Xây dựng phương pháp nhận diện và phân tích tính đa dạng di truyền của 21 dòng cacao băng kỹ thuật Microsatellite 1

Phần 1
Mở đầu

1.Đặt vấn đề
Cacao có tên khoa học là Theobroma cacao L., một loại cây nhiệt đới được
người Maya trồng cách đây hơn hai ngàn năm. Theobroma cacao L. có nguồn gốc từ
Trung Mỹ, ngày nay được trồng phổ biến ở Brazil, Ghana, Indonesia, Malaysia và
một số nước ở lưu vực sông Amazone (Juan Carlos Motamayor, 1999).
Những giống cacao có nguồn gốc từ các nước nhiệt đới trên được trồng tại
nhiều quốc gia nhưng sau một thời gian lai tạo, tên giống có thể bị nhầm lẫn là một
vấn đề thường gặp phải, điều này sẽ ảnh hưởng đến công tác lai tạo giống, tạo những
cây có năng suất thấp và kém hiệu quả kinh tế. Do đó cần phải xây dựng một phương
pháp định danh chính xác hay đánh giá đúng tính đồng nhất di truyền trong việc lưu
trữ bộ giống, từ đó sẽ cải thiện tính chính xác và tăng hiệu quả trong công tác chọn
giống.
Microsatellite là một công cụ đắc lực để giải quyết vấn đề như định danh và
phát hiện những cây bị mất lai lịch đồng thời cũng đánh giá mức độ đa dạng di truyền
của cây. Mức độ đa dạng di truyền là một chỉ tiêu quan trọng trong quá trình chọn tạo
giống vì khi các cặp cha mẹ có độ đồng nhất di truyền cao sẽ làm mất tính ưu thế lai.
Sự phối hợp các primer microsatellite được đánh dấu huỳnh quang trong phản ứng
PCR và tiến hành phân tích microsatellite bằng máy giải trình tự sẽ cung cấp dữ liệu
giúp cho việc nhận diện chính xác các giống cacao bằng đặc trưng phân tử.
Trên cơ sở đó chúng tôi tiến hành thực hiện đề tài:
“Xây dựng phương pháp nhận diện và phân tích tính đa dạng di truyền
của 21 dòng cacao (Theobroma cacao L.) bằng kỹ thuật Microsatellite”
Đề tài được thực hiện dưới sự hướng dẫn của TS. Bùi Minh Trí, TS.
Phạm Hồng Đức Phước và TS. Juan Carlos Motamayor, chuyên gia về Microsatellite
trên cây cacao của tổ chức USDA-Bộ Nông Nghiệp Mỹ và Công ty Master Food,
Miami, Mỹ. Đối tượng nghiên cứu của đề tài là các giống cacao trong tập đoàn cacao
của trường Đại Học Nông Lâm TP Hồ Chí Minh.
2.Mục đích yêu cầu

1
2.1.Mục đích nghiên cứu
1- Xây dựng phương pháp nhận diện 21 dòng cacao dựa trên 5 cặp primer
microsatellite: mTcCIR7, mTcCIR8, mTcCIR11, mTcCIR15 và mTcCIR18.
2- Tối ưu hóa phương pháp.
3- Kiểm tra độ chính xác và tính ổn định của phương pháp nhận diện.
4- Phân tích tính đa dạng di truyền của 21 dòng cacao.
2.2.Yêu cầu
- Ly trích DNA từ mẫu lá với độ tinh khiết cao.
- Xây dựng được qui trình PCR ổn định.
- Đánh giá được sự khác biệt di truyền giữa các giống cacao khảo sát qua việc
phân tích microsatellite bằng máy giải trình tự.
- Định danh chính xác các dòng mã hóa bằng phần mềm Cervus.
- Mô tả được quan hệ di truyền gần hoặc xa giữa các giống cacao khảo sát bằng
phần mềm Genetix.
- Xây dựng được qui trình cho phản ứng multiplex PCR.
2