Luận văn : XÂY DỰNG PHƯƠNG PHÁP NHẬN DIỆN VÀ PHÂN TÍCH TÍNH ĐA DẠNG DI TRUYỀN CỦA 21 DÒNG CACAO (THEOBROMA CACAO L.) BẰNG KỸ THUẬT MICROSATELLITE part 8 docx

120

Phần 5
Kết luận và đề nghị

I.Kết luận
Từ các kết quả thu được, chúng tôi rút ra một số kết luận như sau:
1- Phương pháp và kỹ thuật định danh ổn định, có độ chính xác cao, đồng thời
phù hợp với phương pháp phân tích microsatellite của Ngân hàng cacao thế giới
ICGD, mở ra một triển vọng cho các ứng dụng tiếp theo của microsatellite. Lợi thế
của phương pháp định danh trong đề tài là có thể áp dụng từ giai đoạn cây con còn
đang được ươm trong nhà lưới, chưa có hoa hay quả để giúp cho việc nhận diện
bằng kiểu hình, do vậy sẽ giúp loại bỏ kịp thời những cây con bị nhầm lẫn giống
trước khi đem ra vườn trồng.
2- Xây dựng thành công dữ liệu microsatellite cho 21 dòng cacao bằng việc
sử dụng 5 cặp primer được đánh dấu huỳnh quang là mTcCIR7, mTcCIR8,
mTcCIR11, mTcCIR15 và mTcCIR18. Dữ liệu này sẽ giúp cho việc định danh
nhanh (từ 3-5 ngày) và chính xác 21 dòng cacao khảo sát.
3- Tối ưu hóa phương pháp nhờ thực hiện thành công qui trình phản ứng
multiplex PCR với 3 primer có cùng nhiệt độ bắt cặp 46
o
C và được đánh dấu màu
huỳnh quang khác nhau là: mTcCIR8, mTcCIR11, mTcCIR15. Do đó giúp tăng cao
tính kinh tế nhờ giảm thời gian và chi phí thực hiện xuống ba lần.
4- Thiết lập được mối quan hệ di truyền giữa 21 dòng cacao khảo sát trên
biểu đồ không gian 3 chiều, dựa vào kết quả phân tích microsatellite với 5 cặp
primer có số al tương ứng như sau: mTcCIR7 có 3 loại al, mTcCIR8 có 8 loại al,
mTcCIR11 có 8 loại al, mTcCIR15 có 8 loại al và mTcCIR18 có 7 loại al. Biểu đồ
thể hiện rõ mối quan hệ di truyền gần hoặc xa giữa các quần thể và giữa các cá thể

trong quần thể để hỗ trợ cho công tác lai tạo giống.







121

II.Đề nghị
- Trong tương lai, triển khai áp dụng Microsatellite để phát hiện những tính
trạng tốt trên cây cacao, đặc biệt là khả năng chịu hạn, chịu phèn, chịu mặn, phù
hợp với điều kiện đất đai, khí hậu đặc trưng của một số vùng trồng cacao ở Việt
Nam (như Tây Nguyên, đống bằng sông Cửu Long,…)
- Tiếp tục áp dụng kỹ thuật microsatellite để lập hồ sơ kiểu gene cho các
giống trong tập đoàn cacao của Đại Học Nông Lâm, phục vụ cho việc trao đổi dữ
liệu, thông tin về đa dạng di truyền giữa các giống cacao tại Đại Học Nông Lâm với
các giống cacao trên thế giới, đồng thời phục vụ cho công tác lai tạo giống.
- Mỗi lần cài đặt lại bin set trong phần mềm Gene Mapper, kết quả có thể bị
biến đổi, do đó cần phải kiểm tra lại các kết quả phân tích cũ trước khi muốn tiến
hành so sánh với dữ liệu mới.
- Trong quá trình lai tạo giống, nên chọn các cặp lai thuộc những quần thể có
quan hệ di truyền xa nhau lai với nhau (như lai quần thể BR với quần thể QH hoặc
BAL) để tăng ưu thế lai. Và ngược lại, không nên chọn lai những giống thuộc các
quần thể có quan hệ di truyền gần nhau (như không nên lai quần thể QH với quần
thể BAL).
- Tương tự, khi lai tạo giống trong cùng một quần thể nên chọn những cá thể
có quan hệ di truyền xa nhau (như lai cá thể PBC154 với các cá thể còn lại trong
quần thể PBC), không nên chọn lai những cá thể có quan hệ di truyền gần nhau

(như lai cá thể CT1 với CT8 trong quần thể CT).










122

Phần 6
Tài liệu tham khảo

TIẾNG VIỆT
1. Bùi Chí Bửu – Nguyễn Thị Lang-1999. Di truyền phân tử - Những nguyên
tắc căn bản trong chọn giống cây trồng- Nhà xuất bản Nông nghiệp Thành
Phố Hồ Chí Minh, 278 trang.
2. Hoàng Thị Liễu- 2004 - Phân tích mức độ đa dạng di truyền và xây dựng
phương pháp nhận diện một số giống cacao trên cơ sở kỹ thật PCR. Luận
văn tốt nghiệp Kỹ sư Nông học, Trường Đại Học Nông Lâm Tp Hồ Chí
Minh, Việt Nam,63 trang.
3. Hồ Huỳnh Thùy Dương- 1997- Sinh học phân tử - Nhà xuất bản giáo dục,
301 trang.
4. Nhữ Văn Thụ- 2002- Microsatellite- Viện chăn nuôi tổng hợp- Sáng chế
mới, công nghệ mới.
TIẾNG NƯỚC NGOÀI
1. A.McLauchlan, R.J.Henry, P.G.Isaac, K.J.Edwards- 2001- Microsatellite

analysis in cultivated hexaploid wheat and wild wheat relatives- Chapter10.
2. Beckmann, J.S. and Weber, J.l. -1992- Survey of human and rat
microsatellites- Gemonics 12: pp 627 – 631.
3. Borislav Kobiljski, Steve Quarrie, Jane Kirby- 2002- Genetic diversity of the
Novi Sad wheat core collection revealed by microsatellite- Cellular and
molecular biology letters- Volume 7.
4. JC Motamayor, AM Risterucci, M Health and C Lanaud- 2003- Cacao
domestication II: progenitor germplasm of the Trinitario cacao cultivar.
5. JC Motamayor, AM Risterucci, PA Lopez, CF Ortiz, A Moreno and C
Lanaud- 2002- Cacao domestication I: the origin of the cacao cultivated by
the Mayas.
6. J-D Swanson, A.C.Lee and M.J.Guiltinan- USDA Cacao DNA
Fingerprinting- Ring Test Results from Penn State Iniversity.


123

7. Johansson, M., Ellegren, H. and Andersson, L 1992- Cloning and
characterisation of highly polymorphic porcine microsatellites- Journal of
Heredity 83, 196–198.
8. Juan Carlos Motamayor- 1999- Genetic diversity of cacao (Theobroma cacao
L.) cultivated by the Mayas.
9. Kemp, S.J., Brezinsky, L. and Teale, A.J. -1993- A panel of bovine, ovine and
caprine polymorphic microsatellites- Animal Genetics 24, 363–365.
10. Kwok, S., Kellog, D.E. McKinney, N., Spasic, D., Goda, L., Levenson,
C., and Sninsky, J.J 1990- Effects of primer-template mismatches
on the polymerase chain reaction: Human Immunodeficiency Virus 1
model studies- Nucleic Acids Res. 18:999-1005.
11. L.A.Motilal, M.Boccara-Ingenic Newsletter, Issue No.9- 2004- Screening
and evaluation of SSR primers in gel systems for the detection of off-types in

cocoa field genebanks.
12. Lagercrantz, U., Ellegren, H. and Andersson, L 1993- The abundance of
various polymorphic microsatellite motifs differs between plants and
vertebrates- Nucleic Acids Research 21, 1111.
13. Love, J.M., Knight, A.M., McAleer, M.A. and Todd, J.A 1990- Towards
construction of a high-resolution map of the mouse genome using PCR-
analysed microsatellites- Nucleic Acids Research 21, 1111–1115.
14. Lanaud, C., Risterucci, A.M., Pieretti, I., Falque, M., Bouet, A. and Lagoda,
P.J.L 1999- Isolation and characterisation of microsatellites in Theobroma
cacao L- Molecular Ecology 8: pp 2141 - 2152
15. M.Rossetto- Centre for plant conservation genetics, Southern Cross
University, Australia- 2001- Sourcing of SSR markers from related plant
species- Chapter14.
16. Ma, Z.Q., Roder, M. and Sorrells, M.E 1996- Frequencies and sequence
characteristics of di-, tri-, and tetra-nucleotide microsatellites in wheat-
Genome 39, 123–30.


124

17. Morgante M. and Olivieri A.M. (1993) PCR- Amplified microsatellites as
markers in plant genetics- Plant Journal 3: pp 175 - 182
18. Murray, V., Monchawin, C. and England, P.R 1993- he determination of
the sequences in the shadow bands of dinucleotide repeat PCR- Nucleic
Acids Research 21, 2395–2398.
19. N.Harker- Centre for plant conservation genetics, Southern Cross University,
Australia- 2001- Collection, reporting and storage of microsatellite genotype
data- Chapter17.
20. Powell, W., Morgante, M., Andre, C., Hanafey, M., Vogel, J., Tingey, S. and
Rafalski, A 1996- The comparison of RFLP, RAPD, AFLP and SSR

(microsatellite) markers for germplasm analysis- Molecular Breeding 2,
225–238.
21. Ranjana Bhattacharjee, Maria Kolesnikova, Allen, Peter Aikpokpodion,
Sundat Taiwo, Ivan Ingelbrecht- 2004 - An improved semiautomated rapid
method of extracting genomic DNA for molecular marker analysis in cocoa
(Theobroma cacao L.)- Plant molecular biology reporter 22.
22. Röder, M.S., Plaschke, J., Konig, S.U., Borner, A., Sorrells, M.E., Tanksley,
S.D. and Ganal, M.W 1995- Abundance, variability and chromosomal
location of microsatellites in wheat- Molecular and General Genetics 246,
327–33.
23. Saghai Maroof, M.A., Biyashev, R.M., Yang, G.P., Zhang, Q. and Allard,
R.W. (1994)- Extraordinarily polymorphic microsatellite DNA in barley:
species diversity, chromosomal locations, and population dynamics-
Proceedings of the National Academy of Sciences USA 91, 5466–5470.
24. Suggs, S.V., Hirose, T., Miyake, E.H., Kawashima, M.J., Johnson,
K.I., and Wallace, R.B.,- 1981- Using Purified Genes, in ICN-UCLA
Symp- Developmental Biology- Vol. 23, Brown, D.D. Ed., Academic
Press, New York, 683.


125

25. T.A.Holton- Centre for plant conservation genetics, Southern Cross
University, Australia- 2001- Plant genotyping by analysis of microsatellite-
Chapter 2.
26. T.Pugh, O.Fouet, A.M.Risterucci, P.Brottier, C.Lanaud- 2004- A new cacao
linkage map based on codominant markers: development and integration of
201 new microsatellite markers- Original Paper.
27. Tautz, D 1989- Hypervariability of simple sequences as a general source
for polymorphic DNA markers- Nucleic Acids Research 17, 6463–6471.

28. Wu, K.S. and Tanksley, S.D-1993- Abundance, polymorphism and genetic
mapping of microsatellites in ric- Molecular and General Genetics 241,
225– 235.
29. Xiao, J., Li, J., Yuan, L., McCouch, S.R. and Tanksley, S.D-1996- Genetic
diversity and its relationship to hybrid performance and heterosis in rice as
revealed by PCR-based markers- Theoretical and Applied Genetics 92,
637–643.
30. Yang, G.P., Saghai-Maroof, M.A., Xu, C.G., Zhang, Q. and Biyashev, R.M.
-1994- Comparative analysis of microsatellite DNA polymorphisms in
landraces and cultivars in rice- Molecular and General Genetics 245, 187–
194.
TRANG WEB
1.
Microsatellite DNA methodology
2.
Microsatellite help file.
3. />opGen6/PopGen6.html
Population Genetics VI: Introduction to microsatellites: from theory to lab.
Practice
4.
A Monte Carlo analysis on the number of microsatellite markers to estimate
genetic diversity variability in cacao (Theobroma cacao L.)
5.


126

General notes on primer design in PCR
6. http:// www.icgd.rdg.ac.uk
International Cocoa Germplasm Database