(Luận văn thạc sĩ) nghiên cứu mô phỏng bài toán tương tác protein và polymer bằng mô hình tối giản

I H C QU C GIA HÀ N I
I H C KHOA H C T

NHIÊN

---------------------

n

NGHIÊN C U MÔ PH
A PROTEIN
VÀ POLYMER B NG MƠ HÌNH T I GI N

LU

C

Hà N i 2017


I H C QU C GIA HÀ N I
I H C KHOA H C T NHIÊN
---------------------

n

NGHIÊN C U MÔ PH
A PROTEIN
VÀ POLYMER B NG MƠ HÌNH T I GI N

Chun ngành: V t lí lí thuy t và v t lí tốn

Mã s : 60 44 01 03

LU

C

NG D N KHOA H C: PGS.TS. NGUY N TH TOÀN

Hà N i 2017



MỤC LỤC
Mở đầu………………………………………………………………………….
0.1 Lý do chọn đề tài…………………………………………………………....
0.2 Phương pháp nghiên cứu……………………………………………………
0.3 Bố cục luận văn……………………………………………………………..
CHƯƠNG 1. Tổng quan về vi rút và vi rút HIV…………………………….
1.1 Tổng quan về vi rút………………………………………………………….
1.1.1 Cấu trúc cơ bản của vi rút…………………………………………………
1.1.2 Chu kỳ sống của vi rút…………………………………………………….
1.2 Retro vi rút và vi rút HIV…………………………………………………...
1.2.1 Vi rút HIV…………………………………………………………………
1.2.1.1 Hình dạng và Cấu trúc của vi rút………………………………………..
1.2.1.2 Vòng đời của vi rút HIV………………………………………………...
CHƯƠNG 2. Phương trình Poisson-Boltzmann và lý thuyết tĩnh điện
Debye-Huckel…………………………………………………………………..
2.1 Phương trình Poisson – Boltzmann…………………………………………
2.2 Phương trình Debye-Huckel………………………………………………...
CHƯƠNG 3. Phương pháp mơ phỏng Monte-Carlo……………………….

3.1 Sơ lược về phương pháp mô phỏng Monte Carlo…………………………..
3.2 Điều kiện cân bằng chi tiết………………………………………………….
3.3 Thuật toán Metropolis………………………………………………………
CHƯƠNG 4. Mơ phỏng tương tác của polymer tích điện và protein………
4.1 Mơ hình……………………………………………………………………..
4.2 Kết quả mơ phỏng…………………………………………………………..
4.3 So sánh với lý thuyết trường trung bình tự hợp…………………………….
Kết luận………………………………………………………………………...
Tài liệu tham khảo……………………………………………………………..
Phụ Lục…………………………………………………………………………

ii

2
2
3
3
5
5
5
6
7
8
8
9
12
12
14
18
18

19
20
23
23
26
30
32
34
37