phân tích vi sinh thực phẩm kỹ thuật dna microarray tạo chip dna

L/O/G/O
PHÂN TÍCH VI SINH TH C PH M 

GVHD: Nguyễn Thị Mỹ Lệ SVTH:
Trần Mộng Ái
Trần Thị Lệ Hằng
Nguyễn Thị Ngọc Minh
Nguyễn Thị Kim Ngân
www.themegallery.com

Algorithms for Molecular Biology

Lecture 12: February 21, 1999

Lecturer: Ron Shamir

Scribe: Dror Irony and David Oren
N
g
u
ồ
n

g
ố
c

b
à
i

g
i
ả
n
g
Tên bài giảng
1. Hybridization
2. cDNA clustering
3. Analyzing gene expression data
Ngày giảng: 21/ 2/ 1999
L/O/G/O
(DNA Hybridization)

www.themegallery.com

 !"#$##%&'$!(
)*+,*
-
.
/
0!12
www.themegallery.com

  ! "#

$%&'()*
&+,'-./0 +),12&3
1.1. KN về “nhiệt độ nóng chảy “ của DNA
-3
www.themegallery.com

•
Click to edit Master text styles
–
Second level
•
Third level
–
Fourth level
»
Fifth level
456*$*
7
-3
www.themegallery.com
1.2. Các nhân tố ảnh hưởng đến “nhiệt độ nóng chảy” của
DNA
o
456&789&':),3
o
456&+7,3
o
456&;9<='&"'&$3
o
456&)*>3
-3
www.themegallery.com
-3
1.3. Khái niệm về lai phân tử
?             
       "#


$ % &  '(  )*
&+,'-./0@+),A&&B3
?C&/&)*D0>7
EEF2/GGDH'(
9<=)53
859*:%;59*<:&7$=#
%>#+?$(3
www.themegallery.com

S d ng lai DNA nh m t k thu t so sánh, dùng c p  I   J K =
base b sung đ đ i chi u b gene ch a toàn b n i dung L ; 1 0  >  
di truy n c a 2 loài khác nhau và đánh giá nh ng đi m 2 6 A ;
t ng đ ng gi a chúng.B M A

Mục đích:
www.themegallery.com


Đặc điểm:
4@8%8;ABC>D@EFG%#*H
#I$:$:>J*3
C#I>J*KL:!%MN+O
;P  I : C   !Q!N MQM
%C!QM3
www.themegallery.com
1.4. Các yếu tố ảnh hưởng đến LPT
M&N
O+7)%-
MP*&



-
/
.R

S*;T!*U:A59*C#I>J*:*
$IFCVPFWXY:*Z*

A;T5
Z*[3
6*G\*:*+:IFCVPFW:*
Y  X: A 59*    Z* +] $ ;P ^
$:>TC#I>J*;_C>D@
Tốc  phản ứng lai phụ thuộc vào nhiệt
độ. Thông thường phản ứng lai cực đại ở
nhiệt độ thấp hơn T
m
của chính nucleic
acid đó độ 25%.
Tốc độ lai tăng tỉ lệ thuận vối căn
bậc hai của tốc độ dài các trình tự
bổ sung nồng độ.
Nồng độ NaCl 1M làm tăng tốc độ
phản ứng lên từ 5 -10 lần . Nồng
độ NaCl > 1,2M lại hoàn toàn không
còn tác dụng.
-3
www.themegallery.com
1.5. Các phương pháp lai phân tử

Lai tại chỗ
Lai trên pha rắn
Lai trong pha lỏng

-
/
.
-3
www.themegallery.com
.3 !"#$##%
o
!7#$##%"& ::$7Q6 
,=-&)<,77'
R3
o
 N7>'+,;'7ST'
SU/;)&'-=7,)%-VH3
N,<)S7),9:"T+W$3#)
7%),9:F)%-M&3
www.themegallery.com
2.1. Nguyên tắc của chip
.3 !"#$##%
www.themegallery.com
Cách tạo chip DNA
.3 !"#$##%
•
Click to edit Master text styles
–
Second level
•

Third level
–
Fourth level
»
Fifth level
•
Click to edit Master text styles
–
Second level
•
Third level
–
Fourth level
»
Fifth level
www.themegallery.com
Cách tạo chip DNA
.3 !"#$##%
O8D<9,+X6 95&-
G)92=;)<3
V=;,&SSY)G)92=9U&
-GU,)E9, '&3
C&6F:,+:;H>FZ@-
+,92=AV[,&D/0H/\3
www.themegallery.com
Cách tạo chip DNA
.3 !"#$##%
]=/\)F=7:,+:/'(,)&
9[+7 =,,:,+:)%-9Q/\!
A Y )G ^ Y ) B Q3  D  ; < B

_``3``` ,,:,+: / & ) + G aDbc ^
aDbc3
www.themegallery.com
.3.3`;S8^ "#$##%
.3 !"#$##%
•
Click to edit Master text styles
–
Second level
•
Third level
–
Fourth level
»
Fifth level
•
Click to edit Master text styles
–
Second level
•
Third level
–
Fourth level
»
Fifth level
www.themegallery.com
a*87*S7/>5Y
.3 !"#$##%

b5Y/

dGP
e&+A
b5Y.
b5Y-
#07&
Nf9YT
www.themegallery.com
Chuẩn bị mẫu
•
Hiệu quả phân tích bằng microarray phụ thuộc đáng kể vào khâu chuẩn bị mẫu.
•
Mẫu để lai(đích) có thể có rất nhiều phương pháp đánh dấu khác nhau được phát triển nhằm tăng độ nhạy và tính đặc hiệu của thí nghiệm.
•
Nhóm đưa ra phương pháp đánh dấu bằng chất phát huỳnh quang( Cy3, Cy5).
www.themegallery.com
b5Y-
Nf9YT
8cGa>d*7#$##%,T;C*
^LX:$^e>f7O3
"O ;L  &;a( K L K #V _ 5* C
;C+V^C;59C#Ld7Z*;T'%
X:a;@8a*873
K7;5#5*C;C+V>d*VC
gc*&%/N%h(3
CBM+QT+WN gDN _
www.themegallery.com
b5Y-
Nf9YT
4LFC!NC$*$=$+=;K*X#iC
;$'+i&#$>=(;597C%:[7TP^aj3

k*$=$+=:%*S7C!K#I>56*X:C
!K#I7*C;T>Pl*%>8;m>P3!
7T;A59*:$;K;59*Dgc*X:$XYC
$*$=$+= #[ P ^a ;L F; F=7 W*  XY
$*$=$+=>I56*%;T>P3
•
Click to edit Master text styles
–
Second level
•
Third level
–
Fourth level
»
Fifth level
•
Click to edit Master text styles
–
Second level
•
Third level
–
Fourth level
»
Fifth level
www.themegallery.com
Tiến hành lai
•
Sau khi đánh dấu, tiến hành lai trên mảng.
•

Trong quá trình lai, cho dung dịch đã đánh dấu đi qua mảng. Ở đó mẫu dò bắt cặp bổ sung(nếu có) với đích.
•
Các điều kiện lai (như nồng độ mẫu, lực ion, nhiệt độ) phụ thuộc lớn vào kích thước mẫu dò trên mảng trong bể nhỏ và phải được xác định cho từng thí nghiệm
www.themegallery.com
Xác định và phân tích tín hiệu lai
•
Sau khi lai, tiến hành rửa để loại bỏ đích không bắt cặp hoặc bắt cặp không đặc hiệu với mẫu dò.
•
Tiếp đó dùng thiết bị hiện ảnh xác định tín hiệu lai do chất đánh dấu trên đích phát ra.
•
Cường độ tín hiệu cho phép đánh giá tương đối hiệu quả bắt cặp giữa đích và mẫu dò.
www.themegallery.com

dGP
e&+A
b5Y/
`^NP:#;L$'>j;a^n*>D@
$@>D@^n*;@8XY7O+i3
P;K+o*P>f8GFC;fa8+$
V;C+V#[;aC#3
56* ;T a 8  $ p ;C *C 5* ;A 8
cG>D@*H;aX:7O+i3