a dạng hệ vi sinh vật ở kết mạc mắt pptx

I. ĐẶT VẤN ĐỀ
•
Vi sinh vật trên bề mặt mắt (OS) góp phần cho các bệnh
nhiễm trùng và tự miễn dịch của mắt.
•
Phân tích toàn diện hệ vi sinh vật trên OS là không thể vì
vẫn còn nhiều hạn chế kỹ thuật.
•
Nghiên cứu này nhằm mục đích khám phá sự đa dạng
thực sự của hệ vi sinh vật trên OS của con người.
Tìm hiểu hệ vi sinh
vật ở kết mạc
II. KHẢO SÁT THỰC TẾ
•
Nghiên cứu của Viện Mắt Bascom Palmer (Hoa Kì) phần nào làm rõ hệ vi
sinh vật có trong kết mạc người khỏe mạnh.

12 chi đại diện cho hệ vi sinh vật thường gặp ở kết mạc gồm:
+ Pseudomonas
+ Propionibacterium
+ Bradyrhizobium
+ Corynebacterium
+ Acinetobacter
+ Brevundimonas
+ Staphylococci
+ Aquabacterium
+ Sphingomonas
+ Streptococcus
+ Streptophyta
+ Methylobacterium


47 Chi khác chiếm <4% trong phân loại của hệ vi sinh vật có trong kết
mạc.
=> Một vài chi trong các chi trên là tác nhân gây bệnh ở mắt.

1. CÁC BƯỚC TIẾN HÀNH KHẢO SÁT
2. KẾT QUẢ THU ĐƯỢC
•
Tổng cộng 39,7 triệu cặp base (bp) tương ứng với mức trung
bình 16,8 nghìn 16S rRNA gene đọc cho mỗi mẫu.
•
Tổng số đạt chất lượng -115.003 lần đọc (trung bình chiều
dài, 236 bp) được sử dụng trong phân tích sâu hơn của các
thành phần hệ vi sinh vật kết mạc.
2.1 THÀNH PHẦN CÁC VI KHUẨN TRÊN KẾT MẠC
Bằng phần mềm phân loại RDP, DNA ở các đại diện vi khuẩn cho kết
quả 90% độ tin cậy.
Cyanobacteria (0,21%) và Bacteroidetes(0,16%) không được xem là vi
sinh thường qui kết mạc.
Ở cấp độ chi, có 69,3% tất cả trình tự được phân loại thành 59 chi
vi khuẩn
Pseudomonas,
Bradyrhizobium,
Propionibacterium,
Acinetobacter
Corynebacterium
là phong phú nhất,
chiếm 58% tất cả
các trình tự phát
hiện và đọc được
2.2 KHẢ NĂNG GÂY BỆNH MẮT CỦA VSV

•
Tác nhân gây bệnh ở mắt gồm 12 chi phổ biến: Pseudomonas,
Acinetobacter, Propionibacterium, Corynebacterium,
Staphylococcus, Streptococcus, và Sphingomonas. Sáu chi
khác — Gordoni, Kocuria, Pantoea, Oligella, Ralstonia và
Delftia .
•
Hệ vsv ở người khỏe mạnh là 24 chi bao gồm các loài mang
mầm bệnh phổ biến.
•
Trên thực tế chỉ có Chrysobacterium, Enterobacter,
Flavimonas, và Nocardia gây bệnh ở mắt nổi tiếng nhưng lại
không được tìm thấy trong cuộc khảo sát.
Chỉ khi hệ miễn dịch yếu hay do tác
nhân môi trường thì với đột biến nhất
định, các vsv cơ hội mới biểu hiện
bệnh.
3. THẢO LUẬN KẾT QUẢ
Trình tự 16S rRNA từ mẫu vsv mắt
•
Phân loại theo phân loại vi khuẩn bằng cách sử dụng phân
loại RDP với một ngưỡng cắt có độ tin cậy 90% và được tiếp
tục phân tích cho các phép đo đa dạng sinh thái
•
Áp dụng MDA trước khi xây dựng thư viện amplicon 16S bằng
cách sử dụng protocol V2 GenomiPhi
•
Sử dụng mức cắt 3% như là tham số lựa chọn để phân biệt
“cấp độ loài“ phylotypes vi khuẩn nonredundant (OTUs)
trong phân loại RDP-II -> xác định được trung bình 2.137

phylotypes cho mỗi mẫu
3.1 Thành phần cộng đồng vi khuẩn ở kết mạc sụn mí
•
Xác định thành phần loài vi khuẩn ở hệ vsv mắt của con
người, trình tự 16S rRNA đã được phân loại tại phylum và
mức chi
•
Staphylococci, Propionibacterium và các loài
Corynebacterium (các cuộc điều tra sinh học trước đây)
•
Pseudomonas, Propionibacterium và Bradyrhizobium,
Staphylococcus spp(4%)[giải trình tự gene 16S rRNA]
Does the OS Microbiome Have a core of
Ubiquitous Species?
 Kết mạc khỏe mạnh là thuộc địa của loài hằng định nội
môi.
3.2 Khả năng biến đổi cá thể và sự đóng góp tiềm năng của
môi trường
•
Sự tương tác vật lý với vi sinh vật ở da, rìa mí mắt, tay
•
Tiếp xúc với "bụi" các hạt trong không khí và nước bị ô nhiễm
có thể đóng góp rất nhiều cho các loài vi sinh vật ngoại sinh.
3.3 Ảnh hưởng của việc lấy mẫu
•
Mẫu từ các cá thể cùng với áp lực tăm(miếng gạc) khác nhau

sự hiện diện vi sinh vật khác nhau
•
Tăm bông mềm


 Firmicutes (tụ cầu) và Actinobacteria
(Corynebacterium spp.) tăng và giảm trong
Proteobacteria
 Khôi phục lại chuỗi nhiều tác nhân gây bệnh cơ
hội Rothia và Herbaspirillum, cũng như môi
trường Leptothrichia và Rhizobium hoặc nhỏ hoặc
không được phát hiện trong các mẫu tăm bông sâu
3.4 Tác nhân gây bệnh về mắt đã được biết đến
•
Nhiều tác nhân gây bệnh ở mắt được biết đến thuộc 12 chi tại
hệ vsv mắt ở người, bao gồm Pseudomonas, Acinetobacter,
Propionibacterium, Corynebacterium, Staphylococcus,
Streptococcus, Sphingomonas, Bradyrhizobium,
Brevundimonas, Aquabacterium, Streptophyta và
Methylabacterium
•
Bốn chi không bị phát hiện trong cuộc khảo sát này:
Chrysobacterium, Enterobacter, Flavimonas, và Nocardia
4. Ý NGHĨA
•
Biết được các tác nhân gây bệnh.
•
Biết được vi sinh vật trên bề mặt mắt góp phần cho các bệnh
nhiễm trùng và tự miễn dịch của mắt.
•
Vi sinh vật trên bề mặt mắt là đa dạng (phát hiện dựa trên
trình tự DNA, nhận diện/xác định các vi khuẩn) bao gồm vi
khuẩn hội sinh, vi khuẩn môi trường, vi khuẩn sinh bệnh cơ
hội.

•
Sử dụng gene 16S rRNA dựa trên trình tự gene đặc trưng cho
vi khuẩn ở bề mặt mắt để giải quyết các vấn đề về hệ vi sinh
vật mắt.

Nghiên cứu này thiết lập sự hiện diện của một cộng đồng vi
khuẩn đa dạng ở các hệ vsv mắt bình thường ở người nhưng
vai trò của cộng đồng hệ vsv mắt bản địa của vi khuẩn trong
y tế và bệnh tật là không biết -> cần được điều tra giữa các
nhóm dân cư.
TỔNG KẾT
TỔNG KẾT
-
Điểm mạnh: tìm ra được những vi sinh vật có thể xem là
thường qui và tiềm ẩn nhiều bệnh cơ hội hiện diện trong mắt.
-
Hạn chế: ngoài những vi sinh vật tìm được còn có một số loài
gây bệnh nguy hiểm chưa tìm thấy (tụ cầu, Neisseria
Gonorrheae….) .
-
Họ chỉ thí nghiệm ở một quốc gia nhất định
-
Vẫn chưa khẳng định được vsv nào là thường qui.
-
Chỉ phân tích ở mức độ dòng chưa phân tích được mức độ
loài nên ở tác nhân gây bệnh không xác định được là loài nào.
-
Ngoài ra còn có nhiều nguyên nhân gây viêm kết mạc: do
nhiễm virus, dị ứng, những phản ứng độc hại bỏng hóa chất ở
mắt, ký sinh trùng, nấm

ĐỀ NGHỊ NGHIÊN CỨU
Mục tiêu của đề tài mới tiếp nối:
-
Hệ vi sinh vật thường qui phân loại mức độ loài trên qui mô lớn.
-
Dịch tễ học vi sinh vật gây bệnh kết mạc và một số cơ chế gây
bệnh phổ biến.
-
Phòng ngừa nhiễm vi sinh vật.
Phương pháp thực hiện:
-
Dựa trên những nghiên cứu này, khảo sát các đối tượng đa dạng
hơn, thời gian khảo sát sẽ lâu hơn, số lần lặp lại sẽ nhiều lần
trong năm trên các đối tượng.
-
Dùng phương pháp SHPT hiện đại, dựng cây phả hệ và xác
định mức độ loài của hệ vi sinh vật.
-
Dựa trên các nghiên cứu khác về các cơ chế gây bệnh, dữ liệu
của cơ quan y tế mà có được dịch tễ học và cơ chế gây bệnh của
một số vi sinh vật.
NGHIÊN CỨU ĐỀ TÀI MỚI
Tên đề tài: Tỷ lệ vi khuẩn đề kháng kháng sinh gây viêm kết mạc
ở người.
1. Vi khuẩn Staphylococci
(Tụ cầu khuẩn)
•
Cầu khuẩn Gram (+), xếp
thành chùm nho, có khi

đứng riêng lẻ hoặc từng
đôi hoặc bốn.
•
Kích thước 0,8-1µm
•
Không di động
•
Không sinh bào tử
•
Thường không có nang,
chỉ có một số chủng có
nang.
2. Vi sinh vật gây bệnh
Staphylococcus aureus
3. Conjunctiva
•
Kết mạc là một lớp màng mỏng, trong suốt bao bọc quanh
nhãn cầu và được mi mắt bảo vệ.
•
Viêm kết mạc là viêm màng bao phủ tròng trắng của mắt và
lớp sau mi mắt.
4. Các nguyên nhân lây nhiễm do S.aureus
•
S.aureus chiếm từ 30% - 50% trong cơ thể người khỏe mạnh.
•
Người mang nhiều S.aureus có nguy cơ tăng các bệnh nhiễm
trùng sau này.
•
Yếu tố lây nhiễm: bụi bặm, dụng cụ, tay bẩn dấy vào mắt.
•

Tại kết mạc: rối loạn cân bằng sinh thái tại chỗ.
S.aureus gây bệnh khi hệ miễn dịch suy
giảm, stress, người dùng kháng sinh lâu
dài,
5. Biểu hiện bệnh lâm sàng
•
Cảm giác nóng, ngứa và rát
da.
•
Đặc biệt là vào buổi sáng bị
dính hai bở mi.
•
Cấp tính: loét và xuất huyết
bờ mi.
•
Có thể bị viêm mãn tính
6. Yếu tố độc lực
•
S.aureus có thể phát triển ở phạm vi nhiệt độ từ 15-45
0
C và
nồng độ NaCl 15%
•
S.aureus sản xuất và tiết ra nhiều protein khác, bao gồm cả
coagulase, protein A, α-toxin, β-toxin , γ-toxin, δ-toxin và
leucocidin tất cả đều đóng góp tính độc hại của vi sinh vật.
7. Cơ chế gây bệnh
Thời gian phát triển của vi khuẩn chia làm 2 pha:
•
Giai đoạn I: Sự nhân lên của các tế bào S.aureus mà ko gây ra

phản ứng miễn dịch của cơ thể.
•
Giai đoạn II: S. aureus vẫn tiếp tục phân chia mà
không gây bất kỳ đáp ứng miễn dịch quan trọng. Nó cũng sản
xuất một số exotoxins, chẳng hạn như α-toxin, β-toxin, γ-toxin
và δ-toxin trong thời gian này. Trong số những độc tố, α-toxin
là yếu tố độc lực của S.aureus.