Công nghệ sinh học trong bảo vệ thực vật - Phân tích DNA ppsx

Phân tích trình t DNAự
1. Sequencing
2. Phân tích chu iỗ
3. Xây d ng cây ph hự ả ệ

Sequencing (Sanger) - cũ

Sequencing (Sanger) - cũ

A C G T A C G T
A C G T
Sequencing (Sanger) - cũ

Sequencing (Sanger) - new
Bigdye terminator
Sequencing v iớ BigDye terminator

Sequencing (Sanger) – đ c k t ọ ế
qu ả
Đi n di gelệ

Sequencing (Sanger) – đ c k t ọ ế
qu ả
Đi n di mao qu nệ ả

Điện di gel
Applied Biosystems
PRISM 377
(Gel, 34-96 lanes)
Điện di mao quản

Applied Biosystems
PRISM 3700
(Capillary, 96 capillaries)
Sequencing (Sanger) – đ c k t ọ ế
qu ả

Sequencing (Sanger) – k t qu ế ả

Sequencing (Sanger) – k t qu ế ả
Ví d : Sequence gen S9 c a rice rugged stunt ụ ủ
virus (RRSV)
1. RT-PCR
2. Thôi gel
3. Sequencing 2 chi uề
4. Ki m tra sequenceể
5. Biên t p sequenceậ
Ph n m m biên t pầ ề ậ
-
SeqMan (DNASTAR = $$$)
-
DNA Baser (free)

Phân tích DNA
Tìm ki m chu i trên ngân hàng genế ỗ

Ngân hàng gen (Genbank)

NCBI (National Center for
Biotechnology Information)
Tìm ki m chu i S9 C n Thế ỗ ầ ơ

Phân tích DNA
Căn trình t đa chu i (multiple sequence ự ỗ
alignment)

Ph n m m ClustalXầ ề

Căn trình t đa chu i 16S ự ỗ
RNA c a 5 vi khu nủ ẩ

Phân tích DNA
Xác đ nh m c đ ng nh t ị ứ ồ ấ
nucleotide

Ph n m m Bioeditầ ề

Xác đ nh m c đ ng nh t 16S ị ứ ồ ấ
RNA c a 5 vi khu nủ ẩ

Phân tích DNA
Xác đ nh kho ng cách di ị ả
truy nề

là s thay th nts trên v trí ố ế ị
A = ? thay thế
B = ? thay thế
Ph i dùng mô hình ả
thay thế
Vd: dùng Jukes-Cantor
3.8/11 v trí (0.346/v ị ị

trí)

Phân tích DNA
Xác đ nh kho ng cách di ị ả
truy nề

Tính kho ng cách di truy n c a ả ề ủ
5 chu i 16S RNA c a 5 vi khu n ỗ ủ ẩ

Ph n m m MEGAầ ề

Phân tích DNA
Xây d ng cây ph hự ả ệ

Các thu t ậ
ngữ

- taxa
- sister taxa
- common ancestor
- clade
- nodes
- branches
- root
time
Các thu t ậ
ngữ
Taxon A
Taxon B
Taxon C

Taxon E
Taxon D
Không có ý nghĩa
•
Không có scale => không có ý nghĩa => cladograms
•
Có scale, tỷ lệ với KCDT => có ý nghĩa => phylograms (=
additive trees)
•
Có scale, tỷ lệ với thời gian => có ý nghĩa => cây tiến hóa thực
(=ultrametric trees)
Ý nghĩa các chi uề

Taxon A
Taxon B
Taxon C
Taxon D
1
1
1
6
3
5
Taxon A
Taxon B
Taxon C
Taxon D
Taxon A
Taxon B
Taxon C

Taxon D
Không
có ý
nghĩa
Cladogram Phylogram Dendrogram
(Additive tree) (Ultrametric tree)
Khoảng
cách di
truyền
Thời
gian
Ý nghĩa các chi uề

Ý nghĩa các chi uề

Hình d ng câyạ

A
S l ng câyố ượ
2 taxa
B
A
B
C
A
C
D
B
C
A

3 taxa

A
B
C
D
A
C
B
D
A
B
D
C
A
B
C
B
D
B
C
A
A
B
C
D
A
D
B
C

A
C
B
B
D
C
B
A
A
C
B
D
B
C
A
D
D
B
A
C
C
B
A
D
C
B
D
A
A
D

C
B
4 taxa

(2N - 5)!! = số cây không rễ
(2N - 3)!! = Số cây có rễ
S l ng câyố ượ
Cây đúng?