Tìm hiểu các căn nguyên vi rút gây viêm đường hô hấp cấp của một số bệnh nhân điều trị ở bệnh viên đa khoa việt tiệp hải phòng 2010 – 2012

Tìm hiểu các căn nguyên vi rút gây viêm
đường hô hấp cấp của một số bệnh nhân điều
trị ở bệnh viên Đa khoa Việt tiệp Hải Phòng
2010 – 2012


Nguyễn Vũ Sơn


Trường Đại học Khoa học Tự nhiên
Luận văn ThS. ngành: Vi sinh vật học; Mã số: 60 42 40
Người hướng dẫn: PGS.TS. Lê Thị Quỳnh Mai
Năm bảo vệ: 2012


Abstract. Xác định các tác nhân vi rút gây viêm đường hô hấp cấp của bệnh nhân
điều trị tại bệnh viện đa khoa Việt Tiệp Hải Phòng bằng phương pháp RT-PCR và
Luminex/xTAG RVP. Tìm hiểu đặc điểm di truyền của vi rút cúm thông qua phân
tích các vi rút cúm được phân lập. Hoàn thiện quy trình chẩn đoán sớm nhiễm vi rút
đường hô hấp trên bệnh phẩm lâm sàng bằng kỹ thuật RT- PCR thông dụng
(conventional RT-PCR).

Keywords. Vi sinh vật học; Virút; Viêm đường hô hấp cấp; Bệnh viện Đa khoa Việt
Tiệp


Content
ĐẶT VẤN ĐỀ
Hội chứng viêm đường hô hấp cấp (VĐHHC) do căn nguyên là vi rút hoặc vi khuẩn
chủ yếu hay gặp tại các nước có kiểu hình khí hậu nóng ẩm, mưa nhiều. Một số tác nhân có
thể gây nên các vụ dịch lẻ tẻ hoặc thành đại dịch (dịch cúm, vi rút hợp bào hô hấp –

Respiratory Sycytial Virus…) [6, 30, 51]. Tác nhân vi rút gây bệnh thường gặp là: vi rút
thuộc họ Picornaviridae, Paramyxoviridae (RSV, vi rút á cúm…), Orthomyxoviridae (vi rút
cúm A, B…) [1, 13, 51]. Trong đó, vi rút cúm được xem là một trong những căn nguyên quan
trọng nhất gây bệnh VĐHHC [50, 59, 79]. Hiện nay có khoảng hơn 200 loại vi rút có cấu trúc
kháng nguyên khác nhau gây bệnh VĐHHC.
Trên thế giới, hội chứng VĐHHC xuất hiện quanh năm ở các vùng ôn đới, nhất là
vào thời gian thời tiết lạnh và ẩm. Bệnh viêm đường hô hấp cấp do căn nguyên vi rút thường
mang tính chất “mùa” - đó là thời gian mà số mắc trong cộng đồng tăng cao, ví dụ: dịch cúm
theo mùa, RSV thường tập trung vào mùa đông tại các nước ôn đới thuộc khu vực Bắc bán
cầu, á cúm là nguyên nhân chính gây VĐHHC vào mùa thu và đầu đông, trong khi cao điểm
của nhiễm vi rút entero lại vào cuối hè… VĐHHC do vi rút có ảnh hưởng lớn tới sức khỏe
đặc biệt đối với trẻ em và người già tại các nước đang phát triển. Theo báo cáo của tổ chức Y
tế thế giới (WHO) có khoảng 4.5 triệu trẻ em dưới 5 tuổi tử vong hàng năm do VĐHHC và
căn nguyên vi rút chiếm 40% trong tổng số đó [86].
Tại Việt Nam, bệnh VĐHHC xảy ra quanh năm, có tỷ lệ mắc đứng đầu trong 10
bệnh truyền nhiễm cấp tính [12]. Tuy nhiên, các nghiên cứu về VĐHHC do căn nguyên vi rút
cũng như các tác nhân nào chủ yếu và thường gặp còn hạn chế. Đặc biệt các nghiên cứu sâu
về vi rút học và các phương pháp chẩn đoán nhanh phòng thí nghiệm bằng các kỹ thuật sinh
học phân tử, đặc điểm di truyền, đặc tính kháng nguyên của các tác nhân vi rút gây bệnh
VĐHHC hiện chưa được áp dụng rộng rãi, đó là lý do chúng tôi tiến hành nghiên cứu:

“Tìm hiểu các căn nguyên vi rút gây viêm đường hô hấp cấp của một số bệnh nhân điều
trị ở bệnh viện đa khoa Việt Tiệp - Hải Phòng 2010-2012”.
Với mục tiêu:
1. Xác định các tác nhân vi rút gây viêm đường hô hấp cấp của bệnh nhân điều trị
tại bệnh viện đa khoa Việt Tiệp Hải Phòng bằng phương pháp RT-PCR và Luminex/xTAG
RVP.
2. Tìm hiểu đặc điểm di truyền của vi rút cúm thông qua phân tích các vi rút cúm
được phân lập
3. Hoàn thiện quy trình chẩn đoán sớm nhiễm vi rút đường hô hấp trên bệnh phẩm

lâm sàng bằng kỹ thuật RT- PCR thông dụng (conventional RT-PCR).


CHƢƠNG 1 - TỔNG QUAN TÀI LIỆU

1.1 CÁC VI RÚT ĐƢỜNG HÔ HẤP
Các vi rút gây bệnh VĐHHC thường gặp được ghi nhận từ 5 họ là: Adenoviridae,
Picornaviridae, Coronaviridae, Paramyxoviridae và Orthomyxoviridae. Tuy nhiên, trong nghiên
cứu này của chúng tôi các vi rút thuộc 4 họ thông dụng được phân tích đó là:
Bảng 1.1. Các vi rút gây bệnh VĐHHC
STT
Họ
Loại vi rút
1
Orthomyxoviridae
- Vi rút cúm A (H1N1, H3N2, H1pdm, H5N1)
- Vi rút cúm B
2
Paramyxoviridae
- Vi rút hợp bào đường hô hấp (Respiratory
syncytial virus-RSV)
- Vi rút human Metapneumoviridae (hMPV)
- Vi rút á cúm (vi rút Parainfluenza) phân típ 1, 2,
3.
3
Picornaviridae
- Vi rút Entero
- Vi rút Rhino
4
Coronaviridae

- Vi rút gây hội chứng viêm đường hô hấp cấp tính
nguy hiểm (Severe acute respiratory syndrome
coronavirus - SARS-CoV)

1.2. SỰ LƢU HÀNH CỦA VI RÚT GÂY BỆNH VIÊM ĐƢỜNG HÔ HẤP CẤP
1.2.1 Trên thế giới
Các tác nhân gây bệnh VĐHHC trên thế giới vừa có tính lưu hành địa phương vừa có thể
gây thành dịch, nhất là dịch vi rút cúm A đã lan rộng đến nhiều nước trên thế giới và trở thành
đại dịch. Hội chứng này có thể xuất hiện quanh năm ở vùng ôn đới nhưng tần số mắc cao vào
mùa thu, mùa đông và mùa xuân, nhất là vào thời gian mà thời tiết lạnh và ẩm. Bệnh VĐHHC
phát triển mạnh ở nơi mật độ dân số cao. Ở vùng nhiệt đới, bệnh VĐHHC xảy ra nhiều hơn vào
lúc thời tiết ẩm ướt và lạnh. Trong cộng đồng dân cư rộng lớn, một số bệnh do vi rút đường hô
hấp thường xảy ra không có tính theo mùa và có thể gây ra các vụ dịch lớn như vi rút adeno, vi
rút hợp bào Tỷ lệ mắc hàng năm cao, đặc biệt ở trẻ em và lứa tuổi thiếu niên [1, 11].
Trong thế kỷ XX đã ghi nhận nhiều đại dịch cúm với số mắc và số tử vong cao. Đại dịch
cúm Tây Ban Nha năm 1918-1919 do vi rút cúm A phân típ H1N1 gây nên ước tính có khoảng
20 triệu người tử vong [59, 68, 75]. Dịch cúm Châu Á năm 1957-1958 có nguồn gốc Singapore
do vi rút cúm A phân típ H2N2 gây nên với khoảng 69.800 trường hợp tử vong, trong đó lứa
tuổi từ 5-19 tuổi chiếm hơn 50% [59,62,74]. Đặc biệt, trong những năm gần đây, năm 1997
xuất hiện cúm A phân típ H5N1 tại Hồng Kông lây từ gia cầm sang người và gây tử vong 6/18
trường hợp mắc. Hồng Kông đã phải thiêu hủy hơn 2 triệu con gà, gây một tổn thất kinh tế lớn.
Cuối tháng 12 năm 2003 và những tháng đầu năm 2004, dịch cúm gia cầm đã gây thiệt hại lớn
về kinh tế cho các nước Châu Á, trong đó Việt Nam và Thái Lan là 2 nước có cúm gia cầm lây
truyền sang người gây tử vong 26 trường hợp [38].
Đại dịch cúm năm 2009 do tác nhân là vi rút cúm A/H1N1 là vi rút cúm hoàn toàn mới
được tích hợp gen từ vi rtus cúm lợn (H1N1; H3N2), vi rút cúm gia cầm (H5N1), vi rút cúm
người (H3N2) lần đầu tiên được xác định vào tháng 3 năm 2009 tại Mexico. Trong thời gian
ngắn, vi rút cúm A/H1N1pdm/2009 đã lây truyền trên phạm vi toàn cầu. Ngày 11 tháng 6
năm 2009, Tổ chức Y tế Thế giới (WHO) đã chính thức công bố đại dịch cúm toàn cầu, và tại
thời điểm đó vi rút đã ghi nhận tại 74 quốc gia, 28.774 người và 144 trường hợp tử vong[64].

Vi rút a
́
cu
́
m phân típ 1- 3 gây bệnh đường hô hấp trên, gặp ở mọi lứa tuổi, tuy nhiên trẻ
em có xu hướng cảm nhiễm nhiều hơn. Vi rút này xuất hiện nhiều nơi khác trên toa
̀
n thế giơ
́
i,
lây truyền qua đươ
̀
ng hô h ấp và lan truyền ở tập thê . Vi rút a
́
cu
́
m là căn nguyên của 1/3 số
nhiê
̃
m khuâ
̉
n đươ
̀
ng hô hấp va
̀
1/2 số trường hợp nhiê
̃
m bê
̣
nh được xác định ở trẻ em trươ

́
c
tuô
̉
i đi ho
̣
c (<6 tuổi) [53]. Vi rút á cúm típ 1 và típ 2 thươ
̀
ng liên quan đến viêm hầu ho
̣
ng -
khí-phế qua
̉
n (bê
̣
nh ba
̣
ch hầu thanh qua
̉
n ), bé trai có xu hướng cảm nhiễm nhiều hơn bé ga
́
i.
Vi rút á cúm típ 3 thươ
̀
ng gây nhiê
̃
m bê
̣
nh đươ
̀

ng hô hấp dươ
́
i như là viêm tiểu phế quản và
viêm phô
̉
i. Vi rút á cúm típ 4 thường lưu hành ở Châu Phi và gây bệnh nhẹ đường hô hấp trên
[13].
Vi rút hợp bào đường hô hấp (Respiratory Syncytial Virus-RSV) là một trong những
căn nguyên gây bệnh viêm đường hô hấp chủ yếu ở trẻ nhỏ. Dịch thường xảy ra vào mùa
đông và mùa xuân. RSV phân bố khắp nơi và có những yếu tố dịch tễ riêng, hàng năm có thể
bùng phát thành dịch và kéo dài khoảng 5 tháng, từ tháng 12 đến tháng 4, đỉnh dịch thường
vào tháng 1 hoặc tháng 2 [29, 30, 50]. Ở Anh, nhiễm RSV thường xảy ra từ tháng giêng đến
tháng ba và nó có thể thay đổi từ năm này qua năm khác. Ở Mỹ, RSV xuất hiện vào mùa
đông và kéo dài tới mùa xuân [29]. Ở Washington DC, số trẻ em nhập viện có triệu chứng
giống RSV, viêm đường hô hấp dưới cao hơn 2,7 lần. Dịch lớn có thể dao động và thay đổi
từng năm. Mặc dù mùa mắc RSV có thể tiên đoán được hàng năm nhưng tính khắc nghiệt của
vụ dịch lại thay đổi.
Trẻ em thường mắc vi rút này trong vòng 3 năm đầu của cuộc đời. Một nghiên cứu ở
Houston, 69% trẻ sơ sinh bị nhiễm vi rút RSV trong năm đầu tiên, 83% nhiễm trong năm thứ
hai. Các năm tiếp theo (3-4 tuổi) các trường hợp nhiễm bệnh vẫn tiếp tục được ghi nhân do
đó khả năng tái nhiễm của trẻ nhỏ là có thể.
1.2.2 Tại Việt Nam
Việt Nam là nước đang phát triển, với dân số trên 80 triệu người, có khí hậu nhiệt đới
(miền Nam) và bán nhiệt đới (miền Bắc), duy trì kiều hình nóng, ẩm, mưa nhiều nên bệnh
VĐHHC có thể phát hiện quanh năm, nhưng có xu hướng tăng ở những tháng giao mùa.
Bệnh VĐHHC thường gọi là bệnh cảm cúm xảy ra trên khắp đất nước với tỷ lệ mắc trung
bình 5 năm cuối năm của thập kỷ 90 được ghi nhận là 1.627,2/100.000 dân, xếp thứ nhất
trong số 10 bệnh truyền nhiễm có tỷ lệ mắc cao nhất ở Việt Nam [11]. Tuy nhiên, tỷ lệ mắc
khác nhau theo phân vùng địa lý và khí hậu. Miền Bắc và Tây Nguyên có nhiều vùng núi cao,
khí hậu 4 mùa nên hội chứng VĐHHC phát triển nhiều trong các mùa thu, mùa đông và mùa

xuân với tỷ lệ mắc trung bình 5 năm cuối của thập kỷ 90 là 2.298,6/100.000 dân ở miền Bắc
và 3.160/100.000 dân ở Tây Nguyên. Tỷ lệ này thấp hơn ở miền Trung và miền Nam nơi duy
trì khí hậu nhiệt đới với hai mùa khô và mùa mưa trong năm. Tại hai khu vực này bệnh
VĐHHC thường phát triển vào mùa mưa với thời tiết lạnh và ẩm. Tại Việt Nam, một số vụ
dịch do căn nguyên vi rút cúm, vi rút á cúm, vi rút adeno… đã được ghi nhận ở nhiều địa
phương [10]. Dịch cúm A/H2N2 lan rộng ra hầu hết các tỉnh thuộc miền Bắc Việt Nam trong
những năm 1957-1958 tương tự năm 1968-1969 dịch cúm A/H3N2 tiếp tục được ghi nhận.
Ngoài ra, năm 2004 vi rút cúm A/H5N1 đã lây từ gia cầm sang người với 22 trường hợp mắc,
trong đó 15 trường hợp tử vong được xác định, vi rút cúm A/H5N1 tiếp tục lưu hành trong
quần thể gia cầm nuôi và tuyền bệnh sang một số người trong những năm tiếp theo[38].
Sự lây truyền của vi rút cúm A/H1N1pdm/09 đã ảnh hưởng tới Việt nam, trường hợp
nhiễm vi rút đầu tiên được xác định vào ngày 31/5/2009 tại thành phố Hồ chí Minh, và
nhanh chóng vi rút cúm A/H1N1pdm/09 đã lây truyền trong cộng đồng ( 10/7/2009. Theo
báo cáo của Bộ Y tế Việt Nam, tính đến ngày 30 tháng 9 năm 2009, Việt Nam có 9.868
trường hợp mắc cúm A/H1N1-pdm/09, trong đó có 22 ca tử vong.
Trong những năm gần đây, đã có nhiều công trình nghiên cứu về căn nguyên gây
VĐHHC ở các vùng miền khác nhau trong cả nước. Nghiên cứu của GS. TS. Huỳnh Phương
Liên và cộng sự về các chủng vi rút cúm và các vi rút gây VĐHHC ở Hà Nội năm 2001 chủ
yếu là vi rút cúm B (74%), sau đó là vi rút cúm A/H1N1 (20,78%), các vi rút gây VĐHHC
khác như vi rút họ Picorna (51,28%) và RSV phân típ B là 10,26%[9]. Một nghiên cứu khác
ở Tây Nguyên năm 2003 đã cho thấy 13,9% là chủng vi rút cúm A/H3N2, xuất hiện gần như
quanh năm và cao nhất vào tháng 9. Ngoài ra, các vi rút gây VĐHHC khác như vi rút hợp
bào đường hô hấp (RSV), hMPV và các vi rút đường ruột (họ Picorna) cũng là căn nguyên
gây viêm đường hô hấp ở Tây Nguyên (18,2%) [5]. Nhóm nghiên cứu gần đây nhất về vi rút
gây bệnh VĐHHC ở trẻ em miền Trung Việt Nam năm 2007 đã cho thấy căn nguyên chính là
vi rút rhino (28%), RSV (23%), vi rút cúm (15%), hMPV (4,5%), vi rút á cúm (5% )[84].
Tại Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương, tác giả Ngô Hương Giang và cộng sự cũng đã
xác định có 9 tác nhân vi rút gây VĐHHC của các bệnh nhân tại miền bắc Việt Nam trong
giai đoạn 2007-2009. Kết quả nghiên cứu cho thấy vi rút thuộc họ Picorna là tác nhân gây
bệnh có tỷ lệ cao nhât (36.18%), vi rút cúm A/H3N2 cũng là tác nhân của 30,92% các trường

hợp nhiễm bệnh, sau đó là vi rút cúm A/H5N1 chiếm 11,18%, RSV 8,55%, A/H1N1 (7,24%),
vi rút cúm B (1,97%), hMPV (1,97%), vi rút á cúm típ 3 (1,32%), vi rút rhino (0,66%).
Việt Nam là nước đang phát triển, ngân sách chi cho chăm sóc sức khỏe ban đầu còn rất
hạn hẹp. Vì vậy, cùng với tiêu chảy và suy dinh dưỡng, viêm đường hô hấp cấp hiện đang có
tỷ lệ mắc và tử vong cao, đứng đầu trong các bệnh nhiễm trùng cấp tính [66, 71].
Cơ sở lý luận để thiết kế và tiến hành nghiên cứu.
Bệnh VĐHHC do căn nguyên vi rút là một trong 10 bệnh truyền nhiễm thường xuyên
gây dịch tại Việt nam với tỷ lệ mắc và tử vong cao. [4,5,9] Trong giai đoạn 2003-2012, một
số dịch VĐHHC đã được ghi nhận : SARS, cúm gia cầm A/H5N1, cúm đại dịch
A/H1N1pdm/09… các vụ dịch này không những gây ảnh hưởng cho sức khoẻ cộng đồng mà
còn ảnh hưởng lớn đến kinh tế và xã hội.
Các nghiên cứu đã được triển khai trong những năm qua taị Việt Nam đã cho phép có
những thông tin cơ bản nhất về sự lưu hành, mức độ nguy hiểm, tính nổi trội của một số tác
nhân virút gây bệnh.[4] Sự nguy hiểm, khả năng lây truyền dễ và nguy cơ tiềm tàng của
bùng phát dịch của các vi rút gây VĐHHC trong cộng đồng yêu cầu phải có sự chủ động
giám sát vi rút học tại các bệnh viện cũng như trong cộng đồng. Chương trình giám sát cúm
Quốc gia đã được triển khai từ năm 2006, một số nghiên cứu khác cũng tập trung tại các cộng
đồng cụ thể (Hà nam, Khánh hoà)….
Bệnh viện đa khoa Việt-Tiệp, Hải phòng là bệnh viện loại 4, tuyến y tế cuối cùng
chăm sóc sức khoẻ cho nhân dân thành phố Hải phòng và các tỉnh lân cận thuộc khu vực
Đông Bắc bộ: Quảng Ninh, Hải Dương, Thái Bình , đây là một điểm giám sát phù hợp cho
các nghiên cứu liên quan đên kiểu hình khí hậu.
Để tiếp nối các nghiên cứu đã tiến hành trong giai đoạn trước, đồng thời phát triển
các giám sát chủ động trong bệnh viện các vi rút gây VĐHHC, chúng tôi tiến hành xây dựng
nghiên cứu “Tìm hiểu các căn nguyên vi rút gây viêm đường hô hấp cấp của một số bệnh
nhân điều trị ở bệnh viện đa khoa Việt Tiệp - Hải Phòng 2010-2012”

KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN
Trong thời gian từ tháng 9 năm 2010 đến tháng 4 năm 2012, chúng tôi tiến hành thu
thập được 170 trường hợp VĐHHC nghi nhiễm vi rút tại bệnh viện đa khoa Việt Tiệp - Hải

Phòng.
Từ kết quả nghiên cứu, chúng tôi nhận thấy số bệnh nhân nam mắc hội chứng
VĐHHC là 116 trường hợp chiếm tỷ lệ 68,2%, bệnh nhân nữ có số mắc là 54 trường hợp
(31,8%), kết quả trên cho thấy tỷ lệ mắc bệnh VĐHHC ở nam cao hơn nữ có ý nghĩa thống
kê với p=0,05 (Bảng 3.2 và hình 3.2). Trong nghiên cứu của Ngô Hương Giang về VĐHHC
2007-2009 tại các tỉnh miền bắc, tỷ lệ bệnh nhân VĐHHC ở nam là 61.5% và nữ là
38,5%[4]. Như vậy kết quả tương đồng về giới trong giám sát VĐHHC tại bệnh viện bước
đầu được ghi nhận. Tỷ lệ nam mắc nhiều hơn nữ có thể do tình trạng hút thuốc lá ở Việt Nam
tập trung nhiều ở nam giới dẫn tới sự tổn thương ở phổi, dễ dàng cho vi rút VĐHHC xâm
nhập. Đã có nhiều nghiên cứu về tác hại của việc hút thuốc dẫn tới VĐHHC, đặc biệt là dễ
nhiễm vi rút cúm [22, 26, 27, 45, 46].
Trong 170 mẫu bệnh phẩm thu thập tại bệnh viện đa khoa Việt Tiệp trong giai đoạn
nghiên cứu ( 10/2009 đến 4/2012), kết quả cho thấy:
Bệnh VĐHHC tập trung nhiều vào lứa tuổi lao động từ 19-60 tuổi với tỷ lệ 50,59% (86
bệnh nhân) tiếp theo là nhóm tuổi trên 60 tuổi có tỷ lệ 45,29% (77 bệnh nhân), lứa tuổi học
sinh từ 6-18 tuổi chiếm 4,12% và không có bệnh nhân VĐHHC được nghi nhận ở tuổi 0-6
trong nghiên cứu này. Nghiên cứu của Ngô Hương Giang tại miền bắc Việt Nam 2007-2009
cho thấy có 8,65% bệnh phẩm VĐHHC thu thập tại lứa tuổi 0-5[4], kết quả nghiên cứu của
chúng tôi phân tích trên một cỡ mẫu thu thập thấp ( 170 mẫu) và chỉ tại 1 điểm giám sát (
bệnh viện đa khoa Việt –Tiệp) nên có sự khác biệt này, vì vậy duy trì giám sát trong thời gian
dài và đa dạng điểm giám sát là cần thiết trong các nghiên cứu tiếp theo
Kết quả bảng 3.5 cho thấy tác nhân vi rút được phát hiện trong bệnh phẩm VĐHHC có
tỷ lệ chung là 14,1% bằng phương pháp RT-PCR và 13,5 % bằng phương pháp
Luminex/xTAG RVP. Tỷ lệ trên tuy không có nhiều sai khác, nhưng phân tích theo từng năm
thì có sự khác biệt rõ rệt khi sử dụng 2 phương pháp khác nhau: 11,3% tác nhân vi rút được
phát hiện trong năm 2010 bằng phương pháp Luminex/xTAG RVP, trong khi 3,7% được phát
hiện bằng phương pháp RT-PCR thông thường, tỷ lệ này lại theo chiều hướng ngược lại trong
năm 2012: 20,4% mẫu dương tính với RT-PCR thông thường và 11,4% mẫu dương tính
được phát hiện bằng Luminex/xTAG RVP. Sự sai khác kết quả có thể do độ nhạy với các tác
nhân hoặc họ tác nhân vi rút cụ thể trong từng phương pháp khác nhau, vì vậy kết quả cẩn

phải được phân tích và đánh giá sâu để có thể xây dựng được quy trình chẩn đoán cụ thể tại
điều kiện Việt Nam.
Kết quả trên cho thấy các vi rút thuộc họ Orthomyxoviridae; và Picornaviridae được
xác định trong cả 3 năm nghiên cứu, trong khi các vi rút thuộc họ Coronaviridae chỉ phát
hiện trong năm 2012 và bằng phương pháp Luminex/xTAG RVP. Các vi rút thuộc họ
Paramyxoviridae lưu hành với tỷ lệ thấp năm 2010 (1,88%) và không phát hiện trong các
mẫu bệnh phẩm thu thập năm 2012, kết quả trên có thể giải thích do mẫu thu thập trong
nghiên cứu chỉ bao gồm một số tháng trong 2010 hoặc 2012, vì vậy việc phát hiện các vi rút
thuộc họ Paramyxoviridae tại các năm này có thể chưa phản ánh sự lưu hành các vi rút thuộc
họ này.
Kết quả trên cho thấy, có 7 vi rút được xác định là căn nguyên của VĐHHC trong tổng
số 170 mẫu thu thập tại bệnh viện đa khoa Việt Tiệp, Hải phòng trong giai đoạn 10/2010 đến
4/2012. Các vi rút đó được xác định là vi rút cúm A/H1N1pdm/09, vi rút cúm B, vi rút
hMPV, vi rút á cúm típ 1, vi rút họ picorna, vi rút Corona 299E và vi rút Corona OC43.
Trong tổng số 7 vi rút nói trên vi rút Corona 299E và vi rút Corona OC43 chỉ có thể phát hiện
bằng phương pháp Luminex/xTAG RVP. Tuy rằng cả 2 phương pháp RT-PCR và
Luminex/xTAG RVP đều cho phép phát hiện phần lớn các tác nhân vi rút được thiết kế trong
nghiên cứu, tuy nhiên sự chênh lệch về số dương tính thực của vi rút cúm B và vi rút họ
picorna cũng được xác định, số mẫu dương tính với vi rút cúm B là 6 khi sử dụng phương
pháp RT-PCR thông thường, trong khi chỉ phát hiện được 1 mẫu dương tính với vi rút cúm B
bằng phương pháp Luminex/xTAG RVP. Số mẫu dương tính với vi rút cúm B (6 mẫu) đều
được phát hiện vào tháng 2-4/2011 là thời điểm vi rút cúm B đang hoạt động mạnh tại miền
Bắc, Việt Nam ( nguồn GSC quốc gia, chưa công bố) vì vậy kết quả trên của phương pháp
RT-PCR có độ tin cây. Sự khác biệt rõ rệt kết quả của RT-PCR thông thường và
Luminex/xTAG RVP có thể giải thích do độ nhạy thấp của Luminex/xTAG RVP với tác
nhân là vi rút cúm B, khi một phương pháp có khả năng phát hiện trong cùng 1 phản ứng 23
tác nhân vi rút khác nhau, thì độ nhạy không đồng đều giữa các tác nhân riêng biệt là có thể,
vì vậy muốn khẳng định một kết quả chẩn đoán trong PTN, việc thực hiện chẩn đoán bẳng 2
phương pháp khác nhau là rất cần thiết, đặc biệt với các tác nhân vi rút đặc biệt như cúm
A/H5N1, SARS-CoV.

Bảng 3.8 cho thấy vi rút họ picorna được phát hiện trong 10 mẫu bệnh phẩm chiếm tỷ lệ
38,4%, vi rút cúm B được xác định là 23,1%, vi rút cúm A/H1N1pdm/09 có tỷ lệ 15,3%, vi
rút á cúm típ 1 đạt tỷ lệ 11,5%, các vi rút khác (hMPV, CoV-229E, CoV-OC43) đều có tỷ lệ
3,8% trong tổng số mẫu được xác định dương tính.
Bệnh phẩm thu thập trong nghiên cứu từ tháng 10/2010 đến tháng 4/2012, tuy nhiên
trong 8 tháng liên tục (từ tháng 9 đến tháng 4 năm sau) có số lượng bệnh phẩm tập trung
nhiều ( bảng 3.1) Kết quả trên dương tính của từng tác nhân vi rút theo tháng (bảng 3.9) cho
thấy vi rút cúm A/H1N1pdm/09 đại dịch và cúm B xác định chủ yếu vào các tháng 2, 3, 4
trong năm vi rút họ picorna lưu hành hầu hết trong các tháng thu thập, và đạt cao điểm tại
tháng 3,11. Kết quả trên phù hợp kết quả của chương trình giám sát cúm quốc gia trong giai
đoạn 2010-2012, vi rút cúm A/H1N1pdm/09 lưu hành vào tháng 1-4/2011 và vi rút cúm B
lưu hành mạnh vào tháng 2-4/2011 và tháng 2, 3 năm 2012.
Sự đồng lưu hành của nhiều vi rút gây VĐHHC cũng được xác định vào tháng 1 và
tháng 3 trong năm 2011, 2012, các tác nhân vi rút lưu hành trong cùng thời điểm được xác
định: hMPV, á cúm 1, corona 229E, OC43, họ vi rút picorna, cúm. Kết quả trên phù hợp với
nghiên cứu của Ngô Hương Giang và một số nghiên cứu khác tại Việt nam trong giai đoạn
2007-2009 cho thấy sự đồng lưu hành của các vi rút gây VĐHHC cũng tập trung vào các
tháng 1,2,4,5 là các tháng giao mùa giữa mùa xuân và mùa hè [4]. Sự đồng lưu hành nhiều vi
rút gây bệnh trong cùng thời điểm là nguyên nhân tăng số bệnh nhân VĐHHC và phù hợp với
kết quả phân bố mẫu theo tháng của nghiên cứu này.
Kết quả trên cho thấy mọi nhóm tuổi đều có thể cảm nhiễm với vi rút họ Picorna, trong
khi vi rút cúm A/H1N1pdm/09 và vi rút cúm B chỉ phát hiện tại các nhóm tuổi trưởng thành (
> 18 tuổi), và các vi rút hMPV, CoV-299E hoặc CoV-OC43 chỉ phát hiện 1 trường hợp trong
nghiên cứu nên khó có thể xác định được tuổi cảm nhiễm của các vi rút này. Sự cảm nhiễm
cao với vi rút họ Picorna của mọi nhóm tuổi cũng như sự lưu hành thường xuyên của họ vi
rút này cho phép nghĩ đến môi trường sống, điều kiện sinh hoạt, kinh tế là những nguyên
nhân gây nên hiệu ứng cảm nhiễm này. Các nghiên cứu của các tác giả khác về các vi rút họ
Picorna ( vi rút Rhino, Entero) cũng cho kết quả tương tự.[70]
Tổng số mẫu phân lập thành công là 7/24 mẫu chiếm tỷ lệ 29,1%, tỷ lệ này dao động
theo các tác nhân nghiên cứu. Kết quả trên cho thấy, vi rút họ Picorna dễ dàng phát hiện bằng

phương pháp RT-PCR tuy nhiên hồi phục vi rút trên dòng tế bào cảm nhiễm còn hạn chế (đạt
10%), trong khi các vi rút khác có thể đạt tỷ lệ phân lập cao như hMPV (100%) hoặc cúm
A/H1N1pdm/09 (50%). Kết quả này cũng tương tự với một số kết quả được nghiên cứu trước
đó[52,56], trong những nghiên cứu trước tỷ lệ phân lập vi rút cúm luôn ở mức cao hơn so với
các tác nhân vi rút khác.
Kết quả cho thấy các chủng vi rút cúm phân lập trong nghiên cứu: HP-SARI 20216, HP-SARI
2095 được xác định là cúm A/H1N1pdm/09 bằng phương pháp RT-PCR có phản ứng tốt với
kháng huyết thanh chuẩn A/H1N1pdm/09 và đạt hiệu giá HI tương ứng >=1/640, kết quả trên
tương đương với hiệu giá ngăn ngưng kết hồng câù (HAI) của vi rút chứng A/California/07/09 (H1N1) là
1/1280 , Tương tự, kết quả phản ứng HAI của 2 chủng vi rút cúm B trong nghiên cứu (HP-SARI
20201, HP-SARI 20154) đều có hiệu giá là 1/320 HAI khi phản ứng với kháng huyết thanh B/
Brisbane/2009, tương đương với hiệu giá HAI của vi rút cúm B chuẩn thuộc dòng B/Victoria. Kết quả
của giám sát cúm quốc gia giai đoạn 2006-2012 cho thấy, vi rút cúm B lưu hành tại Việt nam đồng thời có
đặc tính kháng nguyên của cả 2 dòng Victoria và Yamagata, tuy nhiên trong nghiên cứu của chúng tôi chỉ
phát hiện vi rút cúm B mang đặc tính KN giống dòng Victoria, tương tự vi rút cúm B lưu hành tại
Australia năm 2009 và là vi rút dự tuyển cho vắc xin cúm mùa 2010 - 2011 và 2011 - 2012 tại khu vực
Bắc bán cầu (B/ Brisbane /60/2008 ) [69]. Kết quả phản ứng ngăn ngưng kết hồng cầu HAI cho phép kết
luận vi rút cúm A/H1N1pdm/09 xác định trong nghiên cứu có đặc tính kháng nguyên tương tự vi rút
cúm dự tuyển vắc xin A/ California/07/09 (H1N1) cho cả 2 khu vực địa lý Bắc bán cầu và Nam bán cầu
trong giai đoạn 2009-2012. Tương tự,vi rút cúm B xác định trong nghiên cứu có đặc tính kháng nguyên
tương tự vi rút cúm B dòng Victoria- đại diện là vi rút dự tuyển vắc xin năm 2010-2011 và 2011-2012
cho khu vực Bắc bán cầu (B/ Brisbane /60/2008 )
Kết quả cây gia hệ HA của chủng cúm A/H1N1 đại dịch cho thấy, virút cúm A/H1N1
đại dịch có thể tách thành 2 nhóm (nhóm I và nhóm II), nhóm II được chia ra thành 4 phân
nhóm phụ (phân nhóm IIa, IIb, IIc, IId), trong đó chủng HP-SARI 2095 thuộc phân nhóm IIa
và chủng HP-SARI 20216 thuộc phân nhóm IIb. Khi so sánh trình tự gen HA của chủng vắc
xin với trình tự HA đã được giải trình tự của 2 chủng cúm H1N1 đại dịch chúng tôi thấy cả 2
chủng có độ tương đồng di truyền cao đạt 99%.
So sánh vớí vi rút dự tuyển vắc xin A/California/07/2009 (H1N1), vi rút cúm
A/H1N1pdm/09 thu thập được trong nghiên cứu có số nucleotide sai khác được xác định là

12 nucleotide (bảng 3.14), tuy nhiên không có sự khác biệt về đặc tính kháng nguyên (hình
3.7) có thể hiểu rằng sự khác biệt của nucleotide không ảnh hưởng đến cấu trúc protein HA,
vì vậy đặc tính kháng nguyên không có sự khác biệt đáng kể.
Kết quả cây gia hệ HA của chủng cúm B cho thấy, virút cúm B phân lập HP-SARI
20154 và HP-SARI 20201 đều thuộc dòng B/Victoria và nhóm vào cùng vi rút cúm dự tuyển
vắc xin B/Brisbane/60/2008 và một số vi rút cúm B lưu hành tại Honkong, Trung quốc, Hàn
quốc… năm 2009-2010.
Tương tự số nucleotide khác biệt của vi rút cúm B phân lập trong nghiên cứu với vỉrut
dự tuyển vắc xin B/Brisbane/60/2008 được xác định là 2 nucleotid (HP-SARI 20201) và 12
nucleotide (HP-SARI 20154), sự khác biệt này cũng được khẳng định trên hình ảnh cây gia
hệ khi HP-SARI 20154 có khoảng cách xa hơn vỉrut dự tuyển vắc xin B/Brisbane/60/2008 .

KẾT LUẬN
Phân tích 170 mẫu bệnh phẩm VĐHHC nghi nhiễm vi rút tại bệnh viện đa khoa Việt
Tiệp, Hải Phòng từ tháng 9 năm 2010 đến tháng 4 năm 2012. Chúng tôi rút ra một số kết luận
như sau:
1. Tổng số 26 mẫu bệnh phẩm được xác định dương tính với các vi rút gây VĐHHC chiếm
tỷ lệ 15,2%, các mẫu dương tính được phân bố cho 7 tác nhân vi rút gây VĐHHC được xác định:
vi rút cúm A/H1N1pdm/09 (4 mẫu bp); vi rút cúm B(6 mẫu bp), hMPV (1 mẫu bp), á cúm típ 1(3
mẫu bp), vi rút họ Picorna (10 mẫu bp), corona 229E (1 mẫu bp) và corona OC43 (1 mẫu bp). Vi
rút họ Picorna phát hiện trong hầu hết thời gian nghiên cứu, chiếm tỷ lệ cao (38,4%). Bệnh phẩm
thu thập nhiều vào tháng 11,12. Các tháng có sự đồng lưu hành của nhiều tác nhân vi rút là tháng
1, tháng 3 trong giai đoạn nghiên cứu.
2. Đã phân lập được: vi rút cúm A/H1N1pdm/09, vi rút cúm B, á cúm 1, hMPV và vi rút
họ picorna. Tỷ lệ phân lập dương tính đạt 29,1% trong tổng số mẫu được xác định dương tính
bằng phương pháp RT-PCR. Vi rút cúm A/H1N1pdm/09 phân lập được trong nghiên cứu có đặc
điểm di truyền và đặc tính kháng nguyên tương tự vi rút cúm dự tuyển vắc xin A/California/07/09
(H1N1) cho cả 2 khu vực Bắc và Nam bán cầu 2009-2012. Vi rút cúm B có đặc điểm di truyền
và đặc tính kháng nguyên tương đồng với vi rút cúm B/Brisbane/60/08 là vi rút đại diện của dòng
kháng nguyên Victoria và là vi rút dự tuyển vắc xin cho khu vực Bắc bán cầu trong mùa cúm

2010-2011 và 2011-2012.
3. Quy trình chẩn đoán sớm tác nhân vi rút gây VĐHHC bằng phương pháp RT-PCR
thông thường theo các thứ tự ưu tiên sau:
- Các tác nhân vi rút cúm theo nhóm (A; B)
- Các tác nhân vi rút họ Picorna.
- Phân típ vi rút cúm và enterovirus, Rhinovirus
- RSV, hMPV, á cúm phân típ 1,2,3, SARS - CoV, CoV - 229E và CoV-OC43.

KIÉN NGHỊ
- Tiếp tục duy trì giám sát hội chứng VĐHHC tại bệnh viện đa khoa Việt - Tiệp, Hải
phòng, mở rộng giám sát tại các bệnh viện có khu vực địa lý và kiểu hình khí hậu khác
nhau
- Tìm hiểu đặc tính vi rút học của hMPV, RSV, á cúm phân típ, Picorna



References
Tiếng Việt
1. Bộ Y tế (2003). Dịch tễ, lâm sàng, điều trị và phòng chống bệnh viêm đường hô hấp
cấp (SARS), Nhà xuất bản Y học, Hà Nội.
2. Bộ Y tế, Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ƣơng (2009). Báo cáo kết quả hoạt động giám
sát cúm 9 tháng đầu năm 2009. Dự án "Xây dựng hệ thống giám sát cúm tại Việt
Nam", Nhà xuất bản Y học, Hà Nội
3. Bộ Y tế (2004), Niên giám thống kê bệnh truyền nhiễm năm 2003, Nhà xuất bản Y
học, Hà Nội.
4. Ngô Hƣơng Giang (2010). Tìm hiểu căn nguyên vi rút gây viêm phổi tại miền bắc
Việt Nam 2007-2009, Luận văn Thạc sĩ công nghệ sinh học, Đại học Bách khoa.
5. Nguyễn Lê Khánh Hằng, Huỳnh Phƣơng Liên, Nghiêm Kim Hà, Lê Quỳnh Mai,
Võ Thị Hƣờng, Đặng Tuấn Đạt (2005). "Căn nguyên các vi rút gây viêm đường hô
hấp cấp ở Tây Nguyên, 2003-2004," Tạp chí Y học dự phòng, Tập XV, số 5 (76): 17-

21.
6. Nguyễn Lê Khánh Hằng (2010). Nghiên cứu căn nguyên của các vụ dịch cúm người
đầu những năm 2000 tại miền Bắc, Việt Nam, Luận án Tiến sĩ sinh học, Đại Học
Quốc Gia Hà Nội
7. Trần Thị Thu Hƣơng (2009). Tìm hiểu sự lưu hành của vi rút hợp bào-RSV trên
bệnh nhân nhi dưới 2 tuổi với triệu chứng viêm đường hô hấp, Luận văn Thạc sĩ sinh
học, Đại học Quốc gia Hà Nội.
8. Nguyễn Thanh Liêm (2006). Nghiên cứu đặc điểm lâm sàng, dịch tễ học, phương
pháp chẩn đoán sớm, phác đồ điều trị hiệu quả và dự phòng bệnh viêm đường hô hấp
cấp do vi rút cúm A/H5N1, vi rút cúm A và vi rút hợp bào đường hô hấp ở Việt Nam,
Đề tài cấp nhà nước, Bệnh Viện Nhi Trung Ương.
9. Huỳnh Phƣơng Liên, Nguyễn Lê Khánh Hằng, Nghiêm Kim Hà, Nguyễn Công
Đoàn, Hiroshi Suzuki, Saito Reiko (2005). "Nghiên cứu các chủng vi rút cúm và các
vi rút gây viêm đường hô hấp cấp ở Hà Nội 2001", Y học thực hành (505), Số 3/2005:
23-26.
10. Nguyễn Hữu Tâm (2006). Mô tả một số đặc điểm dịch tễ học của các trường hợp
mắc bệnh cúm A/H5N1 ở Miền Bắc Việt Nam, năm 2005, Báo cáo tổng kết khoa học
và kỹ thuật, Đề tài cấp Viện, Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung Ương, Hà Nội.
11. Trần Văn Tiến và cs. (2001). Thống kê các bệnh truyền nhiễm. tr. 40.
12. Trƣờng Đại học Y Hà Nội, Bộ môn Vi sinh Vật. (2003). Vi sinh Y học, Nhà xuất
bản Y học, Hà Nội. tr. 297-309.
13. PGS. TS. Phạm Văn Ty (2007). Virut học, Nhà xuất bản Giáo Dục, Hà Nội. tr. 205-
256.
14. Nguyễn Thu Vân (2006). Nghiên cứu xây dựng quy trình công nghệ sản xuất vắc xin
cúm A/H5N1 trên tế bào thận khỉ tiên phát ở quy mô phòng thí nghiệm, Đề tài nghiên
cứu khoa học công nghệ nhà nước ĐTDDL-2006/02G, Hà Nội.
15. Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung Ƣơng (2001). Phân tích số liệu các bệnh truyền nhiễm
ở Việt Nam 1996-2000, Nhà xuất bản Bản Đồ, Hà Nội.

Tiếng Anh

16. Anne-Charlotte Sentilhes, Vimatha Xaysitthideth, Sareth Rith, Somvay
Ongkhamme, Thongchanh Sisouk,Darouny Phonekeo, Jean-Jacques Bernatas,

Vincent Deubel, Philippe Buchy,

Paul Brey, Phengta Vongphrachanh

(2011).
"Identification of viruses in Acute Lower Respiratory Infections (ALRI) in Lao
People's Democratic Republic". BMC Proc. 2011; 5(Suppl 1): P74.
17. Beckett CG., Kosasih H., Ma'roef C., Listiyaningsih E., Elyazar IR., Wuryadi S.,
Yowono D., McArdle JL., Corwin AL., Porter KR. (2004). "Influenza surveillance
in Indonesia: 1999-2003", Clinical Infectious Disease, 39: 443-449.
18. Besselaar TG, Botha L, McAnerney JM, Schoub BD. (2004). "Antigenic and
molecular analysis of influenza A (H3N2) virus strains isolated from a localised
influenza ourbreak in South Africa in 2003", J Med Virol., 73: 71-78
19. Carr J., Ives J., Kelly L., Lambkin R., Oxford J., Mendel D., Tai L., N, Roberts
(2002). "Influenza virus carrying neuraminidase with reduced sensitivity to
oseltamivir carboxylate has altered properties in vitro and is compromised for
infectivity and replicative ability in vivo", Antiviral Res, 54: pp. 79-80.
20. Centers for Disease Control and Prevention (April 25-29,2005). Modern Methods
for Influenza Detection and Subtyping, Atlanta, Georgia.
21. Centers for Disease Control and Prevention (August 13-14, 2003). "Laboratory
Techniques for Influenza Diagnosis", Surveillance Coordinator's Conference Atlanta,
Georgia, US.
22. Clinton S. Robbins, Carla M. T. Bauer, Neda Vujicic, Gordon J. Gaschler, Brian
D. Lichty, Stämpfli., Earl G. Brown and Martin R. (2006). "Cigarette Smoke
Impacts Immune Inflammatory Responses to Influenza in Mice ", American Journal
of Respiratory and Critical Care Medicine, 174: 1342-1351.
23. Echevarria JE, et al. (1998). J Clin Microbiol, 36: 1388-1391.

24. Ellis JS, Smith JW, Braham S, Lock M, Barlow K, MC, Zambon (2007). "Deign
and validation of an H5 Taqman real-time one-step reverse transcription-PCR and
confirmatory assays for diagnosis and verification of influenza A virus H5 infections
in human," J Clin Microbiol, 45(1535-1543).
25. Enders Ko Ng, Preter KC Cheng, Antia YY Ng, Hoang, TL, Lim, and William
WL (2005). "Influenza A H5N1 detection", Emer Inf Dis, 11: 1303-1305.
26. Fabrice Carrat, Juliette Deshayes, Isabelle Goderel, Gregory Pannetier,
Valleron., Céline Lazarovici and Alain-Jacques (June 2004). "Factors associated
with intensity of symptoms in patients seeking medical advice for flu", International
Congress Series, 1263: 308-311.
27. Fay H Johnston, Anne M Kavanagh, Scott, David M J S Bowman and Randall K
(2002). "Exposure to bushfire smoke and asthma: an ecological study", The Medical
journal of Australia, 176(11): 535-538.
28. Gibson UEM, Heid CA., Williams PM.(1996). "A novel method for real time
quantitative RT-PCR", Genome Res, 6: 995-1001
29. Glezen, W. P. (1977). "Pathogenesis of bronchiolitis: epidemiologic considerations",
Pediatr. Res. 11: 239 - 243.
30. Glezen, W. P., F. W. Denny. (1973). "Epidemiology of acute lower respiratory
disease in children", N. Engl. J. Med, 288: 498 - 505.
31. Guy Boivin MD.(2002). Update on human metapneumoniavirus, Laval University,
Quebec City, Canada.
32. Hampson AW. (1999). "Epidemiological data on Influenza in Asian countries",
Vaccine, 17(19-23).
33. Harmon MW., PA Rota, HH Walls, and AP Kendal (1988). "Antibody response in
humans to influenza virus type B host cell-dirived variant after vaccination with
standard (egg-devired) vaccine or natural infection", J Clin Microbiol, 26: 333-337.
34. Herlocher ML., Carr J., Ives J., Elias S., Truscon R., Roberts NA., Monto AS.
(2002). "Influenza virus carring an R292K mutation in the neuraminidase gene is not
transmitted in ferrets", Antivial Res, 54(p.99-111).
35. Herlocher ML., Truscon R., Elias S., Yen HL., Roberts NA., Ohmit SE., Monto

AS. (2004). "Influenza viruses resistant to the antiviral drug oseltamivir: transmission
sudies in ferrets", J Infect Dis, 190: pp.1627-1630.
36. Hien T. Nguyen, Nila J. Dharanb, Mai T.Q. Le, Nguyen B. Nguyen, Chung T.
Nguyen, Dong V. Hoang, Huu N. Tran, Chien T. Bui, Dat T. Dang, Dinh N.
Pham, Hoa T. Nguyen, Tu V. Phan, David T. Dennis, Timothy M. Uyeki, Joshua
Mottb, Nguyen Yen T. (2010). "National influenza surveillance in Vietnam, 2006–
2007", Vaccine, 28: 398-402.
37. Higuchi R, Fockler C, Dollinger G, R, and Watson (1993). "Kinetic PCR analysis;
real time monitoring of DNA amplification reaction", Biotechnology (NY), 11(1026-
1030).
38. Hiroshi Kida, Yoshihiro Sakoda. (2004). "Fortieth Anniversary United States-Japan
cooperative medical science program", p4.
39. Hirst GK. (1942). "The quantitative determination of influenza virus and antibodies
by means of red cell agglutination", J.Exp.Med., 75: 47-64.
40. Holmes EC, E Ghedin, N Miller, J Taylor, Y Bao, KS George, BT Grenfell, SL
Saizberg, CM Fraster, DJ Lipman and JK Taubenberger. (2005). " Whole-
genome analysis of human influenza A virus reveals multiple persistent lineages and
reassortment among recent H3N2 viruses", PLoS Biol, 3: 1579-1588.
41.
42. Hui-Ling Yen, Louise M.Herlocher, Erich Hoffmann, Mikhail N., Matrosovich,
Arnold S.Monto, Roberts G.Webster, and Elena A.Govorkova (2005).
"Neuraminidase Inhibitor-Resistant Influenza Viruses May Differ Substantially
inFitness and Transmissibility", Antimicrob Agents Chemother, 49 (10): 4075-4084.
43. Ito., Couceiro JNSS., Kelm S., Baum LG., Krauss S., Castrucci MR., Donatelli I.,
Kida H., Paulson JC., Webster RG., and Kawaoka Y. (1998). "Molecular basc of
the genratin in pigs of influenza A viruses with pandemic potential", J Virol, 72:
7367-7373.
44. Ives J., Carr J., Mende DB., Tai CY., Lambkin R., Kelly L., JS., Oxford, Hayden
FG., Roberts NA. (2002). "The H274Y mutation in the influenza A/H1N1
neuraminidase active site following oseltamiver phosphate treatment leave virus

severely compromised both in vitro and in vivo", Antivial Res, 55: 307.
45. Jeremy D. Kark, M.D., Ph.D., , Moshe Lebiush, M.D., and Lotte Rannon, M.D.
(October 21, 1982). "Cigarette Smoking as a Risk Factor for Epidemic A(H1N1)
Influenza in Young Men," N Engl J Med 307: 1042-1046.
46. Jeremy D.Kark, Moshe lebiush (1981). "Smoking and epidemic influenza-like
Illness in female military recruits: a brief survey," AM. J. Public health, 71: 530-532.
47. John Ridley Pattison, Richard J. Whitley. (2002). Clinical Virology Second Edition
John Wiley and Sons. 90-101.
48. Kanti Pabbaraju, Kara L. Tokaryk, Sallene Wong, Julie D. Fox. (2008).
"Comparison of the Luminex xTAG Respiratory Viral Panel with In-House Nucleic
Acid Amplification Tests for Diagnosis of Respiratory Virus Infections ", J Clin
Microbiol. 2008 September; 46(9): 3056–3062.
49. Kanti Pabbaraju, Sallene Wong, Kara L. Tokaryk,

Kevin Fonseca,

Steven J.
Drews. (2011) "Comparison of the Luminex xTAG Respiratory Viral Panel with
xTAG Respiratory Viral Panel Fast for Diagnosis of Respiratory Virus Infections", J
Clin Microbiol. 2011 May; 49(5): 1738–1744.
50. Kim, H. W., J. O. Arrobio, C. D Brandt (1973). "Epidemiology of respiratory
syncytial virus infection in Washington, D.C. I. Importance of the virus in different
respiratory disease syndromes and temporal distribution of infection" Am. J.
Epidemiol, 98: 216 - 225.
51. Knipe, David M, Howley, Peter M. (2007). Fields Virology, 5th Edition,Lippincott
Williams and Wilkins, II(II), Specific Virus Families, 48.
52. Huey-Pin Tsai, Pin-Hwa Kuo, Ching-Chuan Liu, Jen-Ren Wang. (2001).
"Respiratory Viral Infections among Pediatric Inpatients and Outpatients in Taiwan
from 1997 to 1999", J Clin Microbiol. 2001 January; 39(1): 111–118
53. Leslie collier, John Oxford (1993). Human virology: A text for students of medicine

dentistry and microbiology, Oxford University Press: 107-137.
54. Li KS, Y Guan, J Wang, GJD Smith, KM Xu, L Duan, AP Rahardjo, P
Puthavathana, Buranathai C, Nguyen TD, Estoepangestie ATS, Chaisingh A,
Auewarakul P, Long HT, Hanh NTH, Webby RJ, Poon LLM, Chen H,
Shortridge KF, Yuen KY, Webster RG and Peiris JSM. (2004). "Genesis of a
highly pathogenic and potentially pandemic H5N1 influenza virus in eastern Asia",
Nature, 430: 209-213.
55. Masahiro Ito, Masahiro Wantanabe, Naoko Nakagawa, Toshiaki Ihara, Okuno,
Yoshinobu (2006). "Rapid detection and typing of influenza A and B by Loop-
mediated isothermal amplification; comparision with immunochromatography and
virus isolation", Journal of Virological Methods, 135 (2): 272-275.
56. Mizuta K, Abiko C, Aoki Y, Suto A, Hoshina H, Itagaki T, monthly isolation of
respiratory viruses from children by cell culture using a microplate method: a two-
year study from 2004 to 2005 in yamagata, Japan", Jpn J Infect Dis. 2008
May;61(3):196-201.
57. Modified from Halonen P, et al. (1995). J Clin Microbiol 33: 648-653.
58. Murphy BR., El Tierney, BA Barbour, RH Yolken, DW Alling, HP Holley,
Chanok, RE mayner and RM (1980). "Use of enzyme-linked immunosorbent assay
to detect serum antibody responses of volunteers who received attenuated influenza A
virus vaccines", Infect Immu, 29: 342-347.
59. N. J. Cox., K. Subbarao (2000). “Global epidemiology of Influenza, Past and
Present”, Annu. Rev. Med, 51: 407-21.
60. Nagamine K, T Hase, Notomi, and T (2002). "Accelerated reaction by loop
mediated isothermal amplification using loop primers", Mol Cell, Probes 16: 223-229.
61. Niigata Prefectural Institute of Health and Environmental Sciences (2005).
"Manual on Investigation of Virus, Virology Section", Ver 2.1.
62. Noble GR. (1982). Epidemiological and clinical aspects of influenza, In basic and
Applied Influenza Research, ed. AS Beare: 11-50.
63. Notomi T, H Okayama, H Masubuchi, T Yonekawa, K Wantanabe, N Amino,
Hase, and T (2002). "Loop-mediated isothermal amplification on DNA", Nucleic

Acid Res, 28: 63.
64. Pandemic (H1N1) 2009 Virus Revisited: an Evolutionary Retrospective. Infect Genet
Evol. 2011 July; 11(5): 803–811
65. Paul Digard (update April 8, 2009) Orthomyxovirus, Avaiable from:

66. Piechulek H., Al-sabbir A. et al. (2003). "Diarrhea and ARI in rural areas of
Bangladesh", Southeast Asian J.Trop.Med.Public Health, 34(2): 337-342.
67. Philip A. Chan, Leonard A. Mermel,

Sarah B. Andrea,

Russell McCulloh,

John
P. Mills,

Ignacio Echenique, Emily Leveen,

Natasha Rybak,

Cheston
Cunha, Jason T. Machan, Terrance T. Healey, and Kimberle C. Chapin. (2011).
" Distinguishing Characteristics between Pandemic 2009–2010 Influenza A (H1N1)
and Other Viruses in Patients Hospitalized with Respiratory Illness", PLoS
One. 2011; 6(9): e24734.
68. Reid AH., Fanning TG., Hultin JV et al. (1999). "Origin and evolution of the 1919
“Spanish” influenza virus hemagglutinin gene", Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 96: 1651-
56.
69. Recommended composition of influenza virus vaccines for use in the 2012
southern hemisphere influenza season. Weekly Epidemiol Rec. 2011 Oct

12;86(42):457-68.
70. Robert L. Atmar, Pedro A. Piedra, Shital M. Patel, Stephen B.
Greenberg, Robert B. Couch, W. Paul Glezen (2011).
“
Picornavirus, the Most
Common Respiratory Virus Causing Infection among Patients of All Ages
Hospitalized with Acute Respiratory Illness”. J Clin Microbiol. 2012
February; 50(2): 506–508.
71. Selwyn B.J. (1990). "The epidemiology of acute respiratory tract infections young
children: comparison of finding from several developing countries", Rev.Infect.Dis, 8:
870-888.
72. Simmerman JM., Thawatsupha P., Kingnate D., Fukuda K., Chaising A., Dowell
SF. (2004). "Influenza in Thailand: a case study for middle income countries",
Vaccine, 23: 182-187.
73. Steinhauer DA. (1999). "Role of hemagglutinin cleavage for the pathogenicity of
influenza virus", Virology, 258: p1-20.
74. Stuart-Harris CH., Schild GC., JS, Oxford (1985). Influenza. The virus and the
Disease, Vitoria, Can.: Edward Arnold, 2nd ed.:118-38.
75. Taubenberger JK. Reid AH., Krafft AE et al. (1997). “Initial genetic
characterization of the 1918 “Spanish” influenza virus” Science, 275: 1793-96.
76. Thai H.T.C, MQ., Le, Vuong CD, Parida M, Minekawa H, Notomi T., Hasebe F.,
and Kouichi Morita et al (2004). "Development and Evaluation of a novel Loop-
mediated isothermal amplification method of rapid detection of severe acute
respiratory syndrome coronavirus", Journal of the Clinical Microbiology, 42: 1956-
1961.
77. Thomas Rowe, Robert A Abernathy, Jean Hu-Primer, William W Thompson,
Xiuhua Lu, Wilina Lim, Keiji Fukuda, Katz, Nancy J Cox and JM (1999).
"Detection of antibody to avian influenza A/H5N1 virus in human serum by using a
combination of serologic assays", J Clin Microbiol, 37 (4): 937-943.
78. Tung Nguyen (2009). "Evolution of H5N1 viruses in Vietnam and vaccine efficacy

against virus changes", Report, Hanoi.
79. World Health Organization. (1998). "Acute respiratory infections: a forgotten
pandemic", Bull World Health Organization, 76: 101-103.
80. World Health Organization. (2003). "Influenza in the world", Weekly
Epidemiological Rec., 78: 393-396.
81. Y.Numazaki, Oshitani, H. (1993). Laboratory manual of a microplate method for
virus isolation.
82. Yang L, Wong CM, Lau EH, Chan KP, Ou CQ, Peiris JS. (2008). "Synchrony of
clinical and laboratory surveillance for influenza in Hong Kong", PLoSONE 3(1):
e1399.
83. Yang P., Duan W., Lv M., Shi W., Peng X., Wang X., Lu Y., Liang H., Seale H.,
Pang X., Wang Q. (10/2009). "Review of an influenza surveillance system, Beijing,
People's Republic of China", Emerg.Infect.Dis, 15: 1603-1608.
84. Yoshida LM., Suzuki M., Yamamoto T., Nguyen HA., Nguyen CD., Nguyen AT.,
Oishi K., Vu TD., Le TH., Le MQ., Yanai H., Kilgore PE., Dang DA., K,
Ariyoshi (2010). "Viral pathogens associated with acute respiratory infections in
central Vietnamese children", Pediatr Infect Dis J. 2010 Jan, 29(1): 75-77.
85. Yuanji G. (2002). "Influenza activity in China: 1998-1999", Vaccine, 20(28-55).
86. Leowski J. Mortality from acute respiratory infections in children under 5 years of
age: global estimates. World Health Stat Q. 1986;39:138–44.