Giaỉ trình tự Gen HP125 mã hóa cho Protein

GIẢI TRÌNH TỰ GEN HP1125 MÃ HOÁ CHO
PROTEIN MÀNG NGOÀI CỦA Helicobacter pylori

Nguyễn Thị Nguyệt & Nguyễn Thị Hồng Hạnh
Viện Công nghệ Sinh Học

MỞ ĐẦU

Vi khuẩn Gram âm Helicobacter pylori là căn nguyên của
các bệnh về tiêu hoá như viêm và loét dạ dày... Vi khuẩn
cũng gắn liền với nguy cơ ung thư dạ dày ở những người
bệnh nhiễm khuẩn [1, 2]. Ở trên thế giới cũng như ở Việt
Nam, có khoảng hơn nửa dân số bị nhiễm Helicobacter
pylori.

Hiện nay, trong quá trình điều trị, bên cạnh một số biệt
dược, các bác sĩ thường chỉ định sử dùng kháng sinh cho
các bệnh nhân. Việc chữa chạy thường gặp thất bại, do rất
nhanh chóng, Helicobacter pylori trở nên kháng thuốc [3].
Hai trong những giải pháp tốt nhất để chống vi khuẩn dạ
dày mà các nhà khoa học hướng tới là i) tìm ra vacin để
phòng ngừa bệnh ii) sử dụng các thuốc ức chế sự phát triển
của vi khuẩn trong dạ dày của bệnh nhân.
Để có thể là vaccine chống nhiểm khuẩn Helicobacter
pylori, một protein được sử dụng làm kháng nguyên cần
phải có thành phần hoá học và cấu trúc ổn định. Các
protein màng ngoài của vi khuẩn dường như đáp ứng được
yêu cầu như trên.

Helicobacter pylori có thể có đến 32 protein màng ngoài
[4]. Các protein có thể đóng các vai trò khác nhau, trong đó

có vận chuyển các chất vào bên trong tế bào vi khuẩn cũng
như tương tác với môi trường xung quanh. Một trong 32
protein màng ngoài nói trên đang được nghiên cứu là
protein HP1125. Gen mã hoá cho protein đã được tạo dòng
và phân tích lần đầu tiên bởi các nhà khoa học Nam Triều
Tiên [5]. Muộn hơn, đầu 5’ của gen của 20 chủng cũng
được tạo dòng và phân tích ở Viện Công nghệ Sinh học,
Việt Nam [in press].

Các phân tích trên một số trình tự của gen HP1125 đã được
công bố cho thấy, cả gen HP1125 và protein HP1125 đều
bảo thủ. Tuy nhiên, với một đối tượng siêu đột biến như vi
khuẩn dạ dày, các trường hợp bất ngờ dường như có thể
xẩy ra. Trong bài báo này, chúng tôii công bố toàn bộ trình
tự gen HP1125 của Helicobacter pylori trong sinh thiết một
bệnh nhân Việt Nam bị loét dạ dày. Loại trừ một vài đột
biến nhỏ, gen HP1125 của vi khuẩn Việt Nam đã bị mất 2
nucleotide ở đầu 3’, dẫn đến sự xuất hiên của một protein
với thành phần khác biệt ở đầu C.

NGUYÊN LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP

Bệnh nhân và sinh thiết: Mẫu sinh thiết dạ dày được lấy
bằng phương pháp nội soi từ một bệnh nhân bị loét dạ dày
Việt nam chưa được điều trị kháng sinh ở bệnh Viện Hữu
Nghị ( Hà Nội).

Tách chiết ADN từ sinh thiết dạ dày: ADN của sinh thiết
loét dạ dày được tách chiết theo phương pháp như đã miêu
tả [6].

Khuếch đại gen HP1125 bằng phương pháp PCR: 10 ng
ADN tách chiết từ sinh thiết được dùng làm khuôn mẫu cho
phản ứng PCR trong một thể tích 25 l. Các mồi thiết kế có
trình tự như sau:

F1: ACTTGAATTCCTTGATCGGATTCTTTGATTTC.
F2:
TTTAGGATCCCCATGGATAATAAGACTGTGGCC.

Chương trình nhiệt của phản ứng PCR: 94
o
C : 1 phút., 55
o
C
: 50 s., 72
o
C: 50 s Chu kỳ 35 vòng. Sản phẩm PCR được
kiểm tra trên gel agarose 1. 2%. Đệm 1 x TAE được sử
dụng trong điện di.

Giải trình tự gel: Sản phảm PCR của gen HP1125 được
phân giải trên gel agarose 0.8% và được làm sạch khỏi các
mồi còn thừa sau phản ứng bằng Gene clean Kit. ADN với
nồng độ 10 ng/l được sử dụng để giải trình tự tại ADN
Core, trường đại học tổng hợp Michigan (Mỹ) theo phương
pháp giải trình của Hultman (6a)

Phân tích trình tự đoạn ADN: Chương trình Blast trên trang
Web được sử dụng để phân tích trình tự cũng như protein

cuar gen.

KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN

Khuếch đại gen HP1125 bằng phương pháp PCR

Toàn bộ gen HP1125 được khuyếch đại bằng phương pháp
PCR. Sản phẩm PCR là một băng ADN duy nhất có phân
tử lượng  540 cặp bazơ ( hình 1).

Hình 1. Khuyếch đại gen HP1125 bằng phương pháp PCR

M. Thang chuẩn ADN 100 cặp bazơ
1. Sản phẩm PCR có kích thướckhoảng 540 cặp bazo được
kiểm tra bằng phương pháp điện di