Nghiên cứu đa dạng di truyền tập đoàn lúa có khả năng chịu mặn của Việt Nam bằng chỉ thị SSR

Mục lục
ĐẶT VẤN ĐỀ.................................................................................................................................3
I. TỔNG QUAN TÀI LIỆU..............................................................................................................5
1.1 Các vùng lúa nhiễm mặn ở Việt Nam...............................................................................5
1.2 Chỉ thị phân tử SSR và ứng dụng trong nghiên cứu, xác định gen chống chịu mặn.....5
1.2.1 Chỉ thị phân tử SSR...........................................................................................................5
1.2.2 Ứng dụng của chỉ thị SSR trong xác định gen chống chịu mặn.....................................6
1.2.2.1. Ứng dụng của chỉ thị SSR trong xác định gen chống chịu mặn trên thế giới.................7
1.2.2.2 Ứng dụng của chỉ thị SSR trong xác định gen chống chịu mặn ở Việt Nam....................8
II. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU...................................................................9
2.1. Vật liệu.................................................................................................................................9
2.2. Phương pháp nghiên cứu.................................................................................................11
2.2.1 Tách chiết ADN tổng số và đo độ tinh sạch......................................................................11
2.2.2. Sử dụng các chỉ thị SSR liên kết chặt với QTL chịu mặn Saltol để xác định sự có mặt
của gen chịu mặn trên các giống lúa nghiên cứu.......................................................................12
III. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN..................................................................................................15
3.1. Kết quả tách chiết ADN tổng số.........................................................................................15
3.2. Hệ số PIC, số allele và tổng số băng ADN thể hiện trên từng cặp mồi..............................15
3.3. Tỷ lệ khuyết số liệu (M) và tỷ lệ dị hợp tử (H) của các giống lúa chịu mặn nghiên cứu...17
3.4. Xác định các allele hiếm xuất hiện trong tập đoàn lúa chịu mặn nghiên cứu....................19
3.5. Kết quả phân tích mối quan hệ di truyền của các giống lúa Chịu mặn nghiên cứu............20
IV. KẾT LUẬN.................................................................................................................................24
TÀI LIỆU THAM KHẢO...............................................................................................................25

1


ĐẶT VẤN ĐỀ
Lúa gạo là cây lương thực quan trọng đối với con người. Trên thế giới cây lúa
được xếp vào vị trí thứ hai sau cây lúa mì về diện tích và sản lượng. Ở Châu Á, lúa gạo
được coi là cây lương thực quan trọng nhất, chiếm diện tích 135 triệu trong tổng số 148,4

triệu ha trồng lúa của toàn thế giới. Trong tương lai, xu thế sử dụng lúa gạo sẽ còn tăng
hơn vì đây là loại lương thực dễ bảo quản, dễ chế biến và cho năng lượng khá cao. Theo
tính toán của Peng và cộng sự (1999), đến năm 2030 sản lượng lúa của thế giới phải đạt
800 triệu tấn mới có thể đáp ứng được nhu cầu lương thực của con người [14].
Trong tình trạng nguồn lương thực khan hiếm và giá lương thực tăng như hiện nay,
thế giới sẽ phải đối mặt với nguy cơ thiếu lương thực. Theo một nghiên cứu của trường
Đại học Stanford, đến năm 2030 sản lượng lương thực ở châu Á sẽ giảm 10% hoặc hơn,
đặc biệt là sản phẩm lúa gạo. Năng suất và sản lượng lúa luôn bị đe doạ bởi thiên tai, sâu
bệnh và các yếu tố môi trường. Trong đó, yếu tố đáng chú ý là hiện tượng đất nhiễm mặn.
Đất trồng trọt bị ảnh hưởng mặn ước khoảng 380 triệu ha, chiếm 1/3 diện tích đất trồng
trên toàn thế giới.
Việt Nam với đường bờ biển dài 3.620 km trải dài từ Bắc vào Nam, hàng năm
những vùng trồng lúa ven biển chịu ảnh hưởng rất nhiều do sự xâm thực của biển. Theo
thống kê, năm 2000 là 606.792 ha [5]. Theo báo cáo mới nhất của Cục trồng trọt, tại
Đồng bằng sông Cửu Long, xâm ngập mặn đã ảnh hưởng đến 620.000 ha/1.545.000 ha
lúa đông xuân năm 2009 - 2010, chiếm 40% diện tích toàn vùng, tại các tỉnh ven biển
như Tiền Giang, Trà Vinh, Sóc Trăng, Bạc Liêu, Cà Mau, Kiên Giang và Bến Tre. Trong
đó, diện tích có nguy cơ bị xâm ngập mặn cao khoảng 100.000 ha/650.000 ha, chiếm
16% diện tích canh tác lúa của các tỉnh trên [4]. Đặc biệt, trong điều kiện khí hậu toàn
cầu đang thay đổi, hiện tượng băng tan ở hai cực, nước biển dâng lên đe dọa các vùng đất
canh tác thấp ven biển. Như vậy, đất nhiễm mặn là một trong những yếu tố chính gây khó
khăn cho chiến lược phát triển sản lượng lúa gạo, và ảnh hưởng xa hơn là mục tiêu đảm
bảo an ninh lương thực thế giới sẽ khó hoàn thành. Do đó, việc hạn chế mức độ gây hại
của sự nhiễm mặn đến năng suất lúa gạo là một vấn đề cần được quan tâm nghiên cứu.
Để đáp ứng được yêu cầu này, việc chọn tạo ta các giống cây trồng chịu mặn là rất

2


cần thiết. Vì vậy, chúng tôi tiến hành chuyên đề “Nghiên cứu đa dạng di truyền tập

đoàn lúa có khả năng chịu mặn của Việt Nam bằng chỉ thị SSR”.
Kết quả nghiên cứu sẽ cung cấp cơ sở dữ liệu và vật liệu cho các nghiên cứu khoa
học tiếp theo về cây trồng chống chịu mặn, đồng thời, góp phần vào công tác chọn tạo
giống lúa có khả năng chịu mặn, phẩm chất gạo tốt, năng suất cao, phù hợp với điều kiện
canh tác lúa vùng nhiễm mặn và cơ cấu sản xuất lúa vùng nhiễm mặn ở Việt Nam, giúp
người nông dân trồng lúa vùng nhiễm mặn tăng thêm thu nhập, giảm đói nghèo.

3


I. TỔNG QUAN TÀI LIỆU
1.1. Các vùng lúa nhiễm mặn ở Việt Nam
Ở Việt Nam, do tác động của biển, các vùng nhiễm mặn tập trung chủ yếu ở hai
vùng châu thổ lớn là Đồng bằng Sông Hồng và Đồng bằng sông Cửu Long. Ảnh hưởng
của nước biển ở vùng cửa sông và đất liền ở Đồng bằng Sông Hồng chỉ khoảng 15 km,
nhưng ở vùng Đồng bằng sông Cửu Long lại có thể xâm nhập tới 40 - 50 km. Nhóm đất
mặn có diện tích khoảng một triệu ha, căn cứ vào nồng độ muối hoà tan với tỷ lệ Clo (Cl)
trong đó, Hội Khoa học Đất Việt Nam chia đất mặn ra theo bảng sau.
Bảng 1.1 Phân loại đất mặn
Độ mặn
Rất mặn
Mặn nhiều
Mặn trung bình
Mặn ít

Tỷ lệ muối hòa tan (%)
 1,0
0,5 - 1,0
0,25
 0,25

Nồng độ Cl (%)
 0,25
0,15 - 0,25
0,05 - 0,15
 0,05

1.2 Chỉ thị phân tử SSR và ứng dụng trong nghiên cứu, xác định gen chống chịu
mặn.
1.2.1 Chỉ thị phân tử SSR
Simple sequence repeat (SSR) là một trong những chỉ thị phân tử quan trọng nhất.
SSR marker được sử dụng rộng rãi trong dấu chuẩn phân tử ADN, lập bản đồ, MAS, và
trong những nghiên cứu về đá dạng di truyền và di truyền quần thể. SSR hay
microsatelites (các vi vệ tinh) còn có các tên khác như: SSLPs (single sequence length
polymorphisms), STRs (short tADNom repeats) là trình tự ADN lặp tồn tại trong hệ gen
sinh vật, có chiều dài khác nhau, phân bố một cách ngẫu nhiên. Mỗi đơn vị lặp thường có
số lượng không vượt quá 5 nucleotit (có tài liệu nói đoạn lặp có thể có từ 1-6 nucleotit)
[16]. Ví dụ về trình tự lặp như (AT)n, (CT)n, (ATT)n (n là số lần lặp lại và có sự biến
thiên giữa các alen). Số lần lặp lại của mỗi đơn vị có thể từ 10 đến 100 lần. ở lúa người ta
đã phát hiện ra các kiểu trình tự lặp như: GA, GT, CAT, CTT.
Các đoạn ADN nhắc lại có trình tự hai đầu rất đặc trưng. Bởi vậy trình tự đặc
trưng ở hai đầu của đoạn nhắc lại được sử dụng để thiết kế mồi cho phản ứng PCR. Do có

4


sự khác nhau về chiều dài giữa các đoạn nhắc lại mà kỹ thuật này rất phù hợp trong
nghiên cứu đa hình, lập bản đồ và phân lập gen. Cũng giống như kỹ thuật RADP, kỹ thuật
SSR đơn giản, thuận tiện, không tốn kém. Mặt khác, SSR là chỉ thị đồng trội nên nó được
sử dụng để phát hiện các cá thể dị hợp tử, và lập bản đồ gen khi sử dụng quần thể F2 [3].

1.2.2 Ứng dụng của chỉ thị SSR trong xác định gen chống chịu mặn
Trên thực tế, việc chọn giống chống chịu stress mặn dựa trên kiểu hình rất khó do
có sự tương tác giữa các gen. Nhờ chỉ thị phân tử mà công việc xác định gen chống chịu
mặn, chọn, tạo giống chống chịu trở lên dễ dàng, chủ động và chính xác hơn.
Xác định gen kháng bằng chỉ thị phân tử nghĩa là sử dụng các chỉ thị phân tử liên
kết chặt với các gen kháng và các QTLs để chọn được các cá thể mang gen kháng trong
quần thể phân li. Độ chính xác của phương pháp này có thể lớn hơn 99,75% khi gen
kháng kẹp giữa hai chỉ thị liên kết với gen kháng đó và khoảng cách di truyền từ chỉ thị
phân tử đến gen kháng nhỏ hơn 5cM. Bằng cách chọn lọc này, các tổ hợp gen kháng khác
nhau được chọn lọc là dựa trên kiểu gen thay vì dựa trên kiểu hình [18].
Về cơ bản các loại chỉ thị trên đều có thể được ứng dụng để lập bản đồ di truyền
hoặc nghiên cứu sự đa dạng di truyền hoặc phân lập gen, hoặc xác định gen,…. Tuy
nhiên, mỗi loại chỉ thị có ưu nhược điểm riêng vì thế tuỳ vào mục đích, yêu cầu và điều
kiện cụ thể của mỗi nghiên cứu mà lựa chọn sử dụng chỉ thị nào cho thích hợp.
Trong số các chỉ thị phân tử thì SSR có nhiều ưu điểm: đơn giản, dễ thực hiện,
nhanh, chính xác, độ đa hình cao và kinh tế.
Sự phát triển của marker phân tử và bản đồ gen cây lúa trong những năm gần đây
đã được ứng dụng vào mục đích xác định các QTL điều khiển tính chống chịu mặn của
cây, hiện diện trên các nhiễm sắc thể khác nhau. Các nghiên cứu của Gregorio (1997) và
Niones (2004) đã lập được bản đồ gen rất chi tiết cho QTL “Saltol” hiện diện trên nhiễm
sắc thể số 1, quyết định tới khoảng 40 - 65% tính chống chịu mặn của lúa [6, 11].

5


Hình 1.1. Đoạn gen Saltol trên nhiễm sắc thể số 1 của lúa, vị trí xác định của các SSR
marker [11]
1.2.2.1. Ứng dụng của chỉ thị SSR trong xác định gen chống chịu mặn trên thế giới
Mohammadi - Nejad và ctv (2008) thí nghiệm 33 SSR marker đa hình trên đoạn
Saltol của nhiễm sắc thể số 1 nhằm xác định mức độ liên kết và hữu dụng của các marker

này trong chọn giống chống chịu mặn. Các SSR marker này được dùng để thử nghiệm
trên 36 giống lúa được phân loại thành 5 nhóm: rất chống chịu, chống chịu, chịu mặn
trung bình, nhiễm mặn và rất nhiễm mặn qua thanh lọc mặn nhân tạo. Trong số 33 marker
có 6 marker: RM10745, RM1287, RM8094, RM3412, RM493 và RM140 liên kết chặt
với đoạn Saltol ở vị trí 10,8 - 12,28 Mb. Đoạn Saltol được có thể nằm trong vị trí có chứa
các marker RM8094, RM3412, RM493. Các giống lúa IR70023, IR65858, IR69588,
IR74105, IR71832, IR74099, Cherivirrupo và IR66946-3R-178-1-1 (FL478) có sản phẩm
PCR giống như sản phẩm PCR của Pokkali khi được nhân bản bởi marker RM8094 và
cho tính chống chịu rất tốt hoặc tốt đối với mặn. Do đó, marker RM8094 thể hiện liên kết
thuận và chặt chẽ với tính kháng mặn ở giai đoạn mạ. Mohammadi - Nejad và ctv (2008)
càng khuyến cáo việc sử dụng hai marker RM8094 và RM10745 trong xác định kiểu gen

6


của cây lúa chống chịu mặn có mang đoạn QTL Saltol trong các chương trình lai tạo
giống lúa chịu mặn [10].
1.2.2.2 Ứng dụng của chỉ thị SSR trong xác định gen chống chịu mặn ở Việt Nam
Lang và ctv (2001) đã sử dụng 74 chỉ thị RFLP kết hợp với 91 cặp mồi SSR trên
quần thể RIL F8 của tổ hợp lai Tenasai 2/CB và đã lập được bản đồ QTL của một số tính
trạng mục tiêu liên quan đến hiện tượng chống chịu mặn ở cây lúa (Hình 1.2) [1].
Bùi Chí Bửu và ctv (2000) đã sử dụng 30 SSR marker để lập bản đồ gen cho tính
chống chịu mặn của quần thể F3 gồm 257 cá thể phân ly, phát triển từ tổ hợp lai
IR28/Đốc Phụng. Các tác giả xác định 10 SSR marker cho thể đa hình của các sản phẩm
PCR giữa các cá thể phân ly và bố mẹ. Tuy nhiên chỉ có marker RM223 liên kết với gen
chống chịu mặn với khoảng cách là 6,3 cM trên nhiễm sắc thể số 8. RM223 nhân bản
đoạn ADN có kích thước 120 bp, liên kết với gen chống chịu mặn, từ giống Đốc Phụng
và sản phẩm PCR có kích thước 160 bp từ giống nhiễm IR28 [1]. Nguyễn Thị Lang và
ctv (2001) báo cáo marker OSR1 và RM315 liên kết với QTL cho tính chống chịu mặn ở
lúa, định vị trên nhiễm sắc thể số 1 [1].

7


Hình 1.2: Bản đồ QTL của những tính trạng mục tiêu liên quan đến hiện
tượng chống chịu mặn trên quần thể F8 (RIL) của tổ hợp lai Tenasai 2/CB
II. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
2.1. Vật liệu
Vật liệu nghiên cứu là 38 giống lúa Chịu mặn được thu thập ở nhiều địa phương
khác nhau, đang được lưu giữ và bảo tồn tại Ngân hàng gen hạt của Trung tâm Tài
nguyên Thực vật (bảng 2.1).
Bảng 2.1: Danh sách 38 giống lúa thu thập dùng trong nghiên cứu
TT Kí
hiệu

Tên giống

Vùng trồng

TT

Kí
hiệu

Tên giống

Vùng
trồng

1

M1

Chiêm đá

20

M20

OM 9921

Vĩnh Long

21

M21

Nàng quất điểm

Tiền Giang

22

M22

Nàng neo

Long An

23

M23

Ngoi tía

Nam Định

24

M24

Nếp cúc

Ninh Bình

Lúa đỏ

Quảng Ninh
Quảng Nam
Đà Nẵng
Quảng Nam
Đà Nẵng
Quảng Nam
Đà Nẵng
Thừa Thiên
Huế
Quảng Bình

2

M2

Lúa mặn

3

M3

Nếp mặn

4

M4

Nước mặn

5

M5

Háu trắng

6

M6

25

M25

OM 5981

Vĩnh Long

7

M7

Lúa ven

Quảng Bình

26

M26

Tép Hành

Vĩnh Long

8

M8

Tẻ chăm

Quảng Bình

27

M27

Lúa sỏi

Trà Vinh

9

M9

Quảng trắng

Quảng Trị

28

M28

Nàng Co Đỏ 2

Bạc Liêu

10

M10

Nếp trứng

Quảng Trị

29

M29

Ba túc

Trà Vinh

11

M11

Chiêm đỏ

Quảng Trị

30

M30

Một Bụi Đỏ

Bạc Liêu

12

M12

Chiêm mặn

Quảng Trị

31

M31

Thần Nông Đuôi

Bạc Liêu

13

M13

Lúa nước mặn

Quảng Ngãi

32

M32

Một bụi vàng

Bạc Liêu

14

M14

Nếp Quảng Ngãi

Bình Định

33

M33

Móng chim rơi

Bạc Liêu

15

M15

Lúa ngoi

Quảng Ninh 34

M34

Ba bụi sớm

Bạc Liêu

16

M16

Lúa bông dừa

Trà Vinh

35

M35

Đốc phụng 2

Bạc Liêu

17

M17

Lùm cần

36

M36

OM 5464

Vĩnh Long

18

M18

Trắng chùm

37

M37

OM5166

Vĩnh Long

19

M19

OM 9915

Trà Vinh
TP Hồ Chí
Minh
Vĩnh Long

38

M38

OM 4059

Vĩnh Long

8

Sử dụng 30 cặp mồi SSR để phân tích đa dạng di truyền của các giống lúa
chịu mặn thuộc các locus RM được chọn lọc từ 2240 cặp mồi, do hãng Invitrogen
cung cấp dựa vào các thông tin về trình tự, kích thước, số allele chuẩn trên mỗi
locus, vị trí phân bố của các locus ở trên 12 NST khác nhau.
Bảng 2.2: Thông tin về các cặp mồi trong nghiên cứu
TT Tên mồi
1

RM302

2

RM323

3

RM341

4

RM318

5

RM138

6

RM174

7

RM156

8

RM143

9

RM135

10

RM142

11

RM13

12

RM153

13

RM161

14

RM30

15

RM345

16

RM340

17

RM172

Trình tự mồi
3’-TCATGTCATCTACCATCACAC-5’
5’-ATGGAGAAGATGGAATACTTGC-3’
3’-CAACGAGCAAATCAGGTCAG-5’
5’-GTTTTGATCCTAAGGCTGCTG-3’
3’-CAAGAAACCTCAATCCGAGC-5’
5’-CTCCTCCCGATCCCAATC-3’
3’-GTACGGAAAACATGGTAGGAAG-5’
5’-TCGAGGGAAGGATCTGGTC-3’
3’-AGCGCAACAACCAATCCATCCG-5’
5’-AAGAAGCTGCCTTTGACGCTATGG
3’-AGCGACGCCAAGACAAGTCGGG-5’
5’-TCCACGTCGATCGACACGACGG-3’
3’-GCCGCACCCTCACTCCCTCCTC-5’

5’-TCTTGCCGGAGCGCTTGAGGTG-3’
3’-GTCCCGAACCCTAGCCCGAGGG-5’
5’-AGAGGCCCTCCACATGGCGACC-3’
3’-CTCTGTCTCCTCCCCCGCGTCG-5’
5’-TCAGCTTCTGGCCGGCCTCCTC-3’
3’-CTCGCTATCGCCATCGCCATCG-5’
5’-TCGAGCCATCGCTGGATGGAGG-3’
3’-TCCAACATGGCAAGAGAGAG-5’
5’-GGTGGCATTCGATTCCAG-3’
3’-GCCTCGAGCATCATCATCAG-5’
5’-ATCAACCTGCACTTGCCTGG-3’
3’-TGCAGATGAGAAGCGGCGCCTC-5’
5’-TGTGTCATCAGACGGCGCTCCG-3’
3’-GGTTAGGCATCGTCACGG-5’
5’-TCACCTCACCACACGACACG-3’
3’-ATTGGTAGCTCAATGCAAGC-5’
5’-GTGCAACAACCCCACATG-3’
3’-GGTAAATGGACAATCCTATGGC-5’
5’-GACAAATATAAGGGCAGTGTGC-3’
3’-TGCAGCTGCGCCACAGCCATAG-5’
5’-CAACCACGACACCGCCGTGTTG-3’

9

NST

Kích thước (bp)

1

120-191

1

241-244

2

126-186

2

134-154

2

104-155

2

207-222

3

150-160

3

195-207

3

119-131

4

235-238

5

124-154

5

196-234

5

165-189

6

171-183

6

152-167

6

118-191

7

159-165


18

RM264

19

RM284

20

RM337

21

RM245

22

RM257

23

RM171

24

RM239

25

RM224

26

RM286

27

RM17

28

RM270

29

RM277

30

RM309

3’-GTTGCGTCCTACTGCTACTTC-5’

5’-GATCCGTGTCGATGATTAGC-3’
3’-ATCTCTGATACTCCATCCATCC-5’
5’-CCTGTACGTTGATCCGAAGC-3’
3’-GTAGGAAAGGAAGGGCAGAG-5’
5’-CGATAGATAGCTAGATGTGGCC-3’
3’-ATGCCGCCAGTGAATAGC-5’
5’-CTGAGAATCCAATTATCTGGGG-3’
3’-CAGTTCCGAGCAAGAGTACTC-5’
5’-GGATCGGACGTGGCATATG-3’
3’-AACGCGAGGACACGTACTTAC-5’
5’-ACGAGATACGTACGCCTTTG-3’
3’-TACAAAATGCTGGGTACCCC-5’
5’-ACATATGGGACCCACCTGTC-3’
3’-ATCGATCGATCTTCACGAGG-5’
5’-TGCTATAAAAGGCATTCGGG-3’
3’-GGCTTCATCTTTGGCGAC-5’
5’-CCGGATTCACGAGATAAACTC-3’
3’-TGCCCTGTTATTTTCTTCTCTC-5’
5’-GGTGATCCTTTCCCATTTCA-3’
3’-GGCCGTTGGTTCTAAAATC-5’
5’-TGCGCAGTATCATCGGCGAG-3’
3’-CGGTCAAATCATCACCTGAC-5’
5’-CAAGGCTTGCAAGGGAAG-3’
3’-GTAGATCACGCACCTTTCTGG-5’
5’-AGAAGGCCTCCGGTGAAG-3’

8

148-178

8

141-149

8

154-194

9

136-146

9

120-170

10

310-356

10

100-150

11

120-152

11

99-128

12

160-171

12

104-117

12

117-126

12

158-180

2.2. Phương pháp nghiên cứu
2.2.1 Tách chiết ADN tổng số và đo độ tinh sạch
2.2.1.1 Tách chiết ADN tổng số
Mẫu lá của từng giống được thu thập riêng rẽ và tách chiết ADN tổng số theo
phương pháp CTAB của Obara và Kako (1998) có cải tiến [12]. Quy trình tách chiết như
sau:
1. Nghiền 1,5 - 2 g lá tươi trong nitơ lỏng thành dạng bột mịn bằng chày và cối sứ.
2. Chuyển bột này sang ống falcon 15ml, sau đó bổ sung 6 ml đệm chiết CTAB (đã được
làm nóng đến 650C).
3. Đảo đều và ủ mẫu ở 650C trong thời gian 60 phút, 10 phút đảo đều một lần.

10

4. Làm lạnh đến nhiệt độ phòng. Bổ sung 4 ml Chloroform/Isoamyl alcohol (24:1), đảo
đều trong 10 phút.
5. Ly tâm 13000 vòng/phút ở nhiệt độ phòng.
6. Sau đó chuyển dịch trong phía trên ống falcon sang một ống mới (4ml). Bổ sung một
thể tích tương đương (4ml) Isopropanol, đảo đều, giữ ở nhiệt độ - 200C trong 30 phút.
7. Tủa ADN bằng máy ly tâm với tốc độ 10000 vòng/phút trong 10 phút. Rửa tủa 2 - 3
lần mỗi lần với 1 ml Ethanol 70%.
8. Làm khô tủa ở nhiệt độ phòng. Thêm 2 ml đệm TE và 15 µl RNase A (10 mg/ml). Ủ ở
37oC trong 3h.
9. Chuyển dung dịch ADN vào một ống mới. Thêm 2 ml dung dịch phenol - chloroform isoamyl alcohol (25:24:1), đảo đều trong 5 - 10 phút và ly tâm 10 phút ở 10000 vòng/phút.
10. Chuyển phần dịch phía trên vào ống mới. Thêm 750 µl NaCl 5M và 3ml Ete bão hòa
hơi nước. Trộn đều và ly tâm 10 phút ở 10000 vòng/phút.
11. Loại bỏ lớp Ete bên trên. Cẩn thận chuyển phần bên dưới vào ống mới
12. Thêm 3 ml isopropanol, trộn đều và làm lạnh ở - 20°C trong 30 phút. Lấy ADN ra
bằng đầu pipet hoặc đũa thủy tinh.
13. Rửa tủa 3 lần với 1,5 ml ethanol 70%.
14. Làm khô tủa ở nhiệt độ phòng. Thêm 800 µl đệm TE để hòa tan tủa.
15. Giữ dung dịch ADN ở - 20°C.
2.2.1.2 Đo độ tinh sạch của ADN
Sau khi tách chiết, độ tinh sạch và nồng độ của ADN được đánh giá bằng phương
pháp điện di trên agarose 1% trong môi trường đệm TBE 0,5X với thang ADN  (nồng
độ 50 ng/µl) làm chuẩn, trong 30 phút, nguồn điện 100V. Sau khi chạy điện di, tiến hành
nhuộm bản gel bằng thuốc nhuộm ethidium bromide. Việc chụp mẫu và đo nồng độ được
thực hiện bằng máy Molecular imager FX.
2.2.2. Sử dụng các chỉ thị SSR liên kết chặt với QTL chịu mặn Saltol để xác định sự có
mặt của gen chịu mặn trên các giống lúa nghiên cứu
2.2.2.1 Phương pháp PCR với mồi SSR
Phản ứng PCR được tiến hành trên máy Mastercycler - personal.

11


Mỗi phản ứng PCR bao gồm các thành phần được trình bày ở bảng 2.3.
Bảng 2.3: Thành phần của một phản ứng PCR
STT
Thành phần
1
Nước cất hai lần khử ion
2
Đệm PCR 10X
3
MgCl2 25mM
4
dNTPs 10mM
5
Taq DNA polymerase 5U/µl
6
Mồi xuôi 10µM
7
Mồi ngược 10µM
8
DNA
Tổng thể tích của một phản ứng

Thể tích (µl)
6.2
1.5
1.2

0.3
0.3
1.5
1.5
2.5
15.0

Sau khi các ống eppendof đã có đủ thành phần, hàm lượng các chất cần thiết, tiến
hành xếp ống vào máy và đặt chương trình chạy cho máy. Chu trình nhiệt trong máy PCR
được đặt như sau:
Bảng 2.4: Các bước phản ứng trong máy PCR
Các bước Nhiệt độ (oC) Thời gian Số chu kỳ
I
94
5’
1
II
94
1’
35
56
45’
72
1’
IV
72
7’
1
V
4

30’
1
Bảo quản mẫu ở 40C
2.2.2.2 Kiểm tra kết quả trên gel Polyacrylamide
Sản phẩm thu được từ phản ứng PCR được kiểm tra trên gel polyacrylamide 12%,
trong môi trường đệm TAE 1X, sử dụng ladder 50 bp làm chuẩn.
Việc kiểm tra sản phẩm phản ứng PCR được tiến hành cụ thể như sau:
- Chuẩn bị gel polyacrylamide:
Bảng 2.5: Thành phần gel polyacrylamide

12


Acrylamide 6%
14ml

APS 10%
800 μl

TEMED
52μl

Nước đề icon
70ml

Chuẩn bị khay gel và lược (tất cả phải được vệ sinh sạch sẽ trước khi tiến hành
ghép hay đổ gel).
- Điện di sản phẩm:
Khi gel đông lại (sau khoảng 30 - 60 phút), rút lược ra, vệ sinh bản gel bằng
TAE1X, cho khay chứa gel vào máy điện di có sẵn dung dịch đệm TAE 1X. Lấy 3µl mẫu

(chứa sản phẩm của quá trình PCR), trộn đều với 3µl dung dịch loading 1,5X và tra vào
các giếng. Để đo kích thước băng chúng tôi sử dụng ladder 50bp làm chuẩn. Sau đó, đặt
máy điện di ở chế độ 250V trong thời gian 3 phút, tiếp theo, đặt ở nguồn điện 70V trong
thời gian 3 giờ 20 phút.
- Nhuộm gel và ghi nhận kết quả:
Sau khi điện di, tiến hành nhuộm bản gel trong dung dịch ethidium bromide (0,5
ng/ml) trong 30 phút. Soi và chụp ảnh băng sản phẩm điện di trên máy soi UV của hãng
UVP, dựa vào đó xác định sản phẩm PCR thu được.

13


III. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
3.1. Kết quả tách chiết ADN tổng số
Trong nghiên cứu này, chúng tôi chọn phương pháp CTAB của Obara và Kako
(1998) có cải tiến để tách chiết ADN hệ gen từ lá của các giống lúa nghiên cứu. Nguyên
lý cơ bản của phương pháp này là sử dụng chất tẩy cetyl-trimethyl-amonium-bromid
(CTAB), chất này có khả năng hòa tan các chất giải phóng ra từ màng tế bào sau khi
màng của chúng bị phá vỡ, ADN dễ hòa tan hơn nhiều so với các chất khác. Vì vậy,
CTAB đóng vai trò là chất chính trong tách chiết axit nucleic [12].
Sau khi tách chiết và thu được ADN, chúng tôi tiến hành kiểm tra chất lượng ADN
(dùng 3µl và 5 µl ở nồng độ 50ng/µl làm chuẩn để đo nồng độ ADN) bằng phương pháp
điện di trên gel agarose 1%, trong thời gian 30 phút, sau đó nhuộm bằng ethidium
bromide. Sử dụng máy chuyên dụng (Molercular imager FX) để xác định nồng độ. Ảnh
điện di (hình 3.1) cho thấy các băng gọn sắc nét, ADN không bị đứt gẫy, có độ tinh sạch
cao, đủ tiêu chuẩn dùng cho các phản ứng PCR tiếp theo.

Hình 3.1: AND tổng số của 38 giống lúa nghiên cứu
3.2. Hệ số PIC, số allele và tổng số băng ADN thể hiện trên từng cặp mồi
Phân tích 30 cặp mồi SSR trên tập đoàn 38 giống lúa chịu mặn thu được tổng số

1128 băng ADN thuộc 156 loại allele khác nhau. Cả 30 cặp mồi đều cho các locus đa
hình, trong đó có 3 cặp mồi chỉ thu được 2 allele, 2 cặp mồi thu được 3 allele, 7 cặp mồi

14


thu được 4 allele, 6 cặp mồi thu được 5 allele, 4 cặp mồi thu được 6 allele, 3 cặp mồi thu
được 7 allele, 4 cặp mồi thu được 8 allele và 1 cặp mồi thu được 9 allele (bảng 3.1).
Bảng 3.1: Số allele thể hiện và hệ số PIC của 30 cặp mồi SSR
TT

Tên
cặp mồi

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16

RM302
RM 323
RM 341
RM 318
RM138
RM174
RM156
RM143
RM135
RM142
RM13
RM153
RM161
RM30
RM345
RM 340

Vị trí
gắn
mồi
1
1
2
2
2
2
3
3
3

4
5
5
5
6
6
6

Số allele
thể hiện

PIC

7
4
7
5
4
5
4
2
4
3
6
5
8
6
2
9

0.744
0.604
0.805
0.697
0.704
0.669
0.606
0.478
0.737
0.353
0.784
0.471
0.827
0.751
0.145
0.767

Vị trí
Số allele
gắn
thể hiện
mồi
RM172
7
6
RM264
8
8
RM284
8

2
RM 337
8
8
RM245
9
5
RM257
9
7
RM171
10
5
RM239
10
4
RM224
11
3
RM286
11
6
RM17
12
8
RM270
12
4
RM277
12

4
RM309
12
5
Tổng
156
Trung bình
5.2

Tên
TT
cặp mồi
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30

PIC
0.793
0.786

0.411
0.842
0.711
0.839
0.765
0.636
0.467
0.787
0.822
0.440
0.675
0.719
19.835
0.661

Hệ số PIC (Polymorphic Information Content) được coi là thước đo tính đa hình
của các allele ở từng locus SSR. Số liệu ở bảng 3.1 cho thấy: Tập đoàn lúa chịu mặn bản
địa của Việt Nam rất đa dạng về thành phần các allele ở những locus gen nghiên cứu. Hệ
số PIC của 30 cặp mồi thay đổi từ 0,145 (ở cặp mồi chỉ xuất hiện 2 loại allele - RM345)
đến 0,842 (ở cặp mồi xuất hiện 8 loại allele - RM337). Hệ số PIC trung bình của 30 cặp
mồi nghiên cứu khá cao là 0,661. Kết quả này tương tự với một số kết quả nghiên cứu
trên các tập đoàn lúa địa phương ở Việt Nam và trên thế giới. Kết quả sử dụng 12 cặp mồi
SSR để đánh giá đa dạng di truyền các giống lúa của Ấn Độ, Raj (2006) đã chỉ ra hệ số
PIC dao động từ 0 đến 0,830 [15]. Tác giả Jayamani (2007) khi đánh giá đa dạng di
truyền của 179 giống lúa ở 19 địa phương của Bồ Đào Nha bằng các chỉ thị SSR cũng đã
chỉ ra hệ số PIC dao động từ 0,179 đến 0,894 [7]. McCouch (2005), khi nghiên cứu đa
dạng di truyền giữa 52 giống lúa thơm Basmati và 17 giống lúa khác của Ấn Độ bằng 30

15

chỉ thị SSR đã cho thấy số allele phát hiện được dao động từ 3 đến 22 và hệ số PIC dao
động từ 0,2 đến 0,9 [9]. Khuất Hữu Trung và Nguyễn Thị Phương Đoài (2010), khi đánh
giá đa dạng di truyền của tập đoàn giống lúa Tám và lúa Nương bản địa của Việt Nam, đã
chỉ ra hệ số PIC của các giống lúa Tám dao động từ 0 đến 0,65 và đối với tập đoàn lúa
Nương hệ số PIC dao động từ 0 đến 0,808 [2].

Hình 3.2: Ảnh điện di sản phẩm PCR của các giống lúa nghiên cứu với cặp mồi
RM341
(M: GeneRulerTMADN Ladder Ultra Low)

3.3. Tỷ lệ khuyết số liệu (M) và tỷ lệ dị hợp tử (H) của các giống lúa chịu mặn nghiên
cứu
Tỷ lệ dị hợp tử (H) và tỷ lệ số liệu khuyết (M) của các giống lúa Chịu mặn nghiên
cứu dựa trên kết quả phân tích với 30 cặp mồi SSR được trình bày ở bảng 3.2.

16


Bảng 3.2: Tỷ lệ khuyết số liệu (M) và tỷ lệ dị hợp tử (H) của các giống lúa Chịu mặn nghiên
cứu

T
T
1
2
3
4
5
6

7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20

Ký
hiệu
M1
M2
M3
M4
M5
M6
M7
M8
M9
M10
M11
M12
M13

M14
M15
M16
M17
M18
M19
M20

Tên giống
Chiêm đá
Lúa mặn
Nếp mặn
Nước mặn
Háu trắng
Lúa đỏ
Lúa ven
Tẻ chăm
Quảng trắng
Nếp trứng
Chiêm đỏ
Chiêm mặn
Lúa nước mặn
Nếp Quảng Ngãi
Lúa ngoi
Lúa bông dừa
Lùm cần
Trắng chùm
OM 9915
OM 9921

M
H
(%) (%)
3.33 3.45
0.00 0.00
0.00 0.00
0.00 0.00
3.33 0.00
0.00 3.33
0.00 3.33
0.00 0.00
0.00 0.00
6.67 0.00
0.00 3.33
3.33 6.90
0.00 6.67
0.00 3.33
0.00 0.00
3.33 3.45
0.00 3.33
0.00 10.0
0.00 0.00
3.33 0.00

TT
21
22
23
24
25

26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38

Ký
hiệu
M21
M22
M23
M24
M25
M26
M27
M28
M29
M30
M31
M32
M33
M34

M35
M36
M37
M38

Tên giống

M
H
(%) (%)
Nàng quất điểm 0.00 0.00
Nàng neo
0.00 3.33
Ngoi tía
0.00 0.00
Nếp cúc
0.00 0.00
OM 5981
0.00 3.33
Tép hành
0.00 0.00
Lúa sỏi
3.33 0.00
Nàng co đỏ 2
0.00 0.00
Ba túc
3.33 0.00
Một bụi đỏ
0.00 0.00
Thần nông đuôi 3.33 0.00

Một bụi vàng
0.00 0.00
Móng chim rơi
0.00 0.00
Ba bụi sớm
0.00 0.00
Đốc phụng 2
0.00 0.00
OM 5464
0.00 3.33
OM5166
3.33 0.00
OM 4059
3.33 0.00
Tổng
39.97 57.11
Trung bình
1.05 1.50

Số liệu ở bảng 3.2 cho thấy: Tỷ lệ khuyết số liệu (M) của giống Nếp trứng cao
nhất (khuyết số liệu 2 trong tổng số 30 cặp mồi nghiên cứu  6,67%). Có 10 giống lúa
khuyết số liệu ở 1 cặp mồi ương ứng với tỷ lệ 3,33% (Chiêm đá, Háu trắng, Chiêm mặn,
Lúa bông dừa, OM 9921, Lúa sỏi, Ba túc, Thần nông đuôi, OM5166, OM 4059). Còn lại
27 giống lúa không bị khuyết số liệu. Tỉ lệ khuyết số liệu trung bình của 38 giống là 1,05;
không có giống nào có tỉ lệ khuyết số liệu lớn hơn 15%. Như vậy, cả 38 giống nghiên cứu
đều có ý nghĩa phân tích thống kê.
Tỷ lệ dị hợp tử (H) cao nhất ở giống lúa Trắng chùm là 10%, tiếp đến là giống
Chiêm mặn (6,90%), Lúa nước mặn (6,67%) . Hai giống Chiêm đá và Lúa bông dừa có tỷ
lệ dị hợp là 3,45%. Tám giống có tỷ lệ dị hợp là 3,33%. Còn lại 26 giống có tỉ lệ dị hợp
tử 0% (đồng hợp ở cả 30 locus nghiên cứu). Tỉ lệ dị hợp tử trung bình của cả tập đoàn là

1,50. Kết quả thu được trong nghiên cứu của chúng tôi phù hợp với những nghiên cứu

17


của Olufowote (1997). Tác giả đã sử dụng chỉ thị phân tử SSR và RFLP để nghiên cứu đa
dạng di truyền của các giống lúa địa phương và các giống lúa cải tiến và đã kết luận rằng
các giống lúa địa phương thường có mức độ dị hợp tử cao hơn các giống lúa cải tiến [13].
3.4. Xác định các allele hiếm xuất hiện trong tập đoàn lúa chịu mặn nghiên cứu.
Thông thường, allele hiếm (rare allele) được định nghĩa dựa trên tần số xuất hiện
của chúng: Tác giả Kimura đã định nghĩa allele hiếm là allele có tần số xuất hiện nhỏ hơn
q với những giá trị nhỏ xác định của q (như q = 0,01). Đối với số lượng mẫu lên đến 100
thì một allele sẽ được xem là hiếm nếu nó xuất hiện không quá hai lần và số lần xuất hiện
của một allele hiếm sẽ là không quá 200 lần khi lượng mẫu đạt tới 10.000 (Kimura, 1983)
[8]. Còn theo tác giả Zahida, allele hiếm là allele xuất hiện với tần số ≤ 0,05 trong tổng số
mẫu nghiên cứu [17].

Hình 3.3: Ảnh điện di sản phẩm PCR của các giống lúa nghiên cứu với cặp mồi
RM340 (M: GeneRulerTMADN Ladder Ultra Low)
Kết quả thu được từ bộ tiêu bản điện di sản phẩm PCR của 30 cặp mồi SSR với
tập đoàn 38 giống lúa chịu mặn đã thu được tổng số 156 loại allele, trong đó xuất hiện 13
allele hiếm ở 10 cặp mồi (allele chỉ xuất hiện ở duy nhất ở một mẫu giống có tần số
<0,05) (bảng 3.3). Như vậy, tỉ lệ allele hiếm xuất hiện là 13/156 (8,33%), tỉ lệ allele hiếm
trên mỗi locus trung bình là 13/30 (0,43). Số allele hiếm nhiều nhất ở locus RM340, xuất
hiện 3 allele hiếm ở các giống Nếp mặn, Nếp trứng và Lúa ngoi (hình 3.3). Tiếp theo là
locus RM30 (hình 3.4) xuất hiện 2 allele hiếm ở giống Nếp mặn và Tẻ chăm. Các locus
RM13, RM17, RM153, RM174, RM 224, RM 264, RM318 và RM 341 (hình 3.2) xuất
hiện 1 allele trên mỗi locus (ở các giống Nếp Quảng Ngãi, Lúa sỏi, Quảng Trắng, Tẻ
chăm, Nếp mập, OM5166 và OM 5981 ).

18


Bảng 3.3: Tổng hợp các allele hiếm nhận dạng các giống

TT

Kích thước alen hiếm xuất hiện ở các mồi SSR (bp)

Tên giống

RM 340
120

1

Nếp mặn

2

Tẻ chăm

3

Quảng trắng

4

Nếp trứng

5

Nếp Quảng Ngãi

6

Lúa ngoi

7

OM 5981

8

Lúa sỏi

9

Ba túc

10

OM5166

126

RM30
130

171

x

173

RM17
169

171

RM13
125

RM
153
232

RM
174
208

RM
224
138

RM
264
157

RM

318
153

x

RM
341
148

x

x

x

x

x
x
x
x
x
x
x
x

Hình 3.4: Ảnh điện di sản phẩm PCR của các giống lúa nghiên cứu với cặp mồi
RM30
(M: GeneRulerTMADN Ladder Ultra Low)

3.5. Kết quả phân tích mối quan hệ di truyền của các giống lúa Chịu mặn nghiên
cứu
Số liệu thu được từ tiêu bản điện di sản phẩm PCR của 30 cặp mồi SSR với tập
đoàn 38 giống lúa Chịu mặn nghiên cứu được thống kê và phân tích bằng phần mềm
NTSYSpc 2.1, từ đó thiết lập được bảng hệ số tương đồng di truyền và sơ đồ hình cây về
mối quan hệ di truyền giữa các giống lúa chịu mặn (hình 3.5).

19


Hình 3.5: Sơ đồ hình cây về mối quan hệ di truyền giữa các giống lúa Chịu mặn
nghiên cứu
Các kết quả thống kê và số liệu ở hình 3.5 cho thấy: hệ số tương đồng di truyền
của 38 giống lúa chịu mặn nghiên cứu dao động trong khoảng từ 0,02 đến 0,83. Ở mức
tương đồng di truyền 21%. Tổng số 38 giống lúa chịu mặn nghiên cứu được chia thành 3
nhóm như sau:
* Nhóm I: Gồm có 12 giống, với hệ số tương đồng di truyền giữa các giống trong nhóm
dao động trong khoảng 0,09 - 0,71. Hệ số tương đồng di truyền cao nhất trong nhóm này
là 0,71 (giữa hai giống M12 và M13), hai giống lúa M3 và M23 có hệ số tương đồng di
truyền thấp nhất trong nhóm là 0,09. Nhóm I được chia ra làm 3 nhóm phụ sau:
- Nhóm 1.1: Gồm 8 giống: Chiêm đá (M1), Lúa mặn (M2), Nếp mặn (M3), Nước
mặn (M4), Háu trắng (M5), Lúa đỏ (M6), Lúa ven (M7), Quảng trắng (M9) với hệ số
tương đồng di truyền giữa các giống trong nhóm phụ này dao động trong khoảng 0,18 0,58. Hai giống Nếp mặn (M3) và Nước mặn (M4) có hệ số tương đồng thấp nhất là 0,18,
giống Lúa đỏ (M6) và Lúa ven (M7) có hệ số tương đồng cao nhất là 0,58.
- Nhóm 1.2: Chỉ có duy nhất một giống là Tẻ chăm (M8). Đây là giống có mối
quan hệ di truyền xa nhất so với tất cả các giống lúa chịu mặn còn lại trong tập đoàn

20

giống nghiên cứu. Hệ số tương đồng di truyền của giống Tẻ chăm (M8) với các giống lúa
còn lại khá thấp dao động trong khoảng 0,17 - 0,33. Giống lúa này có mối quan hệ di
truyền gần nhất với giống Lúa ven (M7) với hệ số tương đồng di truyền 0,33 và xa nhất
với giống Chiêm đá (M1) với hệ số tương đồng di truyền là 0,17.
- Nhóm 1.3: Gồm 3 giống Chiêm đỏ (M11), Chiêm mặn (M12), Lúa nước mặn
(M13) với hệ số tương đồng di truyền giữa các giống trong nhóm phụ này dao động trong
khoảng 0,10 - 0,71.
*Nhóm II: Gồm 5 giống: Nếp trứng (M10), Nếp Quảng Ngãi (M14), Lúa ngoi (M15),
Ngoi tía (M23), Nếp cúc (M24). Hệ số tương đồng di truyền cao nhất trong nhóm này là
0,61 (giữa hai giống M23 và M24), giữa M10 và M4 là 0,31 và hai giống lúa M10 và
M24 có hệ số tương đồng di truyền thấp nhất trong nhóm là 0,17.
*Nhóm III: Gồm 21 giống còn lại. Trong nhóm này, hai giống OM 9915 (M19) và OM
9921 (M20) có hệ số tương đồng di truyền cao nhất là 0,83, hai giống Lùm cần (M17) và
OM 5981 (M25) có hệ số tương đồng di truyền thấp nhất 0,07. Nhóm III được chia thành
3 nhóm phụ sau:
- Nhóm 3.1: Gồm 7 giống Lúa bông dừa (M16), Lùm cần (M17), Trắng chùm
(M18), OM 9915 (M19), OM 9921 (M20), Nàng quất điểm (M21), Nàng neo (M22). Hệ
số tương đồng di truyền giữa các giống lúa trong nhóm này dao động từ 0,31 đến 0,83.
Hai giống OM 9915 (M19) và OM 9921 (M20) có hệ số tương đồng di truyền cao nhất là
0,83. Hai giống Nàng quất điểm (M21), Nàng neo (M22) và Lùm cần (M17) có hệ số
tương đồng di truyền thấp nhất 0,31.
- Nhóm 3.2: Gồm 4 giống OM 5981 (M25), Tép hành (M26), Lúa sỏi (M27),
Nàng co đỏ 2 (M28) với hệ số tương đồng di truyền giữa các giống trong nhóm phụ này
dao động trong khoảng 0,32 - 0,58.
- Nhóm 3.3: Gồm 10 giống còn lại Ba túc (M29), Một bụi đỏ (M30), Thần nông
đuôi (M31), Một bụi vàng (M32), Móng chim rơi (M33), Ba bụi sớm (M34), Đốc phụng
2 (M35), OM 5464 (M36), OM5166 (M37), OM4059 (M38). Hệ số tương đồng di truyền
giữa các giống lúa trong nhóm này dao động từ 0,30 đến 0,66.

21

Kết quả phân nhóm dựa vào khoảng cách di truyền ở trên cho thấy: Tập đoàn
các giống lúa chịu mặn bản địa của Việt Nam rất đa dạng và mức độ đa dạng di truyền
của các giống giữa các vùng miền rất rõ rệt. Đây là cơ sở để phân loại, xác định các
nhóm ưu thế lai, nhận dạng các nguồn gen phục vụ công tác bảo tồn, chọn tạo giống lúa
chịu mặn của Việt Nam.

22


IV. KẾT LUẬN
Tập đoàn lúa chịu mặn bản địa nghiên cứu rất đa dạng. Phân tích 30 cặp mồi
SSR trên 38 giống lúa chịu mặn thu được tổng số 1128 allele, thuộc 156 loại allele
khác nhau, trung bình 4,105 allele/cặp mồi. Hệ số PIC dao động từ 0,145 đến 0,842,
trung bình 0,661. Các giống lúa chịu mặn có độ thuần di truyền rất khác nhau tỉ lệ dị
hợp của các mẫu nghiên cứu dao động từ 0% đến 10% (trung bình là 1,503). Hệ số
tương đồng di truyền giữa các giống dao động trong khoảng từ 0,02 đến 0,83.
Tập đoàn 38 giống lúa chịu mặn nghiên cứu được chia thành 3 nhóm lớn: Nhóm I
gồm có 12 giống lúa có hệ số tương đồng di truyền dao động từ 0,09 đến 0,71. Nhóm II
bao gồm 5 giống có hệ số tương đồng di truyền dao động từ 0,17 đến 0,61. Nhóm III gồm
21 giống lúa có hệ số tương đồng di truyền dao động từ 0,07 đến 0,83. Như vậy, sử dụng
các chỉ thị SSR không những có thể đánh giá được mức độ đa dạng, xác định mối quan
hệ di truyền giữa các giống lúa chịu mặn bản địa mà còn có thể phân loại ở mức dưới loài
một cách chính xác phục vụ cho công tác chọn và lai tạo giống.
Trong số 30 cặp mồi SSR nghiên cứu có 10 cặp mồi xác định được 13 allele hiếm
(trung bình 0,43 allele hiếm trên mỗi locus). Cặp mồi RM340 xác định được 3 allele
hiếm nhận dạng được các giống Nếp mập, Nếp trứng và Lúa ngoi. Cặp mồi RM30 xác
định được 2 allele hiếm ở giống Nếp mập và Tẻ chăm. Các cặp mồi RM13, RM17,
RM153, RM174, RM 224, RM 264, RM318 và RM 341 xác định được 1 allele hiếm trên

mỗi locus nhận dạng được các giống Nếp Quảng Ngãi, Lúa sỏi, Quảng Trắng, Tẻ chăm,
Nếp mặn, OM5166 và OM 5981. Các kết quả thu được rất hữu ích trong việc xác định
nguồn gen phục vụ cho công tác bảo tồn, khai thác và sử dụng có hiệu quả các nguồn gen
lúa chịu mặn của Việt Nam.

23


TÀI LIỆU THAM KHẢO
Tài liệu tiếng việt

1. Bùi Chí Bửu và Nguyễn Thị Lang (2003), Cơ sở di truyền tính chống chịu đối với
thiệt hại do môi trường của cây lúa, NXB. Nông nghiệp, TP. Hồ Chí Minh.
2. Khuất Hữu Trung, Nguyễn Thị Phương Đoài, Nguyễn Thúy Điệp, Trần Thị Thúy
(2010). Nghiên cứu xác định các chỉ thị sao chép có trình tự đơn giản (Marker
SSR) nhận dạng một số giống lúa Nếp, lúa Nương bản địa Việt Nam. TC Nông
nghiệp và PTNT, số 153, tr 15-21.
3. Nguyễn Ngọc Đệ (2008), Giáo trình cây lúa, Trường Đại học Cần Thơ.
4. Lệ Hương (2010). “Sẽ khổ vì hạn, mặn”. Tài liệu truy cập trên mạng tại địa chỉ:
/>5. Ngọc Huyền (2008). “Báo động đỏ đất ngập nước: 'Co tự nhiên, phình nhân tạo'”.
Tài liệu truy cập trên mạng tại địa chỉ:
/>
Tài liệu tiếng Anh
6. Gregorio GB (1997) Tagging salinity tolerance gene in rice (Oryza sativa) using
amplified fragment length polymorphism (AFLP). PhD dissertation, University of
the Philippines Los Banos
7. Jayamani P, Negrao S, Martins M, Macas B, Oliveira MM (2007)

Genetic

relatedness of Portuguese rice accessions from diverse origins as assessed by
microsatellite markers. Crop Science 47: 879-886

24


8. Kimura M. (1983). “Rare variant alleles in the light of the neutral theory”. Mol.
Biol. Evol., (1),pp. 84-93
9. McCouch, S. R., Sunita J., Jain R. K. (2005), Genetic analysis of Indian aromatic
and quality rice (Oryza sativa L.) germplasm using panels of fluorescently-labeled
microsatellite markers, Theoretical and Applied Genetics, Vol. 109, No. 5, pp. 965977.
10. Mohammadi-Nejad1, A. Arzani1*, A. M. Rezai1, R.K. Singh2 and G. B.
Gregorio2, (2008), Assessment of rice genotypes for salt tolerance using
microsatellite markers associated with the saltol QTL, African Journal of
Biotechnology Vol. 7 (6), pp. 730-736.
11. Niones JM (2004), fine mapping of the salinity tolerance gene on chromosome 1
of rice (Orysa sativa) using near-isogenic lines. MSc thesis, University of the
Philippines Los Banos.
12. Obara O. P. and S. Kako (1998). Genetic diversity and identification of cymbidium
cultivars as measured by random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers.
Euphytica, 99, pp. 95-101.
13. Olufowote J. O., Xu Y., Chen X., Park W. D., Beachell H. M., Dilday R. H., Goto M.,
McCouch S. R. (1997). Comparative evaluation of within-cultivar variation of rice
(Oryza sativa L.) using microsatellite and RFLP markers. Genome, 40 (3), pp. 370-378.

14. Peng, S., Cassman, K.G., Virmani, SS., Sheehy, J., and Khush, G.S (1999).

Yield potential trends of tropical rice since the release pff IR8 and the
challenge of increasing rice yield potential. Crop Sci. 39: 1552-1559.
15. Raj Kumar and Lambodar Behera,. 2006. Identification and differentiation of

indigenous non-Basmati aromatic rice genotypes of India using microsatellite.
African Journal of Biotechnology, Vol. 6 (4), pp.348-354
16. Tateoka, T., 1964. Notes on some grasses. XVI. Embryo structure of the
genus Oryza in relation to the systematics. Amer. J. Bot. 51: 539-543.
17. Zahida et al., 2010, “Diversity in major seed storage proteins of rice landraces of
pakistan” Pak. J. Bot., 43(3): 1607-1612.

25