Đặc điểm của đoạn gen mã hóa Protein vỏ phân lập từ Soybean Mosaic Virus

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu



ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN
TRƢỜNG ĐẠI HỌC SƢ PHẠM






HOÀNG THỊ HẢI YẾN











LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC

Thái Nguyên - 2014






Số hóa bởi Trung tâm Học liệu



ĐẠI HỌC THÁI NGUYÊN
TRƢỜNG ĐẠI HỌC SƢ PHẠM







HOÀNG THỊ HẢI YẾN

Chuyên ngành: Di truyền học
Mã số: 60.42.01.21


LUẬN VĂN THẠC SĨ SINH HỌC

Ngƣời hƣớng dẫn khoa học: GS.TS. Chu Hoàng Mậu






Thái Nguyên - 2014





Số hóa bởi Trung tâm Học liệu


LỜI CAM ĐOAN


Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu của tôi và một số kết quả
cùng cộng tác với các trong nhóm nghiên cứu. Các số liệu và kết

quả trình bày trong luận văn là trung thực, mọi trích dẫn trong luận văn đều
ghi rõ nguồn gốc.


Tác giả luận văn



Hoàng Thị Hải Yến



XÁC NHẬN CỦA
KHOA CHUYÊN MÔN

XÁC NHẬN CỦA CÁN BỘ HƢỚNG
DẪN KHOA HỌC








GS.TS. Chu Hoàng Mậu

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu




LỜI CẢM ƠN

Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới GS.TS. Chu Hoàng Mậu đã tận
tình hƣớng dẫn, giúp đỡ tôi hoàn thành luận văn này.
Tôi xin chân thành NCS. Lò Thị Mai Thu, giảng viên Trƣờng
Đại học Tây Bắc. Xin cảm ơn t cán bộ Phòng Công nghệ ,
Phòng thí nghiệm Trọng điểm Quốc gia về Công nghệ gen, Viện Công nghệ
sinh học - Viện Hàn Lâm Khoa học & Công nghệ Việt Nam đã nhiệt tình giúp
đỡ tôi trong quá trình thực hiện thí nghiệm của đề tài.
Tôi cũng xin chân thành cảm ơn thầy cô Bộ môn Di truyền&Sinh
học hiện đại, Ban chủ nhiệm Khoa Sinh - KTNN, Trƣờng Đại học Sƣ phạm -
Đại học Thái Nguyên đã tạo điều kiện thuận lợi, tận tình chỉ bảo, giúp đỡ tôi
trong quá trình học tập và hoàn thành luận văn.
Cuối cùng, tôi bày tỏ lời cảm ơn đến các đồng nghiệp, bạn bè cùng toàn
thể gia đình đã giúp đỡ, động viên tôi trong suốt thời gian học tập.
Thái Nguyên, ngày 03 tháng 06 năm 2014
Tác giả



Hoàng Thị Hải Yến

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu

MỤC LỤC
Trang

Trang phụ bìa
Lời cam đoan i
Lời cảm ơn ii
Mục lục iii
Danh mục các chữ viết tắt iv
Danh mục các bảng v
Danh mục các hình vi
MỞ ĐẦU 1
1. Lý do chọn đề tài 1
2. Mục tiêu nghiên cứu 2
3. Nội dung nghiên cứu 2
Chƣơng 1 TỔNG QUAN TÀI LIỆU 3
TƢƠNG 3
1.1.1. Đặc điểm sinh học của cây đậu tƣơng 3
1.1.2. Giá trị kinh tế của cây đậu tƣơng 4
1.1.3. Tình hình sản xuất đậu tƣơng trên thế giới và ở Việt Nam 5
BEAN MOSAIC
VIRUS (SMV) 8
1.2.1. Bệnh virus hạ 8
, kí chủ ế truyền bệnh 11
1.2.3. Triệu chứng của bệ 13
1.2.4. Biện pháp phòng trừ 14
15
15

1.3.2. Protein vỏ (CP) và gen mã hóa protein vỏ của SMV 17
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu

Chƣơng 2. VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 19
2.1. VẬT LIỆU, HÓA CHẤT, THIẾT BỊ 19
2.1.1. Vật liệu nghiên cứu 19
2.1.2. Hoá chất và thiết bị 19
2.1.3. Địa điểm nghiên cứu 19
2.2. PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 20
2.2.1. Phƣơng pháp thu mẫu 20
20
Chƣơng 3 KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 29
3.1. KẾT QUẢ THU THẬP MẪU 29
CP 30
CP 30
CP 32
3.3. Ự ĐA DẠNG CỦA CÁC DÒNG SMV 40
CP 40
ễn từ
CP 42
KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 45
1. Kết luận 45
2. Đề nghị 45
TÀI LIỆU THAM KHẢO 46

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu


DANH MỤC CÁC KÝ HIỆU, TỪ VIẾT TẮT

DNA
:
Deoxyribonucleic Acid
RNA
:
Ribonucleic Acid
bp
:
Cặp bazơ
cDNA
:
Sợi bổ sung DNA (Complementary DNA) tổng hợp từ
mARN nhờ Enzym phiên mã ngƣợc
CP
:
Coat protein
cs
:
cộng sự
DEPC
:
Diethy pyrocarbonate
dNTP
:
Deoxynucleotide
Kb
:

Kilo bazơ
LB
:
Luria Bertani
PCR
:
Polymerase chain reaction - Phản ứng chuỗi
polymerase
RT-
PCR
:
Reverse trancriptase - Polymerase chain reaction (PCR
ngƣợc)
Rase
:
Ribonuclease
SMV
:
Soybean mosaic virus
X-gal
:
5-bromo-4-chloro-3-indolyl-β-D-galactopyranoside
IPTG
:
isopropylthio-β-galactoside
RNAi
:
RNA interference
TN
:

Thái Nguyên
SL3
:







Số hóa bởi Trung tâm Học liệu



DANH MỤC CÁC BẢNG
Trang

Bảng 1.1. Tình hình sản xuất đậu tƣơng ở Việt Nam giai đoạn 2008 - 2012 7
Bảng 1.2. Một số virus gây bệnh trên đậu tƣơng 11
2.1. 22
Bảng 2.2. Trình tự cặp mồi sử dụng trong nghiên cứu 23
Bảng 2.3. Thành phần của phản ứng PCR 23
Bảng 2.4. Chu kỳ nhiệt cho phản ứng PCR 23
Bảng 2.5. Thành phần gắn gen CP vào vector tách dòng pBT 25
Bảng 2.6. Thành phần phản ứng colony – PCR 27
Bảng 2.7. Chu trình nhiệt của phản ứng colony - PCR 27
Bảng 3.1. Các vị trí sai khác giữa trình tự đoạn gen CP của SMV dòng SL3 so
với trình tự có mã số X63771 36
Bảng 3.2. Các vị trí sai khác giữa trình tự amino acid suy diễn từ gen CP phân
lập từ SMV dòng SL3 và trình tự amino acid của protein có mã số

CAA45307 38
CP
41
gen CP 41
Bảng 3.5. Hệ số tƣơng đồng và hệ số sai khác về trình tự amino
CP 43

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu


DANH MỤC CÁC HÌNH
Trang

Hình 1.1. Sơ đồ các gen trong hệ gen của SMV 16
Hình 1.2. Hình ảnh 3D protein vỏ của SMV 17
Hình 2.1. Sơ đồ vector pBT 25
Hình 3.1. Hình ản
29
sản phẩm PCR trên gel agarose 31
Hình 3.3. Hình ảnh điện di sản phẩm colony-PCR từ khuẩn lạc 33
Hình 3.4. So sánh trình tự đoạn gen CP 3 thu tại
tỉnh Sơn La và trình tự gen CP của dòng virus SMV đƣợc đăng ký
GenBank có mã số X63771 35
Hình 3.5. So sánh trình tự amino acid suy diễn từ gen CP phân lập từ SMV
dòng SL3 và trình tự amino acid của protein có mã số CAA45307
trên GenBank 36
-
-
protein có mã số CAA45307 trên GenBank 37
Hình 3.7. Kết quả so sánh bằng Nucleotide blast của đoạn gen CP của

SMV dòng SL3 trên NCBI 39
Hình 3.8. Kết quả so sánh bằng Protein blast của trình tự amino acid suy
diễn từ gen CP của SMV dòng SL3 trên NCBI 40
CP 42
Hình 3.10. Sơ đồ hình cây thiết lập dựa trên trình tự amino acid suy diễn từ
gen CP của 10 dòng SMV 43
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu


MỞ ĐẦU
1. Lý do chọn đề tài
Đậu tƣơng (Glycine max (L.) Merrill) là cây công nghiệp ngắn ngày, có
giá trị kinh tế và hàm lƣợng dinh dƣỡng cao. Tỉ lệ khối lƣợng các chất khô
trong hạt đậu tƣơng có đến 30 - 45% protein với đầy đủ và cân đối các loại axit
amin cần thiết, 19 - 25% lipit, 20% gluxit, 4 - 5% chất khoáng và các vitamin
(B1, B2, C, D, E, K ). Hạt đậu tƣơng cung cấp nguồn dinh dƣỡng phong phú
cho con ngƣời và động vật. Rễ đậu tƣơng có nốt sần chứa vi khuẩn có khả năng
cố định nitơ không khí, vì vậy trồng đậu tƣơng góp phần cải tạo đất và bảo vệ
môi trƣờng. Với những giá trị to lớn đó, cây đậu tƣơng đƣợc đánh giá là cây
trồng quan trọng trong sản xuất nông nghiệp và đời sống xã hội nhiều nƣớc
trên thế giới. Hiện nay ở Việt Nam, cây đậu tƣơng chiếm một vị trí rất quan
trọng trong cơ cấu cây trồng nông nghiệp, đƣợc gieo trồng ở cả 7 vùng nông
nghiệp trên cả nƣớc với mục đích giải quyết vấn đề thiếu protein cho ngƣời và
gia súc, xuất khẩu và cải tạo đất.
Những năm gần đây, năng suất đậu tƣơng bình quân của thế giới và của
nƣớc ta bị giảm sút đáng kể do nhiều nguyên nhân nhƣ tác động xấu của môi
trƣờng, sâu bệnh, chất lƣợng hạt giống, kỹ thuật canh tác… Trong những
nguyên nhân trên, các bệnh do nhiễm virus đã gây tổn thất lớn về năng suất,
chất lƣợng đậu tƣơng và hiện nay vẫn chƣa có biện pháp hiệu quả để phòng
trừ. Đậu tƣơng là cây trồng dễ bị nhiễm nhiều loại virus, nhƣ bệnh khảm

(Soybean mosaic virus - SMV), bệnh khảm vàng (Bean yellow mosaic virus -
BYMV), bệnh xoăn lá và một số bệnh virus khác.
Soybean mosaic virus (SMV) là một trong những loại virus gây bệnh
nghiêm trọng nhất ở cây đậu tƣơng. Sau khi nhiễm SMV, đậu tƣơng sẽ suy giảm
khả năng sinh trƣởng, phát triển, giảm năng suất và chất lƣợng hạt. Nghiên cứu
hệ gen của SMV sẽ cung cấp những gợi ý để xác định các yếu tố quyết định đến
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu

triệu chứng bệnh khảm lá ở cây đậu tƣơng, từ đó nghiên cứu tạo cây đậu tƣơng
kháng virus phục vụ công tác chọn tạo giống đậu tƣơng sạch bệnh.
Xuất phát từ lí do trên, chúng tôi lựa chọn và tiến hành đề tài: “Đặc
điểm của gen mã hóa protein vỏ Soybean mosaic virus”.
2. Mục tiêu nghiên cứu
Xác định đƣợc đặc điểm trình tự
-coat CP phân lập từ SMV gây bệnh khảm lá ở
cây đậu tƣơng.
3. Nội dung nghiên cứu
3.1. Thu thập mẫu lá đậu tƣơng nhiễm SMV từ vùng trồng đậu
tƣơng hai tỉnh Sơn La và Thái Nguyên.
3.2. Tách chiết RNA tổng số, tạo cDNA và nhân bản gen CP từ hệ gen
của SMV.
3.3. Tách dòng và xác định trình tự gen CP mã hóa protein vỏ của SMV.
3.4. So sánh trình tự nucleotide của gen CP; trình tự amino acid
poty-coat trong protein do đoạn gen CP mã hóa đƣợc với
trên GenBank.
3.5.
trình tự nucleotide của gen CP; trình tự amino acid
-coat trong protein do gen CP mã hóa.

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu

Chƣơng 1
TỔNG QUAN TÀI LIỆU

1.1.
TƢƠNG
Cây đậu tƣơng (Glycine max L. Merill) là một trong những loài cây
trồng đƣợc biết đến rất sớm. Đậu tƣơng đƣợc thuần hoá đầu tiên ở Trung Quốc
vào khoảng thế kỉ XVII trƣớc công nguyên. Từ Trung Quốc, đậu tƣơng đƣợc
đƣa đến Triều Tiên, Nhật Bản, Nga sang Nam Á và Đông Nam Á qua con
đƣờng tơ lụa. Ở Việt Nam, đậu tƣơng đƣợc trồng từ lâu đời, sớm nhất là các
tỉnh thuộc khu vực trung du, miền núi phía Bắc và miền Đông Nam Bộ [1], [2].
Về phân loại thực vật học, cây đậu tƣơng hay còn gọi là đậu nành, tên
khoa học Glycine max (L.) Merill (2n= 40) thuộc họ đậu (Lengunoceace), họ
phụ cánh bƣớm (Papilinoideae) (Hymowitz và Newell, 1981). Các giống đậu
tƣơng trồng ở Việt Nam thuộc loài Glycine max (L.) Merill (2n= 40) trong
giống phụ G.Soya, giống Glycine thuộc họ đậu (Lengunoceace) họ phụ cánh
bƣớm (Papilinoideae)[1]. Đối với đậu tƣơng trồng có thể phân loại theo đặc
điểm thực vật học, dựa theo thời gian sinh trƣởng, theo thời vụ.
1.1.1. Đặc điểm sinh học của cây đậu tƣơng
Đậu tƣơng là loại cây trồng cạn thu hạt, gồm các bộ phận chính nhƣ: rễ,
thân, cành, lá, hoa, quả, hạt.
Rễ đậu tƣơng là rễ cọc gồm rễ cái và rễ bên. Rễ cái thƣờng phát triển ăn
sâu 20 - 30cm, xung quanh mọc ra các rễ bên. Trên rễ có nhiều nốt sần chứa vi

khuẩn Rhizobium japonicum có khả năng cố định đạm của không khí tạo thành
đạm dễ tiêu. Khi mới hình thành thì nốt sần có màu trắng sữa, khi phát triển tốt
nhất nó có màu hồng, số lƣợng và chất lƣợng nốt sần có ảnh hƣởng đến sinh
trƣởng và năng suất của đậu tƣơng.
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu

Đậu tƣơng là cây thân thảo, ít phân cành dạng bụi. Thân đậu tƣơng có
hình trụ, nhiều lông, mang nhiều đốt, thân thƣờng đứng, có khi bò hay nửa
bò. Mỗi cây có khoảng 8 - 14 đốt tuỳ theo loại hình sinh trƣởng, chiều dài các
đốt cũng thay đổi tuỳ theo giống, thời vụ, mật độ cây, đất đai, phân bón…
Cành mọc ra từ các đốt trên thân. Đốt đầu tiên của thân chính mang hai lá
mầm, đốt thứ hai mang hai lá đơn đối nhau, từ đốt thứ ba trở lên mỗi đốt
mang một lá kép.
Lá đậu tƣơng là lá kép với ba lá chét nhƣng cá biệt cũng có lúc có 4 đến
5 lá chét. Lá có hình dạng khác nhau: tròn, hẹp, bầu dục, lƣỡi mác hoặc hình
thoi… nhƣng thƣờng quy thành hai loại là lá rộng và lá hẹp.
Hoa có màu trắng hoặc màu tím mọc ở ngọn hay nách lá. Thời kỳ cây ra
hoa sớm hay muộn, thời gian dài hay ngắn tuỳ thuộc vào giống và thời vụ gieo
do chịu ảnh hƣởng phối hợp của ánh sáng và nhiệt độ.
Quả đậu tƣơng thuộc loại quả ráp, đa số ngoài vỏ có lông bao phủ, khi
chín có màu vàng hoặc xám đen. Mỗi quả trung bình có từ 2 – 3 hạt. Hạt đậu
tƣơng có hình dạng tròn hay bầu dục, tròn dài, tròn dẹt, vỏ hạt thƣờng nhẵn và
có màu vàng nhạt, vàng đậm, xanh, nâu đen… nhƣng phổ biến là hạt màu
vàng. Đậu tƣơng là cây trồng tƣơng đối mẫn cảm với điều kiện ngoại cảnh và
sâu bệnh [5].
1.1.2. Giá trị kinh tế của cây đậu tƣơng
Đậu tƣơng là cây công nghiệp ngắn ngày và có tác dụng nhiều mặt. Sản
phẩm của nó làm thức ăn cho con ngƣời, gia súc, nguyên liệu cho công nghiệp,
là mặt hàng xuất khẩu và là cây cải tạo đất tốt.
Về mặt thực phẩm, hạt đậu tƣơng có thành phần dinh dƣỡng cao. Protein

của đậu tƣơng đƣợc coi là một nguồn cung cấp protein hoàn chỉnh vì chứa một
lƣợng đáng kể các amino acid không thay thế cần thiết cho cơ thể, dễ tiêu hoá
và không có các thành phần tạo thành cholesteron. Ngoài ra, lipit của đậu
tƣơng chứa tỉ lệ lớn các axit béo chƣa no, có hệ số đồng hoá lớn (98%), chỉ số
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu

iot cao (120 - 137) có tác dụng phòng chống bệnh bƣớu cổ cho con ngƣời đặc
biệt đối với trung du và miền núi). Hiện nay, từ hạt đậu tƣơng ngƣời ta đã chế
biến ra đƣợc trên 600 sản phẩm khác nhau, trong đó có nhiều loại làm thực
phẩm nhƣ đậu phụ, tƣơng, xì dầu, cà phê đậu tƣơng, bánh kẹo
Về mặt công nghiệp, đậu tƣơng là nguyên liệu của nhiều ngành công
nghiệp nhƣ chế biến thực phẩm, công nghiệp ép dầu…Hiện nay, trên thế giới
đậu tƣơng là cây đứng đầu về cung cấp nguyên liệu cho ép dầu. Dầu đậu tƣơng
chiếm 30 - 35% tổng lƣợng dầu thực vật. Từ dầu đậu tƣơng ngƣời ta chế biến
ra hàng trăm sản phẩm công nghiệp khác nhƣ nến, xà phòng…
Trong chăn nuôi, đậu tƣơng là nguồn thức ăn tốt cho gia súc. 1kg hạt đậu
tƣơng tƣơng đƣơng với 1,38 đơn vị thức ăn chăn nuôi. Toàn cây đậu tƣơng có
hàm lƣợng đạm khá cao nên các sản phẩm phụ nhƣ thân lá tƣơi có thể sử dụng
làm thức ăn cho gia súc. Đậu tƣơng còn là cây cải tạo đất tốt. Trong hệ thống
luân canh, nếu bố trí cây đậu tƣơng vào cơ cấu cây trồng hợp lý sẽ có tác dụng
tốt đối với cây trồng vụ sau [5].
1.1.3. Tình hình sản xuất đậu tƣơng trên thế giới và ở Việt Nam
Cây đậu tƣơng đƣợc xem là một loại cây trồng chiến lƣợc của nhiều
quốc gia trên thế giới, với vị trí đứng thứ tƣ chỉ sau lúa, ngô và lúa mì. Khả
năng thích nghi với điều kiện khí hậu và sinh thái của đậu tƣơng là khá rộng
nên chúng đƣợc trồng rộng rãi trên cả năm châu lục, đặc biệt nhiều nhất là ở
châu Mỹ, tiếp đến là châu Á. Trong đó, 4 nƣớc sản xuất đậu tƣơng nhiều nhất là
Mỹ, Brazil, Argentina và Trung Quốc, chiếm khoảng 90 - 95% tổng sản lƣợng
đậu tƣơng trên thế giới.
Thống kê của FAO (Tổ chức Lƣơng thực và Nông nghiệp Liên hợp

quốc) cho thấy trong 4 năm (2009 - 2012), diện tích gieo trồng đậu tƣơng trên
thế giới tăng khoảng 5,7 triệu ha (năm 2009 là 99,3 triệu ha và năm 2012 là
105 triệu ha). Trong đó, Mỹ vẫn là quốc gia đứng đầu về diện tích gieo trồng
30,80 triệu ha trong khi đó Việt Nam chỉ chiếm một con số khiêm tốn là 0,12
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu

triệu ha. Mặc dù diện tích gieo trồng tăng đáng kể nhƣng sản lƣợng đậu tƣơng
của toàn thế giới lại có nhiều biến động cụ thể, năm 2009 tổng sản lƣợng trên
thế giới đạt 223,4 triệu tấn, năm 2010 tăng lên đáng kể đạt 265,25 triệu tấn,
năm 2011 sản lƣợng giảm chút ít còn 262,35 triệu tấn, nhƣng đến năm 2012 thì
chỉ còn là 241,84 triệu tấn. Tƣơng ứng với sự biến động về sản lƣợng là sự biến
động về năng suất đậu tƣơng. Cũng theo FAO, trong vòng 4 năm (2009 -
2012), năng suất đậu tƣơng bình quân của toàn thế giới đạt cao nhất vào năm
2010 đạt 25,85 tạ/ha, nhƣng đến năm 2012 chỉ là 23,03 tạ/ha. Trong nhiều
nguyên nhân làm năng suất và sản lƣợng đậu tƣơng thế giới có sự giao động và
sụt giảm đáng kể là do bệnh virus. Bệnh virus ở đậu tƣơng gây thiệt hại rất lớn
không những làm giảm năng suất, giảm phẩm chất hạt, mà còn gây thoái hoá
giống. Vì vậy, phòng trừ bệnh virus đang là vấn đề đƣợc trú trọng ở nhiều quốc
gia nhằm thúc đẩy năng suất, sản lƣợng và nâng cao chất lƣợng đậu tƣơng.
Ở Việt Nam, đậu tƣơng đƣợc trồng từ rất lâu, trƣớc cây đậu xanh và các
cây họ đậu khác. Cây đậu tƣơng chiếm một vị trí quan trọng trong cơ cấu cây
trồng nông nghiệp của nƣớc ta, đặc biệt là ở những vùng nông thôn nghèo kinh
tế chƣa phát triển.
Hiện nay, đậu tƣơng đƣợc trồng ở cả 7 vùng nông nghiệp, năm 1997 thì
diện tích gieo trồng đậu tƣơng lớn nhất là trung du miền núi phía bắc (46,6%),
tiếp đến là đồng bằng sông Hồng (19,3%), vùng Tây Nguyên (11%), miền
Đông Nam Bộ (10,2%), đồng bằng sông Cửu Long (8,9%), khu Bốn (2,3%),
vùng Duyên hải miền Trung (1,6%).
Theo số liệu thống kê chính thức của chính phủ, đậu tƣơng đƣợc trồng ở
28 tỉnh trên khắp cả nƣớc, trong đó 70% ở miền bắc và 30% ở miền nam.

Khoảng 65% đậu tƣơng nƣớc ta đƣợc trồng ở vùng cao, những nơi đất không
cần màu mỡ; và 35% đƣợc trồng ở những vùng đất thấp. Đậu tƣơng đƣợc trồng
ở nhiều địa phƣơng trên khắp cả nƣớc vào từng thời điểm khác nhau nên có cả
vụ xuân, vụ hè và vụ đông.
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu

Bảng 1.1. Tình hình sản xuất đậu tƣơng ở Việt Nam giai đoạn 2008 - 2012

2008
2009
2010
2011
2012
2013*
2014*
Diện tích canh
tác (nghìn ha)
192,1
146,2
197,8
181,1
120,8
180
200
Năng suất
(tấn/ha)
1,39
1,46
1,51
1,47

1,45
1,5
1,5
Tổng sản lƣợng
(nghìn tấn)
267,6
213,6
298,6
266,9
175,3
270
300
(Nguồn: Tổng cục thống kê Việt Nam, *số liệu dự báo)
Nếu xét về diện tích gieo trồng vẫn tăng qua các năm nhƣng tỉ lệ diện
tích gieo trồng đậu tƣơng thì vẫn còn khá thấp chỉ chiếm khoảng 1,5 - 1,6%
tổng diện tích cây công nghiệp [5]. Năng suất bình quân của đậu tƣơng ở nƣớc
ta là rất thấp, chỉ b ng 50% - 70% năng suất đậu tƣơng của thế giới. Năm
2012, sản lƣợng đậu tƣơng nƣớc ta giảm 34,3% so với cùng kỳ năm trƣớc,
xuống còn 175,3 nghìn tấn. Sản lƣợng đậu tƣơng sản xuất ra không đủ đáp
ứng nhu cầu tiêu thụ trong nƣớc, nên hàng năm nƣớc ta vẫn phải nhập khẩu
một số lƣợng đáng kể từ nƣớc ngoài.
Phƣơ , bộ giống năng suất thấp, sản
xuất nhỏ lẻ, giá thành cao, lãi suất thấp, giá thành đậu tƣơng trong nuớc
không có khả năng cạnh tranh với đậu tƣơng nhập u là nguyên nhân
n mà với cây đậu tƣơng. Mặt khác, tình hình
thời tiết bất thƣờng và sâu bệnh là yếu tố quan trọng làm hạn chế sản xuất
đậu tƣơng ở Việt Nam. Nhƣ vậy, để phát triển cả về diện tích và sản lƣợng
đậu tƣơng ở nƣớc ta cần chọn tạo và đƣa vào sản xuất các giống đậu tƣơng
có năng suất cao, khả năng chống chịu sâu bệnh tốt bằng các biện pháp
công nghệ sinh học, đặc biệt là ứng dụng công nghệ gen trong chọn giống

kháng bệnh.
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu

1.2. SOYBEAN MOSAIC
VIRUS (SMV)
1.2.1. Bệnh virus hại
Virus đƣợc phát hiện cuối thế kỉ XIX do nhiều nhà khoa học . Hiện nay,
ngƣời ta đã biết tới 2000 loài virus gây bệnh cho các sinh vật trong đó có 1/2
(khoảng hơn 1000 loài) là các virus hại thực vật chƣa kể đến các chủng loại của
chúng. Virus gây bệnh trên thực vật phần lớn chúng là virus RNA sợi đơn hoặc
kép (Cucumber mosaic virus - CMV, Tobacco mosaic virus - TMV, Tomato
spotted wilt virus - TSWV ) nhƣng cũng có một số ít là virus DNA (Tomato
yellow leaf curl virus - TYLCV, Cauliflower mosaic virus - CaMV). Các virus
này thƣờng có phổ gây bệnh rộng, có loài gây hại tới trên 900 loại thực vật khác
nhau với những biểu hiện bệnh phức tạp, khó nhận biết. Các bệnh do virus trên
các loại cây có triệu chứng điển hình là lá nhỏ, có vệt biến màu loang lổ, đọt và lá
non xoăn lại, cây thấp bé hẳn đi. Bệnh virus thƣờng kèm theo triệu chứng do các
côn trùng chích hút và cũng là môi giới truyền bệnh.
Bệnh virus không chỉ làm giảm năng suất cây trồng mà còn là một trong
những nguyên nhân gây thoái hóa giống cây trồng. Virus cũng có thể gây nên
những thiệt hại nặng nề và nhanh chóng ngay trong vụ trồng của các cây
thƣờng năm nhƣ virus gây bệnh lúa vàng lụi bệnh vàng lá lúa, bệnh xoăn lá cà
chua, bệnh virus khoai tây, bệnh khảm sọc lá hành tây. Bệnh virus hại lúa,
virus hại sắn đã từng huỷ diệt hàng chục vạn ha ở châu Á và châu Phi trong
một thời gian ngắn chƣa tới 30 ngày từ một cánh đồng xanh tƣơi trở thành
vàng úa, chết lụi. Bệnh virus hại cà chua làm giảm năng suất từ 15 - 25%, bệnh
virus hại thuốc lá làm giảm thiệt hại trên 520.000 đô la trong năm 1978 tại bắc
Carolina [20]. Bệnh Tungro ở Philipines năm 1971 đã gây thiệt hại trên nửa
triệu tấn thóc, Ở cây lâu năm, một số virus sau khi gây bệnh nặng trong mùa
khi có thời tiết và nhiệt độ ôn hoà, nhƣng khi nhiệt độ thấp hay quá cao thƣờng

gây nên hiện tƣợng mất triệu chứng làm cho ngƣời sản xuất bị nhầm lẫn, không
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu

phát hiện đƣợc cây bị bệnh và mức nguy hiểm của bệnh, chỉ đến lúc nào đó cây
không còn khả năng phục hồi theo chu kỳ bệnh nữa, cây hoàn toàn tàn lụi, khi
đó mới biết thì đã quá muộn.
Không chỉ vậy, virus còn ảnh hƣởng tới phẩm chất của các sản phẩm
nông nghiệp. Ví dụ: hạt lúa bị bệnh vàng lụi thƣờng bị lép hoặc hạt thƣờng rất
nhỏ, hạt gạo bị đen, ăn có vị đắng; khoai tây bị virus gây hại làm cho cây cằn
cỗi, lá khảm loang lổ, củ khoai nhỏ, hàm lƣợng tinh bột và các chất dinh
dƣỡng đều thấp; virus làm cho cà chua bị xoăn lá, quả bé, múi khô và hoa
rụng, năng suất và phẩm chất đều rất thấp; virus Tristeza hại ở cây cam
ngọt làm cho quả cam chín ép và rụng sớm, quả còn non đã úa vàng vỏ,
nƣớc cam nhạt không mùi, vị.
Bệnh virus còn nguy hiểm ở chỗ virus ký sinh bắt buộc trong tế bào cây
ký chủ vì vậy khi tế bào bị huỷ hoại, chết, virus mới bị mất hoạt tính. Khi tế
bào non phát triển mạnh, virus cũng phát triển mạnh, tạo ra những triệu
chứng rất điển hình trên cây non hay bộ phận non của một cây. Chúng khó
phát hiện và khó loại trừ. Khi nhân giống vô tính bằng invitro, virus có khả
năng lây lan rất lớn trong việc phát triển công nghệ sinh học và các vùng
trồng trọt công nghệ cao. Chính vì vậy, chúng trở thành một kẻ thù nguy
hiểm của công nghệ sinh học.
Việt Nam có khí hậu nhiệt đới gió mùa, cây trồng và thảm thực vật Việt
Nam bốn mùa xanh tƣơi. Đây là điều kiện để bệnh virus ở Việt Nam rất
phong phú về số lƣợng và chủng loại. Bệnh đã gây ra rất nhiều thiệt hại nặng
nề cho sản xuất. Ví dụ: bệnh vàng lụi đã tàn phá hàng trăm ngàn ha lúa ở
miền núi, trung du và đồng bằng hai miền Bắc, Nam; bệnh vàng lá cam, quýt
đã huỷ diệt nhiều vƣờn cam, nhiều vƣờn khác ở trong tình trạng thoái hoá,
giảm năng suất nghiêm trọng. Các cây bông, hồ tiêu, ca cao, thuốc lá, cà
chua, khoai tây, các loại rau bầu, bí, các cây họ đậu nhƣ đậu tƣơng, đậu xanh,

đậu đen… các cây ăn quả nhƣ chuối, dứa, đu đủ…đều bị bệnh virus gây hại.
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu

Ngoài cây lƣơng thực, cây công nghiệp, cây ăn quả virus còn hại các loại cây
thuốc, cây hoa, cây cảnh…
Có thể nói virus là một loại dịch nguy hiểm, phá hoại hầu hết các loại
cây trồng, gây nên sự thoái hoá dẫn đến tàn lụi cây trồng, làm giảm năng suất
và giảm phẩm cấp của sản phẩm. Vì vậy, bệnh virus là một loại bệnh gây hại
toàn diện và rất nguy hiểm cho ngành trồng trọt ở nƣớc ta cũng nhƣ trên thế
giới. Ở nhiều nƣớc, việc tiêu diệt bệnh hại, loại trừ bệnh hại, tạo cây sạch và
cây chống chịu virus, phytoplasma, viroide… là một công việc quan trọng
trong sản xuất nông nghiệp.
Đậu tƣơng là loại cây trồng dễ bị tổn thƣơng do tác hại của sâu, bệnh, cỏ
dại và điều kiện ngoại cảnh bất lợi. Cây đậu tƣơng bị bệnh có thể do tác nhân
là vi khuẩn, virus, nấm và tuyến trùng.
Trong khoảng 67 loài virus có thể lây nhiễm vào cây đậu tƣơng, 27 loài
virus đƣợc coi là mối đe dọa cho ngành sản xuất đậu tƣơng [31], [28]. Nhìn
chung khi cây đậu tƣơng bị nhiễm một loại virus nào đó thì sẽ có những biểu
hiện bên ngoài khác với những cây không bị bệnh. Những biểu hiện bên ngoài
đó thƣờng đƣợc chia làm ba dạng chính là: biến màu, khảm lá và biến hình.
(i) Biến màu: là nhóm bệnh hại gây ra triệu chứng biến vàng, lá không có hiện
tƣợng héo. Nhóm này thƣờng có nồng độ thấp và luôn cƣ trú trong các bó
mạch dẫn của cây.
(ii) Khảm lá: virus thƣờng xâm nhiễm vào lá cây gây ra hiện tƣợng khảm lá,
loang lổ, chỗ xanh đậm, chỗ xanh nhạt, chỗ biến vàng Đây là triệu chứng phổ
biến nhất ở trên cây đậu tƣơng.
(iii) Biến hình: nhóm virus này thƣờng có hiện tƣợng mất triệu chứng (ẩn triệu
chứng) khi mà nhiệt độ lên cao hay cây đậu già. Triệu chứng bệnh có nhiều
hình dạng khác nhau nên trong thực tế rất dễ nhầm lẫn vì một cây có thể có
nhiều bệnh.

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu

Ngoài ra, cây đậu tƣơng bị nhiễm virus còn còi cọc, hạt có đốm. Một số
triệu chứng có thể dùng để chẩn đoán bệnh. Tuy nhiên, hầu hết các triệu chứng
chồng chéo lên nhau và thƣờng đòi hỏi các kỹ thuật phòng thí nghiệm chẳng
hạn nhƣ phƣơng pháp ELISA hoặc phƣơng pháp PCR để xác định.
Bảng 1.2. Một số virus gây bệnh trên đậu tƣơng [26]
STT
Tên virus
Chi
1
Alfalfa mosaic virus (AMV)
Alfamovirus
2
Bean pod mottle virus (BPMV)
Comovirus
3
Bean yellow mosaic virus (BYMV)
Potyvirus
4
Tobacco streak virus (TSV)
Ilarvirus
5
Cowpea chlorotic mottle virus (CCMV)
Bromovirus
6
Mung bean yellow mosaic virus (MYMV)
Begomovirus
7
Peanut mottle virus (PeMoV)

Potyvirus
8
Peanut stripe virus (PStV)
Potyvirus
9
Peanut stunt virus (PSV)
Cucumovirus
10
Soybean chlorotic mottle (SbCMV)
Caulimovirus
11
Soybean crinkle leaf viruss (SCLV)
Begomovirus
12
Soybean dwarf virus (SbDV)
Luteovirus
13
Soybean mosaic virus (SMV)
Potyvirus
14
Soybean severe stunt virus (SSSV)
Nepovirus
15
Tobacco ringspot virus (TRSV)
Nepovirus
1.2.2 , cơ chế truyền bệnh
SMV (Soybean mosaic virus) là tác nhân gây bệnh khảm lá đậu tƣơng, là
một trong những loại virus phổ biến, gây thiệt hại lớn cho ngành sản xuất đậu
tƣơng trên toàn thế giới. Các triệu chứng đặc trƣng của bệnh khảm lá đậu
tƣơng đƣợc mô tả lần đầu tiên ở Mỹ vào năm 1915 (Clinton, 1916). Cho đến

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu

năm 1921, Gardner và Kendrick xác định đƣợc tác nhân gây bệnh và đặt tên
cho Soybean mosaic virus (SMV) [19]. Kể từ đó, SMV đƣợc tìm thấy ở Trung
Quốc, Nhật Bản, Hàn Quốc, Canada, Bazil, Australia và nhiều quốc gia khác.
Đến nay, SMV đƣợc tìm thấy ở bất cứ nơi nào trồng đậu tƣơng trên thế giới.
Sau khi nhiễm SMV, đậu tƣơng sẽ giảm cả năng suất và chất lƣợng hạt
[23]. SMV có thể làm suy giảm năng suất đậu tƣơng tới 40% khi cây bị nhiễm
trong lúc hoặc trƣớc khi ra hoa, trong một số trƣờng hợp có thể gây hiệt hại lên
tới 94% tổng sản lƣợng. SMV cũng làm giảm kích thƣớc và trọng lƣợng hạt, gia
tăng những vết đốm trên vỏ hạt và giảm chất lƣợng hạt giống. Nếu cây nhiễm
virus ở giai đoạn sớm, 91% hạt đậu tƣơng có vết lốm đốm.
Soybean mosaic virus (SMV) thuộc Chi Potyvirus, Họ Potyviridae. Họ
Potyviridae có số lƣợng lớn nhất với 198 loài virus, chiếm hơn 30% trong số
các loại virus thực vật đƣợc biết đến [12], [29]. Potyvirus là chi lớn nhất, có
khoảng 180 loài virus, gây ảnh hƣởng lớn nhất đến sự sinh trƣởng, phát triển
của cây trồng trong số các virus gây bệnh ở thực vật.
Dựa vào phản ứng của cây đậu tƣơng khi đƣợc nhiễm SMV, bao gồm:
khảm hay mô nhăn nheo (S), hoại tử (R) và không có triệu chứng (R). Cho và
Goodman (1979, 1982) đã phân loại các chủng SMV khác nhau. Các chủng
đƣợc đặt tên từ G1 đến G7, với số trong tên chủng thấp nhất là số giống đậu
tƣơng có triệu chứng bệnh trong tập hợp các giống đậu tƣơng đƣợc sử dụng
[Essex, Davis (York), Kwangyo, Marshall, Ogden và Buffalo (PI 96983)] [14],
[15]. Hiện nay, nhiều chủng SMV đã đƣợc phân lập và công bố trên thế giới.
Phạm vi kí chủ
So với các potyvirus khác, SMV có phạm vi kí chủ tƣơng đối hẹp. Nó lây
nhiễm cho 6 họ là họ Đậu (Fabaceae hay Leguminosae), họ Dền
(Amaranthaceae), họ Chenopodiaceae, họ Lạc tiên (Passifloraceae), họ
Schropulariaceae và họ Cà hay họ Khoai tây (Solanaceae). Tuy nhiên, SMV gây
hại chủ yếu trên họ Đậu bao gồm cả đậu tƣơng và các loài đậu khác [18], [23].

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu

Cơ chế truyền bệnh
Trên đồng ruộng, virus không thể tự lan truyền, chúng luôn phải nhờ một
sự trợ giúp để có thể lây lan. SMV xâm nhập vào tế bào thực vật theo hai cách:
Một là do tiếp xúc cơ giới nhƣ thông qua các vết thƣơng trong quá trình canh
tác của con ngƣời vô ý tạo ra, do mƣa gió, động vật gây xây xát. Hai là do côn
trùng môi giới chủ yếu là các loài rệp thuộc họ Aphididae. Có đến hơn 32 loài
rệp khác nhau thuộc 15 chi là môi giới truyền SMV từ cây bệnh sang cây khỏe
[15], [11], nhƣ Acyrthosiphom pisum, Aphis craccivora, A.fabae, A.glycine, A
gossypii, Myzus persicae, Rhopalosiphum maidis… Rệp càng nhiều thì tỉ lệ
nhiễm bệnh càng lớn.
Bệnh khảm lá đậu tƣơng có thể truyền qua nhiều vụ chủ yếu thông qua hạt
giống bị nhiễm SMV, mặc dù cỏ dại và cây trồng khác cũng có thể là nơi chứa
SMV. Có đến trên 30% các hạt giống từ cây đậu tƣơng nhiễm SMV mang SMV
theo tùy thuộc vào giống và thời gian bị nhiễm trƣớc khi ra hoa [13].
1.2.3. Triệu chứng của bệnh do SMV
SMV có thể tồn tại trên hạt, những hạt nhiễm bệnh có thể mất sức nẩy
mầm hoặc phát triển thành cây con nhiễm bệnh. Cây con nhiễm bệnh thƣờng
có biểu hiện mảnh khảnh, lá nhăn nheo hoặc lá đơn thuỳ cong queo, hình dạng
các lá có thể bình thƣờng nhƣng bị đốm lá hoặc mép dọc của lá có thể bị uốn
cong xuống phía dƣới. Hậu quả là các lá chét bị biến màu sớm và sinh trƣởng
kém, lá bị đốm và nhăn nheo.
Phản ứng của cây bị SMV xâm nhiễm tuỳ thuộc vào kiểu gen của cây
chủ, chủng virus, tuổi cây khi bị nhiễm và điều kiện môi trƣờng. Những cây
bị nhiễm bệnh sớm trong vụ gieo trồng thƣờng bị còi cọc, đốt thân và cuống
lá bị ngắn lại. Các cây bị nhiễm SMV chín sớm hơn các cây không bị nhiễm.
Các giống nhiễm thể hiện triệu chứng trung gian và khoảng 14 ngày sau khi
lây nhiễm cơ giới, ở các lá non gân sáng màu vàng xuất hiện dọc theo các
gân nhánh nhỏ. Các triệu chứng hại phát triển nặng hơn ở các lá ra sau, kết

Số hóa bởi Trung tâm Học liệu

quả là phần thịt lá dọc theo thân chính có màu xanh tối, làm cho các mép lá
bị uốn cong xuống dƣới. Đối với một số giống đậu tƣơng, cây nhiễm bệnh
có thể phát triển triệu chứng chết thối. Mức độ nhăn lá thƣờng rất nặng nếu
các cây bị nhiễm bệnh đang sinh trƣởng ở nhiệt độ khoảng 18
0
C. Triệu
chứng biểu hiện sẽ nhẹ hơn khi ở nhiệt độ từ 24 - 25
0
C và nó sẽ không biểu
hiện bệnh khi nhiệt độ lên trên 30
0
C. Nhiệt độ có ảnh hƣởng đến thời gian từ
khi xâm nhiễm đến khi biểu hiện triệu chứng bệnh khoảng 4 ngày ở nhiệt độ
29
0
C đến 14 ngày ở nhiệt độ 18,5
0
C.
Biểu hiện triệu chứng bệnh trên quả tuỳ thuộc vào mức độ nhiễm của
giống, thời gian lây nhiễm, chủng virus và nhiệt độ không khí. Những quả bị
bệnh thƣờng dẹt, ngắn và ít lông, chúng thƣờng cong queo hơn hẳn những quả
trên cây khoẻ.
Trên đồng ruộng, những cây bị nhiễm virus SMV cũng dễ bị nhiễm
những loại virus khác nhƣ Bean Pod Mottle Virus. Ảnh hƣởng của việc nhiễm
cùng lúc nhiều loại virus khác nhau sẽ dẫn tới năng suất có thể bị giảm từ 66 -
80%. Cây bị còi cọc nặng, lá biến thành màu vàng và có hiện tƣợng hoại tử, trên
lá có dạng mấu. Các mấu nhú bắt nguồn từ các vùng lục lạp ở phần cuối gân giữa
của mặt trên của lá. Chúng có dạng nhƣ một sợi chỉ đến dạng nhƣ một đám lông,

có chiều dài từ 5 - 25mm, ở gốc lông có bề rộng khoảng 1mm và thon dần về phía
ngọn. Các tế bào của cây bị nhiễm SMV, nhất là trong các vùng mạch dẫn, có
chứa các thể vùi trong bó mạch. Số lƣợng của các thể vùi tăng lên vào khoảng từ
2 - 3 tuần sau khi bị lây nhiễm. Những cây bị nhiễm các chủng có độc tính mạnh
có thể vùi nhiều hơn so với khi nhiễm các chủng có độc tính nhẹ hơn.
1.2.4. Biện pháp phòng trừ
Do tính chất gây hại chủ yếu trong hệ mạch dẫn, khả năng phát tán
nhanh chóng qua con đƣờng trao đổi giống và sự truyền lan của côn trùng
môi giới nên bệnh có mức độ phát triển mạnh, dễ gây thành dịch. Bệnh
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu

khảm lá đậu tƣơng là một trong những bệnh khó phòng trừ, biện pháp hóa
học ít có tác dụng.
Trên thế giới nhiều biện pháp phòng trừ bệnh virus hại thực vật đã đƣợc
áp dụng nhƣ:
- Loại bỏ nguồn bệnh bằng cách chọn hạt giống sạch bệnh từ các cây
khỏe, sạch bệnh; xử lý hạt giống (bằng nhiệt, hóa chất…)
- Theo dõi và tiêu hủy cây bệnh tránh lây lan sang cây khỏe .
- Phòng trừ côn trùng môi giới.
- Luân canh cây trồng; vệ sinh đồng ruộng, diệt cỏ dại,…
Tuy nhiên, các biện pháp kể trên không mang lại hiệu quả cao trong
phòng trừ bệnh mà lại tốn nhiều công sức. Hiện nay, biện pháp hiệu quả nhất
để phòng bệnh do virus cho cây trồng là sử dụng giống kháng, nhƣng nguồn
kháng bệnh tự nhiên đối với các virus lại không nhiều. Phƣơng pháp chuyển
gen để tạo cây kháng đặc biệt tỏ ra hữu ích cho các loài thực vật mà trong tự
nhiên không có nguồn kháng bệnh.
1.3. SMV

Các hạt SMV có hình que, dài khoảng 750 nm, có đƣờng kính là 11-15
nm, gồm vỏ protein bố trí đối xứng xoắn ốc xung quanh sợi RNA đơn .

Vỏ protein (capsid) gồm khoảng 2000 tiểu phần nhỏ là protein vỏ (coat
protein - CP), mỗi tiểu phần có kích thƣớc 30 - 36 KD. Hệ gen của SMV là 1
sợi RNA đơn dƣơng, đƣợc liên kết với protein viron (VPg) ở đầu 5’ và có đuôi
poly(A) ở đầu 3’.
Viêc hoàn thành giải trình tự 45 chủng SMV phân lập đƣợc cho thấy hệ
gen của SMV có khoảng 9600 nucleotide mã hóa cho một polyprotein với 3066
amino acid. Polyprotein này gồm 10 chuỗi polypeptid: P1 proteinase (P1),
Helper component proteinase (HC-pro), Protein P3 (P3), 6 kDa protein 1(6K1),
Cytoplasmic inclusion protein (CI), 6 kDa protein 2 (6K2), Viral genome-
Số hóa bởi Trung tâm Học liệu

linked protein (VPg), Nuclear inclusion protein A (NIa), Nuclear inclusion
protein B (NIb), Coat protein (CP) (Hình 1.1).




Hình 1.1. Sơ đồ các gen trong hệ gen của SMV
(Jayaram và cs (1992)) [25]
Hệ gen của SMV có vùng bảo thủ (NTRs) ở đầu 5’ và đầu 3’. Chiều dài
của 5’NTR trong khoảng 131 - 205 bp, trong khi 3’NTR của các potyvirus
khác nhau là hoàn toàn không đồng nhất về kích thƣớc và trình tự.
Jayaram và cs (1992) đã lập bản đồ và xác định trình tự nucleotide của
các chủng G2 và G7, so sánh với các potyvirus khác. Bộ gen RNA của hai
chủng SMV-G2 và SMV-G7 đã đƣợc sắp xếp theo một trật tự và tổng số
nucleotide của cả hai chủng G2 và G7 là 9588 nucleotide (không tính đuôi poly
A), mã hóa cho các phân tử protein có 3066 amino acid. Dựa trên sự so sánh
trình tự nucleotide của Tobacco etch virus, Tobacco vein mottling virus, Potato
virus Y, Plum pox virus, SMV - G2 và SMV - G7, Jayaram và cs nhận thấy các
khu vực đƣợc bảo tồn nhất trong genome của potyvirrus là các gen mã hóa

protein nhƣ gen CI, gen NIb, gen CP. Gen CP của SMV giống nhất với gen CP
của Potato virus Y và Tobacco etch virus, nhƣng về tổng thể hệ gen của SMV
tƣơng tự nhƣ Plum pox virus [25].
Won-Seok Lim và cs (2003) đã phân tích trình tự nucleotide hoàn chỉnh
của RNA genome của SMV chủng G5 (SMV-G5) và G7H (SMV-G7H) và so
sánh với trình tự của các chủng SMV khác. Mỗi RNA của SMV dài 9588
nucleotides (chƣa kể đuôi poly A), chứa một khung đọc mở (ORF) mã hóa cho
một polyprotein mà sau đó đƣợc phân cắt thành 10 protein chức năng. So sánh