Tác nhân vi sinh gây nhiễm trùng hô hấp dưới cộng đồng cấp tính không nhập viện – kết quả bước đầu từ nghiên cứu EACRI (Việt Nam)
Bạn đang xem bản rút gọn của tài liệu. Xem và tải ngay bản đầy đủ của tài liệu tại đây (1.85 MB, 14 trang )
Nghiên cứu:
TÁC NHÂN VI SINH GÂY NHIỄM TRÙNG HÔ HẤP DƯỚI
CỘNG ĐỒNG CẤP TÍNH KHƠNG NHẬP VIỆN – KẾT QUẢ
BƯỚC ĐẦU TỪ NGHIÊN CỨU EACRI (VIỆT NAM)
P.H.Vân1,7*, N.V.Thành2, T.V.Ngọc3, N.Đ.Duy4, L.T.T.Hương5,
C.T.M.Thúy6, L.T.K.Thảo1, N.T.H.Thảo1, P.T.Hương8, P.Q.Camelia9, P.T.Sơn9
1
Phịng xét nghiệm Cơng ty Nam Khoa, 2Hội Lao và Bệnh Phổi Việt Nam,
3
Khoa Hô Hấp BV. Chợ Rẫy, 4Khoa Hô Hấp BV. Phạm Ngọc Thạch, 5Khoa Hô Hấp BV. Nhân Dân
Gia Định, 6Khoa Hô Hấp BV. Đa Khoa Trung Ương Cần Thơ, 7Đại Học Phan Châu Trinh,
8
Đại Học Y Khoa Phạm Ngọc Thạch, 9Đại Học Sydney, *Chịu trách nhiệm chính
Tóm tắt:
Đặt vấn đề: Hiện nay trong nước chưa có dữ liệu về phổ tác nhân vi sinh gây nhiễm trùng hô hấp
dưới cộng đồng khơng phải nhập viện vì đây là các đối tượng khơng có chỉ định làm xét nghiệm
vi sinh, trong khi đó dữ liệu như vậy lại rất cần thiết để giúp các bác sĩ cho chỉ định điều trị kháng
sinh.
Mục tiêu nghiên cứu: Sử dụng phương pháp nuôi cấy và real-time PCR để phát hiện các tác nhân
vi sinh gây bệnh có trong mẫu đàm tin cậy lấy từ các bệnh nhân được lâm sàng chẩn đốn nhiễm
trùng hơ hấp dưới cấp tính khơng cần nhập viện.
Đối tượng và phương pháp: Đây là nghiên cứu tiến cứu mô tả cắt ngang thực hiện đa trung tâm
với sự tham gia của 4 trung tâm lâm sàng và 1 phịng thí nghiệm trung tâm. Đối tượng nghiên cứu
là các bệnh nhân từ 16 tuổi trở lên được lâm sàng chẩn đoán là nhiễm trùng hơ hấp dưới cấp tính
khơng cần thiết phải nhập viện và có đủ các tiêu chuẩn đưa vào cũng như đồng ý tham gia nghiên
cứu. Mẫu bệnh phẩm được làm xét nghiệm là mẫu đàm và phương pháp xét nghiệm là nuôi cấy
và real-time PCR để phát hiện các tác nhân vi sinh gây bệnh. Ngoài ra mẫu quyệt mũi sau cũng
được lấy để làm xét nghiệm real-time PCR phát hiện tác nhân virus.
Kết quả và bàn luận: Trong thời gian từ 1/2017 đến 2/2018 đã có 157 mẫu đàm lấy từ 157 bệnh
nhân được khảo sát. Phối hợp cả hai kết quả nuôi cấy và real-time PCR thì có đến 144 (91.7%)
trường hợp phát hiện được tác nhân vi sinh gây bệnh trong đó phát hiện đơn tác nhân là 24 trường
hợp (15.3%) với S. pneumoniae chiếm đa số là 11 (7.0%) và H. influenzae là 9 (5.7%) và phát
hiện đa tác nhân trong 120 (76.4%) trường hợp với đa số là có hiện diện S. pneumoniae và hay H.
influenzae hoặc là phối hợp với nhau hoặc là phối hợp với tác nhân khác. Kết quả cũng cho thấy
có một tỷ lệ đáng kể phát hiện được tác nhân virus nhưng thường là phối hợp với tác nhân khác
chứ rất ít khi là đơn tác nhân. Kết quả nghiên cứu cũng cho đánh giá được hiệu quả của phương
pháp nuôi cấy và phương pháp vi sinh trong phát hiện các tác nhân vi sinh gây bệnh.
Kết luận: Đây là nghiên cứu đầu tiên áp dụng phương pháp nuôi cấy và real-time PCR trong phát
hiện các tác nhân vi sinh gây bệnh nhiễm trùng hô hấp dưới cấp tính cộng đồng. Kết quả này là
một đóng góp rất cần thiết để các nhà lâm sàng có thể sử dụng trong chỉ định kháng sinh điều trị
và đồng thời cũng là bằng chứng giúp xây dựng các phát độ kháng sinh điều trị.
Hô hấp số 15/2018
41
Nghiên cứu
Abstract:
MICROBIAL PATHOGENS CAUSING ACUTE LOWER RESPIRATORY
INFECTIONS IN OUT PATIENTS - THE PRELIMINARY RESULTS
FROM EACRI STUDY (VIETNAM)
Background: There are currently no data available on microbiological pathogens causing acute
lower respiratory infections in out-patients because they are not indicated for microbiological
testing, whereas such data are necessary to help the doctor to prescribe antibiotic treatment correctly
Main aims: Use of culture methods and real-time PCR to detect microbial pathogens present in
reliable sputum samples that was obtained from patients who were clinically diagnosed with acute
lower respiratory tract infection out-patients.
Objectives and methods: This is a cross-sectional, multicenter, prespective study with the
participation of four clinical centers and one central laboratory. Patients aged 16 years and older
who were clinically diagnosed with acute lower respiratory infection were not required to be
admitted to the hospital and were eligible for inclusion as well as consent to participate in the
study. Specimens to be tested are the sputa and the test method is culture and real-time PCR for
the detection of pathogenic micro-organisms. In addition, post-nasal swab are also collected for
real-time PCR detection of the virus.
Results and discussions: In the period from 1/2017 to 2/2018, 157 samples were obtained from
157 patients. Combining both culture and real-time PCR results, microbial pathogens were
detected from 144 (91.7%) cases, with 24 (15.3%) were mono-pathogens in which S. pneumoniae
was detected in 11 (7.0%) and H. influenzae in 9 (5.7%) case, multi-pathogen were detected in
120 (76.4%) cases, with the majority were S. pneumoniae combined with H. influenzae and/or
combined with other pathogens, S.pnemoniae combined with other pathogens, and H. influenzae
combine with other pathogens. The results also show that a significant percentage of viral
pathogens were detected but were usually associated with other pathogens and rarely as single
agents. The results of the study also evaluated the effectiveness of culture methods and real-time
PCR in the detection of microbial pathogens.
Conclusions: This is the first study to apply culture and real-time PCR in the detection of
microbial pathogens that cause acute lower respiratory infections out-patients. This result is a
very necessary contribution for clinicians to use in the prescription of of antibiotic treatment and
also supply the evidence for the guildline of antibiotic therapy.
Key words: Acute lower respiratory infection pathogens.
ĐẶT VẤN ĐỀ
Nhiễm trùng hô hấp dưới cộng đồng cấp tính là
một bệnh lý rất thường gặp. Tùy thuộc vào đánh
giá lâm sàng mà các bác sĩ có thể điều trị ngoại
trú hay phải cho nhập viện. Đối với các bệnh nhân
điều trị ngoại trú thì khơng nhất thiết phải làm
xét nghiệm vi sinh và nếu phải sử dụng kháng
sinh để điều trị thì bác sĩ thường cho liệu pháp
42
kháng sinh kinh nghiệm có thể tác động được trên
các tác nhân thường gặp được báo cáo qua các
nghiên cứu hay qua các tài liệu tham khảo. Tại
Việt Nam cho đến hiện nay hầu như có rất ít các
nghiên cứu về tác nhân vi sinh gây nhiễm trùng
hô hấp cộng đồng điều trị ngoại trú. Do vậy trên
các đối tượng bệnh nhân này thì việc cung cấp
được dữ liệu về tác nhân vi sinh gây bệnh là rất
Hô hấp số 15/2018
Nghiên cứu
cần thiết. Tuy nhiên chọn giải pháp xét nghiệm vi
sinh nào để có thể phản ảnh được thật sự các tác
nhân vi sinh gây bệnh là một vấn đề cần xem xét.
Gần đây đã có một báo cáo về phổ vi sinh gây
nhiễm trùng hô hấp dưới cộng đồng phải nhập
viện (1) mà kết quả real-time PCR cho thấy tác
nhân S. pneumoniae chiếm đa số, khác biệt với
kết quả nuôi cấy chỉ phát hiện các tác nhân bệnh
viện như A. baumannii, P. aeruginosa, E. coli và
Enterobacter spp. Điều này cho thấy xét nghiệm
vi sinh là thất bại trong phát hiện các tác nhân
cộng đồng thường gặp trên các bệnh nhân viêm
phổi cộng đồng phải nhập viện, lý do có thể do đa
số bệnh nhân đã sử dụng kháng sinh trước. Cịn
trên các bệnh nhân nhiễm trùng hơ hấp dưới có
thể điều trị ngoại trú thì đa số là các bệnh nhân
mới chưa dùng kháng sinh trước nên xét nghiệm
vi sinh có thể hữu dụng hơn chăng. Tuy nhiên xét
nghiệm real-time PCR cũng rất cần thiết nhờ khả
năng phát hiện các tác nhân vi sinh mà phương
pháp nuôi cấy vi sinh không thể phát hiện được
như vi khuẩn không điển hình, virus…
MỤC TIÊU NGHIÊN CỨU
Mục tiêu của nghiên cứu này là sử dụng phương
pháp vi sinh kinh điển là nuôi cấy kết hợp với
phương pháp real-time để phát hiện các tác nhân
vi sinh gây nhiễm trùng hô hấp dưới (NTHHD)
cộng đồng ở người lớn có thể điều trị ngoại trú.
Các mục tiêu cụ thể bao gồm phân tích các tác
nhân vi sinh phát hiện được và đánh giá độ nhạy
của phương pháp vi sinh và phương pháp realtime PCR trong việc phát hiện được từng tác nhân
cụ thể.
ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN
CỨU
Bệnh nhân:
Đây là một nghiên cứu đa trung tâm với 5 trung
tâm tham gia trong đó phịng xét nghiệm Công
ty Nam Khoa là nơi thực hiện xét nghiệm còn 4
trung tâm còn lại là BV. Phạm Ngọc Thạch (PNT),
Phòng khám Đa khoa Ngọc Minh (ĐKNM), BV.
Đa Khoa Trung Ương Cần Thơ (TWCT), và BV.
Hô hấp số 15/2018
Nhân Dân Gia Định (NDGĐ) chịu trách nhiệm
chọn bệnh nhân đưa vào nghiên cứu và lấy bệnh
phẩm gửi đi xét nghiệm. Đối tượng nghiên cứu là
các bệnh nhân được lâm sàng chẩn đốn nhiễm
trùng hơ hấp dưới cấp có thể điều trị ngoại trú
với các tiêu chuẩn nhận vào là (1) 16 tuổi trở lên.
(2) Được chẩn đốn NKHHD cấp tính có thể điều
trị ngoại trú. (3) Khơng có nguy cơ nhiễm khuẩn
kháng thuốc. (4) Có khả năng uống thuốc. (5) Khơng
có tiền sử dị ứng với thuốc nhóm beta-lactam. (6)
Đồng ý ký phiếu thỏa thuận tham gia nghiên cứu
(consent form). (8) Đồng ý tái khám. Loại trừ
khỏi nghiên cứu các bệnh nhân phải nhập viện,
bệnh nhân lao, bệnh nhân bị hen, bệnh nhân viêm
xoang, bệnh nhân không lấy được đàm hay mẫu
đàm không tin cậy. Thời gian nghiên cứu là từ
1/2017 đến cuối tháng 7/2018. Có 5 trường hợp
bệnh lý được cho là nhiễm trùng hơ hấp dưới cấp,
đó là: (i) Nhiễm trùng hô hấp dưới cộng đồng với
triệu chứng hô hấp xảy ra cấp tính (trong vịng 21
ngày), ho và kèm theo ít nhất một trong các biểu
hiện triệu chứng hơ hấp dưới (như khạc đàm, khó
thở, khị khè, đau ngực) mà các triệu chứng này
khơng giải thích được cho bệnh nào khác (thí dụ
như viêm xoang, hen, lao). (ii) Viêm phế quản cấp,
là tình trạng bệnh cấp tính xảy ra trên bệnh nhân
khơng có bệnh phổi mạn tính từ trước. (iii) Viêm
phổi là tình trạng bệnh cấp tính, thường khoảng
trên 4 ngày, kèm theo triệu chứng của ít nhất một
khu vực (focal) phổi mới xuất hiện tổn thương
được xác định bằng hình ảnh X quang ngực có
hình mờ phổi với tính chất gợi ý mới xuất hiện và
khơng giải thích được cho bất kỳ bệnh nào khác,
CRP >20mg/L(2). (iv) Đợt cấp COPD là sự cố xấu
đi của triệu chứng trên nền bệnh đang có, cần phải
thay đổi điều trị so với trị liệu cơ bản; Chẩn đốn
COPD cần có ≥140 điểm lâm sàng hoặc ≥210
điểm theo thang điểm CT-COPDS (3); Được xem
là một đợt cấp nhiễm khuẩn COPD trong nghiên
cứu này gồm lâm sàng: có 3 triệu chứng mới
xuất hiện: tăng khó thở, tăng lượng đàm và tăng
đàm mủ hoặc có 2 triệu chứng kể trên nhưng một
trong đó là tăng đàm mủ (4) và CRP>15mg/L (5).
(v) Đợt cấp dãn phế quản là tình trạng xấu đi của
43
Nghiên cứu
triệu chứng trên bệnh nhân có triệu chứng gợi ý
dãn phế quản (ho, đàm, ho máu); Chẩn đoán dãn
phế quản dựa trên triệu chứng lâm sàng, X quang
ngực (có hình ảnh gián tiếp gợi ý) hoặc tiền sử đã
có chẩn đốn dãn phế quản bằng CT ngực có độ
phân giải cao; Được xem là một đợt cấp nhiễm
khuẩn trong nghiên cứu này gồm các tiêu chuẩn:
Lâm sàng là khạc đàm đục, và CRP là >15mg/L.
Đánh giá để quyết định không điều trị ngoại trú
và không thu nhận nghiên cứu là các bệnh nhân
cần nhập viện điều trị khi có tình trạng tồn thân
nặng (giảm tri giác, huyết áp <90/60mmHg, nhịp
tim >100lần/p, nhịp thở >30lần/p, SpO2 <90%
khi thở khí phịng); Có các bệnh đồng mắc nặng
(suy tim, suy thận, suy gan); Có nguy cơ nhiễm
khuẩn kháng thuốc (có đợt cấp về hơ hấp trong
vịng 3 tháng, vừa xuất viện trong 30 ngày, nằm tại
giường trên 4 tuần, đang sử dụng corticosteroide
uống).
Bệnh phẩm và phương pháp nghiên cứu:
Bệnh phẩm được khảo sát trong nghiên cứu này
là đàm và quệt mũi sau. Đàm được lấy ngay sau
khi bệnh nhân được chẩn đoán là nhiễm trùng
hơ hấp dưới cấp có thể điều trị ngoại trú, có đủ
tiêu chuẩn đưa vào nghiên cứu và trước khi cho
bệnh nhân dùng kháng sinh. Để lấy đàm, bệnh
nhân được yêu cầu súc miệng bằng nước muối
sinh lý vô trùng trước khi khạc đàm. Đàm khạc
được cho vào lọ vô trùng nắp vặn chặt. Quyệt
mũi sau được lấy bằng que tăm bông kẽm và
được cho vào mũi đến khi chạm vào thành sau
của hốc mũi. Bệnh phẩm sau khi lấy xong được
chuyển ngay tới phòng xét nghiệm của Công ty
Nam Khoa. Đối với mẫu lấy từ BV. Đa Khoa TW
Cần Thơ thì ngay sau khi lấy xong mẫu được cho
vào thùng xốp có gel đá để chuyển đến phịng
xét nghiệm của cơng ty Nam Khoa ngay trong
ngày. Tại phòng xét nghiệm, mẫu đàm được làm
một phết nhuộm Gram và quan sát dưới quang
trường x100. Mẫu được đánh giá là tin cậy để
nuôi cấy và làm xét nghiệm real-time PCR khi
có những quang trường có >25 bạch cầu đa nhân
trung tính/quang trường và <10 tế bào biểu mơ/
quang trường. Các mẫu tin cậy được tiến hành
44
nuôi cấy định lượng dựa theo qui trình thường qui
mà phịng xét nghiệm đang áp dụng. Sau khi tiến
hành nuôi cấy, các mẫu được chuyển đến bộ phận
dịch vụ xét nghiệm sinh học phân tử để được tiến
hành xét nghiệm real-time PCR phát hiện các tác
nhân vi sinh gây bệnh có trong mẫu. Các mẫu
quệt mũi sau được làm xét nghiệm real-time PCR
chứ không qua ni cấy. Qui trình real-time PCR
phát hiện các tác nhân vi sinh hiện diện trong
các mẫu đàm hay bệnh phẩm có đàm tại phịng
thí nghiệm cơng ty Nam Khoa được tóm tắt như
sau: (1) Trước hết mẫu được làm thuần nhất bằng
một thể tích dung dịch thuần nhất đàm là PBS có
chứa NALC (N-Acetyl L-Cysteine). (2) Sau đó
mẫu được tách chiết nucleic acid trên máy tách
chiết tự động KingFisher FLEX của hãng Thermo
với bộ thuốc thử NKRNADNAprep-MAGBEAD
của công ty Nam Khoa, bộ thuốc thử này đã được
thẩm định bằng cách so sánh với phương pháp
BOOM tách chiết nucleic acid, phương pháp
sử dụng Trizol-LS tách chiết RNA và phương
pháp tách chiết nucleic acid dùng hệ thống kín
MagnaPure của Roche (6). (3) Các tách chiết
nucleic acid từ các mẫu đàm được đưa vào thực
hiện real-time PCR sử dụng các mồi và taqman
probe đặc hiệu để phát hiện và định lượng các
tác nhân vi sinh bao gồm: (i) các vi khuẩn cộng
đồng là Streptococcus pneumoniae, Haemophilus
influenzae, H. influenzae type b, M. catarrhalis,
Streptococci nhóm A, Streptococci nhóm B, và
Streptococcus suis; (ii) các vi khuẩn khơng điển
hình là Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia
pneumoniae, Bordetella pertussis, Bordetella
parapertussis, và Legionella pneumophila; (iii)
các vi khuẩn bệnh viện là Staphylococcus aureus
kháng hay nhạy methicillin, S. epidermidis kháng
hay nhạy methicillin, S. aureus có độc tố PantomValentine Leukocydine, Enterococcus faecalis, E.
faecium, E. coli, K. pneumoniae, P. aeruginosa, và
A. baumannii; các virus là Influenzavirus A, B, C,
Parainfluenzavirus 1, 2, 3, Respiratory Syncytial
Virus, Human Metapneumovirus, Rhinovirus, và
Adenovirus. Các multiplex real-time PCR trên
được công ty Nam Khoa chế tạo dựa trên nhiều
Hô hấp số 15/2018
Nghiên cứu
nghiên cứu đã công bố trước đây (7-9). Kết quả
phát hiện và định lượng các tác nhân vi sinh gây
bệnh được trả lời qua số đơn vị phát hiện được
(detection unit) và mỗi đơn vị phát hiện được là
tương đương 5 copies tác nhân vi sinh dựa theo
nghiên cứu được lưu trong hồ sơ nghiên cứu và
phát triển của công ty Nam Khoa. Tác nhân vi
sinh được xác định là tác nhân gây bệnh khi kết
quả real-time PCR cho số định lượng là ≥20.000
DU (tức là ≥100.000 copies). Riêng đối với tác
nhân vi khuẩn khơng điển hình và tác nhân virus
vì khơng có tiêu chuẩn nên trong nghiên cứu
này chúng tôi cho là tác nhân gây bệnh nếu số
định lượng là ≥1.000 DU (tức là ≥5.000 copies).
Ngoài ra, mẫu bệnh phẩm cũng được thực hiện
real-time PCR phát hiện M. tuberculosis theo qui
trình thường qui tại phịng thí nghiệm của cơng
ty Nam Khoa. Để tiện phân tích, các kết quả realtime PCR và kết quả nuôi cấy được lưu trong hồ
sơ Exel.
KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU
Trong thời gian từ tháng 1/2017 đến tháng 2/2018
đã có 157 bệnh nhân được đưa vào nghiên cứu
với 92 từ BV. PNT, 48 từ phòng khám ĐKNM,
10 từ BV. TWCT, và 7 từ BV. NDGĐ. Kết hợp
kết quả nuôi cấy và kết quả real-time PCR (bảng
1) đã xác định được tác nhân vi sinh trong 144
trường hợp chiếm tỷ lệ 91.7%, trong đó phát
hiện đơn tác nhân là 24 trường hợp (15.3%) với
S. pneumoniae chiếm đa số là 11 (7.0%) và H.
influenzae là 9 (5.7%). Đa tác nhân phát hiện được
trong 120 trường hợp chiếm tỷ lệ 76.4% trong đó
phát hiện cả S. pneumoniae và H. influenzae là
85 trường hợp (54.1%) với 40 (25.5%) không
đi kèm các tác nhân khác, và 45 (28.7%) đi kèm
các tác nhân khác như virus, tác nhân cộng đồng
khác, vi nấm, tác nhân bệnh viện. Trong số đa
tác nhân cũng phát hiện sự S. pneumoniae đi kèm
các tác nhân khác trong 17 trường hợp (10.8%) và
H. influenzae đi kèm các tác nhân khác trong 12
trường hợp (7.6%). Chỉ có 6 trường hợp phát hiện
tác nhân gây bệnh không phải là S. pneumoniae
hay H. influenzae, chiếm tỷ lệ 3.8%. Kết quả
này cho thấy S. pneumoniae và H. influenzae
là hai tác nhân chủ yếu phát hiện được với tỷ lệ
72.5% trong đó kết hợp vừa S. pneumoniae với H.
influenzae là 54.1%.
Bảng 1. Các tác nhân vi sinh phát hiện được bằng phương pháp real-time PCR
và phương pháp nuôi cấy (real-time PCR [+] và/hay nuôi cấy [+])
KẾT QUẢ
Tác nhân
No
KẾT QUẢ
Tác nhân
%
No
%
Đơn tác nhân
24
15.3
SP + tác nhân khác
17
10.8
Rhino
2
1.3
SP, CA
2
1.3
Para3
1
0.6
SP, MC
1
0.6
HI
9
5.7
SP, MP
1
0.6
SP
11
7.0
SP, virus
7
4.5
PSA
1
0.6
SP, Para3
1
0.6
Phối hợp SP + HI
85
54.1
SP, FluA
2
1.3
SP, HI
40
25.5
SP, FluB
1
0.6
SP, HI
40
25.5
SP, Adeno
1
0.6
SP, HI, Virus
14
8.9
SP, Rhino
2
1.3
SP, HI, FluA
2
1.3
SP, CA, Virus
1
0.6
Hô hấp số 15/2018
45
Nghiên cứu
KẾT QUẢ
Tác nhân
No
KẾT QUẢ
Tác nhân
%
No
%
SP, HI, FluB
2
1.3
SP, MP, FluA
1
0.6
SP, HI, Rhino
7
4.5
SP, fungi
1
0.6
SP, HI, RSV
2
1.3
SP, Asp
1
0.6
SP, HI, Para3
1
0.6
SP, Fungi, virus
2
1.3
SP, HI, CA, virus
13
8.3
SP, Rhino, Can
1
0.6
SP, HI, MC
6
3.8
SP, Rhino, Afl
1
0.6
SP, HI, GAS
1
0.6
SP, HA, virus
4
2.5
SP, HI, GBS
4
2.5
SP, PSA
1
0.6
SP, HI, MP
1
0.6
SP, Eclo
1
0.6
SP, HI, MC, Rhino
1
0.6
SP, AB, KLP, Eclo
1
0.6
SP, HI, HA, fungi
13
8.3
SP, PSA, Rhino
1
0.6
SP, HI, SA
3
1.9
HI + tác nhân khác
12
7.6
SP, HI, Eaggl
2
1.3
HI, CA
4
2.5
SP, HI, PSA
1
0.6
HI, MC
4
2.5
SP, HI, KLP
6
3.8
HI, virus
1
0.6
SP, HI, KLP, Can
1
0.6
HI, Adeno
1
0.6
SP, HI, CA, HA, Virus
5
3.2
HI, HA, virus
7
4.5
SP, HI, MC, PSA
1
0.6
HI, FluB, KLP
1
0.6
SP, HI, MC, SA
1
0.6
HI, FluB, PSA
1
0.6
SP, HI, MP, Can
1
0.6
HI, PSA, Can
1
0.6
SP, HI, MP, Eaggl
1
0.6
HI, MRSA
1
0.6
SP, HI, MP, KLP, Rhino
1
0.6
HI, KLP
1
0.6
HI, Eaggl
2
1.3
Không có SP và HI
3
1.9
Khơng có SP và HI
3
1.9
MC, Asp
1
0.6
KLP, Can
1
0.6
FluA, Can
1
0.6
Eco, Afu, Can
1
0.6
Eco, FluB
1
0.6
Eaero, Can
1
0.6
Phát hiện được
144
91.7
Không phát hiện được
13
8.3
Viết tắt: HI: H. influenzae, SP: S. pneumoniae, MC: M. catarrhalis, MP: M. pneumoniae, GAS: Streptococcus spp
Group A, GBS: Streptococcus spp. Group B, Eco: E. coli, Eclo: E. cloacae, Eaero: E. aerogenes, Eaggl: E. agglomerans,
KLP: K. pneumoniae, PSA: P. aeruginosa, AB: A. baumannii, SAU: S. aureus, Afu: A. fumigatus, Afl: A. flavus, Asp:
Aspergillus spp., Can: Candida, Rhino: Rhinovirus, Adeno: Adenovirus, FluA: Influenzavirus A, FluB: Influenzavirus
B, Para3: Parainfluenzavirus 3, RSV: Respiratory Syncital Virus, CA: Community acquired bacteria, HA: Hospital
acquired bacteria
46
Hô hấp số 15/2018
Nghiên cứu
Bảng 2. Các tác nhân vi sinh phát hiện được bằng phương pháp real-time PCR
KẾT QUẢ
Tác nhân
No
KẾT QUẢ
Tác nhân
%
No
%
Đơn tác nhân
31
19.7
SP + tác nhân khác
20
12.7
Fungi
2
1.3
SP, CA
2
1.3
Rhino
2
1.3
SP, MC
1
0.6
Para3
1
0.6
SP, MP
1
0.6
HI
9
5.7
SP, virus
9
5.7
SP
16
10.2
SP, Para3
1
0.6
PSA
1
0.6
SP, FluA
2
1.3
Phối hợp SP + HI
76
48.4
SP, FluB
2
1.3
SP, HI
41
26.1
SP, Adeno
1
0.6
SP, HI
41
26.1
SP, Rhino
3
1.9
SP, HI, Virus
12
7.6
SP, CA, Virus, fungi
2
1.3
SP, HI, FluA
2
1.3
SP, MP, FluA
1
0.6
SP, HI, FluB
1
0.6
SP, MC, Rhino
1
0.6
SP, HI, Rhino
6
3.8
SP, Fungi, virus
3
1.9
SP, HI, RSV
2
1.3
SP, Asp
1
0.6
SP, HI, Para3
1
0.6
SP, Rhino, Can
1
0.6
SP, HI, CA
13
8.3
SP, Rhino, Afl
1
0.6
SP, HI, MC
6
3.8
SP, HA, virus
4
2.5
SP, HI, GAS
1
0.6
SP, PSA
1
0.6
SP, HI, GBS
4
2.5
SP, Eclo
1
0.6
SP, HI, MP
2
1.3
SP, AB, KLP, Eclo
1
0.6
SP, HI, HA, fungi
8
5.1
SP, Rhino, PSA
1
0.6
SP, HI, SA
3
1.9
HI + tác nhân khác
10
6.4
SP, HI, PSA
2
1.3
HI, CA, virus
5
3.2
SP, HI, KLP
2
1.3
HI, MC
4
2.5
SP, HI, KLP, Can
1
0.6
HI, Adeno
1
0.6
SP, HI, CA, HA, Virus
2
1.3
HI, HA, fungi, virus
5
3.2
SP, HI, MC, SA
1
0.6
HI, FluB, KLP
1
0.6
SP, HI, MP, KLP, Rhino
1
0.6
HI, FluB, PSA
1
0.6
Khơng có SP và HI
5
3.2
HI, PSA, Can
1
0.6
MC, Asp
1
0.6
HI, SA
1
0.6
MP, Can
1
0.6
HI, KLP
1
0.6
Hô hấp số 15/2018
47
Nghiên cứu
KẾT QUẢ
Tác nhân
No
KẾT QUẢ
Tác nhân
%
No
%
FluA, Can
1
0.6
Eco, FluB
1
0.6
Phát hiện được
142
90.4
Eco, Afu, Can
1
0.6
Không phát hiện được
15
9.6
Viết tắt: HI: H. influenzae, SP: S. pneumoniae, MC: M. catarrhalis, MP: M. pneumoniae, GAS: Streptococcus spp Group
A, GBS: Streptococcus spp. Group B, Eco: E. coli, Eclo: E. cloacae, Eaero: E. aerogenes, Eaggl: E. agglomerans, KLP: K.
pneumoniae, PSA: P. aeruginosa, AB: A. baumannii, SAU: S. aureus, Afu: A. fumigatus, Afl: A. flavus, Asp: Aspergillus
spp., Can: Candida, Rhino: Rhinovirus, Adeno: Adenovirus, FluA: Influenzavirus A, FluB: Influenzavirus B, Para3:
Parainfluenzavirus 3, RSV: Respiratory Syncital Virus, CA: Community acquired bacteria, HA: Hospital acquired bacteria
Kết quả real-time PCR đã phát hiện được
tác nhân gây bệnh trong 142 trường hợp, chiếm
tỷ lệ 90.4%. Như vậy là có 2 trường hợp có tác
nhân gây bệnh mà real-time PCR khơng phát
hiện được, đó là hai trường hợp nuôi cấy phát
hiện được tác nhân H. influenzae. Kết quả chi tiết
được trình bày trong bảng 2. Phân tích cho thấy
có 31 (19.7%) trường hợp real-time PCR chỉ phát
hiện được đơn tác nhân trong đó chiếm đa số là S.
pneumoniae 16 (10.2%) và H. influenzae 9 (5.7%)
trường hợp. Có 111 (70.7%) trường hợp phát hiện
được đa tác nhân trong đó phát hiện đồng thời S.
pneumoniae và H. influenzae 76 (48.4%) trường
hợp với 41 (26.1%) trường hợp không kết hợp với
các tác nhân khác và 35 (22.3%) kết hợp với các
tác nhân khác như virus, tác nhân cộng đồng, tác
nhân bệnh viện hay nấm. Có 20 (12.7%) trường
hợp S. pneumoniae kết hợp với tác nhân khác
và 10 (6.4%) trường hợp H. influenzae kết hợp
với tác nhân khác. Chỉ có 5 (3.2%) trường hợp
real-time PCR phát hiện đa tác nhân mà không
phải là S. pneumoniae hay H. influenzae. Như
vậy có thể nói với real-time PCR, H. influenzae
và S. pneumoniae là hai tác nhân chủ yếu phát
hiện được trên 131 các trường hợp chiếm tỷ lệ
đến 83.4%.
Bảng 3 trình bày kết quả tác nhân vi sinh phát
hiện được bằng nuôi cấy. Phân tích cho thấy có 118
trường hợp ni cấy phát hiện được tác nhân vi sinh
gây bệnh, chiếm tỷ lệ 75.2%. Như vậy có 26 trường
hợp ni cấy khơng phát hiện được tác nhân gây
bệnh. Các tác nhân gây bệnh mà nuôi cấy không
thể phát hiện được là virus, vi khuẩn khơng điển
hình như M. pneumoniae. Ngồi ra S. pneumoniae
là tác nhân mà phương pháp nuôi cấy phát hiện khá
thấp và đây cũng là lý do đã làm cho tỷ lệ phát hiện
tác nhân vi sinh của nuôi cấy chỉ đạt 75.2% so với
kết quả chung là 91.7% và kết quả real-time PCR
là 90.4%. Kết quả nuôi cấy cho thấy có 69 (43.9%)
phát hiện được đơn tác nhân với H. influenzae
chiếm đa số 51 (32.5%) rồi đến S. pneumoniae 10
(6.4%). Có 48 (30.6%) trường hợp ni cấy phát
hiện được hai tác nhân với 29 (19.5%) là kết hợp
S. pneumoniae với H. influenzae và 19 (12.1%) là
kết hợp H. influenzae với tác nhân khác. Chỉ có 1
trường hợp là 3 tác nhân là E. coli phối hợp với A.
fumigatus và Candida.
Bảng 3. Các tác nhân vi sinh phát hiện được bằng phương pháp nuôi cấy
Tác nhân
KẾT QUẢ
No
%
Đơn tác nhân
69
43.9
HI
51
SP
10
48
Tác nhân
KẾT QUẢ
No
%
HI, CA
7
4.5
32.5
HI, MC
6
3.8
6.4
HI, GAS
1
0.6
Hô hấp số 15/2018
Nghiên cứu
KẾT QUẢ
Tác nhân
No
%
MC
2
1.3
Eco
1
Eaggl
KẾT QUẢ
Tác nhân
No
%
HI, HA
12
7.6
0.6
HI, PSA
1
0.6
1
0.6
HI, KLP
6
3.8
Eaero
1
0.6
HI, Eaero
1
0.6
KLP
3
1.9
HI, Eaggl
4
2.5
SP, HI
29
18.5
HA, fungi
1
0.6
SP, HI
29
18.5
Eco, Afu, Can
1
0.6
Dương
118
75.2
Âm
39
24.8
Viết tắt: HI: H. influenzae, SP: S. pneumoniae, MC: M. catarrhalis, GAS: Streptococcus spp Group A, Eco: E. coli, Eaero:
E. aerogenes, Eaggl: E. agglomerans, KLP: K. pneumoniae, PSA: P. aeruginosa, Afu: A. fumigatus, Can: Candida, CA:
Community acquired bacteria, HA: Hospital acquired bacteria
Bảng 4 trình bày số lượng và tỷ lệ các tác
nhân vi sinh phát hiện được bằng phương pháp
real-time PCR và bằng phương pháp ni cấy.
Biểu đồ (hình 1) so sánh tỷ lệ phát hiện được các
tác nhân vi sinh bằng cả hai phương pháp. Phân
tích thống kê các tác nhân mà cả hai phương pháp
real-time PCR và phương pháp nuôi cấy đều phát
hiện được thì chúng ta thấy tỷ lệ S. pneumoniae
được phương pháp real-time PCR phát hiện được
là 71.3%, cao hơn tỷ lệ phát hiện được bằng
phương pháp nuôi cấy 25.5% và sự khác biệt này
là rất có ý nghĩa thống kê với P<0.00001. Tỷ lệ
phát hiện H. influenzae bằng phương pháp real-
time PCR là 60.5% thấp hơn phương pháp nuôi
cấy là 63.1%, tuy nhiên sự khác biệt này là khơng
có ý nghĩa thống kê với P>0.05. Đối với M.
catarrhalis và K. pneumoniae mặc dù tỷ lệ phát
hiện được bằng real-time PCR là 8.9% và 4.5%
so với nuôi cấy là 5.1% và 5.7% nhưng sự khác
biệt là khơng có ý nghĩa với P>0.05. Đối với P.
aeruginosa thì real-time PCR có tỷ lệ phát hiện
được là 4.5% so với nuôi cấy là 0.6% nhưng sự
khác biệt này chỉ có ý nghĩa thấp với P<0.035.
Đối với vi nấm thì real-time PCR có tỷ lệ phát
hiện là 7% so với nuôi cấy chỉ 0.6% và sự khác
biệt rất có ý nghĩa với P<0.0038.
Bảng 4. Số lượng và tỷ lệ các tác nhân vi sinh phát hiện được bằng phương pháp real-time PCR
và bằng phương pháp nuôi cấy vi sinh
PCR
Tác nhân
N
Cấy
%
N
%
PCR
Tác nhân
N
Cấy
%
N
%
SP
112
71.3
40
25.5
SAU
5
3.2
0
0
HI
95
60.5
99
63.1
AB
1
0.6
0
0
MC
14
8.9
8
5.1
PSA
7
4.5
1
0.6
GAS
1
0.6
1
0.6
Fungi
11
7
1
0.6
GBS
4
2.5
0
0
Adeno
2
1.3
0
0
MP
6
3.8
0
0
Rhino
16
10.2
0
0
Eco
2
1.3
2
1.3
FluA
6
3.8
0
0
Hô hấp số 15/2018
49
Nghiên cứu
PCR
Tác nhân
Cấy
N
%
N
PCR
Tác nhân
%
N
Cấy
%
N
%
Eaero
0
0
1
0.6
FluB
6
3.8
0
0
Eclo
2
1.3
0
0
Para3
3
1.9
0
0
Eaggl
0
0
4
2.5
RSV
1
0.6
0
0
KLP
7
4.5
9
5.7
Tổng
157
157
Viết tắt: HI: H. influenzae, SP: S. pneumoniae, MC: M. catarrhalis, MP: M. pneumoniae, GAS: Streptococcus spp Group
A, GBS: Streptococcus spp. Group B, Eco: E. coli, Eclo: E. cloacae, Eaero: E. aerogenes, Eaggl: E. agglomerans, KLP:
K. pneumoniae, PSA: P. aeruginosa, AB: A. baumannii, SAU: S. aureus, Rhino: Rhinovirus, Adeno: Adenovirus, FluA:
Influenzavirus A, FluB: Influenzavirus B, Para3: Parainfluenzavirus 3, RSV: Respiratory Syncital Virus
Hình 1. Biểu đồ so sánh tỷ lệ các tác nhân vi sinh phát hiện được bằng phương pháp real-time PCR
và bằng phương pháp nuôi cấy
Bảng 5. Độ nhạy của phương pháp real-time PCR và phương pháp nuôi cấy trong phát hiện các tác nhân vi sinh
Tác nhân
PCR
Cấy
Kết
hợp
N
Se %
N
Se %
SP
112
99.1
40
35.4
113
HI
95
89.6
99
93.4
MC
14
93.3
8
GAS
1
100
Eco
2
KLP
PSA
50
Tác
nhân
PCR
Cấy
Kết
hợp
N
Se %
N
Se %
Eaero
0
0
1
100
1
106
Eagg
0
0
4
100
4
53.3
15
GBS
4
100
0
0
4
1
100
1
MP
6
100
0
0
6
100
2
100
2
Eclo
2
100
0
0
2
7
58.3
9
75
12
SAU
5
100
0
0
5
7
100
1
14.3
7
AB
1
100
0
0
1
Hô hấp số 15/2018
Nghiên cứu
Tác nhân
Fungi
PCR
Cấy
N
Se %
N
Se %
11
100
1
9.1
Kết
hợp
11
Viết tắt: HI: H. influenzae, SP: S. pneumoniae, MC: M. catarrhalis,
MP: M. pneumoniae, GAS: Streptococcus spp Group A, GBS:
Streptococcus spp. Group B, Eco: E. coli, Eclo: E. cloacae, Eaero:
E. aerogenes, Eaggl: E. agglomerans, KLP: K. pneumoniae,
PSA: P. aeruginosa, AB: A. baumannii, SAU: S. aureus, Rhino:
Rhinovirus, Adeno: Adenovirus, FluA: Influenzavirus A, FluB:
Influenzavirus B, Para3: Parainfluenzavirus 3, RSV: Respiratory
Syncital Virus
Bảng 5 trình bày độ nhạy của phương pháp
real-time PCR và phương pháp nuôi cấy trong
phát hiện các tác nhân vi sinh gây bệnh. Độ
nhạy của một phương pháp phát hiện một tác
nhân vi sinh A được tính là tỷ lệ % phát hiện
được tác nhân vi sinh A bằng phương pháp đó
trong tổng số tác nhân A được phát hiện khi kết
hợp cả hai phương pháp. Có hai tác nhân là E.
aerogenes và E. agglomerans chỉ được phát hiện
bằng phương pháp nuôi cấy mà phương pháp
real-time PCR không phát hiện được, lý do là
vì khơng có mồi và probe đặc hiệu cho hai tác
nhân này trong bộ thuốc thử real-time PCR được
sử dụng. Phương pháp nuôi cấy không thể phát
hiện được các tác nhân virus như Adenovirus,
Rhinovirus, Influenzavirus A, Influenzavirus
B, RSV, và Parainflunezavirus 3; cũng như tác
nhân vi khuẩn khơng điển hình M. pneumoniae
vì khơng có phương tiện ni cấy thường qui.
Tuy nhiên cũng có những tác nhân vi khuẩn có
thể ni cấy phân lập thường qui như tác nhân
S. aureus, A. baumannii, Streptococcus group
B, và E. cloacae mặc dù được phát hiện bằng
real-time PCR nhưng trong nuôi cấy vẫn khơng
phát hiện được, có lẽ do bị bỏ qua khi phân tích
mẫu cấy hay do độ nhạy của phương pháp cấy
cho các tác nhân này chưa đạt. Phân tích về độ
nhạy thì chúng ta thấy trong phát hiện tác nhân
H. influenzae, cả hai phương pháp real-time
PCR và phương pháp nuôi cấy đều đạt độ nhạy
cao, tuy nhiên đối với S. pneumoniae thì phương
pháp ni cấy có độ nhạy thấp hơn real-time
PCR rất nhiều, 35.4% so với 99.1%. Nguyên
Hô hấp số 15/2018
PCR
Cấy
Tác
nhân
Kết
hợp
N
Se %
N
Se %
Adeno
2
100
0
0
2
Rhino
16
100
0
0
16
FluA
6
100
0
0
6
FluB
6
100
0
0
6
Para3
3
100
0
0
3
RSV
1
100
0
0
1
nhân có lẽ trong phân tích kết quả nuôi cấy trên
hộp thạch phân lập, khúm S. pneumoniae đã bị
bỏ qua vì khơng cho hình ảnh tiêu biểu hay do
vi khuẩn bị chết nhanh trong mẫu thử trước khi
kịp tiến hành nuôi cấy. Độ nhạy của real-time
PCR trong phát hiện tác nhân P. aeruginosa và vi
nấm cũng cao hơn nuôi cấy, 100% so với 14.3%
và 9.1%. Độ nhạy trong phát hiện M. catarrhalis
của real-time PCR là 93.3% cao hơn phương
pháp ni cấy là 53.3%. Có lẽ ngun do là các
khúm vi khuẩn đã bị bỏ qua khi phân tích kết
quả cấy. Đối với K. pneumoniae, độ nhạy của
phương pháp nuôi cấy là 75% cao hơn real-time
PCR là 53.8% do có 2 trường hợp ni cấy được
tác nhân K. pneumoniae mà real-time PCR lại
không phát hiện được mặc dù các mồi và probe
thiết kế là rất đặc hiệu cho K. pneumoniae, điều
này có thể là do mồi và probe chưa đủ bao phủ
được tất cả các dòng K. pneumoniae hay vì một
lý do nào đó đã bị cạnh tranh bởi các DNA khác
hiện diện trong mẫu thử được tách chiết DNA.
Đối với hai tác nhân Streptococcus group A và
E. coli thì độ nhạy của real-time PCR và ni
cấy là giống nhau, có nghĩa là cả hai phương
pháp đều phát hiện được hai tác nhân này, tuy
nhiên do số lượng q ít nên kết luận này chỉ có
tính tương đối.
BÀN LUẬN
Xét nghiệm vi sinh mẫu đàm để xác định được
tác nhân vi sinh gây nhiễm trùng hô hấp dưới
là khơng phải dễ dàng vì các tác nhân phát hiện
được cũng có thể là tác nhân hiện diện trong vùng
51
Nghiên cứu
hầu họng. Chính vì vậy việc đánh giá mẫu đàm để
xem có tin cậy hay khơng bằng quan sát đại thể và
quan sát vi thể phết nhuộm Gram ở quang trường
100X là bắt buộc phải thực hiện. Cho dù mẫu đàm
có được đánh giá là tin cậy nhưng khơng phải tác
nhân vi sinh nào phát hiện được trong mẫu cũng
đều được cho là tác nhân vi sinh gây bệnh mà phải
dựa vào kết quả định lượng hay bán định lượng.
Kết quả định lượng phải đạt tối thiểu 105 tế bào
vi khuẩn phân lập được trong 1ml mẫu đàm hay
kết quả bán định lượng vi khuẩn phải hiện diện
trên đường cấy thứ 3 của hộp thạch phân lập thì
vi khuẩn phân lập được mới được xem là tác ngân
gây bệnh. Phương pháp real-time PCR ngoài kết
quả phát hiện được tác nhân vi sinh gây bệnh còn
cho được kết quả định lượng là số lượng copy bộ
gen tác nhân vi sinh cho 1ml đàm nên real-time
PCR cũng có thể được xem như cấy định lượng
nhưng có nhiều ưu điểm hơn cấy định lượng như:
(1) Phát hiện được các tác nhân vi sinh không thể
nuôi cấy được thường qui như virus, vi khuẩn
khơng điển hình; (2) Độ nhạy cao nhờ giới hạn
phát hiện rất thấp, có thể đến 1 copy trong một
thể tích mẫu thử cho vào phản ứng nhờ bản chất
là khuếch đại gen rồi mới phát hiện (10-12); (3) Vượt
qua được các hạn chế của phương pháp ni cấy
như địi hỏi điều kiện bảo quản và chuyên chở
chặt chẽ để vi khuẩn phải cịn sống cho đến khi
ni cấy, cịn real-time PCR thì chỉ cần bảo quản
lạnh để tác nhân vi sinh trong mẫu không bị xáo
trộn cũng như nucleic acid của chúng không bị
phá hủy cho đến khi xét nghiệm. Với các lợi điểm
như vậy nên gần đây, ngày càng có nhiều báo cáo
cho thấy real-time PCR là giải pháp nhạy cảm và
đặc hiệu nhất trong phát hiện các tác nhân vi sinh
gây viêm phổi hay nhiễm trùng hô hấp dưới
(7-9, 13,14)
. Chính vì những lý do như vậy nên trong
nghiên cứu này ngồi ni cấy, phương pháp
real-time PCR cũng được sử dụng để phát hiện
các tác nhân vi sinh gây bệnh trong mẫu thử là
đàm và quệt mũi sau trong đó quệt mũi sau như là
phương pháp bổ sung cho phát hiện tác nhân virus.
Đối với các bác sĩ điều trị thì việc quyết định
kháng sinh trong điều trị nhiễm trùng hơ hấp dưới
52
cấp tính cộng đồng mà không cần phải nhập viện
là phải sử dụng kháng sinh hướng đến các tác
nhân vi khuẩn được ghi nhận là thường gặp nhất.
Hội Lao và Bệnh Phổi Việt Nam trong hướng dẫn
điều trị các bệnh nhiễm trùng hô hấp dưới không
phải do lao đã đưa ra khuyến cáo sử dụng kháng
sinh tác động trên các vi khuẩn S. pneumoniae, H.
influenzae, M. catrarrhalis, các Streptococcus tiêu
huyết beta, các vi khuẩn không điển hình như M.
pneumoniae, C. pneumoniae và L. pneumophila.
Tuy nhiên cho đến bây giờ vẫn chưa có một dữ
liệu nào trong nước đủ tin cậy để nói được trong
các tác nhân trên thì tác nhân nào là chủ yếu. Vào
năm 2009 đã có một cơng trình nghiên cứu của
Takahashi K. và các cs. thực hiện ở Khánh Hòa sử
dụng phương pháp PCR để phát hiện các tác nhân
vi sinh gây viêm phổi cộng đồng phải nhập viện,
tuy nhiên cơng trình này thực hiện trong dịch cúm
2009 nên khó có thể phản ánh phổ vi sinh thật sự
gây CAP (15). Chúng tơi cũng đã thực hiện những
cơng trình nghiên cứu chứng minh hiệu quả của
kỹ thuật real-time PCR trong phát hiện các tác
nhân vi sinh gây viêm phổi cộng đồng trên các
bệnh nhân người lớn và trẻ em phải nhập viện (16-18)
với kết quả cho thấy tác nhân chủ yếu gây bệnh
là S. pneumoniae, ngoài ra H. influenzae và M.
catarrhalis cũng chiếm tỷ lệ đáng kể; tác nhân vi
khuẩn không điển hình M. pneumoniae cũng có
vai trị rất quan trọng, có thể là tác nhân gây bệnh
chủ yếu và cũng có thể có vai trị phối hợp, đặc
biệt trong viêm phổi ở trẻ em. Năm 2016 chúng
tôi đã thực hiện một cơng trình nghiên cứu đa
trung tâm sử dụng phương pháp nuôi cấy thường
qui tại các bệnh viện tham gia và phương pháp
real-time PCR tại phịng thí nghiệm của cơng ty
Nam Khoa để phát hiện các tác nhân vi sinh gây
nhiễm trùng hô hấp dưới cộng đồng phải nhập
viện (1). Với phương pháp real-time PCR, kết quả
nghiên cứu cho thấy tác nhân S. pneumoniae là
chủ yếu, kế đó là H. influenzae; tuy nhiên kết quả
ni cấy là hồn tồn thất bại trong phát hiện S.
pneumoniae còn đối với tác nhân H. influenzae
thì tỷ lệ phát hiện được rất thấp, trong khi đó
chỉ phát hiện được các tác nhân vi khuẩn bệnh
Hơ hấp số 15/2018
Nghiên cứu
viện như K. pneumoniae, E. coli, P. aeruginosa
và tác nhân A. baumannii với tỷ lệ tương đương
phương pháp real-time PCR. Nghiên cứu này đã
chỉ ra rằng trên các bệnh nhân nhiễm trùng hô
hấp dưới cộng đồng phải nhập viện mặc dù kết
quả nuôi cấy chỉ phân lập được các tác nhân vi
khuẩn bệnh viện nhưng thật ra tác nhân chủ yếu
vẫn là S. pneumoniae và H. influenzae. Ngoài
ra kết quả nghiên cứu cũng cho thấy giải pháp
real-time PCR rất là cần thiết trong xét nghiệm
vi sinh nhiễm trùng hô hấp dưới phải nhập viện
vì nếu chỉ dựa vào kết quả cấy thì việc lạm dụng
các kháng sinh mạnh hướng đến các tác nhân vi
khuẩn bệnh viện là sẽ không tránh khỏi.
Đối với các nhiễm trùng hô hấp dưới cấp
cộng đồng mà khơng cần nhập viện thì hiện nay
khó có thể tìm được các dữ liệu nghiên cứu về tác
nhân vì chỉ định xét nghiệm vi sinh là khơng cần
thiết. Như vậy dữ liệu vi sinh gây bệnh trên các
đối tượng này chỉ có thể có được trên các nghiên
cứu tiến cứu mà thơi, và đây chính là một nghiên
cứu như vậy. Kết quả sơ bộ của nghiên cứu này đã
cho thấy ni cấy vẫn có giá trị vì tỷ lệ phát hiện
được tác nhân vi khuẩn gây bệnh đạt được đến
75.2% và vi khuẩn phát hiện được cũng chủ yếu
là các vi khuẩn cộng đồng kinh điển bao gồm H.
influenzae 63.1%, kế đó là S. pneumoniae 25.5%,
K. pneumoniae và M. catarrhalis được ghi nhận
là tác nhân thứ ba với tỷ lệ là 5.7% và 5.1%. Các
tác nhân vi khuẩn bệnh viện cũng được ghi nhận
nhưng tỷ lệ khá thấp. Như vậy thì khác với đối
tượng nhiễm trùng hơ hấp dưới cấp tính phải nhập
viện khi mà xét nghiệm vi sinh không thể phân
lập được hay chỉ phân lập được ở một tỷ lệ rất
thấp các vi khuẩn cộng đồng và sự khác biệt này
có lẽ là do bệnh nhân trước khi vào bệnh viện đã
sử dụng kháng sinh trước cũng như có các yếu tố
làm tăng nặng bệnh cảnh nhiễm trùng trong đó có
nhiễm các vi khuẩn bệnh viện. Kết quả real-time
PCR trong nghiên cứu này đã thực sự làm phong
phú hơn về tác nhân vi sinh gây bệnh phát hiện
được nhờ phát hiện được một tỷ lệ đến 21.7% các
virus trong đó chiếm đa số là Rhinovirus 10.2%
rồi influenzavirus A, B và parainfluenzavirus 3
Hô hấp số 15/2018
chiếm đến 9.6%; và vi khuẩn khơng điển hình
M. pneumoniae chiếm 3.8%. Kết quả real-time
PCR cũng đã làm thay đổi tỷ lệ vi khuẩn cộng
đồng phát hiện được với kết quả tỷ lệ phát hiện
S. pneumoniae lên đến 71.3% (trong khi nuôi cấy
chỉ 25.5%). Sự kết hợp của hai phương pháp nuôi
cấy và real-time PCR đã thật sự cho chúng ta một
bức tranh toàn diện và phong phú về tác nhân vi
sinh gây nhiễm trùng hô hấp dưới cấp cộng đồng
không phải nhập viện như đã trình bày trong phần
kết quả.
KẾT LUẬN
Khơng dễ gì để có được dữ liệu về tác nhân vi sinh
gây nhiễm trùng hơ hấp dưới cấp tính cộng đồng
khơng phải nhập viện vì đây là những đối tượng
khơng có chỉ định làm xét nghiệm vi sinh. Do vậy
mà các hướng dẫn sử dụng kháng sinh điều trị
bước đầu trên các đối tượng bệnh nhân này cũng
chỉ dựa vào các thông tin về tác nhân vi sinh phổ
biến được ghi nhận trên các tài liệu giáo khoa hay
các nghiên cứu nước ngoài. Đây là một nghiên
cứu đầu tiên được thực hiện trong nước trên đối
tượng người lớn được lâm sàng chẩn đốn nhiễm
trùng hơ hấp dưới cấp tính chỉ cần điều trị ngoại
trú. Kết quả nghiên cứu tuy là bước đầu trên 157
bệnh nhân nhưng cũng đã cho một dữ liệu khá
phong phú về tác nhân vi sinh gây bệnh, đó là: (1)
xét về phổ tác nhân vi sinh gây bệnh thì phổ biến
nhất là S. pneumoniae, kế đó là H. influenzae rồi
đến M. catarrhalis; (2) Tác nhân virus được phát
hiện với tỷ lệ khá cao mà phổ biến là Rhinovirus
với tỷ lệ còn cao hơn M. catarrhalis; (3) Tác nhân
vi khuẩn khơng điển hình được phát hiện là M.
pneumoniae nhưng ở tỷ lệ khá thấp khác với kết
quả mà chúng tôi đã nghiên cứu trên đối tượng là
trẻ em tỷ lệ M. pneumoniae được phát hiện khá
cao (17,18). (4) Các tác nhân vi khuẩn bệnh viện
chiếm tỷ lệ khá thấp và đây cũng chính là yếu
tố giúp cho các đối tượng bệnh nhân được lâm
sàng chỉ định điều trị ngoại trú, khác với nghiên
cứu trước đây trên các bệnh nhân nhiễm trùng hô
hấp dưới phải nhập viện trong đó có một tỷ lệ
đáng kể phát hiện được tác nhân vi khuẩn bệnh
viện; (4) Đa số các trường hợp là có sự phối hợp
53
Nghiên cứu
nhiều tác nhân, trong đó cao nhất là phối hợp S.
pneumoniae với H. influenzae hoặc đơn thuần
hoặc phối hợp với các tác nhân khác, kế đó là
phối hợp S. pneumoniae với các tác nhân khác,
rồi đến phối hợp H. influenzae với các tác nhân
khác, chỉ có một tỷ lệ nhỏ phối hợp các tác nhân
vi khẩn bệnh viện với các tác nhân khác. Chúng
tôi hy vọng rằng các dữ liệu của nghiên cứu này
sẽ là một đóng góp cho các nhà điều trị xây dựng
phát đồ điều trị kháng sinh hiệu quả trên các đối
tượng người lớn được chẩn dốn nhiễm trùng hơ
hấp dưới điều trị ngoại trú.
Lời cám ơn: Nghiên cứu EACRI (Etiology
and Efficacy of AMX/SBT therapy on out-patient
with Community-acquired LRTI) được thực hiện
với sự tài trợ của công ty Imexpharm. Nhóm
nghiên cứu xin chân thành cám ơn.
Tài liệu tham khảo
1.
Vân P.H. và cs. (2017). Tác nhân vi sinh gây viêm
phổi cộng đồng phải nhập viện – Kết quả nghiên
cứu REAL 2016-2017. Hội Hô Hấp TP. HCM
10. Vân P.H. (2009). PCR và real-time PCR: Các vấn
đề cơ bản và các ứng dụng thường gặp. Nhà xuất
bản y học. tr3-tr33
2.
Falk G and Fahey T. (2009). C-reactive protein and
community-acquired pneumonia in ambulatory
care: systematic review of diagnostic accuracy
studies. Family Practice; 26: 10–21
11. Naomi J. Gadsby et al. (2016). Comprehensive
Molecular Testing in CAP. CID. 62(1 April):817-823
3.
Thành N.V. và CS. (2012). Xây dựng mơ hình hệ
thống quản lý và điều trị hiệu quả COPD và Hen
phế quản trong bệnh viện và ở cộng đồng. NXB Y
Học 2012, 57-69
4.
Woodhead M. et al. (2011). Guidelines for the
management of adult lower respiratory tract
infections – full version. Clin Microbiol Infect.;
17(Suppl. 6): E1–E59
12. Margret Schuller et al. (2010). PCR for Clinical
Microbiology. Springer publisher. Pp11-48
13. Chae Lim Jung et al. (2010). Clinical Evaluation
of the Multiplex PCR Assay for the Detection of
Bacterial Pathogens in Respiratory Specimens
from Patients with Pneumonia. Korean J Clin
Microbiol 13(1): 40-45.
14. Tie-Gang Zhang et al. (2015). Detection of
respiratory viral and bacterial pathogens causing
pediatric community-acquired pneumonia in
Beijing using real-time PCR. Chronic Diseases
and Translational Medicine.1:110-16
5.
Peng C et al. (2013). C-reactive protein levels
predict bacterial exacerbation in patients with
chronic obstructive pulmonary disease. Am J Med
Sci.; 345(3):190-4.
6.
Van P.H. et al. (2015). The solution for the low-income
countries to establish the automatic extraction of
the nucleic acid from the clinical samples. Asean
Congress on Medical Biotechnology and Molecular
Biosciences 2015. October 8th – 9th, 2015 at Arnoma
Grand Hotel, Bangkok, Thailand. Pp37
7.
Gadsby N. J. et al. (2015). Development of two
real-time multiplex PCR assays for the detection
and quantification of eight key bacterial pathogens
in lower respiratory tract infections. Clin Microbiol
Infect. 21:788.e1-788.e13
16. Vy T.T.T. (2014). Xác định tỷ lệ các tác nhân vi
khuẩn khơng điển hình gây viêm phổi nhập viện
tại Bệnh Viện Nguyễn Tri Phương trong thời gian
từ tháng 11/2013 đến 06/2014. Luận Văn Thạc Sĩ
Y Học.
8.
Jan J. O. et al. (2015). Impact of Rapid Detection
of Viral and Atypical Bacterial Pathogens by RealTime Polymerase Chain Reaction for Patients
with Lower Respiratory Tract Infection. Clinical
Infectious Diseases. 41:1438–44.
9.
Alicia Edin et al. (2015). Development and
Laboratory Evaluation of a Real-Time PCR Assay
for Detecting Viruses and Bacteria of Relevance
for Community-Acquired Pneumonia. The Journal
of Moleculat Diagnostics. 17(3):315-324
17.. Vân B.L.H.B. (2015). Tác nhân gây viêm phổi
cộng đồng không đáp ứng với điều trị kháng sinh
ban đầu ở trẻ dưới 5 tuổi tại Khoa Nội Tổng Quát
2 Bệnh Viện Nhi Đồng 1. Luận Văn Thạc Sĩ Y Học
chuyên ngành vi sinh. tr52-tr57
54
15. Takahashi K., Yoshida L. M. et al. (2013). The
incidence and aetiology of hospitalized communityacquired pneumonia among Vietnamese adults: a
prospective surveillance in Central Vietnam. BMC
Infectious Diseases. 13:296
18. Khải T.Q. (2016). Đặc điểm bệnh viêm phổi thùy
ở trẻ em tại khoa Nội Tổng Quát 2 bệnh viện Nhi
Đồng 1. Luận văn tốt nghiệp thạc sĩ chuyên ngành
nhi khoa. Tr60-tr67
Hô hấp số 15/2018
