Khảo sát phổ đột biến ở bệnh nhân ung thư đại trực tràng giai đoạn sớm bằng kỹ thuật giải trình tự thế hệ mới

Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 25 * Số 1 * 2021

Nghiên cứu Y học

KHẢO SÁT PHỔ ĐỘT BIẾN Ở BỆNH NHÂN UNG THƯ ĐẠI TRỰC TRÀNG
GIAI ĐOẠN SỚM BẰNG KỸ THUẬT GIẢI TRÌNH TỰ THẾ HỆ MỚI
Lê Gia Hồng Linh1, Lương Bắc An1, Hồ Quốc Chương1, Ngơ Quốc Đạt2, Nguyễn Hữu Thịnh2,
Nguyễn Thị Quỳnh Thơ2, Nguyễn Hoài Nghĩa1, Giang Hoa3, Trần Diệp Tuấn2, Đỗ Thị Thanh Thủy3

TÓM TẮT
Mục tiêu: Ung thư đại trực tràng (UTĐTT) là một trong số ít bệnh lý ác tính có tiên lượng khá tốt nếu
được phát hiện và điều trị sớm. Thời gian sống của bệnh nhân phụ thuộc chủ yếu vào giai đoạn bệnh ở thời điểm
được chẩn đoán. Ở giai đoạn I, II hầu hết bệnh nhân có thể sống thêm 5 năm. Tỷ lệ này chỉ còn 60% ở giai đoạn
III và 5-15% ở giai đoạn IV. Chính vì vậy việc chẩn đoán sớm rất quan trọng giúp cải thiện tỉ lệ khỏi bệnh, thời
gian sống còn cũng như chất lượng sống của bệnh nhân. Hiện nay, ứng dụng cơng nghệ giải trình tự gen thế hệ
mới, nhiều bảng gen khác nhau được sử dụng trong khảo sát đột biến gen của UTĐTT. Trong nghiên cứu này
chúng tôi sử dụng bảng 20 gen, dựa trên mục tiêu khảo sát các gen có khả năng biểu hiện kiểu hình cao (high
penetrance) gây mẫn cảm với UTĐTT và các gen liên quan đến tiên lượng hoặc tiên đoán đáp ứng với điều trị
nhắm trúng đích phân tử.
Đối tượng và phương pháp: 20 đối tượng được chẩn đoán UTĐTT ở giai đoạn I, II, III được thu mẫu
FFPE và giải trình tự bảng 20 gen bằng phương pháp giải trình tự thế hệ mới.
Kết quả: Chúng tôi phát hiện 12/20 bệnh nhân mang đột biến trên các gen thuộc panel gen đã thiết kế.
Trong đó đột biến phát hiện ở gen TP53, APC chiếm tần suất >25%; các gen KRAS, PIK3CA chiếm 11,5%;
BRAF, FBXW7, KMT2D chiếm 3,8%.
Kết luận: Chuẩn bị thành công thư viện giải trình tự và lai-bắt giữ được trình tự 20 gen mục tiêu đã thiết
kế, bước đầu khảo sát được các đột biến gen trên bệnh nhân ung thư trực tràng giai đoạn sớm.
Từ khóa: ung thư đại trực tràng, giải trình tự thế hệ mới, đột biến sinh ung, phổ đột biến

ABSTRACT
INVESTIGATION OF MUTATION IN EARLY STAGE COLORECTAL CANCER WITH NEXTGENERATION SEQUENCING
Le Gia Hoàng Linh, Luong Bac An, Ho Quoc Chuong, Ngo Quoc Dat, Nguyen Huu Thinh,

Nguyen Thi Quynh Tho, Nguyen Hoai Nghia, Giang Hoa, Tran Diep Tuan, Do Thi Thanh Thuy
* Ho Chi Minh City Journal of Medicine * Vol. 25 - No 1 - 2021: 118-125
Objectives: Colorectal cancer is one of the few malignancies that has a fairly good prognosis if detected and
treated early. The patient's life time depends mainly on the stage of the disease at the time of diagnosis. In stage I
and II, patients can live for 5 years. This rate is only 60% in stage III and 5-15% in stage IV. Therefore, early
diagnosis is very important to help improve the cure rate, survival time as well as the patient's quality of life.
Currently, applying next-generation sequencing technology, many different gene panel are used in the survey of
genetic mutations of colorectal cancer. In this study, we use a panel of 20 genes, based on the goal of examining
genes with high penetrance expression susceptibility to colorectal cancer and genes related to prognosis or
predictive response with molecular targeting therapy.
Trung tâm Y Sinh Học Phân Tử, ĐH Y Dược TP. Hồ Chí Minh
3Viện Di truyền Y học TP. Hồ Chí Minh
Khoa Y, ĐH Y Dược TP. Hồ Chí Minh
Tác giả liên lạc: BS. Đỗ Thị Thanh Thủy ĐT: 0908 487 425
Email:
1
2

118

Chun Đề Chẩn Đốn Hình Ảnh - Sinh Học Phân Tử


Nghiên cứu Y học

Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 25 * Số 1 * 2021

Methods: 20 patients diagnosed with colorectal cancer in stage I, II and III were collected FFPE samples and
panel of 20 genes using next-generation sequencing method.
Results: From 20 FFPE samples, we detected mutations in 12 samples (60%). The frequency of mutation in APC was

26.9%; in TP53 was 38.5%; in KRAS and PIK3CA was 11.5%; in BRAF, FBXW7, KMT2D was 3.8%

Conclusion: We successful preparation of sequencing library and hybrid-capture sequence of 20 designed
target genes, initially investigating genetic mutations in early stage colorectal cancer patients
Keywords: colorectal cancer, next-generation sequencing, carcinoma, mutation

ĐẶT VẤN ĐỀ
Ung thư đại trực tràng (UTĐTT) là loại ung
thư được chẩn đoán phổ biến thứ ba ở nam giới
và thứ hai ở nữ giới, với ước tính 1,4 triệu trường
hợp bệnh mới phát hiện và 0,7 triệu bệnh nhân
tử vong trong năm 2018(1). Tỷ lệ này ở nam giới
cao hơn nữ giới trong hầu hết các nghiên cứu
trên toàn cầu. Khoảng 5% đến 10% những người
bị UTĐTT có mang đột biến gen di truyền gây ra
các hội chứng ung thư gia đình. Các hội chứng
di truyền phổ biến nhất có liên quan đến UTĐTT
là hội chứng đa polyp tuyến gia đình (FAP) và
hội chứng Lynch; nhưng các hội chứng hiếm gặp
khác cũng có thể làm tăng nguy cơ UTĐTT.
Phần lớn UTĐTT là thể bệnh ngẫu nhiên đơn lẻ
(sporadic), khơng có bằng chứng rõ ràng về rối
loạn có tính di truyền. Khoảng 25% bệnh nhân
cịn lại có bệnh sử UTĐTT trong gia đình, cho
thấy có sự đóng góp của nguyên nhân di truyền,
của sự phơi nhiễm với yếu tố nguy cơ chung của
các thành viên trong gia đình, hoặc kết hợp cả
hai. Các đột biến gen di truyền đã được xác định
là nguyên nhân gây ra nguy cơ ung thư di
truyền ở một số gia đình UTĐTT; các đột biến

gây bệnh này chiếm khoảng 5% đến 6% tổng số
trường hợp UTĐTT. Các trường hợp còn lại rất
có thể các gen chưa được phát hiện khác, kết hợp
với các yếu tố nguy cơ khơng di truyền, đóng
góp vào sự phát sinh UTĐTT gia đình.
Các gen được xem là gen liên quan UTĐTT
khi chúng là các yếu tố cần và đủ để gây bệnh,
trên những gen này có mang những đột biến gây
bệnh quan trọng(2). Chức năng của các gen liên
quan UTĐTT chính đã được mơ tả chi tiết trong
thập niên vừa qua. Ba nhóm gen ung thư được
đề xuất là nhóm gen ức chế khối u, nhóm gen

sinh ung và nhóm gen sửa chữa DNA. Nhóm
gen ức chế khối u tạo thành nhóm gen quan
trọng nhất chịu trách nhiệm cho các hội chứng
ung thư di truyền và là đại diện cho nhóm gen
gây ra bệnh đa polyp tuyến gia đình (FAP familial adenomatous polyposis), hội chứng đa
polyp vị thành niên (JPS - juvenile polyposis
syndrome) và nhiều hội chứng khác. Các đột
biến dòng mầm gây bệnh trên gen sinh ung
không phải là nguyên nhân di truyền quan trọng
trong UTĐTT, mặc dù một số đột biến sinh
dưỡng của chúng có mặt trong hầu hết các dạng
của ung thư đường tiêu hoá. Các gen ổn định,
đặc biệt là các gen sửa chữa lỗi bắt cặp sai (MMR
– mismatch repair genes) khi bị đột biến sẽ gây
ra hội chứng Lynch (còn được gọi là UTĐTT
khơng đa polyp gia đình: HNPCC - hereditary
nonpolyposis colorectal cancer), chiếm một phần

đáng kể của UTĐTT di truyền(3). MUTYH là một
ví dụ quan trọng khác của gen ổn định dẫn đến
nguy cơ UTĐTT dựa vào sự sai sót trong khả
năng sửa chữa lỗi sai(4).
Giải trình tự gen thế hệ mới (NGS: Next
generation sequencing) là công nghệ giải trình tự
gen tiên tiến, cho phép giải trình tự đồng thời
hàng triệu phân mảnh DNA trong một phản
ứng, vì vậy giúp giảm giá thành giải trình tự
xuống đáng kể, có thể đạt đến $0,1 cho mỗi 1
triệu nucleotide so với mức giá $2.400 của
phương pháp giải trình tự Sanger truyền thống.
Việc giải trình tự đồng thời hàng triệu phân
mảnh DNA cho phép hàng trăm gen có thể được
giải trình tự chỉ trong một phản ứng. Đây chính
là tiền đề cho sự phát triển của y học cá thể hóa
(personalized medicine) trong điều trị và chẩn
đoán ung thư. Hiện nay phương pháp giải trình
tự trúng đích (targeted sequencing) thay vì giải

Chun Đề Chẩn Đốn Hình Ảnh - Sinh Học Phân Tử

119


Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 25 * Số 1 * 2021
trình tự cả bộ gen (whole genome sequencing:
WGS) được sử dụng phổ biến trong giải trình tự
các gen mục tiêu(5). Trong phương pháp giải
trình tự trúng đích, các phân mảnh DNA từ gen

mục tiêu sẽ được làm giàu thông qua bước nhân
bản bằng PCR hoặc bằng các mẫu dị đặc hiệu
gắn biotin trước khi giải trình tự. Ưu điểm của
phương pháp này là giảm lượng gen giải trình
tự do chỉ giải trình tự những vùng gen mục tiêu
được làm giàu. Giải trình tự tồn thể bộ gen
(WGS) và giải trình tự tồn bộ exon (WES) hiện
đang được sử dụng để tìm các đột biến sinh
dưỡng của khối u giúp tiên lượng và/hoặc tìm
kiếm các phương pháp điều trị trúng đích, cũng
như xác định các đột biến dịng mầm gây nguy
cơ ung thư. Hiện nay, ứng dụng công nghệ giải
trình tự gen thế hệ mới, nhiều bảng gen khác
nhau được sử dụng trong khảo sát đột biến gen
của UTĐTT. Do đột biến ung thư đa dạng, nên
việc lựa chọn tổ hợp gen khảo sát (bao gồm số
lượng gen và gen nào) để nhận dạng được đột
biến trên mẫu mô u là một trong những yếu tố
quan trọng quyết định độ nhạy của phương
pháp phát hiện ung thư giai đoạn sớm(6). Để lựa
chọn các gen khảo sát, chúng tôi dựa trên các
gen có tần suất đột biến cao nhất trong UTĐTT
và tổng 20 gen được lựa chọn sẽ chiếm ít nhất
80% tổng tần suất đột biến xuất hiện trong
UTĐTT. Do hiện nay các cơ sở dữ liệu di truyền
về phổ đột biến ung thư của người Việt chưa
đầy đủ, các gen được lựa chọn để khảo sát trong
nghiên cứu này sẽ dựa trên các công bố trước
đây và cơ sở dữ liệu COSMIC (Catalogue of
Somatic Mutation in Cancer). Trong nghiên cứu

này chúng tôi sử dụng bảng 20 gen chia làm 5
phân nhóm chính: nhóm các gen kháng ung thư
(APC, TP53, FAT4, LRP1B, TGFBR, FAT1);
nhóm gen gây ung thư (BRAF); nhóm quy định
cấu trúc NST (KMT2C, KMT2D, ARID1A,
TRRAP); nhóm nhân tố phiên mã (ZFHX3,
TCF7L2); nhóm gen liên quan đến con đường tín
hiệu nội bào (KRAS, PIK3CA, ACVR2A,
FBXW7, RNF43, SMAD4, PREX2). Theo bảng
gen này, dựa trên mục tiêu khảo sát các gen có

120

Nghiên cứu Y học
khả năng biểu hiện kiểu hình cao (high
penetrance) gây mẫn cảm với UTĐTT và các gen
liên quan đến tiên lượng hoặc tiên đoán đáp ứng
với điều trị nhắm trúng đích phân tử.

ĐỐITƯỢNG- PHƯƠNG PHÁPNGHIÊNCỨU
Đối tượng nghiên cứu
Mẫu được sử dụng trong nghiên cứu là mẫu
mô u của 20 bệnh nhân UTĐTT giai đoạn I, II và
III tại bệnh viện Đại học Y Dược TP. Hồ Chí
Minh trong thời gian từ tháng 09/2019 đến tháng
10/2020.

Tiêu chuẩn chọn mẫu
Được chẩn đoán xác định UTĐTT giai đoạn
I, II, III (theo tiêu chuẩn của AJCC VII)

Có đầy đủ thơng tin hành chính, tiền căn,
giai đoạn bệnh, kết quả giải phẫu bệnh.
Đồng ý tham gia nghiên cứu.
Tiêu chuẩn loại trừ
UTĐTT giai đoạn IV hoặc đã di căn.
Không đồng ý tham gia nghiên cứu.
Phương pháp nghiên cứu
Thiết kế nghiên cứu
Nghiên cứu mô tả cắt ngang.

Phương pháp thực hiện
Tách chiết DNA từ mô u (FFPE) và kiểm tra nồng độ
dsDNA
DNA từ mô u (FFPE) được tách chiết bằng
bộ kit QiaAmp DNA FFPE kit (Qiagen). Quy
trình tách chiết được tiến hành theo hướng dẫn
của bộ kit. Các mẫu DNA được tiến hành kiểm
tra nồng độ và lưu trữ tại -30oC.
Hệ thống QFX Fluorometer (Denovix, USA)
dựa trên nguyên lí định lượng các phân tử DNA
được gắn chèn chất nhuộm huỳnh quang. Nồng
độ DNA được phản ánh thông qua chỉ số mật độ
huỳnh quang đo được. Bộ kít Denovix dsDNA
HS (High Sensitivity) assay có độ chọn lọc cao
đối với mạch đơi DNA (dsDNA) và định lượng
chính xác mẫu DNA có nồng độ ban đầu từ
5pg/µl đến 25 ng/µl.
Kết quả nồng độ DNA thu được sau tách

Chuyên Đề Chẩn Đốn Hình Ảnh - Sinh Học Phân Tử

Nghiên cứu Y học

Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 25 * Số 1 * 2021

chiết được ghi nhận lại. Quy trình thực hiện theo
hướng dẫn của nhà sản xuất.

chất lượng giải trình tự tối ưu khi cluster passing
filter đạt >90%.

Tạo thư viện giải trình tự

- Estimated Yield: Khối lượng dữ liệu dự
kiến thu được.

DNA tách chiết từ mẫu FFPE được phân
mảnh bằng enzyme fragmentase (NEBNext
dsDNA Fragmentase).
Phản ứng phân cắt được thực hiện tại 370C
trong 24 phút.
Sản phẩm sau phân cắt được kiểm tra bằng
điện di trên gel Agarose, kích thước sản phẩm
tập trung 150bp-300bp.
Sản phẩm DNA sau phân mảnh được tiến
hành sửa đuôi (NEBNext FFPE DNA Repair
Mix) và chuẩn bị thư viện (NEBNext Ultra II
DNA Library Prep Kit for Illumina).
Các bước tiến hành theo hướng dẫn của nhà

sản xuất.
Giải trình tự trên hệ thống giải trình tự NextSeq 550
Các mẫu thư viện được gộp chung (pooling)
và được biến tính (denatured) với dung dịch
NaOH 0,2N để thư viện tách mạch tạo chuỗi
đơn. Thư viện sau đó được pha lỗng về nồng
độ 1,5pM (đối với kít giải trình tự NextSeq550
Mid Output 150 Cycles) trước khi nạp vào
cartridge. Quá trình giải trình tự trải qua 2 bước
chính: tạo cụm (clustering) và giải trình tự
(sequencing).
Trong nghiên cứu này, để đảm bảo được khả
năng phát hiện được các đột biến có tần suất
thấp rất thấp, chúng tơi sử dụng bộ hóa chất
NextSeq Mid output kit (150 cycles) tại độ sâu
~1.000X. Thông tin giải trình tự được hiển thị
qua các thơng số:
- Quality Scores: Tiêu chuẩn Q30 (nghĩa là độ
chính xác của giải trình tự cho mỗi nucleotide là
99,9%) phải lớn hơn 90%.
- Cluster Density: Mật độ cụm được tạo trên
mm2 (tối ưu với kít Mid Output 150 cycles: 170220K/mm2).
- Clusters Passing Filter (%): Thể hiện phần
trăm số cụm vượt qua được các yêu cầu về chất
lượng base giải trình tự (Q30) và tín hiệu ở các
cụm không bị chồng lên nhau. Thông thường,

Phân tích dữ liệu giải trình tự
Dữ liệu giải trình tự được xuất dưới định
dạng base call file (bcl), các cặp trình tự (pair-end

reads - PE) của các mẫu khác nhau được phân
nhóm (demultiplex) thơng qua trình tự nhận
diện 8-bp (barcode) có trên trình tự index P7 và
P5 dưới định dạng fastq bằng cơng cụ bcl2fastq
(Illumina). Các cặp trình tự (PE reads) được sắp
xếp (align/map) lên trình tự bộ gen của người
phiên bản số 19 (human genome version hg19)
bằng thuật toán BWA 0.7.1 (Burrows Wheeler
Aligner). Những cặp trình tự sắp xếp duy nhất
lên một vị trí trên bộ gen (uniquely mapped
pair-end reads) sẽ được sử dụng để xác định đột
biến di truyền.
Đột biến điểm và đột biến mất/thêm đoạn
ngắn được xác định bằng quy trình tính tốn
VarScan 2 qua nhiều bước kiểm tra để tăng độ
tin cậy của mỗi đột biến được tìm thấy.
Đột biến chuyển đoạn và dung hợp đoạn
được xác định bằng quy trình FACTERA qua các
bước: 1) xác định những cặp trình tự sắp xếp bất
hợp lý trên trình tự bộ gen người (discordant
reads) - đây là những trình tự bao phủ vùng
chuyển đoạn và dung hợp đoạn nên sẽ có chiều
dài chèn bất thường, hay được sắp xếp trên 2
nhiễm sắc thể khác nhau, những cặp trình tự này
được dùng xác lập những vùng gen có nhiều
khả năng chuyển đoạn hay dung hợp đoạn; 2)
xác định vị trí chuyển đoạn/dung hợp đoạn ở
mức độ từng nucleotide - những vùng gen có
nhiều khả năng chuyển đoạn hay dung hợp
đoạn sẽ được xếp hạng dựa trên độ sâu tại vị trí

chuyển đoạn hay dung hợp đoạn (tối thiểu là
2X), sau đó những cặp trình tự sắp xếp đúng ở
gần những vùng này sẽ được sử dụng để xác
định chính xác vị trí nucleotide mà hiện tượng
chuyển đoạn/dung hợp đoạn đã xảy ra; 3) kiểm
tra đột biến chuyển đoạn/dung hợp đoạn bằng
phương pháp giả lập trên máy tính - tạo ra

Chun Đề Sinh Học Phân Tử-Chẩn Đốn Hình Ảnh-Xét Nghiệm

121


Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 25 * Số 1 * 2021
những trình tự giả lập ở từng đột biến chuyển
đoạn/dung hợp đoạn và tái sắp xếp những cặp
trình tự lên trình tự giả lập này để kiểm tra mức
độ định vị của những cặp trình tự. Tỉ lệ định vị
cao (quality alignment) thể hiện độ chính xác của
việc xác định đột biến chuyển đoạn/dung hợp
đoạn. Tần suất của từng đột biến điểm và đột
biến mất/thêm đoạn được tính tốn dựa trên tỉ lệ
từng loại nucleotide tại vị trí đột biến bằng phần
mềm SAMtools.

Xử lý số liệu
Số liệu được chúng tôi nhập vào lưu trữ
bằng phần mềm Microsorf Excel (phiên bản
15.30). Về phân tích số liệu, chúng tơi sử dụng
phần mềm R (phiên bản 4.0.0). Giá trị p <0,05

được xem là có ý nghĩa thống kê. Biểu đồ được
chúng tơi xây dựng bằng gói đồ thị (packages)
ggplot2 trong phần mềm R.
Y đức
Nghiên cứu này được thông qua bởi Hội
đồng Đạo đức trong nghiên cứu Y sinh học Đại
học Y Dược TP. HCM, số 383/HĐĐĐ-ĐHYD,
ngày 30/7/2019.

KẾT QUẢ
Trong thời gian từ tháng 12/2019 đến tháng
06/2020, chúng tôi đã tiến hành thu mẫu tại bệnh
viện Đại học Y Dược TP. Hồ Chí Minh. Số lượng
mẫu thu là được 20 mẫu mẫu mô u được đúc
sáp (FFPE) của bệnh nhân UTĐTT giai đoạn I, II,
III và cùng với các thông tin về độ tuổi, giới tính,
giai đoạn ung thư, vị trí khối u, kích thước khối
u, phân loại mơ học, độ biệt hố và tình trạng di
căn hạch và các thơng tin khác của bệnh nhân
UTĐTT tham gia nghiên cứu.
Bảng 1: Đặc tính lâm sàng của 20 bệnh nhân
UTĐTT tham gia nghiên cứu
Đặc điểm lâm sàng
Nam
Giới tính
Nữ
>40
Tuổi
≤ 40
0

Giai
I
đoạn
bệnh
II

122

n=20
13
7
20
0
1
1
6

%
65%
35%
100%
0%
5%
5%
30%

Nghiên cứu Y học
Đặc điểm lâm sàng
III

n=20
8

IV

1

Chưa phân loại

3

Carcinôm tuyến
Mô học Carcinôm tế bào
thần kinh nội tiết
Đại tràng
Vị trí
Trực tràng
khối u
Ống hậu mơn

19

%
40%
Khơng thỏa tiêu chuẩn
chọn mẫu nên loại khỏi
nghiên cứu
Không thỏa tiêu chuẩn
chọn mẫu nên loại khỏi
nghiên cứu

95%

1

5%

14
5
1

70%
25%
5%

Dựa vào kết quả mô học, phần lớn các bệnh
nhân UTĐTT tham gia nghiên cứu tập trung vào
giai đoạn I và II. Trong đó, giai đoạn 0 là 1 (5%)
trường hợp, giai đoạn I có 1 (5%) trường hợp và
giai đoạn II có 6 (30%) trường hợp. Phần lớn số
lượng bệnh nhân giai đoạn sớm (chiếm 35% số
mẫu thu được), do đó đặc tính mẫu nghiên cứu
có thể đảm bảo đáp ứng được yêu cầu phát hiện
giai đoạn UTĐTT của đề tài (Bảng 1).
Phần lớn khối u nằm tại đại tràng 14 trường
hợp chiếm 70%, 5 trường hợp khối u tại trực
tràng chiếm 25% và 1 trường hợp khối u tại ống
hậu môn chiếm 5%. Nghiên cứu của chúng tôi
tương đồng với nghiên cứu của Phipps và cộng
sự, khi khảo sát 3284 trường hợp cho thấy phần
lớn khối u nằm tại phần đại tràng chiếm 66% và

trực tràng chiếm 34%.
Trong 20 mẫu FFPE thu được, chúng tôi ghi
nhận được 12 trường hợp có mang đột biến.
Như vậy, độ nhạy của quy trình là số mẫu
UTĐTT mang đột biến trong tổng số mẫu bệnh
nhân UTĐTT tham gia nghiên cứu: 12/20= 60%
(Bảng 2).
Bảng 2: Kết quả giải trình tự trên 20 mẫu FFPE ở
bệnh nhân UTĐTT
Tên mẫu Giai đoạn
CRCB02

I

CRCB03

II

Đột biến
Tần suất
TP53 (R175H)
26,3%
KMT2D (Q3934_Q3939del) 10,6%
PIK3CA (R88Q)
59,9%
APC(S439*)
25,6%
APC (S143fs)
24,1%
APC(R1432*);

30,5%
TP53(R213*).
18,6%
FBXW7 (R479L)
22,9%

Chuyên Đề Chẩn Đốn Hình Ảnh - Sinh Học Phân Tử


Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 25 * Số 1 * 2021

Nghiên cứu Y học
Tên mẫu Giai đoạn
CRCB04
0
CRCB06

II

CRCB09

III

CRCB14

III

CRCB15

II

CRCB16

III

CRCB17
CRCB18
CRCB19

III
II
III

CRCB20

II

CRCB22
CRCB23
CRCB25

II
III
III

CRCB28

III

CRCB29

II

Đột biến
KRAS(G12V)
APC (E1228*)
TP53 (R213*)
BRAF (V600E)
KRAS (G12V)
APC (I1557*fs)
TP53 (R342*)
PIK3CA (Q546R)
APC (R564*)
TP53 (R210*)
TP53 (R342*)
TP53(R213*)
(-)
TP53 (R248Q)
APC(R1432*)
TP53 (R282G)
(-)
(-)
(-)
PIK3CA (R88Q)
KRAS (G12V)
TP53 (c.993+1G>C)
(-)

Tần suất
37,8%

33,3%
21,7%
8,3%
30%
32,2%
25%
22,9%
23,2%
32,4%
9,6%
60,7%
15,4%
4%
8,6%

26,6%
29,6%
34,3%

Phần lớn các đột biến xuất hiện trên 2 gen là
TP53 và APC lần lượt chiếm tỉ lệ 38,5% và 26,9%.
Phần còn lại là các đột biến trên gen PIK3CA,
KRAS và FBXW7, BRAF, KMT2D. Thống kê phổ
đột biến được thể hiện bằng Hình 1.

Hình 1: Phổ đột biến từ 12 mẫu FFPE của bệnh nhân
UTĐTT giai đoạn sớm

BÀN LUẬN
Việt Nam là nước có tỉ lệ UTĐTT tương đối

cao, đứng hàng thứ hai trong các bệnh lý ác tính

đường tiêu hố và là vấn đề lớn đối với sức khoẻ
cộng đồng. Theo báo cáo của tổ chức Y tế Thế
giới thực hiện năm 2018 tại Việt Nam thì tỉ lệ
UTĐTT là 11,47/100.000 dân đối với nam, đứng
thứ tư sau ung thư phổi, ung thư gan, ung thư
dạ dày; tỉ lệ này ở nữ là 6,11/100.000 dân, đứng
thứ năm sau ung thư phổi, ung thư gan, ung thư
vú và ung thư dạ dày(8). Có rất nhiều số liệu khác
nhau về phân bố ung thư biểu mô tuyến trên
khung đại tràng theo từng quốc qua và chủng
tộc. Nhìn chung các số liệu đều thống nhất là
UTĐTT xảy ra ở bên trái nhiều hơn bên phải, và
nhiều nhất là ở trực tràng. Một nghiên cứu tại
bệnh viện Đại học Y Dược TP. Hồ Chí Minh cho
tỉ lệ ung thư trực tràng 39,2%, đại tràng chậu
hông 18,75%, đại tràng xuống 14,77%, đại tràng
ngang 5,11%, đại tràng lên 12,5% và manh tràng
9,65%(9). Đặc điểm này tương đồng với lâm sàng
của nghiên cứu, tỷ lệ vị trí khối u ở đại tràng là
70%, trực tràng là 25%.
UTĐTT nguyên phát phần lớn là ung thư
biểu mơ tuyến (adenocarcinơm), chiếm khoảng
90-95%. Ngồi ra các loại sarcơm ít gặp: phát
sinh từ mơ cơ trơn (leiomyosarcoma), mô mỡ
(liposarcoma), mạch máu (hemangiosarcoma),
bạch mạch (lymphangio-sarcoma), mô lưới
(reticulosarcoma), mơ lymphơ (lymphosarcoma).
Về mặt đại thể có các dạng chồi sùi, thể loét, thể

thâm nhiễm và dạng vòng nhẫn. Tuy nhiên, kết
hợp của các thể này với nhau cũng rất thường
gặp. Trong đó, thể chồi sùi là dạng thường gặp
nhất(10).
Theo Hình 1, phần lớn các đột biến xuất hiện
trên 2 gen là TP53 và APC, chiếm tỉ lệ 38,5% và
26,9%. Do đối tượng nghiên cứu của chúng tôi là
bệnh nhân UTĐTT giai đoạn sớm nên giải thích
được phổ đột biến xuất hiện nhiều đối với gen
APC và TP53. Vai trò của APC và TP53 đã được
ghi nhận nhiều trong các nghiên cứu trước đây
về UTĐTT. UTĐTT là một bệnh không đồng
nhất, tiên lượng được gắn liền với việc phân chia
giai đoạn lâm sàng trong nhiều thập niên đã
qua. Gần đây, trong một nghiên cứu giải trình tự
exon đích của 1.321 gen liên quan đến ung thư

Chuyên Đề Sinh Học Phân Tử-Chẩn Đốn Hình Ảnh-Xét Nghiệm

123


Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 25 * Số 1 * 2021

Nghiên cứu Y học

từ 468 mẫu khối u, Schell MJ xác định được một
nhóm gồm 17 gen giúp phân loại UTĐTT tốt
nhất, trong đó APC đóng vai trị trung tâm trong
dự đốn sống cịn tồn bộ(11). Gen APC có thể

mang 0, 1 hoặc 2 đột biến cắt cụt protein
(truncating mutation), mỗi dạng có một tác động
rất khác nhau đến sự sống cịn. Các khối u
khơng có đột biến nào của APC có tiên lượng
xấu hơn so với các khối u chỉ mang một đột biến
APC; tuy nhiên, những khối u mang hai đột biến
APC kèm với đột biến KRAS và TP53 lại có tiên
lượng xấu nhất. Sự tăng sinh tế bào quá mức do
những đột biến trên gen APC tạo ra các polyp
đại tràng. Mặc dù hầu hết những người mang
đột biến trên gen APC sẽ phát sinh UTĐTT,
nhưng số lượng những polyp và khoảng thời
gian chúng trở nên ác tính phụ thuộc vào vị trí
đột biến trên gen.

BRAF khơng đáp ứng với thuốc kháng thể đơn
dịng chống EGFR như cetuximab hoặc
panitumumab. Đột biến BRAF được báo cáo
nhiều nhất là đột biến V600E. Đột biến các gen
BRAF, KMT2D, FBXW7 chiếm tỷ lệ 3,8% trong
nghiên cứu.

Đột biến gen KRAS gặp trong khoảng 36 40% UTĐTT, ở nghiên cứu này đột biến KRAS
chiếm 11,5%. Phần lớn đột biến xảy ra ở các
codon 12, 13 và 61 của gen KRAS. Các đột biến
này tạo nên tình trạng kích hoạt liên tục của
đường dẫn truyền tín hiệu KRAS. Đột biến
KRAS làm cho tế bào kháng với điều trị bằng
kháng thể đơn dòng chống EGFR(12,13). Bệnh
nhân UTĐTT mang đột biến gen KRAS có tiên

lượng kém hơn vì các thuốc điều trị nhắm trúng
đích sẽ khơng hoạt động trên khối u. Các đột
biến của gen RAS và PI3K cũng làm tăng khả
năng di căn của các tế bào ung thư(14). Trong
nghiên cứu này đột biến gen PIK3CA chiếm
11,5%, các đột biến sinh dưỡng của gen PIK3CA
đã được phát hiện trong 10 - 30% UTĐTT,
những đột biến này thường xảy ra ở exon 9 và
exon 20, gây kháng với điều trị bằng kháng thể
đơn dòng chống EGFR(15).

1.

Các đột biến gen BRAF làm cho tế bào ung
thư ác tính hơn. Vì thế những người có tế bào
ung thư mang đột biến gen BRAF có tiên lượng
xấu hơn. Khoảng 8 - 15% UTĐTT có mang đột
biến BRAF(16,17). Đột biến BRAF có liên quan với
UTĐTT ở bên phải và làm giảm tỷ lệ sống cịn
tồn bộ. Bệnh nhân UTĐTT mang các đột biến

124

KẾT LUẬN
Bước đầu khảo sát được phổ đột biến của
bệnh nhân UTĐTT giai đoạn sớm trên mẫu
FFPE. Ở các giai đoạn tiếp theo của nghiên cứu,
chúng tôi sẽ thu thập cỡ mẫu lớn hơn để có thể
thống kê được các vị trí đột biến “nóng” (hotspot mutation). Trong tương lai, chúng tơi sẽ có
đủ thơng tin để đưa ra cái nhìn tổng quát hơn về

các vị trí “hot-spot” của các trên các gen được
khảo sát.

TÀI LIỆU THAM KHẢO
Delman K A (2020). Introducing the "Virtual Tumor Board"
series in CA: A Cancer Journal for Clinicians. CA Cancer J Clin,
70(2):77.
2. Markowitz SD, Bertagnolli MM (2009). Molecular origins of
cancer: Molecular basis of colorectal cancer. New England Journal
of Medicine, 361(25):2449-2460.
3. Win AK, Jenkins MA, Buchanan DD, Clendenning M, Young
JP, Giles GG, et al (2011). Determining the frequency of de novo
germline mutations in DNA mismatch repair genes. Journal of
Medical Genetics, 48(8):530-534.
4. Wang L, Baudhuin LM, Boardman LA, Steenblock KJ, Petersen
GM, Halling KC, et al (2004). MYH mutations in patients with
attenuated and classic polyposis and with young-onset
colorectal cancer without polyps. Gastroenterology, 127(1):9-16.
5. Johnson B, Cooke L, Mahadevan D (2017). Next generation
sequencing identifies 'interactome' signatures in relapsed and
refractory metastatic colorectal cancer. Journal of Gastrointestinal
Oncology, 8(1):20-31.
6. Zhang J, Zhang S (2017). Discovery of cancer common and
specific driver gene sets. Nucleic Acids Research, 45(10):e86.
7. Phipps AI, Lindor NM, Jenkins MA, Baron JA, Win AK,
Gallinger S, et al (2013). Colon and rectal cancer survival by
tumor location and microsatellite instability: the Colon Cancer
Family Registry. Diseases of the Colon and Rectum, 56(8):937-944.
8. Ferlay J, Soerjomataram I, Dikshit R, Eser S, Mathers C, Rebelo
M, et al (2015). Cancer incidence and mortality worldwide:

sources, methods and major patterns in GLOBOCAN 2012.
International Journal of Cancer, 136(5):E359-E386.
9. Nguyễn Thúy Oanh, Lê Quang Nghĩa (2003). Kết quả chẩn
đoán 176 trường hợp ung thư qua nội soi đại tràng bằng ống soi
mềm. Y học Thành phố Hồ Chí Minh, 7(1):148-154.
10. Quách Trọng Đức, Nguyễn Trường Kỳ (2015). Đặc điểm nội soi
và mô bệnh học của ung thư đại trực tràng: nghiên cứu loạt ca
trên 1.033 trường hợp. Y học Thành phố Hồ Chí Minh, 19(1):114119.

Chuyên Đề Chẩn Đốn Hình Ảnh - Sinh Học Phân Tử


Nghiên cứu Y học
11. Schell MJ, Yang M, Teer JK, Lo FY, Madan A, Coppola D, et al
(2016). A multigene mutation classification of 468 colorectal
cancers reveals a prognostic role for APC. Nature
Communications, doi: 10.1038/ncomms11743.
12. Amado RG, Wolf M, Peeters M, Van Cutsem E, Siena S,
Freeman DJ, et al (2008). Wild-type KRAS is required for
panitumumab efficacy in patients with metastatic colorectal
cancer. Journal of Clinical Oncology, 26(10):1626-1634.
13. Tan C, Du X (2012). KRAS mutation testing in metastatic
colorectal cancer. WJG, 18(37):5171-5180.
14. Lan YT, Jen-Kou L, Lin CH, Yang SH, Lin CC, Wang HS, et al
(2015). Mutations in the RAS and PI3K pathways are associated
with metastatic location in colorectal cancers. Journal of Surgical
Oncology, 111(7):905-910.
15. Normanno N, Rachiglio A, Lambiase M, Martinelli E, Fenizia F,
Esposito C, et al (2015). Heterogeneity of KRAS, NRAS, BRAF
and PIK3CA mutations in metastatic colorectal cancer and

Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 25 * Số 1 * 2021
potential effects on therapy in the CAPRI GOIM trial. Annals of
Oncology, 26(8):1710-1714.
16. Bamford S, Dawson E, Forbes S, Clements J, Pettett R, Dogan A,
et al (2004). The COSMIC (Catalogue of Somatic Mutations in
Cancer) database and website. British Journal of Cancer, 91(2):355358.
17. Iacopetta B, Li W, Grieu F, Ruszkiewicz A, Kawakami K (2006).
BRAF mutation and gene methylation frequencies of colorectal
tumours with microsatellite instability increase markedly with
patient age. Gut, 55(8):1213-1214.

Ngày nhận bài báo:

10/12/2020

Ngày nhận phản biện nhận xét bài báo:

20/02/2021

Ngày bài báo được đăng:

10/03/2021

Chuyên Đề Sinh Học Phân Tử-Chẩn Đốn Hình Ảnh-Xét Nghiệm

125