Tăng cường năng lực giám sát và khống chế bệnh lở mồm long móng (LMLM) trên trâu bò và heo để góp phần tăng cường an toàn sinh học cho quốc gia - Milestone 3
Bạn đang xem bản rút gọn của tài liệu. Xem và tải ngay bản đầy đủ của tài liệu tại đây (480 KB, 27 trang )
Ministry of Agriculture & Rural Development
Báo cáo kỹ thuật
Dự Án CARD 072/04 VIE
“ Tăng cường năng lực giám sát và khống chế bệnh
lở mồm long móng (LMLM) trên trâu bò và heo để
góp phần tăng cường an toàn sinh học cho quốc
gia”
Milestone 3
Hoạt động và hiệu quả của phòng thí nghiệm tham
chiếu quốc gia và các phòng thí nghiệm cấp Vùng
By
Chris Morrissy
3
Mục lục
1. Thông tin về đơn vị _____________________________________________ 3
2. lược dự án_____________________________________________________ 4
3. Báo cáo tóm tắt_________________________________________________ 4
4. Giới thiệu và bối cảnh ___________________________________________ 5
5. Hoạt động và hiệu quả của phòng thí nghiệm tham chiếu quốc gia và phòng thí
nghiệm cấp vùng. __________________________________________________ 6
5.1 Những điểm đánh chú ý ______________________________________ 6
5.2 Xây dựng năng lực __________________________________________ 8
5.3 Quảng bá __________________________________________________ 8
6. Kết luận _______________________________________________________ 9
7. Phụ lục_______________________________________________10
7.1 Phụ lục 1: Phiếu quản lý xét nghiệm, phiếu kết quả, mẫu lưu trữ kết quả đối
chứng nội thí dụ LMLM 3ABC ELISa__________________ 10
7.2 Phụ lục 2:Kết quả định serotype LMLM của Việt Nam 2005-2009_____ 14
7.3 Phụ lục 3 :Kết quả giải mã gen từ 2005-2009 của dự án ____ 15
7.4 Phụ lục 4:Kết quả giám sát huyết thanh ______________________ 24
4
1. Thông tin về các đơn vị
Tên dự án :
CARD 072/04 VIE
Đơn vị Việt Nam
Trung Tâm Thú Y Vùng TP. Hồ Chí Minh (
nay là Cơ Quan Thú Y Vùng VI )
Giám đốc dự án phía Việt Nam
Bs. Đồng Mạnh Hòa
Đơn vị Úc
A
ustralian Animal Health Laboratory
(AAHL), PMB 24, Geelong, 3213,
Australia
Nhân sự Úc
Mr Chris Morrissy
Ngày bắt đầu
01/06/2005
Ngày kết thúc ( theo dự kiến ban
đầu)
01/06/2008
Ngày kết thúc ( đã thay đổi)
Chu kỳ báo cáo
Cán bộ liên lạc
Ở Úc: Cố vấn trưởng
Tên:
Mr Chris Morrissy
Telephone:
+61 3 5227 5000
Chức vụ
Diagnostic Virologist
Supervisor Mammalian Virology
Fax:
+61 3 5227 5555
Tổ chức
Australian Animal Health
Laboratory (AAHL), PMB 24,
Geelong, 3213,
Australia
Email:
Ở Úc: Đầu mối liên hệ hành chính
Tên :
Mr Chris Morrissy
Telephone:
+61 3 5227 5000
Chức vụ :
Patents Contracts Officer
Fax:
+61 3 5227 5555
Tổ chức
Australian Animal Health
Laboratory (AAHL), PMB 24,
Geelong, 3213,
Australia
Email:
5
Ở Việt Nam
Tên :
Bs. Đồng Mạnh Hòa
Telephone:
+ 84 8 8568220
Chức vụ :
Giám đốc
Fax:
+ 84 8 38569050
Tổ chức
Trung Tâm Thú Y Vùng TP. Hồ
Chí Minh ( nay là Cơ Quan Thú Y
Vùng VI )
Email:
6
2. Trích lược dự án
Sự tăng cường năng lực chẩn đoán cho phép xác định và định danh sớm virus LMLM giúp
cho công tác khống chế dịch bệnh tốt hơn, làm giảm thiệt hại chăn nuôi và sản xuất.
Mục đích của dự án là tăng cường gấp đôi khả năng giám sát và chẩn đoán bệnh lớ mồm
long móng (LMLM) ( và những bệnh khác) ở cấp độ trong phòng thí nghiệm và ngoài hiện
trường, điều tra sự lưu hành các type virus LMLM ở Việt Nam và vì sao việc sử dụng
vaccin thất bại.
Các phòng thí nghiệm cấp vùng đã được xây dựng với các nguyên vật liệu và phương
pháp sẳn sàng để xác định các virus LMLM và thực hiện các xét nghiệm huyết thanh học.
Chiến lược khống chế LMLM trên cơ sở nắm bắt dịch tễ được cải thiện qua các lớp tập
huấn cán bộ của phòng thí nghiệm và thú y cơ sở.
Dự án làm nổi bật tầm quan trọng phải có một hệ thống các phòng thí nghiệm để xác định
điều gì đang xảy ở hiện trường và làm cách nào để ngăn chặn, kiểm soát các ổ dịch
Những khu vực thí điểm được xây dựng ở các tỉnh có biên giới của Việt Nam với các nước
để nghiên cứu serotype của virus thực địa và để xác định nguồn gốc của chúng.
Số lượng và chất lượng mẫu ngày càng được cải thiện, cung cấp nhiều dữ liệu hơn về
tình hình lưu hành bệnh LMLM ở Việt Nam. Các nghiên cứu phân lập virus và sinh học
phân tử được tiến hành trên các mẫu thu thập từ hiện trường và các nghiên cứu dịch tễ
học phân tử trên các mẫu virus phân lập được từ các tỉnh đã đưa ra một cái nhìn sâu hơn
về hiệu quả kiểm soát và sự lưu hành virus LMLM ở vùng biên giới. Sự tăng cường năng
lực chẩn đoán cho phép phát hiện và xác định sớm bệnh LMLM giúp cho công tác khống
chế dịch bệnh tốt hơn, làm giảm thiệt hại chăn nuôi và nhờ đó tăng năng xuất sản xuất.
3. Báo cáo tóm tắt
Trong suốt quá trình thực hiện dự án, các hoạt động ngoài hiện trường và trong phòng thí
nghiệm ngày càng được cải thiện tốt hơn. Chất lượng của xét nghiệm chẩn đoán và dữ
Trong suốt dự án, các chuyên viên từ AAHL đã làm việc với 4 phòng thí nghiệm chẩn
đoán – Cơ Quan Thú y vùng VI ( Tp. Hồ Chí Minh) , Trung tâm Chẩn đoán Thú y Trung
ương (Hà Nội) , Cơ Quan Thú y vùng VII (Cần Thơ) và Cơ Quan Thú y vùng IV (Đà
Nẵng) nhằm tăng cường năng lực chẩn đoán LMLM và theo dõi tiến trình dự án. Phòng
thí nghiệm của Cơ Quan Thú y vùng VI và Trung tâm Chẩn đoán Thú y Trung ương được
thiết lập các kỹ thuật chẩn đoán bệnh LMLM bao gồm phân lập virus, trung hoà virus,
ELISA, PCR và kỹ thuật giải mã gen.
Dự án cũng hợp tác với phòng nghiên cứu NAVETCO để thiết lập năng lực chẩn đoán
huyết thanh học bệnh LMLM bằng kỹ thuật ELISA. Hiện nay, Cơ quan Thú y vùng VI đã
7
thiết lập được các kỹ thuật này và cùng Trung tâm Chẩn đoán Thú y Trung ương ứng
dụng kỹ thuật mới để chẩn đoán các bệnh khác tại Việt Nam. Ví dụ: Cơ quan Thú y vùng
VI đã phân lập virus đậu dê, PRRS và CSF; Trung tâm Chẩn đoán Thú y Trung ương
dùng kỹ thuật phân lập virus để phát hiện một chủng mới của virus PRRS tại Việt Nam.
Phòng thí nghiệm tại Cần Thơ và Đà Nẵng có năng lực chẩn đoán định serotype và xét
nghiệm huyết thanh học sau tiêm phòng LMLM bằng kỹ thuật LP-ELISA.
Thêm vào đó, Cơ quan Thú y vùng VI đã được đào tạo kỹ thuật sản xuất kháng nguyên
và đã sản xuất được kháng nguyên từ virus LMLM phân lập được tại Việt Nam để dùng
trong các phản ứng ELISA để chẩn đoán bệnh LMLM. Sự phát triển các kỹ thuật như thế
cũng cho thấy Cơ quan thú Y Vùng VI có khả năng khắc phục các khó khăn của các kỹ
thuật ELISA và giải quyết được những khó khăn trong nuôi cấy virus LMLM. Nhân viên
của Cơ Quan Thú y vùng VI và Trung tâm chẩn đoán Thú y Trung ương đã được tập
huấn theo kế hoạch mỗi năm của dự án và theo các dự án hợp tác khác tại AAHL.
Đối với các hoạt động hiện trường, số lượng và chất lượng mẫu giám sát và định type gởi
đến phòng thí nghiệm đã có sự cải thiện rõ rệt về. Điều này giúp cho Cục Thú y hiểu rỏ
hơn sự lưu hành của các serotype LMLM tại Việt Nam và tự tin để tổ chức các đợt giám
sát huyết thanh trên diện rộng. Số lượng dữ liệu thu thập được qua mỗi giai đoạn của dự
án cũng được cải thiện đáng kể. Hiện nay Cơ quan Thú y vùng VI đã có phòng dịch tễ và
dự án này đang giúp các nhân viên phát triển các kỹ năng dịch tễ áp dụng trong giám sát
huyết thanh, kiểm soát ổ dịch và điều tra tìm nguyên nhân thất bại của việc chủng ngừa.
Kết quả giám sát huyết thanh của dự án đã được xem xét và đưa ra một chỉ báo cho thấy
sự thành công của công tác tiêm phòng và tỷ lệ nhiễm LMLM. Dữ liệu này được trình bày
tại các cuộc họp của OIE/SEA FMD thuộc vùng Đông Nam Á và Cục Thú y
Dự án cũng được mời đến nhiều cuộc họp của vùng để trình bày các dữ liệu về kiểm
soát LMLM ở Việt Nam. Với kết quả nêu trên, Việt Nam trở thành một ví dụ cho các quốc
gia khác trong khu vực trong việc chỉ ra các loại thông tin có thể được thu thập trong quá
trình giám sát huyết thanh và điều tra ổ dịch. Các hoạt động kết hợp với dự án xây dựng
năng lực của AusAID giúp cả 2 dự án đều đạt được mục tiêu như kết hợp huấn luyện kỹ
thuật PCR và giải mã gen virus LMLM song song cùng với giải mã gene virus cúm gia
cầm, PRRS và dịch tả heo phân lập được từ Việt Nam
Dịch cúm gia cầm và PRRS tác động mạnh đến các hoạt động phòng thí nghiệm cũng
như các hoạt động hiện trường của dự án này và làm công việc của đội ngũ nhân viên
của Cục Thú Y bị quá tải.
8
4. Giới thiệu và bối cảnh
Mục tiêu của dự án
1. Thiết lập mạng lưới phòng thí nghiệm để chẩn đoán và kiểm soát bệnh LMLM
thông qua việc đào tạo nhân viên về các phương pháp xét nghiệm theo quy định và
quản lý chất lượng.
2. Cung cấp số liệu chính xác để lý giải được sự thất bại của vaccin trong chương
trình khống chế LMLM và đề xuất chiến lược sử dụng vaccin mới có hiệu quả.
Khi hoàn thành những mục tiêu này sẽ không chỉ nâng cao được năng lực chẩn đoán
của các phòng thí nghiệm thú y ở Việt nam mà còn giúp huấn luyện về công tác điều
tra khống chế bệnh cho cán bộ thú y của Cục thú y. Do đó sẽ tăng cường năng lực
cho ngành thú y , cơ quan có vai trò quan trọng , giúp cho Việt Nam tăng khả năng
cạnh tranh trong quá trình hội nhập kinh tế . Cải thiện sức khỏe vật nuôi sẽ làm phát
triển sản xuất ở vùng nông thôn nhờ tăng sản phẩm chăn nuôi và gián tiếp tăng sản
lượng cây trồng. Vật nuôi khỏe mạnh sẽ giúp người chăn nuôi nhỏ tăng khả năng
cạnh tranh tại thị trường nội địa. Việc khống chế LMLM và các bệnh khác sẽ tạo điều
kiện cho những hộ nghèo có thu nhập ổn định, giảm sự tác động bất lợi từ tự nhiên
và kinh tế. Việc thiết lập một hệ thống chẩn đoán trải dài từ Bắc tới Nam Việt nam, từ
phòng thí nghiệm đến trại chăn nuôi được củng cố qua sự huấn luyện và đào tạo
thường xuyên về cơ bản sẽ giúp Việt Nam thiết lập được mô hình về kiểm soát dịch
bệnh. Điều này sẽ trực tiếp làm tăng khả năng cạnh tranh, sản xuất chăn nuôi trong
hệ thống ngành Nông nghiệp của Việt Nam tập trung chủ yếu ở những vùng trọng
điểm thuộc đồng bằng sông Cửu long và duyên hải miền Trung.
Mục tiêu cụ thể cho các phòng thí nghiệm
• Tài liệu đào tạo cho phòng thí nghiệm bao gồm nhiều kỹ thuật chẩn đoán.
• Thiết lập các kỹ thuật xét nghiệm tại Cơ quan thú y vùng VI ( TP. Hồ Chí Minh )
và Trung tâm chẩn đoán thú y trung ương ( Hà Nội) giúp các phòng thí nghiệm
này hoạt động như phòng thí nghiệm tham chiếu cấp quốc gia.
• Thiết lập các kỹ thuật ELISA tại Cơ quan thú y vùng IV ( Đà Nẳng), Cơ quan
thú y vùng VII ( Cần Thơ) và phòng thí nghiệm của NAVETCO giúp các phòng
thí nghiệm này hoạt động như phòng thí nghiệm cấp vùng.
• Các quy trình hướng dẫn gửi mẫu, quản lý mẫu và phản hối kết quả xét
nghiệm.
9
• Xây dựng và kiểm tra hồ sơ quản lý chất lượng . Xem xét hồ sơ quản lý các
kết quả đối chứng nội của các xét nghiệm của từng phòng thí nghiệm.
Hướng thực hiện và chiến lược
Phương thức chuyển giao kỹ thuật được thiết lập tại AAHL rất thành công khi áp dụng
cho các dự án trước đây ở Vietnam, Thailand và Indonesia
Phương pháp tiếp cận của dự án được coi là thích hợp nhất cho việc phát triển sự
hiểu biết về dịch tễ học của LMLM ở Vietnam.
Các nghiên cứu thực địa và giám sát huyết thanh học đã được thiết kế, lên kế hoạch
cùng với Cục thú y để có được những thông tin cần thiết và chính xác nhất thể hiện
được tình hình LMLM ở Viet Nam và hiệu quả của vaccin LMLM . Các kỹ thuật chẩn
đoán sẽ được sử dụng trong dự án này là những xét nghịêm tiêu chuẩn đã và đang
được sử dụng rộng rãi trên thế giới khi nghiên cứu LMLM cũng như theo hướng dẫn
của Tổ chức thú y thế giới OIE.
Các chuyên viên AAHL có nhiều kinh nghiệm điều tra thực địa để xác định tỷ lệ lưu
hành kháng thể như trong các dự án ACIAR ở Laos và Thailand về LMLM.
Philippines là một ví dụ khác, nơi mà các xét nghiệm chẩn đoán tiêu chuẩn theo OIE
đã sử dụng để khống chế và loại trừ bệnh LMLM.
5. Hoạt động và hiệu quả của các phòng thí nghiệm tham chiếu cấp quốc gia và các
phòng thí nghiệm cấp vùng
5.1 Những điểm đáng chú ý
Các thành tựu chính của dự án
• Các kỹ thuật chẩn đoán sau đây được thiết lập tại các phòng thí nghiệm tham gia dự
án:
Cơ quan Thú Y Vùng VI và Trung Tâm Chẩn Đoán Thú Y Trung Ương đã
thiết lập các kỹ thuật nuôi cấy tế bào, phân lập virus, trung hòa virus, xác định
kháng thể và kháng nguyên bằng ELISA, PCR và giải mã gene.
Cơ quan thú y vùng IV và vùng VII có khả năng chẩn đoán định serotype
bằng kỹ thuật ELISA (phát hiện kháng nguyên) để xác định các ổ dịch và
giám sát kháng thể bệnh LMLM để giám sát huyết thanh sau tiêm phòng
bằng các phản ứng ELISA.
10
• Hệ thống chất lượng được áp dụng ở mỗi phòng thí nghiệm trong chẩn đoán FMD
bao gồm các phương pháp được tiêu chuẩn hóa, xây dựng hệ thống đối chứng nội
và lưu giữ các dữ liệu xet nghiệm tốt hơn
Tiêu chuẩn hóa các phương pháp xét nghiệm đối với các phương pháp
ELISA, nuôi cấy tế bào, PCR, giải mã gene và thu thập dữ liệu (ví dụ: các
phương pháp ELISA được đính kèm trong email gởi cùng báo cáo này.)
Các phiếu quản lý xét nghiệm, bảng kết quả và các báo cáo hệ thống đối
chứng được lưu giữ theo mẫu ( thí dụ mẫu ELISA phụ lục 1)
• Đã tăng cường sự cộng tác giữa các phòng thí nghiệm ngày càng tốt hơn từ khi dự
án bắt đầu
• Cải thiện chất lượng và số lượng mẫu gửi đến phòng thí nghiệm để định type
LMLM ( tổng kết kết quả định serotype ở phụ lục 2). Điều này giúp cho Cục Thú Y
hiểu rõ hơn về sự lưu hành của các serotype virus LMLM ở Việt Nam. Chất lượng
mẫu thu thập được cải thiện giúp phân lập được virus từ các mẫu hiện trường, điều
này chưa được thực hiện tốt trước khi có dự án, nhờ đó việc giải mã gene của virus
LMLM đã phân lập được thực hiện tốt hơn.
• Giải mã gene, phân loại kiểu gene và phân tích gần 100 mẫu virus FMD được phân
lập tại Việt Nam từ năm 2006 cho đến nay. Sự giải mã và phân tích kiểu gene được
thực hiện tại AAHL bởi các nhà khoa học AAHL và Cơ quan Thú y vùng VI. Dữ liệu
về các mã gene được gửi đến phòng thí nghiệm tham chiếu về LMLM của thế giới
để chứng thực và so sánh với các virus LMLM khác được phân lập. Thông tin này
được chia sẽ với chương trình khống chế LMLM của vùng Đông Nam Á (SEAFMD)
nhằm hỗ trợ dự án cấp vùng kiểm soát LMLM.
• Giải mã gene/ định kiểu gene 2006/2008
Serotype O: 3 topotype
Cathay (33%), ME-SA (PanAsia) (6%) & SEA (Myanmar 98) (41%)
Heo: chủ yếu là Cathay & SEA
Trâu bò: chủ yếu là SEA
Serotype A: Thailand/Malaysia 97
Vaccine LMLM Serotype A đã dùng cần được chuyển từ từ A 22 sang A Malaysia
97 (kể cả kháng nguyên cho xét nghiệm huyết thanh học)
Serotype Asia 1: Jiangsu-China-2005 (được phân lập từ miền Bắc và miền Trung)
và Myanmar (được phân lập từ miền Trung)
Đã khẳng định có 2 nguồn gốc virus LMLM serotype Asia 1 tồn tại ở Việt Nam
11
• Các phân tích trình tự gene virus LMLM phân lập từ Việt Nam đã được dùng để so
sánh với trình tự gene virus LMLM khắp thế giới và được trình bày ở bảng phụ lục 3
• Chất lượng và số lượng mẫu huyết gởi đến phòng thí nghiệm để làm phản ứng
huyết thanh học bằng ELISA được cải thiện giúp cục Thú Y có hiểu biết rõ hơn nguy
cơ của đàn gia súc với LMLM và tình hình tiêm chủng vaccine ở Việt Nam.
Giám sát huyết thanh: thực hiện hai lần một năm trong đó lấy mẫu lần đầu
trước khi tiêm chủng và lần thứ hai là sau khi tiêm chủng
Dữ liệu từ giám sát huyết thanh cho thấy tỷ lệ tiêm phòng và số lượng gia
súc có nguy cơ bị nhiễm LMLM (Ví dụ: bảng tóm tắt ví dụ được đính kèm
theo e-mail)
Có thể đưa ra những khuyến cáo nhằm cải thiện tinh hình giám sát huyết
thanh
• Một số mẫu huyết thanh được xét nghiệm lại nhằm so sánh hiệu giá kháng thể của
các mẫu từ các tỉnh để cho phép xác định bằng huyết thanh học các serotype đang
lưu hành. Các kết quả khẳng định rằng sự xét nghiệm kết hợp giửa phát hiện kháng
thể kháng kháng nguyên không cấu trúc 3ABC bằng 3ABC-ELISA và chuẩn độ
kháng thể kháng kháng nguyên cấu trúc bằng LP-ELISA có thể được dùng để xác
định serotype LMLM đang lưu hành ngoai hiện trường. (xem bảng phụ lục 4)
• Trong suốt dự án, các chuyên gia AAHL đã thăm các phòng thí nghiệm để
Thiết lập các kỹ thuật ELISA chẩn đoán bệnh LMLM và chuẩn hóa các kỹ
thuật này.
Đánh giá kháng nguyên do Cơ quan thú Y vùng VI sản xuất từ mẫu virus
phân lập được tại Việt Nam để sử dụng cho phản ứng ELISA. Việc sản xuất
kháng nguyên LMLM cho ELISA giúp cho các phòng thí nghiệm chủ động
hơn và bắt đầu cho thấy có khả năng tự sản xuất các nguyện liệu phục
chẩn đoán.
Thiết lập và xem xét lại kỹ thuật nuôi tế bào và phân lập virus LMLM từ hiện
trường. Nuôi tế bào là kỹ thuật quan trọng dùng để phân lập và nuôi cấy virus
LMLM giúp thực hiện những phân tích sâu hơn các virus này bằng kỹ thuật
PCR và giải mã gene. Kỹ thuật nuôi tế bào cũng được ứng dụng để thực hiện
phản ứng huyết thanh như trung hòa virus và để phân lập các virus gây bệnh
khác như đậu dê cừu, dịch tả heo, PRRS.
Xem xét lại các kỹ thuật phân tử và thiết lập trình tự các bước thực hiện để
xử lý mẫu và kiểm tra để đảm bảo chất lượng kết quả phản ứng
Đánh giá hồ sơ đảm bảo chất lượng và thu thập dữ liệu để chắc rằng các kết
quả được lưu trữ và các kết quả được hiểu đúng.
12
Đưa ra các khuyến cáo về việc thu thập thông tin hiện trường và xây dựng
mẫu thu thập thông tin.
Phân tích kết quả hiện trường và phòng thí nghiệm cung cấp để thông tin đầu
vào cho dịch tễ
Cung cấp thêm các vật tư và nguyên liệu để xét nghiệm bệnh LMLM bằng kỹ
thuật ELISA, phân tử và tế bào.
Huấn luyện về kỹ thuật an toàn sinh học và trợ giúp các nhân viên thực hiện.
Đánh giá quy trình đảm bảo chất lượng và cung cấp thông tin đầu vào cho sổ
tay quản lý chất lượng
Đánh giá tính chính xác của các xét nghiệm bằng các mẫu thẩm định năng
lực ( đánh giá sự thành thục ) . Các mẫu cung cấp cho phòng thí nghiệm đã
cho kết quả chính xác. .
5.2 Xây dựng năng lực
Dự án đã hỗ trợ về tập huấn và chuyển giao kỹ thuật chẩn đoán bệnh LMLM cho từng
phòng thí nghiệm (PTN) nằm trong chương trình. Các nguyên vật liệu và các phương
pháp tiêu chuẩn đã được cung cấp để cho từng PTN có được năng lực chẩn đoán bệnh
LMLM. Các PTN hiện nay đang áp dụng thường quy kỹ thuật ELISA để phát hiện kháng
thể và định serotype ( phát hiện kháng nguyên) bệnh LMLM, Cơ Quan Thú y Vùng VI và
Trung Tâm Chẩn Đoán Thú y trung Ương đã áp dụng được các kỹ thuật phân lập virus,
nuôi cấy tế bào, trung hòa huyết thanh , sinh học phân tử và kỹ thuật giải mã gen.
Tập huấn và đào tạo cho thú y địa phương cách lấy mẫu và thu thập dữ liệu giúp tăng
chất lượng và số lượng mẫu thu thập gởi về phòng thí nghiệm. Những kỹ năng nảy sẽ rất
hữu ích cho chương trình kiểm soát LMLM quốc gia.
5.3 Quảng bá
Dự án CARD AusAID đã được quảng bá Việt Nam, Úc và quốc tế qua các chương trình
tập huấn và giúp hiểu được tình hình LMLM ở Việt Nam. LMLM là một bệnh quan trọng ở
Việt Nam và khu vực , điều này cho thấy dự án đi đúng hướng. Dự án đã được quảng bá
bằng đưa thông tin trên các báo ớ Úc, trang báo diện tử của chương trình SEAFMD và
trên internet.
Các kết quả của dự án cũng được trình bày tại:
o Cuộc họp OIE/SEAFMD (Ví dụ: file được đính kèm theo email)
o EU FMD 2008 (Ví dụ: file được đính kèm theo email)
o WAVLD 2007, 2009
o Cuộc họp vùng của nhóm công tác Thượng lưu và Hạ lưu sông Mê-Kông.
13
Với năng lực phòng thí nghiệm và dịch tễ hiện nay của các phòng thí nghiệm hợp tác, đặc
biệt là Cơ Quan Thú y Vùng VI , có khả năng thực hiện một nghiên cứu nhỏ hơn, tập
trung tim hiểu về việc thất bại trong chủng ngừa. Nghiên cứu này tốt nhất là thực hiện
giới hạn ở một số ít tỉnh phía nam Việt Nam với mục tiêu nghiên cứu cụ thể là điều tra
hiệu quả của việc chủng ngừa.
Các phòng thí nghiệm hợp tác hiện nay đang áp dụng được nhiều kỹ thuật chẩn đoán
bệnh LMLM một cách bền vững và có khả năng chuyễn giao kỹ thuật cho các phòng thí
nghiệm khác
6. Kết luận
Dự án đã đạt được mục tiêu bằng cách giúp đỡ để nâng cao năng lực chẩn đoán bệnh
nói chung và bệnh LMLM của mạng lưới các phòng thí nghiệm thú y. Phòng thí nghiệm
thuộc ơ Quan Thú y Vùng VI và Trung Tâm Chẩn Đoán Thú y trung Ương đã và đang
tiếp tục hỗ trợ và đào tạo cho các phòng thí nghiệm khác trong mạng lưới.
Dự án cũng cho thấy sự cần thiết phải tiếp tục huấn luyện cho thú y cơ sở các phương
pháp thu thập thông tin và cách để lấy được thông tin chính xác từ người chăn nuôi. Nhân
viên của Cơ Quan Thú y Vùng VI sẽ tiếp tục làm việc trực tiếp với thú y cơ sở để đảm
bảo tính chính xác của các thông tin thu thập được cho các chương trình giám sát trong
tương lai.
Thiết được kỹ thuật nuôi cấy tế bào đã cho phép phân lập được virus LMLM từ hiện
trường, mà trước đây, phòng thí nghiệm Cơ Quan Thú Y Vùng VI và Trung Tâm Chẩn
Đoán Thú y Trung Ương không thể xác định được. Sự nâng cao năng lực chẩn đoán
bệnh LMLM, bằng sự kết hợp các kỹ thuật ELISA, PCR và phân lập virus bằng tế bào, đã
giúp gia tăng số ổ dịch LMLM được xác định tại Việt Nam. Sữ dụng tế bào để phân lập
virus LMLM đã cung cấp được mẫu virus với chất lượng tốt hơn cho việc giải mã gen
Việc áp dụng các kỹ thuật sinh học phân tử tại Cơ Quan Thú y Vùng VI đã giúp có được
kết quả giải mã gen nhanh hơn, giúp khẳng định được các serotype virus LMLM đang lưu
hành tại Việt Nam và chọn chính xác loại vaccine phù hợp để kiểm soát bệnh LMLM cho
từng vùng. AAHL, Cục Thú y và phòng thí nghiệm tham chiếu của thế giới về LMLM
(WRL) đã hợp tác phân tích trình tự gene của virus phân lập được tại Việt Nam. Nuôi cấy
tế bào cũng cho phép sản xuất kháng nguyên sữ dụng cho ELISA, là một nguyên liệu
chủ yếu trong các xét nghiệm chẩn đoán bệnh LMLM. Cơ Quan Thú Y Vùng VI đang tự
sản xuất kháng nguyên và chuyễn giao cho Trung Tâm Chẩn Đoán Thú y Trung Ương,
Cơ Quan Thú Y Vùng IV và VII để thử nghiệm.
Dự án này vẫn tiếp tục là quan trọng đối với Việt Nam vì các ổ dịch LMLM có tính lập lại
theo chu kỳ. Chính phủ Việt Nam và Cơ quan Thú Y vùng VI đã mời các chuyên gia AAHL
14
cố vấn trong việc kiểm soát LMLM và dự án này được sữ dụng như một mô hình để bổ
sung cho kế hoạch kiểm soát LMLM của họ. Mặc dù sự giám sát và khống chế cúm gia
cầm và gần đây là bệnh PRRS là cấp thiết hơn nhưng chính phủ Việt Nam vẫn cam kết
thực hiện kiểm soát bệnh LMLM. Điều này được chứng minh bằng các hoạt động của
chương trình kiểm soát LMLM quốc gia hàng năm.
Dự án đã cho thấy sự cần thiết phải có sự cộng tác giữa phòng thí nghiệm và thú y cơ sở
trong kiểm soát LMLM, kết quả giám sát huyêt thanh sau tiêm phòng do phòng thí nghiệm
cung cấp sẽ giúp hiểu được hiệu quả tiêm phòng và tình hình nhiễm bệnh của gia súc.
Đối với phòng thí nghiệm, điều quan trọng là phải có nguyên liệu xét nghiệm thích hợp với
các chủng virus đang lưu hành ở hiện trường (cũng cho thấy tầm quan trọng của việc
tăng cường định danh virus LMLM) và đối với hiện trường, những thông tin từ hiện trường
kết hợp với kết quả của phòng thí nghiệm sẽ giúp đánh giá được tình hình chính xác
hơn . Điều quan trọng đối với hệ thống thú y là kiểm soát được dịch bệnh, vì thế cần phải
có mối quan hệ bền vững giữa phòng thí nghiệm và hiện trường để đảm bảo các kết quả
đánh giá thu được là chính xác.
Dự án này đã thiết lập những tiêu chuẩn cần thiết để một hệ thống phòng thí nghiệm hoạt
động có hiệu quả, những bài học từ dự án đã được áp dụng trong việc đối phó với các ổ
dịch cúm gia cầm có độc lực cao và PRRS ở Việt Nam và cho những dự án cũng như các
cuộc điều tra tiếp theo.
15
Phụ lục 1
Mẫu quản lý xét nghiệm, kết quả và lưu trữ kết quả đối chứng nội , lấy xét nghiệm
FMD 3ABC ELISA làm thí dụ:
7.1.1 Phiếu quản lý xét nghiệm 3ABC C-ELISA
Tên xét nghiệm : FMD 3ABC COMPETITION ELISA
Số đăng ký
Ký hiệu mẫu
Tên xét nghiệm (3ABC c-ELISA): Người giám sát:
Ngày phủ đĩa: Người thực hiện:
Ngày thực hiện xét nghiệm: Người thực hiện:
Phương pháp rữa đĩa: Tủ ấm:
Máy lắc đĩa: Các pipettes:
Số đĩa:
Pha kháng nguyên 3ABC:
Số lô kháng thể phát hiện :
Số lô kháng thể phát hiện:
Pha loãng huyết thanh đối chứng và huyết thanh mẫu:
Ngày sản xuất dung dịch phủ đĩa: Ngày sản xuất dung dịch Block:
Số lô Conjugate: Pha loãng conjugate:
Thời gian ủ Substrate:
Ngày báo cáo kết quả Ký tên
16
7.1.2 Kết quả và sơ đồ đĩa
Sơ đồ đĩa ELISa
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
A
S1 S1 S9 S9 S17 S17 S25 S25 S33 S33 C++ C++
B
S2 S2 S10 S10 S18 S18 S26 S26 S34 S34 C++ C++
C
S3 S3 S11 S11 S19 S19 S27 S27 S35 S35 C+ C+
D
S4 S4 S12 S12 S20 S20 S28 S28 S36 S36 C+ C+
E
S5 S5 S13 S13 S21 S21 S29 S29 S37 S37 C- C-
F
S6 S6 S14 S14 S22 S22 S30 S30 S38 S38 OD
MAX
OD
MAX
G
S7 S7 S15 S15 S23 S23 S31 S31 S39 S39 OD
MAX
OD
MAX
H
S8 S8
S16 S16 S24 S24 S32 S32 S40 S40 CC CC
7.1.3 Phiếu quản lý chất lượng
Ngày
Kháng
nguyên
C++ C+ C- OD Max
Ghi chú Số Đăng
ký
Mhân
viên
Serotype
Chuẩn Chuẩn Chuẩn
Tỷ lệ ức
chế
Tỷ lệ ức
chế
Tỷ lệ ức
chế
80 – 100% 50 – 80% < 30% 0.8 – 1.5
17
7.1.4 Tóm tắt qui trình FMD – 3ABC C-ELISA
1. Phủ đĩa 50μl/giếng 3ABC(D) baculovirus-expressed antigen (protein thô hòa tan
được) pha loãng 1:2000 trong Carbonate Bicarbonate Coating Buffer
2. Ủ và lắc đĩa trong 1 giờ tại 37
O
C. (Có thể để 4
O
C, ủ qua đêm)
3. Rửa đĩa 5 lần với dung dịch PBS
4. Block đĩa với 100uL/giếng Blocking buffer.
5. Ủ và lắc đĩa trong 30 phút tại 37
O
C.
6. Rửa đĩa 5 lần với dung dịch PBS
7. Thêm 40uL Blocking buffer vào mỗi giếng và sau đó thêm 10uL huyết thanh và
trộn mẫu (dùng pipette trộn lên và xuống). ODmax and Background (Bkg) mỗi giếng
chỉ nhận 50uL Blocking buffer
8. Ủ và lắc đĩa trong 30 phút ở 37
O
C.
9. KHÔNG RỬA ĐĨA Pha loãng chicken egg antibody pool 1:100 trong Blocking
buffer và thêm 50uL vào tất cả các giếng, trực tiếp phía tên mẫu test. Mỗi giếng Bkg
chỉ nhận 50uL buffer.
10. Ủ và lắc đĩa trong 30 phút ở 37
O
C
11. Trong thời gian ủ, chuẩn bị conjugate (ít nhất 30 phút trước khi dùng.)
12. Rửa đĩa 5 lần với dung dịch PBS.
13. Thêm vào 50μl/giếng conjugate
14. Ủ và lắc đĩa trong 1 giờ ở 37
O
C
15. Chuẩn bị substrate (KHÔNG ĐƯỢC HOẠT HÓA).
16. Rửa đĩa 5 lần với dung dịch PBS.
17. Thêm 100μl Substrate cho mỗi giếng
18. Ủ tại nhiệt độ phòng. 10 phút (KHÔNG lắc)
19. Dừng phản ứng với 100μl Stopping Solution.
20. Đọc đĩa với máy đọc có bước sóng 450nm
18
Phụ lục 2
7.2 Kết quả định serotype virus LMLM tại Việt Nam từ 2005-2009
Năm Tổng lượng mẫu
(Cơ Quan Thú Y vùng VI
và Trung Tâm Chẩn Đoán
Thú y trung Ương)
Các mẫu
dương tính
Serotype O
Các mẫu
dương tính
Serotype A
Các mẫu
dương tính
Serotype Asia
1
Âm tính/ Không
phù hợp
2005 251
216
* RAHO - 6
207
180
17
17
13
11
12/2
6/2
2006 803
506
663
467
0
0
8
2
128/4
33/4
2007 224
123
177
115
1
1
8
0
7/0
7/0
2008 154
22
86
14
9
0
0
0
59
*poor quality
sample was a
problem in
north
8/0
2009
9
0
7
0
2/0
19
Phụ lục 3 Thí dụ thông tin giải mã gen của dự án
7.3 kết quả giải mã gen virus LMLM serotype O 2008-2009
FMDV/Type O/08-6415-E2
FMDV/Type O/08-6415 E3
FMDV/Type O/08-6924 E4
FMDV/Type O/08-5515-12
FMDV/Type O/08-5515-14
O/UKG/35/2001|AJ539141| ME-SA
O/India/53/79|AF292107| ME-SA
O/O1 Manisa/87|AY593823| ME-SA
O/India/R2/75|AF204276| ME-SA
O/MYA/7/98|DQ164925| SEA
O/CAM/3/98|AJ294910| SEA
O/SUD/2/86|DQ165075| EA3
O/KEN/83/79|AJ303511| EA1
O/UGA/5/96|AJ296327| EA1
O/GHA/5/93|AJ303488| WA
O/CIV/8/99|AJ303485| WA
O/MAL/1/98|DQ165074| EA2
O/UGA/3/2002|DQ165077| EA2
O/KEN/5/2002|DQ165073| EA2
O/ISA/9/74|AJ303502| ISA-1
O/ISA/8/83|AJ303503| ISA-1
O/ISA/1/62|AJ303500| ISA-1
O/ISA/1/74|AJ303501| ISA-2
O/JAV/5/72|AJ303509| ISA-2
O/Corrientes/Arg/06|DQ834727| EURO-SA
O/O3 Venezuela/51|AJ004645| EURO-SA
O/O2Brescia/ITL/47|M55287| EURO-SA
O/O1BFS 1860/UK/67|AY593815| EURO-SA
O/HKN/21/70|AJ294911| Cathay
O/HKN/6/83|AJ294919| Cathay
O/PHI/7/96|AJ294926| Cathay
O/Yunlin/TAW/97|AF308157| Cathay
FMDV/Type O/08-4856
FMDV/Type O/08-4923-4
FMDV/Type O/08-4923-3
FMDV/Type O/09-1045-KH2
FMDV/Type O/09-1045 KH3
FMDV/Type O/09-1045 KH5
FMDV/Type O/09-1045 KH6
100
44
100
100
100
100
64
84
92
100
100
100
63
100
39
58
91
99
71
48
65
100
99
70
61
94
73
67
68
94
56
70
56
49
0.01
20
104AAHL 0738K TPHCM
84AA HL 0748BG2 BaRiaVungTau
86AA HL 0745 DongNai
107AAHL 0758T TPHCM
106AAHL 0751QM TPHCM
87AA HL 0750 PhuYen
85AA HL 0748PH1 BaRiaVungTau
103AAHL 06467 Soc trang
90AAHL 0779DH1 LongAn
82AAHL 0708 LamDong
89AA HL 0762 DongNai
112AA HL 06466 TPHCM
O/VIT/7/2006
O/VIT/5/2006
O/VIT/4/2006
O/VIT/6/2006
O/TAI/15/05* (TRRL)
O/TAI/14/05* (TRRL)
O/TAI/3/2003 (DQ164981)
O/MAY /1/2005
O/MAY/2/2005
O/VIT/6/2005
O/MYA /4/2004
O/MYA /5/04* (TRRL)
O/TAI/21/05* (TRRL)
O/MAY /9/2007
O/MAY/7/2007
O/MAY/4/2007
O/MAY/5/2007
O/MAY/6/2007
66AA HL ThanhHoa
O/MAY /5/2006
O/TAI/8/2004
O/TAI/37/04* (TRRL)
O/MYA /3/04* (TRRL)
O/MYA /4/04* (TRRL)
O/TAI/5/99
O/MYA /2/2000 (DQ164927)
O/VIT/4/2005
O/TAI/36/04* (TRRL)
O/MYA /1/04* (TRRL)
O/MYA /2/04* (TRRL)
O/TAI/189/87* (TRRL)
O/TAI/2/2000 (DQ164979)
O/MAY/1/2002 (DQ164923)
O/TAI/44-2/02R2B3* (TRRL)
O/TAI/8/99 (DQ164977)
O/BUR/2/89
O/VIT/2/97
O/VIT/7/97
O/CAM/12/94
O/CAM/3/98
O/CAM/6/99
O/CAM/1/98
O/CAM/2/98
SEA
O1/Manisa/TUR/69 (AJ251477)
O/LAO/17/2003 (DQ164912)
O/LA O/2/2006
O/LAO/19/2003 (DQ164913)
O/LAO/20/2003
O/MAY /1/2006
O/MAY /2/2006
O/MAY/7/2005
O/MAY/3/2005
O/MAY/4/2005
O/MAY/6/2005
O/MAY/3/2006
O/MAY /9/2005
O/LAO/3/2006
O/LAO/4/2006
O/LAO/31/2003 (DQ164918)
O/LAO/28/2003 (DQ164916)
O/LAO/23/2003 (DQ164915)
O/TAI/20/04R2* (TRRL)
O/VIT/1/2004 (DQ165032)
O/LAO/21/2003 (DQ164914)
O/LAO/5/2006
O/LAO/30/2003 (DQ164917)
O/LAO/12/2003 (DQ164910)
O/LAO/11/2003 (DQ164909)
O/LAO/13/2003 (DQ164911)
O/LAO/3/2003 (DQ164908)
98AAHL 06452T TienGiang
101AAHL 06459CT1 LongAn
O/CAM/4/2006
O/VIT/17/2005
O/VIT/14/2002 (DQ165026)
O/VIT/1/2003 (DQ165030)
O/CAM/2/2000 (AJ318828)
O/CAM/4/2000 (AJ318829)
O/TAI/2/2003 (DQ164980)
O/VIT/8/2004
O/VIT/7/2005
O/VIT/7/2004
O/VIT/16/2002 (DQ165027)
O/VIT/12/2002 (DQ165024)
O/VIT/3/2005
O/TAI/1/2000
O/VIT/6/2002 (DQ165020)
O/VIT/20/2002 (DQ165029)
O/VIT/7/2002
O/VIT/10/2002 (DQ165023)
O/TAW/2/99
O/SKR/1/2000 (A J318854)
O/JPN/2000 (AB050978)
O/SKR/2/2002
O/TAI/9/99 (DQ164978)
ME-SA
O/HKN/6 /8 3
109AAHL 06482T SocTrang
113AAHL 06482 SocTrang
99AA HL 06453V SocTrang
100AAHL 06457H CaMau
114AA HL 06443 CanTho
110AAHL 06476
115AAHL 06457 CaMau
102AAHL 06463 VinhLong
105AAHL 0739 CanTho
92AAHL 0757 V inhLong
88AAHL 0753 CanTho
111AAHL 0716 75 CanTho
116AAHL 0715C VinhLong
O/VIT/3/2006
O/VIT/1/2006
O/VIT/2/2006
83AAHL 0716 CanTho
95AA HL 06430 HauGiang
96AA HL 06434B HauGiang
93AA HL 0779CD1 LongAn
97AA HL 06443T BacLieu
O/MAY /8/2005
O/VIT/9/2005
O/VIT/1/2005
O/PHI/21/2003 (DQ164953)
O/PHI/23/2003 (DQ164954)
O/TAI/54-1/05B1* (TRRL)
O/TAI/54-2/05B1* (TRRL)
O/TAI/53-2/05* (TRRL)
O/TAI/64-1/05* (TRRL)
O/TAI/64-2/05* (TRRL)
O/TAI/35/05B2* (TRRL)
108AAHL 0735 DongThap
O/VIT/2/2004 (DQ165033)
O/VIT/3/2004 (DQ165034)
O/VIT/11/2005
O/TAW/81/97
O/TAW/4/99
O/TAW/83/97
O/HKN/1 6/ 96
O/PHI/5/95 (DQ164946)
O/PHI/7/96
O/VIT/3/97
O/VIT/13/2002 (DQ165025)
O/HKN/7/96
O/HKN/2 0/ 96
O/HKN/12/2005
O/HKN/15/2005
O/HKN/1 4/ 2005
O/HKN/9 /2 005
O/HKN/1 0/ 2005
O/HKN/17/2005
O/HKN/18/2005
O/HKN/ 19/ 200 5
O/HKN/2 0/ 2005
O/HKN/25/2005
O/HKN/24/2005
O/HKN/3 /2 006
O/HKN/2 2/ 2005
O/HKN/2 3/ 2005
O/HKN/1/2006
O/HKN/5 /2 006
O/HKN/2 /2 006
O/HKN/4 /2 006
CATHAY
EURO-SA
O1/BFS 1860/UK/67 (J02185)
100
100
99
100
71
72
92
99
99
85
72
98
99
87
94
100
84
100
99
100
73
99
78
79
79
100
100
99
100
100
92
94
82
99
93
82
78
100
100
80
74
89
100
97
85
90
74
84
72
91
100
99
96
100
94
99
100
99
73
98
100
89
99
99
99
100
99
71
100
89
85
100
93
0.02
Software: MEGA 4
No. of Taxa : 173
Data File : n:\evd\meg\db\fmdv\o\VITaahl1.meg
Data Title : Vietnam
Data Type : Nucleotide (Coding)
Analysis : Phylogeny reconstruction
Tree Inference : ==============================
->Method : Neighbor-Joining
->Phylogeny Test and options : Bootstrap (500 replicates; seed=64238)
Include Sites : ==============================
->Gaps/Missing Data : Pairwise Deletion
->Codon Positions : 1st+2nd+3rd+Noncoding
Substitution Model : ==============================
->Model : Nucleotide: Maximum Composite Likelihood
->Substitutions to Include : d: Transitions + Transversions
->Pattern among Lineages : Same (Homogeneous)
->Rates among sites : Uniform rates
No. of Sites : 639
No Of Bootstrap Reps = 500
Only bootstrap vales of 70% and above are shown
N.J. Knowles & J. Wadsworth, 2 March 2008
Report on 34 FMDV O VP1 sequences
from Vietnam received from AAHL
Page 1 of 4
21
104AAHL 0738K TPHCM
84AAHL 0748BG2 BaRiaVungTau
86AAHL 0745 DongNai
107AAHL 0758T TPHCM
106AAHL 0751QM TPHCM
87AAHL 0750 PhuYen
85AAHL 0748PH1 BaRiaVungTau
103AAHL 06467 Soctrang
90AAHL 0779DH1 LongAn
82AAHL 0708 LamDong
89AAHL 0762 DongNai
112AAHL 06466 TPHCM
O/VIT/7/2006
O/VIT/5/2006
O/VIT/4/2006
O/VIT/6/2006
O/TAI/15/05* (TRRL)
O/TAI/14/05* (TRRL)
O/TAI/3/2003 (DQ164981)
O/MAY/1/2005
O/MAY/2/2005
O/VIT/6/2005
O/MYA/4/2004
O/MYA/5/04* (TRRL)
O/TAI/21/05* (TRRL)
O/MAY/9/2007
O/MAY/7/2007
O/MAY/4/2007
O/MAY/5/2007
O/MAY/6/2007
66AAHL ThanhHoa
67AAHL LangSon
O/MAY/5/2006
O/TAI/8/2004
O/TAI/37/04* (TRRL)
O/MYA/3/04* (TRRL)
O/MYA/4/04* (TRRL)
O/TAI/5/99
O/MYA/2/2000 (DQ164927)
O/VIT/4/2005
O/TAI/36/04* (TRRL)
O/MYA/1/04* (TRRL)
O/MYA/2/04* (TRRL)
O/TAI/189/87* (TRRL)
O/TAI/2/2000 (DQ164979)
O/MAY/1/2002 (DQ164923)
O/TAI/44-2/02R2B3* (TRRL)
O/TAI/8/99 (DQ164977)
O/BUR/2/89
O/VIT/2/97
O/VIT/7/97
O/CAM/12/94
O/CAM/3/98
O/CAM/6/99
O/CAM/1/98
O/CAM/2/98
95
93
82
80
100
80
99
73
100
81
99
75
85
78
74
100
97
90
83
88
100
99
100
71
99
100
90
100
0.02
SEA topotype
22
O1/Manisa/TUR/69 (AJ251477)
O/LAO/17/2003 (DQ164912)
O/LAO/2/2006
O/LAO/19/2003 (DQ164913)
O/LAO/20/2003
O/MAY/1/2006
O/MAY/2/2006
O/MAY/7/2005
O/MAY/3/2005
O/MAY/4/2005
O/MAY/6/2005
O/MAY/3/2006
O/MAY/9/2005
O/LAO/3/2006
O/LAO/4/2006
O/LAO/31/2003 (DQ164918)
O/LAO/28/2003 (DQ164916)
O/LAO/23/2003 (DQ164915)
O/TAI/20/04R2* (TRRL)
O/VIT/1/2004 (DQ165032)
O/LAO/21/2003 (DQ164914)
O/LAO/5/2006
O/LAO/30/2003 (DQ164917)
O/LAO/12/2003 (DQ164910)
O/LAO/11/2003 (DQ164909)
O/LAO/13/2003 (DQ164911)
O/LAO/3/2003 (DQ164908)
98AAHL 06452T TienGiang
101AAHL 06459CT1 LongAn
O/CAM/4/2006
O/VIT/17/2005
O/VIT/14/2002 (DQ165026)
O/VIT/1/2003 (DQ165030)
O/CAM/2/2000 (AJ318828)
O/CAM/4/2000 (AJ318829)
O/TAI/2/2003 (DQ164980)
O/VIT/8/2004
O/VIT/7/2005
O/VIT/7/2004
O/VIT/16/2002 (DQ165027)
O/VIT/12/2002 (DQ165024)
O/VIT/3/2005
O/TAI/1/2000
O/VIT/6/2002 (DQ165020)
O/VIT/20/2002 (DQ165029)
O/VIT/7/2002
O/VIT/10/2002 (DQ165023)
O/TAW/2/99
O/SKR/1/2000 (AJ318854)
O/JPN/2000 (AB050978)
O/SKR/2/2002
O/TAI/9/99 (DQ164978)
100
100
99
71
100
98
100
99
100
89
100
99
99
89
99
93
85
99
0.01
ME-SA topotype
Page 3 of 4
23
O/HKN/6/83
109AAHL 06482T SocTrang
113AAHL 06482 SocTrang
99AAHL 06453V SocTrang
100AAHL 06457H CaMau
114AAHL 06443 CanTho
110AAHL 06476
115AAHL 06457 CaMau
102AAHL 06463 VinhLong
105AAHL 0739 CanTho
92AAHL 0757 VinhLong
88AAHL 0753 CanTho
111AAHL 0716 75 CanTho
116AAHL 0715C VinhLong
O/VIT/3/2006
O/VIT/1/2006
O/VIT/2/2006
83AAHL 0716 CanTho
95AAHL 06430 HauGiang
96AAHL 06434B HauGiang
93AAHL 0779CD1 LongAn
97AAHL 06443T BacLieu
O/MAY/8/2005
O/VIT/9/2005
O/VIT/1/2005
O/PHI/21/2003 (DQ164953)
O/PHI/23/2003 (DQ164954)
O/TAI/54-1/05B1* (TRRL)
O/TAI/54-2/05B1* (TRRL)
O/TAI/53-2/05* (TRRL)
O/TAI/64-1/05* (TRRL)
O/TAI/64-2/05* (TRRL)
O/TAI/35/05B2* (TRRL)
108AAHL 0735 DongThap
O/VIT/2/2004 (DQ165033)
O/VIT/3/2004 (DQ165034)
O/VIT/11/2005
O/TAW/81/97
O/TAW/4/99
O/TAW/83/97
O/HKN/16/96
O/PHI/5/95 (DQ164946)
O/PHI/7/96
O/VIT/3/97
O/VIT/13/2002 (DQ165025)
O/HKN/7/96
O/HKN/20/96
O/HKN/12/2005
O/HKN/15/2005
O/HKN/14/2005
O/HKN/9/2005
O/HKN/10/2005
O/HKN/17/2005
O/HKN/18/2005
O/HKN/19/2005
O/HKN/20/2005
O/HKN/25/2005
O/HKN/24/2005
O/HKN/3/2006
O/HKN/22/2005
O/HKN/23/2005
O/HKN/1/2006
O/HKN/5/2006
O/HKN/2/2006
O/HKN/4/2006
71
72
92
99
85
99
72
98
99
100
100
99
100
100
73
79
99
78
99
94
87
84
100
79
0.02
CATHAY topotype
Page 4 of 4
24
O/IRN/8/2005
O/IRN/21/2005
O /IRN/9/2005
O /IRN/23/2005
O /IRN/12/2005
O /PA K/9/2005
O /PA K/13/2005
O /NEP/2/2003
O/NEP/5/2003 (DQ 165060)
O /BHU/15/2003 (DQ164865)
O /BHU/48/2003
O /BHU/47/2003 (DQ165042)
O /BHU/49/2003 (DQ164867)
O /BHU/26/2004 (DQ165043)
O/BHU/28/2004 (DQ165044)
O /BHU/30/2004 (DQ165045)
O /BHU/31/2004 (DQ164869)
O /BHU/41/2003 (DQ 165041)
O/PA K /9/2006
O/PA K /10/2006
O/PA K /6/2006
O/PA K /4/2006
O/PA K /16/2006
O/JOR/5/2006
O/JOR/6/2006
O/IRN/15/2006
O /IRN/16/2006
O/IRN/8/2006
O/IRN/9/2006
O /MA Y /6/2003 (DQ165058)
O /MA Y /7/2003
O /MA Y /9/2005
O /MA Y /7/2005
O /MA Y /3/2006
O /MA Y /4/2005
O /MA Y /3/2005
O /MA Y /6/2005
O /MA Y /1/2006
O /MA Y /2/2006
O /IND/136/01* (IV RI)
O /IND/151/01* (IV RI)
O/IND/155/01* (IV RI)
O /LA O /13/2003 (DQ164911)
O/LA O /11/2003 (DQ 164909)
O /LA O /5/2006
O /LA O /21/2003 (DQ164914)
O /LA O /28/2003 (DQ164916)
O /LA O /23/2003 (DQ164915)
O /V IT/1/2004 (DQ 165032)
O /LA O /3/2006
O/LA O /4/2006
O/V IT/17/2005
V IT/32-05* (A A HL)
O /V IT/3/2005
O /TA I/2/2003 (DQ164980)
O/JPN/2000 (Kanno)
O/TA I/9/99 (DQ164978)
O/SKR/2/2002
O /SKR/1/2000 (A J318854)
O/TAW /2/99
O/MA Y /2/2000 (A J318846)
O /TA I/1/2000
O /V IT/7/2004
O /V IT/8/2004
O /V IT/7/2005
O /LA O /19/2003 (DQ164913)
O /LA O /2/2006
O1/Manisa/TUR/69 (A J251477)
O/LA O /4/98 (DQ 164906)
O /TA I/8/99 (DQ164977)
O/MA Y /1/2002 (DQ 164923)
O/TA I/44-2/02R2B 3* (TRRL)
O /MY A /13/89 (DQ164924)
O /TA I/189/87* (TRRL)
O /TA I/9/2005
O /TA I/10/2005
O/MA Y /5/2006
O /MY A /3/04* (TRRL)
O /MY A /4/04* (TRRL)
O /MY A /1/98
O /MY A /5/99 (DQ164926)
O /MY A /2/2000 (DQ164927)
O/MA Y /2/2001
O /MA Y /3/2001 (DQ164920)
O /TA I/8/2004
O /V IT/4/2005
O /MA Y /5/2001 (DQ164921)
O /MA Y /6/2001 (DQ164922)
O/LA O /4/2001 (DQ164907)
O/LA O /2/2001
O /MY A /7/2002 (DQ164928)
O/TA I/1/2005
O /MA Y /1/2005
O /MA Y /2/2005
O /TA I/3/2003 (DQ164981)
O/V IT/6/2005
V IT/28-06* (A A HL)
O /V IT/4/2006
O/V IT/6/2006
O /V IT/5/2006
V IT/31-06* (A AHL)
V IT/9-06* (A AHL)
V IT/27-06* (A A HL)
V IT/30-06* (A A HL)
V IT/29-06* (A A HL)
V IT/16-06* (A A HL)
V IT/1-06* (A A HL)
V IT/3-06* (A AHL)
V IT/8-06* (A AHL)
V IT/6-06* (A A HL)
V IT/26-06* (A A HL)
V IT/22-06* (A A HL)
V IT/25-06* (A A HL)
V IT/23-06* (A AHL)
V IT/24-06* (A A HL)
V IT/2-06* (A A HL)
V IT/37-06* (A AHL)
V IT/39-06* (A AHL)
V IT/38-06* (A AHL)
V IT/7-06* (A A HL)
O/V IT/7/2006
V IT/40-06* (A A HL)
O 1/BFS 1860/UK/67
O/HKN/6/83
O /PHI/5/2003 (DQ164950)
O /PHI/20/2003
O /PHI/23/2003 (DQ164954)
O /TA W /4/99
O /PHI/5/95 (DQ164946)
O/PHI/7/96
O /HKN/12/2005
O /HKN/1/2006
O /TA I/5/2005
O /V IT/2/2004 (DQ 165033)
V IT/34-05* (A AHL)
O/V IT/11/2005
V IT/33-05* (A A HL)
O /V IT/1/2005
O /V IT/9/2005
V IT/41-05* (A AHL)
O/MA Y /8/2005
V IT/20-06* (A A HL)
V IT/14-06* (A A HL)
V IT/21-06* (A A HL)
V IT/19-06* (A A HL)
V IT/11-06* (A A HL)
V IT/12-06* (A A HL)
V IT/10-06* (A A HL)
V IT/18-06* (A A HL)
V IT/36-06* (A AHL)
V IT/15-06* (A AHL)
V IT/51-06* (A A HL)
O /V IT/1/2006
V IT/35-06* (A A HL)
100
75
81
99
78
95
100
71
100
90
78
100
86
100
96
99
99
99
95
100
95
99
100
79
99
96
100
92
72
80
93
100
99
78
92
100
85
96
100
99
83
100
74
100
98
89
74
100
70
100
99
99
78
100
87
73
99
97
90
95
86
0.02
No. of Taxa : 154
Data File : n:\evd\meg\db\fmdv\o\VIT2006B.MEG
Data Title : Vietname - AAHL
Data Type : Nucleotide (Coding)
Analysis : Phylogeny reconstruction
Tree Inference : ==============================
Method : Neighbor-Joining
Phylogeny Test and options : Bootstrap (1000 replicates; seed=64238)
Include Sites : ==============================
Gaps/Missing Data : Pairwise Deletion
Codon Positions : 1st+2nd+3rd+Noncoding
Substitution Model : ==============================
Model : Nucleotide: Kimura 2-parameter
Substitutions to Include : d: Transitions + Transversions
Pattern among Lineages : Same (Homogeneous)
Rates among sites : Uniform rates
No. of Sites : 639
No Of Bootstrap Reps = 1000
* Not a WRLFMD ref. no.
IVRI, Indian Veterinary Research Institute (Mukteswar).
TRRL, Thailand Regional Reference Laboratory, Pak Chong.
CATHAY
EURO-SA
ME-SA
SEA
N.J. Knowles, 12 Feb 2007
25
No. of Taxa : 93
Data File : n:\evd\meg\db\fmdv\a\VIT2005B.MEG
Data Title : Vietnam A (AAHL)
Data Type : Nucleotide (Coding)
Analysis : Phylogeny reconstruction
Tree Inference : ==============================
Method : Neighbor-Joining
Phylogeny Test and options : Bootstrap (1000 replicates; seed=64843)
Include Sites : ==============================
Gaps/Missing Data : Pairwise Deletion
Codon Positions : 1st+2nd+3rd+Noncoding
Substitution Model : ==============================
Model : Nucleotide: Kimura 2-parameter
Substitutions to Include : d: Transitions + Transversions
Pattern among Lineages : Same (Homogeneous)
Rates among sites : Uniform rates
No. of Sites : 642
No Of Bootstrap Reps = 1000
* Not a WRLFMD ref. no.
IVRI, Indian Veterinary Research Institute (Mukteswar).
TRRL, Thailand Regional Reference Laboratory, Pak Chong.
N.J. Knowles, 12 Feb 2007
ASIA
AFRICA
EURO-SA
A/VIT/10/2005
A/VIT/44-05* (AAHL)
A/VIT/43-05* (AAHL)
A/VIT/8/2005
A/VIT/13/2005
A/VIT/45-05* (AAHL)
A/TAI/45/04* (TRRL)
A/TAI/48-2/04R2* (TRRL)
A/TAI/66/04R1* (TRRL)
A/TAI/3-3/05* (TRRL)
A/TAI/1/05R2B2* (TRRL)
A/TAI/4/05R1* (TRRL)
A/TAI/6/05* (TRRL)
A/TAI/3/2005
A/VIT/10/2004
A/VIT/6/2004
A/VIT/42-04* (AAHL)
A/TAI/9/2004
A/VIT/4/2004
A/LAO/36/2003
A/LAO/1/2006
A/MAY/4/2003
A/TAI/8/04R2* (TRRL)
A/VIT/12/2004
A/TAI/28-04* (TRRL)
A/TAI/11/2003
A/TAI/12/2003
A/TAI/6/2004
A/TAI/11/04* (TRRL)
A/TAI/2/04R2* (TRRL)
A/TAI/10/2003
A/TAI/4/2003
A/TAI/5/2003
A/TAI/4/04R2* (TRRL)
A/TAI/7/2003
A/TAI/6-3/04* (TRRL)
A/MAY/1/2003
A/MAY/3/2003
A/TAI/8/2003
A/TAI/3507/47R2* (TRRL)
A/VIT/11/2004
A/VIT/5/2004
A/VIT/9/2004
A/TAI/11/2005
A/VIT/18/2005
A/VIT/14/2005
A/VIT/46-05* (AAHL)
A/TAI/7/2002
A/MAY/2/2002
A/TAI/3/2002
A/TAI/3/2001
A/TAI/2/2002
A/TAI/1/2001
A/TAI/2/97 (EF208778)
A/TAI/6/99
A/TAI/2/98
A/TAI/1/99
A/TAI/4/2005
A/TAI/7/2005
A/MAY/5/2005
A/TAI/2/2005
A/TAI/14-1/04* (TRRL)
A/TAI/118/87* (EF208777)
A/IND/68/2001* (AF390659)
A/IND/7/82 (1980)
A/IND/17/77* (AF204108)
A22/IRQ/24/64 (AJ251474)
A/IRN/87
A/SAU/41/91
A/IRN/22/99 (EF208772)
A/IRN/1/96 (EF208771)
A/SAU/23/86
A/BHU/41/2002
A/BHU/7/2003
A/BHU/27/2003
A/IND/16/2000* (AF390610)
A/IND/78/2000* (AF390664)
A/IND/50/2000* (AF390653)
A/IND/24/2001* (AF390624)
A/IND/38/2000* (AF390643)
A/IND/173/2000* (AF390616)
A/IND/84/2000* (AF390668)
A/IND/126/2000* (AF390599)
A/IND/80/2000* (AF390665)
A15/Bangkok/TAI/60 (AY593755)
A/EGY/1/2006 (EF208757)
A/K35/80*
A/K5/80*
A10/HOL/42 (M20715)
A24/Cruzeiro/BRA/55 (K03340)
A/PHI/1/77
A/PHI/10/75
A/PHI/1/76
86
100
86
100
100
99
89
99
100
97
78
100
87
75
100
99
99
75
71
85
100
100
99
98
86
75
97
78
95
95
94
70
99
77
70
72
0.02
N.J. Knowles, 12 Feb 2007
26
3kimron iso61.seq
isrl3-63.seq
IND 63-72.seq
YNBS-58.seq
pak iso3.seq
Jiangsu-China-2005.seq
spl47
spl48
AFG 1-2001
BHU 27-2002
HNK- CHA-05.s e
q
Leb83.seq
leb-89 iso89.seq
0.1
Asia 1 Sequence
sp147 Da Nang
sp148 North
