Luận án tiến sĩ: Nghiên cứu một số đặc điểm dịch tễ học của bệnh tiêu chảy thành dịch ở lợn (PED) tại miền Bắc Việt Nam

HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM
¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯

NGUYỄN TRUNG TIẾN

NGHIÊN CỨU MỘT SỐ ĐẶC ĐIỂM DỊCH TỄ HỌC CỦA
BỆNH TIÊU CHẢY THÀNH DỊCH Ở LỢN (PED)
TẠI MIỀN BẮC VIỆT NAM

LUẬN ÁN TIẾN SĨ

NHÀ XUẤT BẢN ĐẠI HỌC NÔNG NGHIỆP - 2018


HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM
¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯¯

NGUYỄN TRUNG TIẾN

NGHIÊN CỨU MỘT SỐ ĐẶC ĐIỂM DỊCH TỄ HỌC CỦA
BỆNH TIÊU CHẢY THÀNH DỊCH Ở LỢN (PED)
TẠI MIỀN BẮC VIỆT NAM

Chuyên ngành:

Dịch tễ học thú y

Mã số:

9.64.01.08

Người hướng dẫn khoa học: PGS.TS. Nguyễn Bá Hiên

HÀ NỘI - 2018


LỜI CAM ĐOAN
Tôi xin cam đoan đây là công trình nghiên cứu riêng của bản thân. Các kết quả
nghiên cứu được trình bày trong luận án là trung thực, khách quan và chưa từng dùng
bảo vệ để lấy bất kỳ học vị nào.
Tôi xin cam đoan rằng mọi sự giúp đỡ cho việc thực hiện luận án đã được cám ơn
và các thông tin trích dẫn trong luận án này đều được chỉ rõ nguồn gốc.

Hà Nội, ngày tháng

năm 2018

Tác giả luận án

Nguyễn Trung Tiến

i


LỜI CẢM ƠN
Để hoàn thành luận án, tác giả đã nhận được sự giúp đỡ và tạo điều kiện của rất
nhiều người, sau đây là lời cảm ơn chân thành của tác giả:
Trước hết, tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới Thầy giáo PGS.TS. Nguyễn Bá
Hiên, người đã trực tiếp hướng dẫn tôi trong suốt quá trình nghiên cứu và hoàn thành
luận án. Nhờ có sự hướng dẫn nhiệt tình và những ý kiến đóng góp quý báu của thầy mà
luận án của tôi đã được hoàn thành.

Tôi xin trân trọng cảm ơn Ban Giám đốc Học viện Nông nghiệp Việt Nam, Ban
Quản lý đào tạo, Ban Chủ nhiệm khoa Thú y, Bộ môn Vi sinh vật - Truyền nhiễm,
Phòng Thí nghiệm trọng điểm công nghệ sinh học Thú y, cùng toàn thể các thầy, cô
giáo và cán bộ Khoa Thú y - Học viện Nông nghiệp Việt Nam, đã trang bị cho tôi
những kiến thức quý báu và giúp đỡ tôi hoàn thành công trình nghiên cứu này.
Trân trọng cảm ơn Lãnh đạo, toàn thể cán bộ công nhân viên Trung tâm Kiểm
nghiệm thuốc Thú y TW1, các bạn bè và đồng nghiệp đã luôn tạo điều kiện về thời gian,
động viên, chia sẻ vật chất, tinh thần, giúp đỡ tôi trong quá trình học tập, nghiên cứu và
hoàn thành luận án.
Hà Nội, ngày tháng năm 2018
Nghiên cứu sinh

Nguyễn Trung Tiến

ii


MỤC LỤC
Lời cam đoan ..................................................................................................................... i
Lời cảm ơn ........................................................................................................................ ii
Mục lục ............................................................................................................................ iii
Danh mục các từ viết tắt .................................................................................................. vi
Danh mục bảng ............................................................................................................... vii
Danh mục hình ............................................................................................................... viii
Trích yếu luận án .............................................................................................................. x
Thesis abstract................................................................................................................. xii
Phần 1. Mở đầu ............................................................................................................... 1
1.1.

Tính cấp thiết của đề tài ........................................................................................ 1

1.2.

Mục tiêu nghiên cứu ............................................................................................. 2

1.3.

Phạm vi nghiên cứu .............................................................................................. 3

1.4.

Những đóng góp mới của đề tài ............................................................................ 3

1.5.

Ý nghĩa khoa học và thực tiễn của đề tài .............................................................. 3

Phần 2. Tổng quan tài liệu ............................................................................................. 4
2.1.

Giới thiệu chung ................................................................................................... 4

2.2.

Lịch sử bệnh tiêu chảy thành dịch ở lợn ............................................................... 4

2.3.

Tình hình dịch PED trên thế giới và Việt Nam .................................................... 5

2.3.1. Tình hình dịch PED trên thế giới .......................................................................... 5
2.3.2. Tình hình dịch PED ở Viê ̣t Nam........................................................................... 6
2.4.

Căn bệnh ............................................................................................................... 8

2.4.1. Phân loại và hình thái của PEDV.......................................................................... 8
2.4.2. Cấu trúc phân tử của virus gây bệnh ..................................................................... 9
2.4.3. Đặc tính nuôi cấy của virus ................................................................................ 12
2.4.4. Sức đề kháng của virus gây bệnh PED .............................................................. 12
2.4.5. Dịch tễ học lâm sàng ........................................................................................... 13
2.5.

Dịch tễ học phân tử ............................................................................................. 16

2.6.

Triệu chứng và bệnh tích của lợn mắc PED ....................................................... 18

2.6.1. Triệu chứng lâm sàng.......................................................................................... 18
2.6.2. Bệnh tích ............................................................................................................. 19

iii


2.7.

Các phương pháp chẩn đoán PEDV ................................................................... 20

2.7.1. Phát hiện virus .................................................................................................... 20

2.7.2. Chẩn đoán phân biệt ........................................................................................... 23
2.7.3. Phân lập virus...................................................................................................... 24
2.8.

Phòng và điều trị bệnh ........................................................................................ 25

Phần 3. Nội dung - nguyên liệu - phương pháp nghiên cứu...................................... 30
3.1.

Địa điểm nghiên cứu ........................................................................................... 30

3.2.

Thời gian thực hiện đề tài ................................................................................... 30

3.3.

Nội dung nghiên cứu ........................................................................................... 30

3.3.1. Nghiên cứu tình hình dịch PED tại một số tỉnh miền Bắc Việt Nam ................. 30
3.3.2. Phân tích đặc điểm về trình tự gen...................................................Japan_2014
518 KT266578_China_2015
519 KT989352_China_2015
520 KT989353_China_2015
521 KT989354_China_2015
522 KT989355_China_2015
523 KT989356_China_2015
524 KT989357_China_2015
525 KT989358_China_2015
526 KT989359_China_2015

527 KT989360_China_2015
528 KT989361_China_2015
529 KT989362_China_2015
530 KT989363_China_2015
531 KT989364_China_2015
532 KT989365_China_2015
533 KT989366_China_2015
534 KX982573_Vietnam_2015
535 KX982576_Vietnam_2015
536 KY070587_China_2016
537 MF152597_China_2016
538 MF152598_China_2016
539 MF152599_China_2016
540 MF152602_China_2016
541 MF152596_China_2017
542 MF152600_China_2017
543 MF152601_China_2017
544 MF152603_China_2017
545 MF152604_China_2017
546 MF152605_China_2017
547 KU133269_China_2015
548 KC140102_China_2012
549 KU975404_China_2015
550 KR265813_USA_2014

107

551 KR514323_China_2015
552 KM975741_USA_2014
553 KF840561_China_2013

554 KF840562_China_2013
555 KU133263_China_2012
556 KT388411_China_2014
557 KU133234_China_2014
558 KJ778615_USA_2013
559 KJ778616_USA_2013
560 KT313036_China_2015
561 KJ645661_USA_2013
562 KJ158152_China_2011
563 KJ645648_USA_2013
564 KJ645649_USA_2013
565 KX064280_China_2014
566 KU982980_USA_2015
567 KF761675_China_2013
568 KM225245_China_2012
569 KM225246_China_2012
570 KM225247_China_2012
571 KM225248_China_2012
572 KM225249_China_2012
573 KM225250_China_2012
574 KM225251_China_2012
575 KM225252_China_2012
576 KJ645641_USA_2013
577 KM196109_Canada_2014
578 KU985229_Netherlands_2015
579 KT388412_China_2014
580 KU975403_China_2015
581 KU982967_USA_2015
582 KU982969_USA_2015
583 KP641661_USA_2014

584 KJ645700_Mexico_2014
585 KM189366_Canada_2014
586 KM077139_USA_2014
587 KR265840_USA_2014
588 KJ645638_USA_2013
589 KJ645639_USA_2013
590 KP403954_Ukraine_2014
591 KU982966_USA_2015
592 KU982972_USA_2015
593 KU982976_USA_2015
594 KT895907_Austria_2015
595 KU133246_China_2015
596 KU975405_China_2014
597 KU975416_China_2015
598 KJ408801_USA_2014
599 KR265843_USA_2014
600 KJ645662_USA_2013


601 KJ645663_USA_2013
602 KJ645650_USA_2013
603 KJ645651_USA_2013
604 KR265766_Mexico_2014
605 KR265810_USA_2014
606 KR514318_China_2013
607 KJ645640_USA_2013
608 KR265828_USA_2014
609 KJ645664_USA_2013
610 KJ645665_USA_2013
611 KJ645666_USA_2013

612 JN825712_China_2011
613 KP768390_Taiwan_2007
614 KR265781_USA_2014
615 KR265784_USA_2014
616 KX534205_China_2015
617 KR265809_USA_2014
618 KJ645668_USA_2013
619 KJ645706_USA_2013
620 KJ645642_USA_2013
621 KU133250_China_2013
622 KU133253_China_2013
623 KR265821_USA_2014
624 KU847996_China_2015
625 KJ645704_USA_2013
626 KU133265_China_2015
627 KU975412_China_2014
628 KU982975_USA_2015
629 KR265792_USA_2014
630 KJ645701_USA_2014
631 KR095279_China_2015
632 KR265773_USA_2014
633 KR265797_USA_2014
634 KJ645669_USA_2013
635 KJ645670_USA_2013
636 KU975411_China_2014
637 KR265841_USA_2014
638 KR265842_USA_2014
639 KR265814_USA_2014
640 KY111278_Italy_2016
641 KU975419_China_2015

642 KJ645667_USA_2013
643 KJ645672_USA_2013
644 KJ645673_USA_2013
645 KJ645645_USA_2013
646 KF452322_USA_2013
647 KP276244_Taiwan_2014
648 KP276245_Taiwan_2014
649 KP276246_Taiwan_2014
650 KU133232_China_2014

651 KF294256_China_2012
652 KP202365_USA_2014
653 KF738263_China_2012
654 KJ645695_USA_2013
655 KJ645696_USA_2013
656 KJ645702_USA_2014
657 KR265791_USA_2014
658 KF267450_USA_2013
659 KM975739_USA_2013
660 KU558702_USA_2013
661 KP276250_Taiwan_2014
662 KP276251_Taiwan_2014
663 KP276252_Taiwan_2014
664 KR265811_USA_2014
665 KX812523_China_2016
666 KF738258_China_2012
667 KR265844_USA_2014
668 KJ645671_USA_2013
669 KJ645674_USA_2013
670 KF738264_China_2012

671 KR265819_USA_2014
672 KR265812_USA_2014
673 KM975740_USA_2013
674 KT591944_USA_2013
675 KT860508_USA_2013
676 KU133262_China_2013
677 KR265767_USA_2014
678 KM609207_China_2011
679 KF724936_Thailand_2012
680 KF724938_Thailand_2013
681 KJ526096_China_2013
682 KP870124_China_2013
683 KJ741221_Korea_2014
684 KJ741222_Korea_2014
685 KJ741223_Korea_2014
686 KJ741224_Korea_2014
687 KJ741225_Korea_2014
688 KM924403_Korea_2014
689 KM924404_Korea_2014
690 KM924405_Korea_2014
691 KM924406_Korea_2014
692 KM924407_Korea_2014
693 KM924408_Korea_2014
694 KM924409_Korea_2014
695 KM924410_Korea_2014
696 KM924411_Korea_2014
697 KT428878_China_2014
698 KC242905_China_2012
699 KC242906_China_2012
700 KX708903_Vietnam_2015

701 KY775047_China_2016
702 KY775048_China_2016
703 KY775049_China_2016
704 KY775050_China_2016
705 GU180142_Korea_2008
706 GU180143_Korea_2008
707 JN184634_Korea_2009
708 JN184635_Korea_2009
709 JX647847_China_2011
710 KP870117_China_2012
711 KP870118_China_2012
712 KP870119_China_2012
713 KJ451039_Korea_2013
714 KJ451040_Korea_2013
715 KJ451041_Korea_2013
716 KJ451042_Korea_2013
717 KJ451043_Korea_2013
718 KJ451044_Korea_2013
719 KJ451046_Korea_2013
720 KJ451045_Korea_2013
721 KJ662670_Korea_2013
722 KM392231_USA_2013
723 KM392232_USA_2013
724 KM392228_USA_2013
725 KM392229_USA_2013
726 KM392230_USA_2013
727 KM924412_Korea_2013
728 KP455313_Vietnam_2013
729 KP455314_Vietnam_2013

730 KR078300_USA_2013
731 KP870128_China_2013
732 KP870129_China_2013
733 KP870136_China_2014
734 KP870137_China_2014
735 KP870138_China_2014
736 KP870139_China_2014
737 KP890336_China_2014
738 KX708897_Vietnam_2015
739 KX708898_Vietnam_2015
740 KY000559_Thailand_2008
741 KY828922_Thailand_2008
742 GU180144_Korea_2009
743 GU180145_Korea_2009
744 GU180146_Korea_2009
745 JX145339_China_2011
746 JX489155_China_2011
747 KF724937_Thailand_2011
748 KX981899_Thailand_2011
749 JX560761_China_2012
750 KC242898_China_2012

108

751 KC242899_China_2012
752 KC242900_China_2012
753 KJ777677_China_2012
754 KJ777678_China_2012
755 KJ451036_Korea_2013
756 KP870121_China_2013

757 KP870122_China_2013
758 KR818832_China_2013
759 KJ588062_Korea_2014
760 KJ588063_Korea_2014
761 KJ588064_Korea_2014
762 KM924420_Korea_2014
763 KM924421_Korea_2014
764 KM924422_Korea_2014
765 KM924423_Korea_2014
766 KM924424_Korea_2014
767 KM924425_Korea_2014
768 KY775040_China_2016
769 KY775041_China_2016
770 KY775045_China_2016
771 KY775046_China_2016
772 KM609206_China_2012
773 KP870120_China_2013
774 KP870125_China_2013
775 KP870130_China_2013
776 KP870140_China_2013
777 KJ451047_Korea_2014
778 KJ451048_Korea_2014
779 KM924413_Korea_2014
780 KM924414_Korea_2014
781 KM924415_Korea_2014
782 KM924416_Korea_2014
783 KM924417_Korea_2014
784 KM924418_Korea_2014
785 KM924419_Korea_2014
786 KP455315_Vietnam_2014

787 KP455316_Vietnam_2014
788 KP455317_Vietnam_2014
789 KP455318_Vietnam_2014
790 KP455319_Vietnam_2014
791 KP455320_Vietnam_2014
792 KM609210_China_2014
793 KM609211_China_2014
794 KP870131_China_2014
795 KP870132_China_2014
796 KU363117_Japan_2014
797 KU363118_Japan_2014
798 KU363119_Japan_2014
799 KU363120_Japan_2014
800 KU363121_Japan_2014


801
802
803
804
805
806
807
808
809
810
811
812
813
814

815
816
817
818
819
820
821
822
823
824
825
826
827
828
829
830
831
832
833
834
835
836
837
838
839
840
841
842
843
844

845
846
847
848
849

KR003452_Belgium_2015
KX708901_Vietnam_2015
KX708902_Vietnam_2015
KY825240_Korea_2016
KY825242_Korea_2016
KY775051_China_2016
KX708894_Vietnam_2016
MF737355_Korea_2001
KF779469_Korea_2008
GU180147_Korea_2009
GU180148_Korea_2009
JQ979290_China_2011
KC242904_China_2012
KF724935_Thailand_2012
KP870114_China_2012
KP765609_China_2013
KP870126_China_2013
KP870135_China_2014
KX981897_Thailand_2014
KX981898_Thailand_2014
KX981900_Thailand_2015
MF346935_China_2016
KY775055_China_2016
JQ979289_China_2011

KM609204_China_2011
KM392224_USA_2013
KM392225_USA_2013
KR078299_USA_2013
KP870133_China_2014
KP870134_China_2014
KY775044_China_2016
KC242901_China_2012
KC242902_China_2012
KF384500_China_2012
KM609203_China_2012
KM609208_China_2012
KP870113_China_2012
KJ020932_China_2013
KJ451037_Korea_2013
KF760557_China_2013
KM609209_China_2013
KP870123_China_2013
KM403155_Korea_2014
KM403156_Korea_2014
KM403157_Korea_2014
KM403158_Korea_2014
KM242131_China_2014
KM924426_Korea_2014
KM924427_Korea_2014

851
852
853
854

855
856
857
858
859
860
861
862
863
864
865
866
867
868
869
870
871
872
873
874
875
876
877
878
879
880
881
882
883
884

885
886
887
888
889
890
891
892
893
894
895
896
897
898
899

KM609212_China_2014
KM609213_China_2014
KY928065_China_2016
KY607767_China_2016
KY963963_Korea_2016
KY775038_China_2016
KY775039_China_2016
KY775042_China_2016
KY775043_China_2016
JQ979291_China_2011
JX188454_China_2011
KC196276_China_2011
KC242903_China_2012
KJ451038_Korea_2013

KX839246_China_2013
KT428879_China_2014
KU363111_Japan_2014
KU363112_Japan_2014
KU363113_Japan_2014
KU363114_Japan_2014
KU363115_Japan_2014
KU363116_Japan_2014
KX981440_China_2016
KX066126_China_2011
KC242911_China_2012
KC242912_China_2012
KM392226_USA_2013
KM392227_USA_2013
KP870127_China_2013
KR873431_Korea_2014
KR873434_Korea_2014
KR873435_Korea_2014
KU975389_China_2014
KU836638_UK_2000
KP870115_China_2012
KP870116_China_2012
KX708895_Vietnam_2015
KX708904_Vietnam_2015
KX708905_Vietnam_2015
KX708906_Vietnam_2015
KX708907_Vietnam_2015
KY775035_China_2016
KY775036_China_2016
KY775037_China_2016

KY775052_China_2016
KY775053_China_2016
KY775054_China_2016
JQ979287_China_2011
JQ979288_China_2011

109

901
902
903
904
905
906
907
908
909
910
911

KC242908_China_2012
KC242909_China_2012
KC242910_China_2012
KY486713_China_2015
KY486714_China_2015
KX708896_Vietnam_2015
KX708899_Vietnam_2015
KX708900_Vietnam_2015
KJ960178_Vietnam_2013
KJ960179_Vietnam_2013

KJ960180_Vietnam_2013


3. Danh mục trình tự gen ORF3 sử dụng trong nghiên cứu
(mã số GenBank, tên chủng)
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25

26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55

56
57
58
59
60

KP455972_HUA.PED63_Vietnam
KP455969_HUA.PED55_Vietnam
KP455970_HUA.PED58_Vietnam
KP455971_HUA.PED60_Vietnam
KP455973_HUA.PED67_Vietnam
KP455974_HUA.PED68_Vietnam
KP455968_HUA.PED47_Vietnam
KP455967_HUA.PED45_Vietnam
KT941120_HUA.14PED96_Vietnam
KJ960180_VN/KCHY.310113_Vietnam
KJ960179_VN/VAP1113.1_Vietnam
KJ960178_VN/JFP1013.1_Vietnam
KU977500_CH/SXYC
KP281639_HBHA1
KU645771_CH/HJ/2015
KR138437_AY2
KP281640_FJGS
KX010473_GZLB
KU977483_CH/HNHB.3
KU645787_CH/YZ1/2015
KU645784_CH/WZ2/2014
KU645783_CH/WZ1/2014
KX010468_GZZAI1
KX010466_GZKY

KU645774_CH/KF/2015
KU641642_GD/MM/2015
KU641640_LN/SY/2015
KU645773_CH/JY/2015
KU641665_JX/2015/1224
KU977488_CH/HNKF.1
KU641655_HuB/YC/2015
KU641645_SH/SG/2015
KJ857454_KDGN13.295BG
KU645777_CH/NH/2015
KT968515_14JM.278
KT968514_14JM.238
KR138439_NC5
KM890287_XC/2013
KU977485_CH/HNHB.5
KU645781_CH/QX3/2014
KT968513_14JM.204
KT968512_14JM.40
KX852337_HLJ/ZD.1/16
KX852325_HLJ/ZD.2/16
KX852324_HLJ/ZD.3/16
KT968516_14JM.295
JQ678037_FJ/FZ/11
JN676145_Fj
KU363132_JKa.295fSde194Co25
KU363130_JKa.295fSde215Co6
KU363129_JKa.295fSde197Co5
KU363128_JKa.295fSde197Co4
KU363127_JMi.277/fSde197Co28
KU363126_JMi.277/fSde197Co27

KU363125_JMi.277/fSde197Co26
KU363131_JKa.295fSde197Co8
KU645776_CH/MZ/2014
KP281654_HeBXT5
KP281625_HBJZ1
KP281613_HeBXT2

61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83

84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113

114
115
116
117
118
119
120

KP281612_HeBXT1
KX010465_GZ.GZ
KX010462_GZ.KF8
KX010461_GZGL
KM213254_ZJ13XS0401
KM213251_ZJ13LY1201
KM213250_ZJ14NB0401
KP281609_HNZZ
KM213253_ZJ13SX1101
KC120792_P32
KC120785_P6
KC120780_P84
KP222521_MY1
JX501333_CH/XC/12
KC161191_JSDT2011
KC161190_JSDT2.2012
KM048303_CH/HeN/JZ.2013
KJ646567_FJ.ZP
KP222531_CQ3
KP222522_CQ2
KP222528_FJLY3
KP281621_HeNPY1

KP281622_HeNPY2
KP222526_GH2
KC120788_P13
KP222532_MX1
KM048302_CH/HeN/FQ.2014
KP281624_HeBBD2
JQ430684_PF5
JQ430683_PF4
JQ430681_PF2
JQ305138_SH5.ORF3
JQ305137_SH4.ORF3
JQ305135_SH2.ORF3
KU641639_BJ/2015/111
KJ857453_KDGG13.6IC
KJ857452_KDCN13.2DJ
KX010471_GZHX133
KX010464_GZZY
KX010463_GZ.HX132
KU641646_HeB/2015/516
KU641637_HLJ2015/DP1.1
KR138440_DeY2
KR138438_DeY1
KX852330_HLJ/MDJ.1/16
KX852329_HLJ/MDJ.2/16
KX852328_HLJ/MDJ.3/16
KU363124_JMi.277/fSde197Co13
KU363122_JMi.277/fSnorCo11
KU977484_CH/HNHB.4
KU977481_CH/HNHB.1
KM048307_CH/HeN/ZK.2014

KP281610_BJLS
KR078319_CH/HeN/PY.2015
KP222523_YC1
KP281628_HBHG2
KP281627_HBHG1
KU363123_JMi.277/fSde197Co12
KU977494_CH/HNNY.3
KU641650_TJ/2015/525

110

121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139

140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169

170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180

KU641641_HeB/CC/2015
KU641638_SD/QD/2015
KJ646573_FJ.LY1
KJ646572_FJ.LY
KU645788_CH/YZ2/2015
KU645767_CH/CG/2014
KU977493_CH/HNNY.2
KX852323_HLJ/ZD.4/16
KP222524_LS7
KP222520_DY3
KP222519_ZD1
KP222518_PJ3
KP281626_HBJZ2
KP281623_HeBBD1
KP281614_HeNZZ1
KP222527_QS2
KJ646563_FJ.SM
KU977499_CH/HNZMD

KM890281_LB/2013
JX878382_JS120103
JN547396_CH/PDSBF/11
JN547391_CH/ZMDZY/11
KP281611_HBYC
KU977492_CH/HNNY.1
KU977482_CH/HNHB.2
KU977487_CH/HNHB.7
KU977495_CH/HNPY
KX852327_HLJ/QQHE.1/16
KX852326_HLJ/DQ.1/16
KU977498_CH/HNXX
KM890291_ZK/2013
KM890285_WH/2013
KU645782_CH/SS/2015
KU641675_JL/2015/720
JQ027027_CH/XJUrumqi/2011
KU977497_CH/HNXC
KU641667_SX/2015/121
KU641644_SC/CD/2015
KC161188_AHQJ2012
KP281642_HeBJA2
KC294277_GDJM.1205
KC294279_GDFS.1203
KC294283_GDZH.1111
KU977491_CH/HNLY
KU641673_HLJ/2015/1230
KU641663_HLJ/2015/1231
KU641652_HLJ/2015/1228
KX760095_HA1

KU641649_HLJ/2015/116
KU645770_CH/DF3/2014
KU645768_CH/DF1/2014
KP222530_MY3
KM890279_GS/2013
JX501331_CH/CY/12
JQ664731_CH/HBXX3/11
KU645769_CH/DF2/2014
KM048299_CH/HeN/CY.2013
JN584170_CH/HBXX2/11
KM213252_SH131202
JQ430680_PF1

181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197

198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227

228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240

JQ305134_SH1.ORF3
KM386647_XJ.DB2
KF495657_2013AHCH
JQ664299_CH/SH/2011
KJ642645_NJ
KF495662_2013AHDY
KF478915_2013ANMAS
JN547400_CH/ZKXH/11
KC342818_CH9
KC342815_CH5
KJ857443_KDGG12KAN
KJ857439_KDGG10YO
KJ857436_KDGG10DA
KJ857437_KDGG10HA
KC344848_NPKPED0108
KC344846_V1PED0108

JQ664303_CH/JLGZL/2011
JX880078_ZJ
JQ664302_CH/JLCC/2011
KX852334_HLJ/HG.4/16
KX852333_HLJ/JMS.1/16
KX852332_HLJ/JMS.2/16
KX852331_HLJ/JMS.3/16
KX852335_HLJ/HG.3/16
KC342821_CH22
KC342816_CH7
KC342817_CH8
JQ664301_CH/HBQHD/2011
JQ027031_CH/HLJQQHE.1/2011
JQ027026_CH/HLJHRB/2011
KU645775_CH/LY/2015
KM213255_ZJ14HZ0301
JX910247.2
JX910245.2
JX645187_AHSX
JX910248_AHYS
KF495660_2013AHLX
KC120794_P37
JX477096_AHHN
JX501743_AHSZ
KC161198_JSTS2012
KC161192_JSHZJU2012
JQ027030_CH/SDRZ/2011
KP281641_HeBJA1
KP281638_HeBBD4
KP281635_HeBBD3

KM890310_SQ/2013
JQ735952_CH/BJSY/2011
KC120799_P229
KC120798_P718
KC148525_CH/TJ.2012
JX910241_AHFD
JX501744_AHFR
KC342811_CH1
KC120796_P82
KC120793_P35
KC120782_P10
JQ678039_FJ/NP/11
KM890283_NY/2013
JQ735951_CH/SDQD/2011


241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254

255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284

285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300

JQ027032_CH/ZJHZ.1/2011
JX878384_ZJ
KM048305_CH/HeN/SQ.2012.1
KM048304_CH/HeN/RZ.2013
KJ646575_FJ.QZ
KJ646574_FJ.FQ
KJ646571_FJ.LY
KJ646565_FJ.YX
KJ646564_FJ.YX
JN547399_CH/ZKFG/11
JN547394_CH/ZKHFQ/11
JQ678038_FJ/FQ/11
KJ646577_FJ.FQ1

KJ646576_FJ.FQ2
KJ646569_FJ.PT
JN547392_CH/XXHJ/11
KC688871_CH.HZ.11.1
KC120791_P17
JX880080_ZJ
JN547393_CH/XCYL/11
JN584172_CH/XCYL2/11
KC342820_CH17
JX880077_ZJ
KJ646568_FJ.QK
KM048300_CH/HeN/DF.2012.1
KF495663_2013AHLA
KF495659_2013AHHB
KC161186_AH2011
JQ027028_CH/HLJHG/2011
JQ027022_CH/FJND.2/2011
JQ027021_CH/FJND.1/2011
JQ027020_CH/BJYQ/2011
KC342819_CH13
KC161199_JSYC2012
KM890284_WG/2013
KC294280_TJNH.1203
KP281651_HBHA2
KP281650_ZJHZ4
KU641654_SD/YT/2015
KU641647_HeN/MY/2015
KC342824_CH27
KM048308_CH/HeN/ZMD.2012
KM048298_CH/HeN/AY.2012.2

KM890282_LH/2013
JX880075_ZJ
JN584171_CH/NYWL/11
KM048306_CH/HeN/SQ.2012.2
KC120790_P16
JX880081_ZJ
KY679910_SDSX16
JN547398_CH/PDSXX/11
KX852338_HLJ/HG.1/16
KX852322_HLJ/HG.2/16
KC816534_CH.HZ.11.2
KC161187_AHDX2012
KC161193_JSHZM2012
KC161189_JSBJ2012
KC294278_GDHZ.1202
KM048301_CH/HeN/DF.2012.3
JX880076_ZJ

301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312

313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342

343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360

KJ857447_KDJN12JU
KJ857442_KDGN10WC
KJ857438_KDGG10KA
KC344847_SBPED0211
KJ857445_KDJN12JNJ
KJ857444_KDCN12KH
KC344845_STPED0810
JX880079_ZJ
JN547401_CH/XXYY/11
JX501332_CH/TY/12
JQ664300_CH/SDLY/2011

KC342812_CH2
KU977490_CH/HNKF.3
KU977489_CH/HNKF.2
KP281620_HeNXX
KP281649_ZJHZ3
KP281647_ZJHZ1
KP281646_FJAX2
KP281645_FJAX1
KP281648_ZJHZ2
KC294282_GDZQ.1202
JX878383_SC
KX010469_GZMR
JN547397_CH/KFQX/11
KJ857448_KDJN12YG
KJ857440_KDJN10NJ
KJ857446_KDJN12GAM
KC294281_GDZQ.1204
KP281644_HeNPY4
KP281643_HeNPY3
KX852336_HLJ/HEB.1/16
KP222525_SH5
KJ857434_GW06CHC
KJ857433_GB06SY
KJ857430_IC05TK
KJ857432_GN05DJ
KJ857429_CJ98
EU054929_DR13
HQ537438_M1763
HQ537434_BI981
HQ537433_BI976

HQ537435_BI1108
HQ537455_PFF1051
HQ537448_CPF259
HQ537441_V2501
HQ537439_M2227
HQ537454_CPF531
HQ537444_VF131
HQ537442_MF78
HQ537437_e1642
HQ537436_M1595
HQ537443_BIF118
HQ537440_M2366
HQ537456_CPF1074
HQ537452_PFF513
HQ537451_PFF381
HQ537449_PFF285
HQ537446_CPF193
HQ537445_PFF188
HQ537453_PFF514

361
362
363
364
365
366
367
368
369
370

371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
384
385
386
387
388
389
390
391
392
393
394
395
396
397
398
399
400

401
402
403
404
405
406
407
408
409
410
411
412
413
414
415
416
417
418
419
420

111

HQ537450_CPF299
HQ537447_BIF256
JQ664298_CH/GXWP/2011
KJ857451_KDJN13.1003SW
KJ857450_KDGN13DJ
KJ857441_KDGN10HOR
KJ857435_KDGG10AN

KJ857449_KDGG13HWN
EU792474_Chinju99
JQ678040_FJ/PT/11
KU645772_CH/HY/2015
KP281619_HeNXC2
KP281618_HeNXC1
KJ646566_FJ.ZP
KP222529_PZ1
KU977496_CH/HNSMX
KP281636_HeNJZ1
KP281637_HeNJZ2
KP281615_HeNZZ2
KC342825_CH28
KJ646570_FJ.ND
JX501329_CH/AY/11
JX910246_AHFY
JX910244_AHBB
JX910243_AHLX
JX910242_AHLA
KF495661_2013AHBB
KC120802_P1
KC120787_P9
KC120784_P4
KC120779_P14
KP281634_HeNKF2
KP281633_HeNKF1
KP281632_HeNXY2
KC161196_JSSX2011
KF476059_CHJCH
KF476057_CHLSHAN

KF476049_CHXY.02
KF476052_CHXIP.01
KF476058_CHXIP.03
KT388434_P1
KT388432_P10
KT388429_P40
KT388428_P50
KT388427_P60
KT388426_P70
KT388423_P100
KT388422_P110
KT388425_P80
KT388424_P90
KT388430_P30
KT388433_P5
JQ664304_CH/HBBD/2011
JQ027023_CH/GDQY/2011
JQ039903_CH/GD/2011
JQ027029_CH/GXQZ/2011
JQ027025_CH/GXWM/2011
JQ027024_CH/GXNN/2011
KX010472_GZ.RHH
KX010470_GZRHG

421
422
423
424
425
426

427
428
429
430
431
432
433
434
435
436
437
438
439
440
441
442
443
444
445
446
447
448
449
450
451
452
453
454
455
456

457
458
459
460
461
462
463
464
465
466
467
468
469
470
471
472
473
474
475
476
477
478
479
480

KM890289_YC/2013
JX878381_AH
KC120789_P15
JX501330_CH/CG/11
JN980697_CHGD.01

KY607768_JS201603
KX010467_GZ.TW3
JQ305099_CH/HLJHH.2/2011
KC344843_6PED0108
KU977486_CH/HNHB.6
KU977480_CH/HNAY
KU641676_SH/2015/921
KU641671_HLJ/GQ/2015
KU641670_AH/XZ/2015
KU641669_FJ/FZ/2015
KU641668_HeB/2015/121
KU641666_HeB/TS/2015
KU641664_ShX/YA/2015
KU641662_SX/LL/2015
KU641661_HeB/HS/2015
KU641660_HLJ/852/2015
KU641659_HuN/2015/1210
KU641658_JX/2015/1221
KU641657_AH/HF/2015
KU641656_LN/DL/2015
KU641653_SD/2015/415
KU641651_SD/LC/2015
KU641648_SH/2015/122
KU641643_HLJ/QQHR/2015
KU645785_CH/XX/2015
KU645780_CH/QX2/2014
KU645779_CH/QX1/2014
KX010474_GZGY.01
KT799999_CH.HuN.20140416
KT799995_CH.HeB.20140324

KT968511_14JM.01
KR138441_NC10
KM890292_ZM/2013
KM890286_WS/2013
KM890280_HX/2013
KP281631_HeNXY1
KP281630_HeNZZ4
KP281629_HeNZZ3
KU641672_SH/2015/124
KU641674_LN/TA/2015
KR078318_CH/HeN/XC.2014
KP281653_HeBXT4
KP281652_HeBXT3
KP281616_HeNPDS1
KP281617_HeNPDS2
KU641677_BJ/2015/516
KF495658_2013AHFD
KC342823_CH26
KC342822_CH25
KC120801_P18
KC120800_P19
KC120797_P83
KC120795_P81
KC120786_P7
KC120783_P2


481 KC120781_P85
482 JQ430682_PF3
483 KC161197_JSSX2012

484 KM048297_CH/HeN/AY.2012.1
485 JQ305136_SH3.ORF3
486 JN547395_CH/HBQX/10
487 KF476055_CHLH
488 KF476050_CHQX.02
489 KJ857431_JB0536
490 EU054930_attenuated
491 KF476061_CHHEB
492 KF476060_CHZHZ.04
493 KF476054_CHFCH.01
494 JX163296_HBMC2012
495 KF476053_CHLY.09
496 GU372741_CH/JL/09
497 GU372739_CH/IMT/06
498 GU372735_CH/HLJM/07
499 KF476051_CHKF.01
500 KF476048_CHYF.01
501 GU372740_CH/SHH/06
502 GU372734_CH/JL/08
503 GU372736_CH/HNHJ/08
504 GU372738_CH/HNCH/06
505 GU372737_CH/GSJI/07
506 GU372732_CH/HLJH/06
507 GU372733_CH/S
508 KF476056_CHFH
509 JN547228_CH/S
510 JQ710436_SJZ/2011
511 JQ710435_TX/2011
512 GU372742_CH/GSJII/07
513 MF737355_KUPE21

514 JQ023161_virulent
515 KR061458_Italy/7239/2009
516 KU645778_CH/PDS/2015
517 AF353511_CV777
518 NC_003436_genome
519 EF185992_LZC
520 KJ857428_SM98.5P
521 KR138442_PZ9
522 KC161195_JSSH2008
523 KM890311_SC/2013
524 KC161194_JSNJ2004
525 KU556275_isolate
526 KU556272_isolate
527 KT357520_RPI/PED14
528 KT357519_RPI/PED11
529 KT357518_RPI/PED10
530 KT357516_RPI/PED08
531 KT357515_RPI/PED04
532 KT357514_RPI/PED03
533 KT357517_RPI/PED09
534 KC344844_SPPED1211
535 JQ710434_MC/2011
536 KP768390_HC070225
537 KC344849_DTS2PED0612
538 MF577027_PEDV/Belgorod/dom/2008
539 KT388431_P20
540 KU836638_Yorkshire.2000

541 KJ526096_CH/JX.2/2013
542 KF760557.2

543 KF840537_CH/ZJCX.1/2012
544 KC210147_JS.HZ2012
545 JX088695_GD.B
546 KM609207_PEDV.14
547 KJ196348_SHQP/YM/2013
548 KT323980_LNCT2
549 KU975389_CH/SCCD/2014
550 KJ777678_LZW
551 KJ777677_LZW
552 KX066126_BJ.2011.C
553 JN825712_BJ.2011.1
554 KR818833_JSHA2013
555 KU558701_ZJU/G2/2013
556 KY929406_PT.P96
557 KY929405_PT.P5
558 KU982973_PEDV/USA/Minnesota135/2015
559 KU982972_PEDV/USA/Minnesota129/2015
560 KJ645705_USA/Minnesota61/2013
561 KJ645682_USA/Minnesota90/2013
562 KJ645676_USA/Minnesota82/2013
563 KJ645672_USA/Minnesota77/2013
564 KJ645658_USA/Minnesota62/2013
565 KJ645663_USA/Minnesota67/2013
566 KJ645668_USA/Minnesota73/2013
567 KJ645681_USA/Minnesota89/2013
568 KJ645703_USA/Minnesota127/2014
569 KJ645693_USA/Missouri102/2013
570 KJ645685_USA/Missouri93/2013
571 KJ645684_USA/Missouri92/2013
572 KR265826_USA/Illinois258/2014

573 KR265823_USA/Colorado203/2014
574 KR265781_USA/Ohio295/2014
575 KR265778_USA/Minnesota276/2014
576 KR265799_USA/Minnesota159/2014
577 KR873435_KNU.141112.P10
578 KR873434_KNU.141112.P5
579 KR873431_KNU.141112.feces
580 KJ662670_KNU.1305
581 KF650375_ISU13.22038.IA.passage9
582 KF650374_ISU13.22038.IA.passage3
583 KF650373_ISU13.22038.IA.homogenate
584 KF650372_ISU13.19338E.IN.passage9
585 KF650371_ISU13.19338E.IN.passage3
586 KF650370_ISU13.19338E.IN.homogenate
587 KJ184549_USA/KS/2013
588 KF452323_USA/Indiana/17846/2013
589 KF468752_MN
590 KF468754_IA2
591 KF804028_USA/Iowa/18984/2013
592 KJ588064_KUIDL.PED.2014.001
593 KJ588063_KUIDL.PED.2014.002
594 KJ588062_KUIDL.PED.2014.007
595 KJ408801_OH1414
596 KR265830_USA/Ohio300/2014
597 LC063832_RNA
598 LC063831_RNA
599 LC063830_RNA
600 LC063829_RNA

601 KJ645670_USA/Ohio75/2013

602 KJ645665_USA/Ohio69/2013
603 KJ645657_USA/Ohio60/2013
604 KJ645653_USA/Wisconsin55/2013
605 KJ645694_USA/Iowa103/2013
606 LC063823_RNA
607 LC063818_RNA
608 LC063816_RNA
609 LC063814_RNA
610 LC063817_RNA
611 LC063815_RNA
612 LC063812_RNA
613 LC063811_RNA
614 LC063810_RNA
615 KJ645699_USA/Ohio123/2014
616 KJ645667_USA/Minnesota72/2013
617 KR265825_USA/Minnesota200/2014
618 KR265805_USA/Iowa161/2014
619 KR265806_USA/Minnesota312/2014
620 KR265808_USA/Iowa162/2014
621 KR265810_USA/Oklahoma320/2014
622 KR265780_USA/Ohio343/2014
623 KR265777_USA/Kansas275/2014
624 KR265776_USA/Minnesota250/2014
625 KR265775_USA/Minnesota338/2014
626 KJ645656_USA/Minnesota59/2013
627 KR265827_USA/Iowa303/2014
628 KR265785_USA/Illinois259/2014
629 KR265770_USA/Illinois255/2014
630 KJ645698_USA/Ohio120/2014
631 KJ645648_USA/Minnesota42/2013

632 KJ645652_USA/Minnesota54/2013
633 KJ645660_USA/Minnesota64/2013
634 KR265807_USA/Michigan189/2014
635 KJ645689_USA/Illinois97/2013
636 KJ645680_USA/Illinois87/2013
637 KJ645664_USA/Ohio68/2013
638 KM392226_TC
639 KR265815_USA/Illinois194/2014
640 KR265795_USA/Illinois201/2014
641 KM392230_TC
642 KM392228_TC.PC173.P2
643 KM392227_TC
644 KM392231_TC
645 KJ645636_USA/Iowa28/2013
646 KJ645645_USA/Texas39/2013
647 LC063826_RNA
648 LC063825_RNA
649 LC063824_RNA
650 LC063827_RNA
651 KR265822_USA/Michigan252/2014
652 KR265763_USA/Illinois176/2014
653 KR265768_USA/Minnesota179/2014
654 KR265801_USA/Indiana254/2014
655 KR265802_USA/Illinois260/2014
656 KR265796_USA/Illinois262/2014
657 KR265788_USA/Minnesota306/2014
658 KR265774_USA/SouthDakota371/2014
659 KR265809_USA/Nebraska266/2014
660 KR265784_USA/Nebraska348/2014

112

661 KR265803_USA/Nebraska288/2014
662 KR265765_USA/Nebraska287/2014
663 KJ645707_USA/Minnesota84/2013
664 KJ645706_USA/Minnesota71/2013
665 KJ645691_USA/Minnesota100/2013
666 KM975736_USA/IA/2013/49379
667 KJ645700_MEX/124/2014
668 KR265831_CAN/Quebec334/2014
669 KR265766_MEX/Mexico329/2014
670 KR265834_USA/Texas435/2014
671 KR265843_USA/Minnesota372/2014
672 KR265793_USA/Minnesota212/2014
673 KR265844_USA/Missouri373/2014
674 KJ645692_USA/Missouri101/2013
675 KJ645690_USA/Illinois98/2013
676 KJ645675_USA/Illinois81/2013
677 KJ645671_USA/Minnesota76/2013
678 KJ645669_USA/Wisconsin74/2013
679 KR265821_USA/Missouri164/2014
680 KM189367.2
681 KJ584361_OH15962
682 KX683006_PC22A
683 KY499262_PC22A
684 KM392224_TC
685 KM392225_TC
686 KU893861_PC22A.P3
687 KU893869_PC22A.P95.13
688 KR265842_USA/Minnesota409/2014

689 KR265841_USA/Minnesota408/2014
690 KR265840_USA/Ohio249/2014
691 KX580958_PC22A.P140.BI
692 KU893873_PC22A.P160
693 KU893872_PC22A.P120
694 KU893871_PC22A.P100.C6
695 KU893870_PC22A.P100.C4
696 KR265817_USA/Illinois256/2014
697 KJ645641_USA/Indiana34/2013
698 LC063819_RNA
699 KJ645659_USA/Illinois63/2013
700 KM392229_TC
701 KF452322_USA/Iowa/16465/2013
702 LC063821_RNA
703 LC063820_RNA
704 KR265828_USA/Minnesota265/2014
705 LC063822_RNA
706 LC063813_RNA
707 KM975737_USA/NC/2013/49469
708 KJ645683_USA/NorthCarolina91/2013
709 KY825242_KNU.141112.S
710 KY825240_KNU.141112.S
711 KJ645654_USA/Tennesse56/2013
712 KU982971_PEDV/USA/Minnesota4/2015
713 LC063835_RNA
714 LC063834_RNA
715 LC063833_RNA
716 KR265846_USA/Missouri270/2014
717 KU982970_PEDV/USA/NorthDakota93/2015
718 KU982969_PEDV/USA/Iowa127/2015

719 KP641663_OH9097.14
720 KP641662_OH8593.14


721
722
723
724
725
726
727
728
729
730
731
732
733
734
735
736
737
738
739
740
741
742
743
744
745
746

747
748
749
750
751
752
753
754
755
756
757
758
759
760
761
762
763
764
765
766
767
768
769
770
771
772
773
774
775
776

777
778
779
780

LC063828_RNA
LC022792_RNA
KU569509_COL/Cundinamarca/2014
KR265792_USA/Oklahoma418/2014
KR265812_USA/Colorado420/2014
KR265819_USA/Kansas431/2014
LC063837_RNA
KR265832_USA/Minnesota379/2014
KR265813_USA/Minnesota271/2014
KR265783_USA/Minnesota269/2014
KF468753_IA1
KJ778615_NPL.PEDv/2013
KF272920_USA/Colorado/2013
KM052365_NPL.PEDv/2013/p10.1
KR265829_USA/Minnesota309/2014
KR265811_USA/SouthDakota336/2014
KJ645688_USA/Iowa96/2013
KJ645677_USA/Minnesota83/2013
KJ645647_USA/Minnesota41/2013
KJ645666_USA/Iowa70/2013
KJ645686_USA/Minnesota94/2013
KJ645679_USA/Minnesota86/2013
KJ645678_USA/Minnesota85/2013
KJ645662_USA/NorthCarolina66/2013
KJ645661_USA/Minnesota65/2013

KJ645673_USA/Minnesota78/2013
KJ645687_USA/Minnesota95/2013
KJ645674_USA/Minnesota79/2013
KJ645651_USA/Colorado47/2013
KJ645650_USA/Kansas46/2013
KJ645640_USA/Oklahoma32/2013
KJ645638_USA/Colorado30/2013
KJ645639_USA/Texas31/2013
KJ645637_USA/Kansas29/2013
KR265818_USA/Minnesota290/2014
KR265798_USA/Minnesota289/2014
KR265816_USA/Minnesota202/2014
KR265787_USA/SouthDakota285/2014
KR265771_USA/Minnesota402/2014
KR265794_USA/Minnesota236/2014
KR265814_USA/Kansas166/2014
KR265804_USA/Illinois333/2014
KM975735_USA/NC/2013/35140
KJ645646_USA/NorthCarolina40/2013
KR265800_USA/Indiana195/2014
KR265791_USA/Kentucky291/2014
KR265772_USA/Kentucky248/2014
LC063836_RNA
KJ645643_USA/Kansas36/2013
KJ645708_MEX/104/2013
LC063843_RNA
LC063842_RNA
LC063841_RNA
LC063840_RNA
KR265773_USA/Minnesota281/2014

LC063839_RNA
KR265767_USA/Kansas432/2014
KJ645697_USA/Texas128/2013
KJ645642_USA/Oklahoma35/2013
KU982966_PEDV/USA/Texas134/2015

781
782
783
784
785
786
787
788
789
790
791
792
793
794
795
796
797
798
799
800
801
802
803
804

805
806
807
808
809
810
811
812
813
814
815
816
817
818
819
820
821
822
823
824
825
826
827
828
829
830
831
832
833
834

835
836
837
838
839
840

KJ778616_NPL.PEDv/2013/P10
KR265820_USA/Missouri337/2014
KR265789_USA/Illinois307/2014
KR265782_USA/Illinois308/2014
KR265779_USA/Missouri177/2014
KR265790_USA/Texas424/2014
KJ645644_USA/Oklahoma38/2013
KJ645701_USA/Kansas125/2014
KR265764_USA/Minnesota163/2014
KR265797_USA/Kansas280/2014
KP641661_OH10123.14
KR265769_USA/Illinois197/2014
KM077139_PEDV/USA/Minnesota188/2014
KU982975_PEDV/USA/Missouri130/2015
KR265833_USA/Oklahoma477/2014
KR265762_USA/Oklahoma1/2015
KU982974_PEDV/USA/Minnesota123/2015
KR265845_USA/Oklahoma466/2014
KR265824_USA/Oklahoma471/2014
KU982968_PEDV/USA/Oklahoma133/2015
KU982967_PEDV/USA/Kansas126/2015
KU982977_PEDV/USA/Texas132/2015
KU982976_PEDV/USA/Texas128/2015

KJ623926_K14JB01
KR265786_USA/Illinois261/2014
KU982979_PEDV/USA/Minnesota131/2015
KU982978_PEDV/USA/Nebraska108/2015
KP403954_Ukraine/Poltava01/2014
KU982980_PEDV/USA/Minnesota125/2015
KU982981_PEDV/USA/Minnesota124/2015
KY963963_KNU.1601
KX791060_CHSD2014
KU380331_CH.SD01
KC210145_AH2012
KM609208_PEDV.15F
KM609206_PEDV.10F
KM609204_PEDV.7C
JX261936_CHGD.01
JX112709_GD.A
JX647847_GD.1
KU646831_AH2012/12
KM089829_GDS01
KF384500_CH/GDGZ/2012
JX489155_LC
JX188454_AJ1102
KF761675_CH/YNKM.8/2013
KT021227_YN1
KP765609_FL2013
KM609209_PEDV.CHZ
KY007139_PEDV.Hjms
KU252649_YC2014
KX016034_CH/GDZHDM/1401
KR153326_CH/GDZHDM/1401

KR153325_CH/GDZH02/1401
KY793536_CH/GX/2015/750A
KM609212_PEDV.LYG
KM609213_PEDV.WS
KT199103_CH/HNLH/2015
KR809885_CH/HNAY/2015
KY007140_PEDV.LNsy

113

841
842
843
844
845
846
847
848
849
850
851
852
853
854
855
856
857
858
859
860

861
862
863
864
865
866
867
868
869
870
871
872
873
874
875
876
877
878
879
880
881
882
883
884
885
886

KX550281_ZJ15XS0101
KY070587_JSCZ1601
KX812523_XM1.2

KX981440_CH/HNZZ47/2016
JQ282909_CH/FJND.3/2011
KX064280_SD2014
KR095279_CH/HNQX.3/14
KC196276_CH/ZMDZY/11
KJ020932_CHYJ130330
KC140102_CH/FJZZ.9/2012
KM609203_PEDV.1C
KM609211_PEDV.LS
KM609210_PEDV.LY
KM609205_PEDV.8C
KX812524_XM2.4
MF346935_CH/JLDH/2016
KY111278_PEDV
KR011756_FR/001/2014
KX289955_HUN/5031/2016
KT860508_USA/IL20697/2014
KJ645702_USA/Ohio126/2014
LC063846_RNA
LC063845_RNA
LC063844_RNA
KR265761_USA/Hawaii/2014
KM975741_USA/MO/2014/03293
KJ645696_USA/Iowa107/2013
KJ645695_USA/Iowa106/2013
KM392232_TC
KR265759_USA/Minnesota187/2014
KJ645655_USA/Minnesota58/2013
KM975740_USA/IL/2013/59573.5
KM975739_USA/IA/2013/20849

KM975738_USA/IA/2013/19321
KJ645635_USA/Indiana12.83/2013
LC063847_RNA
KJ645649_USA/Iowa23.57/2013
KR265760_USA/Minnesota211/2014
KM403155_KNU.1406.1
KJ399978_OH851
KJ645704_USA/Minnesota52/2013
KU847996_ZL29
JX524137_ZJCZ4
KR818832_XY2013
KY928065_CH.hubei.2016
KX580953_KB2013.4