Chẩn đoán vi khuẩn tả ở người đến xét nghiệm tại bệnh viện quân y 103 năm 2013 bằng kỹ thuật PCR

Luận văn thạc sĩ khoa học

Trương Thị Lan Hương

LỜI CẢM ƠN
Tôi xin chân thành cảm ơn PGS. TS. Kiều Chí Thành và PGS.TS Phạm Văn Ty
những người đã trực tiếp hướng dẫn về khoa học và tận tình giúp đỡ tôi trong suốt quá
trình tôi nghiên cứu, hoàn thành đề tài.
Tôi xin chân thành cảm ơn các anh chị cán khoa Kiểm soát nhiễm khuẩn – Bệnh
viên Quân y 103 đã nhiệt tình giúp đỡ, chỉ bảo và chia sẻ với tôi trong thời gian thực tập.
Nhân dịp này, tôi cũng xin được bày tỏ lòng biết ơn tới Ban Giám hiệu Trường Đại
học Khoa học Tự nhiên - ĐHQGHN, Ban Chủ nhiệm khoa Sinh học, và các thầy giáo, cô
giáo Bộ môn Vi sinh vật học đã động viên, chỉ dẫn, đóng góp ý kiến và tạo những điều
kiện thuận lợi để tôi hoàn thành luận văn.
Cuối cùng, tôi xin cảm ơn gia đình, người thân và bạn bè đã động viên, giúp đỡ tôi
trong suốt quá trình tôi thực hiện đề tài.
Hà Nội tháng 12-2014.

Học viên: Trƣơng Thị Lan Hƣơng

Chuyên ngành Vi sinh vật học

Khóa 2011-2013


Luận văn thạc sĩ khoa học

Trương Thị Lan Hương

MỤC LỤC
LỜI CẢM ƠN
MỤC LỤC
DANH MỤC BẢNG BIỂU
DANH MỤC HÌNH VẼ
DANH MỤC VIẾT TẮT

MỞ ĐẦU .............................................................................................................................. 1
1.Lí do chọn đề tài ................................................................................................................ 1
2. Mục đích nghiên cứu ........................................................................................................ 1
3. Nội dung nghiên cứu ........................................................................................................ 2
Chƣơng 1: TỔNG QUAN VỀ TÀI LIỆU ....................... Error! Bookmark not defined.
1.1. Tình hình bệnh tả .................................................... Error! Bookmark not defined.
1.1.1. Tình hình bệnh tả trên thế giới ............................. Error! Bookmark not defined.
1.2. Vi khuẩn tả .............................................................. Error! Bookmark not defined.
1.2.1. Đặc điểm hình thái ............................................ Error! Bookmark not defined.
1.2.2. Phân loại ............................................................ Error! Bookmark not defined.
1.2.3. Kháng nguyên và cấu trúc lớp vỏ vi khuẩn....... Error! Bookmark not defined.
1.2.4. Độc tố của vi khuẩn tả ....................................... Error! Bookmark not defined.
1.2.5. Khả năng gây bệnh ............................................ Error! Bookmark not defined.
1.2.6. Diễn biến bệnh .................................................. Error! Bookmark not defined.
1.2.7. Chẩn đoán.......................................................... Error! Bookmark not defined.
1.2.7.1. Thời kỳ ủ bệnh ................................................ Error! Bookmark not defined.
1.2.7.2. Thời kỳ khởi phát............................................ Error! Bookmark not defined.
1.2.7.3. Thời kỳ toàn phát ........................................... Error! Bookmark not defined.
1.2.8. Một số phương pháp chẩn đoán tả .................... Error! Bookmark not defined.
1.3. Tổng quan về kĩ thuật PCR .................................. Error! Bookmark not defined.
1.3.1. Nguyên tắc của kỹ thuật PCR ........................... Error! Bookmark not defined.
1.3.2. Các giai đoạn của một chu kì phản ứng PCR ... Error! Bookmark not defined.
1.3.3. Các yếu tố ảnh hưởng đến phản ứng PCR ........ Error! Bookmark not defined.

Chuyên ngành Vi sinh vật học

Khóa 2011-2013


Luận văn thạc sĩ khoa học

Trương Thị Lan Hương

1.3.4. Ứng dụng kĩ thuật PCR trong y học .................. Error! Bookmark not defined.
Chƣơng 2: VẬT LIỆU VÀ PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ....Error! Bookmark not
defined.
2.1. Thời gian và địa điểm nghiên cứu ........................... Error! Bookmark not defined.
2.2 Vật liệu nghiên cứu .................................................. Error! Bookmark not defined.
2.2.1. Chủng giống vi sinh vật .................................... Error! Bookmark not defined.
2.2.2. Mồi PCR ............................................................ Error! Bookmark not defined.
2.3. Hóa chất và thiêt bị ................................................. Error! Bookmark not defined.
2.3.1. Hóa chất ............................................................ Error! Bookmark not defined.
2.3.2. Thiết bị .............................................................. Error! Bookmark not defined.
2.3.3. Môi trường nuôi cấy và dung dịch đệm ............ Error! Bookmark not defined.
2.4. Phương pháp nghiên cứu ......................................... Error! Bookmark not defined.
2.4.1. Phương pháp mô tả ........................................... Error! Bookmark not defined.
2.4.1.1. Cỡ mẫu và cách chọn mẫu ............................. Error! Bookmark not defined.
2.4.1.2. Các kỹ thuật lấy mẫu và vận chuyển bệnh phẩm .........Error! Bookmark not
defined.
2.4.2. Phương pháp cấy truyền và giữ giống vi sinh vật ...........Error! Bookmark not
defined.
2.4.3. Thiết kế mồi đặc hiệu cho gen appA và phyC ... Error! Bookmark not defined.
2.4.4. Tách chiết ADN khuôn mẫu bằng KIT QIAGEN ...........Error! Bookmark not
defined.

2.4.5. Phương pháp m-PCR dùng để xác định nhanh serogroup O1, O139 và hai
biotype của V. cholerae serogroup O1 ........................ Error! Bookmark not defined.
2.4.5.1. Phản ứng m-PCR1.......................................... Error! Bookmark not defined.
2.4.5.1. Phản ứng m-PCR2.......................................... Error! Bookmark not defined.
2.4.6. Điện di sản phẩm PCR ...................................... Error! Bookmark not defined.
CHƢƠNG 3: KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN.......................... Error! Bookmark not defined.
3.1. Đặc điểm chung của đối tượng nghiên cứu............. Error! Bookmark not defined.
3.1.1. Phân bố đối tượng nghiên cứu theo giới tính, lứa tuổi ....Error! Bookmark not
defined.
Chuyên ngành Vi sinh vật học

Khóa 2011-2013


Luận văn thạc sĩ khoa học

Trương Thị Lan Hương

3.2. Thiết kế mồi đặc hiệu cho gen mã hóa cholera toxin ctxA, rfbQ, IS1358, tcpA và
rstR. ................................................................................ Error! Bookmark not defined.
3.2.1. Phân tích trình tự gen ctxA, rfbQ, IS1358, tcpA và rstR ..Error! Bookmark not
defined.
3.1.2. Thiết kế mồi nhân gen ctxA, rfbQ, IS1358, tcpA và rstR từ V. Cholerae Error!
Bookmark not defined.
3.3. Khuếch đại gen ctxA, rfb từ V. Cholerae bằng phản ứng m-PCR1................. Error!
Bookmark not defined.
3.4. Khuếch đại gen tcpA, rstR từ V. Cholerae bằng m-PCR2 .Error! Bookmark not
defined.
3.5. So sánh phương pháp chẩn đoán tả bằng kĩ PCR với kĩ thuật chẩn đoán tả bằng
kĩ thuật nuôi cấy kết hợp sử dụng kháng huyết thanh................................................. 63

KẾT LUẬN ........................................................................... Error! Bookmark not defined.
KIẾN NGHỊ .......................................................................... Error! Bookmark not defined.
TÀI LIỆU THAM KHẢO.................................................................................................. 3

Chuyên ngành Vi sinh vật học

Khóa 2011-2013


Luận văn thạc sĩ khoa học

Trương Thị Lan Hương

DANH MỤC BẢNG BIỂU
Bảng 1. Phân lập V. cholerae týp cổ điển và týp El Tor ..................................................... 3.
Bảng 2.1. Các đoạn mồi dùng trong kỹ thuật m-PCR phát hiện gen đặc hiệu của V.
cholerae .............................................................................................................................. 27
Bảng 2. 2. Hỗn hợp phản ứng cho m-PCR1 đa mồi bằng Master-Mix (promega) ............ 32
Bảng 2. 3. Hỗn hợp phản ứng cho m-PCR2 đa mồi bằng Master-Mix (promega) ............ 33
Bảng 3.1. Phân bố đối tượng nghiên cứu theo giới, tuổi .................................................... 35
Bảng 3.2. Tỷ lệ bệnh nhân theo tuổi ................................................................................... 36
Bảng 3.3. Phân bố bệnh nhân dương tính V. cholerae theo giới tính ................................ 37
Bảng 3.4. Danh sách các chủng V. Cholerae đã được nghiên cứu để thiết kế mồi ............ 38
Bảng 3.5. Danh sách các chủng V. cholera O1 đã được sử dụng để thiết kế mồi.............. 40
Bảng 3.6. Danh sách các chủng V. cholera O139 đã được sử dụng để thiết kế mồi.......... 41
Bảng 3.7. Danh sách các chủng V. cholera O1 El Tor đã được sử dụng để thiết kế mồi .. 42
Bảng 3.8. Danh sách các chủng V. cholera O1 đã được nghiên cứu để thiết kế mồi nhân
gen rstR ............................................................................................................................... 44
Bảng 3.9. Ảnh hưởng của các thông số trong chu kỳ nhiệt đến phản ứng PCR khuếch đại
gen ctxA, rfb ........................................................................................................................ 48

Bảng 3.10. Ảnh hưởng của các thông số trong chu kỳ nhiệt đến phản ứng PCR khuếch đại
gen tcpA, rstR từ V. Cholerae bằng m-PCR2 .................................................................... 51

Chuyên ngành Vi sinh vật học

Khóa 2011-2013


Luận văn thạc sĩ khoa học

Trương Thị Lan Hương

DANH MỤC HÌNH VẼ
Hình 1.1. Tình hình bệnh tả tại Việt Nam từ năm 2002 – 2011 .......................................... 7
Hình 1.2. Phân bố ca bệnh tả tại Việt Nam, 2007 – 2011 .................................................... 8
Hình 1.3. Hình thái ngoài vi khuẩn tả V. cholerae .............................................................. 8
Hình 1.4. Biểu đồ khu trú của vi khuẩn trong ruột ............................................................. 13
Hình 1.5. Cơ chế gây bệnh của Vibrio bên trong cơ thể người .......................................... 14
Hình 1. 6. Các bước thực hiện phản ứng PCR một chu kỳ ................................................ 20
Hình 3.1. Biểu đồ phân bố đối tượng nghiên cứu theo giới tính ........................................ 35
Hình 3.2. Biểu đồ đánh giá độ tuổi trong thu thập mẫu ..................................................... 37
Hình 3.3 Kết quả so sánh trình tự nucleotide (đầu 5’ và 3’) của 4 gen mã hóa cholera
toxin có nguồn gốc từ V. cholerae ...................................................................................... 39
Hình 3.4 Trình tự gen ctxA mã hóa cholera toxin từ V. cholerae được sử dụng để thiết kế
mồi . .................................................................................................................................... 39
Hình 3.5 Kết quả so sánh trình tự nucleotide (đầu 5’ và 3’) của 2 gen rfbQ có nguồn gốc
từ V. cholerae O1................................................................................................................ 40
Hình 3.6. Trình tự gen rfbQ từ V. cholerae O1 được sử dụng để thiết kế mồi. ................. 41
Hình 3.7. Kết quả so sánh trình tự nucleotide (đầu 5’ và 3’) của gen IS1358 từ 3 chủng V.
cholera O139 ...................................................................................................................... 41

Hình 3.8. Trình tự gen IS1358 từ V. cholerae O139 được sử dụng để thiết kế mồi .......... 42
Hình 3.9. Kết quả so sánh trình tự nucleotide (đầu 5’ và 3’) của gen tcpA từ 6 chủng V.
cholera O1 biotype El Tor .................................................................................................. 43
Hình 3.10. Trình tự gen tcpA từ V. cholerae O1 được sử dụng để thiết kế mồi. ............... 44
Hình 3.11. Kết quả so sánh trình tự nucleotide (đầu 5’ và 3’) của 6 gen mã hóa toxin
coregulated pilus có nguồn gốc từ V. cholera O1 biotype Classical. ................................ 45
Hình 3.12. Trình tự gen rstR từ V. cholerae O1 được sử dụng để thiết kế mồi]…………46
Hình 3.13. Kết quả điện di sản phẩm m-PCR1 nhân gen ctxA, gen rfb O1 và rfb
O139………….… ........................................................................................................ …..49
Hình 3.14. Kết quả điện di sản phẩm m-PCR2 nhân gen tcpA, rstR từ V. Cholerae ........... 52

Chuyên ngành Vi sinh vật học

Khóa 2011-2013


Luận văn thạc sĩ khoa học

Trương Thị Lan Hương

DANH MỤC CÁC KÍ HIỆU, CÁC CHỮ VIẾT TẮT
Viết tắt

Tên đầy đủ

AOX

Alcohol Oxidase

bp

Base pair

CS

Cộng sự

TCBS

Thiosulfate Citrate Bile Salts Sucrose ( Môi trường
chọn lọc nuôi cấy vi khuẩn tả )

V.cholerae

Vibriocholerae (Vi khuẩn tả )

Kb

Kilo base

KDa

Kilo Dalton

IU

International Unit

PCR

Polymerase Chain Reaction

SDS

Sodium Dodecyl Sulfate

VSV

Vi sinh vật

CT

Cholerae Toxin ( Độc tố tả )

N.A.G

Non Aglutinable Vibrios

NCBI

National Center for Biomedical Informatics

m- PCR

Multiplex Polymerase Chain Reaction

Chuyên ngành Vi sinh vật học

Khóa 2011-2013

Luận văn thạc sĩ khoa học

Trương Thị Lan Hương

MỞ ĐẦU
1. Lí do chọn đề tài
Vibrio cholerae là tác nhân quan trọng nhất gây bệnh dịch tả trên người, đặc biệt
hai serogroup O1, O139 [49], gây chết hàng triệu người mỗi năm trên thế giới [60].
Dịch tiêu chảy cấp đang có chiều hướng gia tăng ở các địa phương ở nhiều địa
phương. Khống chế dịch tả là mục tiêu lớn trong chương trình quốc gia phòng chống
bệnh tiêu chảy của Việt Nam. Với những thành tựu và kinh nghiệm phòng chống dịch tả
trong nhiều năm qua, ngày nay bệnh tả không còn là nỗi khiếp đảm của mỗi người dân,
của các tổ chức chính quyền và xã hội. Các điều kiện chuẩn mực về kiểm soát môi trường
ở nước ta còn lạc hậu. Các vấn đề cung cấp nước, vệ sinh thực phẩm, dinh dưỡng an toàn
và vấn đề xử lý vệ sinh chất thải chưa làm được bao nhiêu, nhiều nơi còn bị buông lỏng
hoặc quên lãng. Bệnh nhân mắc bệnh tả nếu không được phát hiện sớm và điều trị kịp
thời sẽ bị mất nước và chất điện giải dẫn đến tử vong [53].
Bệnh tả lây truyền rất nhanh qua đường tiêu hoá và môi trường (nước, chất nôn,
phân, rác) do vậy việc phát hiện sàng lọc mẫu âm tính nhanh có ý nghĩa hết sức quan
trọng, không những giúp đỡ bệnh nhân có ngay phác đồ điều trị mà còn giúp các nhà dịch
tễ có hướng xử lý khoanh vùng, chủ động trong phòng chống dịch, không để dịch lây lan
rộng trong cộng đồng. Trong đó phương pháp nuôi cấy và phân lập được thực hiện phổ
biến để định danh loài vi khuẩn này và được xem như tiêu chuẩn vàng. Tuy nhiên chi phí
cao, tốn nhiều thời gian và nhân công đồng thời cũng không thể phân biệt một cách chính
xác giữa V. cholerae chủng sinh độc tố và không sinh độc tố [15].
Vấn đề phát hiện nhanh và chính xác V. cholerae là việc làm cần thiết. Cho nên mPCR được xem là công cụ hữu hiệu để giúp xác định nhanh Vibrio gây bệnh, nhất là xác
định nhanh các serogroup và biotype của V. cholerae [38]. Đáp ứng với tình hình thực
tiễn kể trên, chúng tôi đã tiến hành thực hiện đề tài: "Chẩn đoán vi khuẩn tả ở ngƣời
đến xét nghiệm tại bệnh viện Quân y 103 năm 2013 bằng kỹ thuật PCR".

2. Mục đích nghiên cứu
 Xác định tỷ lệ bệnh nhân dương tính với Vibrio cholerae (V. cholerae) trong giai
đoạn từ tháng 3 năm 2013 đến tháng 7 năm 2013.

Chuyên ngành Vi sinh vật học

1

Khóa 2011-2013


Luận văn thạc sĩ khoa học

Trương Thị Lan Hương

 Phát hiện V. cholerae, xác định nhanh serogroup O1, O139 và hai biotype của V.
cholerae serogroup O1 bằng m-PCR.
3. Nội dung nghiên cứu
Sử dụng các đoạn mồi đặc hiệu để khuếch đại các đoạn gen ctxA, rfbQ, IS1358,
tcpA và rstR mã hóa V.cholerae O1, O139, NAG và độc tố tả (cholera toxin A) bằng phản
ứng chuỗi m-PCR. Quá trình này được lặp lại nhiều lần để tổng hợp hàng triệu bản sao
của đoạn gen từ một vài phân tử ADN ban đầu qua đó có thể phát hiện được các đoạn gen
dưới đèn UV sau khi điện di.

Chuyên ngành Vi sinh vật học

2

Khóa 2011-2013

Luận văn thạc sĩ khoa học

Trương Thị Lan Hương

TÀI LIỆU THAM KHẢO
Tài liệu tiếng việt
1. Trần Linh Thước (2009), Phương pháp phân tích vi sinh vật trong nước, thực
phẩm và mỹ phẩm, NXB Giáo dục.
2. Nguyễn Vũ Trung và Nguyễn Thị Hồng Nhung (2008), Hoàn thiện kỹ thuật tách
chiết ADN của Shigella và EIEC trực tiếp từ phân, Nghiên cứu y học, 55(3):
p.104-109.
3. Nguyễn Vũ Trung và Nguyễn Thị Tuyết Trinh (2008), Phát triển và hoàn thiện qui
trình tách chiết AND xác định trực tiếp Escherichia coli gây tiêu chảy bằng PCR,
Nghiên cứu y học, 56(4): p. 92-97.
4. Phạm Thế Vũ (2008), Nghiên cứu ứng dụng một số kỹ thuật chẩn đoán nhanh
Vibrio cholerae gây dịch tiêu chảy cấp tại tỉnh Thái Nguyên năm 2008, Luận văn
thạc sĩ Sinh học: 29 – 31.
Tài liệu tiếng Anh
5. Agarwal, V., et al., 1995. Rapid detection of Vibriocholerae 0139 in faecal
specimens by coagglutination. Indian J Med Res. 101: p. 55-6.
6. Albert, M. J. (1993). Personal reflections on the discovery of Vibrio cholerae 0139
synonym Bengal: a tribute to team work and international collaboration. J.
Diarrhoeal Dis. Res. 11:207-210.
7. Alvarez, J., et al., 2004. Development of a multiplex PCR technique for detection
and epidemiological typing of salmonella in human clinical samples. J Clin
Microbiol. 42(4): p. 1734-8.
8. Bani, S., et al., (2007). Molecular characterization of ICEVchVie0 and its
disappearance in Vibrio cholerae O1 strains isolated in 2003 in Vietnam. FEMS
Microbiol Lett 266(1): 42-88.

9. Bauer .A and L.M. Rørvik, (2003). A novel multiplex PCR for the identification of
Vibrio parahaemolyticus, Vibrio cholerae and Vibrio vulnificus, Letters in Applied
Microbiology ISSN 0266-8254

Chuyên ngành Vi sinh vật học

3

Khóa 2011-2013


Luận văn thạc sĩ khoa học

Trương Thị Lan Hương

10. Beltran, P., Delgado, G., Navarro, A., Trujillo, F., Selander, R. K. & Cravioto, A.
(1999). Genetic diversity and population structure of Vibrio cholerae. J Clin
Microbiol 37, 581–590.
11. Bhanumathi R, Sabeena F, Isac SR, Radhakutty G & Singh DV, (2002).
Characterization of a toxigenic Vibrio cholerae O139 strain belonging to a new
ribotype and isolated from a diarrheal patient. J Clin Microbiol 40: 4779–4781.
12. Bik EM, Bunschoten AE, Gouw RD & Mooi FR, (1995). Genesis of the novel
epidemic Vibrio cholerae O139 strain: evidence for horizontal transfer of genes
involved in polysaccharide synthesis. EMBO J 14: 209–216.
13. Bik, E. M., A. E. Bunschoten, R. D. Gouw, and F. R. Mooi, (1995). Genesis of the
novel epidemic Vibrio cholerae O139 strain: evidence for horizontal transfer of
genes involved in polysaccharide synthesis. EMBO J. 14:209–216.
14. Calia KE, Murtagh M, Ferraro MJ & Calderwood SB, (1994). Comparison of
Vibrio cholerae O139 with V. cholerae O1 classical and El Tor biotypes. Infect
Immun 62: 1504–1506.

15. Chakraborty S, Garg P, Ramamurthy T et al. (2001). Comparison of antibiogram,
virulence genes, ribotypes and DNA fingerprints of Vibrio cholerae of matching
serogroups isolated from hospitalised diarrhoea cases and from the environment
during 1997–1998 in Calcutta, India. J Med Microbiol 50: 879–888
16. Chakraborty S, Mukhopadhyay AK, Bhadra RK et al, (2000). Virulence genes in
environmental strains of Vibrio cholerae. Appl Environ Microbiol 66: 4022–4028.
17. Chow, K. H., Ng, T. K., Yuen, K. Y. & Yam, W. C. (2001). Detection of RTX
toxin gene in Vibrio cholerae by PCR. J Clin Microbiol 39, 2594–2597.
18. Chow, K.H., et al., 2001. Detection of RTX toxin gene in Vibrio cholerae by PCR.
J Clin Microbiol. 39(7): p. 2594-7.
19. Comstock, L. E., J. A. Johnson, J. M. Michalski, J. G. Morris, Jr., and J. B. Kaper,
(1996). Cloning and sequencing of a region encoding a surface polysaccharide of
Vibrio cholerae O139 and characterisation of the insertion site in the chromosome
of Vibrio cholerae O1. Mol. Microbiol. 19:815–826.

Chuyên ngành Vi sinh vật học

4

Khóa 2011-2013


Luận văn thạc sĩ khoa học

Trương Thị Lan Hương

20. DePaola, A. (1981). Vibrio cholerae in marine foods and environmen-tal waters: a
literature review. J. Food Sci, 66-70.
21. Devarati Dutta, Goutam Chowdhury, Gururaja P. Pazhani, Sucharita Guin,
Sanjucta Dutta, et al (2013). Vibrio cholerae Non-O1, Non-O139 Serogroups and

Cholera-like Diarrhea, Kolkata, India. www.cdc.gov/eid, Vol. 19, No. 3, March
2013.
22. Dong Tu Nguyen, Tuan Cuong Ngo, Huy Hoang Tran, Thanh Huong Le, Hoai Thu
Nguyen, (2012), Characterization of Vibrio cholerae O139 of an Aquatic Isolate in
Northern Vietnam. Open Microbiol J, 6: 14-21.
23. Dutta B, Ghosh R, Sharma NC, Pazhani GP, Taneja N, Raychowdhuri A, et al.
(2006). Spread of cholera with newer clones of Vibrio cholerae O1 El Tor,
serotype Inaba, in India. J Clin Microbiol; 44 : 3391-3.
24. Faruque SM, Roy SK, Alim ARMA, Siddique AK, Albert MJ. (1995). Molecular
epidemiology of toxigenic Vibrio cholera in Bangladesh studied by numerical
analysis of rRNA gene restriction patterns. J Clin Microbiol; 33 : 2833-8.
25. Faruque SM, Sack DA, Sack RB, Colwell RR, Takeda Y & Nair GB
(2000).Emergence and evolution of Vibrio cholerae O139. Proc Natl Acad Sci
USA 100: 1304–1309
26. Faruque, S. M., Tam, V. C., Chowdhury, N., Diraphat, P., Dziejman, M.,
Heidelberg, J. F., Clemens, J. D., Mekalanos, J. J. & Nair, G. B. (2007). Genomic
analysis of the Mozambique strain of Vibrio cholera O1 reveals the origin of El
Tor strains carrying classical CTX prophage. Proc Natl Acad Sci USA 104, 5151–
5156.
27. Fields, P.I., et al., 1992. Use of polymerase chain reaction for detection of
toxigenic Vibrio cholerae O1 strains from the Latin American cholera epidemic. J
Clin Microbiol. 30(8): p. 2118-21.
28. Garg P, Nandy RK, Chaudhry P, Chaudhry NR, De K, Ramamurthy T, et al
(2003). Emergence of V. cholerae O1 biotype EI Tor serotype Inaba from
prevailing O1 ogawa serotype strains in India. J Clin Microbiol; 4249-53.

Chuyên ngành Vi sinh vật học

5

Khóa 2011-2013


Luận văn thạc sĩ khoa học

Trương Thị Lan Hương

29. Goel, A. K., Jain, M., Kumar, P., Sarguna, P., Bai, M., Ghosh, N. & Gopalan, N.
(2011). Molecular characterization reveals involvement of altered El Tor biotype
Vibrio cholerae O1 strains in cholera outbreak at Hyderabad, India. J Microbiol
49, 280–284.
30. Hemant Kumar Khuntia, Bibhuti Bhusan Pal and Guru Prasada Chhotray, (2008).
Quadruplex PCR for Simultaneous Detection of Serotype, Biotype, Toxigenic
Potential, and Central Regulating Factor of Vibrio cholera. J. Clin. Microbiol.
vol. 46 no. 7 2399-2401
31. Hoshino, K., Yamasaki, S., Mukhopadhyay, A. K., Chakraborty, S., Basu, A.,
Bhattacharya, S. K., Nair, G. B., Shimada, T. & Takeda, Y. (1998). Development
and evaluation of a multiplex PCR assay for rapid detection of toxigenic Vibrio c
cholerae O1 and O139. FEMS Immunol Med Microbiol 20, 201–207.
32. Jacob John T, Mary V. Jesudason (1972). The First Epidemic of Vibrio cholerae
O139. J Clin Microbiol; Vol. 33, No. 7, 49-53.
33. Jiang SC, Matte M, Matte G, Huq A & Colwell RR (2012). Genetic diversity of
clinical and environmental isolates of Vibrio cholerae determined by amplified
fragment length polymorphism fingerprinting. Appl Environ Microbiol 66: 148–
153
34. Joao P.S. Cabral (2010). International Journal of Environmental Research and
Public Health, 1660-4601.
35. Joao P.S. Cabral (2010). Water Microbiology. Bacterial Pathogens and Water.
Int. J. Environ. Res. Public Health 7: 3657-3703.
36. Johnson, J. A., C. A. Salles, P. Panigrahi, M. J. Albert, R. J. Johnson, and J. G.

Morris, Jr, (1994). Vibrio cholerae O139 synonym Bengal is closely related to
Vibrio cholerae El Tor but has important differences. Infect. Immun. 62: 2108–
2110.
37. Karaolis, D. K., R. Lan, and P. R. Reeves, (1994). Molecular evolution of the
seventh pandemic clone of Vibrio cholerae and its relationship to other pandemic
and epidemic V. cholerae isolates. J. Bacteriol. 176:6199–6206.

Chuyên ngành Vi sinh vật học

6

Khóa 2011-2013


Luận văn thạc sĩ khoa học

Trương Thị Lan Hương

38. Knirel, Y. A., L. Paredes, P. E. Jansson, A. Weintraub, G. Widmalm, and M. J.
Albert, (1995). Structure of the capsular polysaccharide of Vibrio cholera O139
synonym Bengal containing D-galactose 4,6-cyclophosphate. Eur. J. Biochem.
232:391–396.
39. Kumar, P., Peter, W. A. & Thomas, S. (2010b). Rapid detection of virulenceassociated genes in environmental strains of Vibrio cholera by multiplex PCR.
Curr Microbiol 60, 199–202.
40. Kwang, J., E.T. Littledike, and J.E. Keen, 1996. Use of the polymerase chain
reaction for Salmonella detection. Lett Appl Microbiol. 22(1): p. 46-51.
41. Lee JH, Han KH, Choi SYet al, (2006). Multilocus sequence typing (MLST)
analysis of Vibrio cholerae O1 El Tor isolates from Mozambique that harbour the
classical CTX prophage. J Med Microbiol 55: 165–170.
42. Lesmana M, Subekti DS, Tjaniadi P, Simanjuntak CH, Punjabi NH, Campbell JR,

et al (2002). Spectrum of Vibrio species associated with acute diarrhea in North
Jakarta, Indonesia. Diagn Microbiol Infect Dis. 43:91–7.
43. Makino S, Kurazono T, Okuyama Y, Shimada T, Okada Y & Sasakawa C, (1995).
Diversity of DNA sequences among Vibrio cholerae O139 Bengal detected by
PCR-based DNA fingerprinting. FEMS Microbiol Lett 126: 43–48.
44. Mandomando, I., Espasa, M., Valle` s, X., Sacarlal, J., Sigau´ que, B., Ruiz, J. &
Alonso, P. (2007). Antimicrobial resistance of Vibrio cholerae O1 serotype Ogawa
isolated in Manhic¸a District Hospital, southern Mozambique. J Antimicrob
Chemother 60, 662–664.
45. Mehrabadi JF, Morsali P, Nejad HR, Imani Fooladi AA, (2012). Detection of
toxigenic Vibrio cholerae with new multiplex PCR. J Infect Public Health.
5(3):263-7.
46. Morita, M., Ohnishi, M., Arakawa, E., Bhuiyan, N. A., Nusrin, S., Alam, M.,
Siddique, A. K., Qadri, F., Izumiya, H. & other authors (2008). Development and
validation of a mismatch amplification mutation PCR assay to monitor the
dissemination of an emerging variant of Vibrio cholerae O1 biotype El Tor.
Microbiol Immunol 52, 314–317.
Chuyên ngành Vi sinh vật học

7

Khóa 2011-2013


Luận văn thạc sĩ khoa học

Trương Thị Lan Hương

47. Morita, M., Ohnishi, M., Arakawa, E., Yamamoto, S., Nair, G. B., Matsushita, S.,
Yokoyama, K., Kai, A., Seto, K. & other authors (2010). Emergence and genetic

diversity of El Tor Vibrio cholerae O1 that possess classical biotype ctxB among
travel-associated cases of cholera in Japan. J Med Microbiol 59, 708–712.
48. Morris JG Jr,

(1994). Non-O1 Vibrio cholerae strains not associated with

epidemic disease. Vibrio Cholerae and Cholera: Molecular to Global Perspectives
(Wachsmuth PAB & Olsvik Ø, eds), ASM Press, Washington, DC pp. 103–115..
49. Nair GB, Faruque SM, Bhuiyan NA, Kamruzzaman M, Siddique AK, Sack DA,
(2002). New variants of Vibrio cholerae O1 biotype El Tor with attributes of the
classical biotype from hospitalized patients with acute diarrhea in Bangladesh. J
Clin Microbiol. 40(9):3296-9.
50. Nair, G. B., Qadri, F., Holmgren, J., Svennerholm, A. M., Safa, A., Bhuiyan, N.
A., Ahmad, Q. S., Faruque, S. M., Faruque, A. S. G. & other authors (2006).
Cholera due to altered El Tor strains of Vibrio cholerae O1 in Bangladesh. J Clin
Microbiol 44, 4211–4213.
51. Nandi B, Nandy RK, Vicente AC & Ghose AC, (2000). Molecular
characterization of a new variant of toxin-coregulated pilus protein (TcpA) in a
toxigenic non-O1/Non-O139 strain of Vibrio cholerae. Infect Immun 68: 948–952.
52. Neelam Taneja, Garima Sangar, Goutam Chowdhury, (2012). Meenakshi Singh &
Meera Sharma Molecular epidemiology of Vibrio cholerae causing outbreaks &
sporadic cholera in northern IndiaIndian . J Med Res 136, pp 656-663
53. Nguyen BM, Higa N, Kakinohana S, Iwanaga M (2002). Characterization of
Vibrio cholerae O1 isolated in Vietnam. Japanese Journal of Tropical Medicine
and Hygiene: 103 – 107.
54. Nguyen, B. M., Lee, J. H., Cuong, N. T., Choi, S. Y., Hien, N. T., Anh, D. D., Lee,
H. R., Ansaruzzaman, M., Endtz, H. P. & other authors (2009). Cholera outbreaks
caused by an altered Vibrio cholerae O1 El Tor biotype strain producing classical
cholera toxin B in Vietnam in 2007 to 2008. J Clin Microbiol 47, 1568–1571.
55. Nicholas A.Daniels, MD, MPH, Alireza Shafaie, MD (2000). A Review of

Pathogenic Vibrio Infections for Clinicians. Infect Med 17(10):665-685.
Chuyên ngành Vi sinh vật học

8

Khóa 2011-2013


Luận văn thạc sĩ khoa học

Trương Thị Lan Hương

56. Pachara Senachai, Chariya Chomvarin, Wises Namwat, Warawan Wongboot,
Suwin Wongwajana and Waraluk Tangkanakul, (2013). Application of tetraplex
PCR for detection of Vibrio cholerae, V. parahaemolyticus, V. vulnificus and V.
minicus in cockle, Southeast Asian J Trop Med Public Health, Vol 44 No.
57. Popovic T, Bopp C, Olsvik O, Wachsmuth K. (1993). Epidemiologic application
of a standardized ribotype scheme for Vibrio cholerae 01. J Clin Microbiol; 31 :
2474-82.
58. Rivera in, Chun J, Sack Rb and Colwell Rr, (2001). Genotypes associated with
virulence in environmental isolates of Vibrio cholerae. Appl. Environ. Microbiol.
67 (6) 2421–2429.
59. Safa A, Bhuiyan NA, Alam M, Sack DA & Nair GB, (2005). Genomic relatedness
of the new Matlab variants of Vibrio cholerae O1 to the classical and El Tor
biotypes as determined by pulsed-field gel electrophoresis. J Clin Microbiol 43:
1401–1404.
60. Sharma C, Nair GB, Mukhopadhyay AK, Bhattacharya SK, Ghosh RK, Ghosh A.
(1997). Molecular characterization of Vibrio cholerae O1 biotype El Tor strains
isolated between 1992 and 1995 in Calcutta, India: evidence for the emergence of
a new clone of the El Tor biotype. J Infect Dis; 175 : 1134-41.

61. Stephanie AC, Robert JO, Louise T, Seth S (2001). PCR-Based Diagnosis of
Helicobacter pylori Infection and Real-Time Determination of Clarithromycin
Resistance Directly from Human Gastric Biopsy Samples. Journal of clinical
microbiology, p. 1217–1220.
62. Taneja N, Biswal M, Tarai B, Sharma M. (2005). Emergence of Vibrio cholerae
O1 biotype El Tor serotype Inaba in North India. Jap J Infect Dis 58 : 238-40.
63. Tran, H. D., Alam, M., Trung, N. V., Kinh, N. V., Nguyen, H. H., Pham, V. C.,
Ansaruzzaman, M., Rashed, S. M., Bhuiyan, N. A. & other authors (2012). Multidrug resistant Vibrio cholerae O1 variant El Tor isolated in northern Vietnam
between 2007 and 2010. J Med Microbiol 61, 431–437.

Chuyên ngành Vi sinh vật học

9

Khóa 2011-2013


Luận văn thạc sĩ khoa học

Trương Thị Lan Hương

64. Vijayalakshmi .N, R. S.rao and S.Badrinath (1997). Minimum inhibitory
concentration (MIC) of some antibiotics against Vibrio cholerae O139 isolates
from Pondicherry. Epidemiology and Infection. 119(1)25.
Các website
65.
66. />67.
68. />69. />
Chuyên ngành Vi sinh vật học

10

Khóa 2011-2013