Giải trình tự bộ gene gấu tiền sử từ kỷ Pleistocene pdf

Giải trình tự bộ
gene gấu tiền sử từ
kỷ Pleistocene




Sơ đồ tách
DNA c
ổ đại
và tạo thư
viện

Mặc dù DNA bộ
gene chứa đựng
nhiều thông tin hơn,
các nghiên cứu DNA cổ đại chỉ
dừng lại ở mức độ khuếch đại
trình tự ty thể. Tuy vậy, trong
công trình này, Noonan và cộng
sự đã thiết lập thư viện
metagenomic với DNA không
khuếch đại được, tách từ xương
của hai con gấu tiền sử đã tuyệt
chủng cách đây 40.000 năm.
DNA c
ổ đại
và tạo thư

viện

Phân tích xấp xỉ 1Mb trình tự từ
mỗi thư viện cho thấy mặc dù bị
lẫn nhiều trình tự từ vi khuẩn, 5,8
và 1,1% các dòng chứa đoạn gắn
(insert), thu được 26.861 bp trình t
ự
của bộ gene gấu tiền sử.

Tiếp đó các tác giả so sánh trình tự
của gấu tiền sử và g
ấu hiện đại. Kết
quả cho thấy mối quan hệ tiến hóa
của các loài này.

Cách tiếp cận metagenomic sử
dụng trong nghiên cứu này củng cố
thêm tính khả thi của các chương
trình giải trình t
ự DNA bộ gene của
sinh vật cổ đại.

Genomic sequencing of
Pleistocene cave bears.

Noonan JP, Hofreiter M, Smith D,
Priest JR, Rohland N, Rabeder G,
Krause J, Detter JC, Paabo S,
Rubin EM

Science. 2005 Jul
22;309(5734):597-9

Sau đây là đánh giá về nghiên cứu
này tại F1000 ngày 16-9-2005

F1000 Factor 6.0

Barbara Trask
University of Washington, United
States of America
CELL BIOLOGY

Bài báo này một lần nữa cho thấy
vai trò to lớn của “metagenomics”,
trong đó toàn bộ trình tự bộ gene
trong môi trường (từ mỏ khai thác
axit cho đến biển Sargasso) được
tách dòng mà không cần định danh
trước vào một thư viện. Sau đó
chọn dòng ngẫu nhiên từ thư viện
này để giải trình tự. Trong nghiên
cứu này, các tác giả sử dụng kỹ
thuật kể trên để thu nhận trình tự
DNA tách từ răng gấu tiền sử. Mặc
dù vẫn bị lấn DNA vi khuẩn và
người hiện đại, họ vẫn phân tích
được các trình tự của các loài đã
tuyệt chủng từ 40.000 năm trước.
Công trình này mở ra khả năng thu

nhận thông tin trình tự DNA từ các
loài đã tuyệt chủng khác.