án đều được chỉ rõ nguồn gốc.
Hà Nội, ngày tháng năm 2021
Tác giả luận án

Nguyễn Văn Lâm

i


LỜI CẢM ƠN
Trong quá trình thực hiện đề tài và hồn thành bản luận án, tơi nhận được sự giúp
đỡ của nhiều tổ chức và cá nhân. Nhân dịp này, tôi xin gửi lời cảm ơn tới Ban Giám

đốc, Ban Quản lý Đào tạo, Khoa Thú y, Học viện Nông nghiệp Việt Nam đã tạo điều
kiện thuận lợi trong quá trình học tập, trang bị cho tơi những kiến thức q báu và giúp
đỡ tơi hồn thành cơng trình nghiên cứu này.
Tơi xin bày tỏ lịng biết ơn sâu sắc đến: PGS.TS. Tơ Long Thành, Trung tâm
Chẩn đốn Thú y Trung ương; PGS.TS. Chu Đức Thắng, Khoa Thú y, Học viện Nông
nghiệp Việt Nam, là những người thầy hướng dẫn khoa học, trực tiếp giúp đỡ tơi trong
q trình thực hiện đề tài và hồn thành luận án.
Tơi xin cảm ơn tập thể các thầy cô và kỹ thuật viên thuộc Bộ môn Nội - Chẩn Dược - Độc chất, Khoa Thú y, Học viện Nông nghiệp Việt Nam đã giúp đỡ tơi trong
suốt q trình học tập và nghiên cứu.
Tôi xin chân thành cảm ơn Lãnh đạo và các cán bộ của Trung tâm Chẩn đoán Thú
y Trung ương đã tạo điều kiện thuận lợi, giúp đỡ cho tôi hồn thành đề tài nghiên cứu
của mình. Nghiên cứu này có sử dụng kinh phí của đề tài độc lập cấp quốc gia mã số
ĐTĐL.CN-10/15 "Nghiên cứu sự phân bố các biến chủng (clade) mới của virus cúm
A/H5N1 trên đàn gia cầm ở Việt Nam làm cơ sở cho việc phòng chống dịch bệnh đạt
hiệu quả cao", do Trung tâm Chẩn đoán Thú y Trung ương làm đơn vị chủ trì đề tài.
Đặc biệt, tơi xin chân thành cảm ơn các thành viên trong cùng nhóm nghiên cứu,
các đồng tác giả Nguyễn Thị Thúy Mận, Nguyễn Hoàng Đăng, Nguyễn Đăng Thọ và
Tô Long Thành đã cho phép tôi sử dụng kết quả nghiên cứu đã công bố vào một phần
nội dung của luận án.
Nhân dịp hồn thành luận án, tơi ln biết ơn gia đình, đặc biệt là vợ tơi, đã ln
bên cạnh, động viên, giúp đỡ tơi hồn thành đề tài nghiên cứu và bản luận án này.
Hà Nội, ngày tháng năm 2021
Nghiên cứu sinh

Nguyễn Văn Lâm

ii


MỤC LỤC

Lời cam đoan .................................................................................................................... i
Lời cảm ơn ....................................................................................................................... ii
Mục lục ......................................................................................................................... iii
Danh mục chữ viết tắt ..................................................................................................... vi
Danh mục bảng ............................................................................................................. viii
Danh mục hình ................................................................................................................ ix
Trích yếu luận án ............................................................................................................ xi
Thesis abstract............................................................................................................... xiii
Phần 1. Mở đầu ...............................................................................................................1
1.1.

Tính cấp thiết của đề tài .....................................................................................1

1.2.

Mục tiêu nghiên cứu ..........................................................................................2

1.3.

Phạm vi nghiên cứu ...........................................................................................3

1.3.1.

Đối tượng nghiên cứu ........................................................................................3

1.3.2.

Địa điểm và thời gian nghiên cứu ......................................................................3

1.4.

Những đóng góp mới của luận án ......................................................................3

1.5.

Ý nghĩa khoa học và thực tiễn của đề tài ...........................................................4

1.5.1.

Ý nghĩa khoa học ...............................................................................................4

1.5.2.

Ý nghĩa thực tiễn ................................................................................................4

Phần 2. Tổng quan tài liệu .............................................................................................5
2.1.

Đại cương về bệnh cúm gia cầm ........................................................................5

2.1.1.

Lịch sử bệnh cúm gia cầm .................................................................................5

2.1.2.

Tình hình dịch bệnh cúm A/H5N1 trên thế giới ................................................8

2.1.3.

Tình hình dịch bệnh cúm A/H5N1 ở Việt Nam ...............................................11

2.1.4.

Dịch tễ học bệnh cúm gia cầm .........................................................................14

2.1.5.

Triệu chứng bệnh cúm gia cầm ........................................................................16

2.1.6.

Bệnh tích bệnh cúm gia cầm ............................................................................17

2.1.7.

Chẩn đoán bệnh cúm gia cầm ..........................................................................19

2.2.

Virus học cúm gia cầm ....................................................................................21

2.2.1.

Đặc điểm hình thái, cấu trúc của virus cúm type A .........................................21

2.2.2.

Đặc tính kháng nguyên của virus cúm type A .................................................23

2.2.3.

Thành phần hóa học của virus .........................................................................24

iii


2.2.4.

Sự nhân lên và tác động gây bệnh của virus ....................................................24

2.2.5.

Độc lực của virus .............................................................................................27

2.2.6.

Đặc tính các protein và khả năng biến chủng của virus...................................27

2.2.7.

Sức đề kháng của virus ....................................................................................33

2.2.8.

Nuôi cấy và lưu giữ virus.................................................................................33

2.2.9.

Danh pháp ........................................................................................................33

2.3.

Phòng chống bệnh cúm gia cầm ......................................................................33

2.3.1.

Vacxin phịng bệnh cúm gia cầm .....................................................................33

2.3.2.

Tình hình nghiên cứu và sử dụng vacxin phòng bệnh cúm gia cầm................35

Phần 3. Nội dung và phương pháp nghiên cứu ..........................................................38
3.1.

Nội dung nghiên cứu ........................................................................................38

3.1.1.

Giám sát để tìm virus cúm A/H5 biến chủng mới ...........................................38

3.1.2.

Nghiên cứu một số đặc tính sinh học của virus cúm A/H5 biến chủng mới ...38

3.1.3.

Nghiên cứu khả năng bảo hộ đối với virus cúm A/H5 biến chủng mới của
các loại vacxin .................................................................................................38

3.2.

Nguyên liệu nghiên cứu ...................................................................................39

3.2.1.

Dụng cụ lấy mẫu ..............................................................................................39

3.2.2.

Hóa chất lấy mẫu .............................................................................................39

3.2.3.

Vacxin và động vật thí nghiệm ........................................................................40

3.3.

Phương pháp nghiên cứu .................................................................................40

3.3.1.

Phương pháp lấy mẫu ......................................................................................40

3.3.2.

Phản ứng Realtime RT-PCR để sàng lọc, phát hiện virus cúm A/H5Nx ........42

3.3.3.

Giám định virus phân lập bằng phương pháp HI .............................................45

3.3.4.

Phân tích đặc điểm sinh học phân tử của virus A/H5 biến chủng mới ............46

3.3.5.

Phương pháp xác định chỉ số độc lực của virus A/H5 biến chủng mới ...........47

3.3.6.

Phương pháp đánh giá triệu chứng lâm sàng ...................................................48

3.3.7.

Phương pháp mổ khám toàn diện ....................................................................49

3.3.8.

Chuẩn bị tiêu bản vi thể bằng phương pháp paraffin.......................................50

3.3.9.

Phương pháp công cường độc kiểm tra hiệu lực phòng bệnh của vacxin
với virus cúm A/H5 biến chủng mới ...............................................................50

3.4.

Phương pháp xử lý số liệu ...............................................................................52

iv


Phần 4. Kết quả nghiên cứu và thảo luận ...................................................................53
4.1.

Giám sát để tìm virus cúm A/H5 biến chủng mới ...........................................53

4.1.1.

Kết quả thu thập mẫu và sàng lọc virus cúm A ...............................................53

4.1.2.

Kết quả xác định subtype H5 từ các mẫu dương tính với virus cúm A ...........55

4.1.3.

Kết quả xác định subtype H5N1 từ mẫu dương tính với virus cúm A/H5 ......57

4.1.4.

Kết quả xác định subtype H5N6 từ mẫu dương tính với virus cúm A/H5 ......60

4.1.5.

Kết quả xét nghiệm virus cúm A/H5 biến chủng mới theo loài ......................62

4.1.6.

Nghiên cứu phân loại virus cúm A/H5 biến chủng mới thu thập được từ
gà, vịt và chim cút ............................................................................................63

4.1.7.

Kết quả nghiên cứu nguồn gốc phát sinh của virus cúm A/H5 biến chủng
mới qua phân tích phả hệ dựa trên gen HA .....................................................65

4.1.8.

Sự xuất hiện của virus cúm A/H5 biến chủng mới theo thời gian và
không gian .......................................................................................................70

4.2.

Một số đặc tính sinh học của virus cúm A/H5 biến chủng mới.......................74

4.2.1.

Đặc tính sinh học phân tử tiểu phần HA1 của các biến chủng ........................74

4.2.2.

Đặc tính gây bệnh của virus cúm A/H5 biến chủng mới .................................80

4.2.3.

Triệu chứng bệnh tích do virus cúm A/H5 biến chủng mới gây ra trên

gia cầm .............................................................................................................82

4.3.

Khả năng bảo hộ đối với virus cúm A/H5 biến chủng mới của các loại
vacxin ...............................................................................................................90

4.3.1.

Khả năng vượt qua đáp ứng miễn dịch dị chủng của virus clade 2.3.2.1c ......91

4.3.2.

Khả năng vượt qua đáp ứng miễn dịch dị chủng của virus clade 2.3.4.4a ......96

4.3.3.

Khả năng vượt qua đáp ứng miễn dịch dị chủng của virus clade 2.3.4.4b ....101

4.3.4.

Biến đổi bệnh lý ở gà có miễn dịch dị chủng sau công cường độc bằng
virus clade 2.3.4.4a và clade 2.3.4.4b ............................................................106

4.3.5.

Thảo luận về khả năng vượt qua đáp ứng miễn dịch dị chủng của biến thể
virus cúm A/H5Nx .........................................................................................106

Phần 5. Kết luận và đề nghị .......................................................................................108

5.1.

Kết luận ..........................................................................................................108

5.2.

Đề nghị...........................................................................................................109

Danh mục cơng trình đã cơng bố liên quan đến luận án ...............................................110
Tài liệu tham khảo ........................................................................................................111
Phụ lục .......................................................................................................................128

v


DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT
Chữ viết tắt

Diễn giải

ADN

Axit deoxyribonucleic

AI

Avian influenza

ARN

Axit ribonucleic

ATSH

An tồn sinh học

Bộ NN&PTNT

Bộ Nơng nghiệp và Phát triển nông thôn

Bp

Base pair

CEF

Chicken Embryo Fibroblast

CGC

Cúm gia cầm

CK

Chicken

CS

Cộng sự

CT

Cycle of threshold

CTCPTTYTW1

Công ty Cổ phần thuốc Thú y Trung ương 1

DK

Duck

ELISA

Enzyme-Linked ImmunoSorbent Assay

FAO

Food and Agriculture Organization

GMT

Geometic Mean Titer

Gs

Goose

HA

Hemagglutination

HSD

Hạn sử dụng

HGKT

Hiệu giá kháng thể

HI

Hemagglutination Inhibition

HPAI

Highly Pathgenic Avian Influenza

IVPI

Intravenous Pathogenicity Index

Kb

Kilo base

LPAI

Low Pathogenic Avian Influenza

M

Matrix protein

MDCK

Madin-Darby-Canine-Kidney

MDK

Muscovy duck

MDT

Mediocris Downtime

vi


MEGA

Molecular Evolution Genetic Analysis

NA

Neuraminidae

NCVD

National Centre for Veterinary Diagnostics

NEP

Nuclear export protein

NP

Nucleoprotein

NS

Non-strutural protein

NSX

Ngày sản xuất

OIE

Office International des Épizooties

PA

Polymerase acidic

PB1

Polymerase basic protein 1

PB2

Polymerase basic protein 2

PBS

Phosphate Buffered Saline

PCR

Polymerase Chain Reaction

SPF

Specific pathogen free

RT-PCR

Reverse transcriptase- Polymerase Chain Reaction

RNP

Ribonucleoprotein

TCID50

Tissue Culture Infective Dosage

TCN

Tiêu chuẩn ngành

TCVN

Tiêu chuẩn Việt Nam

TW

Trung ương

VN

Việt Nam

WHO

World Health Organization

vii


DANH MỤC BẢNG
TT

Tên bảng

Trang

2.1.

Sự xuất hiện của virus cúm A/H5 biến chủng mới giai đoạn 2003-2014 .............7

2.2.

Tình hình dịch cúm gia cầm trên thế giới giai đoạn 2004 - 2017 .......................10

2.3.

Bệnh tích điển hình của gà mắc cúm gia cầm.....................................................18

3.1.

Cơ cấu thu thập mẫu của đề tài ...........................................................................41

3.2.

Danh mục các cặp mồi phát hiện gen M, H5, N1 và N6 ....................................43

3.3.

Danh mục trình tự mồi giải trình tự gen HA1 và HA2 .......................................44

3.4.

Bố trí thí nghiệm cơng cường độc ......................................................................47

3.5.

Bố trí thí nghiệm kiểm tra hiệu lực phịng bệnh của vacxin với virus H5N1
clade 2.3.2.1c, H5N6 clade 2.3.4.4a và H5N6 clade 2.3.4.4b ..............................51

4.1.

Bệnh tích đại thể trên gà ở các lơ thí nghiệm sau cơng cường độc.....................93

viii


DANH MỤC HÌNH
TT
2.1.

Tên hình

Trang

Sơ đồ mơ tả các cơ chế sinh bệnh chủ yếu, các gen và sản phẩm của gen
tham ra vào sự gây nhiễm của virus cúm A/H5N1 .............................................15

2.2.

Sơ đồ quy trình chẩn đốn bệnh cúm gia cầm ....................................................21

2.3.

Cấu trúc virus cúm H5N1 ...................................................................................22

2.4.

Quá trình nhân lên của virus cúm .......................................................................25

2.5.

Cấu trúc bậc 3 của HA virus cúm .......................................................................28

2.6.

Vị trí của 5 epitope kháng nguyên chính ............................................................28

4.1.

Kết quả sàng lọc virus cúm A tại các tỉnh giám sát ............................................53

4.2.

Tỷ lệ nhiễm virus cúm A theo giai đoạn và khu vực giám sát............................54

4.3.

Kết quả sàng lọc virus cúm A/H5 tại các tỉnh giám sát ......................................55

4.4.

Tỷ lệ nhiễm virus cúm A/H5 theo giai đoạn và khu vực giám sát .....................56

4.5.

Kết quả sàng lọc virus cúm A/H5N1 tại các tỉnh giám sát .................................58

4.6.

Tỷ lệ nhiễm virus cúm A/H5N1 theo giai đoạn và khu vực giám sát .................59

4.7.

Kết quả sàng lọc virus cúm A/H5N6 tại các tỉnh giám sát .................................60

4.8.

Tỷ lệ nhiễm virus cúm A/H5N6 theo giai đoạn và khu vực giám sát .................61

4.9.

Tỷ lệ nhiễm virus cúm A/H5 biến chủng mới theo loài .....................................62

4.10. Phả hệ của các chủng virus cúm H5 trong nghiên cứu và các chủng virus
thuộc các clade khác nhau đã lưu hành ở Việt Nam ...........................................66
4.11. Phả hệ của các chủng virus cúm H5 trong clade 2.3.4.4 ....................................67
4.12. Phả hệ của các chủng virus cúm H5 trong clade 2.3.2.1 ....................................68
4.13.

Sự phân bố không gian của virus cúm gia cầm 1/2015 tới 6/2016 .....................71

4.14.

Sự phân bố không gian của virus cúm gia cầm 7/2016 tới 6/2017 .....................72

4.15.

Sự phân bố không gian của virus cúm gia cầm 7/2017 tới 3/2018 .....................73

4.16.

Trình tự amino acid gần vị trí cắt của protein HA ..............................................74

4.17.

Trình tự amino acid ở hốc gắn thụ thể tế bào vật chủ.........................................75

4.18.

Trình tự amino acid vùng kháng nguyên A-E của clade 2.2.3.1c .......................76

4.19.

Trình tự amino acid vùng kháng nguyên A-E của clade 2.3.4.4b ......................77

4.20.

Trình tự amino acid vùng kháng nguyên A-E của clade 2.3.4.4a .......................78

4.21.

Đặc điểm hiện tượng glycosyl hóa ở tiểu phần HA1 ..........................................79

ix


4.22.

Tỷ lệ gà chết theo thời gian khi gây nhiễm virus cúm A/H5 biến chủng mới

qua tĩnh mạch ......................................................................................................80

4.23.

Chỉ số độc lực của virus và thời gian chết trung bình của gà khi gây nhiễm
virus cúm A/H5 biến chủng mới .........................................................................82

4.24.

Điểm lâm sàng của gà gây nhiểm với virus cúm A/H5 biến chủng mới ............82

4.25.

Bệnh tích đại thể của gà được gây bệnh thực nghiệm với virus cúm A/H5
biến chủng mới ...................................................................................................86

4.26.

Bệnh tích vi thể của gà được gây bệnh thực nghiệm với virus cúm A/H5
biến chủng mới (HE 10x) ...................................................................................88

4.27.

Kết quả tạo đáp ứng miễn dịch trong thí nghiệm công cường độc bằng
virus clade 2.3.2.1c .............................................................................................91

4.28.

Khả năng gây bệnh của chủng virus clade 2.3.2.1c ở gà có đáp ứng miễn
dịch dị chủng .......................................................................................................92

4.29.

Bệnh tích đại thể ở gà có đáp ứng miễn dịch dị chủng sau khi công cường
độc bằng chủng virus clade 2.3.2.1c ...................................................................94

4.30.

Hiện tượng thải virus ở gà có đáp ứng miễn dịch dị chủng sau cơng cường
độc bằng chủng virus clade 2.3.2.1c ...................................................................95

4.31.

Kết quả tạo đáp ứng miễn dịch cho gà và vịt trong thí nghiệm công cường
độc bằng virus clade 2.3.4.4a ..............................................................................96

4.32.

Khả năng gây bệnh của chủng virus clade 2.3.4.4a ở gà và vịt có đáp ứng
miễn dịch dị chủng ..............................................................................................97

4.33.

Hiện tượng thải virus ở gà và vịt có đáp ứng miễn dịch dị chủng sau công
cường độc bằng chủng virus clade 2.3.4.4a ........................................................99

4.34.

Kết quả tạo đáp ứng miễn dịch cho gà và vịt trong thí nghiệm cơng cường
độc bằng virus clade 2.3.4.4b ...........................................................................101

4.35.

Khả năng gây bệnh của chủng virus clade 2.3.4.4b ở gà và vịt có đáp ứng
miễn dịch dị chủng ...........................................................................................103

4.36.

Hiện tượng thải virus ở gà và vịt có đáp ứng miễn dịch dị chủng sau công
cường độc bằng chủng virus clade 2.3.4.4b ......................................................105

x


TRÍCH YẾU LUẬN ÁN
Tên tác giả: Nguyễn Văn Lâm
Tên luận án: Nghiên cứu một số đặc tính sinh học của virus cúm A/H5 biến chủng mới
ở đàn gia cầm làm cơ sở cho phòng chống dịch bệnh tại Việt Nam.
Ngành: Bệnh lý học và chữa bệnh vật nuôi

Mã số: 9.64.01.02

Tên cơ sở đào tạo: Học viện Nông nghiệp Việt Nam
Mục đích nghiên cứu
Xác định được có hay khơng sự lưu hành của virus cúm A/H5 biến chủng mới ở
đàn gia cầm tại Việt Nam; từ đó xác định một số đặc tính sinh học của biến chủng nhằm
khuyến cáo sử dụng vacxin phịng bệnh.
Phương pháp nghiên cứu
Ba nhóm phương pháp chính được dùng trong nghiên cứu này, bao gồm: (i) kỹ
thuật PCR dùng để phát hiện virus cúm A/H5 biến chủng mới trong mẫu bệnh

phẩm và giải trình tự gen virus; (ii) ứng dụng tin sinh học, với các phần mềm như
MEGA, Weblogo, S.A.S, v.v... để phân tích đặc điểm sinh học phân tử của virus cúm
A/H5 biến chủng mới; (iii) bố trí thí nghiệm để đánh giá độc lực, triệu chứng bệnh tích
trên gia cầm và khả năng bảo hộ của vacxin với virus cúm A/H5 biến chủng mới.
Kết quả chính và kết luận
Có 3 nhóm kết quả đã đạt được trong nghiên cứu này, bao gồm:
1) Đã xác định được có sự lưu hành của virus cúm A/H5 biến chủng mới ở 11 tỉnh
(Hà Nội, Phú Thọ, Thái Nguyên, Nghệ An, Quảng Nam, Quảng Ngãi, Thừa Thiên Huế,
Kon Tum, Đồng Tháp, Vĩnh Long, Kiên Giang) tại Việt Nam trong giai đoạn 2015-2018,
cụ thể:
Virus CGC lưu hành có tỷ lệ dương tính với virus: cúm A (gen M) 9,15%; A/H5
1,15 %; A/H5N1 0,23%; A/H5N6 0,65%;
Virus cúm A/H5 biến chủng mới phân lập được gồm: A/H5N6 subclade
2.3.4.4a/b phân bố ở miền Bắc và miền Trung; A/H5N1 clade 2.3.2.1c chủ yếu ở miền
Nam; chưa phát hiện virus cúm A/H5N6 ở miền Nam;
Tỷ lệ nhiễm virus cúm A/H5 biến chủng mới cao nhất trên vịt (A/H5N1 0,42%,
A/H5N6 1,27%), tiếp đến là gà (A/H5N1 0,23%, A/H5N6 0,5%), chưa phát hiện biến
chủng mới trên chim cút.

xi


2) Xác định được một số đặc tính sinh học của virus cúm A/H5 biến chủng mới
Virus cúm A/H5 biến chủng mới thuộc H5N1 clade 2.3.2.1c, H5N6 clade 2.3.4.4a
và 2.3.4.4b có độc lực cao với chỉ số IVPI tương ứng 2,95, 2,78 và 2,87.
Virus cúm A/H5 biến chủng mới mang đặc điểm khác biệt về trình tự amino acid
trên gen HA so với các chủng virus vacxin (Navet-vifluvac, Re-5) được phép hiện hành
ở Việt Nam;
Các virus cúm A/H5 biến chủng mới đặc hiệu với receptor của gia cầm, gây bệnh trên
gia cầm với các biểu hiện đặc trưng của bệnh CGC gồm: (1) triệu chứng lâm sàng như sốt

cao, ủ rũ, mệt mỏi, chảy nước mắt, nước mũi, thở khò khè; (2) biến đổi bệnh tích gồm phù,
sung huyết, xuất huyết và hoại tử ở hầu hết các cơ quan phủ tạng.
3) Đánh giá được khả năng bảo hộ đối với virus cúm A/H5 biến chủng mới của
các loại vacxin hiện hành.
Đáp ứng miễn dịch dị chủng từ vacxin Navet-vifluvac và Re-5 đối với các biến
chủng virus mới (clade 2.3.2.1c; clade 2.3.4.4a; clade 2.3.4.4b): (1) tạo được miễn dịch
trên ngưỡng bảo hộ (>4log2); (2) không tạo ra trạng thái miễn dịch vơ trùng, (3) có khả
năng bảo hộ lâm sàng 50- 80% gà và 100% vịt thí nghiệm;
Gà được gây miễn dịch dị chủng từ Navet-vifluvac và Re-5 có xu hướng giảm bài
thải virus cường độc, giảm rõ rệt biến đổi bệnh tích đại thể (chỉ có bệnh tích: ở phổi với
Navet-vifluvac; ở phổi, gan, cơ và ruột với Re-5);
Virus H5N6 clade 2.3.4.4b vượt qua đáp ứng miễn dịch dị chủng tốt hơn virus
H5N6 clade 2.3.4.4a và H5N1 clade 2.3.2.1c;
Vacxin Navet-vifluvac bảo hộ lâm sàng cho gà (70-80%) chống lại virus cúm
A/H5 biến chủng mới tốt hơn vacxin Re-5 (50-70%).

xii


THESIS ABSTRACT
PhD candidate: Nguyen Van Lam
Thesis title: Investigation into biological characteristics of novel avian influenza A/H5
variants circulating on poultry as a basis for disease prevention in Vietnam.
Major: Veterinary pathology and Therapeutics of the diseases of domestic animals
Code: 9.64.01.02
Educational organization Institution: Vietnam National University of Agriculture.
Research Objectives The goal of research
To identify if there were novel avian influenza A/H5 variants circulating on
poultry in Vietnam and their biological characteristics as fundamental guideline for
vaccines selection.

Materials and Methods
Three main methods groups were adopted in this study, including: (i) Polymerase
chain reaction (PCR) was used to detect and gene sequencing of avian influenza A/H5
virus. (ii) Bioinformatics programs including MEGA, Weblogo, S.A.S, etc. to analyze
molecular biological characteristics of influenza virus A/H5 new strains. (iii)
Experimentally infected chickens with the obtained virus strains to evaluate their
virulence and protection ability of some commercial vaccines against the new strains.
Main findings and conclusions
Three milestones were achieved in this study:
1) New strains of influenza A/H5 virus had been identified in 11 provinces
(Hanoi, Phu Tho, Thai Nguyen, Nghe An, Quang Nam, Quang Ngai, Thua Thien Hue,
Kon Tum, Dong Thap, Vinh. Long, Kien Giang) of Vietnam over the period from 2015
to 2018:
The isolated avian influenza virus were identified to be positive with (M gene),
A/H5,

A/H5N1, A/H5N1 at the proportion of 9.15%; 1.15%; 0.23% and 0.65%,

respectively.
The isolated influenza A/H5 virus were A/H5N6 clade 2.3.4.4a/b circulated in the
North and Central, meanwhile the A/H5N1 clade 2.3.2.1c circulated mainly in the
South. However, the A/H5N6 influenza virus was not found in the South.

xiii


The prevalence of A/H5 influenza virus new strains was highest in ducks
(A/H5N1 0.42%, A/H5N6 1.27%), and lower rate in the chickens (A/H5N1 0.23%,
A/H5N6 0, 5%), meanwhile it was not detected in quail.
2) Findings on biological characteristics of influenza virus A/H5 new strain:

The isolated A/H5 virus influenza new strain belongs to H5N1 clade 2.3.2.1c,
H5N6 clade 2.3.4.4a, and 2.3.4.4b whose virulence with IVPI index of 2.95, 2.78, and
2.87 respectively.
The new variant influenza A/H5 virus has different characteristics in the amino
acid sequence of the HA gene compared with the vaccine strains (Navet-vifluvac, Re-5).
The new avian variant of influenza A/H5 viruses were specific pathogenesis on poultry,
experimentally infected chickens manifested with specific symptoms and lesions,
including: (1) high fever, moodiness, fatigue, eyes and nasal discharged, and wheezing;
(2) Gross lesions including edema, congestion, hemorrhage, degeneration, necrosis, and
inflammatory cell infiltrates in most of the internal organs.
3) Findings on the evaluation of effect of commercial vaccines against the
influenza virus A/H5 new strains:
Heterologous immunity responses from Navet-vifluvac and Re-5 vaccines with
variants new virus (clade 2.3.2.1c; clade 2.3.4.4a; clade 2.3.4.4b): (1) yielded immunity
above the protective threshold (> 4log2); (2) does not create a sterile immune state; (3)
clinically protected experimental poultry against A / H5 virus (20-50% in chickens and
100% ducks).
Chickens vaccinated with Navet-vifluvac and Re-5 reduced excretion of virulent
virus and markedly decreased macroscopic lesions (only lung lesions were found in
chickens vaccinated with Navet-vifluvac; meanwhile lesion in liver, muscle, and
intestines were found in animals injected with Re-5);
H5N6 clade virus 2.3.4.4b was able to overcome the heterologous immune
response better the H5N6 clade 2.3.4.4a and the H5N1 clade 2.3.2.1c virus;
Navet-vifluvac vaccine protected 70 to 80% of experimental chickens against
influenza virus A/H5 new strain meanwhile Re-5 vaccine only obtained 50-70%.

xiv


PHẦN 1. MỞ ĐẦU

1.1. TÍNH CẤP THIẾT CỦA ĐỀ TÀI
Bệnh cúm gia cầm (CGC) là bệnh truyền nhiễm cấp tính xảy ra trên gia
cầm, do virus subtype A/H5 gây ra. Bệnh CGC xảy ra lần đầu tiên ở Việt Nam
vào cuối năm 2003 và được ghi nhận là do virus cúm A/H5N1 thể độc lực cao
(HPAI) gây nên. Virus CGC HPAI A/H5N1 lần đầu tiên phân lập được từ ngỗng
ở Guangdong Trung Quốc năm 1996 (Xu & cs., 1999), xâm nhập vào Việt Nam
cuối năm 2003, từ đó đến nay bệnh xảy ra liên tục và đang là vấn đề dịch tễ phức
tạp do xuất hiện nhiều phân dòng virus mới, là dịch bệnh cần phải giải quyết tại
nước ta (Nguyễn Tiến Dũng & cs., 2008; Lê Thanh Hòa & cs., 2008).
Virus cúm A/H5N1 từ khi xuất hiện tại Việt Nam năm 2003 cho đến năm
2005, gây bệnh CGC ở tất cả các tỉnh thành trên cả nước chủ yếu do biến chủng
virus clade 1 (Wan & cs., 2008; Nguyễn Tiến Dũng & cs., 2008), bên cạnh đó
clade 2.3.2 cũng được phát hiện năm 2005. Năm 2006, tình hình dịch CGC tạm
lắng do các biện pháp làm giảm nguồn bệnh được áp dụng như cấm ấp nở thủy
cầm (loài mang trùng virus CGC) và tiêm phòng vacxin trên phạm vi cả nước cho
gia cầm bằng vacxin Re-1 (clade 0). Từ năm 2007 đến giữa năm 2010, có sự khác
biệt địa lý về lưu hành của các biến chủng virus CGC, các clade 2.3.4 dịng Phúc
Kiến (sau đó phân chia thành các subclade 2.3.4.1, 2.3.4.2, 2.3.4.3) chiếm ưu thế ở
các tỉnh phía Bắc. Trong khi đó, các clade 1 và subclade 1.1 (tiến hóa từ clade 1)
lưu hành chủ yếu ở các tỉnh phía Nam, sau đó tiếp tục tiến hóa thành clade 1.1.1 và
1.1.2 (Nguyễn Tiến Dũng & cs., 2008; Nguyen & cs., 2012). Trong thời gian này,
vacxin Re-1 và Re-5 (clade 2.3.4) nhập khẩu từ Trung Quốc đã được sử dụng,
đồng thời một vacxin trong nước dùng chủng NIBRG-14 (clade 1) được thử
nghiệm. Năm 2008, clade 7 được phát hiện trên gia cầm nhập lậu ở Lạng Sơn và
một số chợ ở Hà Nội. Năm 2010-2011, nhiều biến chủng mới đã nổi lên, clade
2.3.2.1 (xuất hiện cuối 2009) trở nên thịnh hành vào cuối năm 2010 và tiến hóa
thành các clade 2.3.2.1a,b (Nguyen & cs., 2012) lưu hành ở các tỉnh phía Bắc, các
clade 1.1.1 và 1.1.2 tiếp tục lưu hành ở các tỉnh phía Nam.
Giữa năm 2012 clade 2.3.2.1c xuất hiện ở miền Bắc, sau đó nhanh chóng lây
lan vào miền Trung và miền Nam Việt Nam, đồng thời các clade 2.3.2.1a và b dần

biến mất. Năm 2013, chỉ còn clade 2.3.2.1c lưu hành trên cả nước và clade 1.1.2
vẫn khu trú ở các tỉnh phía Nam. Đầu năm 2014, các clade 2.3.2.1c và 1.1.2 vẫn là
những clade chính gây bệnh CGC ở Việt Nam, tuy nhiên sau tháng 2 năm 2014,

1


clade 1.1.2 khơng cịn được phát hiện. Từ tháng 4 năm 2014, dịch CGC do
subclade 2.3.4.4 gây ra bắt đầu xuất hiện ở miền Bắc như Lạng Sơn (tháng
4/2014), Lào Cai (8/2014), Phú Thọ (9/2014). Sau đó, virus đã nhanh chóng được
phát hiện ở một số tỉnh miền Trung như Hà Tĩnh (6/2014), Quảng Ngãi (8/2014),
Quảng Trị (8/2014) (Nguyễn Đăng Thọ & cs., 2016).
Virus CGC khơng có hoạt động sửa lỗi trong quá trình tổng hợp ARN khi
nhân lên, làm biến đổi gen hình thành những biến chủng mới. Khả năng biến đổi
gen đã giúp virus cúm tiến hóa rất đa dạng, dẫn đến những đợt dịch CGC mới xuất
hiện. Tuy nhiên, những thay đổi kháng nguyên còn xảy ra do sự tái tổ hợp gen giữa
các virus cúm khác nhau để tạo ra một biến chủng virus mới có độc lực không thể
lường trước và tiềm ẩn gây ra các đại dịch (Van den Berg & cs., 2008). Khả năng
tái kết hợp gen của các virus cúm cùng subtype hay khác subtype đã tạo ra nhiều
virus cúm tái tổ hợp mới có kiểu gen khác nhau. Các nghiên cứu trước đây đã xác
định được virus cúm H5N1 dòng GS/GD/96 đã tiến hóa thành 10 clade khác biệt
về di truyền (0-9) và rất nhiều các subclade khác (WHO/OIE/FAO, 2008).
Từ thực tế cho thấy, sự xuất hiện liên tục các biến chủng mới của virus
A/H5N1 qua các năm đã làm phức tạp thêm vấn đề sử dụng vacxin trong phòng
chống bệnh CGC, thậm chí làm cho vacxin mất hẳn tính hiệu quả. Vì vậy, việc
xác định có hay khơng sự lưu hành của virus cúm A/H5 biến chủng mới ở Việt
Nam, xác định một số đặc tính sinh học và thử nghiệm hiệu quả phòng bệnh
của các loại vacxin hiện hành với biến chủng mới là rất cấp thiết, mang tính
khoa học và thực tiễn.
Kết quả nghiên cứu của luận án là một phần nội dung của đề tài độc lập

cấp quốc gia mã số ĐTĐL.CN-10/15 "Nghiên cứu sự phân bố các biến chủng
(clade) mới của virus cúm A/H5N1 trên đàn gia cầm ở Việt Nam làm cơ sở cho
việc phòng chống dịch bệnh đạt hiệu quả cao", do Trung tâm Chẩn đốn Thú y
Trung ương làm đơn vị chủ trì, đề tài đã được nghiệm thu năm 2018.
1.2. MỤC TIÊU NGHIÊN CỨU
1.2.1. Mục tiêu tổng quát
Trả lời câu hỏi có hay không sự lưu hành của virus cúm A/H5 biến chủng
mới ở đàn gia cầm tại Việt Nam; từ đó xác định một số đặc tính sinh học của
biến chủng nhằm khuyến cáo sử dụng vacxin phòng bệnh.
1.2.2. Mục tiêu cụ thể
- Xác định được sự lưu hành của virus cúm A/H5 biến chủng mới ở đàn gia

2


cầm tại Việt Nam;
- Xác định được đặc điểm phân tử gen và độc lực của virus cúm A/H5 biến
chủng mới;
- Đánh giá được hiệu quả phòng bệnh của một số vacxin cúm gia cầm hiện
hành đối với virus cúm A/H5 biến chủng mới.
1.3. PHẠM VI NGHIÊN CỨU
1.3.1. Đối tượng nghiên cứu
Đối tượng nghiên cứu của đề tài là virus cúm A/H5 biến chủng mới ở đàn
gia cầm tại Việt Nam.
1.3.2. Địa điểm và thời gian nghiên cứu
- Địa điểm nghiên cứu được thực hiện ở miền Bắc, miền Trung và miền
Nam, trong đó:
+ Mẫu dịch hầu họng được thu thập trên gia cầm từ các ổ dịch, chợ và trại
chăn nuôi gia cầm tại 11 tỉnh (Hà Nội, Phú Thọ, Thái Nguyên, Nghệ An,
Quảng Nam, Quảng Ngãi, Thừa Thiên Huế, Kon Tum, Đồng Tháp, Vĩnh

Long, Kiên Giang) thuộc 3 miền trên cả nước.
+ Các xét nghiệm và phân tích chuyên sâu thực hiện tại Trung tâm Chẩn
đoán Thú y Trung ương.
+ Các thí nghiệm động vật được thực hiện tại khu ni động vật an tồn
sinh học của Trung tâm Chẩn đoán Thú y Trung ương.
- Thời gian thực hiện đề tài: Từ tháng 11/2015 đến tháng 8/2018.
1.4. NHỮNG ĐĨNG GĨP MỚI CỦA LUẬN ÁN
- Đã xác định có sự lưu hành của virus cúm A/H5 biến chủng mới ở 11 tỉnh
(Hà Nội, Phú Thọ, Thái Nguyên, Nghệ An, Quảng Nam, Quảng Ngãi, Thừa Thiên
Huế, Kon Tum, Đồng Tháp, Vĩnh Long, Kiên Giang) thuộc 3 miền tại Việt Nam
trong giai đoạn 2015-2018 gồm: A/H5N6 subclade 2.3.4.4a/b và A/H5N1 clade
2.3.2.1c.
- Đã xác định được đặc điểm phân tử gen, độc lực và khả năng gây bệnh của
virus cúm A/H5 biến chủng mới phân lập được;
- Đánh giá được khả năng bảo hộ dị chủng của vacxin Navet-vifluvac và Re-5
đối với virus cúm A/H5 biến chủng mới phân lập được.

3


1.5. Ý NGHĨA KHOA HỌC VÀ THỰC TIỄN CỦA ĐỀ TÀI
1.5.1. Ý nghĩa khoa học
- Hiểu biết hơn về sự lưu hành của virus CGC tại các địa phương nghiên cứu.
Làm cơ sở tham khảo cho nghiên cứu tiếp theo về sự biến đổi của virus CGC.
- Làm rõ hơn về một số đặc tính sinh học của virus CGC như: đặc điểm
phân tử gene, độc lực và khả năng gây bệnh trên gia cầm.
- Khuyến cáo lựa chọn vacxin phù hợp với virus A/H5 biến chủng mới
xuất hiện trên đàn gia cầm tại Việt Nam.
1.5.2. Ý nghĩa thực tiễn
- Xác định được sự lưu hành của virus CGC ở 11 tỉnh (Hà Nội, Phú Thọ,

Thái Nguyên, Nghệ An, Quảng Nam, Quảng Ngãi, Thừa Thiên Huế, Kon
Tum, Đồng Tháp, Vĩnh Long, Kiên Giang) thuộc 3 miền tại Việt Nam trong
giai đoạn 2015-2018 gồm: A/H5N6 subclade 2.3.4.4a/b phân bố ở miền Bắc và
miền Trung; A/H5N1 clade 2.3.2.1c chủ yếu ở miền Nam; chưa phát hiện virus
cúm A/H5N6 ở miền Nam.
- Xác định được đặc điểm sinh học của virus cúm A/H5 biến chủng mới
(H5N1 clade 2.3.2.1c, H5N6 subclade 2.3.4.4a và 2.3.4.4b), bao gồm: (1) là virus
thể độc lực cao; (2) mang đặc điểm khác biệt về trình tự gen so với các chủng
virus vacxin (Navet-vifluvac, Re-5) được phép hiện hành ở Việt Nam; (3) đặc
hiệu với receptor của gia cầm, gây triệu chứng lâm sàng và biến đổi bệnh tích
trên gia cầm mang đặc trưng của bệnh CGC.
- Đáp ứng miễn dịch dị chủng từ vacxin Navet-vifluvac và Re-5 với các
biến chủng (clade 2.3.2.1c; clade 2.3.4.4a; clade 2.3.4.4b): (1) không tạo ra trạng
thái miễn dịch vô trùng; (2) làm giảm bài thải virus cường độc; (3) bảo hộ về lâm
sàng hoàn toàn ở vịt, 50 – 80% ở gà.

4


PHẦN 2. TỔNG QUAN TÀI LIỆU
2.1. ĐẠI CƯƠNG VỀ BỆNH CÚM GIA CẦM
Bệnh cúm ở gia cầm AI (Avian Influenza) là bệnh truyền nhiễm gây ra bởi
virus cúm type A thuộc họ Orthomyxoviridae với nhiều subtype khác nhau (Ito &
cs., 1998). Trước đây, bệnh CGC còn được gọi là bệnh dịch hạch gà nhưng từ
Hội nghị Quốc tế lần thứ nhất về bệnh CGC tại Beltsville - Mỹ năm 1981, tên
bệnh đã được thay thế với tên gọi là bệnh CGC thể độc lực cao (Highly
Pathogenic Avian Inluenza - HPAI) để chỉ các virus cúm type A có độc lực
mạnh, lây lan nhanh, tỷ lệ tử vong cao (Trần Hữu Cổn & Bùi Quang Anh, 2004).
Bệnh CGC HPAI là bệnh truyền nhiễm nguy hiểm, có tốc độ lây lan rất
nhanh với tỉ lệ chết cao trong đàn gia cầm nhiễm bệnh. Virus gây bệnh CGC chủ

yếu là loại H5, H7 và H9, gây bệnh cho gà, vịt, ngan, ngỗng, đà điểu, các loại
chim. Virus còn gây bệnh cho cả người và có thể thành đại dịch, vì thế bệnh
CGC ngày càng trở nên nguy hiểm hơn bao giờ hết (Lê Văn Năm, 2004; Cục Thú
y, 2005).
Dịch CGC do virus cúm A subtype H5N1 HPAI xuất hiện ở vùng Quảng
Đông, Trung Quốc năm 1996 và lan ra hơn 60 nước trên thế giới ở châu Á,
châu Âu, châu Phi gây nhiều thiệt hại kinh tế do gia cầm bị chết hoặc tiêu hủy để
kiểm sốt dịch, được chứng minh là có khả năng lây nhiễm từ động vật sang
người. Bệnh CGC A/H5N1 lần đầu tiên xuất hiện tại Việt Nam vào cuối năm
2003, sau gần hai thập kỷ xuất hiện, virus CGC vẫn là tác nhân nguy hiểm với
đàn gia cầm, các ổ dịch vẫn thường xuyên bùng phát hàng năm gây thiệt hại rất
lớn cho ngành chăn nuôi gia cầm tại Việt Nam (Cục Thú y, 2017).
2.1.1. Lịch sử bệnh cúm gia cầm
Năm 412 trước công nguyên, Hippocrate đã mô tả về bệnh cúm. Năm 1680
một vụ đại dịch cúm đã được mơ tả kỹ và từ đó đến nay đã xảy ra 31 vụ đại dịch
được ghi nhận. Trong hơn 100 năm qua đã xảy ra 4 vụ đại dịch cúm vào các năm
1889, 1918, 1957, 1968 (Cục Thú y, 2004).
Năm 1878, ở Italy đã xảy ra một bệnh gây tử vong rất cao ở đàn gia cầm và
được gọi là bệnh dịch tả gia cầm (Fowl plague). Năm1901, Centanni và
Savunozzi đã đề cập đến ổ dịch này, xác định được căn nguyên siêu nhỏ qua lọc
(Filterable agent) là yếu tố gây bệnh. Đến năm 1955, Achafer đã xác định được

5


căn nguyên gây bệnh thuộc nhóm virus cúm type A thông qua kháng nguyên bề
mặt là H7N1 và H7N7 gây chết nhiều gà, gà tây và chim hoang ở Bắc Mỹ, Nam
Mỹ, châu Phi, Trung Cận Đông (Lê Văn Năm, 2004).
Từ sau khi phát hiện ra virus cúm type A, các nhà khoa học đã tăng cường
nghiên cứu thấy virus cúm cịn có ở nhiều lồi chim hoang dã, gia cầm nuôi ở

những vùng khác nhau trên thế giới. Bệnh dịch nghiêm trọng nhất xảy ra đối với
gia cầm là những chủng gây bệnh độc lực cao thuộc subtype H5 và H7, như ở
Scotland năm 1959 là virus cúm A/H5N1 (Franklin & Wecker, 1950).
Năm 1963, virus cúm type A được phân lập từ gà tây ở Bắc Mỹ do loài thuỷ
cầm di trú xâm nhập vào đàn gà. Những nghiên cứu về subtype H1N1 đều cho
rằng virus cúm type A đã có ở lợn và truyền lây cho gà tây. Ngồi ra, virus cúm
subtype H1N1 ở vịt cịn truyền cho lợn (Trần Hữu Cổn & Bùi Quang Anh, 2004;
Trương Văn Dung & Nguyễn Viết Không, 2004; Trương Văn Dung, 2008). Đến
nay, dịch CGC đã xảy ra ở khắp các châu lục với mức độ ngày càng nguy hiểm
hơn đối với các loài gia cầm và sức khoẻ của cộng đồng. Virus CGC liên tục biến
đổi theo thời gian tạo ra các chủng virus mới có sự thay đổi về tính kháng nguyên.
Ở Việt Nam, bệnh CGC do virus cúm A/H5N1 được phát hiện năm 2003
(Trương Văn Dung & Nguyễn Viết Không, 2004). Từ khi xuất hiện lần đầu tiên
tại Việt Nam năm 2003 cho đến năm 2005, bệnh CGC ở tất cả các tỉnh thành trên
cả nước được gây ra chủ yếu do biến chủng virus clade 1 (Wan & cs., 2008;
Nguyễn Tiến Dũng & cs., 2008), bên cạnh đó clade 2.3.2 cũng được phát hiện
năm 2005. Năm 2006, tình hình dịch CGC tạm lắng do các biện pháp làm giảm
nguồn bệnh được áp dụng như cấm ấp nở thủy cầm (lồi mang trùng virus CGC)
và tiêm phịng vacxin trên phạm vi cả nước cho gia cầm bằng vacxin Re-1 (clade
0). Từ năm 2007 đến giữa năm 2010, có sự khác biệt địa lý về lưu hành của các
biến chủng virus CGC, các clade 2.3.4 dịng Phúc Kiến (sau đó phân chia thành
các subclade 2.3.4.1, 2.3.4.2, 2.3.4.3) đã chiếm ưu thế ở các tỉnh phía Bắc, trong
khi đó, các clade 1 và subclade 1.1 (tiến hóa từ clade 1) lưu hành chủ yếu ở các
tỉnh phía Nam và sau đó tiếp tục tiến hóa thành clade 1.1.1 và 1.1.2 (Nguyễn
Tiến Dũng & cs., 2008; Nguyen & cs., 2012). Trong thời gian này, vacxin Re-1
và Re-5 (clade 2.3.4) nhập khẩu từ Trung Quốc đã được sử dụng, đồng thời một
vacxin trong nước dùng chủng NIBRG-14 (clade 1) được thử nghiệm.
Năm 2008, clade 7 được phát hiện trên gia cầm nhập lậu ở Lạng Sơn và một

6

số chợ ở Hà Nội. Năm 2010-2011, nhiều biến chủng mới đã nổi lên, clade 2.3.2.1
(xuất hiện cuối 2009) trở nên phổ biến vào cuối năm 2010 và tiến hóa thành các
clade 2.3.2.1a,b (Nguyen & cs., 2012) lưu hành ở các tỉnh phía Bắc, các clade
1.1.1 và 1.1.2 tiếp tục lưu hành ở các tỉnh phía Nam. Giữa năm 2012 clade
2.3.2.1c xuất hiện ở miền Bắc, sau đó nhanh chóng lây lan vào miền Trung và
miền Nam Việt Nam, các clade 2.3.2.1a,b dần biến mất. Năm 2013, chỉ còn clade
2.3.2.1c lưu hành trên cả nước và clade 1.1.2 vẫn khu trú ở các tỉnh phía Nam.
Đầu năm 2014, các clade 2.3.2.1c và 1.1.2 vẫn là những clade chính gây bệnh
CGC ở Việt Nam, tuy nhiên sau tháng 2 năm 2014, clade 1.1.2 khơng cịn được
phát hiện. Năm 2014, dịch cúm do virus subclade 2.3.4.4 bắt đầu xuất hiện ở
Lạng Sơn vào tháng 4 năm 2014, sau đó lan ra một số tỉnh miền Bắc như Lào Cai
(8/2014), Phú Thọ (9/2014). Virus đã nhanh chóng phát hiện ở một số tỉnh miền
Trung như Hà Tĩnh (6/2014), Quảng Ngãi (8/2014), Quảng Trị (8/2014) (Nguyễn
Đăng Thọ & cs., 2016) (bảng 2.1).
Bảng 2.1. Sự xuất hiện của virus cúm A/H5 biến chủng mới ở Việt Nam
giai đoạn 2003-2014
Năm
Miền Bắc
2003
Clade 1, 5
2004
Clade 1, 2.3.2
2005-2006 Clade 1, 2.3.2
Clade 2.3.4.2, 2.3.4.3,
2007
2.3.4
2008
Clade 2.3.4.2, 2.3.4.3, 7

Clade 1.1b, 2.3.4.1,
2009
2.3.4.2
Clade 2.3.2.1a, 2.3.4.1,
2010
1.1
Clade 2.3.2.1a/b, 1.1.2
2011
2012
2013
2014

Clade 2.3.2.1a/b/c
Clade 2.3.2.1a/b/c
Clade 2.3.4.4

Miền Trung

Miền Nam

Clade 1
Clade 1, 2.3.2
Clade 2.3.4.3

Clade 1
Clade 1, 2.3.2
Clade 1, 2.3.4

Clade 2.3.4.3
Clade 1.1b

Clade 1.1b, 2.3.4.2
Clade 2.3.4.1, 1.1a

Clade
2.3.2.1a/b,
2.3.4.1, 1.1.1
Clade
2.3.2.1a/b,
2.3.4.1, 1.1.1
Clade
2.3.2.1a/b,
2.3.4.1, 1.1.2
Clade 2.3.2.1a/c, 1.1.2
Clade 2.3.4.4,
2.3.2.1c

Clade 1.1.1, 1.1.2
Clade 1.1.1, 1.1.2
Clade 1.1.1, 1.1.2,
2.3.2.1c

Nguồn: Cục Thú y (2014)

7


Năm 2015-2016, virus cúm A/H5N6 subclade 2.3.4.4a và 2.3.4.4b tiếp tục
được phát hiện ở các tỉnh phía Bắc và miền Trung, virus A/H5N1 clade 2.3.2.1c
vẫn được phân lập và phát hiện ở các tỉnh phía Nam (Cục Thú y, 2016).

2.1.2. Tình hình dịch bệnh cúm A/H5N1 trên thế giới
Chủng virus cúm A/H5N1 được phát hiện lần đầu tiên gây bệnh dịch trên
gà tại Scotland vào năm 1959 và có thể là biến chủng H5N1 đầu tiên trên thế giới
(Wu & cs., 2008). Từ đó đến nay, cấu trúc thành phần gen và kháng nguyên miễn
dịch của H5 và N1 đã có nhiều thay đổi. Sau gần 40 năm khơng phát hiện, cúm
A/H5N1 xuất hiện tại Quảng Đông năm 1996, Hồng Kông năm 1997 với những
biến đổi sâu sắc gây chết trên cả gia cầm và người bệnh. Toàn bộ đàn gia cầm
của lãnh thổ này đã bị tiêu diệt vì đã gây tử vong cho con người. Như vậy, đây là
lần đầu tiên virus CGC đã vượt “rào cản về lồi” để lây cho người ở Hồng Kơng
làm cho 18 người nhiễm bệnh, trong đó có 6 người chết (Nguyễn Hoài Tao &
Nguyễn Tuấn Anh, 2004).
Cuối năm 2003 đầu năm 2004, đã có 11 quốc gia ở châu Á đã thông báo
bùng phát dịch CGC thể độc lực cao ở gà và vịt. Sự lây lan nhanh chóng dịch
CGC xảy ra đồng thời ở một số nước đã trở thành mối quan tâm lớn trên tồn cầu
(Tơ Long Thành, 2004). Virus cúm A/H5N1 giai đoạn 2003-2008 về cấu trúc
không thay đổi, nhưng tính gây bệnh, lồi vật chủ nhiễm bệnh, tính kháng
nguyên - miễn dịch và mức độ truyền lây có nhiều nét đặc trưng hơn và khác với
nhiều biến chủng H5N1 trước đây (Subbarao & Luke, 2007; Zhao & cs., 2008).
Từ đầu năm 1997 đến tháng 5 năm 2005, virus cúm A/H5N1 chỉ giới hạn ở vùng
Đông Nam Á (Chen & cs., 2006). Từ cuối 2005, cúm A/H5N1 sau khi lây nhiễm
cho chim hoang dã ở vùng hồ Thanh Hải của Trung Quốc bắt đầu lan sang phía
Tây và một số nước vùng Trung Á, Đông Âu và xâm nhập vào các nước vùng
Tiểu Á, bao gồm: Thổ Nhĩ Kỳ, các nước Bắc – Trung Phi, đặc biệt Ai Cập và
Nigieria là các nước chịu thiệt hại nhất (Salzberg & cs., 2007).
Từ cuối năm 2003 đến 2012, dịch CGC A/H5N1 bùng phát tại nhiều nước
châu Á, trong đó có Việt Nam, lây lan nhanh chóng và liên tục bùng phát hàng
năm tại nhiều nước trên thế giới. Tính đến tháng 4 năm 2012 đã có tổng cộng 55
nước, vùng lãnh thổ bùng phát dịch cúm làm 250 triệu gia cầm chết hoặc bị tiêu
hủy bắt buộc (WHO, 2008).
Theo thống kê, số người nhiễm CGC H5N1 của các nước báo cáo với Tổ

8


chức Y tế thế giới (WHO) từ tháng 12/2003 đến 01/2014, đã có tới 650 trường
hợp mắc cúm H5N1 HPAI, trong số đó 386 trường hợp đã tử vong chiếm tới
59%. Indonesia, Việt Nam và Ai Cập là 3 nước có số người nhiễm và tử vong do
virus cúm H5N1 cao nhất trên thế giới. Tổ chức Y tế Thế giới xác định các quốc
gia trên là “điểm nóng” có thể xảy ra dịch cúm mới ở người trong tương lai do
virus cúm H5N1 ở đây có được các điều kiện thuận lợi để tiến hố thích nghi và
lây nhiễm trên người (WHO, 2018).
Dịch CGC do virus cúm A/H5N1 gây ra trên gia cầm đã ảnh hưởng rất lớn
đến đời sống kinh tế xã hội của nhiều nước trên thế giới, đặc biệt là một số nước
châu Á, trong đó có Việt Nam. Tại những nước này, chăn ni gia cầm vẫn chủ
yếu là mơ hình chăn ni gia đình, nhỏ lẻ và phân tán. Điều đó làm cho việc khống
chế và thanh tốn bệnh gặp rất nhiều khó khăn (Tô Long Thành & cs., 2005).
Các nghiên cứu về bệnh CGC đã được công bố như: sự xuất hiện bệnh
CGC HPAI ở Trung Quốc vào năm 1992 (Subbarao & cs., 2003; Chen & cs.,
2006) và ở các nước châu Á từ năm 1997 (Chen & cs., 2007). Các tác giả Việt
Nam cũng đã có những đóng góp về nghiên cứu bệnh CGC trên gà và thủy cầm
(Nguyễn Thị Bích Nga & Lê Thanh Hịa, 2012).
Người có thể nhiễm bệnh từ gia cầm nhiễm virus CGC và có thể dẫn tới tử
vong nếu không được can thiệp kịp thời (Chen & cs., 2006). Từ tháng 12/2003
đến tháng 3/2004, bệnh CGC đã liên tiếp xảy ra với quy mô lớn ở 11 quốc gia và
vùng lãnh thổ châu Á: Việt Nam, Thái Lan, Lào, Campuchia, Nhật Bản, Hàn
Quốc, Indonesia, Pakistan, Trung Quốc, Đài Loan và Hồng Kơng. Sự lây lan
nhanh chóng dịch CGC xảy ra đồng thời ở một số nước đã trở thành mối quan
tâm lớn trên toàn cầu. Các chủng virus CGC HPAI đã được phân lập và định
type ở Đài Loan là chủng H5N1, H5N2 (Bùi Quang Anh, 2005; Cục Thú y,
2004; Nguyễn Tiến Dũng & cs., 2004; Phạm Sỹ Lăng, 2004; Tơ Long Thành,

2004). Từ đó đến nay, hàng năm dịch đều xảy ra tại nhiều nước trên thế giới với
nhiều chủng virus khác nhau. Tính đến hết năm 2017, dịch CGC đã xảy ra tại
46 quốc gia và vùng lãnh thổ tại tất cả các châu lục trong đó chủ yếu tại các
quốc gia châu Á. Tình hình dịch CGC trên thế giới giai đoạn 2004 - 2017 được
nêu trên bảng 2.2.

9