Tìm hiểu các căn nguyên vi rút gây viêm đường hô hấp cấp của một số bệnh nhân điều trị ở bệnh viên Đa khoa Việt tiệp Hải Phòng 2010 - 2012

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI
TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN



NGUYỄN VŨ SƠN


TÌM HIỂU CÁC CĂN NGUYÊN VI RÚT GÂY VIÊM
ĐƢỜNG HÔ HẤP CẤP CỦA MỘT SỐ BỆNH NHÂN
ĐIỀU TRỊ Ở BỆNH VIỆN ĐA KHOA VIỆT TIỆP
HẢI PHÒNG 2010 - 2012



LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC


Hà Nội – Năm 2012




ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI
TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN

NGUYỄN VŨ SƠN

TÌM HIỂU CÁC CĂN NGUYÊN VI RÚT GÂY VIÊM
ĐƢỜNG HÔ HẤP CẤP CỦA MỘT SỐ BỆNH NHÂN
ĐIỀU TRỊ Ở BỆNH VIỆN ĐA KHOA VIỆT TIỆP
HẢI PHÒNG 2010 - 2012

Chuyên ngành : Vi sinh vật học
Mã số : 604240

LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC

NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC
PGS.TS Lê Thị Quỳnh Mai

Hà Nội - Năm 2012




MỤC LỤC
ĐẶT VẤN ĐỀ 1
CHƢƠNG 1 - TỔNG QUAN TÀI LIỆU 3
1.1 CÁC VI RÚT ĐƢỜNG HÔ HẤP 3
1.1.1. Vi rút họ Orthomyxoviridae 3
1.1.2. Vi rút họ Paramyxoviridae 7
1.1.3 Vi rút họ Picornaviridae 9
1.1.4 Vi rút họ Coronaviridae 12
1.2. SỰ LƢU HÀNH CỦA VI RÚT GÂY BỆNH VIÊM ĐƢỜNG HÔ HẤP
CẤP 15

1.2.1 Trên thế giới 15
1.2.2 Tại Việt Nam 17
1.3 ĐẶC ĐIỂM LÂM SÀNG 19
1.4 DỰ PHÒNG VÀ ĐIỀU TRỊ 19
1.4.1 Dự phòng 20
1.4.2 Điều trị 21
1.5 CHẨN ĐOÁN TRONG PHÒNG THÍ NGHIỆM 22
1.5.1 Phương pháp phát hiện kháng nguyên 22
1.5.2 Phương pháp phát hiện vật liệu di truyền 23
1.5.3 Phương pháp phát hiện kháng thể 24
1.6. CƠ SỞ LÝ LUẬN ĐỂ THIẾT KẾ VÀ TIẾN HÀNH NGHIÊN CỨU. 26
CHƢƠNG 2 - ĐỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 28
2. 1 ĐỐI TƢỢNG NGHIÊN CỨU 28
2.1.1 Định nghĩa ca bệnh 28
2.1.2 Cỡ mẫu 28
2.2 VẬT LIỆU 28
2.2.1 Mẫu bệnh phẩm 28
2.2.2 Trang thiết bị và dụng cụ 30
2.2.3. Sinh phẩm 32




2.3 PHƢƠNG PHÁP 37
2.3.1 Tách chiết vật liệu di truyền của vi rút ARN 37
2.3.2. Phản ứng di truyền phân tử (PCR) 37
2.3.3 Phương pháp Luminex/xTAG RVP 43
2.3.4 Phân lập 45
2.3.5 Phản ứng xác định trình tự chuỗi nucleotide (sequence) 47
CHƢƠNG 3 - KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN 50

3.1 CÁC TÁC NHÂN VI RÚT GÂY VIÊM ĐƢỜNG HÔ HẤP CẤP TẠI
HẢI PHÒNG 50
3.1.1 Sự phân bố bệnh phẩm theo tháng 50
3.1.2 Phân bố ca bệnh theo giới 51
3.1.3 Phân bố theo độ tuổi 52
3.2 XÁC ĐỊNH CĂN NGUYÊN 53
3.2.1. Tỷ lệ tác nhân vi rút gây VĐHHC được xác định trong nghiên cứu 55
3.2.2. Vai trò của các họ vi rút gây VĐHHC 56
3.2.3. Kết quả xác định căn nguyên vi rút gây VĐHHC. 57
3.2.4. Phân tích sự lưu hành của các tác nhân vi rút theo tháng 61
3.2.5. Sự liên quan giữa tác nhân lây nhiễm và các lứa tuổi 63
3.3 PHÂN LẬP 65
3.4 XÁC ĐỊNH ĐẶC ĐIỂM VI RÚT HỌC CỦA VI RÚT CÚM 66
3.4.1. Đặc tính kháng nguyên 66
3.4.2. Xác định đặc điểm di truyền vi rút cúm 67
3.5 HOÀN THIỆN QUY TRÌNH CHẨN ĐOÁN VĐHHC 71
Kết luận: 73
Kiến nghị 74





CÁC CHỮ VIẾT TẮT
ARN
Axit Ribonucleic
ADN
Axit Deoxy Ribonuleic
Bp
Cặp base

A/H1N1pdm/09
Vi rút cúm A/H1N1 đại dịch 2009
CDC
Centers for Disease Control and Prevention (Trung tâm
Phòng ngừa và kiểm soát bệnh, Mỹ)
dNTP
Deoxiribonucleotide 5‟-triphosphates
ELISA
Enzyme linked-immusorbent assay (Thử nghiệm hấp phụ
miễn dịch gắn enzyme)
HA
Hemagglutination test (Phản ứng ngưng kết hồng cầu)
HAI
Hemagglutination Inhibition Test (Phản ứng ngăn ngưng
kết hồng cầu)
KN
Antigen (Kháng nguyên)
KT
Antibody (Kháng thể)
RSV
Respiratory Syncytial Virus (Vi rút hợp bào đường hô
hấp)
RT-PCR
Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction (Phản
ứng chuỗi polymerase phiên mã ngược)
TCYTTG
World Health Organization (Tổ chức Y tế thế giới)
VĐHHC
Viêm đường hô hấp cấp
WHO

World Health Organization (Tổ chức Y tế thế giới)



1

ĐẶT VẤN ĐỀ
Hội chứng viêm đường hô hấp cấp (VĐHHC) do căn nguyên là vi rút
hoặc vi khuẩn chủ yếu hay gặp tại các nước có kiểu hình khí hậu nóng ẩm, mưa
nhiều. Một số tác nhân có thể gây nên các vụ dịch lẻ tẻ hoặc thành đại dịch (dịch
cúm, vi rút hợp bào hô hấp – Respiratory Sycytial Virus…) [6, 30, 51]. Tác nhân
vi rút gây bệnh thường gặp là: vi rút thuộc họ Picornaviridae, Paramyxoviridae
(RSV, vi rút á cúm…), Orthomyxoviridae (vi rút cúm A, B…) [1, 13, 51]. Trong
đó, vi rút cúm được xem là một trong những căn nguyên quan trọng nhất gây
bệnh VĐHHC [50, 59, 79]. Hiện nay có khoảng hơn 200 loại vi rút có cấu trúc
kháng nguyên khác nhau gây bệnh VĐHHC.
Trên thế giới, hội chứng VĐHHC xuất hiện quanh năm ở các vùng ôn
đới, nhất là vào thời gian thời tiết lạnh và ẩm. Bệnh viêm đường hô hấp cấp do
căn nguyên vi rút thường mang tính chất “mùa” - đó là thời gian mà số mắc trong
cộng đồng tăng cao, ví dụ: dịch cúm theo mùa, RSV thường tập trung vào mùa
đông tại các nước ôn đới thuộc khu vực Bắc bán cầu, á cúm là nguyên nhân
chính gây VĐHHC vào mùa thu và đầu đông, trong khi cao điểm của nhiễm vi
rút entero lại vào cuối hè… VĐHHC do vi rút có ảnh hưởng lớn tới sức khỏe đặc
biệt đối với trẻ em và người già tại các nước đang phát triển. Theo báo cáo của tổ
chức Y tế thế giới (WHO) có khoảng 4.5 triệu trẻ em dưới 5 tuổi tử vong hàng
năm do VĐHHC và căn nguyên vi rút chiếm 40% trong tổng số đó [86].
Tại Việt Nam, bệnh VĐHHC xảy ra quanh năm, có tỷ lệ mắc đứng đầu
trong 10 bệnh truyền nhiễm cấp tính [12]. Tuy nhiên, các nghiên cứu về VĐHHC
do căn nguyên vi rút cũng như các tác nhân nào chủ yếu và thường gặp còn hạn
chế. Đặc biệt các nghiên cứu sâu về vi rút học và các phương pháp chẩn đoán

nhanh phòng thí nghiệm bằng các kỹ thuật sinh học phân tử, đặc điểm di truyền,
đặc tính kháng nguyên của các tác nhân vi rút gây bệnh VĐHHC hiện chưa được
áp dụng rộng rãi, đó là lý do chúng tôi tiến hành nghiên cứu:




2
“Tìm hiểu các căn nguyên vi rút gây viêm đường hô hấp cấp của một số bệnh
nhân điều trị ở bệnh viện đa khoa Việt Tiệp - Hải Phòng 2010-2012”.
Với mục tiêu:
1. Xác định các tác nhân vi rút gây viêm đường hô hấp cấp của bệnh
nhân điều trị tại bệnh viện đa khoa Việt Tiệp Hải Phòng bằng phương pháp RT-
PCR và Luminex/xTAG RVP.
2. Tìm hiểu đặc điểm di truyền của vi rút cúm thông qua phân tích các vi
rút cúm được phân lập
3. Hoàn thiện quy trình chẩn đoán sớm nhiễm vi rút đường hô hấp trên
bệnh phẩm lâm sàng bằng kỹ thuật RT- PCR thông dụng (conventional RT-PCR).

3
CHƢƠNG 1 - TỔNG QUAN TÀI LIỆU
1.1 CÁC VI RÚT ĐƢỜNG HÔ HẤP
Các vi rút gây bệnh VĐHHC thường gặp được ghi nhận từ 5 họ là:
Adenoviridae, Picornaviridae, Coronaviridae, Paramyxoviridae và
Orthomyxoviridae. Tuy nhiên, trong nghiên cứu này của chúng tôi các vi rút thuộc 4
họ thông dụng được phân tích đó là:
Bảng 1.1. Các vi rút gây bệnh VĐHHC
STT
Họ
Loại vi rút
1
Orthomyxoviridae
- Vi rút cúm A (H1N1, H3N2, H1pdm, H5N1)
- Vi rút cúm B
2
Paramyxoviridae
- Vi rút hợp bào đường hô hấp (Respiratory
syncytial virus-RSV)
- Vi rút human Metapneumoviridae (hMPV)
- Vi rút á cúm (vi rút Parainfluenza) phân típ 1,
2, 3.
3
Picornaviridae
- Vi rút Entero
- Vi rút Rhino

4
Coronaviridae
- Vi rút gây hội chứng viêm đường hô hấp cấp
tính nguy hiểm (Severe acute respiratory
syndrome coronavirus - SARS-CoV)
1.1.1. Vi rút họ Orthomyxoviridae
1.1.1.1 Hình thái:
Orthomyxoviridae là họ vi rút đa hình thái, có vỏ ngoài, genome là ARN
đơn, âm, phân đoạn. Trước đây, các vi rút Orthomyxo và Paramyxo đều được
xếp chung vào một họ là Myxoviridae do chúng có cấu trúc và khả năng lây bệnh
giống nhau, nhưng về sau được tách thành 2 họ riêng là Orthomyxoviridae và
Paramyxoviridae do phát hiện thấy chúng còn nhiều đặc điểm cơ bản không
giống nhau [13, 51].



4
Vi rút Orthomyxoviridae gồm 5 nhóm vi rút: vi rút cúm A, vi rút cúm B, vi
rút cúm C, vi rút Thogoto và vi rút Isa [51]. Trong đó vi rút cúm A lưu hành phổ
biến trên gia cầm, người và các động vật khác như lợn, ngựa… là căn nguyên
gây nên các đại dịch lớn trên toàn cầu. Vi rút cúm B thường gây bệnh nhẹ nhưng
cũng có thể bộc phát thành dịch vào mùa đông, đặc biệt là ở trẻ em. Vi rút cúm C
chưa thấy biểu hiện gây bệnh nguy hiểm cho người.

Hình 1.1. Mô hình cấu trúc virion của vi rút cúm [18]
Virion có vỏ đa hình thái, thường có hình cầu với cấu trúc xoắn, đường kính
80-120nm nhưng đôi khi cũng thấy dạng sợi dài đến vài µm. Genome của vi rút
cúm A và B được chia thành 8 phân đoạn, đơn âm với tổng khối lượng 5x10
6

Dalton.
Trong virion có chứa enzyme ARN-polymerase phụ thuộc ARN, enzyme
này cần cho quá trình phiên mã vì genome là ARN chuỗi âm. Protein capsid kết
hợp với ARN tạo nucleocapsid đối xứng xoắn. Nucleocapsid được bao bọc bởi
màng protein nền M1 (M: Matrix) phía ngoài màng lại được bao bọc bởi vỏ
ngoài là lớp lipid kép có nguồn gốc từ màng sinh chất của tế bào chủ. Protein M2



5
đâm xuyên và nhô ra khỏi vỏ ngoài, tạo thành các kênh ion, làm cho pH trong
endosome thay đổi [13].
Bề mặt vi rút có đính các gai bản chất là glycoprotein, đó là kháng nguyên
hemagglutinin (HA) và neuraminidase (NA). Protein HA gây ngưng kết hồng cầu
và có vai trò gắn vi rút vào tế bào vật chủ, protein NA có vai trò phá vỡ liên kết
giữa vi rút và tế bào để giải phóng vi rút.
1.1.1.2 Cấu trúc phân tử
Vật liệu di truyền của vi rút cúm A, B là 8 phân đoạn, có chiều dài khoảng
10 đến 15 kb. Mỗi phân đoạn mã hoá cho 1 protein cấu trúc hoặc không cấu trúc:
7 protein cấu trúc: PB1, PB2, PA, HA, NA, NP và M1 và 3 protein không cấu
trúc: NS1, NS2 và M2 đối với vi rút cúm A và NP đối với vi rút cúm B.
Phân đoạn gen HA gồm 1.742-1.778 nucleotid mã hóa cho 562-566 axit
amin, protein HA có khả năng gây ngưng kết hồng cầu, gắn với thụ thể chứa axit
sialic trên bề mặt tế bào và giúp vi rút xâm nhập vào tế bào. Protein HA tồn tại
dưới 2 dạng: dạng tiền thân không phân tách là HA
o
hoặc dạng phân tách thành
HA1 và HA2 liên kết với nhau bởi cầu nối disulfua (S-S). Sự phân tách này là
điều kiện quyết định để vi rút có khả năng gây nhiễm và lây truyền của vi rút
[73]. Ngoài ra, vị trí axit amin trên gen HA có vai trò gắn với thụ thể tế bào chủ

cũng đóng vai trò quan trọng trong việc lây truyền vi rút cúm. Vi rút cúm người
gắn vào thụ cảm thể trên tế bào chủ tại cổng 2.6 (SAα- 2,6 Gal) [43].
Phân đoạn gen NA có 1413 nucleotid mã hóa cho 453 axit amin. Protein
NA có bản chất là một enzyme đóng vai trò quan trọng trong việc giải phóng vi
rút từ tế bào nhiễm và lan trải vi rút trong đường hô hấp. Các đột biến tại vị trí
axit amin: 275, 295 ở NA của típ N1 hay 292 ở NA của típ N2 liên quan sự
kháng hoặc giảm độ nhạy của thuốc kháng vi rút (Osertamivir và Zanamivir). Sự
đột biến này được cho là kết quả của quá trình cạnh tranh sinh học [19, 34, 35,
42, 44]





6
1.1.1.3 Cơ chế nhân lên

Hình 1.2. Chu trình nhân lên của vi rút cúm[48]
- Đầu tiên, vi rút sẽ gắn vào các thụ thể đặc hiệu trên màng sinh chất nhờ
gai glycoprotein HA. Vi rút xâm nhập vào bên trong tế bào theo cơ chế nhập bào.
Màng tế bào bao lấy vi rút, tạo bọng (endosome) nằm bên trong tế bào chất. Quá
trình dung hợp với màng endosome làm giải phóng nucleocapsid vào tế bào chất
và được vận chuyển vào trong nhân tế bào.
- Trong nhân sợi ARN (-) ban đầu được làm khuôn để tổng hợp nên sợi ARN
(+) theo cơ chế bổ sung cARN (+) nhờ enzyme ARN - polymerase phụ thuộc ARN
của vi rút. Chính các cARN (+) này lại được dùng làm khuôn để tổng hợp các sợi
ARN (-) mới là nguyên vật liệu di truyền của vi rút. Các sợi ARN (-) được tạo thành
này là một sợi hoàn chỉnh về độ dài và một phần được phiên mã tạo ra các mARN
(+) ngắn hơn. Sau đó, quá trình dịch mã thành các protein chức năng xảy ra ở tế bào
chất.

- Các protein NS1, M1 và NP được vận chuyển vào nhân kết hợp với sợi
ARN (-) mới tổng hợp để hình thành nên nucleocapsid, sau đó được vận chuyển
ra tế bào chất. Tại đây, nucleocapsid được bao bọc bởi các protein HA, NA, M2
thông qua sự tương tác với bộ máy Golgi. Hạt virion mới được tạo thành bằng
cách nảy chồi từ màng sinh chất, axit sialic ở màng sinh chất sẽ bị phân cắt bởi
Hấp phụ
Sau dịch mã
Dịch mã
Nhập bào
Dung hợp, cởi vỏ
Nảy chồi
Đóng gói
Nhân



7
enzyme NA và giải phóng vi rút ra khỏi tế bào chủ để bắt đầu một chu trình lây
nhiễm mới. Như vậy, quá trình sao chép của vi rút cúm xảy ra trong nhân tế bào.
1.1.2. Vi rút họ Paramyxoviridae
Paramyxoviridae là họ vi rút có genome ARN (-), không phân đoạn. Họ
Paramyxoviridae gồm các vi rút quan trọng gây bệnh cho người và động vật như
sởi, quai bị, á cúm (parainfluenza), hợp bào hô hấp (Respiratory Syncytial Virus-
RSV), bệnh tả gà Newcastle, sốt chó (canine distemper), sốt trâu bò (rindepest)
và một số bệnh đường hô hấp khác [12]. Nhưng các vi rút thường gặp gây
VĐHHC là vi rút hợp bào đường hô hấp (RSV), hMPV và parainfluenza (á cúm
phân típ 1, 2, 3).
1.1.2.1 Hình thái
Virion thuộc loại đa hình thái, thường có hình cầu với đường kính 50-
200nm, chứa 5-7 polypeptid và một phân tử ARN đơn (-), dài, khối lượng 5-

7x10
6
. Bao quanh nucleocapsid đối xứng xoắn là màng M có cấu tạo từ protein
M không được glycosyl hoá. Phía ngoài màng M là vỏ ngoài với các gai
glycoprotein bề mặt dài khoảng 8nm.
Virion bị bất hoạt bởi các dung môi hoà tan lipid, chất tẩy rửa,
formaldehyde, các chất oxy hoá…
Đặc điểm đặc trưng là hạt vi rút được bao bọc bởi 2 lớp vỏ lipid với các gai
glycoprotein mang tính kháng nguyên [13].
Phần vỏ bao của vi rút Paramyxo bao gồm hai cấu trúc glycoprotein: H-N
và F. Chúng tạo nên các gai trên bề mặt của hạt vi rút. Các glycoprotein lớn H, N
có vai trò của hemagglutinin và neuraminidase là men ngưng kết hồng cầu động
vật lông vũ và giúp sự hấp phụ (adsorbtion) của vi rút trên tế bào cảm thụ. Cấu
trúc protein khác, ký hiệu F, có vai trò kết dính các thành phần của hạt vi rút
trong tế bào và giúp vi rút xâm nhập qua màng tế bào cảm thụ. Hoạt động xâm
nhập của yếu tố F là nhờ sự hoạt hoá bởi phần giải protein (proteolytic) làm cho
men sớm của tế bào chủ tạo F thành Fo rồi cắt thành F1 và F2. F1, F2 hoạt động



8
để có sự hoà nhập của vi rút vào màng tế bào do đó ARN vi rút xâm nhập vào
được tế bào [13].
1.1.2.2 Cấu trúc phân tử
Bô
̣
gen cu
̉
a ca
́

c Paramyxoviridae là phân tử ssRNA với 15k nu chư
́
a bô
̣
gen
mã hóa 6 loại protein đặc trưng của vi rút [53]. 6 gen đó có chức năng mã hóa
protein N gắn ARN của nucleocapsid, phosphoprotein P của nucleocapsid, các
enzyme polymerase chính của tiểu phần L, protein màng M không gắn đường,
glycoprotein gắn màng G, H hay HN và glycoprotein hòa màng F. Ngoài ra, các
thành viên trong họ Paramyxoviridae còn có thêm từ một đến năm loại gen điển
hình mã hoá các protein phi cấu trúc để tăng cường quá trình phát triển của vi rút.
Do vỏ lipoprotein của vi rút dễ vỡ nên thông thường hình ảnh của hạt vi rút
trên kính hiển vi điện tử méo mó, vỡ và thành phần nucleoprotein thường chảy ra
ngoài hạt vi rút. Các polypeptid cấu trúc của vỏ bao gồm HN (hemagglutinin -
neuraminidase) và F (fusion) protein từ các gai bề mặt và M (matrix) protein. 3
protein khác cùng với RNA cấu thành nhân nucleoprotein của hạt vi rút và quá
trình phiên mã có thể thực hiện với các vi rút có vật liệu di truyền là RNA đơn
âm.
Protein F cấu tạo bởi sự phân giải protein của tiền polypeptid, có vai trò rất
quan trọng trong quá trình hòa màng của tế bào nhiễm và sau đó hình thành hợp
bào (syncytial).
Lớp vỏ bao ngoài (envelope) là màng kép lipid, lớp màng này thu nhận
được từ màng tế bào chủ. Lớp màng bao ngoài bao gồm ba loại glycoprotein bề
mặt: Protein gắn màng G, protein hòa màng F và protein kỵ nước SH. Ngoài ra
còn có protein M (matrix protein) là protein nằm ở trong của lớp vỏ envelope.
Các glycoprotein được hình thành từ virion - spikes, nó có kích thước rất
ngắn khoảng 11 - 20nm, khoảng cách giữa các spikes là từ 6 - 10nm.
Nucleocapsid có cấu trúc đối xứng xoắn, đường kính xoắn ốc khoảng 18nm.

9
Phân lớp pneumovirinae (hMPV và RSV) không có enzyme
neuraminidase. Protein G không có hemagglutinin mà nó đảm nhiệm chức năng
năng thay cho hemagglutinin để gắn vào thụ thể của tế bào.

Hình 1.3. Mô hình cấu trúc virion của vi rút họ Paramyxoviridae [31]
1.1.2.2 Cơ chế nhân lên
Trong quá trình gây nhiễm trùng, vi rút Paramyxo xâm nhập vào tế bào tạo
tế bào khổng lồ. Khả năng xâm nhập tế bào này được sử dụng như một đặc điểm
quan trọng để chẩn đoán bệnh.
Có thể xâm nhiễm vào nhiều loại tế bào nuôi cấy mô. Xâm nhập nhờ dung
hợp giữa vỏ ngoài vi rút với màng sinh chất của tế bào chủ. Quá trình phiên mã
và nhân lên đều diễn ra trong tế bào chất. Virion trưởng thành chui ra ngoài theo
lối nảy chồi. Các tế bào nhiễm thường bị tan ra, nhưng cũng xảy ra sự dụng hợp
tế bào với nhau để tạo ra thể hợp bào, thể vùi
1.1.3 Vi rút họ Picornaviridae



10
Picorna bắt nguồn từ chữ pico là nhỏ, rna là axit ribonucleic. Họ
Picornaviridae có chứa rất nhiều vi rút gây bệnh quan trọng cho người và động
vật, bao gồm vi rút polio, viêm gan A, vi rút bệnh lở mồm long móng (Foot and
mouth disease virus-FMDV), và vi rút rhino [13, 51]. Theo ủy ban phân loại vi
rút quốc tế, họ Picornaviridae gồm:
- Vi rút aphto bệnh lở mồm long móng.
- Vi rút avihepato gây bệnh viêm gan A ở vịt.
- Vi rút cardio gây bệnh viêm não, viêm cơ tim ở loài gặm nhấm
- Vi rút Entero gồm có vi rút polio, coxsackie, Echo

- Vi rút Erbo gây viêm mũi ở ngựa.
- Vi rút hepato gây bệnh viêm gan A.
- Vi rút Kobu gồm Aichivirus và bovine kobuvirus
- Vi rút Parecho gồm human parecho và Ljungan.
- Vi rút sapelo gồm Porcine sapelo, Simian sapelo, Avian sapelo
- Vi rút Senecavirus
- Vi rút Tescho
- Vi rút Tremo
1.1.3.1 Hình thái và cấu trúc phân tử
Picorna là vi rút nhỏ hình cầu, đường kính trung bình 22-30nm. Các thành viên
của Picornaviridae là vi rút không vỏ với một bộ gen sợi đơn (ssRNA), dương.
Virion: Capsid hình khối đa diện 20 mặt tam giác đều, gồm 60 dưới đơn vị, mỗi đơn
vị chứa một phân tử gồm 4 polypeptid chính ký hiệu VP1, VP2, VP3 và VP4. Ba
polypeptid đầu nằm trên bề mặt virion còn polypeptid sau nằm ở trong lõi gắn với
ARN. Genome là một phân tử ARN đơn, (+), dạng thẳng, dài 2,5x106, đầu 3‟ có
gắn đuôi poly A, còn đầu 5‟ liên kết cộng hoá trị với một protein do vi rút mã hoá,
gọi là VPg.



11

Hình 1.4. Cấu trúc virion của Picornaviridae [40]
Ở vi rút cardio và aptho, gần đầu 5‟ của ARN còn có vùng polyC. Đó là cấu
trúc thứ cấp mà chiều dài có thể khác nhau tuỳ chủng. Ở vi rút Rhino và Entero
không có vùng này.
1.1.3.2 Quá trình nhân lên
Vi rút nhân lên trong tế bào chất. Đầu tiên vi rút gắn vào thụ thể nằm trên
màng sinh chất của tế bào chủ, sau đó vào tế bào theo cơ chế nhập bào và tiến
hành cởi vỏ trong endosome hoặc lysosome. Sau khi được giải phóng khỏi

capsid, ARN lập tức bắt đầu dịch mã ở lại trí gần đầu 5‟ để tạo thành một
polyprotein. Polyprotein này lúc đầu phân cắt thành 3 protein tiền chất là VP1,
VP2 và VP3. Mỗi protein lại tiến hành phân cắt tiếp:
- VP1 cắt ra thành VP1A, VP1B, VP1C và VP1D. Đó là protein capsid.
- VP2 cắt thành VP2A, VP2B. Đó là kháng nguyên của vật chủ và VP2C
tham gia vào tổng hợp ARN.
- VP3 tiến hành tự cắt thành VP3A, VP3B (VPg), VP3C (protease dùng
phân cắt hầu hết các protein) và VP3D (ARN polymerase làm nhiệm vụ kéo dài
chuỗi ARN mới tổng hợp trên khuôn ARN). Sợi (-) được tổng hợp trên khuôn sợi
(+). Đầu sợi (+) được uốn lại thành hình kẹp tóc để làm mỗi cho tổng hợp sợi (-).
Kết quả là tạo ra một phân tử “đúp”, có chiều dài gấp đôi genome.




12
VP9 ARN vi rút Poly A
5‟ 3‟
Dịch mã

Polyprotein
Phân cắt

VP1 VP2 VP3

VP0 VP1 VP3 Protease, VP9, ARNpolymerase


VP2 VP4
Hình 1.5. Sơ đồ sinh tổng hợp protein của vi rút polio [12]

Để lắp ráp, trước hết cần phân cắt VP1 tạo thành một protome (đơn phân
gốc) 5S chưa hoàn thiện chứa VP0, VP1 và VP3. Các protome này sẽ liên kết với
một genome ARN để tạo thành tiền virion. Trong quá trình hoàn thiện, phần lớn
hoặc tất cả các phân tử VP0 đều bị phân cắt sẽ tạo thành VP2 và VP4. Sau lắp
ráp, virion trưởng thành ra khỏi tế bào nhờ tan bào.
1.1.4 Vi rút họ Coronaviridae
Coronaviridae là một họ virus ARN sợi dương, có màng bao bọc.
Coronavirus được truyền qua đường miệng, phân,hoặc bằng các giọt khí dung
tiết ra từ đường hô hấp. Coronavirus gây bệnh cho một loạt các động vật có vú và
các loài chim trên toàn thế giới. Mặc dù hầu hết các bệnh đều nhẹ, có liên quan
đến các bệnh thần kinh, gan, tiêu hóa và hô hấp trên động vật, tuy nhiên chúng có



13
thể gây ra bệnh nghiêm trọng hơn ở người, chẳng hạn như hội chứng viêm đường
hô hấp cấp tính nguy hiểm (SARS). Hệ gen của vi rút có chiều dài 26-32 kb [13]
1.1.4.1 Hình thái và cấu trúc phân tử
Vi rút có cấu trúc đa hình thái, đường kính 75 – 160nm, có nucleocapsit
xoắn được bao bởi vỏ ngoài lipid kép. Trên bề vỏ ngoài nhô ra các gai
glycoprotein có dạng đặc trưng hình dùi cui gọi là peplome dài 12-24nm.
Genom của vi rút corona dài khoảng 26-32kb. Đầu 3‟ gắn đuôi poly A. Các
protein liên quan đến virion bao gồm:
Protein S cấu tạo nên các gai peplome bề mặt vỏ ngoài. Đây là kháng
nguyên khích thích tạo kháng thể trung hòa.
Protein M tạo màng trung gian nằm giữa capsit và vỏ ngoài. Từ màng này
mọc ra các peplome.
Protein N gắn với các genom tao nucleocapsit. Protein N ít thay đổi, trong
khi protein S thường thay đổi, dẫn đến sự thay đổi của kháng nguyên vi rút.
Họ coronaviridae gồm 2 chi là Coronavirus và Torovirus. Có rất ít bằng

chứng về khả năng gây bệnh cho người của chi Torovirus, do vậy chi này ít được
quan tâm.
Các thành viên của Coronavirus bao gồm :
- Vi rút corona gây bệnh cho người - HCV (human corona virus) và năm
2003 đã phát hiện thêm vi rút corona gây hội chứng viêm đường hô hấp cấp
- SARS
- Các vi rút corona khác gây bệnh cho gà (viêm phế quản), chuột (viêm gan,
dạ dày, viêm não), lợn (viêm ruột - dạ dày, viêm não), chó, gà tây, gia cầm,
ngựa (sưng tuyến nước bọt) và mèo (viêm phúc mạc).
1.1.4.2 Quá trình nhân lên
Vi rút corona bám vào thụ thể của tế bào đích nhờ protein S. Sau khi xâm
nhập vào tế bào, chúng dịch mã tạo thành ARN – polymeraza phụ thuộc ARN.



14
Enzyme này tiến hành phiên mã để tạo sợ ARN âm rồi sợi này lại được dùng làm
khuôn để tạo genom ARN dương và mARN. mARN tiến hành dịch mã để tạo
protein cấu trúc (capsit). Quá trình nhân lên xảy ra trong tế bào chất. Sau khi lắp
ráp vi rút nảy chồi từ bộ máy Golgi chứ không phải từ màng tế bào chất. Các
protein M đã được gắn sẵn vào màng của bộ máy Golgi. Khi vi rút chui ra được
bọc bởi protein M và nằm trong bào nang. Bào nang vận chuyển đến tế bào chất
rồi tiến hành dung hợp sau đó được đẩy ra ngoài [13].
Các tế bào nhiễm vi rút có thể bị phân giải nhưng chúng có thể dung hợp với
nhau dưới dạng hợp bào. Trong thể hợp bào, vi rút có khả năng tồn tại lâu. Nhiệt
độ thích hợp cho quá trình nhân lên của vi rút là 33
o
C, tương đương với nhiệt độ
môi trường sống ở đường hô hấp trên.

15

Hình 1.6. Quá trình nhân lên ở vi rút corona
1.2. SỰ LƢU HÀNH CỦA VI RÚT GÂY BỆNH VIÊM ĐƢỜNG HÔ HẤP
CẤP
1.2.1 Trên thế giới
Các tác nhân gây bệnh VĐHHC trên thế giới vừa có tính lưu hành địa
phương vừa có thể gây thành dịch, nhất là dịch vi rút cúm A đã lan rộng đến nhiều
nước trên thế giới và trở thành đại dịch. Hội chứng này có thể xuất hiện quanh năm
ở vùng ôn đới nhưng tần số mắc cao vào mùa thu, mùa đông và mùa xuân, nhất là
vào thời gian mà thời tiết lạnh và ẩm. Bệnh VĐHHC phát triển mạnh ở nơi mật độ



16
dân số cao. Ở vùng nhiệt đới, bệnh VĐHHC xảy ra nhiều hơn vào lúc thời tiết ẩm
ướt và lạnh. Trong cộng đồng dân cư rộng lớn, một số bệnh do vi rút đường hô hấp
thường xảy ra không có tính theo mùa và có thể gây ra các vụ dịch lớn như vi rút
adeno, vi rút hợp bào Tỷ lệ mắc hàng năm cao, đặc biệt ở trẻ em và lứa tuổi thiếu
niên [1, 11].
Trong thế kỷ XX đã ghi nhận nhiều đại dịch cúm với số mắc và số tử vong
cao. Đại dịch cúm Tây Ban Nha năm 1918-1919 do vi rút cúm A phân típ H1N1
gây nên ước tính có khoảng 20 triệu người tử vong [59, 68, 75]. Dịch cúm Châu Á
năm 1957-1958 có nguồn gốc Singapore do vi rút cúm A phân típ H2N2 gây nên
với khoảng 69.800 trường hợp tử vong, trong đó lứa tuổi từ 5-19 tuổi chiếm hơn
50% [59,62,74]. Đặc biệt, trong những năm gần đây, năm 1997 xuất hiện cúm A
phân típ H5N1 tại Hồng Kông lây từ gia cầm sang người và gây tử vong 6/18
trường hợp mắc. Hồng Kông đã phải thiêu hủy hơn 2 triệu con gà, gây một tổn thất

kinh tế lớn. Cuối tháng 12 năm 2003 và những tháng đầu năm 2004, dịch cúm gia
cầm đã gây thiệt hại lớn về kinh tế cho các nước Châu Á, trong đó Việt Nam và
Thái Lan là 2 nước có cúm gia cầm lây truyền sang người gây tử vong 26 trường
hợp [38].
Đại dịch cúm năm 2009 do tác nhân là vi rút cúm A/H1N1 là vi rút cúm
hoàn toàn mới được tích hợp gen từ vi rtus cúm lợn (H1N1; H3N2), vi rút cúm
gia cầm (H5N1), vi rút cúm người (H3N2) lần đầu tiên được xác định vào tháng
3 năm 2009 tại Mexico. Trong thời gian ngắn, vi rút cúm A/H1N1pdm/2009 đã
lây truyền trên phạm vi toàn cầu. Ngày 11 tháng 6 năm 2009, Tổ chức Y tế Thế
giới (WHO) đã chính thức công bố đại dịch cúm toàn cầu, và tại thời điểm đó vi
rút đã ghi nhận tại 74 quốc gia, 28.774 người và 144 trường hợp tử vong[64].
Vi rút a
́
cu
́
m phân típ 1- 3 gây bệnh đường hô hấp trên, gặp ở mọi lứa tuổi,
tuy nhiên trẻ em có xu hướng cảm nhiễm nhiều hơn. Vi rút này xuất hiện nhiều
nơi khác trên toa
̀
n thế giơ
́
i, lây truyền qua đươ
̀
ng hô h ấp và lan truyền ở tập thê .
Vi rút a
́
cu
́
m là căn nguyên của 1/3 số nhiê
̃

m khuâ
̉
n đươ
̀
ng hô hấp va
̀
1/2 số
trường hợp nhiê
̃
m bê
̣
nh được xác định ở trẻ em trươ
́
c tuô
̉
i đi ho
̣
c (<6 tuổi) [53].
Vi rút á cúm típ 1 và típ 2 thươ
̀
ng liên quan đến viêm hầu ho
̣
ng -khí-phế qua
̉
n



17
(bê

̣
nh ba
̣
ch hầu thanh qua
̉
n), bé trai có xu hướng cảm nhiễm nhiều hơn bé ga
́
i. Vi
rút á cúm típ 3 thươ
̀
ng gây nhiê
̃
m bê
̣
nh đươ
̀
ng hô hấp dươ
́
i như là viêm tiểu phế
quản và viêm phổi . Vi rút á cúm típ 4 thường lưu hành ở Châu Phi và gây bệnh
nhẹ đường hô hấp trên [13].
Vi rút hợp bào đường hô hấp (Respiratory Syncytial Virus-RSV) là một
trong những căn nguyên gây bệnh viêm đường hô hấp chủ yếu ở trẻ nhỏ. Dịch
thường xảy ra vào mùa đông và mùa xuân. RSV phân bố khắp nơi và có những
yếu tố dịch tễ riêng, hàng năm có thể bùng phát thành dịch và kéo dài khoảng 5
tháng, từ tháng 12 đến tháng 4, đỉnh dịch thường vào tháng 1 hoặc tháng 2 [29,
30, 50]. Ở Anh, nhiễm RSV thường xảy ra từ tháng giêng đến tháng ba và nó có
thể thay đổi từ năm này qua năm khác. Ở Mỹ, RSV xuất hiện vào mùa đông và
kéo dài tới mùa xuân [29]. Ở Washington DC, số trẻ em nhập viện có triệu chứng
giống RSV, viêm đường hô hấp dưới cao hơn 2,7 lần. Dịch lớn có thể dao động

và thay đổi từng năm. Mặc dù mùa mắc RSV có thể tiên đoán được hàng năm
nhưng tính khắc nghiệt của vụ dịch lại thay đổi.
Trẻ em thường mắc vi rút này trong vòng 3 năm đầu của cuộc đời. Một
nghiên cứu ở Houston, 69% trẻ sơ sinh bị nhiễm vi rút RSV trong năm đầu tiên,
83% nhiễm trong năm thứ hai. Các năm tiếp theo (3-4 tuổi) các trường hợp
nhiễm bệnh vẫn tiếp tục được ghi nhân do đó khả năng tái nhiễm của trẻ nhỏ là
có thể.
1.2.2 Tại Việt Nam
Việt Nam là nước đang phát triển, với dân số trên 80 triệu người, có khí hậu
nhiệt đới (miền Nam) và bán nhiệt đới (miền Bắc), duy trì kiều hình nóng, ẩm,
mưa nhiều nên bệnh VĐHHC có thể phát hiện quanh năm, nhưng có xu hướng
tăng ở những tháng giao mùa. Bệnh VĐHHC thường gọi là bệnh cảm cúm xảy ra
trên khắp đất nước với tỷ lệ mắc trung bình 5 năm cuối năm của thập kỷ 90 được
ghi nhận là 1.627,2/100.000 dân, xếp thứ nhất trong số 10 bệnh truyền nhiễm có
tỷ lệ mắc cao nhất ở Việt Nam [11]. Tuy nhiên, tỷ lệ mắc khác nhau theo phân
vùng địa lý và khí hậu. Miền Bắc và Tây Nguyên có nhiều vùng núi cao, khí hậu
4 mùa nên hội chứng VĐHHC phát triển nhiều trong các mùa thu, mùa đông và



18
mùa xuân với tỷ lệ mắc trung bình 5 năm cuối của thập kỷ 90 là 2.298,6/100.000
dân ở miền Bắc và 3.160/100.000 dân ở Tây Nguyên. Tỷ lệ này thấp hơn ở miền
Trung và miền Nam nơi duy trì khí hậu nhiệt đới với hai mùa khô và mùa mưa
trong năm. Tại hai khu vực này bệnh VĐHHC thường phát triển vào mùa mưa
với thời tiết lạnh và ẩm. Tại Việt Nam, một số vụ dịch do căn nguyên vi rút cúm,
vi rút á cúm, vi rút adeno… đã được ghi nhận ở nhiều địa phương [10]. Dịch cúm
A/H2N2 lan rộng ra hầu hết các tỉnh thuộc miền Bắc Việt Nam trong những năm
1957-1958 tương tự năm 1968-1969 dịch cúm A/H3N2 tiếp tục được ghi nhận.
Ngoài ra, năm 2004 vi rút cúm A/H5N1 đã lây từ gia cầm sang người với 22

trường hợp mắc, trong đó 15 trường hợp tử vong được xác định, vi rút cúm
A/H5N1 tiếp tục lưu hành trong quần thể gia cầm nuôi và tuyền bệnh sang một
số người trong những năm tiếp theo[38].
Sự lây truyền của vi rút cúm A/H1N1pdm/09 đã ảnh hưởng tới Việt nam,
trường hợp nhiễm vi rút đầu tiên được xác định vào ngày 31/5/2009 tại thành
phố Hồ chí Minh, và nhanh chóng vi rút cúm A/H1N1pdm/09 đã lây truyền
trong cộng đồng ( 10/7/2009. Theo báo cáo của Bộ Y tế Việt Nam, tính đến ngày
30 tháng 9 năm 2009, Việt Nam có 9.868 trường hợp mắc cúm A/H1N1-pdm/09,
trong đó có 22 ca tử vong.
Trong những năm gần đây, đã có nhiều công trình nghiên cứu về căn
nguyên gây VĐHHC ở các vùng miền khác nhau trong cả nước. Nghiên cứu của
GS. TS. Huỳnh Phương Liên và cộng sự về các chủng vi rút cúm và các vi rút
gây VĐHHC ở Hà Nội năm 2001 chủ yếu là vi rút cúm B (74%), sau đó là vi rút
cúm A/H1N1 (20,78%), các vi rút gây VĐHHC khác như vi rút họ Picorna
(51,28%) và RSV phân típ B là 10,26%[9]. Một nghiên cứu khác ở Tây Nguyên
năm 2003 đã cho thấy 13,9% là chủng vi rút cúm A/H3N2, xuất hiện gần như
quanh năm và cao nhất vào tháng 9. Ngoài ra, các vi rút gây VĐHHC khác như
vi rút hợp bào đường hô hấp (RSV), hMPV và các vi rút đường ruột (họ
Picorna) cũng là căn nguyên gây viêm đường hô hấp ở Tây Nguyên (18,2%) [5].
Nhóm nghiên cứu gần đây nhất về vi rút gây bệnh VĐHHC ở trẻ em miền Trung



19
Việt Nam năm 2007 đã cho thấy căn nguyên chính là vi rút rhino (28%), RSV
(23%), vi rút cúm (15%), hMPV (4,5%), vi rút á cúm (5% )[84].
Tại Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương, tác giả Ngô Hương Giang và cộng sự
cũng đã xác định có 9 tác nhân vi rút gây VĐHHC của các bệnh nhân tại miền
bắc Việt Nam trong giai đoạn 2007-2009. Kết quả nghiên cứu cho thấy vi rút
thuộc họ Picorna là tác nhân gây bệnh có tỷ lệ cao nhât (36.18%), vi rút cúm

A/H3N2 cũng là tác nhân của 30,92% các trường hợp nhiễm bệnh, sau đó là vi
rút cúm A/H5N1 chiếm 11,18%, RSV 8,55%, A/H1N1 (7,24%), vi rút cúm B
(1,97%), hMPV (1,97%), vi rút á cúm típ 3 (1,32%), vi rút rhino (0,66%).
Việt Nam là nước đang phát triển, ngân sách chi cho chăm sóc sức khỏe ban
đầu còn rất hạn hẹp. Vì vậy, cùng với tiêu chảy và suy dinh dưỡng, viêm đường
hô hấp cấp hiện đang có tỷ lệ mắc và tử vong cao, đứng đầu trong các bệnh
nhiễm trùng cấp tính [66, 71].
1.3 ĐẶC ĐIỂM LÂM SÀNG
Tùy theo vị trí của hô hấp bị tổn thương mà có các hội chứng lâm sàng khác
nhau.
- Hội chứng viêm đường hô hấp trên: có các biểu hiện sốt, ho, sổ mũi và
đau họng…
- Hội chứng viêm đường hô hấp giữa: Viêm thanh quản, viêm thanh khí-phế
quản: sốt, ho khan, giọng khàn, phổi có thể có ra ngáy nhẹ khi thăm khám lâm sàng.
- Hội chứng viêm nhiễm đường hô hấp dưới: viêm phổi, viêm các tiểu phế
quản… Biểu hiện lâm sàng: sốt, ho, khó thở. Cận lâm sàng: XQ có biểu hiện
viêm phổi kẽ, viêm phế quản, viêm phôi lan tỏa, bạch cầu giảm…
1.4 DỰ PHÒNG VÀ ĐIỀU TRỊ
Hiện nay, trong các bệnh do vi rút hô hấp gây nên mới chỉ có vi rút cúm là
có vắc xin phòng bệnh.





20
1.4.1 Dự phòng
1.4.1.1 Vi rút cúm
a, Vắc xin cúm mùa (A/H3N2, A/H1N1pdm/09 đại dịch và B)
- Gây miễn dịch được coi là biện pháp hữu hiệu để phòng cả vi rút cúm A

và B. Tuy nhiên do vi rút cúm thay đổi liên tục và hiệu lực của vắc xin phụ thuộc
vào sự tương đồng giữa chủng sản xuất vắc xin và chủng vi rút cúm đang lưu
hành.
- Việc tiêm vắc xin được ưu tiên cho ba nhóm đối tượng:
+ Nhóm đối tượng có nguy cơ cao: người già, người tàn tật, người mắc bệnh
mãn tính về tim, phổi, thận
+ Nhóm tiếp xúc với các tác nhân gây nhiễm: nhân viên phòng thí
nghiệm…
+ Nhóm người làm việc tại các dịch vụ công cộng: cảnh sát…
- Vắc xin cúm hiện tại có nhiều loại khác nhau bao gồm vắc xin bất hoạt
(inactivated vaccine), vắc xin sống giảm độc lực (live attenuated influenza virus-
LAIV) và vắc xin sống bất hoạt bằng công nghệ di truyền ngược (reassortment
vaccine).
- Vắc xin cúm mùa đang dùng phổ biến là vắc xin sống bất hoạt, đa giá.
Hiện nay do vi rút cúm A/H1N1 ít lưu hành, tổ chức Y tế Thế giới khuyến cáo sử
dụng vắc xin gồm 3 chủng vi rút cúm đối với khu vực Bắc bán cầu (Việt Nam)
mùa cúm 2012 bao gồm:
Vi rút cúm đại dịch A/H1N1/09: A/California/7/2009 (H1N1)pdm09
Vi rút cúm A/H3N2: A/Perth/16/2009 (H3N2)
Vi rút cúm B: B/Brisbane/60/2008 [69]
b, Vắc xin cúm A/H5N1
Hiện nay, vắc xin phòng bệnh cúm A/H5N1 cho người vẫn đang được một
số nước trên thế giới và Việt Nam nghiên cứu, sản xuất ở quy mô phòng thí