(Luận án tiến sĩ) - Nghiên cứu đa hình đột biến gen CYP2C9, CYP2C19, CYP3A5 và CYP2D6 Cytochrome P450 ở người Kinh Việt Nam
Bạn đang xem bản rút gọn của tài liệu. Xem và tải ngay bản đầy đủ của tài liệu tại đây (5.69 MB, 169 trang )
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO
VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC
VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM
HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ
-----------------------------
Vũ Phương Nhung
NGHIÊN CỨU ĐA HÌNH/ĐỘT BIẾN GEN CYP2C9, CYP2C19,
CYP3A5 VÀ CYP2D6 CYTOCHROME P450
Ở NGƯỜI KINH VIỆT NAM
LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC
Hà Nội – Năm 2020
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO
VIỆN HÀN LÂM KHOA HỌC
VÀ CÔNG NGHỆ VIỆT NAM
HỌC VIỆN KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ
-----------------------------
Vũ Phương Nhung
NGHIÊN CỨU ĐA HÌNH/ĐỘT BIẾN GEN CYP2C9, CYP2C19,
CYP3A5 VÀ CYP2D6 CYTOCHROME P450
Ở NGƯỜI KINH Ở VIỆT NAM
Chuyên ngành: Công nghệ sinh học
Mã số: 9420201
LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC
NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC:
1. TS. Nguyễn Hải Hà
2. GS. TS. Nông Văn Hải
Hà Nội – Năm 2020
i
LỜI CAM ĐOAN
Tơi xin cam đoan đây là cơng trình nghiên cứu của riêng tôi với sự hướng dẫn
khoa học của TS. Nguyễn Hải Hà và GS.TS. Nông Văn Hải. Những kết quả thu được
của luận án là mới, trung thực và chưa từng được công bố trong bất kỳ cơng trình nào
khác. Các kết quả cơng bố chung đã được cán bộ hướng dẫn và các đồng tác giả cho
phép sử dụng trong Luận án.
Hà Nội, ngày
tháng
năm 2020
Tác giả luận án
Vũ Phương Nhung
ii
LỜI CẢM ƠN
Trước tiên, tơi xin bày tỏ lịng biết ơn chân thành và sâu sắc nhất tới GS.TS.
Nông Văn Hải-nguyên Viện trưởng Viện Nghiên cứu hệ gen, Chủ tịch hội đồng Khoa
học Viện Nghiên cứu hệ gen và TS. Nguyễn Hải Hà-Phó trưởng phịng Phân tích hệ
gen, Viện Nghiên cứu hệ gen, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam. Trong
suốt quá trình học tập và nghiên cứu, tinh thần say mê và nghiêm khắc trong khoa
học cùng với sự hướng dẫn tận tình và khích lệ của các thầy là động lực lớn lao giúp
tôi không ngừng cố gắng và phấn đấu, vượt qua nhiều khó khăn để có thể hồn thành
Luận án.
Tơi xin chân thành cảm ơn TS. Nguyễn Đăng Tơn-Trưởng phịng Phân tích hệ
gen cùng các đồng nghiệp cơng tác tại phịng Phân tích hệ gen đã luôn tạo điều kiện
thuận lợi, đồng hành và giúp đỡ tơi trong suốt q trình học tập và làm việc chun
mơn tại Phịng. Bằng những tình cảm chân thành nhất, tôi xin trân trọng cảm ơn
những giúp đỡ q báu đó.
Trong q trình nghiên cứu và học tập, tơi đã nhận được những ý kiến đóng
góp q báu của các nhà khoa học, các cán bộ nghiên cứu tại Viện nghiên cứu hệ
gen, Viện Hàn lâm Khoa học và Công nghệ Việt Nam. Những nhận xét và góp ý
chun mơn sâu sắc trong các buổi báo cáo, hội thảo đã giúp tơi hồn thiện tốt nhất
Luận án của mình.
Nhân dịp này, tơi cũng xin chân thành cảm ơn ban Giám đốc, tập thể cán bộ
Học viện Khoa học và Công nghệ, Viện Hàn lâm khoa học và Công nghệ Việt Nam
đã tạo điều kiện thuận lợi nhất cho tơi trong q trình học tập và nghiên cứu tại đây.
Sau cùng, tôi xin gửi lời cảm ơn sâu sắc đến gia đình, người thân và bạn bè
đã ln tin tưởng và là nguồn động viên tinh thần lớn lao đối với tơi trong suốt q
trình học tập, nghiên cứu và hoàn thành Luận án.
Hà Nội, ngày
tháng
năm 2020
Tác giả luận án
Vũ Phương Nhung
iii
MỤC LỤC
LỜI CAM ĐOAN ..................................................................................................... i
LỜI CẢM ƠN ......................................................................................................... ii
DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT DÙNG TRONG LUẬN ÁN ........................ vii
DANH MỤC BẢNG .............................................................................................. ix
DANH MỤC HÌNH ................................................................................................ x
MỞ ĐẦU ................................................................................................................ 1
CHƯƠNG 1. TỔNG QUAN ................................................................................... 4
1.1. CYP450 và chuyển hóa thuốc trong gan ........................................................... 4
1.2. Đa dạng di truyền các gen mã hóa cho enzyme CYP450 tham gia chuyển hóa
thuốc. ...................................................................................................................... 6
1.2.1. Gen CYP2C9 ................................................................................................. 7
1.2.2. Gen CYP2C19 ............................................................................................. 11
1.2.3. Gen CYP2D6 ............................................................................................... 14
1.2.4. Gen CYP3A5................................................................................................ 17
1.3. Ảnh hưởng của đa dạng di truyền các gen dược học đối với các ADR và sự khác
biệt trong đáp ứng thuốc ........................................................................................ 20
1.3.1. Khái quát về các ADR ................................................................................. 20
1.3.2. Một số trường hợp đa dạng di truyền các gen dược học gây nên khác biệt trong
đáp ứng thuốc ........................................................................................................ 22
1.4. Ứng dụng và triển vọng của di truyền dược học trong lâm sàng ...................... 29
1.5. Một số phương pháp nghiên cứu đa dạng di truyền của các gen CYP450 ........ 32
1.5.1. Các phương pháp nghiên cứu SNP và indel ................................................. 32
1.5.2. Các phương pháp nghiên cứu CNV .............................................................. 34
1.6. Tình hình nghiên cứu đa hình di truyền một số gen CYP450 trên người Việt Nam
và phạm vi nghiên cứu của luận án ........................................................................ 37
1.6.1. Tình hình nghiên cứu đa hình di truyền của các gen CYP450 tại Việt Nam và
trên thế giới ........................................................................................................... 37
iv
1.6.2. Phạm vi nghiên cứu của luận án ................................................................... 39
CHƯƠNG 2. VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ........................... 40
2.1. Đối tượng nghiên cứu ..................................................................................... 40
2.2. Các thiết bị, dụng cụ được sử dụng trong nghiên cứu ...................................... 40
2.3. Phương pháp nghiên cứu ................................................................................ 41
2.3.1 Tách chiết DNA tổng số ............................................................................... 41
2.3.2. Xác định nồng độ DNA tổng số ................................................................... 42
2.3.3. Phương pháp PCR Khuếch đại đặc hiệu các gen .......................................... 43
2.3.3.1. Thiết kế mồi .............................................................................................. 43
2.3.3.2. PCR đặc hiệu các gen CYP2C9, CYP2C19, CYP2D6 và CYP3A5 ............. 45
2.3.4. Giải trình tự Sanger...................................................................................... 46
2.3.4.1. PCR giải trình tự ....................................................................................... 46
2.3.4.2. Tinh sạch sản phẩm PCR giải trình tự ....................................................... 47
2.3.4.3. Biến tính sản phẩm PCR và điện di mao quản trên máy giải trình tự ......... 47
2.3.5. Phương pháp MLPA .................................................................................... 47
2.3.5.1. Thực hiện phản ứng MLPA....................................................................... 48
2.3.5.2. Điện di mao quản phân tách đoạn ............................................................. 49
2.3.5.3. Phân tích kết quả bằng phần mềm Coffalyzer ........................................... 49
2.3.6. Long range (LR) PCR .................................................................................. 50
2.3.7. Real-time PCR ............................................................................................. 51
2.3.8. Phân tích số liệu nghiên cứu ........................................................................ 52
2.3.8.1. Phân tích kết quả giải trình tự Sanger và đánh giá trạng thái cân bằng di truyền
Hardy-Weinberg của quần thể ............................................................................... 52
2.3.8.2. Phân tích thống kê .................................................................................... 52
2.3.9. Dự đoán chức năng in silico của các biến thể mới ........................................ 53
2.3.9.1. Dự đoán chức năng của các biến thể mới trong vùng mã hóa .................... 53
v
2.3.9.2. Dự đoán chức năng của các biến thể mới trong vùng khơng mã hóa ......... 53
2.3.9.3. Dự đốn chức năng của các biến thể mới trong vùng promoter ................. 54
CHƯƠNG 3. KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN.......................................................... 55
3.1. Tách chiết DNA tổng số ................................................................................. 55
3.2. Khuếch đại đặc hiệu các gen CYP2C9, CYP2C19, CYP2D6, CYP3A5 và giải trình
tự ........................................................................................................................... 55
3.3. Phân tích đa hình/đột biến các gen CYP2C9, CYP2C19, CYP2D6 và CYP3A5 ở
quần thể người Kinh Việt Nam .............................................................................. 59
3.3.1. Đa hình/đột biến của gen CYP2C9 ............................................................... 59
3.3.2. Đa hình/đột biến của gen CYP2C19 ............................................................. 65
3.3.3. Đa hình/đột biến của gen CYP2D6 ............................................................... 70
3.3.4. Đa hình/đột biến của gen CYP3A5 ............................................................... 83
3.4. Phân tích liên kết giữa các biến thể trên CYP2C9, CYP2C19 và CYP2D6 ....... 85
3.5. Dự đoán chức năng in silico của các biến thể mới tìm thấy trên CYP2C9,
CYP2C19 và CYP2D6 ........................................................................................... 87
3.6. So sánh tần số allele của các gen nghiên cứu giữa quần thể người Kinh Việt Nam
với các quần thể người khác trên thế giới............................................................... 90
3.6.1. So sánh tần số allele của gen CYP2C9 giữa quần thể người Kinh Việt Nam với
các quần thể người khác trên thế giới..................................................................... 90
3.6.2. So sánh tần số allele của gen CYP2C19 giữa quần thể người Kinh Việt Nam
với các quần thể người khác trên thế giới............................................................... 92
3.6.3. So sánh tần số allele của gen CYP2D6 giữa quần thể người Kinh Việt Nam với
các quần thể người khác trên thế giới..................................................................... 93
3.6.4. So sánh tần số allele của gen CYP3A5 giữa quần thể người Kinh Việt Nam với
các quần thể người khác trên thế giới..................................................................... 96
3.7. Thảo luận........................................................................................................ 98
3.7.1.
Sự phân bố của các SNP gây ảnh hưởng chức năng protein CYP2C9,
CYP2C19, CYP2D6 và CYP3A5 ở các quần thể người trên thế giới ....................... 98
vi
3.7.2. Phân tích liên kế t giữa các biế n thể và ý nghiã trong nghiên cứu đa da ̣ng di
truyề n các gen CYP450........................................................................................ 102
3.7.3. Vai trò của các CNV và SV của các gen nghiên cứu trong đa dạng đáp ứng
thuốc cá nhân....................................................................................................... 103
3.7.4. Vai trò của các biến thể mới của CYP2C9, CYP2C19 và CYP2D6 đối với chức
năng của các protein tương ứng ........................................................................... 105
3.7.5. Ý nghĩa của việc sử dụng thông tin di truyền các gen CYP450 tham gia chuyển
hóa thuốc trong tối ưu hiệu quả dùng thuốc trên người Kinh Việt Nam ............... 107
KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ ............................................................................. 112
DANH MỤC CƠNG TRÌNH CỦA TÁC GIẢ..................................................... 114
TÀI LIỆU THAM KHẢO ................................................................................... 115
PHỤ LỤC................................................................................................................ 1
vii
DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT DÙNG TRONG LUẬN ÁN
Tên viết tắt
Tên đầy đủ tiếng Anh
Nghĩa tiếng Việt dùng
trong luận án
ADR
Adverse drug reaction
Phản ứng có hại của thuốc
CNV
Copy number variant
Biến thể số bản sao
CPIC
Clinical Pharmacogenetics
Implementation Consortium
Hiệp hội ứng dụng Di
truyền dược học lâm sàng
CYP2C19
Cytochrome P450 2C19
CYP2C9
Cytochrome P450 2C9
CYP2D6
Cytochrome P450 2D6
CYP3A5
Cytochrome P450 3A5
CYP450
Cytochrome P450
DMSO
Dimethyl sulfoxide
DNA
Deoxyribonucleic acid
dNTPs
Deoxynucleotide triphosphates
EDTA
Ethylenediaminetetraacetic Acid
EM
Extensive metabolizer
Chuyển hóa thuốc bình
thường
FDA
U.S. Food and Drug Administration
Cục quản lý Thực phẩm và
Dược phẩm Hoa Kỳ
FPR
False positive rate
Tỉ lệ dương tính giả
GWAS
Genome-wide association study
Nghiên cứu tương quan
toàn bộ hệ gen
HSF
Human Splicing Finder
viii
IM
Intermediate metabolizer
Chuyển hóa thuốc trung
bình
Indel
Insertion/deletion
Biến thể thêm/mất
nucleotide
INR
International normalized ratio
Chỉ số phản ánh thời gian
hình thành cục máu đơng
LD
Linkage disequilibrium
Độ liên kết giữa các biến
thể
LR-PCR
Long range PCR
MLPA
Multiplex ligation dependent probe
amplification
PCR
Polymerase chain reaction
PGRN
Pharmacogenomics Research
Netwwork
Mạng lưới nghiên cứu hệ
gen dược học
PharmVar
Pharmacogene Variation
Đa dạng di truyền các gen
dược học
PM
Poor metabolizer
Chuyển hóa thuốc yếu
SNP
Single nucleotide polymorphism
Đa hình đơn nucleotide
SRS
Substrate recognition site
Vị trí nhận biết cơ chất
SSRI
Selective serotonin reuptake
inhibitor
Ức chế tái hấp thu
serotonine
SV
Structural variant
Biến thể cấu trúc
TPMT
Thiopurine S-methyltransferase
enzyme chuyển hóa các
thuốc thiopurine
UM
Ultra rapid metabolizer
Chuyển hóa thuốc cực
nhanh
Khuếch đại đa đầu dò phụ
thuộc phản ứng ghép nối
ix
DANH MỤC BẢNG
Bảng 2.1. Trình tự các cặp mồi sử dụng cho khuếch đại gen CYP2C9 ................... 43
Bảng 2.2. Trình tự các cặp mồi sử dụng cho khuếch đại gen CYP2C19 ................. 44
Bảng 2.3. Trình tự các mồi sử dụng cho khuếch đại gen CYP2D6 ......................... 44
Bảng 2.4. Trình tự các cặp mồi sử dụng cho khuếch đại gen CYP3A5 ................... 45
Bảng 2.5. Thành phần phản ứng PCR giải trình tự ................................................. 46
Bảng 2.6. Thông số điện di mao quản trên máy 3500............................................. 49
Bảng 2.7. Mối liên hệ giữa giá trị DQ và số bản sao của mẫu nghiên cứu .............. 50
Bảng 2.8. Trình tự các cặp mồi sử dụng cho real-time PCR ................................... 52
Bảng 3.1. Các biến thể của CYP2C9 trong quần thể người Kinh Việt Nam ............ 60
Bảng 3.2. Dữ liệu MLPA về CNV gen CYP2C9 của một số mẫu nghiên cứu ........ 62
Bảng 3.3. Tần số kiểu gen CYP2C9 trong quần thể người Kinh Việt Nam ............. 65
Bảng 3.4. Tần số các allele CYP2C9 trong quần thể người Kinh Việt Nam ........... 65
Bảng 3.5. Các biến thể của CYP2C19 trong quần thể người Kinh Việt Nam .......... 66
Bảng 3.6. Dữ liệu MLPA về CNV gen CYP2C19 của một số mẫu nghiên cứu ...... 68
Bảng 3.7. Tần số kiểu gen của CYP2C19 trong quần thể người Kinh Việt Nam .... 69
Bảng 3.8. Tần số các allele CYP2C19 trong quần thể người Kinh Việt Nam.......... 69
Bảng 3.9. Biến thể của CYP2D6 trong quần thể người Kinh Việt Nam xác định bằng
phương pháp giải trình tự ...................................................................................... 70
Bảng 3.10. Xác định kiểu gen của CYP2D6 ở người Kinh Việt Nam thơng qua kết
hợp dữ liệu giải trình tự và MLPA ......................................................................... 78
Bảng 3.11. Tần số allele của CYP2D6 trong quần thể người Kinh Việt Nam ......... 80
Bảng 3.12. Tần số kiểu gen và tần số allele CYP3A5 trên người Kinh Việt Nam ... 84
Bảng 3.13. Dữ liệu MLPA về CNV gen CYP3A5 của một số mẫu nghiên cứu ....... 84
Bảng 3.14. So sánh tần số các biến thể CYP2C9 trong nghiên cứu này với các quần
thể khác trên thế giới ............................................................................................. 91
Bảng 3.15. So sánh tần số các biến thể CYP2C19 trong nghiên cứu này với các quần
thể khác trên thế giới ............................................................................................. 92
Bảng 3.16. So sánh tần số các allele của CYP2D6 có ảnh hưởng đến chức năng protein
ở quần thể người Kinh Việt Nam và các quần thể khác trên thế giới ...................... 94
Bảng 3.17. So sánh tần số allele CYP3A5*3 trong nghiên cứu này với các quần thể
khác trên thế giới ................................................................................................... 96
x
DANH MỤC HÌNH
Hình 1.1. Cấu trúc của CYP450 và các vị trí nhận biết cơ chất (SRS) . .................... 6
Hình 1.2. Đa dạng di truyền các gen CYP450 và vai trị trong chuyển hóa thuốc . ... 7
Hình 1.3. Các biến thể sai nghĩa và dịch khung của CYP2C9. ................................ 10
Hình 1.4. Phân bố một số biến thể trên gen CYP2C19 . ......................................... 12
Hình 1.5. Cấu trúc gen CYP2D6 và sự phân bố của một số biến thể . .................... 16
Hình 1.6. Phân bố của các biến thể trên gen CYP3A5. ........................................... 18
Hình 1.7. Ảnh hưởng của các ADR t am
Nam
Nam
Nam
Nam
Nam
Nam
Nam
Nam
Nam
Nam
Nam
Nam
Nam
Nam
Nam
Nam
Nam
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
76,8
87,6
114,2
55,7
25,4
38,3
42,2
39,3
19,4
53,4
42,6
33,6
29,7
53,8
68,6
21,7
123,1
94,8
106,5
44,7
40
57,8
106,7
55,6
88,5
60,1
113,9
111,6
92,2
83
73,1
152,9
44,5
94,9
74,7
26,6
26,1
92,6
51,2
129,5
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
MVN 38
MVN 39
MVN 40
MVN 41
MVN 42
MVN 43
MVN 44
MVN 45
MVN 46
MVN 47
MVN 48
MVN 49
MVN 50
MVN 51
MVN 52
MVN 53
MVN 54
MVN 55
MVN 56
Nam
Nam
Nam
Nam
Nam
Nam
Nam
Nam
Nam
Nam
Nam
Nam
Nam
Nam
Nam
Nam
Nam
Nam
Nam
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Bình thường
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
Kinh
44,1
36,6
27,7
84,3
116,6
115,2
90
86,7
29,8
31,7
25,5
40,7
30
35
43,8
53,6
58,1
32,6
40,8
Phụ lục 2. Đánh giá trạng thái cân bằng quần thể của các biến thể trên CYP2C9
STT Name
Position
ObsHET
PredHET
HWpval
251
0
0,02
0,0101
1
251T>C
2
3235G>C
3235
0,01
0,01
1
3
3411T>C
3411
0,01
0,01
1
4
3415C>T
3415
0,01
0,01
1
5
9032G>C
9032
0,05
0,049
1
6
10311A>G
10311
0,06
0,058
1
7
10376T>C
10376
0,01
0,01
1
8
33622T>C
33622
0,01
0,01
1
9
38658A>G
38658
0,01
0,01
1
10
42614A>C
42614
0,07
0,068
1
11
42627C>A
42627
0,02
0,02
1
12
42726C>T
42726
0,06
0,058
1
13
42801A>G
42801
0,01
0,01
1
14
47543delT
47543
0
0
1
Phụ lục 3. Đánh giá trạng thái cân bằng quần thể của các biến thể trên CYP2C19
STT
Name
Position
ObsHET
PredHET
HWpval
1
(-)806C>T
-806
0,02
0,02
1
2
(-)98T>C
-98
0,398
0,354
0,3679
3
12637C>G
12637
0,01
0,01
1
4
12662A>G
12662
0,37
0,326
0,3161
5
17948G>A
17948
0,061
0,059
1
6
19154G>A
19154
0,35
0,326
0,727
7
57637delG
57637
0
0
1
8
57678T>G
57678
0,01
0,01
1
9
57740C>G
57740
0,394
0,351
0,3839
10
80160C>T
80160
0,41
0,36
0,2769
11
80161A>G
80161
0,06
0,058
1
12
87106T>C
87160
0,43
0,439
0,9749
13
87313A>C
87313
0,07
0,068
1
14
90008C>T
90008
0,01
0,01
1
Phụ lục 4. Đánh giá trạng thái cân bằng quần thể của các biến thể trên CYP2D6
STT Name
Position
ObsHET
PredHET
HWpval
1 (-740) C>T
-740
0,178
0,186
0,8467
2 (-678) G>A
-678
0,193
0,231
0,1204
3 (-498) C>A
-498
0,096
0,131
0,034
4 (-184) A>T
-184
0,007
0,007
1
5 (-175) A>T
-175
0,074
0,071
1
6 100C>T
100
0,311
0,449
7.00E-04
7 137insT
137
0
0
0
8 214G>C
214
0,17
0,18
0,7685
9 221C>A
221
0,176
0,185
0,8386
10 223C>G
223
0,147
0,161
0,5393
11 227T>C
227
0,176
0,196
0,4066
12 232G>C
232
0,206
0,251
0,085
13 233A>C
233
0,147
0,196
0,0221
14 245A>G
245
0,14
0,155
0,4715
15 310G>T
310
0,132
0,327
3,98E-10
16 1039C>T
1039
0,221
0,409
3,43E-07
17 1661G>C
1661
0,301
0,348
0,1787
18 1759G>A
1759
0,015
0,015
1
19 1846G>A
1846
0,022
0,022
1
20 2097A>G
2097
0,353
0,443
0,0275
21 2137G>C
2137
0,007
0,007
1
22 2607G>A
2607
0,022
0,05
0,0029
23 2611T>A
2611
0,007
0,007
1
24 2851C>T
2851
0,213
0,256
0,1084
25 2988G>A
2988
0,044
0,043
1
26 3157G>T
3157
0,007
0,007
1
27 3384A>C
3384
0,14
0,486
1,40E-17
28 3790C>T
3790
0,051
0,34
1,33E-20
29 3851G>A
3851
0,015
0,015
1
30 4181G>C
4181
0,082
0,49
1,92E-24
Phụ lục 5. Trình tự mồi sử dụng cho phản ứng LR-PCR
(Tham khảo từ Hersberger và cộng sự, 2000)
Tên mồi Vị trí
Trình tự mồi
Vị trí
Dup
43
5'-CACACCGGGCACCTGTACTCCTCA-3'
66
Dlow
7846
5'-CAGGCATGAGCTAAGGCACCCAGAC-3'
7822
DPKup
-259
5'-GTTATCCCAGAAGGCTTTGCAGGCTTCA-3'
-232
DPKlow
4844
5'-GCCGACTGAGCCCTGGGAGGTAGGTA-3'
4819
Vị trí của các mồi được đánh số dựa trên trình tự tham chiếu của gen CYP2D6
(GenBank Accession No. M33388). Riêng mồi Dup nằm ở vùng nối giữa 2 gen
CYP2D7 và CYP2D6 (GenBank Accession No. X90926).
Phụ lục 6. Trình tự mồi sử dụng cho phản ứng giải trình tự Sanger
Gen
CYP2C9
Vùng gen
Trình tự mồi
Promoter
Exon 1
5'-AGGGGGTTTAATGGTAAAGGTGT-3'
5'-TGCTGACCAGATCCCACAATA-3'
Exon 2
5'-GCAAGTATAATCATCATCATGGTTTCTATT-3'
Exon 3
5'-CTCTCAGCTTCAAACCCCC-3'
Exon 4
5'-ATGCATGCCGAACTCTTTTT-3'
Exon 5
5'-CAATAAAAATTTCCCCATCAAGA-3'
Exon 6
5'-TTTGGGCAAGTTGGTCTACA-3'
Exon 7
5'-CACATTTGTGCATCTGTAACCA-3'
Exon 8
5'-TGGAAATGGTACTGCCCTTC-3'
Exon 9
5'-CCCATCCACCCATCTATCTC-3'
Promoter
Exon 1
5'-TCCTGCCTTCACGTGTTTTT-3'
5'-TAGTGGGCCTAGGTGATTGG-3'
Exon 2
5'-AGTCAGGCTTAGTAAATGGA-3'
CYP2C19 Exon 3
5'-ATCTCCCTCCTAGTTTCGT-3'
Exon 4
5'-ATGCATGCCAAACTCTTTTT-3'
Exon 5
5'-CAATAAAAATTTCCCCATCAAGA-3'
Exon 6
5'-AGCCAAAGACAAAAACCACATC-3'
CYP2D6
CYP3A5
Exon 7
5'-TGATGTTTGGATACCTTCATCAT-3'
Exon 8
5'-CTGCTCTTCTTTGGAATGGTG-3'
Exon 9
5'-GATGACGGGTCAGAAGAAGC-3'
Promoter
Exon 1
5'-CCAGTGCTTCTAGCCCCATA-3'
5'-ACTGGCAGCACAGTCAACAC-3'
Exon 2
5'-CTCCTTCCACCTGCTCACTC-3'
Exon 3
5'-CAAGGTGGATGCACAAAGAG-3'
Exon 4
5'-AAGAAGTCGCTGGAGCAGTG-3'
Exon 5
5'-GGCCAAGGACTCTGTACCTCCTA-3'
Exon 6
5'-GGCAGAGATGGAGGTGA-3'
Exon 7
5'-CGTGAGCCCATCTGGGAAA-3'
Exon 8
5'-CAGCAGGGAGGTGAAGAAGA-3'
Exon 9
5'-TGCTCAGCCTCAACGTACCCCT-3'
*3
*6
5'-CTTGCAGCATTTAGTCCTTGTGAG-3'
5'-GACAGCTAAAGTGGTGAGGG-3'
*8
5'-CTTGACCATTCCAGTTCCTGA-3'
*9
5'-ATG CTT CTGCCAGTAGCAAC-3'
Phụ lục 7. Dữ liệu MLPA về CNV gen CYP2D6 của một số mẫu trong nghiên cứu
Tên mẫu
Vị trí đầu dò của kit MLPA cho CYP2D6 và các tỉ lệ sau chuẩn
hóa (Final ratio)
Exon 1
Exon 5
Exon 6
Exon 9
FVN19
1,59
1,65
1,65
1,07
FVN22
0,81
0,95
1
1,01
FVN23
0,86
1,01
0,93
0,99
FVN30
1,35
1,63
1,58
0,91
FVN50
0,73
0,74
0,7
1,39
FVN69
0,41
0,38
0,36
0,49
FVN74
1,58
1,56
1,54
1,02
FVN76
0,57
0,62
0,94
0,77
FVN86
0,71
0,77
0,72
1,41
FVN87
1,45
1,47
1,49
0,56
FVN92
0,46
0,43
0,46
0,64
FVN94
1,47
1,37
1,57
0,53
MVN 03
1,85
1,96
1,94
0,96
MVN 09
0,48
0,58
0,55
0,63
MVN 26
0,61
0,67
0,6
0
MVN 37
1,76
1,83
1,69
1,07
MVN 41
0,97
1,03
1,05
1
MVN 42
1
1
0,99
1,07
Các vị trí đầu dị đánh dấu màu vàng: tăng số bản sao CYP2D6
Các vị trí đầu dò dánh dấu màu xanh: mất số bản sao của CYP2D6
Phụ lục 8. Tổng hợp số liệu về kiểu gen và kiểu hình chuyển hóa thuốc của các gen CYP2C9, CYP2C19, CYP2D6 và CYP3A5 trên các mẫu
nghiên cứu
STT
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
Mã mẫu
FVN01
FVN02
FVN03
FVN04
FVN05
FVN06
FVN07
FVN08
FVN09
FVN10
FVN11
FVN12
FVN13
FVN14
FVN15
FVN16
FVN17
FVN18
FVN19
FVN20
FVN21
CYP2C9
Kiểu gen
Kiểu hình
*1/*1
EM
*1/*1
EM
*1/*1
EM
*1/*1
EM
*1/*1
EM
*1/*1
EM
*1/*1
EM
*1/*1
EM
*1/*1
EM
*1/*1
EM
*1/*1
EM
*1/*1
EM
*1/*3
IM
*1/*1
EM
*1/*1
EM
*1/*1
EM
*1/*1
EM
*1/*1
EM
*1/*1
EM
*1/*1
EM
*1/*1
EM
CYP2C19
Kiểu gen
Kiểu hình
*1/*3
IM
*1/*1
EM
*1/*1
EM
*1/*2
IM
*1/*2
IM
*1/*2
IM
*1/*2
IM
*1/*1
EM
*1/*1
EM
*1/*1
EM
*1/*3
IM
*1/*1
EM
*1/*1
EM
*1/*3
IM
*1/*1
EM
*1/*2
IM
*1/*2
IM
*1/*1
EM
*1/*1
EM
*1/*1
EM
*1/*2
IM
CYP2D6
Kiểu gen
*10/*15
*10/*10
*60/*60
*1/*10
*5/*10
*10/*10
*5/*36-*10
*10/*10
*2/*10
*1/*1
*10/*36-*10
*2/*10
*10/*36-*10
*1/*10
*10/*10
*2/*68-*4
*10/*10
*10/*10
*10/*36-*10
*5/*36-*10
*1/*2
Kiểu hình
IM
IM
PM
IM
IM
IM
ND
IM
ND
EM
ND
ND
ND
IM
IM
ND
IM
IM
ND
ND
EM
CYP3A5
Kiểu gen
Kiểu hình
*1/*3
IM
*1/*3
IM
*1/*3
IM
*1/*3
IM
*3/*3
PM
*1/*3
IM
*3/*3
PM
*1/*3
IM
*3/*3
PM
*1/*3
IM
*3/*3
PM
*3/*3
PM
*3/*3
PM
*1/*3
IM
*1/*3
IM
*1/*1
EM
*1/*3
IM
*1/*3
IM
*3/*3
PM
*3/*3
PM
*1/*3
IM
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
FVN22
FVN23
FVN24
FVN25
FVN26
FVN27
FVN28
FVN29
FVN30
FVN31
FVN32
FVN33
FVN34
FVN35
FVN36
FVN37
FVN38
FVN39
FVN40
FVN41
FVN42
FVN43
FVN44
FVN45
FVN46
FVN47
FVN48
*1/*3
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*3
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
IM
EM
EM
EM
EM
EM
EM
EM
EM
EM
EM
EM
EM
EM
EM
EM
EM
IM
EM
EM
EM
EM
EM
EM
EM
EM
EM
*1/*1
*1/*2
*1/*1
*1/*2
*1/*3
*1/*1
*1/*1
*1/*2
*1/*1
*1/*2
*1/*1
*1/*2
*1/*1
*1/*1
*1/*2
*1/*1
*1/*2
*1/*1
*1/*1
*1/*2
*2/*2
*1/*1
*1/*1
*2/*2
*1/*1
*1/*1
*1/*1
EM
IM
EM
IM
IM
EM
EM
IM
EM
IM
EM
IM
EM
EM
IM
EM
IM
EM
EM
IM
PM
EM
EM
PM
EM
EM
EM
*10/*10
*1/*2
*10/*10
*2/*65
*10/*36-*10
*1/*10
*1/*2
*1/*10
*1/*36-*10
*13/*10
*5/*10
*5/*36-*10
*1/*5
*1/*10
*10/*36-*10
*2/*10
*36-*10/*36-*10
*1/*36-*10
*2/*10
*10/*10
*10/*10
*4/*10
*10/*10
*10/*10
*1/*1
*2/*10
*10/*10
IM
EM
IM
IM
ND
IM
EM
IM
ND
IM
IM
ND
IM
IM
ND
ND
ND
ND
ND
IM
IM
ND
IM
IM
EM
ND
IM
*3/*3
*3/*3
*3/*3
*3/*3
*3/*3
*1/*1
*3/*3
*3/*3
*3/*3
*3/*3
*1/*1
*1/*3
*3/*3
*1/*1
*3/*3
*3/*3
*1/*3
*3/*3
*1/*3
*1/*3
*1/*1
*3/*3
*3/*3
*1/*3
*3/*3
*1/*3
*1/*3
PM
PM
PM
PM
PM
EM
PM
PM
PM
PM
EM
IM
PM
EM
PM
PM
IM
PM
IM
IM
EM
PM
PM
IM
PM
IM
IM
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
FVN49
FVN50
FVN51
FVN52
FVN53
FVN54
FVN55
FVN56
FVN111
FVN112
FVN113
FVN114
MVN 01
MVN 03
MVN 04
MVN 05
MVN 06
MVN 7
MVN 8
MVN 9
MVN 10
MVN 11
MVN 12
MVN 13
MVN 14
MVN 15
MVN 16
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
EM
EM
EM
EM
EM
EM
EM
EM
EM
EM
EM
EM
EM
EM
EM
EM
EM
EM
EM
EM
EM
EM
EM
EM
EM
EM
EM
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*2
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*2/*17
*1/*2
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*2
*1/*1
*1/*2
*1/*2
*1/*1
*1/*1
*1/*2
*1/*1
*1/*1
*1/*2
*1/*2
EM
EM
EM
EM
IM
EM
EM
EM
IM
IM
EM
EM
EM
EM
EM
EM
IM
EM
IM
IM
EM
EM
IM
EM
EM
IM
IM
*1/*5
*1/*10
*1/*10
*1/*10
*1/*1
*1/*10
*1/*1
*10/*10
*1/*10
*10/*10
*10/*10
*1/*2
*5/*10
*36-*10/*36-*10
*10/*10
*1/*10
*10/*65
*10/*10
*5/*10
*5/*10
*5/*10
*10/*36-*10
*10/*36-*10
*10/*10
*36-*10/*36-*10
*10/*36-*10
*1/*5
IM
IM
IM
EM
IM
EM
IM
IM
IM
IM
EM
IM
ND
IM
IM
IM
IM
IM
IM
IM
ND
ND
IM
ND
ND
IM
*1/*1
*1/*3
*1/*3
*1/*1
*1/*3
*3/*3
*3/*3
*1/*3
*1/*3
*1/*3
*1/*3
*3/*3
*1/*3
*1/*3
*1/*3
*3/*3
*1/*3
*3/*3
*1/*1
*1/*3
*3/*3
*1/*3
*3/*3
*3/*3
*3/*3
*1/*3
*3/*3
EM
IM
IM
EM
IM
PM
PM
IM
IM
IM
IM
PM
IM
IM
IM
PM
IM
PM
EM
IM
PM
IM
PM
PM
PM
IM
PM
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
MVN 17
MVN 18
MVN 19
MVN 20
MVN 21
MVN 22
MVN 23
MVN 24
MVN 25
MVN 26
MVN 27
MVN 28
MVN 29
MVN 30
MVN 31
MVN 32
MVN 33
MVN 34
MVN 35
MVN 36
MVN 37
MVN 39
MVN 41
MVN 42
MVN 43
FVN75
FVN77
*1/*3
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/Del
*1/*3
*1/Del
*1/Del
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*3
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*1
-
IM
EM
EM
EM
ND
IM
ND
ND
EM
EM
EM
EM
EM
EM
IM
EM
EM
EM
EM
EM
EM
EM
EM
EM
EM
-
*1/*1
*1/*1
*1/*2
*1/*1
*1/*1
*1/*2
*1/*1
*1/*2
*1/*1
*1/*1
*1/*1
*1/*2
*1/*1
*1/*2
*1/*2
*1/*2
*1/*1
*1/*1
*2/*2
*2/*17
*1/*1
*2/*3
*1/*2
*1/*2
*1/*1
-
EM
EM
IM
EM
EM
IM
EM
IM
EM
EM
EM
IM
EM
IM
IM
IM
EM
EM
PM
IM
EM
PM
IM
IM
EM
-
*5/*13-*2
*10/*67
*65/*36-*10
*5/*36-*10
*36-*10/*36-*10
*1/*10
*1/*2
*10/*36-*10
*1/*1
*5/*36
*10/*10
*10/*65
*2/*10
*1/*10
*1/*5
*5/*13-*1
*5/*65
*2/*10
*1/*10
*10/*10
*10/*36-*10
*10/*36-*10
*1/*10
*1/*14
*10/*10
*1/*10
*2/*65
ND
ND
ND
ND
ND
IM
EM
ND
EM
PM
IM
IM
ND
IM
IM
ND
IM
ND
IM
IM
ND
ND
IM
ND
IM
IM
IM
*3/*3
*1/*3
*3/*3
*1/*3
*3/*3
*1/*3
*1/*3
*1/*3
*3/*3
*1/*3
*1/*1
*1/*3
*1/*3
*1/*3
*3/*3
*1/*1
*1/*3
*1/*3
*3/*3
*3/*3
*3/*3
*1/*1
*3/*3
*3/*3
*3/*3
-
PM
IM
PM
IM
PM
IM
IM
IM
PM
IM
EM
IM
IM
IM
PM
EM
IM
IM
PM
PM
PM
EM
PM
PM
PM
-
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
FVN78
FVN79
FVN80
FVN82
FVN83
FVN84
FVN85
FVN86
FVN87
FVN89
FVN90
FVN91
FVN92
FVN93
FVN95
FVN96
FVN97
FVN98
FVN99
MVN 38
MVN 40
MVN 44
MVN 45
MVN 46
MVN 47
MVN 48
MVN 49
-
-
-
-
*1/*10
*1/*1
*2/*65
*10/*36-*10
*1/*10
*1/*10
*10/*36-*10
*4/*13-*1
*5/*36-*36-*10
*1/*10
*2/*10
*5/*13-*2
*2/*5
*10/*36-*10
*13/*10
*1/*2
*10/*36-*10
*10/*10
*5/*36-*10
*10/*10
*10/*10
*10/*65
*10/*10
*1/*1
*10/*10
*1/*1
*2/*10
IM
EM
IM
ND
IM
IM
ND
ND
ND
IM
ND
ND
ND
ND
IM
EM
ND
IM
ND
IM
IM
IM
IM
EM
IM
EM
ND
-
-
