97

TẠP CHÍ KHOA HỌC, Đại học Huế, Tập 75A, Số 6, (2012), 83-90

83



XÁC ĐỊNH SỰ HIỆN DIỆN CỦA GEN KHÁNG RẦY NÂU (NILARPAVATA
LUGENS STAL) Ở MỘT SỐ GIỐNG LÚA (ORYZA SATIVA L.)
Phạm Thị Thanh Mai
2
, Nguyễn Thị Như Ý
1
, Hoàng Thi Kim Hồng
1

1
Khoa Sinh học, Trường Đại học Khoa học, Đại học Huế
2
Bộ môn Công nghệ sinh học, Trường Cao đẳng Lương thực thực phẩm Đà Nẵng

Tóm tắt. Trong nghiên cứu này, chúng tôi sử dụng chỉ thị phân tử STS BpE18-3 liên kết
với gen bph1, chỉ thị KAM4 liên kết với gen bph2 và chỉ thị RG457 liên kết với gen bph10
để xác định sự hiện diện của 3 gen bph1, bph2 và bph10 trong các giống lúa IRRI 352, BG
367-2,

Sài Đường Kiến An, Lốc Nước. Đây là những giống lúa có khả năng kháng rầy nâu,
đã được Trung tâm Tài nguyên Thực vật, viện Khoa học Nông Nghiệp, Hà Nội, đánh giá và
xếp loại về khả năng kháng rầy. Các giống lúa này được đưa về trồng ở Thừa Thiên Huế
vào vụ Hè Thu năm 2010, thông qua việc theo dõi khả năng sinh trưởng, phát triển và đánh
giá một số chỉ tiêu liên quan đến năng suất và phẩm chất, chúng tôi tiến hành thăm dò sự
hiện diện của các gen kháng rầy. Kết quả nghiên cứu cho thấy, các giống IRRI 352, BG

367-2,

Sài Đường Kiến An, Lốc Nước đều có sự diện diện của gen bph1. Ba giống IRRI
352, BG 367-2,

Lốc Nước có sự hiện diện của gen bph2. Giống BG 367-2 có sự hiện diện
của gen bph 10. Bốn giống lúa này là nguồn vật liệu quan trọng trong việc phát triển và lai
tạo các giống lúa kháng rầy nâu, có năng suất cao ở Thừa Thiên Huế.
Từ khóa: chỉ thị phân tử, gen kháng rầy nâu, lúa kháng rầy, quần thể rầy nâu.

1. Mở đầu
Trong số các loại côn trùng hại lúa thì rầy nâu (Nilaparvata lugens Stal) là loại
sâu hại nguy hiểm nhất (Murai và cộng sự, 2003), (Jena và cộng sự, 2010). Miền Trung
Việt Nam nói chung, Thừa Thiên Huế nói riêng trong những năm gần đây, diện tích
trồng lúa đã bị thu hẹp lại, trong khi đó dịch bệnh hại lúa, nhất là dịch rầy bùng phát
làm giảm đáng kể năng suất lúa thu hoạch, gây thiệt hại nhiều cho người nông dân. Do
vậy, việc chọn tạo được các giống lúa mang gen kháng rầy và có khả năng kháng bền
vững với quần thể rầy nâu là một trong những hướng nghiên cứu hiện nay rất được quan
tâm. Phương pháp chọn giống lúa kháng rầy nâu thông qua chỉ thị phân tử liên kết với
gen kháng rầy là một kỹ thuật được ứng dụng rộng rãi, vô cùng thuận lợi cho các nhà
chọn giống (Nguyễn Thị Lang, 2005) .
Chỉ thị phân tử liên kết chặt chẽ với các gen sẽ được sử dụng để chọn lọc cá thể
ngay ở giai đoạn sớm mà không phải phụ thuộc vào điều kiện môi trường. Chọn giống
dưới sự hỗ trợ của MAS (chọn giống nhờ marker phân tử) rất có hiệu quả trong tạo
84 Xác định sự hiện diện của gen kháng rầy nâu…
giống lúa kháng bệnh bạc lá và kháng rầy nâu, cà chua chịu bệnh nấm sương, đậu tương
kháng được sâu đục quả… Kỹ thuật chỉ thị phân tử đảm bảo cho các nhà chọn tạo giống
nhận diện chính xác các gen liên quan ở bất cứ bộ phận nào của cây ở giai đoạn sớm mà
không bị chi phối bởi điều kiện môi trường và thời gian tạo giống rút ngắn xuống 2-3
năm (Lê Thị Muội, Đinh Thị Phòng, 2004). Hiện nay, có nhiều giống cây trồng mới có

mang gen kháng sâu bệnh đã được nhận diện bằng phương pháp chỉ thị phân tử (Huang
và cộng sự, 1997), (Zheng và cộng sự, 1995)
Ishii và đồng tác giả (1994) đã thiết lập bản đồ RFLP và xác định gen bph10
kháng biotype 2 và 3, định vị trên nhiễm sắc thể 12 liên kết với RG457. Cặp primer
được thiết kế từ RG457 (chỉ thị STS) đã phát hiện được gen kháng rầy nâu bph10 với
khoảng cách di truyền 1,7cM trên quần thể lúa hoang Oryza australiensis và các dòng
con lai (Lang và cộng sự, 1999).
Nhóm nghiên cứu Kim và đồng tác giả (2005) đã sử dụng các dòng lúa kháng
rầy nâu để xác định chỉ thị phân tử đối với gen kháng rầy nâu biotype 1. Dựa trên 520
primer RAPD, các tác giả đã thiết kế được chỉ thị STS BpE 18-3 liên kết với gen kháng
rầy nâu bph1, khoảng cách di truyền là 3.9 cM (Kim và cộng sự, 2005). Dựa trên các
chỉ thị AFLP, Murai và đồng tác giả (2001) đã thiết kế marker STS KAM4 liên kết chặt
với gen bph2. Kết quả nghiên cứu này hứa hẹn khả năng ứng dụng của chỉ thị STS trong
phương thức chọn giống nhờ marker phân tử.
2. Nguyên liệu và phương pháp nghiên cứu
2.1. Nguyên liệu nghiên cứu
Trong nghiên cứu này, chúng tôi sử dụng bốn giống lúa được đánh giá khả năng
kháng rầy dựa vào kiểu hình, bao gồm: IRRI 352, BG 367-2,

Sài Đường Kiến An, Lốc
Nước. Đây là những giống lúa lai tạo từ các nguồn khác nhau do Trung tâm Tài nguyên
Thực vật, Viện Khoa học Nông Nghiệp, Hà Nội cung cấp. Điểm kháng rầy ở bảng 1 đã
được đánh giá và phân cấp dựa trên tiêu chuẩn IRRI (IRRI, 1996).
Bảng 1. Các giống lúa dùng làm nguyên liệu nghiên cứu
Kí hiệu Tên giống Nguồn nhập Điểm kháng rầy
L1 IRRI 352 Nghĩa Hưng, Nam Định 1
L3 BG 367-2 IRRI 1
L25 Sài Đường Kiến An IRRI 3
L27 Lốc Nước IRRI 3
2.2. Phương pháp nghiên cứu

2.2.1. Tách chiết DNA tổng số của lúa
Tách chiết DNA tổng số được thực hiện theo phương pháp Kang và cs (2003).
PHẠM THỊ THANH MAI, NGUYỄN THỊ NHƯ Ý, HOÀNG THI KIM HỒNG 85
Lá mạ non (0,5-1 g) của cây lúa sau khi gieo 20 ngày, được nghiền thành bột mịn trong
dung dịch nitơ lỏng, sau đó cho vào ống eppendorf (khoảng 2/3 thể tích ống). Bổ sung
500 µL đệm chiết DNA (100 mM Tris-HCl, 500 mM NaCl, 50 mM EDTA) và 20%
SDS; pH 7,5 vào mỗi ống eppendorf ở trên và ủ ở 65
o
C trong 30 phút. Mẫu được chiết 2
lần với một thể tích tương đương của phenol và chloroform. Sau khi chiết DNA được
kết tủa bằng 2 thể tích 100% ethanol lạnh. Rửa kết tủa DNA bằng 70% ethanol lạnh và
làm khô mẫu bằng máy cô chân không (Modul 3180C, BioTron). Tiểu thể DNA được
hòa tan trong 20 L nước cất vô trùng, sau đó xử lý bằng enzyme RNase để sử dụng cho
các thí nghiệm về sau.
Dung dịch DNA tổng số được kiểm tra nồng độ trên máy quang phổ
(SmartSpec

3000, BioRad) ở bước sóng λ
260/280 nm
. Chất lượng DNA được kiểm tra
bằng điện di trên agarose gel 0,8% ở 100V. Đệm điện di được sử dụng là 1 TAE (0,04
M Tris-acetate và 0,001 M EDTA). Nhuộm agarose gel 15 phút trong dung dịch
ethidium bromide (EtBr) (0,5 g/L) và phân tích hình ảnh điện di bằng hệ thống Gel
Documentation (BioRad).
2.2.2. Phản ứng PCR
Sử dụng cặp mồi BpE18-3 (F:5′-CGCTGCGAGAGTGTGACACT-3′; R:5′-
TTGGGTTACACGGGTTTGAC-3′) để xác định sự hiện diện của gen kháng rầy nâu
bph1 ở các giống lúa nghiên cứu (Kim và cộng sự, 2005).
Sử dụng cặp mồi KAM4 (F:5′-TAACTGGTGTTAGTGCGAATGC-3′, R:5′-
AATTCACGGCATGTGAAGCCCTAG-3′), để xác định sự hiện diện của gen kháng rầy

nâu bph2 ở các giống lúa nghiên cứu (Murai và cộng sự, 2001).
Sử dụng cặp mồi RG 457FL/RL (F: 5'-GCAGTGGCAGATGGGATCGT-3’, R:
5'-GCTCCGAAATCCCAAGCGAT- 3'), để xác định sự hiện diện của gen kháng rầy
nâu bph10 ở các giống lúa nghiên cứu (Lang và cộng sự, 1999).
PCR được thực hiện trong tổng số 50 µL dung dịch phản ứng gồm 250 ng - 300
ng DNA tổng số, 10 pmol mỗi loại mồi (mồi xuôi, mồi ngược), 2  Master mix
(GoTaq® Green Master Mix 2, Promega). Phản ứng khuếch đại DNA được tiến hành
trong máy luân nhiệt (iCyler, BioRad) theo quy trình sau: 95
o
C-5 phút; 30 chu kỳ:
95
o
C-1 phút, 55
o
C đến 60
o
C-1 phút và 72
o
C-1 phút; 72
o
C-10 phút
Sản phẩm PCR được kiểm tra bằng điện di trên agarose gel 1,5% ở 80V trong
đệm 1TAE. Nhuộm agarose gel 15 phút trong dung dịch Ethidium bromide (EtBr; 0,5
µg/mL) và quan sát hình ảnh điện di dưới ánh sáng tử ngoại bằng hệ thống Gel
Documentation (BioRad).
2.2.3. Phản ứng cắt bằng enzyme HinfI
Thành phần phản ứng cắt bao gồm: 3,2 µl nước cất; 1,5 µl buffer (10X); 0,3 µl
enzyme HinfI (10U/µl); 10 µl sản phẩm PCR.
86 Xác định sự hiện diện của gen kháng rầy nâu…
Hỗn hợp trên được ủ ở 37

o
C trong 1,5h; sau đó ủ 4
o
C qua đêm.
Điện di sản phẩm cắt trên agarose gel 1,5% ở 80V trong đệm 1TAE.
3. Kết quả và thảo luận
3.1. Tách chiết DNA tổng số của các giống lúa
DNA tổng số được tách chiết từ 0,5-1 g lá mạ non được hòa tan trong 20 μL
nước cất vô trùng. Nồng độ DNA tổng số được xác định bằng máy quang phổ
(SmartSpec

3000, BioRad) đạt từ 4 μg/μL đến 6 μg/μL. Độ tinh sạch của DNA được
xác định ở bước sóng λ
260/280 nm
cho kết quả từ 1,80 đến 1,90. Chất lượng DNA tổng số
còn được kiểm tra bằng điện di agarose gel 0,8%. Kết quả được trình bày ở hình 1.


Hình 1. Kết quả tách chiết DNA tổng số của bốn giống lúa
L1: IRRI 352; L3: BG 367-2; L25: Sài Đường Kiến An; L27: Lốc Nước
Kết quả trên cho thấy DNA tổng số không bị đứt gãy thành các đoạn nhỏ, sạch
và đảm bảo chất lượng cho việc phân tích PCR trong các mẫu lúa cần nghiên cứu.
3.2. Xác định sự hiện diện của gen bph1


Hình 2. Kết quả điện di sản phẩm PCR với cặp mồi BpE18-3
SM: Chuẩn kích thước DNA (1kb DNA Ladder),
L1: IRRI 352, L3: BG 367-2, L25: Sài Đường Kiến An, L27: Lốc Nước
L1 L3 L25 L27
SM L1 L3 L25 L27

500 bp
PHẠM THỊ THANH MAI, NGUYỄN THỊ NHƯ Ý, HOÀNG THI KIM HỒNG 87
Kết quả PCR với cặp mồi BpE18-3 được trình bày ở hình 2, từ kết quả này cho
thấy tất cả các giống lúa nghiên cứu đều có băng DNA khuếch đại với kích thước
khoảng 523 bp. Các băng DNA khá rõ chứng tỏ tính đặc hiệu cao của mồi. Theo báo
cáo của Kim và cộng sự (2005), giống Samgangbyeo là giống lúa kháng rầy có mang
gen kháng rầy nâu biotype 1, sản phẩm PCR với cặp mồi đặc hiệu BpE18-3 cho băng ở
kích thước 523bp. Nagdongbyeo giống nhiễm rầy nâu, không có băng ở vị trí đó. Bước
đầu chúng tôi có thể kết luận ở 4 giống lúa nghiên cứu là IRRI 352, BG 367-2, Sài
Đường Kiến An, Lốc Nước đều có sự hiện diện của gen bph1.
3.3. Xác định sự hiện diện của gen bph2


Hình 3. Kết quả điện di sản phẩm PCR với cặp mồi KAM4
SM: Chuẩn kích thước DNA (1kb DNA Ladder),
L1: IRRI 352, L3: BG 367-2, L25: Sài Đường Kiến An, L27: Lốc Nước
Kết quả PCR với cặp mồi KAM4 trình bày ở hình 3 cho thấy giống Sài Đường
Kiến An không có đoạn DNA được khuếch đại. Ba giống lúa còn lại xuất hiện băng
DNA ở kích thước khoảng 300bp, theo nghiên cứu của Murai và cộng sự (2001) thì chỉ
thị KAM4 liên kết chặt chẽ với gen bph2, băng đa hình được khuếch đại bởi cặp primer
KAM4 sẽ cho kích thước 300bp, một số tác giả khác cũng đã sử dụng chỉ thị này trong
việc xác định các giống lúa mang gen kháng rầy nâu (Sharma và cộng sự, 2004). Do
vậy có thể kết luận ở 3 giống lúa nghiên cứu là IRRI 352, BG 367-2, Lốc Nước đều có
sự hiện diện của gen bph2.
3.4. Xác định sự hiện diện của gen bph10
Cặp mồi RG457L/L được thiết kế từ chỉ thị RFLP RG457, được chúng tôi sử
dụng để khuếch đại đoạn chỉ thị liên kết với gen bph10 trong các giống lúa nghiên cứu.
Sau khi điện di kết quả PCR với cặp mồi RG457FL/RL và kết quả cắt sản phẩm
PCR bằng enzyme HinfI, chúng tôi thu được kết quả như hình 4 và hình 5. Ở hình 4,
bốn giống lúa đều có sản phẩm PCR với kích thước xấp xỉ nhau khoảng gần 750bp. Tuy

SM L1 L3 L25 L27
250 bp