Xây dựng phương án tách dòng gen tổng hợp protein endo beta 1,4 glucanase từ chủng aspergillus được phân lập từ vườn đậu tương việt nam

Đề TÀi:

Xây dựng phương án Tách dòng gen tổng hợp protein endo-beta-1,4-glucanase từ chủng
Aspergillus được phân lập từ vườn đậu tương Việt Nam 


Tổng quan về ENDO-BETA-1,4-GLUCANASE
Là enzyme thuộc nhóm glycosyl hydrolase

Có khả năng thủy phân cellulose và một số polysaccharide
thành monosaccharide và oligosaccharide

Có trong một số loài nấm mốc, nấm men và vi khuẩn


Quy trình

Tìm kiếm các gen cùng nguồn
trên NCBI 

Sử dụng Clustal Omega để
xác định vùng bảo thủ và
phân ly

Thiết kế Primer bằng BLAST-

Chạy thử PCR ảo

Đánh giá sản phẩm sau PCR

primer

bằng SMSPCR

bằng BLAST


Tìm kiếm gen cùng nguồn trên CSDL NCBI
Tìm kiếm được 5 trình tựu FASTA mã hóa cho protein Endo-beta-1,4-glucanase từ các chủng Aspergillus khác nhau ở
các đối tượng phân lập và thời gian khác nhau:

Trình tự 1: chủng Aspergillus caelatus  phân lập từ  vườn lạc tại Châu

Trình tự 2: chủng Aspergillus pseudotamarii   

Âu vào ngày 26-05-2020

phân lập từ vườn trà tại Nhật Bản vào 
ngày 26-05-2020


Trình tự 3: chủng Aspergillus homomorphus phân lập từ đất tại Isarel vào ngày 11-07-

Trình tự 4: chủng Aspergillus aculeatinus phân lập từ mô thực vật đã chết(chưa rõ quốc

2018

gia)ngày 11-07-2018

Trình tự 5: chủng Aspergillus caelatus  phân lập từ  vườn lạc tại Châu Âu vào ngày 26-05-2020
(cùng nguồn với trình tựu thứ nhất)

        Chọn trình tự thứ 5 làm khuôn ảo thiết kế mồi bởi vì:

• Thỏa mãn điều kiện là chủng Aspergillus ta đang quan tâm
• Được phân lập từ vườn lạc, là đối tượng cùng loài và đều cùng là cây hai lá mầm như đậu tương
• Có thời gian tìm thấy gần đây nhất


Clustal omega
 - Chọn ra vùng bảo thủ của trình

tự đưa vào thiết kế mồi (đoạn Nu từ
81-102)


Thiết kế mồi bằng BLAST-Primer


Tạo ra tổng cộng 6 đoạn mồi nhưng chọn đoạn thứ 6 vì sản phẩm tạo ra có kích thước gần giống với gen mã hóa ta đang
quan tâm 


Tiến hành chạy PCR ảo

s o meo n e@ exa mp le .c o m


Kết quả thu được sau PCR ảo:

s o meo n e@ exa mp le .c o m


Insert trình tự sản phẩm sau PCR

ĐÁNH GIÁ SẢN PHẨM SAU pcr
BẰNG BLAST




Kết quả thu được xếp theo sự tương đồng từ cao đến thấp


Cấu trúc có độ tương đồng cao nhất có khả năng mã hóa cho protein ENDO-

Sản phẩm từ cấu trúc này mã hóa có tính chất giống với ENDO-BETA-1,4-

BETA-1,4-GLUCANASE

GLUCANASE


Kĩ thuật tách dòng gen dự kiến:
•
•

Vector tách dòng là pRSET A

•

Tế bào chủ là chủng E.coli BL21

Gen đích: tách chiết mARN mã hóa protein ENDO-BETA-1,4GLUCANASE