Hoàn thuế giá trị gia tăng theo pháp luật việt nam từ năm 2014 đến nay

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO
VIỆN ĐẠI HỌC MỞ HÀ NỘI

LUẬN VĂN THẠC SỸ
ĐỀ TÀI: HOÀN THUẾ GIÁ TRỊ GIA TĂNG THEO PHÁP LUẬT
VIỆT NAM TỪ NĂM 2014 ĐẾN NAY

NGUYỄN THỊ HUỆ
CHUYÊN NGÀNH: LUẬT KINH TẾ
MÃ SỐ: 60380107

NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC:
PGS.TS PHẠM THỊ GIANG THU

HÀ NỘI - 2016


MỤC LỤC
LỜI MỞ ĐẦU………………………………………………………........................................... 1
1. Tính cấp thiết của đề tài……….…………………… ......................................................... 1
2. Tình hình nghiên cứu đề tài………………………… ....................................................... 3
3. Phạm vi nghiên cứu đề tài………….…………………...................................................... 4
4. Phương pháp nghiên cứu đề tài……………………………… ........................................ 4
5. Mục đích, nhiệm vụ của việc nghiên cứu đề tài……………… .................................. 4
6. Bố cục của luận văn……….…………….....………..……………… ................................... 5
CHƯƠNG 1. KHÁI QUÁT CHUNG CỦA PHÁP LUẬT VỀ HOÀN THUẾ
GIÁ TRỊ GIA TĂNG …………………………………………............................ ..6
1.1. Khái niệm và nguyên tắc hoàn thuế giá trị gia tăng………… .................... ..6
1.1.1. Khái niệm…………………..…………………………………… ......................................6
1.1.2. Nguyên tắc hoàn thuế giá trị gia tăng…………………………… ...............................7
1.1.3. Vai trò, ý nghĩa của hoàn thuế giá trị gia tăng………….….……………………...8

1.2. Nội dung của pháp luật về hoàn thuế giá trị gia tăng…….…… ................. ..9
1.2.1 Đối tượng và các trường hợp hoàn thuế GTGT…..………............................ ..9
1.2.2. Điều kiện hoàn thuế GTGT…..……………………… ................................. 14
1.2.2.1. Hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế………………………… ................................ 14
1.2.2.2. Thanh toán qua ngân hàng…………………………………………… ............. 15
1.2.3 Quy trình, thời hạn và thẩm quyền giải quyết hoàn thuế GTGT..….......……15
1.2.3.1. Quy trình hoàn thuế GTGT…………………………………………….… …….15
1.2.3.2. Thời hạn và thẩm quyền giải quyết………………………………...................15
1.2.4. Hồ sơ hoàn thuế GTGT…………………………………...…….……..….…17
1.2.5 Giải quyết tranh chấp về hoàn thuế GTGT……......……………….………...19
1.2.5.1. Giải quyết tranh chấp liên quan đến hoàn thuế giá trị gia tăng theo thủ tục
khiếu nại hành chính………………...……………………………………………………..19
1.2.5.2. Giải quyết tranh chấp liên quan đến hoàn thuế giá trị gia tăng theo thủ tục
Tố tụng tại toàn án theo Luật tố tụng hành chính…..………………………………….21
KẾT LUẬN CHƯƠNG 1…………………………………………………………22


CHƯƠNG 2. THỰC TRẠNG ÁP DỤNG PHÁP LUẬT VỀ HOÀN THUẾ GIÁ
TRỊ GIA TĂNG Ở VIỆT NAM TỪ NĂM 2014 ĐẾN NAY………………...….23
2.1. Một số điểm mới của pháp luật về hoàn thuế giá trị gia tăng ………….…23
2.1.1. Về quản lý Quỹ chi hoàn thuế………………………………………..……..23
2.1.2.

Về

giải

quyết

hoàn

thuế……………...…………………………….............252.1.2.1.Về thời gian giải
quyết hoàn thuế ……………………… ………………….252.1.2.2. Về số tiền hoàn
thuế…………………………………………………….…. ............................................. 28
2.1.3. Tính minh bạch trong hoàn thuế…………………………...……… ............. 29
2.2 .Thực trạng thực hiện pháp luật hoàn thuế GTGT và kết quả đạt được giai
đoạn từ năm 2014 đến nay…………………………………...……………… ...... 30
2.2.1. Về tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế ………..………………...……..…….30
2.2.2. Kết quả giải quyết hồ sơ hoàn thuế …………………………………..… ..... 31
2.2.2.1. Việc kiểm tra để xác định hồ sơ thuộc diện được hoàn thuế.....……… ....... 31
2.2.2.2. Phân loại hồ sơ hoàn thuế…….…………………………………..………… .... 32
2.2.3. Về thời gian giải quyết hoàn thuế…………………………………….....…..34
2.2.4. Kết quả giải quyết hoàn thuế phân loại theo hai trường hợp hoàn thuế trước
kiểm tra sau và kiểm tra trước hoàn thuế sau………………………………………34
2.2.5.Đối chiếu nợ thuế……………...……………………………………..……...35
2.3. Về kết quả kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế………………….….……….37
2.3.1. Kết quả thực hiện ………………… ………………………………..……..37
2.3.2. Thực hiện quản lý rủi ro trong công tác hoàn thuế.........................................39
2.4 Những vấn đề còn vướng mắc và bất cập trong việc thực thi pháp luật về
hoàn thuế giá trị gia tăng...……………………………………………………….41
2.4.1. Về đối tượng và trường hợp được hoàn thuế giá trị gia tăng…...…..…..…...41
2.4.2. Về thẩm quyền giải quyết hoàn thuế và giám sát hoàn thuế..........................42
2.4.3.Về thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế............................................................42
2.4.4. Về hồ sơ hoàn thuế …………………………………………………..…..….43
KẾT LUẬN CHƯƠNG 2…………………………………………………………44


CHƯƠNG 3. KINH NGHIỆM QUỐC TẾ VÀ MỘT SỐ GIẢI PHÁP HOÀN
THIỆN PHÁP LUẬT VỀ HOÀN THUẾ GTGT Ở VIỆT NAM TRONG GIAI
ĐOẠN HIỆN NAY………...................................................................………...…45

3.1. Kinh nghiệm về quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng ở một số nước trên thế
giới……………………………………………………………………………........45
3.1.1. Về Thuế giá trị gia tăng..................................................................................45
3.1.2. Về Hoàn thuế giá trị gia tăng..........................................................................49
3.2. Một số giải pháphoàn thiện pháp luật về hoàn thuế giá trị gia tăng ở Việt
Nam trong giai đoạn hiện nay………...…………………………... …………….54
3.2.1 Quan điểm hoàn thiện pháp luật về hoàn thuế giá trị gia tăng…..….…..…....54
3.2.2 Một số giải pháp cụ thể…………………………………..…..…………........55
3.2.2.1 Thu hẹp đối tượng hoàn thuế giá trị gia tăng…………………...… …………55
3.2.2.2. Về thẩm quyền giải quyết hoàn thuế và giám sát hoàn thuế………..........56
3.2.2.3.Về thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế và tổ chức thanh tra kiểm tra…....57
3.2.2.4.Về quản lý chứng từ, hóa đơn giá trị gia tăng…......…………………….…...58
3.2.2.5. Về ứng dụng công nghệ thông tin vào công tác quản lý thuế…….......…….60
3.2.2.6. Về việc xây dựng và áp dụng tiêu chí rủi ro ………………………….…....…61
KẾT LUẬN CHƯƠNG 3…………………………………………………………63

KẾT LUẬN………………………..........………………… ......................... 65
Danh mục tài liệu tham khảo……………...……………………...… ........ 67


DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT
Giá trị gia tăng

GTGT

Ngân sách Nhà nước

NSNN

Đầu tư nước ngoài

ĐTNN

Dự án sử dụng nguồn vốn hỗ trợ phát

ODA

triển chính thức
Người nộp thuế

NNT


LỜI MỞ ĐẦU
1. Tính cấp thiết của đề tài
Thuế ra đời cùng với sự ra đời của Nhà nước, là điều kiện vật chất quan trọng
để Nhà nước tồn tại và phát triển. Hệ thống thuế được cấu thành bởi nhiều sắc thuế
khác nhau, hướng đến các chủ thể và các hoạt động phong phú, đa dạng của đời
sống xã hội. Mỗi một loại thuế mang trong mình những vai trò, chức năng khác
nhau đối với sự phát triển kinh tế - xã hội.
Tại Việt Nam, Luật Thuế GTGT năm 1997 được thông qua tại kỳ họp thứ 11
Quốc hội khoá IX, có hiệu lực thi hành từ ngày 01/01/1999. Việc quy định thuế
GTGT thay cho thuế doanh thu là một bước cải cách quan trọng trong hệ thống
chính sách thuế của Việt Nam, trong đó nội dung về hoàn thuế giá trị gia tăng chính
là nội dung cải cách quan trọng. Tính đến nay, Luật đã trải qua nhiều lần sửa đổi, bổ
sung. Gần đây nhất, Quốc hội khóa XIII đã thông qua Luật số 106/2016/QH13 (sửa
đổi, bổ sung Luật Thuế Giá trị gia tăng, Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt, Luật Quản lý
thuế) ngày 6/4/2016 và có hiệu lực thi hành từ 1/7/2016. Những thay đổi về thuế giá
trị gia tăng không những tạo điều kiện thuận lợi cho hoạt động sản xuất, kinh doanh
mà còn tạo cơ sở pháp lý quản lý chặt chẽ nguồn thu từ thuế giá trị gia tăng.

Thuế GTGT là một sắc thuế đánh trên phần giá trị tăng thêm của hàng hóa,
dịch vụ. Điểm nổi bật của thuế GTGT là khắc phục được nhược điểm thu trùng lắp,
chồng chéo qua nhiều khâu của thuế doanh thu. Khấu trừ là một đặc trưng cơ bản
của thuế GTGT, qua cơ chế này các doanh nghiệp cũng thường lợidụng để thực
hiện hành vi gian lận để chiếm đoạt tiền của Nhà nước thông qua việc khấu trừ và
hoàn thuế.
Tại Nghị quyết số 19/NQ-CP ngày 12 tháng 3 năm 2015 của Chính Phủ về
những nhiệm vụ, giải pháp chủ yếu tiếp tục cải thiện môi trường kinh doanh, nâng
cao năng lực cạnh tranh quốc giai hai năm 2015-2016 đặt ra yêu cầu phải cải cách
trong kê khai, nộp thuế và hoàn thuế thuế kịp thời; đưa ứng dụng công nghệ thông
tin vào quản lý thuế như: khai thuế điện tử, nộp thuế điện tử và hoàn thuế điện tử...
Những chủ trương của Nhà nước tạo thuận lợi cho việc hoàn thuế GTGT nhằm tác
động và bảo đảm tính công bằng, bình đẳng cho các chủ thể nộp thuế; kích thích

1


hoạt động xuất khẩu hàng hóa, dịch vụ; kích thích hoạt động sản xuất, kinh doanh
của doanh nghiệp nói riêng và của nền kinh tế đất nước nói chung.Hiệu quả tích cực
từ thuế GTGT cho thấy: thu ngân sách nhà nước tăng nhiều so với thuế doanh thu;
hoạt động sản xuất, kinh doanh nội địa đã ngày càng phát triển mạnh mẽ, tăng khả
năng cạnh tranh của hàng hóa, dịch vụ khi xuất khẩu.
Hoàn thuế là một chế định hết sức tiến bộ của Luật thuế GTGT, tuy nhiên
trong thời gian qua, lợi dụng những chủ trương, chính sách khuyến khích của Nhà
nước, hàng loạt các hành vi vi phạm như: gian lận trong lập hồ sơ hoàn thuế, mua
bán hóa đơn, chứng từ, xuất khẩu khống hàng hóa… nhằm chiếm đoạt tiền hoàn
thuế GTGT diễn ra ngày càng tinh vi, phức tạp, không ngừng gia tăng về tính chất
và mức độ vi phạm của các doanh nghiệp, các tổ chức kinh tế và tổ chức, cá nhân
đối với các quy định về hoàn thuế GTGT của Nhà nước. Theo số liệu của Tổng cục
Thuế, trong giai đoạn 2010-2015, cơ quan thuế chỉ tiến hành kiểm tra 20.500 hồ sơ

“hậu kiểm” (hoàn thuế trước, kiểm tra sau), nhưng đã truy thu và phạt vi phạm hành
chính thuế 349.664 triệu đồng. Cũng trong giai đoạn này, cơ quan thuế kiểm tra
20.800 hồ sơ “tiền kiểm” (kiểm tra trước, hoàn thuế sau) đã phải từ chối hoàn thuế
GTGT với số tiền lên đến 1.147.425 triệu đồng; tổng số tiền hoàn thuế hàng năm từ
75.000 tỷ- 100.000 tỷ. Trong năm 2014, tổng số hồ sơ đề nghị hoàn thuế là 23.890
với số tiền đề nghị hoàn 108.706,7 tỷ đồng, trong đó số hồ sơ hoàn thuế phải từ chối
là 1.577 hồ sơ với số tiền là 6.874 tỷ đồng; năm 2015tổng số hồ sơ đề nghị hoàn
thuế là 22.074, với số tiền đề nghị hoàn 98.970,2 tỷ đồng, trong đó số hồ sơ phải từ
chối hoàn thuế là 1.411 hồ sơ với số tiền là 7.937 tỷ đồng [25], [26].
Những vi phạm trong lĩnh vực hoàn thuế GTGT đã hạn chế những ưu điểm
tích cực từ chính sách hoàn thuế GTGT, gây thiệt hại không nhỏ đến việc thu ngân
sách nhà nước từ thuế. Đồng thời, làm giảm niềm tin của các tổ chức, cá nhân,
doanh nghiệp làm ăn chân chính đối với chính sách thuế của nước ta.
Thực tiễn này đòi hỏi các nhà nghiên cứu luật pháp cần phải tiếp tục nghiên
cứu hoàn thiện hơn nữa pháp luật về hoàn thuế GTGT để chính sách này công bằng,
bình đẳng hơn cho xã hội, cho các doanh nghiệp và các tổ chức kinh tế, tạo môi
trường thuận lợi để phát triển kinh tế.

2


Chính những lý do trên, học viên mạnh dạn chọn đề tài “Hoàn thuế giá trị gia
tăng theo pháp luật Việt Nam từ năm 2014 đến nay” làm luận văn Thạc sĩ luật
học.
Với đề tài này, học viên mong muốn được tiếp tục nghiên cứu pháp luật về
hoàn thuế GTGT, qua đó phân tích, đánh giá thực trạng nhằm tìm ra những hạn chế,
bất cập và đưa ra các giải pháp về hoàn thuế GTGT ở Việt Nam trong giai đoạn
hiện nay, góp phần làm rõ chính sách thuế GTGT của nhà nước.
2. Tình hình nghiên cứu đề tài
Qua tìm hiểu, hiện đã có nhiều bài viết, sách chuyên khảo của một số tác giả

nghiên cứu các vấn đề xung quanh các quy định pháp luật về hoàn thuế GTGT. Các
bài viết tập trung nghiên cứu pháp luật về hoàn thuế GTGT ở góc độ lý luận, đăng
trên các tạp chí chuyên ngành, cụ thể:
-Luật văn thạc sỹ luật học năm 2006 của Bùi Công Quang (Trần Quốc Hùng
năm 2011- Đại học quốc gia Hà Nội) về đề tài “Thực trạng và các giải pháp hoàn
thiện pháp luật thuế giá trị gia tăng ở Việt Nam”;
-Bài viết của Nguyễn Văn Tuyến năm 2008 tại Tạp chí Nghiên cứu lập pháp
điện tử về “Một số ý kiến trao đổi, bình luận về dự án luật thuế thu nhập doanh
nghiệp và dự án luật thuế giá trị gia tăng”;
-Bài viết của Nghiêm Thị Thà năm 2012 tại Trang tin Thanh tra Việt Nam về
“Một số bất cập trong quá trình thực hiện Luật thuế Giá trị gia tăng”;
-Bài viết của Thạc sỹ Đặng Ngọc Hậu năm 2013 tại trang tin
kinhtevadubao.com.vn về“Khắc phục những bất cập trong khâu hoàn thuế GTGT;
- Bài viết của Thạc sỹ Trần Anh Tuấn & Cử nhân Châu Quốc An - Viện
Kinh tế TP. HCM tại Tạp chí của Viện nghiên cứu và phát triển TP. Hồ Chí Minh
về “Những bất cập trong phương pháp tính thuế và qui trình hoàn thuế giá trị gia
tăng”.
Qua các nghiên cứu trên, các tác giả cũng đã tập trung phân tích các vướng
mắc trong thực tiễn áp dụng pháp luật về hoàn thuế GTGT, đồng thời đề xuất một
số vấn đề như: Vấn đề thu hẹp đối tượng hoàn thuế GTGT; vấn đề quản lý hóa đơn
hoàn thuế GTGT, vấn đề thanh toán qua ngân hàng đối với các hàng hóa và dịch vụ,

3


về quy trình hoàn thuế và các phương thức giải quyết tranh chấp về hoàn thuế
GTGT. Các giải pháp nêu ra đã góp phần giúp các cơ quan quản lý nhà nước xem
xét hoàn thiện các quy định về pháp luật hoàn thuế GTGT đảm bảo sự chặt chẽ, tính
minh bạch và đơn giản hóa các thủ tục về hoàn thuế.
Kể từ khi Luật thuế GTGT được sửa đổi, bổ sung và có hiệu lực pháp luật, số

lượng các công trình nghiên cứu sát với tình hình hoàn thuế GTGT trong giai đoạn
từ năm 2014 đến nay chưa có nhiều. Nhưng từ thực tiễn kiểm tra về công tác hoàn
thuế giá trị gia tăng ở cơ quan thuế các cấp cho thấy đã bắt đầu phát sinh những bất
cập cần phải tiếp tục nghiên cứu, sửa đổi. Đặc biệt trong giai đoạn hiện nay với yêu
cầu cấp bách về cải cách thủ tục hành chính, tạo môi trường kinh doanh thông
thoáng và thuận lợi cho doanh nghiệp với chủ trương sẽ triển khai thực hiện hoàn
thuế điện tử và phân loại hồ sơ hoàn thuế theo phương thức quản lý rủi ro; rất cần
có những nghiên cứu chuyên sâu đề cập đến những vấn đề mới phát sinh về hoàn
thuế trong giai đoạn này. Đó là thuận lợi nhưng đồng thời cũng đặt ra những thách
thức cho tác giả khi lựa chọn đề tài nghiên cứu.
3. Phạm vi nghiên cứu đề tài
Mặc dù các quy phạm của Luật thuế GTGT nói chung và hoàn thuế GTGT
nói riêng gắn chặt với các phạm trù kinh tế, nhưng với góc độ của một luận văn thạc
sĩ luật học, học viên chỉ đi sâu nghiên cứu các quy định pháp luật, các quan điểm,
chính sách pháp luật có liên quan đến hoàn thuế GTGT ở Việt Nam.
4. Phương pháp nghiên cứu đề tài
Việc nghiên cứu đề tài được dựa trên cơ sở phương pháp luận của chủ nghĩa
Mác - Lênin và tư tưởng Hồ Chí Minh về kinh tế và quản lý Nhà nước trong lĩnh
vực tài chính công.
Luận văn sử dụng các phương pháp nghiên cứu: Phân tích, so sánh, tổng
hợp, đánh giá, khảo sát, thống kê… để làm rõ các nội dung nghiên cứu trong đề tài.
5. Mục đích, nhiệm vụ nghiên cứu đề tài
Trên cơ sở phân tích thực tiễn áp dụng pháp luật về hoàn thuế GTGT ở Việt
Nam, kết hợp đối chiếu với các quy định pháp luật về hoàn thuế GTGT ở một số
nước trên thế giới, Luận văn đánh giá thực trạng và chỉ ra những hạn chế, bất cập

4


hiện hành trong pháp luật về hoàn thuế GTGT, trên cơ sở đó đưa ra các kiến nghị và

giải pháp nhằm hoàn thiện quy định về hoàn thuế GTGT ở Việt nam.
Để hoàn thành mục đích nghiên cứu đó, những nhiệm vụ nghiên cứu sau sẽ
phải đảm bảo thực hiện:
- Nghiên cứu các vấn đề lý luận về hoàn thuế GTGT và pháp luật về hoàn
thuế GTGT.
- Phân tích các quy định của pháp luật hiện hành về hoàn thuế GTGT ở Việt
Nam hiện nayvà đánh giá ưu điểm cũng như hạn chế.
- Phân tích thực tiễn áp dụng pháp luật về hoàn thuế GTGT, chỉ ra những
thành tựu và hạn chế, vướng mắc trong quá trình áp dụng từ năm 2014 đến nay.
- Đề xuất các giải pháp nhằm hoàn thiện các quy định của pháp luật và nâng
cao hiệu quả thực thi pháp luật về hoàn thuế GTGT ở Việt Nam trong giai đoạn
hiện nay
6. Bố cục của luận văn
Ngoài lời mở đầu, kết luận và danh mục tài liệu tham khảo, luận văn gồm có ba
chương:
Chương 1. Khái quát chung về pháp luật về hoàn thuế giá trị gia tăng
Chương 2. Thực trạng áp dụng pháp luật về hoàn thuế giá trị gia tăng ở Việt
nam từ năm 2014 đến nay
Chương 3. Kinh nghiệm quốc tếvà một số giải pháp hoàn thiện pháp luật về hoàn
thuế giá trị gia tăng ở Việt nam trong giai đoạn hiện nay

5


CHƯƠNG 1

KHÁI QUÁT CHUNG CỦAPHÁP LUẬT VỀ HOÀN
THUẾ GIÁ TRỊ GIA TĂNG
1.1.Khái niệm và nguyên tắc hoàn thuế giá trị gia tăng
1.1.1.Khái niệm

Tại khoản 1, điểm a, Điều 10 Luật Thuế GTGT có quy định: “Số thuế giá trị
gia tăng phải nộp theo phương pháp khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu ra trừ số
thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ”.
Tại chương III, Điều 10, Nghị định số 123/2008/NĐ-CP của Chính Phủ
ngày 08/12/2008 quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của luật thuế
GTGT của Việt Nam quy định về hoàn thuế GTGT như sau: “Việc hoàn thuế
GTGT thực hiện thao quy định tại Điều 13 Luật thuế giá trị gia tăng”.
Như vậy, hoàn thuế là việc hoàn trả lại số tiền thuế nộp thừa cho tổ chức, cá
nhân nộp thuế khi tổ chức, cá nhân nộp thuế có số tiền thuế đã nộp lớn hơn số tiền thuế
phải nộp.
Hoàn thuế GTGT là việc cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo
phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu
trừ hết và đảm bảo số thuế GTGT đầu vào đủ điều kiện khấu trừ; thì được hoàn trả
thuế giá trị gia tăng. Hay nói cách khác về bản chất Hoàn thuế GTGT là việc Ngân
sách Nhà nước trả lại cho các doanh nghiệp mua hàng hóa, dịch vụ số tiền thuế
GTGT đầu vào đã trả còn chưa được khấu trừ hết trong kỳ tính thuế.
Đặc điểm của khấu trừ và hoàn thuế GTGT
Đặc điểm của phương pháp khấu trừ là chỉ áp dụng đối với cơ sở kinh doanh
thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ và đăng ký nộp theo phương
pháp khấu trừ thuế.
Hoàn thuế GTGT có những đặc điểm nổi bật sau:
Chủ thể được hoàn thuế GTGT là đối tượng nộp thuế GTGT theo quy định của
pháp luật. Tại khoản 1, Điều 2, Nghị định số 123/2008/NĐ-CP ngày 08/12/2008của
Chính Phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của luật thuế GTGT
của Việt Nam quy định về hoàn thuế GTGT có quy định: “Người nộp thuế giá trị

6


gia tăng là tổ chức, cá nhân sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế giá

trị gia tăng (sau đây gọi là cơ sở kinh doanh) và tổ chức, cá nhân nhập khẩu hàng
hóa chịu thuế giá trị gia tăng “
Căn cứ để được xét và chấp nhận cho hoàn thuế GTGT đó là đối tượng nộp
thuế là một trong những trường hợp được hoàn thuế và hồ sơ hoàn thuế GTGT. Hồ
sơ hoàn thuế GTGT phải do chính chủ thể nộp thuế GTGT lập hợp lệ theo quy định
của pháp luật nhằm chứng minh sự thỏa mãn các điều kiện được xét và chấp nhận
hoàn thuế.
1.1.2.Nguyên tắc hoàn thuế giá trị gia tăng
Khi áp dụng hoàn thuế GTGT, theo quy định của pháp luật Việt Nam việc
hoàn thuế dựa trên các nguyên tắc cơ bản sau đây:
Thứ nhất, nguyên tắc chỉ hoàn thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ
cho sản xuất, kinh doanh thuộc đối tượng chịu thuế GTGT.
Thứ hai, cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu
trừ thuế nếu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết và đảm bảo
số thuế GTGT đầu vào đủ điều kiện khấu trừ; thuế GTGT đầu vào của hàng hóa
xuất khẩu; thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư
mới chưa được khấu trừ hết thì được hoàn trả thuế giá trị gia tăng cho NNT...
Thứ ba, cơ sở kinh doanh đảm bảo việc thực hiện kê khai nộp thuế theo
phương pháp khấu trừ, thực hiện đầy đủ chế độ kế toán theo quy định.
Thứ tư, đảm bảo điều kiện, hồ sơ, thủ tục đề nghị hoàn theo quy định. Theo
các quy định về hoàn thuế việc cơ sở kinh doanh được cơ quan thuế chấp nhận cho
hoàn thuế GTGT khi phải thuộc một trong số các đối tượng và trường hợp hoàn
thuế [18], [22]; hồ sơ đề nghị hoàn thuế phải đảm bảo theo đúng quy định trong
từng trường hợp hoàn thuế [2].
Thứ năm, cơ sở kinh doanh tự kê khai, tự chịu trách nhiệm về số thuế đề nghị
hoàn; cơ quan thuế thực hiện việc hậu kiểm theo quy định của pháp luật. Việc cơ sở
kinh doanh tự kê khai và tự chịu trách nhiệm về nghĩa vụ thuế của đơn vị mình điều
này đã được quy định rất rõ trong Luật Quản lý thuế, do vậy đối với việc hoàn thuế
cũng tương tự như vậy trong việc kê khai các nội dung trong hồ sơ đề nghị hoàn

7


thuế. Cơ quan Thuế sẽ thực hiện kiểm tra trước khi ban hành quyết định hoàn thuế
hoặc kiểm tra sau khi ban hành quyết định hoàn thuế về tính hợp lệ của hồ sơ cũng
như số tiền đề nghị hoàn thuế của doanh nghiệp.
1.1.3. Vai trò, ý nghĩa của hoàn thuế giá trị gia tăng
Hoàn thuế là một chế định pháp luật, thông qua việc thực hiện pháp luật thuế
GTGT thì hoàn thuế GTGT đã thể hiện được những vai trò và ý nghĩa như sau:
Thứ nhất: Hoàn thuế GTGT thể hiện tính ưu việt, vượt trội của thuế GTGT so
với thuế doanh thu. Hoàn thuế GTGT đã khắc phục nhược điểm đánh trùng lặp giữa
các khâu, đối với cùng một hàng hóa, dịch vụ hay cùng một chủ thuế, từ khâu sản
xuất, lưu thông đến tiêu dùng của thuế doanh thu.
Thứ hai: Hoàn thuế GTGT giữ vai trò và ý nghĩa to lớn trong việc bảo đảm
tính công bằng, bình đẳng cho các chủ thể nộp thuế. Khác với thuế doanh thu, thuế
GTGT chỉ đánh vào phần giá trị tăng thêm của hàng hóa, dịch vụ trong quá trình
lưu thông. Trường hợp không có GTGT thì sẽ không phải nộp thuế GTGT hoặc nếu
có GTGT âm thì được hoàn thuế GTGT, đây là điểm ưu việt vượt trội của thuế
GTGT nhằm tạo ra tính công bằng, hợp lý cho đối tượng nộp thuế.
Thứ ba: Hoàn thuế GTGT đóng vai trò quan trọng trong việc kích thích, đẩy
mạnh hoạt động xuất khẩu hàng hóa, dịch vụ. Theo quy định thuế suất thuế GTGT
hàng xuất khẩu là 0%, nghĩa là doanh nghiệp xuất khẩu được hoàn lại toàn bộ số
thuế GTGT đã nộp ở đầu vào, việc này thực chất là hình thức trợ giá của Nhà nước
cho hàng hóa xuất khẩu giảm chi phí cho hàng xuất khẩu , điều này đã giúp các DN
xuất khẩu có thể cạnh tranh thuận lợi trên thị trường quốc tế, đồng thời với thuế giá
trị gia tăng cùng với thuế nhập khẩu có tác dụng tích cực bảo hộ sản xuất kinh
doanh hàng nội địa.
Thứ tư: Hoàn thuế GTGT là động lực để doanh nghiệp kinh doanh hàng hóa,
dịch vụ chịu thuế thực hiện nghiêm chỉnh chế độ hóa đơn, chứng từ, chế độ kế toán.
Thông thường, trong chế độ kê khai nộp thuế giá trị gia tăng, cơ quan thuế tạo điều

kiện cho cơ sở kinh doanh tự kiểm tra, tính thuế, kê khai và nộp thuế. Từ đó, tạo
tâm lý và cơ sở pháp lý cho đơn vị kinh doanh không phải hiệp thương, thoả thuận
về mức doanh thu, mức thuế với cơ quan thuế.Việc kiểm tra thuế giá trị gia tăng

8


cũng có mặt thuận lợi vì đã buộc người mua, người bán phải nộp và lưu giữ chứng
từ, hoá đơn đầy đủ nên việc thu thuế tương đối sát với hoạt động kinh doanh, tăng
cường công tác hạch toán kế toán và thúc đẩy việc mua bán hàng hoá có hoá đơn
chứng từ; việc tính thuế đầu ra được khấu trừ số thuế đầu vào là biện pháp kinh tế
góp phần thúc đẩy cả người mua và người bán cùng thực hiện tốt hơn chế độ hoá
đơn, chứng từ.
1.2. Nội dung của pháp luật về hoàn thuế giá trị gia tăng
Pháp luật về hoàn thuế GTGT điều chỉnh mối quan hệ giữa một bên là nhà
nước(đại diện là cơ quan thuế) và một bên là chủ thể yêu cầu hoàn thuế.Quan hệ
pháp luật này xuất hiện khi có sự kiện pháp lý thể hiện bằng đơn yêu cầu hoàn
thuế.Cá nhân, tổ chức, doanh nghiệp đều có quyền này.
Quy định pháp luật về hoàn thuế GTGT là hệ thống các quy phạm pháp luật
hiện hành trong lĩnh vực thuế nói chung và hoàn thuế GTGT nói riêng, xác định đối
tượng, điều kiện, các trường hợp hoàn thuế, trình tự, thủ tục, thẩm quyền ra quyết
định hoàn thuế GTGT. Việc hoàn thuế GTGT được thực hiện khi có quyết định
hành chính của cơ quan thuế có thẩm quyền, cơ quan thuế ra quyết định hoàn trả lại
cho chủ thể nộp thuế GTGT một khoản tiền thuế nhất định vàquyết định hoàn thuế
được ban hành khi có đầy đủ căn cứ pháp lý và căn cứ thực tiễn.
1.2.1 Đối tượng và các trường hợp hoàn thuế giá trị gia tăng
Theo quy định tại Luật thuế giá trị gia tăng hiện hành, có quy định cụ thể về
đối tượng và các trường hợp hoàn thuế như sau:
(1). Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ
thuế nếu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng hoặc

trong quý thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo; trường hợp lũy kế sau ít nhất mười hai
tháng tính từ tháng đầu tiên hoặc ít nhất sau bốn quý tính từ quý đầu tiên phát sinh
số thuế giá trị gia tăng chưa được khấu trừ mà vẫn còn số thuế giá trị gia tăng đầu
vào chưa được khấu trừ thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế (quy định này được áp
dụng từ ngày 01/01/2014 đến 30/6/2016) [19, Điều1].
Kể từ ngày 01/7/2016 Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo
phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu

9


trừ hết trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc trong quý (đối với
trường hợp kê khai theo quý) thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo[23, Điều 1].
Trường hợp cơ sở kinh doanh có dự án đầu tư mới, đã đăng ký nộp thuế giá
trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ, đang trong giai đoạn đầu tư có số thuế giá
trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu
trừ và có số thuế còn lại từ ba trăm triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia
tăng.Trừ hai trường hợp sau không được hoàn thuế giá trị gia tăng mà được kết
chuyển số thuế chưa được khấu trừ của dự án đầu tư theo quy định của pháp luật về
đầu tư sang kỳ tiếp theo:
- Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không góp đủ số vốn Điều lệ như đã
đăng ký; kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có Điều kiện khi chưa đủ các
Điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật đầu tư hoặc không bảo đảm duy trì đủ
Điều kiện kinh doanh trong quá trình hoạt động;
Quy định về hai trường hợp không được hoàn thuế trên để đảm bảo sự phù
hợp, tương thích với quy định của bộ phận pháp luật chuyên ngành khác. Bởi lẽ,
theo Khoản 5 và 6 Điều 17 Luật Doanh nghiệp 2014, hai hành vi sau đây bị nghiêm
cấm: kê khai khống vốn điều lệ, không góp đủ số vốn điều lệ như đã đăng ký; cố ý
định giá tài sản góp vốn không đúng giá trị; và kinh doanh các ngành, nghề cấm đầu
tư kinh doanh; kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện khi chưa đủ

các điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật Đầu tư hoặc không bảo đảm duy
trì đủ điều kiện kinh doanh trong quá trình hoạt động. Như vậy, việc hoàn thuế đối
với những trường hợp này là không hợp lý, không góp phần tích cực hạn chế các
hành vi vi phạm pháp luật về kinh doanh; khiến cho các hoạt động kinh doanh
không minh bạch có cơ sở tồn tại; dễ dẫn đến không chặt chẽ, an toàn cho môi
trường đầu tư, kinh doanh.
- Dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 01
tháng 7 năm 2016 hoặc dự án đầu tư sản xuất sản phẩm hàng hóa mà tổng trị giá tài
nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm
trở lên theo dự án đầu tư.Việc đưa các dự án này vào diện không hoàn thuế GTGT
cho dự án đầu tư cũng nhằm mục đích khuyến khích chế biến sâu tài nguyên trước

10


khi xuất khẩu, tạo GTGT lớn hơn trong nước đối với tài nguyên, góp phần khuyến
khích sử dụng có hiệu quả nguồn tài nguyên thiên nhiên và khoáng sản của đất
nước.
Như vậy, việc bổ sung bốn loại dự án đầu tư nêu trên vào diện không hoàn
thuế GTGT cho dự án đầu tư là để đảm bảo sự phù hợp của pháp luật với thực tiễn
quản lý thuế và sự thống nhất giữa pháp luật thuế với quy định của Luật Doanh
nghiệp; đồng thời, góp phần chống gian lận thương mại, phòng chống thất thu cho
ngân sách nhà nước.
(2). Cơ sở kinh doanh trong tháng, quý có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu nếu
có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ từ ba trăm triệu đồng trở lên
thì được hoàn thuế giá trị gia tăng theo tháng, quý; trừ trường hợp hàng hóa nhập
khẩu để xuất khẩu, hàng hóa xuất khẩu không thực hiện việc xuất khẩu tại địa bàn
hoạt động hải quan theo quy định của Luật Hải quan.
Để thực hiện nguyên tắc đánh thuế theo điểm đến như thông lệ quốc tế thì
cần áp dụng thuế suất 0% và hoàn thuế GTGT cho hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, qua

đó chuyển quyền đánh thuế cho nước nơi hàng hóa, dịch vụ được tiêu dùng. Theo
đó, Khoản 1 Điều 8 Luật Thuế GTGT năm 2008 quy định mức thuế suất 0% áp
dụng đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, vận tải quốc tế và hàng hóa, dịch vụ
không chịu thuế GTGT khi xuất khẩu. Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện đã phát
sinh nhiều vướng mắc. Cụ thể như sau:
- Nhiều trường hợp thuốc lá, rượu, bia nhập khẩu được mua bán lòng vòng
trong nước sau đó xuất khẩu. Cơ sở xuất khẩu chỉ đề nghị hoàn thuế GTGT trong
khi số thuế nhập khẩu và thuế tiêu thụ đặc biệt (có mức thuế cao hơn nhiều lần thuế
GTGT) thì không đề nghị hoàn. Trong trường hợp này, khách hàng nước ngoài phải
mua với giá có thuế nhập khẩu và thuế tiêu thụ đặc biệt cao hơn nhiều lần so với giá
cả thông thường nếu mua trực tiếp từ nước xuất khẩu. Do vậy, việc hoàn thuế là bất
hợp lý, vô hình đã khuyến khích buôn lậu từ Việt Nam ra nước ngoài hoặc có tính
chất gian lận để được hoàn thuế. Để khắc phục bất hợp lý này, Chính phủ đã ban
hành Nghị định số 12/2015/NĐ-CP ngày 12 tháng 02 năm 2015 quy định thuốc lá,
bia, rượu nhập khẩu sau đó xuất khẩu không được áp dụng 0%. Việc bổ sung đối

11


tượng “Hàng hóa nhập khẩu để xuất khẩu” vào nhóm không được áp dụng thuế suất
0% sẽ nâng cao tính pháp lý và đảm bảo sự minh bạch của pháp luật thuế. Hơn nữa,
quy định như vậy cũng mở rộng đối tượng không được áp dụng thuế suất 0%,
không chỉ đối với thuốc lá, rượu, bia nhập khẩu để xuất khẩu mà còn áp dụng đối
với những mặt hàng khác, qua đó, đảm bảo phòng ngừa gian lận trong hoàn thuế
GTGT đối với những hàng hóa khác.
- Nhiều trường hợp xuất khẩu qua cửa khẩu phụ, đường mòn, lối mở (xuất
khẩu tiểu ngạch) có dấu hiệu gian lận, lợi dụng chính sách để chiếm đoạt tiền thuế
của Nhà nước. Thực tế các trường hợp xuất khẩu tiểu ngạch không có hợp đồng
chính tắc, không thanh toán quốc tế qua ngân hàng theo các phương thức thanh toán
có tính thông lệ quốc tế mà sử dụng thanh toán qua tài khoản vãng lai do tổ chức, cá

nhân nước ngoài mở tại Việt Nam. Để được hoàn thuế, cơ sở xuất khẩu cần hợp
thức hóa hợp đồng mua bán và chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Vì vậy, phát
sinh trường hợp thông đồng, lợi dụng việc hợp thức hóa hồ sơ hoàn thuế để chiếm
đoạt tiền của Nhà nước. Vì thế, việc bổ sung quy định không áp dụng thuế suất 0%
đối với trường hợp xuất khẩu không thực hiện xuất khẩu tại địa bàn hoạt động hải
quan theo Luật Hải quan sẽ giúp ngăn ngừa có hiệu quả trường hợp gian lận hoàn
thuế GTGT, chống thất thu ngân sách nhà nước.
Như vậy, việc quy định về hoàn thuế như trên sẽ góp phần ngăn chặn tình
trạng trốn thuế, lợi dụng hoàn thuế đối với những doanh nghiệp lâu nay làm ăn bất
chính do tận dụng quy định được khấu trừ toàn bộ thuế đầu vào trong khi họ bán
hàng không xuất hóa đơn đầu ra.
(3). Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ
thuế được hoàn thuế giá trị gia tăng khi chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh
nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động có số
thuế giá trị gia tăng nộp thừa hoặc số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu
trừ hết.
Cơ sở kinh doanh trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động sản xuất kinh
doanh nhưng phải giải thể, phá sản hoặc chấm dứt hoạt động chưa phát sinh thuế
giá trị gia tăng đầu ra của hoạt động kinh doanh chính theo dự án đầu tư thì chưa

12


phải điều chỉnh lại số thuế giá trị gia tăng đã kê khai, khấu trừ hoặc đã được hoàn.
Cơ sở kinh doanh phải thông báo với cơ quan thuế quản lý trực tiếp về việc giải thể,
phá sản, chấm dứt hoạt động theo quy định.
Trường hợp cơ sở kinh doanh sau khi làm đầy đủ thủ tục theo quy định của
pháp luật về giải thể, phá sản thì đối với số thuế GTGT đã được hoàn thực hiện theo
quy định của pháp luật về giải thể, phá sản và quản lý thuế; đối với số thuế GTGT
chưa được hoàn thì không được giải quyết hoàn thuế.

Trường hợp cơ sở kinh doanh chấm dứt hoạt động và không phát sinh thuế
GTGT đầu ra của hoạt động kinh doanh chính thì phải nộp lại số thuế đã được hoàn
vào ngân sách nhà nước. Trường hợp có phát sinh bán tài sản chịu thuế GTGT thì
không phải điều chỉnh lại số thuế GTGT đầu vào tương ứng của tài sản bán ra.
(4). Người nước ngoài, người Việt Nam định cư ở nước ngoài mang hộ chiếu
hoặc giấy tờ nhập cảnh do cơ quan có thẩm quyền nước ngoài cấp được hoàn thuế
đối với hàng hoá mua tại Việt Nam mang theo người khi xuất cảnh. Việc hoàn thuế
GTGT thực hiện theo qui định tại Thông tư số 72/2014/TT-BTC ngày 30/5/2014
của Bộ Tài chính về hoàn thuế GTGT đối với hàng hoá của người nước ngoài,
người Việt Nam định cư ở nước ngoài mua tại Việt Nam mang theo khi xuất cảnh.
(5). Việc hoàn thuế giá trị gia tăng đối với các chương trình, dự án sử dụng
nguồn vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) không hoàn lại hoặc viện trợ không
hoàn lại, viện trợ nhân đạo được quy định như sau:
- Chủ chương trình, dự án hoặc nhà thầu chính, tổ chức do phía nhà tài trợ
nước ngoài chỉ định việc quản lý chương trình, dự án sử dụng nguồn vốn hỗ trợ phát
triển chính thức (ODA) không hoàn lại được hoàn số thuế giá trị gia tăng đã trả cho
hàng hoá, dịch vụ mua tại Việt Nam để phục vụ cho chương trình, dự án;
- Tổ chức ở Việt Nam sử dụng tiền viện trợ không hoàn lại, tiền viện trợ
nhân đạo của tổ chức, cá nhân nước ngoài để mua hàng hoá, dịch vụ phục vụ cho
chương trình, dự án viện trợ không hoàn lại, viện trợ nhân đạo tại Việt Nam thì
được hoàn số thuế giá trị gia tăng đã trả cho hàng hóa, dịch vụ đó.
(6). Đối tượng được hưởng quyền ưu đãi miễn trừ ngoại giao theo quy định
của pháp luật về ưu đãi miễn trừ ngoại giao mua hàng hóa, dịch vụ tại Việt Nam để

13


sử dụng được hoàn số thuế giá trị gia tăng đã trả ghi trên hoá đơn giá trị gia tăng
hoặc trên chứng từ thanh toán ghi giá thanh toán đã có thuế giá trị gia tăng.
(7). Cơ sở kinh doanh có quyết định hoàn thuế giá trị gia tăng của cơ quan có

thẩm quyền theo quy định của pháp luật và trường hợp hoàn thuế giá trị gia tăng
theo điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên.
1.2.2. Điều kiện hoàn thuế giá trị gia tăng
Luật thuế GTGT hiện hành không quy định cụ thể điều kiện khấu trừ, hoàn
thuế GTGT chung cho mọi trường hợp, mà chỉ quy định điều kiện riêng cho từng
trường hợp hoàn thuế. Tuy nhiên, qua các quy định hiện hành về hoàn thuế GTGT
và thực tiễn áp dụng, có thể thấy điều kiện hoàn thuế GTGT bao gồm các điểm
chung sau đây:
- Là cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừcó
số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết;
- Đã được cấp giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp hoặc giấy phép đầu tư
(giấy phép hành nghề) hoặc quyết định thành lập của cơ quan có thẩm quyền;
- Có con dấu theo đúng quy định của pháp luật;
- Lập và lưu giữ sổ kế toán, chứng từ kế toán theo quy định của pháp luật về
kế toán;
- Có tài khoản tiền gửi tại ngân hàng theo mã số thuế của cơ sở kinh doanh.
Các điều kiện cụ thể như sau:
1.2.2.1. Hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế
Doanh nghiệp xin hoàn thuế phải hoàn thành nghĩa vụ thuế của mình, đồng
thời có số thuế GTGT đầu vào lớn hơn thuế GTGT đầu ra. Hàng hóa, dịch vụ bán ra
phải là những hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho sản xuất kinh doanh và tiêu dùng ở
Việt Nam là đối tượng chịu thuế GTGT trừ các trường hợp không phải là đối tượng
chịu thuế theo quy định của pháp luật hiện hành[18, Điều 5], [19, Điều 1], [23, Điều
1].
Người nộp thuế được coi là hoàn thành nghĩa vụ thuế khi thực hiện việc kê
khai thuế, quyết toán thuế theo đúng quy định và nộp số tiền thuế phát sinh bao gồm
cả số thuế do người nộp thuế khai trong hồ sơ đã nộp cho cơ quan thuế và số thuế

14

truy thu, xử phạt, số thuế ấn định theo quyết định của cơ quan thuế. Còn đối với các
trường hợp cơ sở kinh doanh chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp
nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động việc xác định hoàn
thành nghĩa vụ thuế được thực hiện theo quy định của luật Doanh nghiệp, pháp luật
về giải thể, phá sản và Luật Quản lý thuế [21, Điều 54, Điều 55].
1.2.2.2. Thanh toán qua ngân hàng
Chủ thể xin hoàn thuế phải xuất trình đầy đủ hóa đơn, chứng từ kê khai
thuế phát sinh đầu ra và thuế GTGT đầu vào phát sinh trong kỳ hoặc hóa đơn,
chứng từ chứng minh đã xuất khẩu hàng hóa, dịch vụ ra nước ngoài, kèm theo tờ
khai với cơ quan hải quan. Đối với các hóa đơn GTGT có tổng giá trị thanh toán
một lần (hoặc nhiều lần cộng lại trong ngày) từ hai mươi triệu đồng trở lên thì phải
kèm theo chứng từ chứng minh đã thanh toán qua ngân hàng.Việc áp dụng điều kiện
thanh toán không dùng tiền mặt khi xác định thuế GTGT đầu vào được khấu trừ và
xác định chi phí được trừ sẽ góp phần hạn chế hành vi mua bán hóa đơn, bán khống
hóa đơn không có hàng hóa, dịch vụ.
1.2.3 Quy trình, thời hạn và thẩm quyền giải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng
1.2.3.1. Quy trình hoàn thuế giá trị gia tăng
Nhằm thống nhất thủ tục hành chính trong các quy định của pháp luật thuế,
Luật Quản lý thuế, Luật Thuế GTGT đã quy định chi tiết về trình tự, thủ tục thực
hiện giải quyết hồ sơ đề nghị hoàn thuế của người nộp thuế;tiếp theo ngày
29/6/2016 Bộ Tài chính cũng đã ban hành Thông tư số 99/2016/TT-BTC có hiệu
lực từ ngày 13/8/2016 đã hướng dẫn về quản lý hoàn thuế GTGT. Theo đó quy định
trình tự thủ tục giải quyết hoàn thuế theo quy định của Luật thuế GTGT bao gồm
các bước công việc cụ thể: Tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế; phân loại hồ sơ hoàn
thuế; giải quyết hồ sơ hoàn thuế; thẩm định pháp chế; ra quyết định hoàn thuế;
thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế.
1.2.3.2. Thời hạn và thẩm quyền giải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng
- Thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế: Tại Luật số 21/2012/QH13 ngày
20/11/2012 sửa đổi bổ sung một số điều Luật quản lý thuế số 78/2006/QH11, có

quy định thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế: Đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế

15


trước, kiểm tra sau thì chậm nhất là sáu ngày làm việc và đối với hồ sơ kiểm tra
trước, hoàn thuế sau thì chậm nhất là bốn mươi ngày, kể từ ngày nhận được đủ hồ
sơ hoàn thuế, cơ quan quản lý thuế phải quyết định hoàn thuế.
Trong quá trình thực hiện giải quyết hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm
tra sautrong thời gian sáu ngày làm việc kể từ khi nhận đủ hồ sơ đề nghị hoàn thuế
theo quy định, cơ quan thuế đối chiếu hồ sơ khai thuế, với hồ sơ đề nghị hoàn thuế,
rà soát nợ thuế, thẩm định và ban hành quyết định hoàn thuế; mặt khác, hoàn thuế
trước là cơ quan thuế chưa thực hiện kiểm tra trực tiếp tại doanh nghiệp do vậy
người nộp thuếphải chịu trách nhiệm về số tiền thuế giá trị gia tăng đã đề nghị hoàn
và được giải quyết hoàn thuế.
Còn trường hợp giải quyết hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau
trong thời gian40 ngày làm việc kể từ khi nhận đủ hồ sơ đề nghị hoàn thuế theo quy
định, cơ quan thuế thực hiện kiểm tra trực tiếp tại doanh nghiệp để đối chiếu hồ sơ
khai thuế, chứng từ sổ sách kế toán; đối chiếu hóa đơn mua bán hàng hóa liên quan
đến số tiền và kỳ đề nghị hoàn thuế; rà soát đối chiếu nợ thuế để thực hiện bù trừ
(nếu có); thẩm định và ban hành quyết định hoàn thuế.
- Thẩm quyền giải quyết hồ sơ hoàn thuế
+ Từ ngày 13/8/2016 trở về trước:Tại Khoản đ, Điều 58 Thông tư
156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 có quy địnhthẩm quyền giải quyết hồ sơ hoàn
thuế GTGT của người nộp thuế do Cục trưởng CụcThuế các tỉnh, thành phố trực
thuộc Trung ương tổ chức thực hiện.
+ Từ ngày 13/8/2016, tại Điều 9 tại Thông tư 99/2016/TT-BTC ngày
29/6/2016 cóquy định rõ thẩm quyền tiếp nhận và giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT
bao gồm 2 mô hình phân cấp, cụ thể:
-

Đối với 4 tỉnh, TP (Hà Nội, Hồ Chí Minh, Bình Dương, Đồng Nai):
+ Cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế (Cục Thuế, Chi cục Thuế)

thực hiện: phân loại hồ sơ hoàn thuế; xác định số thuế GTGT được hoàn của người
nộp thuế; xác định số tiền thuế nợ, tiền phạt, tiền chậm nộp phải bù trừ với số thuế
GTGT được hoàn của người nộp thuế; đề xuất số tiền được hoàn thuế. Riêng Chi
cục Thuế, sau khi hoàn thành các công việc nêu trên, chuyển hồ sơ về Cục Thuế.

16


+ Cục Thuế thực hiện thẩm định hồ sơ hoàn thuế, ban hành quyết định hoàn
thuế, thực hiện chi hoàn thuế cho người nộp thuế.
- Đối với 59 tỉnh, thành phố còn lại: Cục Thuế có trách nhiệm tiếp nhận và
giải quyết hồ sơ hoàn thuế cho người nộp thuế bao gồm cả người nộp thuế do Chi
cục Thuế quản lý trực tiếp.
Việc phân cấp thẩm quyền tiếp nhận và giải quyết hồ sơ hoàn thuế có sự thay
đổi như trên là do trong thời gian vừa qua các Cục Thuế thành phố Hà Nội, thành
phố Hồ Chí Minh, tỉnh Bình Dương, tỉnh Đồng Nai là các địa phương có số doanh
nghiệp lớn, nhiều khu công nghiệp, khu chế xuất đồng thời có số hồ sơ và số tiền
hoàn thuế rất lớn, do vậy việc giao cho các Chi cục Thuế trực thuộc 4 tỉnh, thành
phố nêu trên thực hiện việc tiếp nhận, phân loại, xác định số thuế hoàn, xác định số
tiền nợ, đề xuất số tiền hoàn thuế chuyển hồ sơ về Cục Thuế để thẩm định và ra
quyết định hoàn thuế cho người nộp thuế để giảm tải các công việc trong quá trình
giải quyết hồ sơ hoàn thuế đối các Cục Thuế và đảm bảo thời gian giải quyết hoàn
cho NNT.
1.2.4. Hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng
Theo quy định của pháp luật hiện hành hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng bao
gồm:Văn bản yêu cầu hoàn thuế;Các tài liệu liên quan đến yêu cầu hoàn thuế

vàđược nộp một bộ tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp hoặc tại cơ quan hải quan có
thẩm quyền hoàn thuế. Cụ thể như sau:
- Văn bản yêu cầu hoàn thuế giá trị gia tăng là: Giấy đề nghị hoàn trả khoản
thu Ngân sách nhà nướcbao gồm Thông tin về tổ chức, cá nhân đề nghị hoàn trả;
nội dung đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước: Thông tin về khoản thu đề
nghị hoàn trả và Hình thức đề nghị hoàn trả (Bù trừ cho khoản phải nộp NSNN
hoặc hoàn trả trực tiếp) [2, mẫu số 01/ĐNHT].
-Các tài liệu liên quan đến yêu cầu hoàn thuế tùy từng trường hợp hoàn thuế
cụ thể sẽ có yêu cầu bổ sung thêm các loại hồ sơ phù hợp như:
+ Hoàn thuế GTGT đối với dự án ODA bao gồm:(i) Đối với Chủ dự án và
Nhà thầu chính gồm bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa dịch vụ mua vào; quyết
định của cấp có thẩm quyền về việc phê duyệt dự án sử dụng vốn ODA không hoàn

17


lại, dự án sử dụng vốn ODA vay ưu đãi được ngân sách nhà nước cấp phát; xác
nhận của cơ quan chủ quản dự án ODA về hình thức cung cấp dự án ODA là ODA
không hoàn lại hay ODA vay được ngân sách nhà nước cấp phát ưu đãi thuộc đối
tượng được hoàn thuế giá trị gia tăng và việc không được ngân sách nhà nước cấp
vốn đối ứng để trả thuế giá trị gia tăng. (ii) Đối với Văn phòng đại diện nhà tài trợ
dự án gồm bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa dịch vụ mua vào;- Văn bản thỏa
thuận giữa cơ quan nhà nước có thẩm quyền của Việt Nam với Nhà tài trợ về việc
thành lập Văn phòng đại diện và Văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền về
việc thành lập Văn phòng đại diện[2, Điều 50].
+ Hoàn thuế đối với tổ chức, cá nhân nước ngoài, tổ chức ở Việt Nam sử
dụng tiền viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại của nước ngoài mua hàng hoá,
dịch vụ có thuế giá trị gia tăng ở Việt Nam để viện trợ không hoàn lại, viện trợ nhân
đạo, hồ sơ gồm: Bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa dịch vụ mua vào; Văn bản
phê duyệt các khoản viện trợ của cấp có thẩm quyền; Văn bản xác nhận của Bộ Tài

chính hoặc của Sở Tài chính về khoản tiền viện trợ của tổ chức phi chính phủ nước
ngoài [2, Điều 51].
+ Hoàn thuế giá trị gia tăng đối với đối tượng hưởng ưu đãi miễn trừ ngoại
giao hồ sơ gồm: Bảng kê thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào dùng cho cơ
quan đại diện ngoại giao và Bảng kê thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào
dùng cho viên chức ngoại giao tại Việt Nam; Bản gốc kèm theo 02 (hai) bản chụp
hóa đơn GTGT có đóng dấu của cơ quan đại diện[2, Điều 52].
+ Hồ sơ hoàn thuế, phí nộp thừa đối với người nộp thuế sáp nhập, hợp nhất,
chia, tách, giải thể, phá sản, chuyển đổi sở hữu, chấm dứt hoạt động, hồ sơ gồm:
Quyết định của cấp có thẩm quyền về việc sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể,
phá sản, chuyển đổi sở hữu, chấm dứt hoạt động; Hồ sơ quyết toán thuế hoặc hồ sơ
khai thuế đến thời điểm sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chuyển đổi
sở hữu, chấm dứt hoạt động[2, Điều 55].
+ Hoàn thuế giá trị gia tăng đối với thiết bị, máy móc, phương tiện vận tải
chuyên dùng nằm trong dây chuyền công nghệ và vật tư xây dựng thuộc loại trong
nước chưa sản xuất được cần nhập khẩu để tạo tài sản cố định của doanh nghiệp,

18


gồm: Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu Ngân sách nhà nước, trong đó ghi rõ số thuế
GTGT hàng nhập khẩu của thiết bị, máy móc, phương tiện vận tải chuyên dùng nằm
trong dây chuyền công nghệ và vật tư xây dựng thuộc loại trong nước chưa sản xuất
được cần nhập khẩu để tạo tài sản cố định của doanh nghiệp và cam kết của doanh
nghiệp; Bảng kê hồ sơ hàng hóa nhập khẩu [2, Điều 56].
Người nộp thuế được gửi hồ sơ hoàn thuế điện tử hoặc nộp trực tiếp tại cơ
quan thuế hoặc gửi qua đường bưu chính. Cụ thể (i) Người nộp thuế gửi hồ sơ hoàn
thuế điện tử qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế kể từ thời điểm cơ quan
thuế chấp nhận giao dịch hoàn thuế điện tử; (ii) Người nộp thuế gửi trực tiếp hồ sơ
hoàn thuế bằng giấy hoặc gửi qua đường bưu chính đến cơ quan thuế quản lý trực

tiếp người nộp thuế.
1.2.5 Giải quyết tranh chấp về hoàn thuế giá trị gia tăng
Tranh chấp thuế là tranh chấp hành chính có liên quan đến quyết định thu
thuế, quyết định xử phạt đối với người nộp thuế. Tranh chấp phát sinh do bất đồng
của người nộp thuế đối với quyết định của cơ quan có thẩm quyền thu thuế và xử
phạt. Và để giải quyết tranh chấp cần tuân thủ theo trình tự, thủ tục luật định để xác
định đúng sai trong quyết định của cơ quan có thẩm quyền. Hiện nay, giải quyết
tranh chấp về thuế theo hai thủ tục: Một là thủ tục khiếu nại theo Luật Khiếu nại và
hai là thủ tục tố tụng tại Tòa án theo Luật tố tụng hành chính.
Tranh chấp liên quan đến hoàn thuế GTGT là tranh chấp phát sinh do bất
đồng và xung đột quan điểm, lợi ích giữa đối tượng có yêu cầu hoàn thuế và cơ
quan thuế trong quá trình hoàn thuế GTGT.
Thứ nhất: Tranh chấp liên quan đến hoàn thuế GTGT phát sinh giữa các chủ
thể tham gia hoàn thuế GTGT, bao gồm các đối tượng có quyền hoàn thuế GTGT,
các chủ thể này thường có các quyền và lợi ích đối lập nhau.
Thứ hai: Đối tượng tranh chấp về hoàn thuế chính là những lợi ích liên quan
đến số thuế được hoàn. Khoản tiền này phản ánh mối quan hệ lợi ích giữa các bên
tranh chấp và thường là căn nguyên chủ yếu dẫn đến tranh chấp giữa các bên.
1.2.5.1. Giải quyết tranh chấp liên quan đến hoàn thuế giá trị gia tăng theo thủ
tục khiếu nại hành chính

19


Việc giải quyết được thực hiện theo các trình tự và thủ tục của Luật Khiếu
nại. Người nộp thuế, cá nhân, tổ chức có quyền khiếu nại đối với các quyết định
hoàn thuế của cơ quan thuế; các hành vi hành chính của công chức quản lý thuế,
người được giao nhiệm vụ trong công tác giải quyết hoàn thuế khi có căn cứ cho
rằng hành vi đó là trái pháp luật, xâm phạm quyền, lợi ích hợp pháp của mình. Cơ
quan thuế, công chức quản lý thuế, người được giao nhiệm vụ trong công tác quản

lý thuế có trách nhiệm kiểm tra, xem xét lại quyết định hành chính, hành vi hành
chính của mình, nếu thấy trái pháp luật thì kịp thời sửa chữa, khắc phục để tránh
phát sinh khiếu nại tố cáo.
Thẩm quyền giải quyết khiếu nại của cơ quan thuế các cấp được thực hiện tại
các cấp như sau:
- Chi cục trưởng Chi cục Thuế có thẩm quyền giải quyết khiếu nại đối với
quyết định hoàn thuế, hành vi hành chính của mình, của người có trách nhiệm do
mình quản lý trực tiếp.
- Cục trưởng Cục Thuế có thẩm quyền: (i) Giải quyết khiếu nại đối với quyết
định hành chính, hành vi hành chính của chính mình; của người có trách nhiệm do
mình quản lý trực tiếp;và (ii) giải quyết khiếu nại mà Chi cục trưởng Chi cục Thuế
đã giải quyết nhưng còn có khiếu nại.
- Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế có thẩm quyền: (i) Giải quyết khiếu nại
đối với quyết định hành chính, hành vi hành chính của chính mình; của người có
trách nhiệm do mình quản lý trực tiếp;và (ii) giải quyết khiếu nại mà Cục trưởng
Cục Thuế đã giải quyết lần đầu nhưng còn có khiếu nại.
- Bộ trưởng Bộ Tài chính có thẩm quyền: (i) Giải quyết khiếu nại đối với
quyết định hành chính, hành vi hành chính của chính mình; của người có trách
nhiệm do mình quản lý trực tiếp;(ii) giải quyết khiếu nại mà Tổng cục trưởng Tổng
cục Thuế đã giải quyết lần đầu nhưng còn khiếu nại.
Như vậy theo qui định trên, việc xác định thẩm quyền giải quyết khiếu nại
theo nguyên tắc giải quyết khiếu nại lần đầu tại cơ quan quyết định hoàn thuế
GTGT, còn giải quyết khiếu nại lần hai tại cơ quan có thẩm quyền cấp trên. Căn cứ
vào thời hiệu khiếu nại, thời hạn thụ lý, thời hạn giải quyết khiếu nại, người nộp

20