Ứng dụng kỹ thuật PCR phát hiện các gen độc lực của E.Coli gây tiêu chảy ở người

ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN
TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC
BỘ MÔN KHOA HỌC SỰ SỐNG
-----------------
PHẠM THỊ NHÀN
ỨNG DỤNG KỸ THUẬT PCR TRONG VIỆC
PHÁT HIỆN CÁC GEN ĐỘC LỰC CỦA E.COLI
GÂY TIÊU CHẢY Ở NGƯỜI
ĐỀ TÀI NGHIÊN CỨU KHOA HỌC SINH VIÊN
Người hướng dẫn khoa học: ThS. Nguyễn Phú Hùng

THÁI NGUYÊN - 2010
NỘI DUNG BÁO CÁO
NỘI DUNG BÁO CÁO
1. Mở đầu
2. Đối tượng và phương pháp nghiên cứu
2. Đối tượng và phương pháp nghiên cứu
3. Kết quả và thảo luận
3. Kết quả và thảo luận
4. Kết luận và kiến nghị
4. Kết luận và kiến nghị
1. MỞ ĐẦU
1. MỞ ĐẦU
Tiêu chảy là một vấn đề sức khỏe toàn cầu. Một trong những
Tiêu chảy là một vấn đề sức khỏe toàn cầu. Một trong những
nguyên nhân phổ biến gây tiêu chảy ở trẻ em là do vi khuẩn
nguyên nhân phổ biến gây tiêu chảy ở trẻ em là do vi khuẩn
E.coli.
E.coli.
Việc xác định nhanh các nhóm
Việc xác định nhanh các nhóm

E.coli
E.coli
bằng các kỹ thuật có độ nhạy
bằng các kỹ thuật có độ nhạy
và độ đặc hiệu cao sẽ có ý nghĩa rất quan trọng trong việc lựa chọn
và độ đặc hiệu cao sẽ có ý nghĩa rất quan trọng trong việc lựa chọn
phương pháp điều trị thích hợp cho bệnh nhân.
phương pháp điều trị thích hợp cho bệnh nhân.
Có nhiều phương pháp được sử dụng để xác định
Có nhiều phương pháp được sử dụng để xác định
E.coli
E.coli
gây tiêu
gây tiêu
chảy. Trong đó, PCR là phương pháp được sử dụng hữu hiệu nhất.
chảy. Trong đó, PCR là phương pháp được sử dụng hữu hiệu nhất.



Xuất phát từ những lí do trên, chúng tôi tiến hành thực hiện đề tài
Xuất phát từ những lí do trên, chúng tôi tiến hành thực hiện đề tài
“
“
Ứng dụng kỹ thuật PCR trong việc phát hiện các gen độc lực của
Ứng dụng kỹ thuật PCR trong việc phát hiện các gen độc lực của
E.coli
E.coli
gây tiêu chảy ở người”.
gây tiêu chảy ở người”.


MỤC TIÊU NGHIÊN CỨU
MỤC TIÊU NGHIÊN CỨU
Sử dụng kỹ thuật PCR với các cặp mồi đặc hiệu
nhằm phát hiện các gen độc lực của 5 nhóm E.coli gây
bệnh tiêu chảy ở người, làm tiền đề cho việc tạo bộ
sinh phẩm chẩn đoán các nhóm E.coli gây tiêu chảy.
2. ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
2. ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU


2.1. ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU
2.1. ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU
-
-
Các chủng
Các chủng
E.coli
E.coli
chuẩn Quốc tế do Phòng Vi khuẩn đường ruột - Viện Vệ
chuẩn Quốc tế do Phòng Vi khuẩn đường ruột - Viện Vệ
sinh dịch tễ Trung ương cung cấp, gồm có: EPEC, EHEC1, EHEC2, EIEC,
sinh dịch tễ Trung ương cung cấp, gồm có: EPEC, EHEC1, EHEC2, EIEC,
ETEC, EAEC và EC (chủng đối chứng không có gen độc lực).
ETEC, EAEC và EC (chủng đối chứng không có gen độc lực).
2.2. PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
2.2. PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
Điện di
kiểm tra

sản phẩm
trên gel
agarose
Điện di
kiểm tra
sản phẩm
trên gel
agarose
Hình 2.1. Sơ đồ các bước được thực hiện trong quá trình nghiên cứu
Hình 2.1. Sơ đồ các bước được thực hiện trong quá trình nghiên cứu


Các
chủng
E.coli
chuẩn
Quốc tế
Các
chủng
E.coli
chuẩn
Quốc tế
Nuôi cấy
qua đêm
trên
môi trường
MPA đặc,
thu
khuẩn lạc
Nuôi cấy

qua đêm
trên
môi trường
MPA đặc,
thu
khuẩn lạc
Tách
DNA
trực tiếp
từ
khuẩn lạc
Tách
DNA
trực tiếp
từ
khuẩn lạc
Khuếch đại
gen
bằng
phản ứng
PCR
Khuếch đại
gen
bằng
phản ứng
PCR
Bảng 2.1. Các trình tự mồi được sử dụng trong các phản ứng PCR
Gen
độc lực
Cặp mồi

(primer)
Trình tự primer (5’ → 3’)
Kích thước
sản phẩm
PCR (bp)
vt2
VT2 - F
VT2 - R
ACCGTTTTTCAGATTTTGCACATA
TACACAGGAGCAGTTTCAGACAGT
298
vt1
VT1 - F
VT1 - R
GAAGAGTCCGTGGGATTACG
AGCGATGCAGCTATTAATAA
130
elt
LT - F
LT - R
TCTCTATGTGCATACGGAGC
CCATACTGATTGCCGCAAT
322
eae
eae - F
eae - R
CACACGAATAAACTGACTAAAATG
AAAAACGCTGACCCGCACCTAAAT
376
IpaH

IpaH - F
IpaH - R
GTTCCTTGACCGCCTTTCCGATACCC
GCCGGTCAGCCACCCTCTGAGAGTAC
620
EAST1
EA - F
EA - R
CTGGCGAAAGACTGTATCAT
CAATGTATAGAAATCCGCTGTT
630