Phân tích biến đổi GEN CXCL12 ở bệnh nhân ung thư đại trực tràng114920

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI
TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN
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PHẠM THỊ BÍCH




PHÂN TÍCH BIẾN ĐỔI CỦA GEN CXCL12
Ở BỆNH NHÂN UNG THƯ ĐẠI TRỰC TRÀNG




LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC




Hà Nội – 2012


ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI
TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN

Phạm Thị Bích



PHÂN TÍCH BIẾN ĐỔI CỦA GEN CXCL12
Ở BỆNH NHÂN UNG THƯ ĐẠI TRỰC TRÀNG

Chuyên ngành: Sinh học thực nghiệm
Mã số: 60 42 30


LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC


NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC:
PGS.TS. Trịnh Hồng Thái


Hà Nội – 2012


MỤC LỤC
 1
  3
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 4
1.1.4 6
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à gì 8
1.2.2.   9
1.3. 

1.4.CHEMOKINE CXCL12 
 16
1.4.1. Chemokine 16
1.4 19
1.5         HÓA GEN CXCL12 
 21
-  23
 23
 23
 24


 24
 24
 25
CXCL12  27
2.2.4. Phân tích RFLP 28
CXCL12  29
2 32
 33

CXCL12 34

 34
-  35
- RFLP 35
3.1.1.  35
CXCL12  36
 37
  41
CXCL12 47
 47

CXCL12 48

CXCL12  52


3.2.4. Phân tíCXCL12
 53
 62
 63
 64
 i
 ii
 iv
 ix
 x


BẢNG KÝ HIỆU VÀ CÁC CHỮ VIẾT TẮT

ADN

Acid Deoxyribo Nucleic
AJCC
American Joint Committee on Cancer
APC
Adenomatous polyposis coli
APS
Ammonium persulfate
CEA

CIN
 
CPG-CIMP
CpG island methylator phenotype
CRC

cs

CXCL12

CXCR4

DHPLC
Denaturing high performance liquid chromatography

FAP


FOBT
Fecal occult 
IUAC

International Union Against Cancer
HNPCC

không polyp di tru
LOI

MAPK
Mitogen activated protein kinase
MSI
Microsatellite 


MSP
Methyl specific polymerase 

NCBI
National Center for Biotechnology Information
PI3KCA
Phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit
PCR- RFLP
Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length
Polymorphism
SNP

SSCP
Single strand conformation polymorphism
TBE
Tris borate EDTA
TE
Tris - EDTA

TEMED
Tetramethylethylenediamine



TNF

TNM
Tumor- lymph node- metastases --



NST





DANH MỤC CÁC BẢNG







Các thàn          enzyme
FastDigest MspI







 8





CXCL12 


CXCL12 

CXCL12 

CXCL12


 CXCL12 theo




DANH MỤC CÁC HÌNH
Hình 1

Hình 2


Hình 3
máu
Hình 4
CXCL12
Hình 5
         enzyme MspI   
302bp, 202bp và 100bp
Hình 6
enzyme MspI 
và 100bp
Hình 7
         enzyme MspI   
302bp, 202bp và 100bp 
Hình 8
enzyme MspI 
Hình 9

Hình 10
 
Hình 11

Hình 12
CXCL12
Hình 13

Hình 14
 a gen CXCL12 

Luận văn cao học Phạm Thị Bích – K18 Sinh học
1

MỞ ĐẦU

 
, , 
-80% [26].   

, 


. V, 
do 
 , 
 hóa
-  
[30].
y 
có nh

        .       
carcinoembryonic antigen (CEA)      
, 
[38].
 


, chúng  “Phân tích biến đổi của gen
CXCL12 ở bệnh nhân ung thƣ đại trực tràng”, n:
Luận văn cao học Phạm Thị Bích – K18 Sinh học
2
1. Nghiên cứu đa hình gen CXCL12 ở bệnh nhân ung thư đại trực tràng:

- CXCL12 

-  CXCL12 

2. Phân tích tình trạng methyl hóa promoter của gen CXCL12 ở bệnh
nhân ung thư đại trực tràng:
- ide CpG trong
CXCL12.
- 
CXCL12.
- quan gen CXCL12 
.
c
hòng t  Enzyme và 

Luận văn cao học Phạm Thị Bích – K18 Sinh học
3
Chƣơng 1 – TỔNG QUAN TÀI LIỆU
1.1. TÌM HIỂU VỀ UNG THƢ ĐẠI TRỰC TRÀNG
1.1.1. Khái quát về ung thƣ
(u ác tính) l
    

 [33]. T
xa) .
Bảng 1. Phân biệt hai khái niệm u lành tính và ung thƣ theo đặc điểm sinh bệnh học
U lành tính
U ác tính (ung thƣ)
- 
- 

- 
- 
- 
- và í
- 
- Phân bào nhanh, 
o
- 
- 
- 
- 

khác nhau.


 
 [33].
Luận văn cao học Phạm Thị Bích – K18 Sinh học
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1.1.2. Ung thƣ đại trực tràng là gì
tràng (TT) 

T y

 [34]. 




   

tràng [35].

Hình 1. Hình ảnh đại trực tràng và polyp đại tràng nội soi [35]
1.1.3. Các tác nhân gây ung thƣ đại trực tràng
. Tron


Luận văn cao học Phạm Thị Bích – K18 Sinh học
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 Polyp đại trực tràng 

       



 Tác nhân lối sống


  àng.
 Bệnh Crohn hoặc chứng lở ruột già: 


 Bệnh sử ung thư cá nhân:  tr
 
  tràng cao

 Bệnh sử ung thư trong gia đình: 

               
adenomatous polyposis - 

(hereditary nonpolyposis colon cancer - HNPCC). 
[20].




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, 
.
1.1.4. Các hệ thống phân loại giai đoạn ung thƣ đại trực tràng [39]
Phân loại Duke cho ung thƣ trực tràng
             
.
Phân l
-  .
- 
tràng.
- .
Phân loại TNM (Tumor, Node, Metastasis)
            
          

 

U nguyên phát (T):
Tx  .
T0  .
Tis   .
T1  .

T2  .
T3  u  mô xung quanh
 .
T4  g.
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:
Nx  .
N0  .
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N2  .
N3  .
:
Mx  .
M0  .
M1  

 





Hình 2. Các giai đoạn phát triển của ung thƣ đại trực tràng [28].
     
trong.
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  


              

            
 

   
[39]
1.2. CHỈ THỊ SINH HỌC TRONG UNG THƢ ĐẠI TRỰC TRÀNG
1.2.1. Chỉ thị sinh học là gì


 , nó 
 quá  
 [18].

, 


gen APC 
-


, , 
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.
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1.2.2. Một số biến đổi về gen liên quan đến ung thƣ đại trực tràng
 


a gen, 

.
Đột biến gen APC (Adenomatous polyposis coli). APC 

 
APC 
- 
ng


-catenin - 
       .     
         -      
--
APC -


-catenin.
Ngoài ra, 
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Luận văn cao học Phạm Thị Bích – K18 Sinh học
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Luận văn cao học Phạm Thị Bích – K18 Sinh học
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Luận văn cao học Phạm Thị Bích – K18 Sinh học
12
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1.3. CÁC PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU BIẾN ĐỔI GEN LIÊN
QUAN ĐẾN BỆNH UNG THƢ
PCR-RFLP (Polymerase Chain Reaction - Restriction Fragment Length
Polymorphism)


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
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
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theo 
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
SSCP (Single strand conformation polymorphism)
  
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Luận văn cao học Phạm Thị Bích – K18 Sinh học
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

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
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khác nhau.
DHPLC (denaturing high performance liquid chromatography)


 


 
        
.
Real Time PCR
 
 





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.
Luận văn cao học Phạm Thị Bích – K18 Sinh học
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Giải trình tự
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



 [3].
y

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 di-

              
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                

enzyme ADN pol


 


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Kỹ thuật phân tích ADN microarray
 

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Luận văn cao học Phạm Thị Bích – K18 Sinh học
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 

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

 

Một số phƣơng pháp trong nghiên cứu sự methyl hóa ADN

  
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
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
hóa ADN:
MSP (Methyl Specific PCR)
H, kMSP 


[9]. 
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Luận văn cao học Phạm Thị Bích – K18 Sinh học
16
MethyLight
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Pyrosequencing
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1.4. CHEMOKINE CXCL12 VÀ VAI TRÒ TRONG UNG THƢ ĐẠI TRỰC
TRÀNG
1.4.1. Chemokine
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