xác định tên một số loài thuộc chi tre (bambusa schreb.) do biến đổi hình thái ở việt nam bằng kỹ thuật phân tích and

1
ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI
TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN








NGUYỄN THỊ THÚY HẰNG







XÁC ĐỊNH TÊN MỘT SỐ LOÀI THUỘC CHI TRE
(Bambusa Schreb.) DO BIẾN ĐỔI HÌNH THÁI Ở
VIỆT NAM BẰNG KỸ THUẬT PHÂN TÍCH ADN









 

2

TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN






NGUYỄN THỊ THÚY HẰNG






“XÁC ĐỊNH TÊN MỘT SỐ LOÀI THUỘC CHI TRE
(Bambusa Schreb.) DO BIẾN ĐỔI HÌNH THÁI Ở VIỆT

NAM BẰNG KỸ THUẬT PHÂN TÍCH ADN”


















- 2012

3

MỤC LỤC

MỞ ĐẦU 1
CHƢƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 14
1.1. Giới thiệu tổng quát về một số loài thuộc chi tre (Bambusa Schreb.)
14
1.1.1. Vị trí phân loại của chi Bambusa Schreb. 14

1.1.2. Một số đặc điểm sinh học chính và giá trị sử dụng một số loài tre14
1.1.2.1. Tre Bụng phật 15
1.1.2.2. Tre Vàng sọc 16
1.1.2.3. Tre Đùi gà 17
1.1.3. Sự biến đổi hình thái do điều kiện sống của ba loài tre nghiên cứu
19
1.1.4. Tình hình phân bố tre trên thế giới và Việt Nam 20
1.1.4.1. Trên thế giới 20
1.1.4.2. Việt Nam 21
1.2. Giới thiệu một số phƣơng pháp phân loại thực vật 22
1.2.1. Phƣơng pháp hình thái học (phân loại học truyền thống) 22
1.2.2. Phƣơng pháp giải phẫu so sánh 23
1.2.3. Phƣơng pháp hoá học 24
1.2.4. Phƣơng pháp phân loại phân tử 24
1.3. Một số thành tựu nghiên cứu về phân loại học phân tử 25
1.4. Hệ gen sử dụng trong nghiên cứu phân loại phân tử ở thực vật 27
1.4.1. Cấu trúc hệ gen lục lạp 27
1.4.2. Vùng gen nhân 29
CHƢƠNG 2: VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 31
2.1. Địa điểm và thời gian nghiên cứu 31

4
2.2. Vật liệu nghiên cứu 31
2.2.1. Vật liệu 31
2.2.2. Hóa chất 32
2.2.3. Thiết bị và dụng cụ 32
2.2.4. Các cặp mồi sử dụng trong nghiên cứu 33
2.3. Phƣơng pháp nghiên cứu 33
2.3.1. Phƣơng pháp tách chiết và tinh sạch ADN tổng số 33
2.3.2. Thiết kế cặp mồi 34

2.3.3. Nhân bản gen đích bằng kỹ thuật PCR 34
2.3.5. Thôi gel và tinh sạch sản phẩm PCR 35
2.3.6. Giải mã trình tự nucleotide các đoạn ADN 35
2.3.7. Phân tích số liệu 35
CHƢƠNG 3: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 36
3.1. Kết quả tách chiết và làm sạch ADN tổng số từ các mẫu tre 36
3.2. Kết quả nhân bản trình tự ADN đích ở 01 vùng gen nhân và 03 vùng
gen lục lạp 36
3.2.1. Kết quả nhân bản gen PIF 27

3.2.2. Kết quả nhân bản gen psbA-trnH 37
3.2.3. Kết quả nhân bản gen matK 38
3.2.4. Kết quả nhân bản gen trnL - trnF 39
3.3. Kết quả gia
̉
i trình tự 4 vùng gen nghiên cứu 29

3.3.1. Kết quả giải trình tự gen PIF
39
3.3.2. Kết quả giải trình tự vùng psbA - trnH 41
3.3.3. Kết quả giải trình tự vùng gen matK 43
3.3.4. Kết quả giải trình tự vùng gen trnL-trnF 45
3.4. Mức độ tƣơng đồng nucleotide giữa các mẫu trong một loài tre
nghiên cứu 48



5
3.5. Kết quả so sánh trình tự nucleotide giữa loài tre Bụng phật, tre Vàng
sọc và loài B. vulgaris đã công bố trình tự trên Genbank 51

3.6. Kết quả so sánh trình tự nucleotide giữa loài tre Đùi gà với loài B.
ventricosa và loài B. tuldoides đã công bố trình tự trên Genbank 52
KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 57
TÀI LIỆU THAM KHẢO 59





6
DANH MỤC CÁC BẢNG
Trang

Bảng 1.1.    c  tre tr  th 
10
Bảng 1.2.  trng tre   Nam nh   12/2004 11
Bảng 2.1.              
21
Bảng 2.2.          
23
Bảng 2.3. 
24
Bảng 2.4.     
24
Bảng 3.1. 
trnL-trnF, psbA-trn 38
Bảng 3.2.   
2 trnL-trnF  psbA-trnH 39
Bảng 3.3. 
2 mat

40
Bảng 3.4. trnLF/trn
        B. vulgaris   
41
Bảng 3.5. psbA3trn
        B. vulgaris   
42
Bảng 3.6. psbtrn
     B. ventricosa   
43

7
Bảng 3.7. trnLF/trn
     B. tuldoides   
44
Bảng 3.8. psbtrn
     B. tuldoides   
44
Bảng 3.9. matK19F/mat
      B. tuldoides   
45



8
DANH MỤC CÁC HÌNH
Trang
Hình 1.1. Bambusa vulgaris) 5
Hình 1.2. Bambusa vulgaris) 6
Hình 1.3. Bambusa vulgaris) 7

Hình 1.4. Bambusa ventricosa) 8
Hình 1.5. Bambusa ventricosa) 8
Hình 1.6. Jasminum nudiflorum 18
Hình 3.1.  26
Hình 3.2  27
Hình 3.3 psbtrnH 28
Hình 3.4 matK19F/matKR 28
Hình 3.5 trnL/trnF 29
Hình 3.6.  31
Hình 3.7. psbA-trn 33
Hình 3.8.  gen mat 35
Hình 3.9. trnL-trn
 37
Hình 3.10. 





 -






 Bambusa vulgaris 









trnL-trnF (A) 

psbA-trnH (B) 42
Hình 3.11. 





 -






 Bambusa ventricosa 









gen psbA-trnH 43
Hình 3.12. 





 -






Bambusa tuldoides 







ng gen
trnL-trnF (A), psbA-trn 45

9
DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT

ADN Axit Deoxyribonucleic
ARN Axit Ribonucleic

Barcode 
bp 
BTTNVN 
CNSH 
cpDNA Choloroplast Deoxyribonucleic Acid. (Axit Deoxyribonucleic )
cs 
CTAB Cetyl Trimethyl Amonium Bromide
cv 
dNTP 
ddNTP 
EDTA Ethylene Diamine Tetraacetic Acid
EtBr Ethidium Bromide
Genbank 
ITS Internal Transcribed Spacer
kb )
MEGA Software of Molecular Evolution Genetics Analysis (
)
MP Maximum Parsimony
NCBI National Center for Biotechnology Information (
)
Nxb 

10
NJ Neighbor Joining
OD 
PCR Polymerase Chain Reaction (gen)
psbA  
PIF P instability factor ( 
tARN Transfer-ARN ()
trnF ARN 

trnH ARN Histidine
trnL ARN 
TE Tris  EDTA
TEs Transpoable elements
TAE Tris - Acetate - EDTA
Tm 
UV 


11
MỞ ĐẦU



 l

 


Bambusa Schreb.  [51]

  
 . Tuy

  tre 

  
 
                


 (Bambusa vulgaris Schr.cv Wamin McClure) 
 (Bambusa vulgaris Schr. ex Wendland.cv Vittata McClure) 
 Bambusa vulgaris [15],      

 (13- 
  30 cm, t
4  10 cm), t

             
 [15, 51] 

12

     
(2006) [16, 51] Bambusa ventricosa McClure
      V  0   
(1995) [15, 4, 34] Bambusa tuldoides







 




    Bambuso ideae         

Bambusa Schreb

  

     [21] 



13

tre (Bambusa Schreb.
“Xác định tên
một số loài thuộc chi tre (Bambusa Schreb.) do biến đổi hình thái ở Việt Nam
bằng kỹ thuật phân tích ADN”. 
-        
(trnL-trnF, psbA-trnmatK) cho  tre Bambusa
vulgaris Schr. cv Wamin     Bambusa vulgaris Schr. ex
Wendland. cv Vittata Bambusa ventricosa McClure )  






 
-    
 
- B. vulgaris ?
- B. ventricosa  B.
tuldoides)  ?

14
CHƢƠNG 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU

1.1. Giới thiệu tổng quát về một số loài thuộc chi tre (Bambusa Schreb.)
1.1.1. Vị trí phân loại của chi Bambusa Schreb.


             

 : Plantae
 (division) : Magnoliophyta
 (classic) : Liliopsida
 : Poales
 : Poaceae
Chi ( genus) : Bambusa Schreb.
1.1.2. Một số đặc điểm sinh học chính và giá trị sử dụng một số loài tre
 tr

 

    [17].    
        
              
. 
 





[16]. 
  

15
1.1.2.1. Tre Bụng phật
Bambusa vulgaris Schr.cv Wamin McClure
: Bambusa wanin Camus
 20cm.
: cao 4  
 

 12c ; 
 7c

4  5cm. ng 3   
 
  

Mo t thang, m, 
. Tai
mo 
 hay ng    3cm,

1mm. T.


      


Hình 1.1. Bambusa vulgaris
 
A
B
C

16






Hình 1.2. Bambusa vulgaris

1.1.2.2. Tre Vàng sọc
Bambusa vulgaris Schr. ex Wendland. cvVittata McClure (1961)
  30cm.
   hay
 - 
khi m
, khi

  
 

 
,  ,
 . Tai mo h,
  


 hay i 22  3  3,6cm,
 
  
 


A
B
C

17


  
 trong   

Tre V r [15] 

re B

 

Hình 1.3. Bambusa vulgaris

1.1.2.3. Tre Đùi gà
: Bambusa ventricosa McClure

  
 
- - 2,5cm,
 10cm, p 
 





A B C

18
  
  
 


 


 
 80% trong

 30%.  
Bambusa tuldoides) [15].







Hình 1.4. Bambusa ventricosa

A
B
C

Hình 1.5. Bambusa ventricosa

A
B
C

19
1.1.3. Sự biến đổi hình thái do điều kiện sống của ba loài tre nghiên cứu
 Bambusa vulgaris
[15]           
 4   30cm x 2,2  
 
 
 
 6

 (20  3 10
                
 

 Theo
 [15, 51] 
,


Bambusa tuldoidesBambusa ventricosa
ph               
 6, 33
  18cm x 1,8 
2cm;  24cm x 2,1   

        
 


[15]. ), S. E.A.
Widjaja (1995), But & Chia (1995), Ohrnberger (1999) [15, 4, 35, 32, 52] 
B. ventricosa Mc Clure (1938) ( )    B. tuldoides

20
Munro (1868) 
 
t McClure (1938), 
 [46, 16, 51] 
                
 

  
1.1.4. Tình hình phân bố tre trên thế giới và Việt Nam
1.1.4.1. Trên thế giới

 
[15]

nhau [35]. Theo Rao and Rao (1

[54, 55]
1.1  


Bảng 1. 1.    c tre tr  th  [54]


N
ƣ
ớ
c
Số chi
Số
loài
Diện tích
(ha)
(ha)
Nƣớc-Vùng
lãnh thổ
thổ
Số chi

Số loài
Diện tích
(ha)
(ha)
Trung Q
26
300
2.900.000
Singapore
6
23

Nht Bn
13
237
825.000

8
20
6.000.000

23
125
9.600.000
Papua New Guinea

26

Vit Nam
16

92*
1.942.000
Srilanka
7
14

Myanma
20
90
2.200.000
n Q
10
13

Indonexia
10
65
50.000



40
140.000
Phillipnines
8
54

Madagaxca
11
40

Malaysia
7
44

Chu M
20
45

Thai Lan
12
41
1.000.000
xtralia
4
4

Ghi *: Nay k hn 200 lo



21
1.1.4.2. Việt Nam

 


[33, 44]. Theo Biswas (1995) [31] 
.1
005) [42] 

 


[51].

 [2]

               
1.2),

- 
- 
- 
Bảng 1.2.  trng tre   Nam nh   12/2004 [2]

Các loại rừng tre trúc
Din tích
(ha)
Phân chia theo chức năng (ha)
Rừng đặc
chủng
Rừng
phòng hộ
Rừng sản
xuất
Rng tre trc  nhin thun loi
799.130
82.409
343.035
373.686

Rng tre trc  nhin hn loi
682.642
113.850
319.266
249.526
Rng tre trc trng
81.484
285
10.186
71.013
 cng
1.563.256
196.544
672.487
694.225


22








 





 
.
1.2. Giới thiệu một số phƣơng pháp phân loại thực vật


 

 

 

1.2.1. Phƣơng pháp hình thái học (phân loại học truyền thống)
         


               

23


 27]





            











 [27].
1.2.2. Phƣơng pháp giải phẫu so sánh
XI

               
 

 



24
1.2.3. Phƣơng pháp hoá học
           rong

 
- 

  u    
ang 
ng p
 

1.2.4. Phƣơng pháp phân loại phân tử

 
 
ADN     
 
 
[30, 53].
Nguyên lý của phân loại học phân tử
 ADN, ARN ein,



ADN  





 

25
  Gilbert ( 1977, 1980)
[30]  
 

 
 
 



             c

 [30]
 


1.3. Một số thành tựu nghiên cứu về phân loại học phân tử
Ngoài nƣớc
      

 . 
  

 

de  

 
 

 
