ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI
TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN
Trần Thị Hòa
NGHIÊN CỨU ỨNG DỤNG KỸ THUẬT POLYMERASE
CHAIN REACTION TRONG CHẨN ĐOÁN VIÊM ÂM
ĐẠO - CỔ TỬ CUNG DO Chlammydia trachomatis TẠI
BỆNH VIỆN ĐẠI HỌC Y THÁI BÌNH
Chuyên ngành: Sinh học thực nghiệm
Mã số: 60 42 30
LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC
NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: GS.TS LƯƠNG XUÂN HIẾN
Hà Nội, Năm 2011
54
MỤC LỤC
MỞ ĐẦU 1
CHƢƠNG 1: TỔNG QUAN 3
Chlamydia trachomatis. 3
Chlamydia trachomatis 6
1. 6
me (enzyme immunoassays EIAs) 7
- DFA) 8
acid nucleic (nucleic acid amplification tests NAATs). 8
Chlamydia trachomatis 10
10
1.3 18
CHƢƠNG 2: ĐỐI TƢỢNG VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 23
2.1. 23
2.1.1.
23
23
23
2.2.
23
2.2.1.
23
2.2.2. 24
24
24
25
25
29
30
2.2.2.7.
Chlamydia trachomatis ,
31
2.2.2.8.
,
31
2.2.3.
32
55
CHƢƠNG 3: KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN 33
3.1.
Chlamydia trachomatis 33
2
33
35
37
40
43
44
3.4. 44
KẾT LUẬN 49
TÀI LIỆU THAM KHẢO 50
56
DANH MỤC BẢNG BIỂU, HÌNH VẼ
Hình 1.1. Cấu trúc hệ gen của vi khuẩn Chlamydia trachomatis…………………… 3
Hình 1.2. Chu kỳ vòng đời của vi khuẩn C.trachomatis……………………………… 4
Hình 1.3. Tỷ lệ nhiễm C.trachomatis ở một số nƣớc Châu Âu……………………10
Hình 3.1. Ảnh điện di kết quả tối ƣu nồng độ MgCl2 với cặp mồi KL1/KL2…….34
Hình 3.2. Ảnh điện di kết quả tối ƣu nồng độ MgCl2 với cặp mồi KL5/KL6…….35
Hình 3.3. Ảnh điện di kết quả tối ƣu nồng độ mồi
KL5/KL6…………………… 36
Hình 3.4. Ảnh điện di kết quả tối ƣu nồng độ mồi
KL1/KL2…………………… 36
Hình 3.5. Ảnh diện di kết quả tối ƣu nhiệt độ gắn mồi KL1/KL2……………… 38
Hình 3.6. Ảnh diện di kết quả tối ƣu nhiệt độ gắn mồi KL5/KL6……………… 38
Hình 3.7. Ảnh diện di kết quả tối ƣu thời gian gắn mồi KL5/KL6……………….39
Hình 3.8. Ảnh diện di kết quả tối ƣu thời gian gắn mồi KL1/KL2…………….….40
Hình 3.9. Ảnh diện di kết quả tối ƣu chu kỳ phản ứng……………………………40
Hình 3.10. Ảnh diện di độ nhạy phản ứng PCR hai lần trên vi khuẩn C. trachomatis……43
Hình 3.11. Kết quả xét nghiệm trên mẫu bệnh phẩm………………………… …45
Bảng 3.1. Thành phần phản ứng PCR lần thứ nhất…………………………… …41
Bảng 3.2. Chu trình nhiệt của phản ứng PCR lần thứ nhất…………………….….42
Bảng 3.3. Thành phần phản ứng PCR lần 2…………………………………….…42
Bảng 3.4. Chu trình nhiệt của phản ứng PCR lần 2……………………………….43
Bảng 3.5. Kết quả xét nghiệm C.trachomatis…………………………………….45
Bảng 3.6. Tỷ lệ nhiễm C.trachomatis theo độ tuổi……………………………… 46
Bảng 3.7. Tỷ lệ nhiễm C.trachomatis theo khu vực……………………………….47
58
BẢNG CHỮ VIẾT TẮT
C. trachomatis
Chlamydia trachomatis
DFA
Direct Fluorescent Antibody
EIAs
Enzyme Immuno Assays
LPS
Lipopolysaccharide
MOMP
Major Outer Membrane Protein
NAATs
Nucleic Acid Amplication Tests
PCR
Polymerase Chain Reaction
TPHA
Treponema Pallidum Hemagglutination Assay
1
MỞ ĐẦU
V
sinh Chlamydia trachomatis
Chlamydia trachomatis ,
Chlamydia trachomatis [34]Chlamydia trachomatis hay
.
-Chlamydia trachomatis
-2005 [15, 18].
Chlamydia
trachomatis
Chlamydia
trachomatisChlamydia trachomatis
[2,9].
Chlamydia trachomatis
- Chlamydia trachomatis. Tuy
.
K NAATs)
Polymerase Chain
Reaction PCR)
2
. Chlamydia trachomatis
.
c Nghiên cư
́
u ư
́
ng
dụng kỹ thuật PCR trong chẩn đoán viêm âm đạo, cổ tử cung do Chlamydia
trachomatis tại Bệnh viện Đại học Y Thái Bình
-
.
- X
t
g.
3
Chƣơng 1: TỔNG QUAN
1.1. Vi khuẩn Chlamydia trachomatis.
Chlamydia trachomatis chi Chlamydia Chlamydiaceae
ChlamydiaeChlamydiaeBacteria [2, 9].
, l
lipopolisaccharide
Chlamydia trachomatis .042.519 nucleotide
.1. Chlamydia trachomatis
( Theo Deborah Dean et al., (2009) Predicting Phenotype and Emerging Strains
among Chlamydia trachomatis Infections, CDC Home Vol. 15.(9))
Chlamydia trachomatis (C.trachomatis)
.
(Open Reading Frame)
4
C.trachomatis.
C.trachomatis 5 hu
T -t A,
D, E, F, G, H, I,
[2,9].
C.trachomatis -
[34]. C.trachomatis .
- (Elementary Body- EB)
m
- (Reticulate Body- RB): Sau kC.trachomatis
m),
-3
exocytosis).
-1000
1.2. C.trachomatis (theo Yvonne Pannekoek).
5
VC.trachomatis
h
C.trachomatis.
C.trachomatis
(D,
.
T C.trachomatis
.
Ở phụ nữ
[3] C.trachomatis
C.trachomatis
C.trachomatis
.
C.trachomatis
. C.trachomatis :
- Tắc vòi trứng ở phụ nữ
do
C.trachomatis.
- Chửa ngoài tử cung: do C.trachomatis
P
thai 9%
C.trachomatis .
6
- Viêm vùng chậu: C.trachomatis
. , n
C.trachomatis
- C.trachomatis (Human papilloma virus)
.
Ở nam giới
C.trachomatis
.
.
C.trachomatis
C.trachomatis
C.trachomatis
trong .
1.2. Các xét nghiệm chẩn đoán vi khuẩn Chlamydia trachomatis [32]
1.2.1. Nuôi cấy
C.trachomatis vi
C.trachomatis
k
cC229.
-
nhau
-
)
0
C- 5% CO2i
7
C.trachomatis
lipopolysaccharide (LPS)
(major outer membrane protein- MOMP).
,
.
(70- acid (nucleic acid amplification tests
NAATs) [32].
1.2.2. Kỹ thuật miễn dịch gắn enzyme (enzyme immunoassays– EIAs)
C.trachomatis
-
ng quang
, C.trachomatis
C.trachomatis
e
C.trachomatis.
e
,
5%) [32].
8
1.2.3. Kỹ thuật kháng thể huỳnh quang trực tiếp (direct fluorescent antibody- DFA)
MOMP.
lam
,
C.trachomatisC.trachomatis
C.trachomatis
X
.
C.trachomatis
,
NAATs [32].
1.2.4. Kỹ thuật khuếch đại nucleic acid (nucleic acid amplification tests– NAATs).
NAATs
NAATs
,
(trong 1
(Polymerase Chain Reaction PCR)
C.trachomatis [21]. N
C.trachomatis
9
C.
trachomatis. (1985)
[23], ethidi
%.
Nested PCR
khu
-
do
Theo (2002) [22], x
10 (EB)
C.trachomatis , cho
.
DNA C.trachomatis. C
PCR 2
DNA C.trachomatis. Enzym Taq polymerase
DNA e DNA ch
DNA
dSau ,
agarose 1%,
e
.
C.trachomatis
),
.
10
,
[13, 17].
uracil- N-
1.3. Các nghiên cứu về Chlamydia trachomatis trên thế giới và trong nƣớc
1.3
1.3. hlamydia
Theo ECDC [15], C.trachomatis
()
trong .
[20]
100.000
11
Ng
()
l C.trachomatis
et al.
C.trachomatis
et al.
- 16 20
C.trachomatis
(Smith et al.
C.trachomatis
m C.trachomatis
3.5% (5/145). C.trachomatis .
DFAC.trachomatis . et
al.
PCR.
12
vi khu
12.C.trachomatis .2%.
C.trachomatis dao
. C.
trachomatis 6%
[15].
James B. Mahony (1992) C.trachomatis
[18]
C.trachomatis .
C.trachomatis. trong
, PubMed
5.1%. cao qu
(7.9%) (6.8%), (6.7%), 15-
19 (6.1%) 20-24 (6.5%). C.trachomatis cao
.
C.trachomatis b
[27]. 63.000 C.trachomatis con
.
C.trachomatis Canada % m 1997. Tuy ,
(40%
70% ) n.
trong C.trachomatis, hai ba
.
C.trachomatis cao , nhanh
. 59 129.5
trong khi , 263
100.000. do vi
C.trachomatis . s
. thanh
13
C.trachomatis ,
ra 15 24 trong . Trong
2004, 19 847 100.000.
1.087 trong 20-24.
C.trachomatis cao, 8
. Nunavut C.trachomatis (2.520
) [27].
nested multiplex
HO1, HO3, Chlam5/Chlam3, KL1/ Gon 5/Gon 3
C.trachomatis trong
[19]. 3
tham gia. 15-20
-
(Sigma
2 1.
C Eppendorf)
C.trachomatis.
1
agarose 2%, PCR .2
mM dNTP; 3 mM MgCl2; 0.5 pmol/l HO1, HO3, Chlam5 (5'-
CATTATGT-CGGAGTCTG-AGC- ), Chlam3 (5'-GGATGACTCAAGGAATAGT-
CG- 3), 1 l Internal Amplification Control (IAC), 0.4 pmol/l IAC (5'-
TGTTTGACAGCTTATCAT), 5 l .5
ion l /15s, 60/30s, 72/
.2 mM dNTP; 2 mM MgCl2; 0.5 pmol/l
KL2, Gon5 (5'-GTTCT-TGACGCTCC-ATATCG- -ACGAGGCAT-
TGAAGCAAAGC- ); 0.4 pmol/l IAC; 1 l .5 U Taq
l 94/15s, 58.5/30s,72/30s,
14
C.trachomatis
C.trachomatis . multiplex PCR
C.trachomatis (20.9%) .
Farhad B. Hashemi, Babak Pourakbari [16]
-
k Tehran,
-20
-20
r /3. /30s, 52/30s,
72 g 25 mmol/l Tris,
pH 8,3; 50 mmol/l KCl; 2.5 mmol/l MgCl2 .1% gelatin); 0.2
dNTP; 2.5 U Taq .5 mol/l -
AACCGTTTTTAATAGTGGCA- -TTCTGGCCAAGAATTATCC-
C.trachomatis 17%
(
) C.trachomatis -
[20],
C.trachomatis cao
C.trachomatis.
15
Achchhe L Patel [11]
C.trachomatis
Roche Amplicor test, DFA Trong (2003
C.trachomatis 30.0%.
Surat, b PACE2 test)
8.5%, Ahmedabad,
C.trachomatis
Azerbaijan 3.1% Bangladesh 3.4%.
Manila 23.3%, Cebu, Philippines 37.0% 14.0% Nicaragoa [11] .
() [12]
ELISA C.trachomatis
C.trachomatis
58 -
..8
.
..4
C.trachomatis
C.trachomatis M
d -
5
C.trachomatis
Chlamydia. cho
C.trachomatis
16
C.trachomatis
C.trachomatis
-TCCGGAGCGAGTACGAAGA-) v
KL2 (5-AATCAATGCCCGGGATT GGT-3).
25
mM MgCl2, 0.28 mM dNTP, 16 pmol U Taq
polymerase.
/ , .
. C.trachomatis
..9%
C.trachomatis .. [12].
Theo CDC
C.trachomatis
C.trachomatis
[15]
C.trachomatis
C.trachomatis
t.8 ca ;
. [18].
C.trachomatis
ao
17
agaro
C.trachomatis.
[22],
C.trachomatis v
mM Tris (pH 9,0),
50 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 5 -
TTGCCTTAACCCCACCATT--CGTCCTTCCTAAAAGAG-CTA-
1.25 U Taq
KL1 (5-TCCGGAGCGAG-
TTACTAAGA- -ATCAATGCCCGGGATTGGT-
C.trachomatis
(EB)
.5
theo
C.trachomatis ,
18
C.trachomatis trong ,
1.3.2. Các nghiên cứu trong nước
C.trachomatis .
.
Nam [29].
39.
N.gonorrhoea
C.trachomatis
C.trachomatis 2.5%.
-1996 [24].
N.gonorrhoeae
C.trachomatis
.4% cho giang mai, 3..8% cho
C.trachomatis, 5.V.
19
- h [3].
l
danh
.
C.trachomatis
C.trachomatis
C.trachomatis
C.trachomatis .07%.
C.trachomatis .5%
[8].
-
s
[25]
N.gonorrhoea, Smart Check Chlamydia cho
C.trachomatis 0.2%, C.trachomatis 0.6%,
-
[26]5
C.trachomatis
C.trachomatis,
C.trachomatis Lai Chu 2.0%, 1.0%, 27.3%; QuTr 1.0%, 12.9%, 32.7%;
4.7%, 11.4%, 16.0%; An Giang 7.0%, 10.7%, 11.3% 4.0%,
13.4%, 24.4%.
20
[29]C.trachomatis
.5-5%
. Trong
C.trachomatis ..8%.
[29]
N.gonorrhoea C.trachomatis
C.trachomatis/C.trachomatis .9%, 48.4%, 54.9%.
C.trachomatis
C.trachomatis
. C.trachomatis
[1]
C.trachomatis.
NC.trachomatis
.
20 [31]
C.trachomatis
C.trachomatis
C.trachomatis
.
C.trachomatis